Social meets molecular: Combining phylogenetic and latent class analyses to understand HIV-1 transmission in Switzerland.

Switzerland has a complex human immunodeficiency virus (HIV) epidemic involving several populations. We examined transmission of HIV type 1 (HIV-1) in a national cohort study. Latent class analysis was used to identify socioeconomic and behavioral groups among 6,027 patients enrolled in the Swiss HIV Cohort Study between 2000 and 2011. Phylogenetic analysis of sequence data, available for 4,013 patients, was used to identify transmission clusters. Concordance between sociobehavioral groups and transmission clusters was assessed in correlation and multiple correspondence analyses. A total of 2,696 patients were infected with subtype B, 203 with subtype C, 196 with subtype A, and 733 with recombinant subtypes (mainly CRF02_AG and CRF01_AE). Latent class analysis identified 8 patient groups. Most transmission clusters of subtype B were shared between groups of gay men (groups 1-3) or between the heterosexual groups "heterosexual people of lower socioeconomic position" (group 4) and "injection drug users" (group 8). Clusters linking homosexual and heterosexual groups were associated with "older heterosexual and gay people on welfare" (group 5). "Migrant women in heterosexual partnerships" (group 6) and "heterosexual migrants on welfare" (group 7) shared non-B clusters with groups 4 and 5. Combining approaches from social and molecular epidemiology can provide insights into HIV-1 transmission and inform the design of prevention strategies.

Social Meets Molecular: Combining Phylogenetic and Latent Class Analyses to Understand HIV-1 Transmission in Switzerland

Switzerland has a complex human immunodeficiency virus (HIV) epidemic involving several populations. We examined transmission of HIV type 1 (HIV-1) in a national cohort study. Latent class analysis was used to identify socioeconomic and behavioral groups among 6,027 patients enrolled in the Swiss HIV Cohort Study between 2000 and 2011. Phylogenetic analysis of sequence data, available for 4,013 patients, was used to identify transmission clusters. Concordance between sociobehavioral groups and transmission clusters was assessed in correlation and multiple correspondence analyses. A total of 2,696 patients were infected with subtype B, 203 with subtype C, 196 with subtype A, and 733 with recombinant subtypes (mainly CRF02_AG and CRF01_AE). Latent class analysis identified 8 patient groups. Most transmission clusters of subtype B were shared between groups of gay men (groups 1-3) or between the heterosexual groups "heterosexual people of lower socioeconomic position" (group 4) and "injection drug users" (group 8). Clusters linking homosexual and heterosexual groups were associated with "older heterosexual and gay people on welfare" (group 5). "Migrant women in heterosexual partnerships" (group 6) and "heterosexual migrants on welfare" (group 7) shared non-B clusters with groups 4 and 5. Combining approaches from social and molecular epidemiology can provide insights into HIV-1 transmission and inform the design of prevention strategies.

A aprendizagem de conceitos estatísticos numa amostra de alunos do ensino secundário - análise univariada e multivariada

Trabalho de projecto apresentado como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Physiotherapy practice in the private sector: organizational characteristics and models.

BACKGROUND: Even if a large proportion of physiotherapists work in the private sector worldwide, very little is known of the organizations within which they practice. Such knowledge is important to help understand contexts of practice and how they influence the quality of services and patient outcomes. The purpose of this study was to: 1) describe characteristics of organizations where physiotherapists practice in the private sector, and 2) explore the existence of a taxonomy of organizational models. METHODS: This was a cross-sectional quantitative survey of 236 randomly-selected physiotherapists. Participants completed a purpose-designed questionnaire online or by telephone, covering organizational vision, resources, structures and practices. Organizational characteristics were analyzed descriptively, while organizational models were identified by multiple correspondence analyses. RESULTS: Most organizations were for-profit (93.2%), located in urban areas (91.5%), and within buildings containing multiple businesses/organizations (76.7%). The majority included multiple providers (89.8%) from diverse professions, mainly physiotherapy assistants (68.7%), massage therapists (67.3%) and osteopaths (50.2%). Four organizational models were identified: 1) solo practice, 2) middle-scale multiprovider, 3) large-scale multiprovider and 4) mixed. CONCLUSIONS: The results of this study provide a detailed description of the organizations where physiotherapists practice, and highlight the importance of human resources in differentiating organizational models. Further research examining the influences of these organizational characteristics and models on outcomes such as physiotherapists' professional practices and patient outcomes are needed.

