Medical information extraction in European Portuguese

The electronic storage of medical patient data is becoming a daily experience in most of the practices and hospitals worldwide. However, much of the data available is in free-form text, a convenient way of expressing concepts and events, but especially challenging if one wants to perform automatic searches, summarization or statistical analysis. Information Extraction can relieve some of these problems by offering a semantically informed interpretation and abstraction of the texts. MedInX, the Medical Information eXtraction system presented in this document, is the first information extraction system developed to process textual clinical discharge records written in Portuguese. The main goal of the system is to improve access to the information locked up in unstructured text, and, consequently, the efficiency of the health care process, by allowing faster and reliable access to quality information on health, for both patient and health professionals. MedInX components are based on Natural Language Processing principles, and provide several mechanisms to read, process and utilize external resources, such as terminologies and ontologies, in the process of automatic mapping of free text reports onto a structured representation. However, the flexible and scalable architecture of the system, also allowed its application to the task of Named Entity Recognition on a shared evaluation contest focused on Portuguese general domain free-form texts. The evaluation of the system on a set of authentic hospital discharge letters indicates that the system performs with 95% F-measure, on the task of entity recognition, and 95% precision on the task of relation extraction. Example applications, demonstrating the use of MedInX capabilities in real applications in the hospital setting, are also presented in this document. These applications were designed to answer common clinical problems related with the automatic coding of diagnoses and other health-related conditions described in the documents, according to the international classification systems ICD-9-CM and ICF. The automatic review of the content and completeness of the documents is an example of another developed application, denominated MedInX Clinical Audit system.

Comunicação humano-robô através de linguagem falada

Nos últimos anos, as tecnologias que dão suporte à robótica avançaram expressivamente. É possível encontrar robôs de serviço nos mais variados campos. O próximo passo é o desenvolvimento de robôs inteligentes, com capacidade de comunicação em linguagem falada e de realizar trabalhos úteis em interação/cooperação com humanos. Torna-se necessário, então, encontrar um modo de interagir eficientemente com esses robôs, e com agentes inteligentes de maneira geral, que permita a transmissão de conhecimento em ambos os sentidos. Partiremos da hipótese de que é possível desenvolver um sistema de diálogo baseado em linguagem natural falada que resolva esse problema. Assim, o objetivo principal deste trabalho é a definição, implementação e avaliação de um sistema de diálogo utilizável na interação baseada em linguagem natural falada entre humanos e agentes inteligentes. Ao longo deste texto, mostraremos os principais aspectos da comunicação por linguagem falada, tanto entre os humanos, como também entre humanos e máquinas. Apresentaremos as principais categorias de sistemas de diálogo, com exemplos de alguns sistemas implementados, assim como ferramentas para desenvolvimento e algumas técnicas de avaliação. A seguir, entre outros aspectos, desenvolveremos os seguintes: a evolução levada a efeito na arquitetura computacional do Carl, robô utilizado neste trabalho; o módulo de aquisição e gestão de conhecimento, desenvolvido para dar suporte à interação; e o novo gestor de diálogo, baseado na abordagem de “Estado da Informação”, também concebido e implementado no âmbito desta tese. Por fim, uma avaliação experimental envolvendo a realização de diversas tarefas de interação com vários participantes voluntários demonstrou ser possível interagir com o robô e realizar as tarefas solicitadas. Este trabalho experimental incluiu avaliação parcial de funcionalidades, avaliação global do sistema de diálogo e avaliação de usabilidade.

Model of access to natural language sources in electronic government

For the actual existence of e-government it is necessary and crucial to provide public information and documentation, making its access simple to citizens. A portion, not necessarily small, of these documents is in an unstructured form and in natural language, and consequently outside of which the current search systems are generally able to cope and effectively handle. Thus, in thesis, it is possible to improve access to these contents using systems that process natural language and create structured information, particularly if supported in semantics. In order to put this thesis to test, this work was developed in three major phases: (1) design of a conceptual model integrating the creation of structured information and making it available to various actors, in line with the vision of e-government 2.0; (2) definition and development of a prototype instantiating the key modules of this conceptual model, including ontology based information extraction supported by examples of relevant information, knowledge management and access based on natural language; (3) assessment of the usability and acceptability of querying information as made possible by the prototype - and in consequence of the conceptual model - by users in a realistic scenario, that included comparison with existing forms of access. In addition to this evaluation, at another level more related to technology assessment and not to the model, evaluations were made on the performance of the subsystem responsible for information extraction. The evaluation results show that the proposed model was perceived as more effective and useful than the alternatives. Associated with the performance of the prototype to extract information from documents, comparable to the state of the art, results demonstrate the feasibility and advantages, with current technology, of using natural language processing and integration of semantic information to improve access to unstructured contents in natural language. The conceptual model and the prototype demonstrator intend to contribute to the future existence of more sophisticated search systems that are also more suitable for e-government. To have transparency in governance, active citizenship, greater agility in the interaction with the public administration, among others, it is necessary that citizens and businesses have quick and easy access to official information, even if it was originally created in natural language.

