Connectivity patterns and early life history of the black-faced blenny Tripterygion delaisi (Cadenat and Blache, 1970)

Tese de doutoramento, Ciências do Mar, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Soil sampling design and sampling techniques for soil properties monitoring – common difficulties related to forest soils

Mathematical models and statistical analysis are key instruments in soil science scientific research as they can describe and/or predict the current state of a soil system. These tools allow us to explore the behavior of soil related processes and properties as well as to generate new hypotheses for future experimentation. A good model and analysis of soil properties variations, that permit us to extract suitable conclusions and estimating spatially correlated variables at unsampled locations, is clearly dependent on the amount and quality of data and of the robustness techniques and estimators. On the other hand, the quality of data is obviously dependent from a competent data collection procedure and from a capable laboratory analytical work. Following the standard soil sampling protocols available, soil samples should be collected according to key points such as a convenient spatial scale, landscape homogeneity (or non-homogeneity), land color, soil texture, land slope, land solar exposition. Obtaining good quality data from forest soils is predictably expensive as it is labor intensive and demands many manpower and equipment both in field work and in laboratory analysis. Also, the sampling collection scheme that should be used on a data collection procedure in forest field is not simple to design as the sampling strategies chosen are strongly dependent on soil taxonomy. In fact, a sampling grid will not be able to be followed if rocks at the predicted collecting depth are found, or no soil at all is found, or large trees bar the soil collection. Considering this, a proficient design of a soil data sampling campaign in forest field is not always a simple process and sometimes represents a truly huge challenge. In this work, we present some difficulties that have occurred during two experiments on forest soil that were conducted in order to study the spatial variation of some soil physical-chemical properties. Two different sampling protocols were considered for monitoring two types of forest soils located in NW Portugal: umbric regosol and lithosol. Two different equipments for sampling collection were also used: a manual auger and a shovel. Both scenarios were analyzed and the results achieved have allowed us to consider that monitoring forest soil in order to do some mathematical and statistical investigations needs a sampling procedure to data collection compatible to established protocols but a pre-defined grid assumption often fail when the variability of the soil property is not uniform in space. In this case, sampling grid should be conveniently adapted from one part of the landscape to another and this fact should be taken into consideration of a mathematical procedure.

Species distribution models reveal apparent competitive and facilitative effects of a dominant species on the distribution of tundra plants

Abiotic factors are considered strong drivers of species distribution and assemblages. Yet these spatial patterns are also influenced by biotic interactions. Accounting for competitors or facilitators may improve both the fit and the predictive power of species distribution models (SDMs). We investigated the influence of a dominant species, Empetrum nigrum ssp. hermaphroditum, on the distribution of 34 subordinate species in the tundra of northern Norway. We related SDM parameters of those subordinate species to their functional traits and their co-occurrence patterns with E. hermaphroditum across three spatial scales. By combining both approaches, we sought to understand whether these species may be limited by competitive interactions and/or benefit from habitat conditions created by the dominant species. The model fit and predictive power increased for most species when the frequency of occurrence of E. hermaphroditum was included in the SDMs as a predictor. The largest increase was found for species that 1) co-occur most of the time with E. hermaphroditum, both at large (i.e. 750 m) and small spatial scale (i.e. 2 m) or co-occur with E. hermaphroditum at large scale but not at small scale and 2) have particularly low or high leaf dry matter content (LDMC). Species that do not co-occur with E. hermaphroditum at the smallest scale are generally palatable herbaceous species with low LDMC, thus showing a weak ability to tolerate resource depletion that is directly or indirectly induced by E. hermaphroditum. Species with high LDMC, showing a better aptitude to face resource depletion and grazing, are often found in the proximity of E. hermaphroditum. Our results are consistent with previous findings that both competition and facilitation structure plant distribution and assemblages in the Arctic tundra. The functional and co-occurrence approaches used were complementary and provided a deeper understanding of the observed patterns by refinement of the pool of potential direct and indirect ecological effects of E. hermaphroditum on the distribution of subordinate species. Our correlative study would benefit being complemented by experimental approaches.

