Multidimensional cluster stability analysis from a Brazilian Bradyrhizobium sp RFLP/PCR data set

The taxonomy of the N(2)-fixing bacteria belonging to the genus Bradyrhizobium is still poorly refined, mainly due to conflicting results obtained by the analysis of the phenotypic and genotypic properties. This paper presents an application of a method aiming at the identification of possible new clusters within a Brazilian collection of 119 Bradryrhizobium strains showing phenotypic characteristics of B. japonicum and B. elkanii. The stability was studied as a function of the number of restriction enzymes used in the RFLP-PCR analysis of three ribosomal regions with three restriction enzymes per region. The method proposed here uses Clustering algorithms with distances calculated by average-linkage clustering. Introducing perturbations using sub-sampling techniques makes the stability analysis. The method showed efficacy in the grouping of the species B. japonicum and B. elkanii. Furthermore, two new clusters were clearly defined, indicating possible new species, and sub-clusters within each detected cluster. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

Transference of a crystal protein gene from bacillus thuringiensis and its expression in bradyrhizobium sp. cells

The plasmid pHT409 that harbours the cryIA(a) gene for the production of a δ-endotoxin (crystal protein) from Bacillus thuringiensis was transferred into Bradyrhizobium sp. A conjugal transfer system aiming to introduce the plasmid into the Bradyrhizobium sp. host from colonies of an Escherichia coli donor strain (DH5α

Bradyrhizobium sp. lmjc necesita un sistema de secreción tipo III para nodular eficientemente al altramuz valenciano (Lupinus Mariae-Josephae).

La mayoría de las leguminosas establecen una simbiosis con bacterias denominadas rizobios que fijan dinitrógeno en estructuras especializadas llamadas nódulos a cambio de fotosintatos. Existen varios elementos que hacen esta interacción específica y efectiva, entre ellos se encuentra la presencia, en algunos rizobios, de estructuras tubulares que introducen proteínas de la bacteria (efectores) en el citoplasma de células vegetales. En nuestro estudio de la interacción de la bacteria designada como Bradyrhizobium sp. LmjC con el altramuz valenciano L. mariae-josephae Pascual, hemos demostrado que existe uno de esos sistemas de secreción de tipo III y que éste es esencial para una simbiosis eficiente. Además hemos iniciado la caracterización de un posible efector denominado NopE y por último estamos estudiando otros rasgos fenotípicos de dicha bacteria como su resistencia a antibióticos, su crecimiento con distintas fuentes de carbono, su tiempo de generación y otras pruebas bioquímicas como la actividad ureasa.

Polyhydroxybutyrate in Rhizobium and Bradyrhizobium: quantification and phbC gene expression

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Resumos...