Diversity of springtails (Hexapoda) according to a altitudinal gradient

The objective of this work was to elevate gradient effect on diversity of Collembola, in a temperate forest on the northeast slope of Iztaccíhuatl Volcano, Mexico. Four expeditions were organized from November 2003 to August 2004, at four altitudes (2,753, 3,015, 3,250 and 3,687 m a.s.l.). In each site, air temperature, CO2 concentration, humidity, and terrain inclination were measured. The influence of abiotic factors on faunal composition was evaluated, at the four collecting sites, with canonical correspondence analyses (CCA). A total of 24,028 specimens were obtained, representing 12 families, 44 genera and 76 species. Mesaphorura phlorae, Proisotoma ca. tenella and Parisotoma ca. notabilis were the most abundant species. The highest diversity and evenness were recorded at 3,250 m (H' = 2.85; J' = 0.73). Canonical analyses axes 1 and 2 of the CCA explained 67.4% of the variance in species composition, with CO2 and altitude best explaining axis 1, while slope and humidity were better correlated to axis 2. The results showed that CO2 is an important factor to explain Collembola species assemblage, together with slope and humidity.

Dynamic patterns of flow in the workplace: characterizing within-individual variability using a complexity science approach

As a result of the growing interest in studying employee well-being as a complex process that portrays high levels of within-individual variability and evolves over time, this present study considers the experience of flow in the workplace from a nonlinear dynamical systems approach. Our goal is to offer new ways to move the study of employee well-being beyond linear approaches. With nonlinear dynamical systems theory as the backdrop, we conducted a longitudinal study using the experience sampling method and qualitative semi-structured interviews for data collection; 6981 registers of data were collected from a sample of 60 employees. The obtained time series were analyzed using various techniques derived from the nonlinear dynamical systems theory (i.e., recurrence analysis and surrogate data) and multiple correspondence analyses. The results revealed the following: 1) flow in the workplace presents a high degree of within-individual variability; this variability is characterized as chaotic for most of the cases (75%); 2) high levels of flow are associated with chaos; and 3) different dimensions of the flow experience (e.g., merging of action and awareness) as well as individual (e.g., age) and job characteristics (e.g., job tenure) are associated with the emergence of different dynamic patterns (chaotic, linear and random).

La pratique médicale des omnipraticiens : influence des contextes organisationnel et géographique

