Identification de gènes ciblès par ETV6-AML1, un facteur de transcription chimérique retrouvé dans la leucémie de l'enfant

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Identification de gènes ciblès par ETV6-AML1, un facteur de transcription chimérique retrouvé dans la leucémie de l'enfant

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Identification et caractérisation des cibles transcriptionnelles de ETV6, un facteur de transcription impliqué dans la leucémie de l’enfant.

La leucémie lymphoblastique aiguë (LLA) est responsable d’environ 25% de l’ensemble des cancers pédiatriques. Chez 85% des enfants diagnostiqués, la LLA entraîne une prolifération massive et incontrôlée de lymphocytes immatures de type précurseurs B dans la moelle osseuse (LLA pré-B). Des avancées intéressantes ont été faites au cours des trente dernières années et ont mené à une augmentation de l’efficacité des traitements thérapeutiques. Plus de 80% des enfants atteints de LLA seront guéris de cette maladie. Malheureusement, ces traitements manquent de spécificité à cause du manque de connaissances sur les mécanismes moléculaires impliqués durant l’initiation et le développement de la LLA pré-B pédiatrique. En d’autres termes, nous connaissons peu de chose sur l’étiologie de cette maladie. Plus de 25% des enfants atteints de la LLA pré-B présentent la translocation chromosomique t(12;21)(p13;q22) qui implique les gènes ETV6 et AML1. Celle-ci est formée in utero et mène à l’expression de la protéine chimère transcriptionnelle ETV6-AML1, dont la présence seule ne suffit pas au développement de la LLA pré-B. Ainsi, d’autres événements génétiques sont nécessaires au développement de cette leucémie. La délétion de l’allèle résiduel de ETV6 est un événement génétique fréquemment rencontré au moment du diagnostic de la LLA pré-B t(12;21)+. Cette délétion entraîne l’inactivation complète de ETV6 dans les lymphocytes pré-B leucémiques. ETV6 est un répresseur transcriptionnel de la famille Ets. Mon hypothèse de recherche est que ETV6 agit comme gène suppresseur de tumeur dans la LLA pré-B pédiatrique. L’inactivation de ETV6 causerait une dérégulation de l’expression de ses cibles transcriptionnelles et, par le fait même, favoriserait l’initiation et le déroulement de la leucémogenèse pédiatrique. Dans le cadre de mon projet, comme peu de cibles transcriptionnelles de ETV6 sont connues, j’ai effectué des expériences d’immunoprécipitation de la chromatine et des essais luciférases qui ont permis d’identifier six nouvelles cibles transcriptionnelles: TP53 (p53 et Δ133p53), SPHK1, IL-18, PTGER4 et LUM. J’ai démontré que la régulation transcriptionnelle médiée par ETV6 requiert la présence de ses deux domaines fonctionnels: PNT (interactions protéiques) et ETS (liaison à l’ADN). Ces domaines favorisent la reconnaissance d’un site EBS consensus dans une région située près du promoteur de base. Ce mécanisme peut dépendre du promoteur régulé par ETV6, mais également du contexte cellulaire. Des études fonctionnelles réalisées sur des lymphocytes pré-B leucémiques ont permis de mesurer l’impact de la dérégulation de l’expression des cibles transcriptionnelles de ETV6 sur trois voies biologiques: la prolifération cellulaire, l’apoptose induite par un stress génotoxique et la migration cellulaire dirigée par la voie de signalisation CXCL12/CXCR4. Ceci a permis de démontrer l’implication des gènes SPHK1, IL-18 et PTGER4 durant la leucémogenèse pédiatrique. Cette étude est une des premières à suggérer le rôle de ETV6 comme gène suppresseur de tumeur dans la LLA pré-B pédiatrique. Suite à l’inactivation du répresseur transcriptionnel ETV6, l’augmentation de l’expression de ses cibles transcriptionnelles favoriserait la prolifération et la survie des lymphocytes pré-B leucémiques dans la moelle osseuse. L’identification de nouveaux gènes impliqués dans le développement de la LLA pré-B pédiatrique ouvre la porte au développement de nouveaux traitements thérapeutiques qui pourront présenter une meilleure spécificité envers l’étiologie de la maladie.