Comissão Genética e Melhoramento: Comportamento da cultivar de soja UFVS-2006 em Minas Gerais; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2007 em Mato Grosso; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2008 em Minas Gerais; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2009 em Minas Gerais; Comportamento da cultivar BRSGO 204 (Goiânia) no Estado de São Paulo; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2002 em Mato Grosso; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2003 em Mato Grosso; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2014 em Mato Grosso; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2015 em Mato Grosso; Comportamento da cultivar de soja UFVS-2016 em Mato Grosso; Competição de genótipos de soja de ciclo precoce em Roraima, ano agrícola de 2001; Competição de genótipos de ciclo semi-precoce em Roraima, ano agrícola de 2001; Competição de genótipos de ciclo médio em Roraima, ano agrícola de 2001; Características agronômicas e produtividade de grãos de vinte sete cultivares/genótipos de soja no cerrado de Roraima, ano agrícola de 2001; Cultivar de soja 98C81: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso; Cultivar de soja 98C81: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso do Sul; Cultivar de soja 98C81: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado da Bahia; Cultivar de soja 98C81: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado do Maranhão; Avaliação e comportamento de 21 cultivares de soja na safra 2001/2002 em Gurupi-TO; Comportamento de cultivares de soja sob condições de várzea, na entressafra 2001, no Sul do estado do Tocantins; Cultivar de soja 98C81: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Goiás e Distrito Federal; Cultivar de soja 98C81: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Minas Gerais; Cruzamentos de soja no ensaio preliminar com boas características para o período juvenil longo; Verificação de materiais no ensaio preliminar no comportamento para o período juvenil longo; Desenvolvimento de linhagens de soja visando a seleção de genótipos resistentes à oídio, míldio e septoriose; Competição de cultivares de soja nos Cerrados, em duas épocas de plantio; Evaluacion de cultivares y linajes de soja de ciclos medio y semi tardio en la region sureste de Paraguay durante el ciclo 2000/2001; Evaluacion de cultivares y linajes de soja de ciclos precoz y semi precoz en la region sureste de Paraguay durante el ciclo 2000/2001; CRIA-2 (Don Rufo): nuevo cultivar de soja de ciclo precoz para la region sureste de Paraguay; CRIA-3 (Puaé): nuevo cultivar de soja de ciclo precoz para la region sureste de Paraguay; UFVTN-105: cultivar de soja de melhor sabor para plantio em Minas Gerais; UFVTNK-106: cultivar de soja de melhor sabor e com redução de fatores antinutricionais para plantio em Minas Gerais; Desempenho agronômico da cultivar ICA 4 no estado de São Paulo; Cultivar de soja ICA 4 no estado do Mato Grosso do Sul; Spring: uma cultivar super precoce para o Sul do Brasil; Cultivar de soja V-Max nas condições do Sul do Brasil e Mato Grosso do Sul; Comportamento da cultivar de soja CS 935142 no estado de São Paulo, Minas Gerais, Goiás, Mato Grosso do Sul e Mato Grosso; Comportamento de genótipos de soja cultivados no município de Jaboticabal/SP safra 2000/2001; Comportamento de variedades de soja cultivadas no município de Jaboticabal/SP safra 2000/2001; Linhagens de soja do Programa de Melhoramento da Embrapa Trigo avaliadas no Paraná, em São Paulo e em Mato Grosso do Sul; Linhagens de soja do Programa de Melhoramento da Embrapa Trigo avaliadas em Santa Catarina, e no Sul do Paraná; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 206 para o estado do Mato Grosso do Sul; Linhagens de soja do Programa de Melhoramento da Embrapa Trigo avaliadas em Santa Catarina, e no Sul do Paraná; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 211 para a região Sul do Estado do Mato Grosso do Sul; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 204 para o Estado do Mato Grosso do Sul; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 208 para o Estado de São Paulo; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 211 para a região Sul do Estado do Mato Grosso; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 202 para o Estado de São Paulo; Recomendação da cultivar de soja CD 215 para o Estado do Paraná; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 209 para o Estado de São Paulo; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 208 para a região Sul do Estado do Mato Grosso do Sul; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 209 para a região Sul do Estado do Mato Grosso do Sul; Extensão de recomendação da cultivar de soja CD 204 para o Estado de Goiás; Cultivar de soja BRSGO Mineiros: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás e Distrito Federal; Cultivar de soja BRSGO Caiapônia: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás, Distrito Federal, Minas Gerais, Mato Grosso e Bahia; Cultivar de soja BRSGO Chapadões: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás, Distrito Federal; Cultivar de soja BRSGO Ipameri: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás e Distrito Federal; BRSMG Preciosa: cultivar de ciclo precoce em Minas Gerais e resistente ao nematóide de cisto da soja; Descrição e comportamento da cultivar de soja BRSMG Robusta em Goiás, Distrito Federal, Mato Grosso e Bahia; BRSMG Robusta: cultivar de soja de ciclo semitardio em Minas Gerais e resistente ao nematóide de cisto da soja; Descrição e comportamento da cultivar de soja BRSMG Preciosa em São Paulo, Goiás, Distrito Federal; Cultivar de soja BRS Aroeira; Indicação da cultivar de soja BRS 156 para o estado de São Paulo; Indicação da cultivar de soja BRS 183 para o estado de São Paulo; Indicação da cultivar de soja BRS 184 para o estado de São Paulo; Indicação da cultivar de soja BRS 185 para o estado de São Paulo; Indicação da cultivar de soja BRS 212 para o estado de São Paulo; Indicação da cultivar de soja BRS 213 para o estado de São Paulo; Indicação da cultivar de soja BRS 214 para o estado de São Paulo; Indicação da cultivar de soja BRS 215 para o estado de São Paulo; Indicação de cultivares de soja para microrregião de Paragominas - PA; Indicação de cultivares de soja para Região Sul do Pará; Indicação de cultivares de soja para microrregião de Santarém - PA; Cultivar de soja 98N41: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás e Distrito Federal; Cultivar de soja 98N41: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Minas Gerais; Cultivar de soja 98N41: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso; Cultivar de soja 98N41: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso do Sul; Cultivar de soja 98N71: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás e Distrito Federal; Cultivar de soja 98N71: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Minas Gerais; Cultivar de soja 98N71: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso; Cultivar de soja 98N71: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso do Sul; Cultivar de soja 98N82: comportamento, descrição e indicação de cultivo para os Estados de Goiás e Distrito Federal; Cultivar de soja 98N82: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Minas Gerais; Cultivar de soja 98N82: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso; Cultivar de soja 98N82: comportamento, descrição e indicação de cultivo para o estado de Mato Grosso do Sul; Regionalização dos testes de