A Compiler for the dependently typed language Beluga

Les structures avec des lieurs sont très communes en informatique. Les langages de programmation et les systèmes logiques sont des exemples de structures avec des lieurs. La manipulation de lieurs est délicate, de sorte que l’écriture de programmes qui ma- nipulent ces structures tirerait profit d’un soutien spécifique pour les lieurs. L’environ- nement de programmation Beluga est un exemple d’un tel système. Nous développons et présentons ici un compilateur pour ce système. Parmi les programmes pour lesquels Beluga est spécialement bien adapté, plusieurs peuvent bénéficier d’un compilateur. Par exemple, les programmes pour valider les types (les "type-checkers"), les compilateurs et les interpréteurs tirent profit du soutien spécifique des lieurs et des types dépendants présents dans le langage. Ils nécessitent tous également une exécution efficace, que l’on propose d’obtenir par le biais d’un compilateur. Le but de ce travail est de présenter un nouveau compilateur pour Beluga, qui emploie une représentation interne polyvalente et permet de partager du code entre plusieurs back-ends. Une contribution notable est la compilation du filtrage de Beluga, qui est particulièrement puissante dans ce langage.

Identification of a novel herpesvirus associated with a penile proliferative lesion in a beluga (Delphinapterus leucas).

The carcass of an adult male beluga (Delphinapterus leucas) was found beach cast in 2008 on the shore of the St. Lawrence Estuary at Rivière-Ouelle, Quebec, Canada. The carcass was transported to the Faculté de médecine vétérinaire of the Université de Montréal for postmortem examination. Aspiration pneumonia was the probable cause of death. Necropsy revealed a focal papilloma-like penile lesion, characterized by focal mucosal thickening with disorganization of the epithelial layers and lymphoplasmacytic infiltration. A pan-herpesvirus nested PCR assay on frozen tissue from the penile lesion was positive. The PCR product sequencing revealed a partial herpesvirus DNA polymerase (DPOL) gene sequence of 600 nucleotides. Its nearest nucleotide identity was with the partial DPOL gene of an alphaherpesvirus, bovine herpesvirus 5 (79.5% identity). It also shared high identity with several other marine mammal herpesviruses (50.2 to 77.3% identity). This new herpesvirus was tentatively named beluga whale herpesvirus (BWHV). Virus isolation was unsuccessful. The pathogenic potential of BWHV is unknown, but the evaluation of archived tissues suggests that the virus is endemic in the St. Lawrence Estuary beluga population.

(Table 1) Beluga (Delphinapterus leucas) density and abundance, and pod characteristics in west Greenland waters

An aerial survey was conducted to estimate the abundance of belugas (Delphinapterus leucas) on their wintering ground in West Greenland in March-April 2006 and 2008. The survey was conducted as a double platform aerial line transect survey, and sampled approximately 17% of the total survey area of ca. 125 000 km**2. The abundance of belugas was 10 595 (95% confidence interval 4904-24 650). The largest abundance was found at the northern part of Store Hellefiske Bank, at the eastern edge of the Baffin Bay pack ice, a pattern similar to that found in eight systematic surveys conducted since 1981. A clear relationship between decreasing sea-ice cover and increasing offshore distance of beluga sightings was established from all previous surveys, suggesting that belugas expand their distribution westward as new areas on the banks of West Greenland open up earlier in spring with reduced sea-ice coverage or early annual ice recession. This is in contrast to the relatively confined distribution of belugas near the coast in limited open areas in the early 1980s, when sea-ice cover was greater. However, the effects of the changes in coastal availability of belugas can also be observed with the correlation between catches from the local Inuit hunt and sea-ice cover, where the catches increased significantly with increasing sea-ice coverage during the period 1954-2006. These results, based on nearly 30 years of dedicated survey effort, are among the first available evidence showing a shift in distribution of an Arctic cetacean in response to changes in sea-ice coverage.

Amount and patterns of beluga sightings in the eastern Beaufort Sea

An understanding of the adaptability of belugas (Delphinapterus leucas) to changing ice conditions is required to interpret and predict possible changes in habitat selection in response to projected loss of sea ice throughout the circumpolar Arctic. We analyzed beluga observations made during spring aerial surveys for ringed seals conducted from 1975 to 1979 in the eastern Beaufort Sea. Despite interannual variability in the extent and distribution of sea ice, belugas consistently selected areas with water depths of 200-500 m and heavy ice concentrations (8/10 to 10/10) while areas of open water to light ice concentrations (0/10 to 1/10) were not selected. Belugas were also found in proximity to regions with >0.5 degrees seafloor slope which include the continental slope and other areas with the potential for oceanographic upwellings. In most years (4 of 5), fast-ice edges and coastal areas were not selected. In the lightest ice year analyzed, belugas showed less specificity in habitat selection as their distribution expanded and shifted shoreward to fast-ice edges. The observed distribution is discussed in terms of predator-prey relationships particularly with reference to beluga feeding on polar cod (Boreogadus saida). More research is required to examine and compare possible changes in distribution since the late 1970s and to investigate the factors driving the patterns described.

