Iowa Department of Transportation Office of Research & Analytics Guidance on Data Management Plan (DMP) Requirements for Federally Funded Research Projects

The Iowa Department of Transportation Office of Research & Analytics has created this Guide to help researchers and contractors of the Iowa DOT attain compliance with Federal and Iowa DOT Public Access Policies for transportation-related research publications and datasets. This guide provides direction for filling out the data management plan template (also attached to this record) that will help satisfy Iowa DOT and U.S. DOT requirements.

DMP XV palaeohydrology and palaeoenvironment: initial results and report of 2010 and 2011 fieldwork

This paper reports the results of fieldwork conducted in the 2010 and 2011 DMP field seasons and of analysis of samples collected during these and previous years. Research has involved 1) studying palaeolake sediment outcrops, 2) using ground penetrating radar (GPR) to determine their extent under the Dahān Ubārī, and 3) coring palaeolakes in order to determine their palaeoenvironmental records. Research on these samples is continuing but some initial findings are discussed in this paper. The most extensive palaeolake sediments are found within the al-Mahruqah Formation and were deposited by a giant lake system that developed in the Fazzān Basin during past humid periods. Stratigraphic analysis of Lake Megafazzān sediments suggests two different sedimentary successions, a lake margin succession distinctive for its lacustrine and palaeosol carbonates, and a clastic-dominated, intensely rootleted, basin-centre succession which has terrestrial intervals (aeolian and palaeosols) as well as in the upper parts lacustrine limestones. Both basin margin and basin centre successions are underlain by fluvial deposits. Magnetostratigraphy suggests that the formation may be as old as the mid-Pliocene. After the Lake Megafazzān phase, smaller palaeolakes developed within the basin during subsequent humid periods. One of the largest is found in the Wādī al-Hayāt in the area between Jarma and Ubārī. Similar deposits further west along the Wādī at progressively higher altitudes are interpreted as small lakes and marshes fed by springs issuing from aquifers at the base of the escarpment, last replenished during the Holocene humid phase. Dating of sediments suggests that this was between c. 11 and c. 8 ka. The Wādī ash-Shāţī palaeolake core also provides a Holocene palaeoclimate record that paints a slightly different picture, indicating lake conditions until around 7 ka, whereupon it started oscillating until around 5.5 ka when sedimentation terminates. The reasons for the differences in these records are discussed.

A general genetic approach in Escherichia coli for determining the mechanism(s) of action of tumoricidal agents: application to DMP 840, a tumoricidal agent.

We describe here a simple and easily manipulatable Escherichia coli-based genetic system that permits us to identify bacterial gene products that modulate the sensitivity of bacteria to tumoricidal agents, such as DMP 840, a bisnaphthalimide drug. To the extent that the action of these agents is conserved, these studies may expand our understanding agents is conserved, these studies may expand our understanding of how the agents work in mammalian cells. The approach briefly is to use a library of E. coli genes that are overexpressed in a high copy number vector to select bacterial clones that are resistant to the cytotoxic effects of drugs. AtolC bacterial mutant is used to maximize permeability of cells to hydrophobic organic molecules. By using DMP 840 to model the system, we have identified two genes, designated mdaA and mdaB, that impart resistance to DMP 840 when they are expressed at elevated levels. mdaB maps to E. coli map coordinate 66, is located between the parE and parC genes, and encodes a protein of 22 kDa. mdaA maps to E. coli map coordinate 18, is located adjacent to the glutaredoxin (grx) gene, and encodes a protein of 24 kDa. Specific and regulatable overproduction of both of these proteins correlates with DMP 840 resistance. Overproduction of the MdaB protein also imparts resistance to two mammalian topoisomerase inhibitors, Adriamycin and etoposide. In contrast, overproduction of the MdaA protein produces resistance only to Adriamycin. Based on its drug-resistance properties and its location between genes that encode the two subunits of the bacterial topoisomerase IV, we suggest that mdaB acts by modulating topoisomerase IV activity. The location of the mdaA gene adjacent to grx suggests it acts by a drug detoxification mechanism.