valor de cultivo e uso e da indicação de cultivares de soja; Comportamento e descrição da cultivar BRS Raimunda no estado de Mato Grosso; Comportamento e descrição da cultivar de soja BRS Pétala para o estado do Tocantins; Comportamento e descrição da cultivar de soja BRS Rosa para o estado do Mato Grosso; Comportamento e descrição da cultivar de soja BRS Raimunda no estado de Minas Gerais; Comportamento e descrição da cultivar BRS Raimunda no estado da Bahia; Comportamento e descrição da cultivar de soja BRS Rosa no estado de Minas Gerais; Comportamento e descrição da cultivar de soja BRS 217 (Flora) para o estado da Bahia; Comportamento da cultivar de soja BRS Raimunda para Goiás e Distrito Federal; Comportamento e descrição da cultivar BRS Raimunda no estado do Tocantins; IAC-25: cultivar de soja para o Estado de São Paulo; IAC-26: cultivar de soja para o Estado de São Paulo; Comissão Nutrição Vegetal, Fertilidade e Biologia do Solo: Efeito de níveis de B e de saturações de bases aplicada na correção do solo sobre a produtividade de soja nos cerrados de Roraima nos dois primeiros cultivos após aplicação; Efeito da aplicação de doses de Zn a lanço sobre a produtividade de soja nos cerrados de Roraima nos dois primeiros cultivos; Efeito de níveis de Mn aplicadas a lanço na correção do solo sobre a produtividade de soja nos cerrados de Roraima nos dois primeiros cultivos após a aplicação; Inoculação de cobalto e molibdênio e nitrogênio em soja; Calagem superficial em sistema de plantio direto - resultados parciais; Nitrogênio na semeadura da soja em sistema de plantio direto; Utilização de doses gesso agrícola em soja em sistema de plantio direto; Manejo do potássio na cultura da soja em plantio direto; Resposta da cultura da soja à aplicação de gesso agrícola, em sistema de plantio direto; Efeito da reinoculação de sementes no 2º ano de plantio da soja após 20 anos de pastagens de Brachiaria decumbens; Impacto dos micronutrientes aplicados na cultura da soja; Estudo sobre interações magnésio e manganês e magnésio e zinco na cultura da soja; Níveis críticos de enxofre no solo para a soja, no Brasil; Resposta da soja à aplicação de enxofre no Cerrado; Nível crítico de cobre nos solos do Paraná para a cultura da soja; Calibração de cobre no solo do Mato Grosso para a cultura da soja; Nível de crítico de manganês para a cultura da soja, em dois solos do Paraná; Calibração de manganês para a cultura da soja em solo do Mato Grosso; Calibração de boro para a cultura da soja em solo do Mato Grosso; Níveis de calagem e de saturação por bases e sua relação com o rendimento de grãos de soja nos cerrados do Maranhão; Nível crítico de zinco para a cultura da soja, latossolo vermelho-escuro do Paraná; Calibração de zinco no solo do estado do Mato Grosso; Aferição da eficiência do DRIS Embrapa Soja, em experimento de fósforo e potássio no solo do estado do Paraná; Normas DRIS regionalizadas para avaliação do balanço nutricional da soja no estado do Paraná; Avaliação da associação NPK com gesso agrícola e calcário na adubação da soja em sistema de rotação com cana de açucar colhidas mecanicamente crua; Resposta da cultura da soja à aplicação de calcário, em sistema de plantio direto; Sobrevivência de células de Bradyrhizobium sp. em mistura com produtos químicos no tratamento de sementes de soja; Produtividade agrícola da soja em função da antecipação da adubação de fósforo e do potássio em sistema de semeadura direta; Nodulação e desempenho produtivo da soja, proveniente de sementes inoculadas e tratadas com fungicidas e solução de micronutrientes no ano agrícola 2000/2001; Inoculantes, nodulação, produtividade e teor de proteína nas sementes de soja (Glycine max (L.) Merrill) no ano agrícola 2000/2001; Efeito da localização da mistura fertilizante PK sobre o desempenho vegetativo e produtivo da soja; Avaliação de estirpes de Bradyrhizobium japonicum e B. elkanii para a soja; Influência da aplicação de inseticidas na semente junto com inoculantes, na fixação biológica do N2 em soja; Métodos de aplicação de produtos com micronutrintes na nodulação e no rendimento da soja; Efeito da aplicação de fungicidas na nodulação, na fixação biológica do nitrogênio e no rendimento da soja; Comissão Fitopatologia: Reação de linhagens promissoras de soja aos nematóides das galhas em Mato Grosso do Sul; Levantamento de ocorrência do nematóide de cisto da soja em Mato Grosso do Sul, Mato Grosso e Goiás; Monitoramento de raças do nematóide de cisto da soja em áreas infestadas de Mato Grosso do Sul e Goiás; Levantamento de ocorrência de nematóides das galhas em Mato Grosso do Sul; Eficiência do tratamento de sementes de soja com fungicidas em Dourados, MS, safra 2001/02; Importância do tratamento de sementes de soja com fungicidas em condições de déficit hídrico do solo; Incidencias de roya de la soja en el Paraguay, primeros estudios de control quimico y niveles de resistencia en materiales geneticos de soja; Controle da podridão vermelha da raiz de soja por bactérias antagonistas; Efeito da adição de cobalto e molibdênio no tratamento de sementes de soja com fungicidas; Eficiência de fungicidas no controle de mancha parda e crestamento foliar de Cercospora na cultura da soja; Eficiência de fungicidas no controle de oídio na soja; Eficiência de fungicidas no controle de ferrugem (Phakopsora pachyrhizi), na cultura da soja; Reação de cultivares de soja a ferrugem "Asiática" (Phakopsora pachyrhizi); Controle de doenças de final de ciclo na cultura da soja; Avaliação de produtos biológicos para o tratamento de sementes de soja; Controle de oídio (Microsphaera diffusa) da soja pela aplicação de fungicidas; Controle de mancha parda (Septoria glycines) e crestamento foliar de cercospora (Cercospora kikuchii) da soja pela aplicação de fungicidas; Controle de ferrugem da soja (Phakopsora pachyrhizi) pela aplicação de fungicidas; Avaliação de eficiência dos fungicidas no controle de ferrugem da soja (Phakopsora pachyrhizi); A mela da soja - caracterização do patógeno resistência genética e controle químico; Avaliação da resistência de linhagens avançadas do Programa de Melhoramento da Embrapa Soja a diferentes raças do nematóide de cisto da soja Heterodera glycines; Avaliação da resistência de linhagens avançadas do Programa de Melhoramento da Embrapa Soja a nematóides formadores de galhas; Identificação de genes diferencialmente expressos em cultivares de soja [Glycine max (L.) Merrill] e tolerância a infestação de nematóide da galha (Meloidogyne javanica); Desenvovimento de marcadores moleculares de microssatélite para seleção de genótipos de soja resistentes a Meloidogyne javanica; Controle de nematóide de cisto da soja, Heterodera glycines, através da inoculação com bactérias antagonistas, em casa-de-vegetação; Observação, ao miscroscópio eletrônico de varredura, de folhas de soja inoculadas com oídio de plantas daninhas naturalmente infectadas; Efeito das doenças de final de ciclo na produção e na duração da área foliar da soja; Elaboração de uma escala diagramática par avaliação da severidade das doenças de final de ciclo em soja; Sobrevivência de Heterodera glycines, em área cultivada com cana-de-açúcar, em Tarumã, SP; Rendimento de genótipos resistentes e suscetíveis de soja em aréas infestadas por Heterodera glycines; Ocorrência de ferrugem em soja, nos compostos IAC, macho-estéreis, em Campinas, SP; Comissão de Fitopatologia: Eficiência de inseticidas no controle da lagarta da soja, Anticarsia gemmatalis, quando aplicados em pulverização; Ação de novos inseticidas