(Tables 1,2) Polar bear (Ursus maritimus), beluga whale (Delphinapterus leucas) and ringed seal (Pusa hispida) liver microsomal protein content and EROD activity

The present study assessed and compared the oxidative and reductive biotransformation of brominated flame retardants, including established polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) and emerging decabromodiphenyl ethane (DBDPE) using an in vitro system based on liver microsomes from various arctic marine-feeding mammals: polar bear (Ursus maritimus), beluga whale (Delphinapterus leucas), and ringed seal (Pusa hispida), and in laboratory rat as a mammalian model species. Greater depletion of fully brominated BDE209 (14-25% of 30pmol) and DBDPE (44-74% of 90pmol) occurred in individuals from all species relative to depletion of lower brominated PBDEs (BDEs 99,100, and 154; 0-3% of 30pmol). No evidence of simply debrominated metabolites was observed. Investigation of phenolic metabolites in rat and polar bear revealed formation of two phenolic, likely multiply debrominated, DBDPE metabolites in polar bear and one phenolic BDE154 metabolite in polar bear and rat microsomes. For BDE209 and DBDPE, observed metabolite concentrations were low to nondetectable, despite substantial parent depletion. These findings suggested possible underestimation of the ecosystem burden of total-BDE209, as well as its transformation products, and a need for research to identify and characterize the persistence and toxicity of major BDE209 metabolites. Similar cause for concern may exist regarding DBDPE, given similarities of physicochemical and environmental behavior to BDE209, current evidence of biotransformation, and increasing use of DBDPE as a replacement for BDE209.

Traditional beluga drives of the Iñupiat of Kotzebue Sound, Alaska / Charles V. Lucier, James W. VanStone.

n.s. no.25(1995)

Beluga whale distribution, migration, and behavior in a changing Pacific Arctic

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-06

Mise à jour et étude de sources de variation des niveaux d’exposition au chlordane, au BPC, au toxaphène et au mercure chez les Inuits de l’Arctique canadien

La nourriture traditionnelle compose une part essentielle de la culture Inuit. Néanmoins, la contamination de cette nourriture par les organochlorés et les métaux lourds fait l’objet d’une attention toute particulière, car elle excède dans certains cas les recommandations canadiennes. Le but de ce travail est, d’une part de mettre à jour les estimés d’exposition au chlordane, au BPC, au toxaphène et au mercure, et d’autre part d’en explorer certaines sources de variation. Pour ce faire, de nouvelles données sur la concentration de ces contaminants parmi les plus importants aliments traditionnels ont été combinées aux relevés alimentaires assemblés dans l’Arctique canadien en 1998 et 1999, la quantité et le type de nourriture traditionnelle consommés étant supposés ne pas avoir changé. D’après l’ensemble des nouveaux estimés obtenus, les changements dans la banque de données sur les contaminants affectent plus les extrémités des distributions que les mesures de tendance centrale. Les estimés d’apports en organochlorés peuvent être considérés comme toujours actuels étant donné que les cinq types d’aliments pour lesquels il y a des nouvelles données disponibles représentent la majorité de l’exposition totale. En ce qui concerne le mercure, toutefois, des données additionnelles sont nécessaires à propos du caribou, du narval, du muktuk du béluga et de la truite de lac pour générer des niveaux d’exposition plus exacts. Les sources de variations de ces estimés d’exposition ont été explorées en évaluant les coefficients de variation propres aux apports alimentaires et ceux propres aux concentrations de contaminants dans les aliments traditionnels. Il s’avère que la variation attribuable aux méthodes de collecte de données alimentaires est plus élevée que celle attribuable à la mesure des contaminants dans les banques de données. De nouvelles méthodes pour mesurer les niveaux de consommation d’aliments traditionnels devraient être développées.

Modélisation de l'utilisation de l'habitat du béluga du Saint-Laurent en fonction de ses proies à l'embouchure de la rivière Saguenay et à la baie Sainte-Marguerite

Le béluga du Saint-Laurent est une espèce menacée au Canada et protégée par la Loi sur les espèces en péril du Canada. La détermination des fonctions biologiques de ses habitats essentiels est nécessaire afin d’assurer le rétablissement de la population. Parcs Canada a entamé en 2009 un suivi des proies du béluga dans deux de ses aires de fréquentation intensive situées dans le Parc marin du Saguenay–Saint-Laurent : l’embouchure de la rivière Saguenay et la baie Sainte-Marguerite. L’étude de l’abondance et de la distribution des proies est réalisée par sondage hydroacoustique le long de transects à l’aide d’un échosondeur multifréquences. Un protocole d’observations systématiques du béluga est mené simultanément aux sondages hydroacoustiques à partir de sites terrestres. Le premier objectif de cette étude est de développer la méthodologie concernant le traitement, la classification et la cartographie des données hydroacoustiques échantillonnées. L’objectif principal consiste à déterminer si l’abondance et la distribution des proies pélagiques ont une influence sur l’utilisation de ces deux habitats par le béluga. La cartographie de la biomasse relative de poissons a été réalisée pour la couche de surface, la couche en profondeur et pour l’ensemble de la colonne d’eau par krigeage ordinaire pour les deux habitats pour les 29 transects. À la baie Sainte-Marguerite, le nombre de bélugas observés augmente avec la biomasse relative des proies en surface et en profondeur. À l’embouchure de la rivière Saguenay, les résultats n’ont pas été concluants. Les résultats suggèrent que l’alimentation pourrait être l’une des fonctions biologiques de la baie Sainte-Marguerite.