Effect of a sequential education and monitoring programme on quality-of-life components in heart failure

Aims Trials of disease management programmes (DMP) in heart failure (HF) have shown controversial results regarding quality of life. We hypothesized that a DMP applied over the long-term could produce different effects on each of the quality-of-life components. Methods and results We extended the prospective, randomized REMADHE Trial, which studied a DMP in HF patients. We analysed changes in Minnesota Living with Heart Failure Questionnaire components in 412 patients, 60.5% male, age 50.2 +/- 11.4 years, left ventricular ejection fraction 34.7 +/- 10.5%. During a mean follow-up of 3.6 +/- 2.2 years, 6.3% of patients underwent heart transplantation and 31.8% died. Global quality-of-life scores improved in the DMP intervention group, compared with controls, respectively: 57.5 +/- 3.1 vs. 52.6 +/- 4.3 at baseline, 32.7 +/- 3.9 vs. 40.2 +/- 6.3 at 6 months, 31.9 +/- 4.3 vs. 41.5 +/- 7.4 at 12 months, 26.8 +/- 3.1 vs. 47.0 +/- 5.3 at the final assessment; P<0.01. Similarly, the physical component (23.7 +/- 1.4 vs. 21.1 +/- 2.2 at baseline, 16.2 +/- 2.9 vs. 18.0 +/- 3.3 at 6 months, 17.3 +/- 2.9 vs. 23.1 +/- 5.7 at 12 months, 11.4 +/- 1.6 vs. 19.9 +/- 2.4 final; P<0.01), the emotional component (13.2 +/- 1.0 vs. 12.1 +/- 1.4 at baseline, 11.7 +/- 2.7 vs. 12.3 +/- 3.1 at 6 months, 12.4 +/- 2.9 vs. 16.8 +/- 5.9 at 12 months, 6.7 +/- 1.0 vs. 10.6 +/- 1.4 final; P<0.01) and the additional questions (20.8 +/- 1.2 vs. 19.3 +/- 1.8 at baseline, 14.3 +/- 2.7 vs. 17.3 +/- 3.1 at 6 months, 12.4 +/- 2.9 vs. 21.0 +/- 5.5 at 12 months, 6.7 +/- 1.4 vs. 17.3 +/- 2.2 final; P<0.01) were better (lower) in the intervention group. The emotional component improved earlier than the others. Post-randomization quality of life was not associated with events. Conclusion Components of the quality-of-life assessment responded differently to DMP. These results indicate the need for individualized DMP strategies in patients with HF. Trial registration information www.clincaltrials.gov NCT00505050-REMADHE.

Heart failure disease management program experience in 4,545 heart failure admissions to a community hospital

Background Disease management programs (DMPs) are developed to address the high morbi-mortality and costs of congestive heart failure (CHF). Most studies have focused on intensive programs in academic centers. Washington County Hospital (WCH) in Hagerstown, MD, the primary reference to a semirural county, established a CHF DMP in 2001 with standardized documentation of screening and participation. Linkage to electronic records and state vital statistics enabled examination of the CHF population including individuals participating and those ineligible for the program. Methods All WCH inpatients with CHF International Classification of Diseases, Ninth Revision code in any position of the hospital list discharged alive. Results Of 4,545 consecutive CHF admissions, only 10% enrolled and of those only 52.2% made a call. Enrollment in the program was related to: age (OR 0.64 per decade older, 95% CI 0.58-0.70), CHF as the main reason for admission (OR 3.58, 95% CI 2.4-4.8), previous admission for CHF (OR 1.14, 95% CI 1.09-1.2), and shorter hospital stay (OR 0.94 per day longer, 95% CI 0.87-0.99). Among DMP participants mortality rates were lowest in the first month (80/1000 person-years) and increased subsequently. The opposite mortality trend occurred in nonenrolled groups with mortality in the first month of 814 per 1000 person-years in refusers and even higher in ineligible (1569/1000 person-years). This difference remained significant after adjustment. Re-admission rates were lower among participants who called consistently (adjusted incidence rate ratio 0.62, 95% CI 0.52-0.77). Conclusion Only a small and highly select group participated in a low-intensity DMP for CHF in a community-based hospital. Design of DMPs should incorporate these strong selective factors to maximize program impact. (Am Heart J 2009; 15 8:459-66.)