no controle de Anticarsia gemmatalis na cultura da soja; Eficiência de três marcas comerciais de endossulfan e do profenofós no controle da lagarta da soja, Anticarsia gemmatalis; Estudo de seletividade do inseticida acephate nos artrópodos reguladores de pragas na cultura de soja; Estudo da eficiência biológica e praticabilidade agronômica do inseticida acephate no controle de Anticarsia gemmatalis na cultura da soja; Estudo de seletividade do inseticida chlorfluazuron na artropodofauna benéfica na cultura de soja; Seletividade de inseticidas sobre inimigos naturais das pragas na cultura da soja; Prevalência de tripanossomatídeos flagelados em populações de Nezara viridula, Euschistus heros e Piezodorus guildinii coletadas no Norte do Paraná; Efeito de inseticidas aplicados às sementes, na redução dos danos causados em plantas de soja, por Aracanthus sp.; Efeito de inseticidas sobre predadores de pragas da soja I; Doses reduzidas de inseticidas e danos causados à soja por Sternechus subsignatus Boehman; Efeito de diversos tipos de produtos químicos sobre Scaptocoris castanea, na cultura da soja; Efeito residual de inseticidas para tratamento de sementes, na mortalidade e danos de Sternechus subsignatus, em soja; Eficiência de diferentes inseticidas e doses, no controle de percevejos-pragas da soja; Avaliação da eficiência de diferentes doses de inseticidas no controle de percevejos-pragas da soja; Efeito de inseticidas sobre predadores de pragas da soja; Comissão de Plantas Daninhas: Ecologia química de plantas daninhas em sistemas de manejo da cultura da soja; Acúmulo de matéria seca e marcha de absorção de macronutrientes em Cardiospermum halicacabum; Controle de plantas jovens de Cardiospermum halicacabum; Habilidade competitiva de cultivares de soja na presença de (Euphorbia heterophylla); Eficácia de herbicidas carfentrazone-ethyl e fomesafen no controle de Euphorbia heterophylla resistente aos herbicidas inibidores de ALS; Controle químico em pós-emergência de balãozinho (Cardiospermum halicacabum); Oxasulfuron, performance, injurias e seus efeitos sobre à cultura da soja, quando aplicado no 2º trifólio, antecedendo, junto ou após outros herbicidas; Resistência de Digitaria sp. a herbicidas graminicidas seletivos a cultura de soja; Comissão Ecologia, Fisiologia e Práticas Culturais: Efeitos de extratos aquosos de sorgo sobre a germinação e o desenvolvimento de plântulas de soja; Desfolha de algumas características agronômicas, em todos os estádios fenológicos da cultura da soja (Glycine max), em Gurupi - TO; Desempenho de genótipos de soja em duas épocas de semeadura, em Aral Moreira - MS, safra 2001/02; Desempenho de genótipos de soja em duas épocas de semeadura, em Carapã - MS, safra 2001/02; Temperatura e tombamento fisiológico em plântulas de soja; Estádio de desenvolvimento e tombamento fisiológico em plântulas de soja; Rendimento de cultivares de soja em função da época de semeadura, densidade de plantio e anos de cultivo em Campo Novo do Parecis - MT; Produtividade de cultivares de soja em função da época de semeadura e da densidade de plantio em Tangará da Serra - MT; Comportamento de genótipos de soja de ciclos semi-tardio e tardio em quatro épocas de semeadura; Comportamento de genótipos de soja de ciclos semi-precoce e médio, em quatro épocas de semeadura; Elementos para organização logística em unidades de produção de soja; Avaliação do potencial de perdas e desperdícios em sistemas de produção de soja; Metodologia para uso de sistemas de informação geográfica na avaliação da fragilidade de terras em função da mecanização do preparo do solo; Método para avaliação operacional de máquinas com auxílio de sistemas de informação geográfica; Transformação de unidades dos dados gerados pelo penetrômetro de impacto, modelo Stolf; Ação do stimulate aplicado em sementes na germinação, desenvolvimento radicular e produtividade da soja [Glycine max (L.) Merrill]; Épocas de semeadura e componentes da produção de soja (Glycine max (L.) Merrill); Avaliação da produtividade de cultivar de soja do Convênio Goiás, na safra de 2001/2002, em função da época e da densidade de semeadura; Produtividade de soja submetida, por longo tempo, a sistemas de manejo do solo; Distância do fluxo gênico ocorrido entre a cultivar de soja BR-16 transgênica e a BR-16 não-transgênica no cerrado do Distrito Federal; Efeito da compactação do solo sobre as características físicas, desenvolvimento radicular e produtividade de cultivares de soja; Produtividade de soja em resposta à sistemas de manejo do solo e de rotação de culturas em experimentos de longa duração; Comportamento funcional de biomassa microbiana em sistemas de manejo e rotação de culturas com a soja; Comissão Economia / Difusão: Sistemas de produção de soja na Região Centro-Oeste do Brasil; Sistemas de produção de soja na Região Sudeste do Brasil; Comparativo do custo de produção de soja, safra 2002/03, no sistema de plantio direto (SPD) e sistema convencional (SC), em Dourados, MS; Avaliação de três sistemas de preparo do solo em áreas de cana de açúcar e a rotação com a soja; Comparativo dos custos de produção entre o S.P.C. x S.P.D. na cultura da soja (Glycine max L.) em áreas de rotação com cana de açúcar; Transferência de conhecimentos e tecnologias indicados para a cultura da soja no Paraná e Santa Catarina, através do sistema treino e visita - safra 01/02; Difusão de cultivares de soja desenvolvidas pela Embrapa Soja, para os estados do Paraná, Santa Catarina e São Paulo - safra 01/02; Comissão de Tecnologia de Sementes: Aplicação de B e Zn, no solo, e qualidade de sementes de soja produzidas nos cerrados de Roraima; Qualidade de sementes de soja produzidas nos cerrados de Roraima com aplicação de Mn e Cu; Qualidade fisiológica de sementes de soja produzidas em Boa Vista, Roraima 2001; Tamanho de sementes de soja de cultivares produzidas em Boa Vista, Roraima 2001; Revestimento de sementes de soja com resinas, pigmentos e polímeros; Avaliação dos desperdícios durante a colheita mecânica da soja no Brasil; Avaliação da qualidade fisiológica de sementes de soja produzidas em quatro estados brasileiros; Inoculantes, nodulação e qualidade fisiológica e sanitária de sementes de soja (Glycine max (L.) Merrill) no ano agrícola 200/2001; Qualidade fisiológica de sementes de soja, provenientes de sementes inoculadas e tratadas com fungicidas e solução de micronutrientes no ano agrícola 200/2001; Variação na coloração do hilo da cultivar de soja BRS Raimunda; BRS Carla e BRS Celeste - ocorrência de variações na cor do hilo das sementes em condições controladas e de campo; Classificação de sementes de soja em peneiras planas de crivos redondos e oblongos; Contribuição da classificação por densidade na qualidade fisiológica da semente de soja; Seleção de genótipos de soja quanto à tolerância ao enrugamento de grãos; Variação da cor do hilo, em sementes de cultivares de soja, submetidas a diferentes condições de temperatura ambiente e umidade do solo; Variação nas concentrações de isoflavonas em sementes de soja sujeitas ao retardamento de colheita; Utilização do teste de tetrazólio para predizer o potencial de emergência de plântulas em campo de lotes de sementes de soja; Utilização do teste de envelhecimento acelerado para predizer o potencial de emergência de plântulas em campo de lotes de sementes de soja; Associação da ocorrência de proteína biotinizada SBP com a resistência a estresses de choque térmico em soja; Sementes verdes na maturação final da soja: causas e consequências.