Fetal origins of the TEL-AML1 fusion gene in identical twins with leukemia

The TEL (ETV6)−AML1 (CBFA2) gene fusion is the most common reciprocal chromosomal rearrangement in childhood cancer occurring in ≈25% of the most predominant subtype of leukemia— common acute lymphoblastic leukemia. The TEL-AML1 genomic sequence has been characterized in a pair of monozygotic twins diagnosed at ages 3 years, 6 months and 4 years, 10 months with common acute lymphoblastic leukemia. The twin leukemic DNA shared the same unique (or clonotypic) but nonconstitutive TEL-AML1 fusion sequence. The most plausible explanation for this finding is a single cell origin of the TEL-AML fusion in one fetus in utero, probably as a leukemia-initiating mutation, followed by intraplacental metastasis of clonal progeny to the other twin. Clonal identity is further supported by the finding that the leukemic cells in the two twins shared an identical rearranged IGH allele. These data have implications for the etiology and natural history of childhood leukemia.

Identification de nouvelles cibles transcriptionnelles d’ETV6, un facteur de transcription fréquemment altéré dans la leucémie aiguë lymphoblastique

La leucémie aiguë lymphoblastique (LAL) est le cancer pédiatrique le plus fréquent. Plusieurs réarrangements chromosomiques ont été associés à cette maladie, dont la translocation t(12;21), qui est observée dans 25% des cas de LAL de type pré-B. Cette translocation engendre l’expression de la protéine de fusion ETV6-AML1. Toutefois, celle-ci n’est pas suffisante pour initier seule une leucémie, ce qui suggère que des mutations additionnelles sont nécessaires à la transformation oncogénique. Or, on observe que l’allèle non-réarrangé d’ETV6 est perdu dans 75% des cas de t(12;21). Cette délétion entraîne l’inactivation complète du facteur de transcription ETV6 et l’abolition de sa fonction biologique. Puisqu’ETV6 semble jouer un rôle de suppresseur de tumeurs, nous croyons que son inactivation favoriserait le développement de la leucémie via la dérégulation de ses gènes cibles. Ce projet visait donc à identifier de nouvelles cibles transcriptionnelles d’ETV6, afin d’élucider son implication dans la leucémie. Une expérience de RNA-Seq a permis d’identifier plus de 200 gènes dont l’expression est corrélée avec celle d’ETV6 dans des cellules souches hématopoïétiques CD34+. Parmi ceux-ci, plusieurs gènes sont impliqués dans la réponse immunitaire et inflammatoire, la migration cellulaire, l’homéostasie ionique et la signalisation intracellulaire. Nous avons également mis en place une approche d’immunoprécipitation de la chromatine afin d’identifier les régions auxquelles le facteur de transcription ETV6 peut se lier. À l’aide de cette méthode, nous avons démontré une interaction entre ETV6 et SLCO2B1, un gène dont l’expression est également co-régulée avec ETV6. Finalement, notre étude suggère qu’ETV6 contribuerait à la leucémogenèse en dérégulant l’expression de certains gènes ayant des propriétés oncogéniques.

Posttranslational modification of TEL and TEL/AML1 by SUMO-1 and cell-cycle-dependent assembly into nuclear bodies

The E-26 transforming specific (ETS)-related gene, TEL, also known as ETV6, encodes a strong transcription repressor that is rearranged in several recurring chromosomal rearrangements associated with leukemia and congenital fibrosarcoma. TEL is a nuclear phosphoprotein that is widely expressed in all normal tissues. TEL contains a DNA-binding domain at the C terminus and a helix–loop–helix domain (also called a pointed domain) at the N terminus. The pointed domain is necessary for homotypic dimerization and for interaction with the ubiquitin-conjugating enzyme UBC9. Here we show that the interaction with UBC9 leads to modification of TEL by conjugating it to SUMO-1. The SUMO-1-modified TEL localizes to cell-cycle-specific nuclear speckles that we named TEL bodies. We also show that the leukemia-associated fusion protein TEL/AML1 is modified by SUMO-1 and found in the TEL bodies, in a pattern quite different from what we observe and report for AML1. Therefore, SUMO-1 modification of TEL could be a critical signal necessary for normal functioning of the protein. In addition, the modification by SUMO-1 of TEL/AML1 could lead to abnormal localization of the fusion protein, which could have consequences that include contribution to neoplastic transformation.

