Recherche d'éléments répétés par analyse des distributions de fréquences d'oligonucléotides

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Redundancy gain : manifestations, causes and predictions

Les temps de réponse dans une tache de reconnaissance d’objets visuels diminuent de façon significative lorsque les cibles peuvent être distinguées à partir de deux attributs redondants. Le gain de redondance pour deux attributs est un résultat commun dans la littérature, mais un gain causé par trois attributs redondants n’a été observé que lorsque ces trois attributs venaient de trois modalités différentes (tactile, auditive et visuelle). La présente étude démontre que le gain de redondance pour trois attributs de la même modalité est effectivement possible. Elle inclut aussi une investigation plus détaillée des caractéristiques du gain de redondance. Celles-ci incluent, outre la diminution des temps de réponse, une diminution des temps de réponses minimaux particulièrement et une augmentation de la symétrie de la distribution des temps de réponse. Cette étude présente des indices que ni les modèles de course, ni les modèles de coactivation ne sont en mesure d’expliquer l’ensemble des caractéristiques du gain de redondance. Dans ce contexte, nous introduisons une nouvelle méthode pour évaluer le triple gain de redondance basée sur la performance des cibles doublement redondantes. Le modèle de cascade est présenté afin d’expliquer les résultats de cette étude. Ce modèle comporte plusieurs voies de traitement qui sont déclenchées par une cascade d’activations avant de satisfaire un seul critère de décision. Il offre une approche homogène aux recherches antérieures sur le gain de redondance. L’analyse des caractéristiques des distributions de temps de réponse, soit leur moyenne, leur symétrie, leur décalage ou leur étendue, est un outil essentiel pour cette étude. Il était important de trouver un test statistique capable de refléter les différences au niveau de toutes ces caractéristiques. Nous abordons la problématique d’analyser les temps de réponse sans perte d’information, ainsi que l’insuffisance des méthodes d’analyse communes dans ce contexte, comme grouper les temps de réponses de plusieurs participants (e. g. Vincentizing). Les tests de distributions, le plus connu étant le test de Kolmogorov- Smirnoff, constituent une meilleure alternative pour comparer des distributions, celles des temps de réponse en particulier. Un test encore inconnu en psychologie est introduit : le test d’Anderson-Darling à deux échantillons. Les deux tests sont comparés, et puis nous présentons des indices concluants démontrant la puissance du test d’Anderson-Darling : en comparant des distributions qui varient seulement au niveau de (1) leur décalage, (2) leur étendue, (3) leur symétrie, ou (4) leurs extrémités, nous pouvons affirmer que le test d’Anderson-Darling reconnait mieux les différences. De plus, le test d’Anderson-Darling a un taux d’erreur de type I qui correspond exactement à l’alpha tandis que le test de Kolmogorov-Smirnoff est trop conservateur. En conséquence, le test d’Anderson-Darling nécessite moins de données pour atteindre une puissance statistique suffisante.

Analyse des paramètres atmosphériques des étoiles naines blanches dans le voisinage solaire

Ce mémoire présente une analyse homogène et rigoureuse de l’échantillon d’étoiles naines blanches situées à moins de 20 pc du Soleil. L’objectif principal de cette étude est d’obtenir un modèle statistiquement viable de l’échantillon le plus représentatif de la population des naines blanches. À partir de l’échantillon défini par Holberg et al. (2008), il a fallu dans un premier temps réunir le plus d’information possible sur toutes les candidates locales sous la forme de spectres visibles et de données photométriques. En utilisant les modèles d’atmosphère de naines blanches les plus récents de Tremblay & Bergeron (2009), ainsi que différentes techniques d’analyse, il a été permis d’obtenir, de façon homogène, les paramètres atmosphériques (Teff et log g) des naines blanches de cet échantillon. La technique spectroscopique, c.-à-d. la mesure de Teff et log g par l’ajustement des raies spectrales, fut appliquée à toutes les étoiles de notre échantillon pour lesquelles un spectre visible présentant des raies assez fortes était disponible. Pour les étoiles avec des données photométriques, la distribution d’énergie combinée à la parallaxe trigonométrique, lorsque mesurée, permettent de déterminer les paramètres atmosphériques ainsi que la composition chimique de l’étoile. Un catalogue révisé des naines blanches dans le voisinage solaire est présenté qui inclut tous les paramètres atmosphériques nouvellement determinés. L’analyse globale qui en découle est ensuite exposée, incluant une étude de la distribution de la composition chimique des naines blanches locales, de la distribution de masse et de la fonction luminosité.