Estudo químico e biológico em lupinus lanatus bentham (leguminosae-faboideae)

Flavonóides são compostos fenólicos de ampla ocorrência na natureza exercendo diversas funções fisiológicas nos vegetais. Na família Leguminosae estes metabólitos secundários exercem o papel de antimicrobianos (fitoalexina e/ou fitoanticipinas) e como moléculas sinalizadoras, na simbiose com bactérias do solo no processo de fixação biológica do Nitrogênio. O gênero Lupinus, pertencente a esta família, é encontrado em todas as regiões fisiográficas do estado do Rio Grande do Sul. Entretanto, não existem relatos de estudos químicos ou microbiológicos. Neste trabalho, foi analisado o perfil químico de folhas, flores, raízes, nódulos e legumes da espécie Lupinus lanatus. Foram isolados oito compostos fenólicos, dois deles não foram identificados devido ao baixo rendimento, um derivado do ácido cafeico isolado a partir das raízes teve sua estrutura parcialmente identificada. Quatro flavonóides tiveram suas estruturas elucidadas por métodos espectroscópicos e espectrométricos; três flavonas-C-glicosiladas: citisosídeo a partir das flores e folhas, ramnosil-O-vitexina e ramnosil-O-citisosídeo, a partir das folhas; e a isoflavona angustona A, a partir dos nódulos. Foi analisada a atividade antimicrobiana das flavonas pelo método da bioautografia frente a Bradyrhizobium sp. e Agrobacterium sp., microrganismos simbionte e patógeno, respectivamente, sendo que nenhum metabólito obteve resultado positivo, entretanto quando analisados pelo mesmo método frente a Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae e Escherichia coli o resultado foi positivo para ramnosil-O-vitexina. Foi avaliada a atividade antioxidante pelo método da DPPH para as flavonas, onde citisosídeo obteve resultado positivo.