In vivo consequences of AML1-ETO fusion protein expression for hematopoiesis

The t(8;21) (q22;q22) translocation fusing the ETO (also known as MTG8) gene on human chromosome 8 with the AML1 (also called Runx1 or CBFα) gene on chromosome 21 is one of the most common genetic aberrations found in acute myeloid leukemia (AML). This chromosomal translocation occurs in 12 % of de novo AML cases and in up to 40 % of the AML-M2 subtype of the French-American-British classification. To date, the in vivo function of aberrant AML1-ETO fusion protein expression has been investigated by several groups. However, in these studies, controversial results were reported and some key issues remain unknown. Importantly, the consequences of aberrant AML1-ETO expression for self-renewing hematopoietic stem cells (HSCs), multipotent hematopoietic progenitors (MPPs) and lineage-restricted precursors are not known. rn The aim of this thesis was to develop a novel experimental AML1-ETO in vivo model that (i) overcomes the current lack of insight into the pre-leukemic condition of t(8;21)-associated AML, (ii) clarifies the in vivo consequences of AML1-ETO for HSCs, MPPs, progenitors and more mature blood cells and (iii) generates an improved mouse model suitable for mirroring the human condition. For this purpose, a conditional tet on/off mouse model expressing the AML1-ETO fusion protein from the ROSA26 (R26) locus was generated. rn Aberrant AML1-ETO activation in compound ROSA26/tetOAML1-ETO (R26/AE) mice caused high rates of mortality, an overall disruption of hematopoietic organs and a profound alteration of hematopoiesis. However, since the generalized activity of the R26 locus did not recapitulate the leukemic condition found in human patients, it was important to restrict AML1-ETO expression to blood cell lineages. Therefore, bone marrow cells from non-induced R26/AE mice were adoptively transplanted into sublethal irradiated RAG2-/- recipient mice. First signs of phenotypical differences between AML1-ETO-expressing and control mice were observed after eight to nine months of transgene induction. AML1-ETO-expressing mice showed profound changes in hematopoietic organs accompanied by manifest extramedullary hematopoiesis. In addition, a block in early erythropoiesis, B- and T-cell maturation was observed and granulopoiesis was significantly enhanced. Most interestingly, conditional activation of AML1-ETO in chimeric mice did not increase HSCs, MPPs, common lymphoid precursors (CLPs), common myeloid progenitors (CMPs) and megakaryocyte-erythrocyte progenitors (MEPs) but promoted the selective amplification of granulocyte-macrophage progenitors (GMPs). rn The results of this thesis provide clear experimental evidence how aberrant AML1-ETO modulates the developmental properties of normal hematopoiesis and establishes for the first time that AML1-ETO does not increase HSCs, MPPs and common lineage-restricted progenitor pools but specifically amplifies GMPs. The here presented mouse model not only clarifies the role of aberrant AML1-ETO for shaping hematopoietic development but in addition has strong implications for future therapeutic strategies and will be an excellent pre-clinical tool for developing and testing new approaches to treat and eventually cure AML.rn

Rolle der gemeinsamen Expression von AML1-ETO und weiteren Onkogenen für die Induktion von Leukämie