Geographical and temporal distribution of human giardiasis in Ontario, Canada

Affiliation: Pascal Michel : Département de pathologie et microbiologie, Faculté de médecine vétérinaire, Université de Montréal

Analyse multi-échelle des champs magnétiques dans des nuages moléculaires à structures filmentaires

Associée à d'autres techniques observationnelles, la polarimétrie dans le visible ou dans le proche infrarouge permet d'étudier la morphologie des champs magnétiques à la périphérie de nombreuses régions de formation stellaire. A l'intérieur des nuages molécualires la morphologie des champs est connue par polarimétrie submillimétrique, mais rarement pour les mêmes régions. Habituellement, il manque une échelle spatiale intermédiaire pour pouvoir comparer correctement la morphologie du champ magnétique galactique avec celle située à l'intérieur des nuages moléculaires. -- Cette thèse propose les moyens nécessaires pour réaliser ce type d'analyse multi-échelle afin de mieux comprendre le rôle que peuvent jouer les champs magnétiques dans les processus de formation stellaire. La première analyse traite de la région GF 9. Vient ensuite une étude de la morphologie du champ magnétique dans les filaments OMC-2 et OMC-3 suivie d'une analyse multi-échelle dans le complexe de nuages moléculaires Orion A dont OMC-2 et OMC-3 font partie. -- La synthèse des résultats couvrant GF 9 et Orion A est la suivante. Les approches statistiques employées montrent qu'aux grandes échelles spatiales la morphologie des champs magnétiques est poloïdale dans la région GF 9, et probablement hélicoïdale dans la région Orion A. A l'échelle spatiale des enveloppes des nuages moléculaires, les champs magnétiques apparaissent alignés avec les champs situés à leur périphérie. A l'échelle spatiale des coeurs, le champ magnétique poloïdal environnant la région GF 9 est apparemment entraîné par le coeur en rotation, et la diffusion ambipolaire n'y semble pas effective actuellement. Dans Orion A, la morphologie des champs est difficilement détectable dans les sites actifs de formation d'OMC-2, ou bien très fortement contrainte par les effets de la gravité dans OMC-1. Des effets probables de la turbulence ne seont détectés dans aucune des régions observées. -- Les analyses multi-échelles suggèrent donc qu'indépendamment du stade évolutif et de la gamme de masse des régions de formation stellaires, le champ magnétique galactique subit des modifications de sa morphologie aux échelles spatiales comparables à celles des coeurs protostellaires, de la même façon que les propriétés structurelles des nuages moléculaires suivent des lois d'autosimilarité jusqu'à des échelles comparables à celles des coeurs.

Évaluation de la vulnérabilité des fermes productrices de maïs-grain du Québec aux variabilités et changements climatiques : les cas de Montérégie-Ouest et du Lac-Saint-Jean-Est