L’utilisation des services de santé est au centre de l’organisation des soins. La compréhension des processus qui déterminent cette utilisation est essentielle pour agir sur le système de santé et faire en sorte qu’il réponde mieux aux besoins de la population. L’objectif de cette thèse est de comprendre le phénomène complexe qu’est l’utilisation des services de santé en s’intéressant à la pratique des médecins omnipraticiens. En nous appuyant sur le cadre théorique de Donabedian, nous décomposons les déterminants de l’utilisation des services de santé en trois niveaux : le niveau individuel, le niveau organisationnel, et le niveau environnemental. Pour tenir compte de la complexité des phénomènes de cette étude nous proposons de nous appuyer sur l’approche configurationnelle. Notre question de recherche est la suivante : dans quelle mesure le mode d’exercice des omnipraticiens influence-t-il la prestation des services et comment l’environnement géographique et la patientèle modulent-ils cette relation ? Nous avons utilisé des bases de données jumelées du Collège des médecins du Québec, de la Régie d’assurance maladie du Québec et de la banque de données iCLSC. Notre échantillon est constitué des médecins omnipraticiens de l’année 2002, ayant satisfait aux critères d’inclusion, ce qui représente près de 70% de la population totale. Des analyses de correspondances multiples et des classifications ascendantes hiérarchiques ont été utilisées pour réaliser la taxonomie des modes d’exercice et des contextes géographiques. Nous avons construit des indicateurs d’utilisation des services de santé pour apprécier la continuité, la globalité, l’accessibilité et la productivité. Ces indicateurs ont été validés en les comparant à ceux d’une enquête populationnelle. Nous présentons tout d’abord les modes d’exercice des médecins qui sont au nombre de sept. Deux modes d’exercice à lieu unique ont émergé : le mode d’exercice en cabinet privé d'une part, caractérisé par des niveaux de continuité et productivité élevés, le mode d’exercice en CLSC d'autre part présentant un niveau de productivité faible et des niveaux de globalité et d'accessibilité légèrement au-dessus de la moyenne. Dans les cinq autres modes d’exercice, les médecins exercent leur pratique dans une configuration de lieux. Deux modes d’exercice multi-institutionnel réunissent des médecins qui partagent leur temps entre les urgences, les centres hospitaliers et le cabinet privé ou le CLSC. Les médecins de ces deux groupes présentent des niveaux d’accessibilité et de productivité très élevés. Le mode d’exercice le moins actif réunit des médecins travaillant en cabinet privé et en CHLSD. Leur niveau d’activité est inférieur à la moyenne. Ils sont caractérisés par un niveau de continuité très élevé. Le mode d’exercice ambulatoire regroupe des médecins qui partagent leur pratique entre le CLSC, le cabinet privé et le CHLSD. Ces médecins présentent des résultats faibles sur tous les indicateurs. Finalement le mode d’exercice hospitaliste réunit des médecins dont la majorité de la pratique s’exerce en milieu hospitalier avec une petite composante en cabinet privé. Dans ce mode d’exercice tous les indicateurs sont faibles. Les analyses ont mis en évidence quatre groupes de territoires de CSSS : les ruraux, les semi-urbains, les urbains et les métropolitains. La prévalence des modes d’exercice varie selon les contextes. En milieu rural, le multi-institutionnel attire près d’un tiers des médecins. En milieu semi-urbain, les médecins se retrouvent de façon plus prédominante dans les modes d’exercice ayant une composante CLSC. En milieu urbain, les modes d’exercice ayant une composante cabinet privé attirent plus de médecins. En milieu métropolitain, les modes d’exercice moins actif et hospitaliste attirent près de 40% des médecins. Les omnipraticiens se répartissent presque également dans les autres modes d’exercice. Les niveaux des indicateurs varient en fonction de l’environnement géographique. Ainsi l’accessibilité augmente avec le niveau de ruralité. De façon inverse, la productivité augmente avec le niveau d’urbanité. La continuité des soins est plus élevée en régions métropolitaines et rurales. La globalité varie peu d’un contexte à l’autre. Pour pallier à la carence de l’analyse partielle de l’organisation de la pratique des médecins dans la littérature, nous avons créé le concept de mode d’exercice comme la configuration de lieux professionnels de pratique propre à chaque médecin. A notre connaissance, il n’existe pas dans la littérature, d’étude qui ait analysé simultanément quatre indicateurs de l’utilisation des services pour évaluer la prestation des services médicaux, comme nous l’avons fait. Les résultats de nos analyses montrent qu’il existe une différence dans la prestation des services selon le mode d’exercice. Certains des résultats trouvés sont documentés dans la littérature et plus particulièrement quand il s’agit de mode d’exercice à lieu unique. La continuité et la globalité des soins semblent évoluer dans le même sens. De même, la productivité et l’accessibilité sont corrélées positivement. Cependant il existe une tension, entre les premiers indicateurs et les seconds. Seuls les modes d’exercice à lieu unique déjouent l’arbitrage entre les indicateurs, énoncé dans l’état des connaissances. Aucun mode d’exercice ne présente de niveaux élevés pour les quatre indicateurs. Il est donc nécessaire de travailler sur des combinaisons de modes d’exercice, sur des territoires, afin d’offrir à la population les services nécessaires pour l’atteinte concomitante des quatre objectifs de prestation des services. Les modes d’exercice émergents (qui attirent les jeunes médecins) et les modes d’exercice en voie de disparition (où la prévalence des médecins les plus âgés est la plus grande) sont préoccupants. A noter que les modes d’exercice amenés à disparaître répondent mieux aux besoins de santé de la population que les modes d’exercice émergents, au regard de tous nos indicateurs. En conclusion, cette thèse présente trois contributions théoriques et trois contributions méthodologiques. Les implications pour les recherches futures et la décision indiquent que, si aucune mesure n’est mise en place pour renverser la tendance, le Québec risque de vivre des pénuries dans la prestation des services en termes de continuité, globalité et accessibilité.

Factores asociados a mortalidad en pacientes colombianos con enfermedades autoinmunes en la unidad de cuidado intensivo, de un hospital de tercer nivel en Bogotá Colombia