Akute Leukämien treten in allen Altersstufen auf. Akute lymphatische Leukämie (ALL) ist die häufigste Leukämie bei Kindern, während akute myeloischen Leukämien (AML) mit verschiedenen Untergruppen etwa 80% aller akuten Leukämien bei Erwachsenen ausmachen. Die Translokation t(8;21) resultiert in der Entstehung des Fusionsgens AML1-ETO und zählt zu den häufigen Translokationen bei der AML. Dabei fusioniert die DNA-bindende Domäne des AML1 mit dem fast kompletten ETO-Protein. AML1-ETO wirkt als dominanter Repressor der AML1-vermittelten transkriptionellen Regula-tion wichtiger hämatopoetischer Zielgene. Klinische Daten legen nahe, dass trotz der klarer Assoziation zwischen AML und der t(8;21) Translokation bei AML Patienten zusätzliche genetische Veränderungen – so genannte ‚second hits‘ – notwendig sind, um eine Leukämie effizient zu induzieren. Klinisch relevanten Komplimentationsonkogene sind unter anderen die aktivierte Rezeptortyrosinkinase FLT3, JAK2, NRAS, KRAS, c- KIT.rnZiel der vorliegenden Arbeit war es, ein Mausmodell zu etablieren, welches humane akute myeloische Leukämie rekapituliert und bei dem die Expression der entsprechen-den Onkogene reguliert werden kann. Als erstes wurde untersucht, ob eine gemeinsame Expression von AML1-ETO mit kRASG12D zur Induktion von Leukämie führen kann. Hierfür wurden Tiere generiert die gemeinsam AML1-ETO und kRASG12D unter der regulatorischen Sequenz des Tetrazyklin-Operators exprimierten. Der große Vorteil dieser Technologie ist die regulierbare Reversibilität der Genexpression. Um die Ex-pression der Zielgene auf blutbildende Zellen zu beschränken, wurden Knochenmark-chimären hergestellt. Im Beobachtungszeitraum von 12 Monaten führte die Expression von AML1-ETO und AML1-ETO/kRASG12D nicht zur Induktion einer akuten Leukä-mie. Die normale hämatopoetische Entwicklung war jedoch in diesen Tieren gestört. Der beobachtete Phänotyp entsprach einem myelodysplastischen Syndrome (MDS).rnIm zweiten Ansatz, wurden Tiere generiert die gemeinsam AML1-ETO und FLT3-ITD exprimierten. Hierfür wurden hämatopoetische Stammzellen aus ROSA26-iM2/tetO-AML1-ETO isoliert und mit Hilfe des retroviralen Vektors mit FLT3-ITD transduziert. In diesem Modell war es möglich, in kurzer Zeit eine akute Leukämie mit zu induzieren. Einige wenige Tiere hatten zum Zeitpunkt des Todes Anzeichen einer biphänotypischen Leukämie mit lymphatischen und myeloischen Blastenpopulationen. In drei Tieren in-duzierte die alleinige Expression von FLT3-ITD eine Leukämie. Alle Leukämien wurden durch FACS, Zytologie und Histopathologie bestätigt. Knochenmark- bzw. Milzzellen aus den erkrankten Tieren waren in der Lage nach Transfer in sekundäre Rezipienten eine Leukämie auszulösen. Somit besaßen sie ein uneingeschränktes Selbsterneue-rungspotential.rnEin erster Versuch, in dem AML1-ETO Expression in leukämischen Zellen abgeschaltet und FLT3-ITD mit Tyrosinkinase-Inhibitor inhibiert wurde, zeigte keine wesentliche Veränderung in der Leukämieprogression.rnDieses Leukämiemodell erlaubt die Rolle der beteiligten Onkogene während verschie-dener Stadien der Leukämie zu erforschen und damit möglicherweise neue Ansätze für Therapiestrategien zu entwickeln.

