El sustrato pedagógico en las políticas de recursos humanos : el caso de agilent technologies.

Resumen basado en el del autor

Error, reproducibility and sensitivity: a pipeline for data processing of Agilent oligonucleotide expression arrays

Background: Expression microarrays are increasingly used to obtain large scale transcriptomic information on a wide range of biological samples. Nevertheless, there is still much debate on the best ways to process data, to design experiments and analyse the output. Furthermore, many of the more sophisticated mathematical approaches to data analysis in the literature remain inaccessible to much of the biological research community. In this study we examine ways of extracting and analysing a large data set obtained using the Agilent long oligonucleotide transcriptomics platform, applied to a set of human macrophage and dendritic cell samples. Results: We describe and validate a series of data extraction, transformation and normalisation steps which are implemented via a new R function. Analysis of replicate normalised reference data demonstrate that intrarray variability is small (only around 2 of the mean log signal), while interarray variability from replicate array measurements has a standard deviation (SD) of around 0.5 log(2) units (6 of mean). The common practise of working with ratios of Cy5/Cy3 signal offers little further improvement in terms of reducing error. Comparison to expression data obtained using Arabidopsis samples demonstrates that the large number of genes in each sample showing a low level of transcription reflect the real complexity of the cellular transcriptome. Multidimensional scaling is used to show that the processed data identifies an underlying structure which reflect some of the key biological variables which define the data set. This structure is robust, allowing reliable comparison of samples collected over a number of years and collected by a variety of operators. Conclusions: This study outlines a robust and easily implemented pipeline for extracting, transforming normalising and visualising transcriptomic array data from Agilent expression platform. The analysis is used to obtain quantitative estimates of the SD arising from experimental (non biological) intra- and interarray variability, and for a lower threshold for determining whether an individual gene is expressed. The study provides a reliable basis for further more extensive studies of the systems biology of eukaryotic cells.

Use of the Agilent 2100 bioanalyzer for rapid and reproducible molecular typing of Streptococcus pneumoniae

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis is an economic and fast technique for molecular typing but has the drawback of difficulties in accurately sizing DNA fragments and comparing banding patterns on agarose gels. We aimed to improve RFLP for typing of the important human pathogen Streptococcus pneumoniae and to compare the results with the commonly used typing techniques of pulsed-field gel electrophoresis and multilocus sequence typing. We designed primers to amplify a noncoding region adjacent to the pneumolysin gene. The PCR product was digested separately with six restriction endonucleases, and the DNA fragments were analyzed using an Agilent 2100 bioanalyzer for accurate sizing. The combined RFLP results for all enzymes allowed us to assign each of the 47 clinical isolates of S. pneumoniae tested to one of 33 RFLP types. RFLP analyzed using the bioanalyzer allowed discrimination between strains similar to that obtained by the more commonly used techniques of pulsed-field gel electrophoresis, which discriminated between 34 types, and multilocus sequence typing, which discriminated between 35 types, but more quickly and with less expense. RFLP of a noncoding region using the Agilent 2100 bioanalyzer could be a useful addition to the molecular typing techniques in current use for S. pneumoniae, especially as a first screen of a local population.

Determination of rare earth elements in geological samples using the agilent SVDV ICP-OES.

2016

The influence of maternal ethnic group and diet on breast milk fatty acid composition

INTRODUCTION: Breast milk fatty acids play a major role in infant development. However, no data have compared the breast milk composition of different ethnic groups living in the same environment. We aimed to (i) investigate breast milk fatty acid composition of three ethnic groups in Singapore and (ii) determine dietary fatty acid patterns in these groups and any association with breast milk fatty acid composition. MATERIALS AND METHODS: This was a prospective study conducted at a tertiary hospital in Singapore. Healthy pregnant women with the intention to breastfeed were recruited. Diet profile was studied using a standard validated 3-day food diary. Breast milk was collected from mothers at 1 to 2 weeks and 6 to 8 weeks postnatally. Agilent gas chromatograph (6870N) equipped with a mass spectrometer (5975) and an automatic liquid sampler (ALS) system with a split mode was used for analysis. RESULTS: Seventy-two breast milk samples were obtained from 52 subjects. Analysis showed that breast milk ETA (Eicosatetraenoic acid) and ETA:EA (Eicosatrienoic acid) ratio were significantly different among the races (P = 0.031 and P = 0.020), with ETA being the highest among Indians and the lowest among Malays. Docosahexaenoic acid was significantly higher among Chinese compared to Indians and Malays. No difference was demonstrated in n3 and n6 levels in the food diet analysis among the 3 ethnic groups. CONCLUSIONS: Differences exist in breast milk fatty acid composition in different ethnic groups in the same region, although no difference was demonstrated in the diet analysis. Factors other than maternal diet may play a role in breast milk fatty acid composition.