Communication between nodes for autonomic and distributed management

Over the last decade, the most widespread approaches for traditional management were based on the Simple Network Management Protocol (SNMP) or Common Management Information Protocol (CMIP). However, they both have several problems in terms of scalability, due to their centralization characteristics. Although the distributed management approaches exhibit better performance in terms of scalability, they still underperform regarding communication costs, autonomy, extensibility, exibility, robustness, and cooperation between network nodes. The cooperation between network nodes normally requires excessive overheads for synchronization and dissemination of management information in the network. For emerging dynamic and large-scale networking environments, as envisioned in Next Generation Networks (NGNs), exponential growth in the number of network devices and mobile communications and application demands is expected. Thus, a high degree of management automation is an important requirement, along with new mechanisms that promote it optimally and e ciently, taking into account the need for high cooperation between the nodes. Current approaches for self and autonomic management allow the network administrator to manage large areas, performing fast reaction and e ciently facing unexpected problems. The management functionalities should be delegated to a self-organized plane operating within the network, that decrease the network complexity and the control information ow, as opposed to centralized or external servers. This Thesis aims to propose and develop a communication framework for distributed network management which integrates a set of mechanisms for initial communication, exchange of management information, network (re) organization and data dissemination, attempting to meet the autonomic and distributed management requirements posed by NGNs. The mechanisms are lightweight and portable, and they can operate in di erent hardware architectures and include all the requirements to maintain the basis for an e cient communication between nodes in order to ensure autonomic network management. Moreover, those mechanisms were explored in diverse network conditions and events, such as device and link errors, di erent tra c/network loads and requirements. The results obtained through simulation and real experimentation show that the proposed mechanisms provide a lower convergence time, smaller overhead impact in the network, faster dissemination of management information, increase stability and quality of the nodes associations, and enable the support for e cient data information delivery in comparison to the base mechanisms analyzed. Finally, all mechanisms for communication between nodes proposed in this Thesis, that support and distribute the management information and network control functionalities, were devised and developed to operate in completely decentralized scenarios.

Perception and software architecture for mobile robotics

When developing software for autonomous mobile robots, one has to inevitably tackle some kind of perception. Moreover, when dealing with agents that possess some level of reasoning for executing their actions, there is the need to model the environment and the robot internal state in a way that it represents the scenario in which the robot operates. Inserted in the ATRI group, part of the IEETA research unit at Aveiro University, this work uses two of the projects of the group as test bed, particularly in the scenario of robotic soccer with real robots. With the main objective of developing algorithms for sensor and information fusion that could be used e ectively on these teams, several state of the art approaches were studied, implemented and adapted to each of the robot types. Within the MSL RoboCup team CAMBADA, the main focus was the perception of ball and obstacles, with the creation of models capable of providing extended information so that the reasoning of the robot can be ever more e ective. To achieve it, several methodologies were analyzed, implemented, compared and improved. Concerning the ball, an analysis of ltering methodologies for stabilization of its position and estimation of its velocity was performed. Also, with the goal keeper in mind, work has been done to provide it with information of aerial balls. As for obstacles, a new de nition of the way they are perceived by the vision and the type of information provided was created, as well as a methodology for identifying which of the obstacles are team mates. Also, a tracking algorithm was developed, which ultimately assigned each of the obstacles a unique identi er. Associated with the improvement of the obstacles perception, a new algorithm of estimating reactive obstacle avoidance was created. In the context of the SPL RoboCup team Portuguese Team, besides the inevitable adaptation of many of the algorithms already developed for sensor and information fusion and considering that it was recently created, the objective was to create a sustainable software architecture that could be the base for future modular development. The software architecture created is based on a series of di erent processes and the means of communication among them. All processes were created or adapted for the new architecture and a base set of roles and behaviors was de ned during this work to achieve a base functional framework. In terms of perception, the main focus was to de ne a projection model and camera pose extraction that could provide information in metric coordinates. The second main objective was to adapt the CAMBADA localization algorithm to work on the NAO robots, considering all the limitations it presents when comparing to the MSL team, especially in terms of computational resources. A set of support tools were developed or improved in order to support the test and development in both teams. In general, the work developed during this thesis improved the performance of the teams during play and also the e ectiveness of the developers team when in development and test phases.