The t(8;21) chromosomal translocation in acute myelogenous leukemia modifies intranuclear targeting of the AML1/CBFα2 transcription factor

Targeting of gene regulatory factors to specific intranuclear sites may be critical for the accurate control of gene expression. The acute myelogenous leukemia 8;21 (AML1/ETO) fusion protein is encoded by a rearranged gene created by the ETO chromosomal translocation. This protein lacks the nuclear matrix-targeting signal that directs the AML1 protein to appropriate gene regulatory sites within the nucleus. Here we report that substitution of the chromosome 8-derived ETO protein for the multifunctional C terminus of AML1 precludes targeting of the factor to AML1 subnuclear domains. Instead, the AML1/ETO fusion protein is redirected by the ETO component to alternate nuclear matrix-associated foci. Our results link the ETO chromosomal translocation in AML with modifications in the intranuclear trafficking of the key hematopoietic regulatory factor, AML1. We conclude that misrouting of gene regulatory factors as a consequence of chromosomal translocations is an important characteristic of acute leukemias.

Human AML1/MDS1/EVI1 fusion protein induces an acute myelogenous leukemia (AML) in mice: A model for human AML

The human t(3;21)(q26;q22) translocation is found as a secondary mutation in some cases of chronic myelogenous leukemia during the blast phase and in therapy-related myelodysplasia and acute myelogenous leukemia. One result of this translocation is a fusion between the AML1, MDS1, and EVI1 genes, which encodes a transcription factor of approximately 200 kDa. The role of the AML1/MDS1/EVI1 (AME) fusion gene in leukemogenesis is largely unknown. In this study, we analyzed the effect of the AME fusion gene in vivo by expressing it in mouse bone marrow cells via retroviral transduction. We found that mice transplanted with AME-transduced bone marrow cells suffered from an acute myelogenous leukemia (AML) 5–13 mo after transplantation. The disease could be readily transferred into secondary recipients with a much shorter latency. Morphological analysis of peripheral blood and bone marrow smears demonstrated the presence of myeloid blast cells and differentiated but immature cells of both myelocytic and monocytic lineages. Cytochemical and flow cytometric analysis confirmed that these mice had a disease similar to the human acute myelomonocytic leukemia. This murine model for AME-induced AML will help dissect the molecular mechanism of AML and the molecular biology of the AML1, MDS1, and EVI1 genes.

Synergistic up-regulation of the myeloid-specific promoter for the macrophage colony-stimulating factor receptor by AML1 and the t(8;21) fusion protein may contribute to leukemogenesis.

AML1 is involved in the (8;21) translocation, associated with acute myelogenous leukemia (AML)-type M2, which results in the production of the AML1-ETO fusion protein: the amino-terminal 177 amino acids of AML1 and the carboxyl-terminal 575 amino acids of ETO. The mechanism by which AML1-ETO accomplishes leukemic transformation is unknown; however, AML1-ETO interferes with AML1 transactivation of such AML1 targets as the T-cell receptor beta enhancer and the granulocyte-macrophage colony-stimulating factor promoter. Herein, we explored the effect of AML1-ETO on regulation of a myeloid-specific AML1 target, the macrophage colony-stimulating factor (M-CSF) receptor promoter. We found that AML1-ETO and AML1 work synergistically to transactivate the M-CSF receptor promoter, thus exhibiting a different activity than previously described. Truncation mutants within the ETO portion of AML1-ETO revealed the region of ETO necessary for the cooperativity between AML1 and AML1-ETO lies between amino acids 347 and 540. Endogenous M-CSF receptor expression was examined in Kasumi-1 cells, derived from a patient with AML-M2 t(8;21) and the promonocytic cell line U937. Kasumi-1 cells exhibited a significantly higher level of M-CSF receptor expression than U937 cells. Bone marrow from patients with AML-M2 t(8;21) also exhibited a higher level of expression of M-CSF receptor compared with normal controls. The upregulation of M-CSF receptor expression by AML1-ETO may contribute to the development of a leukemic state in these patients.

Expression of the human acute myeloid leukemia gene AML1 is regulated by two promoter regions.

