A test of the utility of DNA barcoding in the radiation of the freshwater stingray genus Potamotrygon (Potamotrygonidae, Myliobatiformes)

DNA barcoding is a recently proposed global standard in taxonomy based on DNA sequences. The two main goals of DNA barcoding methodology are assignment of specimens to a species and discovery of new species. There are two main underlying assumptions: i) reciprocal monophyly of species, and ii) intraspecific divergence is always less than interspecific divergence. Here we present a phylogenetic analysis of the family Potamotrygonidae based on mitochondrial cytochrome c oxidase I gene, sampling 10 out of the 18 to 20 valid species including two non-described species. Potamotrygonidae systematics is still not fully resolved with several still-to-be-described species while some other species are difficult to delimit due to overlap in morphological characters and because of sharing a complex color patterns. Our results suggest that the family passed through a process of rapid speciation and that the species Potamotrygon motoro, P. scobina, and P. orbignyi share haplotypes extensively. Our results suggest that systems of identification of specimens based on DNA sequences, together with morphological and/or ecological characters, can aid taxonomic studies, but delimitation of new species based on threshold values of genetic distances are overly simplistic and misleading.

Revisão da seção setacea do gênero Batrachospermum (Rhodophyta, Batrachospermales)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos

Desde a década de 1990, os esforços internacionais para a obtenção de genomas completos levaram à determinação do genoma de inúmeros organismos. Isto, aliado ao grande avanço da computação, tem permitido o uso de abordagens inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes. Entre os métodos mais comumente empregados nestas análises está a busca por similaridades entre sequências biológicas. Análises comparativas entre genomas completamente sequenciados indicam que cada grupo taxonômico estudado até o momento contém de 10 a 20% de genes sem homólogos reconhecíveis em outras espécies. Acredita-se que estes genes taxonomicamente restritos (TRGs) tenham um papel importante na adaptação a nichos ecológicos particulares, podendo estar envolvidos em importantes processos evolutivos. Entretanto, seu reconhecimento não é simples, sendo necessário distingui-los de ORFs não-funcionais espúrias e/ou artefatos derivados dos processos de anotação gênica. Além disso, genes espécie- ou gêneroespecíficos podem representar uma oportunidade para o desenvolvimento de métodos de identificação e/ou tipagem, tarefa relativamente complicada no caso dos procariotos, onde o método padrão-ouro na atualidade envolve a análise de um grupo de vários genes (MultiLocus Sequence Typing MLST). Neste trabalho utilizamos dados produzidos através de análises comparativas de genomas e de sequências para identificar e caracterizar genes espécie- e gênero-específicos, os quais possam auxiliar no desenvolvimento de novos métodos para identificação e/ou tipagem, além de poderem lançar luz em importantes processos evolutivos (tais como a perda e ou origem de genes em linhagens particulares, bem como a expansão de famílias de genes em linhagens específicas) nos organismos estudados.

DNA barcode of Parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evaluación de la comercialización de productos agropecuarios en el casco urbano del municipio de Camoapa, Boaco

El presente trabajo se realizó en el municipio de Camoapa, departamento de Boaco. El trabajo consistió en aplicar una encuesta a dueños de pulperías, mini pulperías, distribuidoras, ventas de granos básicos y carnicerías. La muestra evaluada fue de 66 establecimientos. Las variables evaluadas fueron formas de comercialización, características económicas, calidad de los productos y problemas de comercialización. Estas se analizaron mediante estadística descriptiva a través de los parámetros: media, desviación estándar, varianza de la muestra, rango, máximo y mínimo, distribución de frecuencias y porcentajes o frecuencias relativas. Una vez obtenida la información y teniendo como referencia los análisis FODA de las comisiones de producción y de defensa del consumidor del municipio de se procedió a determinar posibles alternativas que contribuyan a disminuir fas debilidades. y amenazas determinadas. Los resultados indican que los productos comercializados provienen de otros departamentos, de municipios aledaños a Camoapa, de industrias nacionales. Los productos que provienen principalmente del municipio son: el frijol, los huevos, la leche y en menor escala las hortalizas (chiltoma y tomate). En cuanto a los precios de compra - venta de los productos agropecuarios comercializados son inferiores a los reportados por el SIPM (Servicio de Información de Precios y Mercados) en las mismas fechas en que se realizó el presente estudio. Los problemas de calidad identificados fueron: tamaño variado con mayor presencia de frutos pequeños y deformados con danos visibles y en malas condiciones de almacenamiento y falta de valor agregado. Contrario a esto, los productos pecuarios poseen buena presentación de empaque: etiquetado, registro sanitario, normas de calidad e higiene, código de barra y son productos de exportación. Los problemas de comercialización obedecen a las siguientes razones: no hay canales seguros de comercialización, desconocimiento de los productores sobre precios, falta de mercado en donde vender sus productos y la poca diversificación de la producción. Las estrategias definidas se refieren a los siguientes aspectos: diversificación productiva, divulgación de precios de los productos provenientes del municipio, la organización de productores, implementación de industrias transformadoras de materia prima, concientizar a la población de los grandes valores nutricionales de frutas y hortalizas para la salud del ser humano, organizar ferias,mecanismo de control permanente de calidad durante el procesamiento de la carne en el rastro municipal, validar sistemas sostenibles de producción establecidos en regiones con las mismas condiciones del municipio para demostrar al productor la viabilidad de estos en comparación con los usados por ellos, creación de centros de acopio y comercialización de productos agropecuarios que reduzcan la cadena de intermediarios, alianzas estratégicas, certificación fitosanitaria y dotación de patentes de productos agropecuarios, acondicionamiento adecuado del mercado municipal de abastos, incentivar a los productores para que aumenten los volúmenes y calidad de producción (asistencia técnica accesible económicamente y subsidios). crear organizaciones de mujeres para capacitarlas en agroindustria artesanal, crear mecanismos de seguimiento al proceso de producción, crear organizaciones de productores de hortalizas que permitan gestionar la adquisición de medios de transporte exclusivos para fines de comercialización, capacitar a las familias rurales para fomentar el desarrollo de la agroindustria artesanal y de esa manera contribuir a mejorar la comercialización.