Antecedentes: El interés en las enfermedades autoinmunes (EA) y su desenlace en la unidad de cuidado intensivo (UCI) han incrementado debido al reto clínico que suponen para el diagnóstico y manejo, debido a que la mortalidad en UCI fluctúa entre el 17 – 55 %. El siguiente trabajo representa la experiencia de un año de nuestro grupo en un hospital de tercer nivel. Objetivo: Identificar factores asociados a mortalidad particulares de los pacientes con enfermedades autoinmunes que ingresan a una UCI, de un hospital de tercer nivel en Bogotá, Colombia. Métodos: El uso de análisis de componentes principales basado en el método descriptivo multivariado y análisis de múltiple correspondencia fue realizado para agrupar varias variables relacionadas con asociación significativa y contexto clínico común. Resultados: Cincuenta pacientes adultos con EA con una edad promedio de 46,7 ± 17,55 años fueron evaluados. Los dos diagnósticos más comunes fueron lupus eritematoso sistémico y esclerosis sistémica, con una frecuencia de 45% y 20% de los pacientes respectivamente. La principal causa de admisión en la UCI fue la infección seguido de actividad aguda de la EA, 36% y 24% respectivamente. La mortalidad durante la estancia en UCI fue del 24%. El tiempo de hospitalización antes de la admisión a la UCI, el choque, soporte vasopresor, ventilación mecánica, sepsis abdominal, Glasgow bajo y plasmaféresis fueron factores asociados con mortalidad. Dos fenotipos de variables fueron definidos relacionadas con tiempo en la UCI y medidas de soporte en UCI, las cuales fueron asociadas supervivencia y mortalidad. Conclusiones: La identificación de factores individuales y grupos de factores por medio del análisis de componentes principales permitirá la implementación de medidas terapéutica de manera temprana y agresiva en pacientes con EA en la UCI para evitar desenlaces fatales.

Análises espaciais na identificação das áreas de risco para a esquistossomose mansônica no município de Lauro de Freitas, Bahia, Brasil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

The effect of the land use on phytoplankton assemblages of a Cerrado stream (Brazil)

OBJETIVO: Nosso objetivo foi investigar se o uso do solo do ambiente terrestre adjacente influencia a estrutura das assembleias fitoplanctônicas (composição, riqueza, diversidade e abundância) e biomassa (clorofila-a) em um riacho de Cerrado durante diferentes períodos do ano. MÉTODOS: Os trabalhos de campo foram realizados trimestralmente durante dois anos. RESULTADOS: As variáveis físico-químicas que melhor indicaram as diferenças nas condições da água foram condutividade, oxigênio dissolvido e transparência. Também houve um notável aumento na concentração de nitrogênio, fósforo e material em suspensão na água durante o verão devido aos efeitos da pluviosidade. As assembleias fitoplanctônicas foram compostas por 64 espécies. Cryptophyceae foi o grupo mais abundante, seguido por Bacillariophyceae. Para ambos os anos, a riqueza e a diversidade foram maiores durante a primavera e no outono, enquanto que a abundância do fitoplâncton e a concentração de clorofila-a foram mais elevados durante o outono e verão. A análise de agrupamento e a analise de correspondência canônica mostraram que a sazonalidade e o uso do solo são fatores importantes na estruturação das assembleias ao longo do ano. As alterações nas assembleias fitoplanctônicas ocorreram provavelmente em função da variação na intensidade e freqüência da mistura da água e da entrada de nutrientes oriundo do sistema terrestre adjacente para o aquático. CONCLUSÃO: A estrutura das assembleias fitoplanctônicas mostrou ser altamente influenciada pelo uso do solo, corroborando com a hipótese inicial do trabalho.

Relação entre o desempenho e período de recuperação após enfermidades ósseas do membro torácico distal de cavalos puro sangue inglês

It is well established in the literature that musculoskeletal injuries are important compromising agents in the performance of Thoroughbred horses. In Brazil, there are no studies on the interrelation between lay-up period post-injury and retirement of racehorses due to musculoskeletal injures. The aim of this study is to determine the relationship between rehabilitation times of track injures and variables of prior race performance and later return to competitions. The radiographic reports and athletic history of 416 thoroughbreds during the period between 2003 and 2006 were examined; they were selected based on continued presentations after injury diagnosis. The temporal variables (post-injury rehabilitation time) and performance variables (race score before and after injury) were evaluated by multivariate correspondence analysis of the data and represented in perceptual maps. Correspondence was observed between most of the animals that had a short lay-up post-injury and variables that denote decline in subsequent performance. Considering the integrity of the bone healing process as crucial for the horse to be able to handle later training routines and competitions, shortening this period could lead to an imbalance of the bone repair metabolism, thus resulting in performance decline and compromise of the horse athletic career.

Assembléias zooplanctônicas (Cladocera, Copepoda e Rotifera) e condiçoes limnolócas no gradiente longitudinal barragem-jusante do reservatório de Itaipu, rio Paraná (Brasil, Paraguai e Argentina)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Modelagem da paisagem orientada ao processo decisório da gestão socioambiental na bacia hidrográfica do rio Manso (MT)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)