A Comparison of the Home Range Sizes of Mainland and Island Populations of Black-Faced Lion Tamarins (Leontopithecus caissara) Using Different Spatial Analysis

The critically endangered black-faced lion tamarin, Leontopithecus caissara, has a restricted geographical distribution consisting of small mainland and island populations, each with distinct habitats in coastal southeastern Brazil. Necessary conservation management actions require an assessment of whether differences in habitats are reflected in use of space by the species. We studied two tamarin groups on the mainland at Sao Paulo state between August 2005 and March 2007, and compared the results with data from Superagui Island. Three home range estimators were used: minimum convex polygon (MCP), Kernel, and the new technique presented dissolved monthly polygons (DMP). These resulted, respectively, in home ranges of 345, 297, and 282 ha for the 12-month duration of the study. Spatial overlap of mainland groups was extensive, whereas temporal overlap was not, a pattern that indicates resource partitioning is an important strategy to avoid intraspecific competition. L. caissara large home ranges seem to be dynamic, with constant incorporation of new areas and abandonment of others through time. The main difference between mainland and island groups is the amount and variety of sleeping sites. A better understanding of the home range sizes, day range lengths, and territorial behavior of this species will aid in developing better management strategies for its protection. Additionally, the presented DMP protocol is a useful improvement over the MCP method as it results in more realistic home range sizes for wildlife species. Am. J. Primatol. 73: 1114-1126, 2011. (C) 2011 Wiley Periodicals, Inc.

Immunocytochemical detection of dentine matrix protein 1 in experimentally induced reactionary and reparative dentine in rat incisors

Objective: Although the general mechanisms of dentinogenesis are understood, several aspects regarding tertiary dentine formation still deserve investigation, especially regarding the presence and distribution of some noncollagenous matrix proteins. As dentine matrix protein 1 (DMP 1) is present in primary dentine, it is possible that this protein may also be present in the dentine matrix secreted after injury, but there are no immunocytochemical studies attempting its detection in tertiary dentine. The aim of this study was to examine the ultrastructural immunolocalization of DMP 1 in the tertiary dentine after extrusion of the rat incisor. Study design: Upper incisors were extruded 3 mm and then repositioned into their sockets. After several periods, the incisors were fixed and processed for transmission electron microscopy and for immunocytochemistry for DMP 1. Results: Extrusion yielded both types of tertiary dentine, which varied in aspect and related cells. DMP 1 was found in the mineralized matrix of all types of dentine, presenting high affinity for collagen, but rare colloidal gold particles over predentine. DMP 1 was evident in the supranuclear region and inside the nucleus of some odontoblast-like cells. Conclusion: The observed association between DMP 1 and collagen seem to be essential for reactionary and reparative dentine formation. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Modelos de regressão para estimação do volume de árvores comerciais, em florestas de Paragominas