Caractérisation des microparticules dans les concentrés érythrocytaires : une analyse des antigènes de groupe sanguins par cytométrie de flux

Cette thèse a pour but de caractériser les microparticules isolées à partir des concentrés érythrocytaires et plus précisément de déterminer la présence d'antigènes de groupes sanguins à leur surface. Elle est divisée en trois parties, sous forme d'articles publiés à partir d'un travail de recherche mené au Centre de Transfusion Sanguine d'Epalinges. Dans l'article « Microparticles in stored red blood cells : an approach using flow cytometry and proteomic tools » publié dans Vox Sanguinis en 2008, il est question de la lésion de stockage des globules rouges. Grâce à des techniques alliant la cytométrie de flux et la protéomique, il a été montré que la génération de microparticules augmente au cours du stockage des concentrés érythrocytaires et que leur composition se modifie au cours du temps. L'article de revue « Analysis and clinical relevance of microparticles from red blood cells » publié dans Current Opinion in Hematology en 2010, explique les mécanismes de formation et d'élimination des microparticules de globules rouges. Il fait une revue des implications cliniques liées à la génération de microparticules et discute leur conséquences potentielles dans le domaine de la médecine transfusionnelle. L'article « Red blood cell microparticles and blood group antigens : an analysis by flow cytometry » publié dans Blood Transfusion en 2012, décrit l'étude des antigènes de groupe sanguins à la surface des microparticules générées à partir de concentrés érythrocytaires après ajout de calcium ionophore. Les résultats de cette étude indiquent que les antigènes de groupes sanguins appartenant aux systèmes RH, KEL, JK, FY, MNS, LE et LU sont présents à la surface des microparticules. Ces antigènes pourraient potentiellement être source d'allo-immunisation après transfusion.

Analyse des résultats du dépistage systématique de la syphilis effectué dans le cadre de l'Etude Suisse de Cohorte VIH

