Recueil de pièces pour l'histoire des relations de la France avec les pays voisins, Angleterre, Pays-Bas, Suisse, Espagne et Italie. I.

Journal des voyages du protonotaire de Noailles (François de Noailles, plus tard évêque de Dax) en Angleterre, 1554-1555 (fol. 22). — Pièces sur le droit de dévolution en Brabant (fol. 85). — « L'ordre tenu au service faict... pour feu Monsr de Gheldres », sept. 1538 (fol. 143). — Mémoire sur la famille des rois de Danemark et sur divers points de généalogie, envoyé en 1626 par le fils aîné du prince d'Anhalt, plus tard Christiern II, prince d'Anhalt-Bernbourg (fol. 154). — Lettre originale de M. de Maillet, datée du Caire, 17 sept. 1693 (fol. 178), suivie d'un Mémoire sur quelques anciens usages des Égyptiens comparés aux usages actuels (fol. 181). — Mémoires sur les armes que doit porter Philippe V, roi d'Espagne (fol. 222). — « Harangue de M. Servien à MM. les États de Hollande » (fol. 235). — Protocole des souverains, etc., dans leurs lettres à Louis XIII (fol. 303). — « L'Abscheid et résolution faicte par les trois Ligues grises de la journée tenue en la ville de Coire, le treiziesme jour de janvier 1567 » (fol. 349).

La grève au Canada et aux États-Unis : d’un passé glorieux à un avenir incertain

Un résumé en anglais est également disponible.

Noyaux conceptuels et traduction médicale

Département de linguistique et de traduction

Estimation des longueurs de branche et artefact sur la datation moléculaire

La phylogénie moléculaire fournit un outil complémentaire aux études paléontologiques et géologiques en permettant la construction des relations phylogénétiques entre espèces ainsi que l’estimation du temps de leur divergence. Cependant lorsqu’un arbre phylogénétique est inféré, les chercheurs se focalisent surtout sur la topologie, c'est-à-dire l’ordre de branchement relatif des différents nœuds. Les longueurs des branches de cette phylogénie sont souvent considérées comme des sous-produits, des paramètres de nuisances apportant peu d’information. Elles constituent cependant l’information primaire pour réaliser des datations moléculaires. Or la saturation, la présence de substitutions multiples à une même position, est un artefact qui conduit à une sous-estimation systématique des longueurs de branche. Nous avons décidé d’estimer l‘influence de la saturation et son impact sur l’estimation de l’âge de divergence. Nous avons choisi d’étudier le génome mitochondrial des mammifères qui est supposé avoir un niveau élevé de saturation et qui est disponible pour de nombreuses espèces. De plus, les relations phylogénétiques des mammifères sont connues, ce qui nous a permis de fixer la topologie, contrôlant ainsi un des paramètres influant la longueur des branches. Nous avons utilisé principalement deux méthodes pour améliorer la détection des substitutions multiples : (i) l’augmentation du nombre d’espèces afin de briser les plus longues branches de l’arbre et (ii) des modèles d’évolution des séquences plus ou moins réalistes. Les résultats montrèrent que la sous-estimation des longueurs de branche était très importante (jusqu'à un facteur de 3) et que l’utilisation d'un grand nombre d’espèces est un facteur qui influence beaucoup plus la détection de substitutions multiples que l’amélioration des modèles d’évolutions de séquences. Cela suggère que même les modèles d’évolution les plus complexes disponibles actuellement, (exemple: modèle CAT+Covarion, qui prend en compte l’hétérogénéité des processus de substitution entre positions et des vitesses d’évolution au cours du temps) sont encore loin de capter toute la complexité des processus biologiques. Malgré l’importance de la sous-estimation des longueurs de branche, l’impact sur les datations est apparu être relativement faible, car la sous-estimation est plus ou moins homothétique. Cela est particulièrement vrai pour les modèles d’évolution. Cependant, comme les substitutions multiples sont le plus efficacement détectées en brisant les branches en fragments les plus courts possibles via l’ajout d’espèces, se pose le problème du biais dans l’échantillonnage taxonomique, biais dû à l‘extinction pendant l’histoire de la vie sur terre. Comme ce biais entraine une sous-estimation non-homothétique, nous considérons qu’il est indispensable d’améliorer les modèles d’évolution des séquences et proposons que le protocole élaboré dans ce travail permettra d’évaluer leur efficacité vis-à-vis de la saturation.

