The eukaryotic promoter database (EPD).

The Eukaryotic Promoter Database (EPD) is an annotated non-redundant collection of eukaryotic POL II promoters for which the transcription start site has been determined experimentally. Access to promoter sequences is provided by pointers to positions in nucleotide sequence entries. The annotation part of an entry includes a description of the initiation site mapping data, exhaustive cross-references to the EMBL nucleotide sequence database, SWISS-PROT, TRANSFAC and other databases, as well as bibliographic references. EPD is structured in a way that facilitates dynamic extraction of biologically meaningful promoter subsets for comparative sequence analysis. WWW-based interfaces have been developed that enable the user to view EPD entries in different formats, to select and extract promoter sequences according to a variety of criteria, and to navigate to related databases exploiting different cross-references. The EPD web site also features yearly updated base frequency matrices for major eukaryotic promoter elements. EPD can be accessed at http://www.epd.isb-sib.ch

The Eukaryotic Promoter Database EPD: the impact of in silico primer extension.

The Eukaryotic Promoter Database (EPD) is an annotated non-redundant collection of eukaryotic POL II promoters, experimentally defined by a transcription start site (TSS). There may be multiple promoter entries for a single gene. The underlying experimental evidence comes from journal articles and, starting from release 73, from 5' ESTs of full-length cDNA clones used for so-called in silico primer extension. Access to promoter sequences is provided by pointers to TSS positions in nucleotide sequence entries. The annotation part of an EPD entry includes a description of the type and source of the initiation site mapping data, links to other biological databases and bibliographic references. EPD is structured in a way that facilitates dynamic extraction of biologically meaningful promoter subsets for comparative sequence analysis. Web-based interfaces have been developed that enable the user to view EPD entries in different formats, to select and extract promoter sequences according to a variety of criteria and to navigate to related databases exploiting different cross-references. Tools for analysing sequence motifs around TSSs defined in EPD are provided by the signal search analysis server. EPD can be accessed at http://www.epd. isb-sib.ch.

El futuro próximo de la EPD.

El artículo forma parte de una sección de la revista dedicada a educación para el desarrollo

Validated sample ages from 823 EPD sites

The number of well-dated pollen diagrams in Europe has increased considerably over the last 30 years and many of them have been submitted to the European Pollen Database (EPD). This allows for the construction of increasingly precise maps of Holocene vegetation change across the continent. Chronological information in the EPD has been expressed in uncalibrated radiocarbon years, and most chronologies to date are based on this time scale. Here we present new chronologies for most of the datasets stored in the EPD based on calibrated radiocarbon years. Age information associated with pollen diagrams is often derived from the pollen stratigraphy itself or from other sedimentological information. We reviewed these chronological tie points and assigned uncertainties to them. The steps taken to generate the new chronologies are described and the rationale for a new classification system for age uncertainties is introduced. The resulting chronologies are fit for most continental-scale questions. They may not provide the best age model for particular sites, but may be viewed as general purpose chronologies. Taxonomic particularities of the data stored in the EPD are explained. An example is given of how the database can be queried to select samples with appropriate age control as well as the suitable taxonomic level to answer a specific research question.

Causas de variação nos preços de bovinos nelore elite no Brasil

Este trabalho teve por objetivo estudar as causas de variação nos preços de bovinos da raça nelore pertencentes a rebanhos de seleção, os quais foram comercializados em leilões, para verificar as influências das avaliações genéticas e dos julgamentos de exterior sobre esses preços. Para tanto, foram computados os preços de venda de 426 bovinos da referida raça em 12 leilões ocorridos em diversas localidades brasileiras (regiões Centro-Oeste, Norte e Sudeste), entre os anos de 2002 e 2005. O valor médio foi de R$ 3.325,49, sendo o mínimo de R$ 1.400,00 e o máximo de R$ 10.500,00. Esses dados foram digitados juntamente com outras informações que eram apresentadas nos catálogos dos leilões. As informações registradas incluíram o sexo de cada animal, o nome do leilão e as DEPs informadas nos catálogos. Além da avaliação da influência das informações dos catálogos, também foi avaliada a influência das informações dos reprodutores, pais dos animais vendidos nos leilões, envolvendo suas DEPs publicadas em um sumário de reprodutores da raça e as pontuações de suas progênies em julgamentos. Os métodos estatísticos aplicados foram análises de variâncias e análises de agrupamento (método K-médias). Como resultado, foi observado que animais com superioridade genética em características relacionadas a desempenho ponderal, considerando-se os efeitos diretos e maternos, foram valorizados ao serem comercializados nos leilões. Em contra-partida, a pontuação dos reprodutores nos julgamentos não teve influência significativa sobre os preços médios de venda de suas progênies nos leilões.

Electrophoretic deposition of ZrO(2)-Y(2)O(3): a bi-component study concerning self-assemblies

There are many industrial advantages of using mechanical multi-oxides mixtures to obtain ceramic parts by electrophoretic deposition (EPD). This is mainly because one could avoid complex chemical synthesis routes to achieve a desirable composition. However, EPD of these suspensions is not an easy task as well since many different surfaces are present, leading to unexpected suspension behavior. The particles surface potentials and interactions can, however, be predicted by an extension of the DLVO theory. Using this theory, one can control the suspension properties and particles distribution. The objective of this work was to apply the colloidal chemistry theories to promote the formation of a heterocoagulation between ZrO(2) and Y(2)O(3) particles in ethanol suspension to achieve a suitable condition for EPD. After identifying a condition where those particles had opposite surface charges and adequate relative sizes, heterocoagulation was observed at operational pH 7.5, generating an organized agglomerate with ZrO(2) particles surrounding Y(2)O(3), with a net zeta potential of -16.6 mV. Since the agglomerates were stable, EPD could be carried out and homogeneous deposits were obtained. The deposited bodies were sintered at 1600 A degrees C for 4 h and partially stabilized ZrO(2) could be obtained without traces of Y(2)O(3) second phases.