The human chromosome 21 AML1 gene is expressed predominantly in the hematopoietic system. In several leukemia-associated translocations AML1 is fused to other genes and transcription of the fused regions is mediated by upstream sequences that normally regulate the expression of AML1. The 5' genomic region of AML1 was cloned and sequenced. The two 5' untranslated regions (UTRs) previously identified in AML1 cDNAs were located in this region and the distance between them was established. The distal 5' UTR maps over 7 kb upstream of the proximal one. Using primer extension with mRNA, transcription start sites were identified at two distinct sites above these 5' uTRs. Sequence analysis revealed the absence of a TATA motif and the presence of Sp1, PU.1, Oct, CRE, Myb, Ets, and Ets-like binding sites in both upstream regions. Several initiator elements (Inr) that overlap the transcription start sites were also identified. These proximal and distal upstream regions and their deletion mutants were cloned in front of a luciferase reporter gene and used in transfection assays. We demonstrate that both upstream regions function as promoters in hematopoietic (Jurkat) and nonhematopoietic (HEK) cell lines. The activity of both promoters was orientation dependent and was enhanced, in a cell-type specific manner, by a heterologous enhancer sequence. These results indicate that additional control elements, either negative or positive, regulate the tissue-specific expression of AML1.

The chimeric genes AML1/MDS1 and AML1/EAP inhibit AML1B activation at the CSF1R promoter, but only AML1/MDS1 has tumor-promoter properties.

The (3;21)(q26;q22) translocation associated with treatment-related myelodysplastic syndrome, treatment-related acute myeloid leukemia, and blast crisis of chronic myeloid leukemia results in the expression of the chimeric genes AML1/EAP, AML1/MDS1, and AML1/EVI1. AML1 (CBFA2), which codes for the alpha subunit of the heterodimeric transcription factor CBF, is also involved in the t(8;21), and the gene coding for the beta subunit (CBFB) is involved in the inv(16). These are two of the most common recurring chromosomal rearrangements in acute myeloid leukemia. CBF corresponds to the murine Pebp2 factor, and CBF binding sites are found in a number of eukaryotic and viral enhancers and promoters. We studied the effects of AML1/EAP and AML1/MDS1 at the AML1 binding site of the CSF1R (macrophage-colony-stimulating factor receptor gene) promoter by using reporter gene assays, and we analyzed the consequences of the expression of both chimeric proteins in an embryonic rat fibroblast cell line (Rat1A) in culture and after injection into athymic nude mice. Unlike AML1, which is an activator of the CSF1R promoter, the chimeric proteins did not transactivate the CSF1R promoter site but acted as inhibitors of AML1 (CBFA2). AML1/EAP and AML1/MDS1 expressed in adherent Rat1A cells decreased contact inhibition of growth, and expression of AML1/MDS1 was associated with acquisition of the ability to grow in suspension culture. Expression of AML1/MDS1 increased the tumorigenicity of Rat1A cells injected into athymic nude mice, whereas AML1/EAP expression prevented tumor growth. These results suggest that expression of AML1/EAP and AML1/MDS1 can interfere with normal AML1 function, and that AML1/MDS1 has tumor-promoting properties in an embryonic rat fibroblast cell line.

Fusion of the TEL gene on 12p13 to the AML1 gene on 21q22 in acute lymphoblastic leukemia.

Chromosomal rearrangements involving band 12p13 are found in a wide variety of human leukemias but are particularly common in childhood acute lymphoblastic leukemia. The genes involved in these rearrangements, however, have not been identified. We now report the cloning of a t(12;21) translocation breakpoint involving 12p13 and 21q22 in two cases of childhood pre-B acute lymphoblastic leukemia, in which t(12;21) rearrangements were not initially apparent. The consequence of the translocation is fusion of the helix-loop-helix domain of TEL, an ETS-like putative transcription factor, to the DNA-binding and transactivation domains of the transcription factor AML1. These data show that TEL, previously shown to be fused to the platelet-derived growth factor receptor beta in chronic myelomonocytic leukemia, can be implicated in the pathogenesis of leukemia through its fusion to either a receptor tyrosine kinase or a transcription factor. The TEL-AML1 fusion also indicates that translocations affecting the AML1 gene can be associated with lymphoid, as well as myeloid, malignancy.