Fixação biológica do nitrogênio e crescimento de plantas de leucena (Leucaena leucocephala (Lam.) de wit.) sob salinidade

This study aimed to evaluate the effects of salinity in the growth and nitrogen fixation in leucaena. Plants were cultivated in Leonard pots containing clean and sterilized sand. The treatments were distributed in a completely randomized design, in a 3x3 factorial, with five replicates. The first factor corresponded to no inoculation and inoculation with Bradyrhizobium sp SEMIA 6070 and SEMIA 6153 strains. The second factor corresponded to NaCl concentrations: 0, 25 and 50 mol m(-3). Were analyzed the height and dry matter accumulation, the number of nodules and nitrogen in plants. The inoculation of plants with the strain SEMIA 6070 provided higher growth and greater nitrogen accumulation in plants thar were not subject to salinity. Nodulation was not affected by salinity. Inoculation with SEMIA 6153 strain provided greater tolerance to salinity.

Avaliação de populações de possíveis rizobactérias em solos sob espécies florestais

Embora estudos recentes relatem a utilização de RCPC (Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas) no Brasil, raríssimos trabalhos avaliam a presença natural dessas espécies bacterianas no solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de RPCP em duas amostras de solo sob diferentes tipos de manejo, através da construção e do seqüenciamento de bibliotecas de DNA metagenômico. Utilizaram-se oligonucleotídeos específicos para amplificação da região hipervariável do espaço intergênico dos genes ribossomais 16S-23S de DNA extraído de diferentes solos, sob Eucalyptus sp. e sob mata. Os fragmentos obtidos foram inseridos em vetor e clonados. As bibliotecas geraram 495 clones, que foram seqüenciados e identificados através de comparações realizadas pelo software Blast. O solo sob Eucalyptus sp. apresentou maior número de RPCP do que sob mata. Os filos Actinobacteria e Proteobacteria eram maiores no solo sob Eucalyptus sp., estando o filo Firmicutes ausente no solo sob mata. Somente oito espécies diferentes de RPCP foram detectadas: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas gladioli. O trabalho forneceu valiosos dados sobre a presença de RPCP em solos com espécies florestais e sua possível utilização em reflorestamentos, assim como para o melhor conhecimento desses microrganismos nos solos do Brasil.

Isolamento e caracterização de bactérias autóctones de nódulos de Arachis hypogaea L

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análisis filogenético de bacterias endosimbióticas de Genista numidica

Los rizobios son bacterias del suelo capaces de formar unas estructuras especializadas en raíces de leguminosas donde reducen dinitrógeno. Algunas de estas leguminosas, como Genista numidica Spach, juegan un importante papel ecológico y económico por la fertilización y la remediación de suelos áridos, lo que ha impulsado el estudio y la caracterización de los rizobios específicos. En la presente investigación se analizan 53 cepas de rizobios aisladas de nódulos de raíces de G. numidica de la costa de Argelia. La diversidad genética de los aislados se llevó a cabo mediante la secuenciación del gen 16S rRNA y del espacio intergénico (ITS), región situada entre los genes 16S y 23S rRNA. Los endosimbiontes de G. numidica muestran una gran diversidad filogenética. Las secuencias de los aislados mostraron proximidad a ?-proteobacterias (Bradyrhizobium sp, Sphingobium sp) y ?-proteobacterias.

Native bradyrhizobial symbionts of Lupinus mariae-josephae, a unique endemism thriving in alkaline soils in Eastern Spain