Addressing overtreatment in patients with refractory epilepsy at a tertiary referral centre in Brazil

Background. Patients with refractory epilepsy often have impaired quality of life (QOL) as a consequence of seizures and adverse effects of antiepileptic drugs. We assessed the impact of adverse effects on QOL and the utility of a structured instrument to help the physician manage adverse effects in patients with refractory epilepsy. Methods. Clinical characteristics, drug treatment and adverse effects were evaluated in 102 patients with refractory epilepsy at a single tertiary referral centre. The Adverse Events Profile (AEP) and Quality of Life in Epilepsy-31 (QOLIE-31) questionnaires were completed at baseline and after six months. At baseline, patients with a high burden of adverse effects (AEP scores >= 45) were randomized to an intervention or control group. AEP scores in the intervention group were available to the physician as an instrument to help to reduce adverse effects. Results. Ninety-five patients (93.1%) were on polytherapy. Sixty-six completed the questionnaires and, of these, 43 (65.1%) had a high AE burden and were randomized to the intervention and control group. QOLIE-31 scores were inversely correlated with AEP scores at both visits. Among randomized patients, AEP scores tended to decrease between the baseline and the final visit without significant differences between groups (intervention group: 54.1 +/- 6.1 vs 51.1 +/- 9.1; control group: 55.8 +/- 5.8 vs 50.5 +/- 12.2). QOLIE-31 scores did not change substantially between visits (intervention group: 45.9 +/- 17.4 vs 48.4 +/- 14; control group: 47.5 +/- 15.7 vs 45.2 +/- 18.9). Conclusion. A significant proportion of patients had a high toxicity burden which had an impact on their QOL. Reduction of over-treatment is a difficult challenge which cannot be addressed solely by providing a structured assessment of adverse effects, but requires a more comprehensive approach aimed at optimizing the many components of the management strategy.

Análise de ciclo de vida de duas soluções de ETICS

Dissertação de natureza científica para obtenção do grau de mestre em Engenharia Civil

Estudo de modelação da consolidação acelerada por drenos verticais tomando em consideração a fluência do terreno

Dissertação elaborada no Laboratório Nacional de Engenharia Civil para obtenção do grau de mestre em Engenharia Civil no Perfil de Geotecnia pela Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa no âmbito do convénio de cooperação entre a UNL e o LNEC

Sustentabilidade na construção metálica

O desenvolvimento sustentável é um dos grandes desafios dos nossos tempos com inúmeras consequências em várias áreas da nossa sociedade. É uma questão abrangente e essencial para a sobrevivência do modo de vida tal como o conhecemos actualmente. A construção sustentável tem um papel muito importante no desenvolvimento, não só ao nível económico mas também social e cultural. Embora não contemple a energia incorporada, a avaliação do ciclo de vida (ACV), no sector da construção, é um dos métodos mais comuns para avaliar o nível de sustentabilidade. Este trabalho visa os metais como uma das mais promissoras e actuais respostas do sector da construção às crescentes preocupações em relação ao desenvolvimento sustentável. O ferro e derivados são normalmente a base das construções metálicas, residindo no seu potencial de reutilização e reciclagem um dos seus principais factores de sustentabilidade. As estruturas metálicas apresentam características especificas que se coadunam com os requisitos da construção sustentável e que tornam este tipo de construção extremamente versátil e interessante. Neste trabalho, é efectuada uma abordagem sobre a construção metálica ao longo de três partes. A primeira parte é constituída por uma introdução histórica ao ferro e seus derivados enunciando exemplos de construções até aos nossos dias, e pela classificação dos vários tipos de metais e ligas metálicas. Na segunda parte, é abordado o conceito de sustentável e o seu enquadramento no sector da construção, e é feita uma introdução à metodologia de avaliação de ciclo de vida. Na terceira parte, é abordado um exemplo prático de uma estrutura metálica em que são elaboradas e comparadas três soluções. Na origem da diversidade dos elementos comparativos estão o tipo de aço, a origem da energia utilizada no seu fabrico e o tipo de solução técnica adoptada. O objectivo deste trabalho é compreender as repercussões do conceito de sustentabilidade no sector da construção, e desenvolver um método simplificado de avaliação dos impactos ambientais e económicos de soluções metálicas.

Criação de programa informático em ambiente Matlab® para estudo de estruturas planas pelo Método de Elementos Finitos.

Os modelos a ser analisados pelo Método de Elementos Finitos são cada vez mais complexos e, nos tempos que correm, seria impensável realizar tais análises sem um apoio computorizado. Existe para esta finalidade uma vasta gama de programas que permitem realizar tarefas que passam pelo desenho de estruturas, análise estática de cargas, análise dinâmica e vibrações, visualização do comportamento físico (deformações) em tempo real, que permitem a otimização da estrutura. Sob o pretexto de permitir a qualquer utilizador uma análise de estruturas simples com o Método dos Elementos Finitos, surge esta tese, onde se irá criar de raiz um programa com interface gráfica no ambiente MATLAB® para análise de estruturas simples com dois tipos de elemento finito, triangular de deformação constante e quadrangular de deformação linear. O software desenvolvido, verificado por comparação com um software comercial dedicado para o efeito, efetua malhagem com elementos bidimensionais triangulares e quadriláteros e resolve modelos arbitrados pelo Método de Elementos Finitos, representando estes resultados visualmente e em formato tabular.