L'Etude Suisse de Cohorte VIH a été mise en place en 1988. Plusieurs centres participent à cette étude : les hôpitaux universitaires de Zurich, Berne, Bâle, Genève et Lausanne, les hôpitaux cantonaux de Saint-Gall et du Tessin, 14 hôpitaux régionaux, ainsi que 35 praticiens privés. Cette étude a collecté des données de plus de 16500 personnes infectées par le VIH, de 1981 jusqu'aujourd'hui.¦Actuellement, plus de 7000 patients sont suivis tous les 6 mois. Parmi les analyses demandées au cours de ce suivi figure un test annuel de dépistage de la syphilis. Ce dépistage consiste en un test TPHA (Treponema Pallidum Haemagglutination Assay) où l'on observe l'hémagglutination de globules rouges qui ont absorbé des antigènes du tréponème, ou ses équivalents LIAISON et ARCHITECT.¦Si ce test TPHA est positif, un test VDRL, qui détecte des anticorps dirigés contre la cardiolipine, est effectué.¦Pour des raisons économiques, ce dépistage annuel systématique de la syphilis est remis en question par l'un des médecins praticiens participant à l'Etude Suisse de Cohorte VIH, estimant que ce dépistage ne devrait être demandé chaque année que chez les personnes étant identifiées comme à risque.¦Notre objectif est d'évaluer la nécessité de faire un dépistage de la syphilis annuel chez tous les patients de la Cohorte en comparaison à un dépistage annuel seulement chez le groupe jugé à risque.¦Pour pouvoir répondre à cette question, nous allons dans un premier temps faire une analyse descriptive : nous allons analyser quels patients ont développé une séroconversion en fonction de l'âge, du sexe et de la voie d'infection du VIH la plus probable (voie homosexuelle, hétérosexuelle ou consommation de drogues).¦Une conversion du test TPHA de négatif à positif n'est pas toujours synonyme d'infection à treponema pallidum. Une infection diagnostiquée au stade primaire et traitée efficacement ne provoque pas nécessairement des anticorps. A l'inverse, le test TPHA peut être faussement positif dû à une réaction croisée (p.ex. framboesie) ou non-spécifique (maladies auto-immunes). Pour l'analyse descriptive nous devons toutefois nous limiter à la séroconversion.¦Pour pouvoir faire cette analyse nous devons extraire certaines données, et procéder à un « nettoyage » de celles-ci : en effet, nous ne pouvons garder que les données des 700 patients ayant au moins un test initial de TPHA négatif, suivi d'un test TPHA positif avec un VDRL positif.¦Puis nous allons faire une étude « cas-témoins » pour comparer l'anamnèse sexuelle des patients présentant une séroconversion avec celle des patients qui n'ont pas développé d'anticorps, afin d'évaluer si nous pouvons définir, d'après l'anamnèse sexuelle, un groupe de sujets plus à risque de développer une syphilis. Cas et témoins seront stratifiés selon l'âge, le sexe et le mode d'infection du VIH.¦Comme troisième étape nous allons définir, pour un sous-échantillon, si le résultat positif du dépistage a permis de diagnostiquer la syphilis ou si le diagnostique avait déjà été établi grâce à la présence de symptômes.¦Etant donné que ce dépistage systématique est remis en cause pour des raisons financières, nous allons finalement, au cours de cette étude, estimer le coût des différentes options.¦Notre hypothèse, tirée d'après les déclarations de cas de syphilis de l'OFSP (Office Fédéral de la Santé Publique) et l'expérience des cliniciens, est que l'on trouve en effet que les homosexuels de moins de 50 ans représentent un grand pourcentage des personnes infectées par la syphilis. Cependant, nous ne savons pas si la fréquence d'infection des autres groupes de patients est suffisamment élevée pour justifier ce dépistage systématique.

On y voit rien. Le recours aux sources de presse pour l'analyse des mobilisations protestataires

Aujourd'hui la PEA est devenue la méthode la plus employée dans le champ des études de mobilisation. Toutefois, il est frappant que les limites, nombreuses, de cette méthode, demeurent peu explorées, malgré une abondante littérature critique. C'est à ces questions des biais propres aux sources de presse dans le cadre de la PEA et aux moyens de les explorer que ce working paper se consacre. Nous commencerons par montrer, en deux temps, comment la question de la systématicité gagne à être explorée à partir d'enquêtes qualitatives, en nous appuyant sur un travail inédit mené naguère auprès du journal Le Monde, dans le cadre d'une recherche collective sur les transformations de l'activisme environnemental en Europe, dont les données seront comparées avec des sources de police, le dépouillement des dépêches de l'Agence France-Presse sur six mois, et surtout une série d'interviews avec des journalistes spécialisés dans l'environnement. L'on revient dans un second temps à la question de la sélectivité des sources en tentant de montrer comment dans toute une série de circonstances et pour toute une série de groupes, les luttes ne sauraient se réduire ni aux événements protestataires ni à un appel à l'Etat ou à l'opinion. L'on espère ainsi proposer des moyens de se garder d'un défaut commun à tout conventionnalisme méthodologique qui, ici comme ailleurs, frappe la recherche, soit la réitération de mesures conventionnelles ayant pour effet de les institutionnaliser en dehors de toute réflexion sur leur pertinence. Protest Events Analysis (PEA) has by no doubts become one the most used method in the field of social movement research. Yet, the numerous biases of that method have not been explored completely, despite a rich litterature. Our paper first proposes a discussion of the systematicity of biases, based on an empirical research on environmental journalists in various French newspapers and Agence France press. Secondly, we deal with the question of selectivity of biases. Finally, we propose some methodological recommendations in order to improve our understanding of social movements and to avoid methodological conventionalism.