Geração de simuladores de filas para diferentes contextos com estudo de casos para redes de computadores

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Ciência da computação para crianças

Este trabalho apresenta uma proposta metodológica para o ensino de Ciência da Computação para Crianças, elaborada, a partir de pesquisas e estudos, tendo, como objetivo, a aplicação dessa metodologia para correção e testes. Devido à disseminação dos computadores e de seu uso como parte da formação dos alunos, muito se tem discutido sobre a união entre os recursos tecnológicos e a educação. A inclusão da informática no processo educativo vem sendo direcionada para a utilização e classificação de produtos de software educacional, em técnicas de comunicação à distância, no uso de recursos de multimídia ou de realidade virtual para apoio ao conteúdo abordado pelo professor e, também, para a construção de ambientes computacionais, que possam proporcionar uma mudança de paradigma educacional. No entanto não adianta tornar disponível toda essa tecnologia, se, rapidamente, são abandonadas e são substituídas ferramentas e técnicas dentro da Computação. Por isto, tão importante quanto o ensino das tecnologias correntes é o ensino dos conceitos fundamentais da Ciência da Computação. Esses conceitos, além de proporcionarem um embasamento teórico para entendimento da ciência envolvida na computação, também propiciam o desenvolvimento de um raciocínio lógico e formal, assim como de habilidades que são exigidas no mundo atual. Este trabalho apresenta pesquisas de campo sobre o uso da Informática Educativa em algumas escolas, a identificação, através de professores da graduação e pós-graduação, de alguns dos conceitos fundamentais da Ciência da Computação e uma pesquisa sobre o que crianças gostariam de aprender sobre Ciência da Computação. A partir dos resultados, são elaboradas teorias, demonstrações e exercícios para o ensino destes para crianças. Essa metodologia é aplicada a duas turmas heterogêneas de crianças para sua validação. Pretende-se que o estudo desses conceitos aguce o senso crítico e capacite as crianças não só a usarem as tecnologias mas também a entenderem seu funcionamento.

Uso de replicação móvel para distribuição de vídeo digital em redes de computadores

A maioria da soluções apresentadas como candidatas à implementação de serviços de distribuição de áudio e vídeo, têm sido projetadas levando-se em consideração determinadas condições de infra-estrutura, formato dos fluxos de vídeo a serem transmitidos, ou ainda os tipos de clientes que serão atendidos pelo serviço. Aplicações que utilizam serviços de distribuição de vídeo normalmente precisam lidar com grandes oscilações na demanda pelo serviço devido a entrada e saída de usuários do serviço. Com exemplo, basta observar a enorme variação nos níveis de audiência de programas de televisão. Este comportamento coloca um importante requisito para esta classe de sistemas distribuídos: a capacidade de reconfiguração como conseqüência de variações na demanda. Esta dissertação apresenta um estudo que envolveu o uso de agentes móveis para implementar os servidores de um serviço de distribuição de vídeo denominada DynaVideo. Uma das principais características deste serviço é a capacidade de ajustar sua configuração em conseqüência de variações na demanda. Como os servidores DynaVideo podem replicar-se e são implementados como código móvel, seu posicionamento pode ser otimizado para atender uma dada demanda e, como conseqüência, a configuração do serviço pode ser ajustada para minimizar o consumo de recursos necessários para distribuir vídeo para seus usuários. A principal contribuição desta dissertação foi provar a viabilidade do conceito de servidores implementados como agentes móveis Java baseados no ambiente de desenvolvimento de software Aglet.

Análise de eventos de segurança em redes de computadores utilizando detecção de novidade

Pós-graduação em Ciência da Computação - IBILCE

Web semântica: aspectos interdisciplinares da gestão de recursos informacionais no âmbito da ciência da informação

Pós-graduação em Ciência da Informação - FFC

Camada de gerenciamento para comunicação entre computadores baseada em redes sem fio (WSE-OS)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Middleware de comunicação entre objetos distribuídos para gerenciamento de computadores baseado em redes sem fio (WSE-OS)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Detecção de intrusão em redes de computadores utilizando Floresta de Caminhos Ótimos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Proposta de uma ferramenta de visualização e realidade virtual para o monitoramento de tráfego de redes de computadores

Pós-graduação em Ciência da Computação - IBILCE

FLEXLAB: Middleware de virtualização de hardware para gerenciamento centralizado de computadores em rede

Pós-graduação em Ciência da Computação - IBILCE