Em fevereiro de 2009, o Ministério do Meio Ambiente criou a Resolução CONAMA 406, que determina que, a partir do segundo Plano Operacional Anual (POA), só será aceito, pelo órgão ambiental competente, o cálculo do volume de árvores em pé, mediante equação de volume, desenvolvida especificamente para o Plano de Manejo Florestal Sustentável (PMFS). Em função disso, necessita-se especificar um modelo estatístico para estimar o volume comercial das árvores. Neste trabalho, ajustou-se o modelo estatístico às informações coletadas em povoamento de floresta Ombrófila densa, localizada no município de Paragominas, Estado do Pará, com o objetivo de selecionar o de melhor ajuste e precisão. A amostra foi composta de 234 árvores, distribuídas em sete classes diamétricas, com amplitudes de 12 cm, no intervalo de 49 até 127 cm. Obteve-se o volume real, medindo-se as circunferências nas secções, a cada 2 m, determinando-se o CAP e a altura comercial real. A seleção para a escolha do melhor modelo teve como referência o valor da estatística F, o mais alto coeficiente de determinação (R²), o menor erro padrão da estimativa em percentagem (Syx%) e a análise de resíduos, por meio do Desvio Médio Porcentual (DMP). Com base nas estatísticas mencionadas, concluiu-se que o melhor entre os modelos tradicionais, a ser empregado na área, foi o proposto por Schumacher-Hall. Finalmente, concluiu-se que o modelo alternativo, com variável dummy, é melhor e deve ser o adotado em florestas nativas da Amazônia.

Diabetic Mastopathy: a Case Report

Diabetic mastopathy (DMP) is an uncommon collection of clinical, radiological, and histological features, classically described in premenopausal women with long-term insulin-dependent diabetes mellitus. This entity can mimic breast carcinoma, but, in the appropriate clinical and imaging setting, the diagnosis can be made by core biopsy, avoiding unnecessary surgeries. We report the case of a 34-year-old female, with a 12-year history of type 1 diabetes, who presented with bilateral breast lumps. Mammography, ultrasonography, and magnetic resonance imaging could not exclude the suspicion of malignancy, and a core biopsy was performed showing the typical histologic features of DMP. The literature is briefly reviewed.

Laccase immobilization on bacterial nanocellulose membranes: antimicrobial, kinetic and stability properties

This work studied the physical immobilization of a commercial laccase on bacterial nanocellulose (BNC) aiming to identify the laccase antibacterial properties suitable for wound dressings. Physico-chemical analysis demonstrates that the BNC structure is manly formed by pure crystalline I cellulose. The pH optimum and activation energy of free laccase depends on the substrate employed corresponding to pH 6, 7, 3 and 57, 22, 48 kJ mol1 for 2,6-dimethylphenol (DMP), catechol and 2,2 -azino-bis-(3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid) (ABTS), respectively. The Michaelis-Menten constant (Km) value for the immobilized laccase (0.77 mM) was found to be almost double of that of the free enzyme (0.42 mM). However, the specific activities of immobilized and free laccase are similar suggesting that the cage-like structure of BNC allows entrapped laccase to maintain some flexibility and favour substrate accessibility. The results clearly show the antimicrobial effect of laccase in Gram-positive (92%) and Gram-negative (26%) bacteria and cytotoxicity acceptable for wound dressing applications.

Novo método para calcular o diâmetro médio de agregados de solos

Ao calcular o diâmetro médio ponderado (DMP) ou o diâmetro médio geométrico (DMG) de uma amostra de solo, ponderam-se o diâmetro médio aritmético (no caso do DMP) ou o logarítmico (no caso do DMG) de cada classe pela massa de agregados nela retida. A média aritmética de cada classe, multiplicada pela massa de agregados retidos na respectiva classe, apenas é correta, quando ocorrer uma distribuição simétrica de massa de agregados dentro de cada classe, o que é muito pouco provável. O objetivo deste trabalho, desenvolvido no final de 1996 no Departamento de Solos da UFRGS, Porto Alegre, é propor um novo método para o cálculo do diâmetro médio dos agregados, presumindo ser a distribuição dentro de cada classe semelhante à distribuição dos agregados de toda a amostra. Essa proposta pressupõe ser o diâmetro médio da classe mais bem estimado por aquele diâmetro que divide os agregados contidos nela em duas partes de massa igual. Para isso foi apresentado um procedimento de cálculo, e o diâmetro médio assim encontrado foi denominado "diâmetro médio ajustado" (DMA). Para testar o método, utilizaram-se dados existentes de vários solos, condições de manejo do solo e rotações de culturas. Considerando os resultados, justifica-se a utilização do parâmetro DMA no lugar do DMP ou DMG, por representar mais corretamente o diâmetro médio dos agregados de uma amostra de solo.