In response: UV–vis light transmittance through tinted contact lenses and the effect of color on values

In the study, we used the Agilent 8453 spectrophotometer (which is equipped with a limiting aperture that restricts the light beam to the central 5 mm of the contact lens), to measure the transmittance of various coloured contact lenses including the one Day Acuvue define manufactured by Johnson and Johnson which the authors represent. We measured the instrument baseline before the transmittance spectra of lenses were tested. The values of lens transmittances were thus the difference between baseline and lens measurement at each time. The transmittance measurements were obtained at 0.5 nm intervals, from 200 to 700 nm after a soak in saline to remove the influence of any surface active agents within the packaging products. The technique used in our study was not very different from how other research studies [2], [3], [4], [5] and [6] have measured the spectra transmittances of contact lenses...

Gene expression profile of epithelial cells and mesenchymal cells derived from limbal explant culture

Purpose: Limbal stem cell deficiency is a challenging clinical problem and the current treatment involves replenishing the depleted limbal stem cell (LSC) pool by either limbal tissue transplantation or use of cultivated limbal epithelial cells (LEC). Our experience of cultivating the LEC on denuded human amniotic membrane using a feeder cell free method, led to identification of mesenchymal cells of limbus (MC-L), which showed phenotypic resemblance to bone marrow derived mesenchymal stem cells (MSC-BM). To understand the transcriptional profile of these cells, microarray experiments were carried out.Methods: RNA was isolated from cultured LEC, MC-L and MSC-BM and microarray experiments were carried out by using Agilent chip (4x44 k). The microarray data was validated by using Realtime and semiquntitative reverse transcription polymerase chain reaction. Results: The microarray analysis revealed specific gene signature of LEC and MC-L, and also their complementary role related to cytokine and growth factor profile, thus supporting the nurturing roles of the MC-L. We have also observed similar and differential gene expression between MC-L and MSC-BM.Conclusions: This study represents the first extensive gene expression analysis of limbal explant culture derived epithelial and mesenchymal cells and as such reveals new insight into the biology, ontogeny, and in vivo function of these cells.

Identification of a biomarker panel for colorectal cancer diagnosis

Background: Malignancies arising in the large bowel cause the second largest number of deaths from cancer in the Western World. Despite progresses made during the last decades, colorectal cancer remains one of the most frequent and deadly neoplasias in the western countries. Methods: A genomic study of human colorectal cancer has been carried out on a total of 31 tumoral samples, corresponding to different stages of the disease, and 33 non-tumoral samples. The study was carried out by hybridisation of the tumour samples against a reference pool of non-tumoral samples using Agilent Human 1A 60- mer oligo microarrays. The results obtained were validated by qRT-PCR. In the subsequent bioinformatics analysis, gene networks by means of Bayesian classifiers, variable selection and bootstrap resampling were built. The consensus among all the induced models produced a hierarchy of dependences and, thus, of variables. Results: After an exhaustive process of pre-processing to ensure data quality–lost values imputation, probes quality, data smoothing and intraclass variability filtering–the final dataset comprised a total of 8, 104 probes. Next, a supervised classification approach and data analysis was carried out to obtain the most relevant genes. Two of them are directly involved in cancer progression and in particular in colorectal cancer. Finally, a supervised classifier was induced to classify new unseen samples. Conclusions: We have developed a tentative model for the diagnosis of colorectal cancer based on a biomarker panel. Our results indicate that the gene profile described herein can discriminate between non-cancerous and cancerous samples with 94.45% accuracy using different supervised classifiers (AUC values in the range of 0.997 and 0.955).

Diseño de un array de antenas en tecnología microstrip

[ES]Este trabajo de fin de grado trata sobre el diseño de un array de antenas en tecnología microstrip para ser utilizado en la banda de 5 GHz del estándar de tecnologías inalámbricas IEEE 802.11a. Se buscará aplicar la teoría de arrays para conseguir la mayor ganancia posible, pero al mismo tiempo tratando de obtener un gran ancho de banda para que la antena sea óptima dentro de la mayor parte posible de la banda especificada. El proyecto partirá de un único parche microstrip para posteriormente ir evolucionando el diseño hasta llegar a un array de 2x2 elementos. Al primer diseño se le irán añadiendo progresivamente todos los componentes necesarios (red de adaptación, desfasadores, mayor número de parches, etc.) para poder ir estudiando las simulaciones a la vez que el diseño progresa. Todos los diseños se realizarán con el software ADS (Advanced Design System) de la compañía Agilent Technologies. Finalmente se fabricará el array diseñado y se medirá para contrastarlo con las simulaciones.