Cartographie et analyse des données disponibles pour estimer le nombre de préservatifs écoulés sur le marché suisse en une année

L'Office fédéral de la santé publique (OFSP) a mandaté la Fédération romande des consommateurs (FRC) et l'Institut universitaire de médecine sociale et préventive (IUMSP) pour réaliser une cartographie du marché des préservatifs et analyser les données disponibles pour estimer le nombre de préservatifs écoulés sur le marché suisse en une année. Les données disponibles identifiées sont les suivantes : 1. Données Verein : l'Association pour le label de qualité des préservatifs possède des données sur le nombre de préservatifs testés chaque année pour l'obtention du label OK. Ces données constituent une estimation du nombre de préservatifs ayant suivi la procédure de certification du label OK. Ces dernières années, des entreprises auraient renoncé à leur collaboration avec l'association pour le label de qualité, ce qui réduit la fiabilité de cette méthode pour suivre l'évolution du marché des préservatifs en Suisse. 2. Données douanes : l'Administration fédérale des douanes établit une statistique du commerce extérieur et met à disposition une base de données qui donne accès aux données statistiques d'importation et d'exportation de préservatifs. Etant donné que cette statistique se base sur les données indiquées par les importateurs et les exportateurs, des erreurs de déclaration peuvent être commises. 3. Données IUMSP : entre 1986 et 2011, l'IUMSP a reçu des producteurs/importateurs des données de mises sur le marché de préservatifs. Ces données, fiables car provenant directement des producteurs/importateurs, ne sont malheureusement plus complètes depuis 2012, en raison d'une difficulté croissante à obtenir de telles informations. 4. Données Nielsen et IMS Health : Nielsen et IMS HEalth sont des entreprises privées qui recensent les données de vente des préservatifs en Suisse réalisées dans les commerces de détail, ainsi que dans les drogueries et pharmacies. Ces données constituent des données de vente réelles obtenues grâce à l'enregistrement des mouvements de la marchandise lors du passage en caisse dans les magasins. La couverture des points de vente est élevée (près de 80% pour les données Nielsen) et stable dans le temps.

La participation sociale au quotidien : une analyse de l’emploi du temps.

Notre recherche tente de comprendre l’évolution de la participation sociale et les nouvelles formes qu’elle prend dans la société canadienne contemporaine. La participation sociale constitue désormais un enjeu important dans les sociétés démocratiques, où la vie sociale est menacée par la logique marchande et où l’action de l’État sollicite de plus en plus l‘engagement social. Nous nous demandons ainsi comment la distribution du temps de participation sociale a évolué chez les Canadiens âgés de 25 à 49 ans, afin de saisir de quelle manière les individus concilient quotidiennement leur vie professionnelle, familiale et civique. Nous avons ainsi analysé la participation sociale à partir de la place qu’elle occupe dans l’organisation de l’emploi du temps quotidien, plutôt qu’à partir de ses déterminants. Au terme de nos analyses, nous pouvons poser deux conclusions majeures. D’abord, l’évolution entre 1992 et 1998, des activités formelles (bénévolat) et des activités informelles (entraide) se caractérise par la baisse du taux de participation. Par contre, il s’est également produit un allongement du temps de participation du bénévolat qui témoigne de l’existence d’un « noyau dur » de bénévoles. Ensuite, c’est la manière spécifique dont les individus organisent leur temps libre qui explique l’engagement social et le temps qui lui est consacré. Ceci nous fait conclure à l’influence réelle mais non totalement déterminante du temps de travail dans le fait de s’engager ou non et de consacrer de plus ou moins longues périodes à la pratique de ces activités.

Consommation de substances psychotropes et violence chez les jeunes décrocheurs canadiens : analyse des liens distaux (capital social, familial, délinquant et individuel)