Déconstruction et reconstruction des communautés de pratique dans les organisations de santé professionnelles : le cas des fusions d'hôpitaux universitaires

Cette étude qui s’inscrit dans la perspective de l’action située, vise à comprendre le phénomène de (re)construction des communautés de pratique (CoPs) en contexte de fusion hospitalière. La recherche repose sur un devis d’étude de cas longitudinale qui combine plusieurs sources de données : documentaires, d’entretiens semi-directifs et d’observations de terrain. La stratégie d’analyse combine deux méthodes : l’une processuelle, permettant un ordonnancement temporel de récits d’événements et d'activités qui ont contribué à situer l’action dans le temps; l’autre selon l’approche de la théorisation ancrée, a permis la comparaison des données par leur regroupement systématique en catégories et sous catégories, tout au long de la collecte des données. La démarche de recherche processuelle adoptée, nous a conduit à révéler la dynamique de construction d’une communauté de pratique (CoP) à partir des caractéristiques inter reliées, identifiées dans la littérature et qui font référence à un engagement mutuel, une entreprise commune et un répertoire partagé. Ainsi, nos analyses montrent que le domaine d’action qui vient délimiter les points de convergence des participants, constitue le dénominateur commun de la pratique de la communauté qui met à jour des savoirs tacites et explicites qui s’échangent et se développent dans le temps. Cette pratique partagée, éminemment sociale, génère des connaissances et des règles négociées et entretenues par les membres dans le cadre de leurs rencontres. Nos analyses révèlent également que le processus d’évolution d’une communauté de pratique, s’inscrit dans une trajectoire d’apprentissages continue où se combinent de façon dynamique, des temps de participation intense, propices à la construction progressive d’une compréhension commune et négociée du domaine d’action (participation) et des temps de mise en forme de ces représentations (réification). Ici, la dialectique participation/réification qui se donne à voir, révèle un véritable travail d’organisation où la construction du sens à donner à l’action s’instruit à l’aune d’une régulation sociale omniprésente. Toutefois, le résultat de la régulation sociale, n’implique pas de facto, la rencontre d’une régulation conjointe. Plutôt, nos résultats mettent à jour un ensemble de régulations, tantôt concurrentes, tantôt en équilibre en regard du contexte dans lequel sont placés les acteurs. Enfin, nos résultats sur la dynamique de (re)construction des communautés de pratique en contexte de fusion, permettent d’appréhender le changement organisationnel non plus sous ses seuls aspects stratégiques et en direction des équipes dirigeantes, mais également sous l’angle des capacités d’acteurs « ordinaires » à l’initier dans une perspective continue et située.

Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.

Statistical potentials for evolutionary studies

Les séquences protéiques naturelles sont le résultat net de l’interaction entre les mécanismes de mutation, de sélection naturelle et de dérive stochastique au cours des temps évolutifs. Les modèles probabilistes d’évolution moléculaire qui tiennent compte de ces différents facteurs ont été substantiellement améliorés au cours des dernières années. En particulier, ont été proposés des modèles incorporant explicitement la structure des protéines et les interdépendances entre sites, ainsi que les outils statistiques pour évaluer la performance de ces modèles. Toutefois, en dépit des avancées significatives dans cette direction, seules des représentations très simplifiées de la structure protéique ont été utilisées jusqu’à présent. Dans ce contexte, le sujet général de cette thèse est la modélisation de la structure tridimensionnelle des protéines, en tenant compte des limitations pratiques imposées par l’utilisation de méthodes phylogénétiques très gourmandes en temps de calcul. Dans un premier temps, une méthode statistique générale est présentée, visant à optimiser les paramètres d’un potentiel statistique (qui est une pseudo-énergie mesurant la compatibilité séquence-structure). La forme fonctionnelle du potentiel est par la suite raffinée, en augmentant le niveau de détails dans la description structurale sans alourdir les coûts computationnels. Plusieurs éléments structuraux sont explorés : interactions entre pairs de résidus, accessibilité au solvant, conformation de la chaîne principale et flexibilité. Les potentiels sont ensuite inclus dans un modèle d’évolution et leur performance est évaluée en termes d’ajustement statistique à des données réelles, et contrastée avec des modèles d’évolution standards. Finalement, le nouveau modèle structurellement contraint ainsi obtenu est utilisé pour mieux comprendre les relations entre niveau d’expression des gènes et sélection et conservation de leur séquence protéique.