Acumulação de compostos organoclorados (PCBs, DDTs e HCB) em tecido hepático de delfinídeos (Cetacea, Mammalia) do Estado do Rio de Janeiro

No decorrer das últimas décadas a pesquisa relacionada à contaminação de organismos marinhos por compostos organoclorados (OCs) se intensificou aliada à utilização de algumas espécies como sentinelas da qualidade ambiental quanto aos poluentes orgânicos. Dentre essas espécies, podem-se destacar os cetáceos, animais que entre outras características possuem grande longevidade, alta porcentagem lipídica em seus tecidos e são predadores de topo de cadeia trófica, tendendo assim a acumular altos níveis de OCs em seus tecidos. O presente estudo teve por objetivo determinar as concentrações de OCs de origem industrial e agrícola (PCBs, HCB e DDTs) em tecido hepático de oito diferentes espécies de cetáceos delfinídeos pertencentes a três distintas áreas oceânicas do Estado do Rio de Janeiro, são elas a região costeira, a plataforma continental e a região oceânica. A determinação foi realizada em cromatógrafo a gás (GC - Agilent 6890) conectado a um espectrômetro de massa (MS - Agilent 5973). Os valores de DDTs (1263617272 ng.g -1 lip.) e PCBs (7648877288 ng.g -1 lip.) aqui encontrados estão entre os mais altos já reportados para o táxon. Em todas as áreas observou-se uma predominância do ΣPCB, seguida do ΣDDT e HCB, em níveis que refletem o caráter fortemente industrial da região analisada. Entre os PCBs, a maior contribuição advém dos hexabifenis, seguida dos hepta e pentabifenis, sendo os congêneres 153, 138 e 180 os principais em todas as áreas. A razão p,pDDE/ΣDp,pDDT foi alta em todas as regiões (0,9), refletindo um input antigo do poluente na área. Foram realizadas correlações entre as concentrações de OCs e os parâmetros biológicos das espécies, como idade, sexo e comprimento total. A transferência placentária de OCs foi analisada em dois pares de fêmea-feto de Sotalia guianensis, mostrando uma maior transferência dos compostos com menor log Kow. Como esperado, foi encontrada uma diferença significativa no perfil de contaminação entre as espécies das diferentes regiões, relacionada à proximidade da fonte, características espécie-específicas e ao arranjo trófico das espécies.

Avaliação das concentrações de BTEX em ambiente indoor: estudo de caso da sala de spinning de uma academia de ginástica Rio de Janeiro / RJ.

Muitos dos locais onde as atividades são realizadas nas academias de ginásticas são salas pequenas e fechadas com sistema de climatização artificial, freqüentados por um grande número de alunos realizando seus exercícios e profissionais auxiliando as atividades. Com isso, há uma intensa transpiração desses indivíduos, uma freqüente rotina de limpeza do piso e de equipamentos com pequenos intervalos, possibilitando a alterações da qualidade do ar indoor. O presente trabalho busca mostrar as tendências de variações nos valores das concentrações dos poluentes atmosféricos BTEX em ambiente indoor, especificamente na sala de spinning de uma academia de ginástica do Rio de Janeiro. Para o monitoramento da qualidade do ar foram utilizados cartuchos de carvão ativado SKC, acoplado a uma bomba KNF com vazão de 1l min. Para a extração de cada amostra foi feita a análise cromatográfica com cromatógrafo a gás modelo 6890 acoplado a um espectrômetro de massa modelo 5973 da marca Agilent. Foram analisadas 34 amostras coletadas na salas de spinning durante as aulas com atividades aeróbicas, o que intensificava a respiração dos indivíduos, possibilitando uma maior inalação destes COVs. Em contrapartida, também foram coletadas 5 amostras outdoor, 4 delas pareadas indoor/ outdoor para uma análise comparativa das concentrações destes poluentes. Dentre os compostos orgânicos voláteis analisados, o tolueno é o BTEX mais abundante obtido neste trabalho, representando 81% destes COVs indoor. Todas as amostras medidas em pares indoor/ outdoor tiveram concentrações maiores no interior, exceto para o benzeno no dia 3/12/2010. Simples atividades usualmente realizadas pelo homem, como a inserção de piso emborrachado, manutenção do sistema de climatização artificial, e limpeza podem alterar o ar indoor. As conclusões alcançadas após as medições das concentrações de BTEX foram de que o ar indoor estava mais poluído do que o outdoor. Este monitoramento da qualidade do ar indoor ainda é escasso no Brasil. Alguns esforços tem sido feito em relação a ambientes confinados como a Portaria n˚3523 do Ministério da Saúde, regulamentando o controle dos ambientes climatizados e a Resolução n˚9 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária, além da Resolução CONAMA n ˚3 estabelecendo padrões de qualidade do ar para alguns compostos químicos, porém muitos compostos químicos ainda não são legislados ou não possuem a devida atenção, não sendo suficientes para contemplar a complexidade do assunto

Compostos organoclorados em uma raia criticamente ameaçada, Gymnura altavela (LINNAEUS, 1758), no estuário da Baía de Guanabara, Rio de Janeiro, Brasil.