Réalisées aux échelles internationales et nationales, les études de vulnérabilité aux changements et à la variabilité climatiques sont peu pertinentes dans un processus de prise de décisions à des échelles géographiques plus petites qui représentent les lieux d’implantation des stratégies de réponses envisagées. Les études de vulnérabilité aux changements et à la variabilité climatiques à des échelles géographiques relativement petites dans le secteur agricole sont généralement rares, voire inexistantes au Canada, notamment au Québec. Dans le souci de combler ce vide et de favoriser un processus décisionnel plus éclairé à l’échelle de la ferme, cette étude cherchait principalement à dresser un portrait de l’évolution de la vulnérabilité des fermes productrices de maïs-grain des régions de Montérégie-Ouest et du Lac-St-Jean-Est aux changements et à la variabilité climatiques dans un contexte de multiples sources de pression. Une méthodologie générale constituée d'une évaluation de la vulnérabilité globale à partir d’une combinaison de profils de vulnérabilité aux conditions climatiques et socio-économiques a été adoptée. Pour la période de référence (1985-2005), les profils de vulnérabilité ont été dressés à l’aide d’analyses des coefficients de variation des séries temporelles de rendements et de superficies en maïs-grain. Au moyen de méthodes ethnographiques associées à une technique d’analyse multicritère, le Processus d’analyse hiérarchique (PAH), des scénarios d’indicateurs de capacité adaptative du secteur agricole susmentionné ont été développés pour la période de référence. Ceux-ci ont ensuite servi de point de départ dans l’élaboration des indicateurs de capacité de réponses des producteurs agricoles pour la période future 2010-2039. Pour celle-ci, les deux profils de vulnérabilité sont issus d’une simplification du cadre théorique de « Intergovernmental Panel on Climate Change » (IPCC) relatif aux principales composantes du concept de vulnérabilité. Pour la dimension « sensibilité » du secteur des fermes productrices de maïs-grain des deux régions agricoles aux conditions climatiques, une série de données de rendements a été simulée pour la période future. Ces simulations ont été réalisées à l’aide d’un couplage de cinq scénarios climatiques et du modèle de culture CERES-Maize de « Decision Support System for Agrotechnology Transfer » (DSSAT), version 4.0.2.0. En ce qui concerne l’évaluation de la « capacité adaptative » au cours de la période future, la construction des scénarios d’indicateurs de cette composante a été effectuée selon l’influence potentielle des grandes orientations économiques et environnementales considérées dans l’élaboration des lignes directrices des deux familles d’émissions de gaz à effet de serre (GES) A2 et A1B. L’application de la démarche méthodologique préalablement mentionnée a conduit aux principaux résultats suivants. Au cours de la période de référence, la région agricole du Lac-St-Jean-Est semblait être plus vulnérable aux conditions climatiques que celle de Montérégie-Ouest. En effet, le coefficient de variation des rendements du maïs-grain pour la région du Lac-St-Jean-Est était évalué à 0,35; tandis que celui pour la région de Montérégie-Ouest n’était que de 0,23. Toutefois, par rapport aux conditions socio-économiques, la région de Montérégie-Ouest affichait une vulnérabilité plus élevée que celle du Lac-St-Jean-Est. Les valeurs des coefficients de variation pour les superficies en maïs-grain au cours de la période de référence pour la Montérégie-Ouest et le Lac-St-Jean-Est étaient de 0,66 et 0,48, respectivement. Au cours de la période future 2010-2039, la région du Lac-St-Jean-Est serait, dans l’ensemble, toujours plus vulnérable aux conditions climatiques que celle de Montérégie-Ouest. Les valeurs moyennes des coefficients de variation pour les rendements agricoles anticipés fluctuent entre 0,21 et 0,25 pour la région de Montérégie-Ouest et entre 0,31 et 0,50 pour la région du Lac-St-Jean-Est. Néanmoins, en matière de vulnérabilité future aux conditions socio-économiques, la position relative des deux régions serait fonction du scénario de capacité adaptative considéré. Avec les orientations économiques et environnementales considérées dans l’élaboration des lignes directrices de la famille d’émission de GES A2, les indicateurs de capacité adaptative du secteur à l’étude seraient respectivement de 0,13 et 0,08 pour la Montérégie-Ouest et le Lac-St-Jean-Est. D’autre part, en considérant les lignes directrices de la famille d’émission de GES A1B, la région agricole du Lac-St-Jean-Est aurait une capacité adaptative légèrement supérieure (0,07) à celle de la Montérégie-Ouest (0,06). De façon générale, au cours de la période future, la région du Lac-St-Jean-Est devrait posséder une vulnérabilité globale plus élevée que la région de Montérégie-Ouest. Cette situation s’expliquerait principalement par une plus grande vulnérabilité de la région du Lac-St-Jean-Est aux conditions climatiques. Les résultats de cette étude doivent être appréciés dans le contexte des postulats considérés, de la méthodologie suivie et des spécificités des deux régions agricoles examinées. Essentiellement, avec l’adoption d’une démarche méthodologique simple, cette étude a révélé les caractéristiques « dynamique et relative » du concept de vulnérabilité, l’importance de l’échelle géographique et de la prise en compte d’autres sources de pression et surtout de la considération d’une approche contraire à celle du « agriculteur réfractaire aux changements » dans les travaux d’évaluation de ce concept dans le secteur agricole. Finalement, elle a aussi présenté plusieurs pistes de recherche susceptibles de contribuer à une meilleure évaluation de la vulnérabilité des agriculteurs aux changements climatiques dans un contexte de multiples sources de pression.

