Curriculum and beyond: Mathematics support for first year life science students

The move into higher education is a real challenge for students from all educational backgrounds, with the adaptation to a new curriculum and style of learning and teaching posing a daunting task. A series of exercises were planned to boost the impact of the mathematics support for level four students and was focussed around a core module for all students. The intention was to develop greater confidence in tackling mathematical problems in all levels of ability and to provide more structured transition period in the first semester of level 4. Over a two-year period the teaching team for Biochemistry and Molecular Biology provided a series of structured formative tutorials and “interactive” online problems. Video solutions to all formative problems were made available, in order that students were able to engage with the problems at any time and were not disadvantaged if they could not attend. The formative problems were specifically set to dovetail into a practical report in which the mathematical skills developed were specifically assessed. Students overwhelmingly agreed that the structured formative activities had broadened their understanding of the subject and that more such activities would help. Furthermore, it is interesting to note that the package of changes undertaken resulted in a significant increase in the overall module mark over the two years of development.

Peroxisome proliferator-activated receptor structures: ligand specificity, molecular switch and interactions with regulators.

Peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) compose a family of nuclear receptors that mediate the effects of lipidic ligands at the transcriptional level. In this review, we highlight advances in the understanding of the PPAR ligand binding domain (LBD) structure at the atomic level. The overall structure of PPARs LBD is described, and important protein ligand interactions are presented. Structure-activity relationships between isotypes structures and ligand specificity are addressed. It is shown that the numerous experimental three-dimensional structures available, together with in silico simulations, help understanding the role played by the activating function-2 (AF-2) in PPARs activation and its underlying molecular mechanism. The relation between the PPARs constitutive activity and the intrinsic stability of the active conformation is discussed. Finally, the interactions of PPARs LBD with co-activators or co-repressors, as well as with the retinoid X receptor (RXR) are described and considered in relation to PPARs activation.

Metaphorical Conceptualization in Cell Biology

Département de linguistique et de traduction

Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

La bio-informatique est un champ pluridisciplinaire qui utilise la biologie, l’informatique, la physique et les mathématiques pour résoudre des problèmes posés par la biologie. L’une des thématiques de la bio-informatique est l’analyse des séquences génomiques et la prédiction de gènes d’ARN non codants. Les ARN non codants sont des molécules d’ARN qui sont transcrites mais pas traduites en protéine et qui ont une fonction dans la cellule. Trouver des gènes d’ARN non codants par des techniques de biochimie et de biologie moléculaire est assez difficile et relativement coûteux. Ainsi, la prédiction des gènes d’ARNnc par des méthodes bio-informatiques est un enjeu important. Cette recherche décrit un travail d’analyse informatique pour chercher des nouveaux ARNnc chez le pathogène Candida albicans et d’une validation expérimentale. Nous avons utilisé comme stratégie une analyse informatique combinant plusieurs logiciels d’identification d’ARNnc. Nous avons validé un sous-ensemble des prédictions informatiques avec une expérience de puces à ADN couvrant 1979 régions du génome. Grace à cette expérience nous avons identifié 62 nouveaux transcrits chez Candida albicans. Ce travail aussi permit le développement d’une méthode d’analyse pour des puces à ADN de type tiling array. Ce travail présente également une tentation d’améliorer de la prédiction d’ARNnc avec une méthode se basant sur la recherche de motifs d’ARN dans les séquences.

Effect of calcium-modulating cyclophilin ligand on human immunodeficiency virus type 1 particle release and cell surface expression of Tetherin

The HIV-1 accessory protein Vpu enhances virus particle release by counteracting a host factor that retains virions at the cell surface of infected cells. It was recently demonstrated that cellular protein BST2/CD317/Tetherin restricts HIV-1 release in a Vpu-dependent manner. CAML was also proposed to be involved in this process. We investigated whether CAML is involved in Tetherin cell-surface expression. Here, we show that CAML over-expression in permissive Cos-7 cells or CAML depletion in restrictive HeLa cells has no effect on HIV-1 release nor on Tetherin surface expression, indicating that CAML is not required for Tetherin-mediated restriction of HIV-1 release.