Nos últimos anos, temas envolvendo a conservação de elasmobrânquios têm recebido maior atenção em muitos países. Muitas espécies passaram a ser consideradas ameaçadas de extinção pela IUCN, demonstrando a necessidade de ordenamento pesqueiro e elaboração de planos de manejo. Os Poluentes Orgânicos Persistentes correspondem a mais uma ameaça para esse grupo de peixes, no entanto, estudos envolvendo a contaminação desses organismos são recentes e vêm aumentando nos últimos anos. O presente estudo teve como objetivo principal a quantificação de compostos organoclorados em tecido hepático de uma espécie de raia criticamente ameaçada raia-borboleta, Gymnura altavela, residente na Baía de Guanabara, um dos ambientes estuarinos mais impactados do Brasil. Além disso, investigouse a influência de fatores biológicos, tais como estágio de maturidade sexual, sexo, tamanho e porcentagem de lipídio na matriz analisada, sobre os perfis de contaminação por esses xenobióticos. As concentrações dos compostos organoclorados foram determinadas com a utilização do cromatógrafo de fase gasosa com detector de captura de elétrons (CG-DCE), da marca Agilent Technologies, modelo 7890. Nossos resultados mostraram que as bifelinas policloradas (PCB) representam a classe mais importante de contaminantes com concentração média de 6.772,8 ( 4.659,4) ng.g-1 de lipídio e a maior concentração foi 18.513,1 ng.g-1 de lipídio em um indivíduo macho e jovem. Desse total, 66,5% foram representados pelos congêneres de PCBs 153>138>180>101>170. Quanto ao número de átomos de cloro, os PCBs pertences à classe dos hexa-clorados foram os mais abundantes. A concentração média do ΣDDT foi 646,0 ( 722,4) ng.g-1 de lipídio e o isômero mais representativo foi o p,p DDE com 65,7% do total. O ΣHCH, o HCB e o Mirex representaram 0,13% da contaminação total em G. altavela sendo, portanto, os compostos com as menores contribuições. A razão representada pela fórmula ΣDDT/ΣPCB foi de 0,09, caracterizando uma predominância de compostos de origem industrial. As correlações de Spearman apontaram para uma diminuição das concentrações do ΣPCB, ΣHCH e Mirex à medida que os indivíduos crescem. Não foram encontradas diferenças nas concentrações em relação aos diferentes estágios de maturidade sexual e entre machos e fêmeas.

我国东南部地区妇幼人群静脉血多氯联苯水平及危险性研究

目的研究废旧变压器拆解点周围妇女儿童多氯联苯(PCBs)暴露水平及危险性评价。方法以F地区为研究现场,选择该地区中心小学50名8~10岁学龄儿童和其母亲为研究对象,采集妇女儿童空腹外周静脉血,用Agilent 5973N GC-MSD超痕量分析方法检测其PCBs(13个异构体)含量及血液、尿液临床生化检验,并作调查问卷及健康体检,最后作危险度评价。结果妇女和儿童外周静脉血中多氯联苯几何均值分别达175.9 ng/g、191.6 ng/g类脂;健康体检,儿童龋齿率82%。结论该地区妇女儿童血液中的PCBs含

ESI-MS和HPLC-UV法研究大黄、黄柏、赤芍炮制前后化学成分变化

目的:考察大黄、黄柏、赤芍炮制前后化学成分在质和量方面的变化,以探讨中药的炮制机理。方法:利用电喷雾质谱法(ESI-MS)和高效液相色谱法(HPLC-UV),对大黄、黄柏、赤芍炮制前后的化学成分进行详细研究。质谱:电喷雾电离源(ESI),加热毛细管温度为200℃,喷雾电压为4.5kV;液相色谱:色谱柱为Agilent Zorbax C18柱(4.6mm×150mm,5μm),柱温均为28℃。结果:大黄经酒制和醋制后,其化学成分的含量变化较大;黄柏经酒制后巴马汀的含量略有增加,而小檗碱的含量呈下降趋势;盐制对于黄柏的化学成分几乎无影响;赤芍经酒制和炒制后,芍药苷的含量都呈下降趋势。结论:不同炮制方法对化学成分的影响不同,为进一步阐明中药材炮制入药的科学内涵提供了实验依据。