Afro-descendance au Brésil et en Haïti : étude comparative des théologies noires de 1986 à 2004

Notre recherche analyse des discours théologiques qui épousent les traits caractéristiques de l’afro-descendance dans des ouvrages de l’Atabaque et de la Conférence Haïtienne des Religieux et Religieuses (CHR). Ces publications permettent de nommer la réflexion théologique afro-brésilienne et haïtienne comme l’expression d’un engagement au sein d’un Brésil multiculturel et métissé et d’une Haïti noire. Elles se réfèrent à la lutte des Afro-descendants et à leur résistance contre ce qu’ils considèrent comme les conséquences de la période de l’esclavage commencée au XVIe siècle qui oppriment encore des Noirs au XXIe siècle et empêchent leur pleine émancipation. Elles font partie d’une démarche postcolonialiste de changement qui inclut l’inculturation et la reconnaissance des forces des religions de matrices africaines dans leur quête d’une pleine libération des Noirs. Notre démarche, basée sur l’étude comparative des contenus de ces théologies développées au Brésil et en Haïti, met en relief des éléments essentiels de deux courants distincts de production théologique de 1986 à 2004. Cette délimitation correspond à la période de publication du résultat de trois consultations sur les théologies noires au Brésil en 1986, en 1995 et en 2004. Les ouvrages de la CHR datent de 1991 à 1999. Notre étude permet de suivre la pratique de la foi chrétienne qui s’y dégage, l’élaboration et le parcours d’évolution de cette pensée. Teologia Negra et théologie haïtienne représentent deux manières distinctes de faire de la théologie noire. Une comparaison entre les deux contextes n’a jamais été faite jusqu’à présent. Cette recherche a conduit au constat selon lequel trois paradigmes peuvent englober les principaux aspects des courants théologiques afro-brésiliens et haïtiens. Nous relevons des convergences et des divergences des paradigmes de l’inculturation libératrice, du postcolonialisme et du pluralisme religieux. La réflexion théologique afro-brésilienne est vue comme une démarche sociopolitique, ancrée surtout dans la promotion des actions positives qui consistent à favoriser l’insertion des Noirs en situation relativement minoritaire dans une société multiculturelle. En Haïti, où les Noirs sont en situation majoritaire, cette réflexion théologique va dans la direction de la sauvegarde des racines historiques en vue de motiver des changements dans une société de Noirs. Cette optique de la question des Noirs, interprétée sous un nouvel angle, offre de nouvelles pistes de réflexion théologique en même temps qu’elle renforce les revendications culturelles des Afro-Brésiliens et des Afro-Haïtiens dans le but d’élaborer un nouveau discours théologique. Notre thèse contribue à mettre en évidence deux institutions qui se dévouent à la cause des Afro-Brésiliens et des Afro-Haïtiens. L’œuvre de l’Atabaque et de la CHR témoigne du fait que celles-ci ont été susceptibles d’agir collectivement en contribuant à la diversité de la réflexion théologique des Afro-descendants, en soutenant un processus de solidarité entre les victimes permanentes du racisme explicite et implicite. Notre étude suscite l’ouverture vers le développement d’une théologie de la rencontre au sein des théologies noires tout en érigeant le défi de construire un réseau Brésil-Haïti à partir des Afro-descendants. Finalement, la spécificité de ces théologies contribue à inspirer le christianisme latino-américain et des Caraïbes et cette réflexion ne se limite pas seulement à ces deux pays, mais s’étend à d’autres contextes latino-américains ou africains.

Prévalence et signification fonctionnelle des mouvements périodiques des jambes

Les mouvements périodiques des jambes sont de courts mouvements involontaires qui surviennent de façon périodique au cours du sommeil ou de l’éveil. Ils sont présents dans certains troubles du sommeil, mais également chez des sujets sans plainte reliée au sommeil. Le premier objectif de cette thèse visait une meilleure description de la prévalence de ces mouvements. Nous avons montré que chez les sujets sans plainte de sommeil, la prévalence des mouvements périodiques des jambes en sommeil augmentait de façon importante à partir d’environ 40 ans, tandis que l’index des mouvements périodiques des jambes à l’éveil évoluait avec l’âge selon une courbe en U. Chez les sujets atteints de narcolepsie, on retrouvait davantage de mouvements périodiques des jambes que chez les sujets témoins, mais leur patron d’évolution avec l’âge était similaire. Le deuxième objectif de cette thèse visait l’étude des mouvements périodiques des jambes en relation avec le système nerveux autonome cardiovasculaire. Nous avons non seulement confirmé la présence d’une tachycardie suivie d’une bradycardie lors des mouvements périodiques des jambes durant le sommeil chez les patients atteints du syndrome d’impatiences musculaires à l’éveil et chez les sujets sans plainte de sommeil, mais nous avons également décrit ces mêmes changements de la fréquence cardiaque, quoiqu’avec une plus faible amplitude, chez les sujets atteints de narcolepsie. Finalement, nous avons montré pour la première fois que les mouvements périodiques des jambes en sommeil des sujets atteints du syndrome d’impatiences musculaires à l’éveil et des sujets sans plainte de sommeil étaient aussi associés à des augmentations importantes et significatives de la pression artérielle.

Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance

Les gènes codant pour des protéines peuvent souvent être regroupés et intégrés en modules fonctionnels par rapport à un organelle. Ces modules peuvent avoir des composantes qui suivent une évolution corrélée pouvant être conditionnelle à un phénotype donné. Les gènes liés à la motilité possèdent cette caractéristique, car ils se suivent en cascade en réponse à des stimuli extérieurs. L’hyperthermophilie, d’autre part, est interreliée à la reverse gyrase, cependant aucun autre élément qui pourrait y être associé avec certitude n’est connu. Ceci peut être dû à un déplacement de gènes non orthologues encore non résolu. En utilisant une approche bio-informatique, une modélisation mathématique d’évolution conditionnelle corrélée pour trois gènes a été développée et appliquée sur des profils phylétiques d’archaea. Ceci a permis d’établir des théories quant à la fonction potentielle du gène du flagelle FlaD/E ainsi que l’histoire évolutive des gènes lui étant liés et ayant contribué à sa formation. De plus, une histoire évolutive théorique a été établie pour une ligase liée à l’hyperthermophilie.

Impacts potentiels d’un changement climatique sur le pergélisol dans le nord canadien

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Amélioration de l'exactitude de l'inférence phylogénomique

L’explosion du nombre de séquences permet à la phylogénomique, c’est-à-dire l’étude des liens de parenté entre espèces à partir de grands alignements multi-gènes, de prendre son essor. C’est incontestablement un moyen de pallier aux erreurs stochastiques des phylogénies simple gène, mais de nombreux problèmes demeurent malgré les progrès réalisés dans la modélisation du processus évolutif. Dans cette thèse, nous nous attachons à caractériser certains aspects du mauvais ajustement du modèle aux données, et à étudier leur impact sur l’exactitude de l’inférence. Contrairement à l’hétérotachie, la variation au cours du temps du processus de substitution en acides aminés a reçu peu d’attention jusqu’alors. Non seulement nous montrons que cette hétérogénéité est largement répandue chez les animaux, mais aussi que son existence peut nuire à la qualité de l’inférence phylogénomique. Ainsi en l’absence d’un modèle adéquat, la suppression des colonnes hétérogènes, mal gérées par le modèle, peut faire disparaître un artéfact de reconstruction. Dans un cadre phylogénomique, les techniques de séquençage utilisées impliquent souvent que tous les gènes ne sont pas présents pour toutes les espèces. La controverse sur l’impact de la quantité de cellules vides a récemment été réactualisée, mais la majorité des études sur les données manquantes sont faites sur de petits jeux de séquences simulées. Nous nous sommes donc intéressés à quantifier cet impact dans le cas d’un large alignement de données réelles. Pour un taux raisonnable de données manquantes, il appert que l’incomplétude de l’alignement affecte moins l’exactitude de l’inférence que le choix du modèle. Au contraire, l’ajout d’une séquence incomplète mais qui casse une longue branche peut restaurer, au moins partiellement, une phylogénie erronée. Comme les violations de modèle constituent toujours la limitation majeure dans l’exactitude de l’inférence phylogénétique, l’amélioration de l’échantillonnage des espèces et des gènes reste une alternative utile en l’absence d’un modèle adéquat. Nous avons donc développé un logiciel de sélection de séquences qui construit des jeux de données reproductibles, en se basant sur la quantité de données présentes, la vitesse d’évolution et les biais de composition. Lors de cette étude nous avons montré que l’expertise humaine apporte pour l’instant encore un savoir incontournable. Les différentes analyses réalisées pour cette thèse concluent à l’importance primordiale du modèle évolutif.