Le présent mémoire explore les liens entre les différents types de capitaux (social, familial, délinquant et individuel) et certains actes déviants, soit la consommation de substances psychotropes et l’implication criminelle violente chez un groupe de décrocheurs scolaires canadiens. Dans un premier temps, il s’agit d’établir la prévalence et les habitudes de consommation de cette population aliénée du système éducatif. De plus, cette étude concerne l’implication criminelle violente des décrocheurs. Plus précisément, il s’agit de déterminer la fréquence des manifestations agressives et les types de violence perpétrés par ces jeunes, ainsi que d’examiner les liens qui se tissent entre la consommation de substances psychotropes et la commission d’actes violents. Ensuite, il est question d’étudier l’impact des différents capitaux (social, familial, délinquant et individuel) sur la consommation de substances psychoactives et l’implication criminelle violente des décrocheurs. En outre, dans une perspective davantage clinique, le dernier objectif aura pour but d’identifier différentes typologies de décrocheurs scolaires. Les analyses s’appuient sur un échantillon de 339 jeunes décrocheurs scolaires de Montréal et Toronto. Les informations amassées par rapport à l’usage de substances psychotropes et la commission d’actes violents concernent les douze mois qui ont précédé la passation du questionnaire. Succinctement, les taux de prévalence de consommation des décrocheurs apparaissent plus importants que ceux de la population estudiantine, leur usage est plus inquiétant de même que l’auto-évaluation de leur dépendance. Les résultats révèlent également une implication criminelle violente importante, surtout chez les garçons et les consommateurs de substances psychotropes. Qui plus est, le capital délinquant semble avoir un impact majeur sur l’usage d’alcool et de drogues de même que sur les manifestations de violence perpétrées par les décrocheurs. Enfin, trois typologies de décrocheurs scolaires ont été identifiées, soit les invisibles, les détachés et les rebelles.

Analyse des tendances et configurations de la criminalité au Québec à l’aide d’un indice de gravité de la criminalité

La mesure traditionnelle de la criminalité (taux pour 100 000 habitants) pose problème dans l'analyse des variations de la criminalité dans le temps ou l'espace. Le problème est dû au fait que le taux de criminalité est essentiellement déterminé par des infractions moins graves et très fréquentes. La présente étude a permis de tester l’utilité du nouvel outil développé par Statistique Canada qui procure un index de « gravité de la criminalité » dans lequel chaque crime est pondéré par son score de gravité (basé sur les décisions sentencielles moyennes au Canada de 2002 à 2007 pour chaque forme de crime). Appliquées aux statistiques officielles du Québec de 1977 à 2008, nos analyses montrent que l’indice de gravité s’avère une mesure utile pour dresser un portrait plus juste des tendances des crimes violents d’une année à l’autre. Plus exactement, l’indice de gravité montre que le taux de crimes violents est demeuré stable de 1977 à 1992 contrairement à l'image fournie par le taux traditionnel qui montre plutôt une montée fulgurante durant cette période. L’indice de gravité peut également être utile à l’égard des crimes violents pour comparer plus adéquatement les territoires entre eux afin d’établir ceux qui présentent une criminalité plus grave. Cependant, à l’égard de la criminalité globale et des crimes sans violence, l’indice de gravité n’est d’aucune utilité et présente la même lecture de la criminalité que la mesure traditionnelle. Cela s’explique par le fait que ce sont toujours les mêmes infractions (les vols, les méfaits et les introductions par effraction) qui contribuent majoritairement à chacune des deux mesures de la criminalité.

L’enquête policière en matière de fausses allégations d’agression sexuelle: analyse des représentations sociales et des pratiques professionnelles

Rapport de stage présenté à la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise ès sciences (M. Sc.) en criminologie

Analyse des nouvelles formes organisationnelles hospitalières en émergence au Mali