Estabilidade dos agregados e sua relação com o teor de carbono orgânico num latossolo roxo distrófico, em função de sistemas de plantio, rotações de culturas e métodos de preparo das amostras

O tamanho dos agregados do solo e o estado de agregação podem ser influenciados por diferentes processos de manejo e práticas culturais que alteram o teor de matéria orgânica e a atividade biológica do solo. O objetivo do trabalho foi verificar as relações entre o teor de C-orgânico e o tamanho e estabilidade dos agregados do solo em dois sistemas de plantio (convencional e direto) e três rotações de culturas (milho/trigo/milho, soja/trigo/milho e soja/trigo/soja), submetendo-se as amostras a dois processos de preparo: uso das peneiras de 4 e 8 mm antes do tamisamento úmido. O trabalho foi executado em 1990, usando-se amostras de solo, coletadas num experimento com 14 anos de duração, localizado em Londrina, PR, num Latossolo Roxo (Typic Haplorthox). As amostras de solo foram coletadas em 5 de abril de 1990, em duas profundidades: 0-10 e 10-20 cm. Os índices de agregação determinados foram: o diâmetro médio ponderado (DMP), o diâmetro médio geométrico (DMG) e o índice de estabilidade de agregados (IEA). Os resultados mostraram que o sistema de plantio direto melhorou o estado de agregação do solo com o incremento do teor de C-orgânico, sobretudo na camada de 0-10 cm, onde os valores de DMP e DMG foram significativamente superiores. A agregação tendeu a aumentar quando a sucessão de culturas incluiu espécie de relação C/N mais alta (milho). O aumento do teor de C-orgânico resultou em aumento do IEA pela diminuição de agregados das classes com diâmetro < 0,25 mm e aumento das classes de diâmetro maior. Os métodos de preparo das amostras produziram diferenças na agregação do solo, tendo o preparo com peneira 8 mm melhorado a sensibilidade para determinar o estado de agregação em função dos processos de manejo.

Efeito da cobertura viva com leguminosas herbáceas perenes na agregação de um argissolo

O presente trabalho foi desenvolvido na área do Campo Experimental da Embrapa Agrobiologia, Seropédica (RJ), com o objetivo de avaliar a morfologia e a distribuição de raízes de algumas leguminosas herbáceas perenes; os efeitos da cobertura viva no teor de carbono orgânico, e a agregação de um Argissolo Vermelho-Amarelo distrófico, medida pela estabilidade dos agregados em água. O delineamento experimental adotado foi o de blocos casualizados, com três repetições. Os tratamentos consistiram de três diferentes espécies de leguminosas herbáceas perenes e um tratamento-controle sem cobertura viva (capinado). As leguminosas utilizadas foram amendoim forrageiro (Arachis pintoi), cudzu tropical(Pueraria phaseoloides) e siratro (Macroptilium Atropurpureum). Para a estabilidade de agregados, as profundidades de amostragem foram 0-5 e 5-10 cm, enquanto, para a morfologia e distribuição radicular, as avaliações consistiram das profundidades 0-5, 5-10, 10-20 e 20-40 cm. As coberturas com as leguminosas amendoim forrageiro e cudzu tropical propiciaram os maiores valores percentuais na classe de agregados > 2,00 mm, em média 38 % superiores aos obtidos na área capinada. Os valores do diâmetro médio ponderado (DMP) dos agregados no solo com cobertura de leguminosas foram superiores aos da área capinada para ambas as camadas, o que demonstra o efeito favorável das coberturas vivas na estabilização dos agregados do solo. A cobertura viva de amendoim forrageiro proporcionou incremento no teor de carbono orgânico no solo. Quanto aos atributos morfológicos das raízes, verificou-se que o amendoim forrageiro apresentou raio radicular intermediário entre as demais espécies e área e massa radicular maiores, o que auxiliou na interpretação do efeito positivo da cobertura viva com essa espécie na agregação do solo.