Lupinus mariae-josephae (Lmj) es una especie de lupino endémica de una pequeña y específica área de Comunidad Valenciana (Este de España), donde prospera en suelos alcalinoscalcáreos, un hábitat singular para los altramuces, que crecen preferentemente en suelos ácidos o neutros. Esto hace de Lmj una especie de lupino única. Cuando se inició este trabajo, la extensión conocida de este endemismo abarcaba unos 700 kilómetros cuadrados, confinados en la provincia de Valencia. En esta área, Lmj prospera en pequeñas poblaciones aisladas que contienen un número reducido de plantas por lo que se la consideró una especie en peligro de extinción. Todos los esfuerzos, utilizando estrategias clásicas dirigidas a ampliar el área de crecimiento de Lmj y garantizar su conservación, han tenido un éxito limitado. El trabajo que se presenta está dirigido a mejorar el conocimiento de la ecología de Lmj, en particular la interacción simbiótica que establece con bacterias del suelo denominadas rizobios y se centra en la caracterización fenotípica, filogenética y genómica de esos rizobios. También se investiga la posible contribución de la simbiosis en mejorar la conservación de Lmj. Para este fin, se han estudiado diferentes aspectos que se describen a continuación. El primero objetivo se centró en aislar y estudiar de la diversidad genética de las bacterias endosimbióticas de Lmj. . Se realizó un análisis filogenético de genes esenciales que mostró que las cepas de Lmj pertenecen al género Bradyrhizobium y que presentan una gran diversidad con características fenotípicas y simbióticas diferentes de cepas de Bradyrhizobium que nodulan otras especies de lupinos nativos de España (cepas ISLU). Las cepas estudiadas se dividieron en dos grupos (Clado I y Clado II). El Clado I, incluye a las cepas Lmj, definiendo un nuevo linaje, filogenéticamente relacionado con otras especies de Bradyrhizobium, como B. jicamae y B. elkanii. El Clado II contiene cepas ISLU relacionadas con cepas de B. canariense y B. japonicum que establecen simbiosis con lupinos de suelos ácidos. Otro análisis filogenético basado en genes simbióticos, distribuyó las cepas de Lmj en sólo dos grupos diferentes. La singularidad y gran diversidad de estas cepas en una pequeña área geográfica, hacen de este, un atractivo sistema para el estudio de la evolución y adaptación de las bacterias simbióticas a su respectiva planta huésped. Adicionalmente, se estudio la presencia de bacterias capaces de nodular Lmj en suelos básicos de Chiapas, México. Sorprendentemente, estos suelos contienen bacterias capaces establecer interacciones simbióticas eficientes con Lmj en ensayos de invernadero. A continuación se investigó la taxonomía de los endosimbiontes de Lmj analizando la secuencia de cuatro genes esenciales (16S rRNA, recA, glnII y atpD) y el promedio de identidad de nucleótidos de genomas completos de algunas cepas representativas de la diversidad (ANIm). Se identificaron nuevas especies de Bradyrhizobium dentro del Clado I y se definió una de ellas: 'Bradyrhizobium valentinum' sp. nov (cepa tipo LmjM3T = CECT 8364T, LMG 2761T). También se abordó cómo conservar Lmj en su hábitat natural mediante inoculación con alguna de las cepas aisladas. Se demostró la ausencia de bacterias capaces de nodular Lmj en suelos rojos alcalinos o ‘‘terra rossa’’ de la Península Ibérica y Baleares. Dos cepas, altamente eficientes en cuanto a la fijación de nitrógeno, LmjC y LmjM3T, fueron seleccionadas para ser empleadas como inoculantes. Dos experimentos de campo llevados a cabo en años consecutivos en áreas con características edafoclimáticas similares a las que presentan las poblaciones de Lmj, lograron la reproducción exitosa de la planta. Se concluyó que un ciclo reproductivo exitoso de Lmj es absolutamente dependiente de la inoculación con sus simbiontes naturales y que la simbiosis debe ser considerada un factor esencial en estrategias de conservación de leguminosas en peligro. La obtención de varias secuencias genómicas de cepas aisladas de Lmj y de otras cepas de Bradyrhizobium reveló una alta similitud entre los genomas de las cepas del Clado I, y permitió la identificación de cinco posibles nuevas especies. Además, se estudiaron tres agrupaciones de genes relacionados con la simbiosis (nod, nif y fix) definiendo un nuevo linaje para las cepas de Lmj, diferente del symbiovar “genistearum” de B. canariense y B. japonicum. La baja diversidad encontrada en el análisis filogenético de los genes simbióticos contrasta con la gran diversidad asociada a genes esenciales. La presencia de plásmidos en cepas del género Bradyrhizobium ha sido descrita en muy pocas ocasiones, sin embargo el análisis de la secuencia genómica de la cepa ISLU101, aislada de Lupinus angustifolius, reveló la presencia de un origen de replicación extracromosómico homólogo al operón repABC, presente en el plásmido de Bradyrhizobium sp BTAi1. Gracias a esta secuencia se identificaron genes homólogos en 19 de 72 cepas ISLU. Filogenéticamente, las secuencias de repABC se agruparon en un grupo monofilético con las de pBTAi1 y separadas de los rizobios de crecimiento rápido. Finalmente, se identificaron sistemas de secreción de proteínas de tipo III (T3SS) en nueve genomas de cepas de Lmj. Los T3SS pueden inyectar proteínas efectoras al interior de células vegetales. Su presencia en rizobios se ha relacionado con la gama de hospedador que pueden nodular y puede tener un efecto beneficioso, neutro o perjudicial en la simbiosis. Los T3SS de las cepas de Lmj codifican para una proteína efectora similar a NopE, un efector dependiente de T3SS descrito en B. diazoefficiens USDA 110T. La proteína NopE de la cepa LmjC se ha caracterizado bioquímicamente. ABSTRACT Lupinus mariae-josephae (Lmj) is a lupine species endemic of a unique small area in Valencia region (Eastern Spain) where the lupine plants thrive in alkaline-limed soils, which preferentially grow in acid or neutral soils. This is the type of soils native lupines of Spain. When this work was initiated, the extension of the endemic area of Lmj was of about 700 squared kilometers confined to the Valencia province. In this area, Lmj thrives in small, isolated patches containing a reduced number of plants, and points to an endemism that can easily became endangered or extinct. Consequently, the Valencia Community authorities gave a ‘‘microreserve” status for conservation of the species. All efforts, using classical strategies directed to extend the area of Lmj growth and ensure its conservation have been so far unsuccessful. The work presented here is directed to improve our knowledge of Lmj ecology and it is centered in the characterization of the rhizobial symbiosis by phenotypic, phylogenetic and genomic analysis as well as in investigate the potential contribution of the symbiosis to improve its conservation. To this end, five different topics have been studied, and results are briefly described here. Extensive details can be followed en the attached, published articles. The first topic deals with the indigenous rhizobial symbionts of the Lmj endemism, and its genetic diversity was investigated. The Lmj root symbionts belong to the Bradyrhizobium genus, and phylogenetic analysis based on core genes identified a large diversity of Bradyrhizobium strains with phenotypic and symbiotic characteristics different from rhizobia nodulating other Lupinus spp. native of Spain. The strains were split in two clades. Clade II contained strains close to classical B. canariense and B. japonicum lineages that establish symbioses with lupines in acid soils of the Mediterranean area. Clade I included Lmj strains that define a new lineage, close to other Bradyrhizobium species as B. jicamae and B. elkanii. The phylogenetic analysis based on symbiotic genes identified only two distinct clusters. The singularity and large diversity of these strains in such a small geographical area makes this an attractive system for studying the evolution and adaptation of the rhizobial symbiont to the plant host. Additionally, the presence of bacteria able to nodulate Lmj in basic soils from Chiapas, Mexico was investigated. Surprisingly, these soils contain bacteria able to effectively nodulate and fix nitrogen with Lmj plants in greenhouse assays. In the second topic, the taxonomic status of the endosymbiotic bacteria of Lmj from Valencia endemism and Chiapas was investigated. Results from phylogenetic analysis of core genes and Average Nucleotide Identity (ANIm) using draft genomic sequences identified new Bradyrhizobium species within strains of Clade I of Lmj endosymbiotic bacteria. Only one of these potentially new species has been defined, meanwhile the others are under process of characterization. The name ‘Bradyrhizobium valentinum’ sp. nov. was proposed for the defined species (type strain LmjM3T= CECT 8364T, LMG 2761T). The third topic was directed to conservation of endangered Lmj in its natural habitat. The relevant conclusion of this experimentation is that the symbiosis should be considered as a relevant factor in the conservation strategies for endangered legumes. First, we showed absence of bacteria able to nodulate Lmj in all the inspected ‘‘terra rossa’’ or alkaline red soils of the Iberian Peninsula and Balearic Islands. Then, two efficient nitrogen fixing strains with Lmj plants, LmjC and LmjM3T, were selected as inoculum for seed coating. Two planting experiments were carried out in consecutive years under natural conditions in areas with edapho-climatic characteristics identical to those sustaining natural Lmj populations, and successful reproduction of the plant was achieved. The relevant conclusion from these assays was that the successful reproductive cycle was absolutely dependent on seedling inoculation with effective bradyrhizobia The forth topic deep into the analysis of the genomic of Lmj representative strains. To this end, draft genomic sequences of selected Lmj strains and type strains of Bradyrhizobium spp. were assembled. The comparison analysis of the draft genomic sequences of Lmj strains and related Bradyrhizobium species grouped in Clade I, revealed a high genomic homology among them, and allowed the definition of five potentially new species of Lmj nodulating bacteria. Also, based on the available draft genomic sequences, only three clusters of nod, fix and nif genes from Lmj strains were identified and showed to define a new symbiotic lineage, distant from that of B. canariense and B. japonicum bv. genistearum. The low diversity exhibited by the phylogenetic analysis of symbiotic genes contrast with the large diversity of strains as regards the housekeeping genes analyzed. Besides, the genomic analysis of a Lupinus angustifolius strain ISLU101, revealed the presence of an extrachromosomal replication origin homologous to repABC cluster from plasmid present in Bradyrhizobium spp BTAi1. This repABC cluster gene sequence allowed the identification of extrachromosomic replication origin in 19 out of 72 Bradyrhizobium strains from Lupinus spp., a highly significant result since the absence of plasmids in the Bradyrhizobium genus was traditionally assumed. The repABC gene sequences of these strains grouped them in a unique monophyletic group, related to B. sp. BTAi1 plasmid, but differentiated from the repABC gene cluster of plasmids in fast growing rhizobium strains. The last topic was focused on characterization of type III secreted effectors present in Lmj endosymbiotic bacteria. Type III secretion systems (T3SS) are specialized protein export machineries which can deliver effector proteins into plant cells. The presence of T3SS in rhizobia has frequently been related to the symbiotic nodulation host-range and may have a beneficial or detrimental effect on the symbiosis with legumes. In this context, the presence of T3SS in genomes of nine Lmj strains was investigated, and it was shown the presence of clusters encoding NopE type III-secreted protein similar to the NopE1 and NopE2 of B. diazoefficiens USDA 110T. The putative NopE protein of LmjC strain is at present being characterized regarding its structure and function.