Les déterminants de l’utilisation des services en santé mentale dans le sud-ouest de Montréal

Objectif : L’objectif principal de cette thèse est d’examiner les déterminants de l’utilisation des services de soins pour des raisons de santé mentale dans le sud-ouest de Montréal. Données et méthodes : L’étude utilise les données de la première phase du projet portant sur « le développement d’une zone circonscrite d’études épidémiologiques en psychiatrie dans le sud-ouest de Montréal ». Les données ont été collectées entre mai 2007 et août 2008 auprès d’un échantillon de 2434 personnes sélectionnées au hasard dans tout le territoire de l’étude. De cet échantillon, nous avons sélectionné un sous-échantillon de personnes ayant eu au moins un diagnostic de santé mentale au cours de la dernière année. 423 personnes ont rencontrées ce critère et constituent l’échantillon pour les analyses de la présente thèse. Le modèle comportemental d’Andersen a servi de cadre pour le choix des variables à analyser. Parce que l’approche socio-spatiale a été privilégiée pour modéliser les déterminants de l’utilisation des services, les analyses ont été effectuées à l’aide de quatre logiciels distincts à savoir : SPSS, AMOS, ArcGIS et MlWin. Résultats : Les résultats montrent que 53,66% de notre échantillon ont utilisés au moins un service de santé pour des raisons de santé mentale. On constate néanmoins que les déterminants de l’utilisation des services en santé mentale sont à la fois complexes et spatialement inégalement réparties. En ce qui concerne les caractéristiques sociodémographiques et cliniques, les femmes et ceux qui perçoivent la stigmatisation envers les personnes ayant un problème de santé mentale utilisent plus les services. Le nombre de diagnostics de santé mentale est aussi associé à l’utilisation des services. L’augmentation du nombre de diagnostics entraîne une augmentation de l’utilisation des services (=0,38; p<0,001). D’autres variables comme l’âge, le statut matrimonial, la taille du ménage, le soutien social et la qualité de vie influencent indirectement l’utilisation des services. À titre illustratif toute augmentation de l’âge entraîne une augmentation du soutien social de (=0,69; p<0,001) qui à son tour fait diminuer la détresse psychiatrique (= -0,09 (p<0,05). Or, toute augmentation d’une unité de détresse psychiatrique entraîne une augmentation de l’utilisation des services (=0,58 (p<0,001). Sur le plan spatiale, il existe une corrélation positive entre l’utilisation des services et la défavorisation matérielle, la défavorisation sociale et le nombre d’immigrants récents sur un territoire. Par contre, la corrélation entre la prévalence de la santé mentale et l’utilisation des services est négative. Les analyses plus poussées indiquent que le contexte de résidence explique 12,26 % (p<0,05) de la variation totale de l’utilisation des services. De plus, lorsqu’on contrôle pour les caractéristiques individuelles, vivre dans un environnement stable augmente l’utilisation des services (O.R=1,24; p<0,05) tandis que les contextes défavorisés du point de vue socioéconomique ont un effet néfaste sur l’utilisation (O.R=0,71; p<0,05). Conclusion : Les résultats de l’étude suggèrent que si on veut optimiser l’utilisation des services en santé mentale, il est important d’agir prioritairement au niveau de la collectivité. Plus spécifiquement, il faudrait mener des campagnes de sensibilisation auprès de la population pour combattre la stigmatisation des personnes ayant un problème de santé mentale. Sur le plan de la planification des soins de santé, on devrait augmenter l’offre des services dans les territoires défavorisés pour en faciliter l’accès aux habitants.