Análise prospectiva do padrão de metilação nos genes associados a doenças cardíacas SCN5A e MTR para aplicação na genética forense

Pós-graduação em Biotecnologia - IQ

Identificação molecular dos peixes da bacia do alto rio Paraná

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Ocorrência de Meloidogyne graminis em grama no estado de São Paulo

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Viagem sem volta. [Depoimento a Rodrigo de Oliveira Andrade]

Fêmeas de pinguins-de-magalhães morrem mais que machos durante migração anual.

Identificação molecular (DNA Barcode) dos peixes da Bacia do Rio Ribeira de Iguape e dos Rios Costieros do Estado de São Paulo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação da indução de lesões no DNA por lasers terapêuticos de baixa potência

Na medicina regenerativa há uma crescente utilização de lasers de baixa intensidade em protocolos terapêuticos para tratamento de doenças em tecidos moles e no tecido ósseo. Lasers emitem feixes de luz com características específicas, nas quais o comprimento de onda, a frequência, potência e modo de missão são propriedades determinantes para as respostas fotofísica, fotoquímica e fotobiológica. Entretanto, sugere-se que lasers de baixa potência induzem a produção de radicais livres, que podem reagir com biomoléculas importantes, como o DNA. Essas reações podem causar lesões e induzir mecanismos de reparo do DNA para preservar a integridade do código genético e homeostase celular. Portanto, o objetivo deste trabalho foi avaliar lesões no DNA de células do sangue periférico de ratos Wistar e a expressão dos genes ERCC1 e ERCC2 em tecidos biológicos expostos a lasers de baixa intensidade em comprimentos de onda, fluências, potências e modos de emissão utilizados em protocolos terapêuticos. Para tal, amostras de sangue periférico foram expostas ao laser vermelho (660 nm) e infravermelho (808 nm) em diferentes fluências, potências e modos de emissão, e a indução de lesões no DNA foi avaliada através do ensaio cometa. Em outros experimentos, lesões no DNA foram analisadas através do ensaio cometa modificado, utilizando as enzimas de reparo: formamidopirimidina DNA glicosilase (FPG) e endonuclease III. Pele e músculo de ratos Wistar foram expostos aos lasers e amostras desses tecidos foram retiradas para extração de RNA, síntese de cDNA e avaliação da expressão dos genes por PCR quantitativo em tempo real. Os dados obtidos neste estudo sugeriram que a exposição aos lasers induz lesões no DNA dependendo da fluência, potência e modo de emissão, e que essas lesões são alvos da FPG e endonuclease III. A expressão relativa do RNAm de ERCC1 e de ERCC2 foi alterada nos tecidos expostos dependendo do comprimento de onda e fluência utilizada. Os resultados obtidos neste estudo sugerem que danos oxidativos no DNA poderiam ser considerados para segurança do paciente e eficácia terapêutica, bem como alterações na expressão dos genes de reparo do DNA participariam dos efeitos de bioestimulação que justificam as aplicações terapêutica de lasers de baixa potência.

DNA and genetic engineering.

Este título pertenece a una serie que ofrece en profundidad una visión de las células en todo el mundo vivo, su estructura y los procesos en que se basa la vida en la Tierra. En él se explica cómo se crea el ADN y cómo se lee su código. Explora la ingeniería genética y la terapia génica, así como las áreas de la investigación con células madre y clonación. Se dan ejemplos, como el reciente uso de la sangre del cordón umbilical de un bebé para proporcionar células madre para el ensayo de nuevos fármacos. Tiene índice, glosario, referencias bibliográficas y un cuadro con algunos de los principales acontecimientos de la genética.

Synthesis, characterization, x-ray structure, DNA cleavage, and cytotoxic activities of palladium(ii) complexes of 4-phenyl-3-thiosemicarbazide and triphenylphosphane

Complexes of the type [PdX(PPh3)(1)]X [1 = 4-phenyl-3- thiosemicarbazide; X = Cl- (2), Br- (3), I- (4), and SCN- (5)] have been synthesized and characterized by elemental analyses and IR, UV/Vis, and 1H and 13C NMR spectroscopy. The molecular structure of complex 4 was determined by single-crystal X-ray diffraction. The binding of the complexes with a purine base (guanosine) was investigated by 1H NMR spectroscopy and mass spectrometry, which showed the complexes to coordinate to guanosine through N7. A gel electrophoresis assay demonstrated the ability of 2-5 to cleave DNA plasmid. All the complexes were tested in vitro by means of the MTT assay for their cytotoxicity against two murine cell lines, LM3 (mammary adenocarcinoma) and LP07 (lung adenocarcinoma), and compared with cisplatin. Complexes 2-5 exhibited good cytotoxicity that surpasses that of cisplatin in the case of LM3. A series of thiosemicarbazide/phosphane palladium(II) complexes have been synthesized and fully characterized. These complexes are able to cleave DNA plasmid and show cytotoxicity against adenocarcinoma (mammary LM3 and lung LP07), surpassing the cytotoxicity of cisplatin in the case of LM3. Copyright © 2013 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.