Poblaciones bacterianas nativas y sus interacciones en la rizosfera de alfalfa y maní.

Se estima que la demanda de alimentos se duplicará en los próximos cincuenta años y por lo tanto, un importante aumento del rendimiento de los cultivos será necesario para alimentar a la creciente población mundial. Aunque la producción agrícola ha crecido en las últimas décadas, en gran medida debido al uso generalizado de fertilizantes, pesticidas, riego, etc., esta tasa de aumento de la producción no es sostenible a causa del impacto ambiental de las prácticas agrícolas modernas. Uno de los factores que permite el desarrollo de una agricultura sustentable es la calidad del suelo, la cual podría definirse como su capacidad para aceptar, almacenar y reciclar agua, minerales y energía para la producción de cultivos, preservando un ambiente sano. El suelo es considerado un espacio heterogéneo definido por sus propiedades físicas, químicas y biológicas, que bajo condiciones naturales tiende a desarrollar un equilibrio dinámico entre sus diferentes propiedades, lo que genera las condiciones adecuadas para una diversidad de organismos transformadores y descomponedores de sustratos. En general, se considera que la microbiota del suelo, conformada principalmente por bacterias y hongos, juega un papel importante en la fertilidad, reciclaje de nutrientes, evolución, estructura y conservación del mismo. En consecuencia la hipótesis planteada es que la agregación microbiana y la formación de biofilms son procesos cruciales para la supervivencia de las bacterias rizosféricas, la interacción con las plantas y el mejoramiento de la calidad del suelo. En este contexto el objetivo general del presente proyecto estará dirigido a evaluar el aporte de las comunidades microbianas y sus interacciones en el ecosistema rizosférico de la región centro-sur de Córdoba, poniendo especial énfasis en la incidencia sobre la calidad y conservación de los suelos. Por lo tanto y para validar esta hipótesis, se desarrollarán experiencias y evaluaciones dividiendo la investigación en los siguientes objetivos específicos: 1. Evaluar poblaciones bacterianas asociadas a suelo rizosférico de cultivos de impacto agroeconómico en la provincia de Córdoba. 2. Analizar el proceso de autoagregación en células planctónicas de Rizobios y establecer su relación con la capacidad formadora de biofilms. 3. Estudiar la formación de biofilm mixto entre diferentes bacterias rizoféricas aisladas de la rizósfera de cultivos de alfalfa y maní. Para ello se estudiarán alternativamente a través de los enfoques que se describen en el diseño experimental, distintos modelos de asociaciones microorganismo-planta. Si bien el modelo principal de estudio estará centrado en el par simbiótico S. meliloti-alfalfa y Bradyrhizobium sp.-maní, otras bacterias promotoras del crecimiento vegetal como Azospirillum y Pseudomonas, serán utilizadas en evaluaciones comparativas en virtud de las experiencias y capacidades previas de los integrantes del grupo de trabajo en los sistemas mencionados. Consideramos que con la metodología planteada en este proyecto y por medio de un amplio abordaje del tema en estudio, tanto por el uso de los modelos citados como por el diseño de ensayos a escala de laboratorio y a campo, se podrían lograr avances significativos en el conocimiento sobre la aplicación de microorganismos de interés agronómico.