Estabilidade de agregados de um planossolo sob diferentes sistemas de manejo

Os solos de várzea no Rio Grande do Sul, considerando a heterogeneidade do material de origem e os diferentes graus de hidromorfismo, apresentam grandes variações nas suas características morfológicas, físicas, químicas e mineralógicas. Sua principal exploração tem ocorrido por meio do binômio: arroz irrigado e pecuária de corte, freqüentemente de baixa rentabilidade. A introdução de espécies de sequeiro em rotação e/ou sucessão com o arroz irrigado vem sendo apregoada para aumentar a utilização desses solos, permitir maior controle de plantas daninhas do arroz irrigado e melhorar o seu estado físico degradado mediante sistemas que envolvam menor mobilização do solo. Nesse contexto, avaliou-se o efeito de sistemas de preparo convencional (SC), cultivo mínimo (CM), semeadura direta (SD) e pré-germinado (PG) sobre o estado de agregação de um Planossolo Hidromórfico eutrófico, por meio dos seguintes atributos: distribuição de agregados estáveis em água em diferentes classes de tamanho e diâmetro médio ponderado dos agregados (DMP). O experimento vem sendo realizado desde 1995/96 e encontra-se instalado na Estação Experimental de Terras Baixas (ETB) da Embrapa - Clima Temperado, no município do Capão do Leão (RS). Após três anos, o sistema de manejo SD favoreceu a formação de agregados de maior tamanho, originando maior diâmetro médio ponderado de agregados, enquanto o sistema de plantio PG proporcionou a maior concentração de agregados do solo na classe de menor tamanho, com menor diâmetro médio ponderado dos agregados. O diâmetro médio ponderado de agregados do solo correlacionou-se linear e positivamente com o C-orgânico, não apresentando correlação com a argila dispersa em água.

Atributos físicos, químicos e biológicos relacionados com a estabilidade de agregados de dois latossolos em plantio direto no Estado de São Paulo

Com o objetivo de verificar a influência de atributos físicos, químicos e biológicos na estabilidade de agregados em água de dois Latossolos sob plantio direto há mais de quatro anos, foi amostrada a camada de 0-10 cm de duas áreas, utilizando uma grade de amostragem de 100 m entre pontos, georreferenciados com DGPS. Uma das áreas está localizada no município de Campos Novos Paulista, SP (22 º 36 ' 11 " latitude e 50 º 00 ' 09 " longitude) em um Latossolo Vermelho distrófico típico álico textura média A moderado (LVd-CNP), e a outra se localiza no município de Angatuba, SP (23 º 29 ' 23 " latitude e 48 º 24 ' 46 " longitude), em Latossolo Vermelho distrófico típico álico textura argilosa A moderado (LVd-Anga). Os valores do diâmetro médio ponderado (DMP) e dos atributos físicos, químicos e biológicos foram analisados mediante regressões lineares múltiplas, em pré-tratamentos com água, álcool e benzeno. Os resultados mostraram que a matéria orgânica, a comunidade bacteriana e os teores de Fe, de K e de argila foram os principais agentes agregantes. Em áreas com baixos teores de argila e altos teores de areia fina, baixos índices de estabilidade foram encontrados. Mesmo estando sob plantio direto há mais de quatro anos, o LVd-CNP mostrou índices de estabilidade de agregados muito baixos, graças, principalmente, ao seu alto conteúdo de areia fina. Em relação ao LVd-CNP, o LVd-Anga apresentou índices de agregação mais elevados, principalmente por causa do alto teor de argila e maior quantidade de matéria orgânica.