Au Mali, une loi hospitalière a été adoptée en 2002 pour définir le cadre institutionnel d’une réforme majeure. Cette loi a décrété des transformations substantielles de la structure interne, tant administrative que clinique des établissements publics hospitaliers notamment l’implication des populations locales dans la prise de décision de l’établissement, l’autonomie administrative et financière à travers la délégation budgétaire et l’implication des professionnels de santé à la gestion, l’intégration des services de spécialité et la participation du secteur privé au service public hospitalier. Cependant, la capacité des hôpitaux à réussir les transformations prévues a été remise en question par la majorité des acteurs internes et externes. L’objectif de cette thèse a été d’étudier de quelle manière l’hôpital malien se transforme sous la pression de la décentralisation des pouvoirs de l’État et d’étudier comment les groupes d’acteurs réagissent face à ces changements à partir de deux cadres d’analyse. Le premier cadre intègre les caractéristiques essentielles des transformations hospitalières en termes de différents types de décentralisation et le second cadre inspiré des travaux de Crozier et coll. (1977) analyse les jeux de pouvoir entre les groupes d’acteurs hospitaliers selon deux niveaux à savoir un niveau stratégique et systémique. Pour cela, nous avons conduit une étude multiple de deux cas et utilisé trois modes de collecte des données à savoir les entrevues semi-structurées auprès des informateurs clés, l’analyse documentaire, et l’observation lors de réunions. Dans un premier temps, les analyses ont révélé pour les changements intervenus dans la structure, selon l’importance des responsabilités attribuées à l’hôpital public, (1) plusieurs variantes de la décentralisation. Globalement, l’intention politique était focalisée sur une délégation puis une déconcentration et une dévolution; les mécanismes mis en place ont penché plus vers une déconcentration puis une délégation et une dévolution tandis que les transformations réellement effectuées dans les établissements publics hospitaliers ont plutôt confirmé une déconcentration en plus d’une délégation particulièrement dans le cas de l’implication des populations locales dans la gestion hospitalière. Tandis que l’hôpital public pouvait faire des recettes à partir du recouvrement partiel des coûts des soins auprès des usagers, l’État gardait une main forte sur la gestion financière et la gestion du personnel, et définissait les directives et les objectifs à poursuivre. (2) Les analyses apportent une compréhension des liens existant entre les différents éléments du processus de réforme, le type de mécanisme mis en place dans le cadre de la réforme semble déterminer le type de transformation effectué selon les fonctions que peut assurer l’hôpital public. La logique traduit le passage de la délégation vers une déconcentration qui est jugée comme étant la forme la moins poussée d’une décentralisation. Dans un deuxième temps, les résultats confirment la présence de conflit entre les normes professionnelles établies et reconnues par les professionnels de santé et les normes organisationnelles et institutionnelles mises en avant par la réforme. Elles sont défendues par la majorité des gestionnaires qui sont imputables face aux autorités alors que les normes professionnelles dominent dans les services cliniques. Les deux cas ont mis en évidence le soutien de leur direction générale, il existait une tension dans les réactions des médecins, qui a été variable selon le type de changement structurel visé, tandis que les infirmiers se sont montrés plutôt accessibles face aux nouvelles mesures introduites par la réforme. L’une des originalités de cette thèse tient au fait que très peu de travaux sur les pays en développement ont tenté d’opérationnaliser de façon multidimensionnelle les concepts de décentralisation avant d’analyser les variantes susceptibles d’exister entre eux et les stratégies développées par les groupes d’acteurs de l’hôpital. En outre, alors que la pertinence de la prise en compte des caractéristiques du contexte organisationnel dans la mise en place des réformes des systèmes de soins est au cœur des préoccupations, ce travail est l’un des premiers à analyser l’influence de l’interaction entre le processus de réforme hospitalière et les prises de position des acteurs. Les résultats de cette thèse fournissent des recommandations aux décideurs politiques et aux gestionnaires quant aux modes de changement structurel à privilégier ou en éviter dans la planification, l’exécution et la mise en œuvre du processus de réforme hospitalière en fonction des caractéristiques du contexte organisationnel sanitaire. La planification de la réforme est essentielle : Élaborer un projet d’établissement discuté et validé par l’ensemble des acteurs de l’hôpital. Ce projet doit être compatible avec les objectifs du schéma d’organisation sanitaire nationale et déterminer les moyens en personnel et en équipements, dont l’hôpital doit disposer pour réaliser ses objectifs. Concevoir un cadre budgétaire et financier hospitalier flexible (qui va alléger la chaine de prise de décision), sur lequel reposera le nouveau système de gestion des hôpitaux. La capacité de mobilisation et d’exécution des ressources hospitalières devrait renforcer l’autonomie de gestion. Enfin, promouvoir une culture de l’évaluation et faciliter les évaluations périodiques de la mise en œuvre de la réforme hospitalière par des organismes d’évaluation externes et indépendants.