Studies on the reproductive physiology and breeding biology of the cultivable species of grouper Epinephelus tauvina (Forsskal)

School of Industrial Fisheries,Cochin University of Science and Technology

Effect of rosemary (Rosmarinus officinalis) extract on weight, hematology and cell-mediated immune response of newborn goat kids

This study aimed at evaluating the effects of different levels of rosemary (Rosmarinus officinalis) extract on growth rate, hematology and cell-mediated immune response in Markhoz newborn goat kids. Twenty four goat kids (aged 7 +/- 3 days) were randomly allotted to four groups with six replicates. The groups included: control, T1, T2 and T3 groups which received supplemented-milk with 0, 100, 200 and 400mg aqueous rosemary extract per kg of live body weight per day for 42 days. Body weights of kids were measured weekly until the end of the experiment. On day 42, 10 ml blood samples were collected from each kid through the jugular vein. Cell-mediated immune response was assessed through the double skin thickness after intradermal injection of phyto-hematoglutinin (PHA) at day 21 and 42. No significant differences were seen in initial body weight, average daily gain (ADG) and total gain. However, significant differences in globulin (P <0.05), and white blood cells (WBC) (P <0.001) were observed. There were no significant differences in haemoglobin (Hb), packed cell volume (PCV), red blood cells (RBC), lymphocytes and neutrophils between the treatments. Skin thickness in response to intra dermal injection of PHA significantly increased in the treated groups as compared to the control group at day 42 (P< 0.01) with the T3 group showing the highest response to PHA injection. In conclusion, the results indicated that aqueous rosemary extract supplemented-milk had a positive effect on immunity and skin thickness of newborn goat kids.

Efecto de la hipoxia-reoxigenación y las radiaciones ionizantes en la captación de glucosa en líneas tumorales de seno y colon cocultivadas con células endoteliales.

La captación de glucosa y su conversión en lactato juega un papel fundamental en el metabolismo tumoral, independientemente de la concentración de oxígeno presente en el tejido (efecto Warburg). Sin embrago, dicha captación varía de un tipo tumoral a otro, y dentro del mismo tumor, situación que podría depender de las características microambientales tumorales (fluctuaciones de oxígeno, presencia de otros tipos celulares) y de factores estresores asociados a los tratamientos. Se estudió el efecto de la hipoxia-reoxigenación (HR) y las radiaciones ionizantes (RI) sobre la captación de glucosa, en cultivos de líneas tumorales MCF-7 y HT-29, cultivadas de forma aislada o en cocultivo con la línea celular EAhy296. Se encontró que la captación de glucosa en HR es diferente para lo descrito en condiciones de hipoxia permanente y que es modificada en el cocultivo. Se identificaron poblaciones celulares dentro de la misma línea celular, de alta y baja captación de glucosa, lo que implicaría una simbiosis metabólica de la célula como respuesta adaptativa a las condiciones tumorales. Se evaluó la expresión de NRF2 y la translocación nuclear de NRF2 y HIF1a, como vías de respuesta a estrés celular e hipoxia. La translocación nuclear de las proteínas evaluadas explicaría el comportamiento metabólico de las células tumorales de seno, pero no de colon, por lo cual deben existir otras vías metabólicas implicadas. Las diferencias en el comportamiento de las células tumorales en HR en relación con hipoxia permitirá realizar planeaciones dosimétricas más dinámicas, que reevalúen las condiciones de oxigenación tumoral constantemente.

Revise AS and A2 biology : study guide.

Permite superar los cursos del nivel A de biología, que desde, septiembre de 2000, está dividido en dos partes, con una serie de módulos ó unidades en cada una de las dos partes. Aunque la mayoría de los estudiantes comienzan con el AS (Advanced Subsidiary), otros estudian la segunda parte del curso, llamado A2.

Human and social biology for CSEC. Teacher's support material.

Recurso para el profesor que acompaña al libro de texto del alumno para preparar el Certificado de Educación Secundaria en el Caribe (CSEC). Trata de los organismos vivos y el medio ambiente, los procesos de vida, la herencia y la variación, la enfermedad y su impacto en los seres humanos; el impacto de las prácticas de salud en el medio ambiente. Tiene notas para el profesor y hojas de trabajo para los alumnos.

Longman human and social biology for CSEC.

Texto de biología para preparar el Certificado de Educación Secundaria del Caribe (CSEC). Está estructurado en seis secciones temáticas con un número variable de capítulos cada una : sección A, los organismos vivos y el medio ambiente; sección B, los procesos de vida; sección C, la herencia y la variación, sección D, la enfermedad y su impacto en los seres humanos; Sección E, el impacto de las prácticas de salud en el medio ambiente. Cada sección empieza con una visión general de los capítulos, que comienzan con una lista de objetivos. Cada capítulo tiene un resumen para reforzar lo aprendido, un breve glosario, preguntas para revisar y reforzar los conocimientos adquiridos, que ayudarán a preparar el estilo de las preguntas del examen.