Indices de condition corporelle chez le béluga du Saint-Laurent : utilisation rétrospective de données morphologiques recueillies lors de nécropsies

L’évaluation de la condition corporelle des carcasses des bélugas du Saint-Laurent contribue au diagnostic de cause de mortalité du pathologiste. La méthode actuelle repose sur une évaluation visuelle subjective. Notre projet visait à chercher un outil objectif d’évaluation de la condition corporelle. L’indice de masse mise à l’échelle (M̂ i) est objectif puisqu’il est calculé à partir de la masse et de la taille de chaque individu. M̂ i doit être calculé avec des constantes différentes pour les bélugas mesurant plus ou moins de 290 cm. Il produit des résultats en accord avec l’évaluation visuelle. Comme il est parfois logistiquement impossible de peser un béluga, nous avons évalué des indices basés sur d’autres mesures morphométriques. Les indices basés sur la circonférence à hauteur de l’anus pour les bélugas de moins de 290 cm et la circonférence maximale pour ceux de plus de 290 cm représentent des indices de condition corporelle alternatifs intéressants.

La neurotoxicité développementale associée au méthylmercure, au plomb et aux biphényles polychlorés : l’attention et le traitement visuel à l’étude

L’influence des contaminants environnementaux (CE) a été largement étudié en contexte d’exposition aigüe et d’intoxication. Qu’en est-il d’une exposition chronique à plus faibles doses sur le développement cognitif et sensoriel des enfants? Les études longitudinales de la présente thèse ont été réalisées au Nunavik. Bien que géographiquement éloignée des centres industriels, la communauté inuite est exposée aux CE via leur transport par les courants atmosphériques et océaniques ainsi que par leur bioaccumulation dans le poisson et les mammifères marins. Puisque l’alimentation autochtone traditionnelle, notamment la chair de béluga, est encore fréquemment consommée par la communauté, une proportion substantielle d’enfants inuits est exposée in utero aux CE. Ceux-ci sont également continuellement exposés à ces agents neurotoxiques durant leur développement postnatal. Or, la variation considérable dans l’adoption de l’alimentation traditionnelle au sein de la communauté représente une opportunité pour étudier la relation entre les niveaux d’exposition aux CE et le développement cognitif et sensoriel des enfants. Bien que certains déficits aient déjà été mis en lien avec l’exposition chronique aux CE dans la littérature, la présente thèse s’intéressa à cette relation plus spécifiquement chez les enfants inuits vivant dans le Grand Nord et plus exposés aux CE en raison de leur alimentation. Par ailleurs, les protocoles qui ont été développés pour cette thèse permettront d’évaluer des aspects qui ont été peu étudiés en lien avec les CE, soit l’attention visuospatiale et le traitement visuel cérébral précoce. Dans le premier volet de cette thèse, la relation entre trois CE et l’attention visuospatiale a été étudiée à l’aide d’une version adaptée de la tâche de Posner (M.I. Posner et al., 1980). Cette tâche psychophysique a été administrée à des enfants inuits (âge moyen = 11.2 ans) dont les niveaux d’exposition au mercure (Hg), au plomb (Pb) et aux biphényles polychlorés (BPCs) ont été documentés durant les périodes pré et postnatale. Les expositions in utero au Pb et aux BPCs ont été significativement associées à de l’impulsivité et de l’inattention, respectivement, alors que l’exposition postnatale au Pb a été associée à des temps de réaction plus longs. Bien qu’aucune relation spécifique avec l’attention visuospatiale n’ait été trouvée, les résultats de cette étude suggèrent que l’exposition aux CE est associée à une diminution des capacités attentionnelles générales chez les enfants résidant au Nunavik. Dans le second volet, le traitement cérébral précoce de l’information visuelle a été examiné à l’aide de potentiels évoqués visuels auprès d’enfants de la même communauté (âge moyen = 10.9 ans). La concentration de Hg dans le sang de cordon ombilical mesurée à la naissance a été associée à une réduction de l’amplitude et à une augmentation de la latence de la composante N75. L’exposition prénatale au Pb a quant à elle été associée à un délai dans la latence de la composante N150. Les résultats obtenus suggèrent ainsi que l’exposition aux métaux lourds, en particulier durant la période gestationnelle, serait associée à des altérations dans le développement visuel. Les résultats présentés dans cette thèse soutiennent l’hypothèse selon laquelle le cerveau en développement est vulnérable lors d’une exposition chronique aux CE, et cela même à des niveaux de concentration inférieurs aux limites recommandées par les organismes de santé publique. Les résultats permettent également d’apporter un éclairage nouveau sur les déficits cognitifs et sensoriels associés aux CE.