Impacts de l’intensification agricole et de la structure du paysage sur les relations tri – trophiques entre un oiseau hôte, des mouches ectoparasites et leur parasitoïdes.

L’intensification des pratiques agricoles a été identifiée comme cause majeure du déclin de la biodiversité. Plusieurs études ont documenté l’impact de la fragmentation du paysage naturel et de l’agriculture intensive sur la diversité des espèces, mais très peu ont quantifié le lien entre la structure du paysage et les interactions trophiques, ainsi que les mécanismes d’adaptation des organismes. J’ai étudié un modèle biologique à trois niveaux trophiques composé d’un oiseau hôte, l’hirondelle bicolore Tachycineta bicolor, de mouches ectoparasites du genre Protocalliphora et de guêpes parasitoïdes du genre Nasonia, au travers d’un gradient d’intensification agricole dans le sud du Québec. Le premier objectif était de déterminer l’abondance des espèces de mouches ectoparasites et de leurs guêpes parasitoïdes qui colonisent les nids d’hirondelles dans la zone d’étude. La prévalence de nids infectés par Protocalliphora spp. était de 70,8% en 2008 et 34,6% en 2009. Le pourcentage de nids comprenant des pupes de Protocalliphora parasitées par Nasonia spp. était de 85,3% en 2008 et 67,2% en 2009. Trois espèces de Protocalliphora ont été observées (P. sialia, P. bennetti et P. metallica) ainsi que deux espèces de Nasonia (N. vitripennis et N. giraulti). Il s’agit d’une première mention de P. bennetti et de N. giraulti dans la province de Québec. Mon deuxième objectif était d’évaluer l’impact de l’intensification agricole et de la structure du paysage sur les relations tri-trophiques entre les organismes à l’étude. Les résultats révèlent que les réponses à la structure du paysage de l’hirondelle, de l’ectoparasite et de l’hyperparasite dépendantent de l’échelle spatiale. L’échelle spatiale fonctionnelle à laquelle les espèces répondent le plus varie selon le paramètre du paysage modélisé. Les analyses démontrent que l’intensification des pratiques agricoles entraîne une diminution des populations d’oiseaux, d’ectoparasites et d’hyperparasites. De plus, les populations de Protocalliphora et de Nasonia sont menacées en paysage intensif puisque la dégradation du paysage associée à l’intensification des pratiques agricoles agit directement sur leurs populations et indirectement sur les populations de leurs hôtes. Mon troisième objectif était de caractériser les mécanismes comportementaux permettant aux guêpes de composer avec la variabilité de la structure du paysage et de la qualité des hôtes. Nos résultats révèlent que les femelles Nasonia ajustent la taille de leur ponte en fonction de la taille de la pupe hôte et de l’incidence d’hyperparasitisme. Le seul facteur ayant une influence déterminante sur le ratio sexuel est la proportion de paysage dédié à l’agriculture intensive. Aucune relation n’a été observée entre la structure du paysage et la taille des filles et des fils produits par les femelles Nasonia fondatrices. Ce phénomène est attribué aux comportements d’ajustement de la taille de la ponte et du ratio sexuel. En ajustant ces derniers, minimisant ainsi la compétition entre les membres de leur progéniture, les femelles fondatrices sont capables de maximiser la relation entre la disponibilité des ressources et la valeur sélective de leur progéniture. En conclusion, ce travail souligne l’importance de considérer le contexte spatial des interactions trophiques, puisqu’elles influencent la biodiversité locale et le fonctionnement de l’écosystème.

Les impacts de la dispersion historique sur la variabilité génétique à différentes échelles spatiales : connaître l'histoire pour mieux comprendre le présent.

La variabilité génétique actuelle est influencée par une combinaison complexe de variables historiques et contemporaines. Dès lors, une interprétation juste de l’impact des processus actuels nécessite une compréhension profonde des processus historiques ayant influencé la variabilité génétique. En se basant sur la prémisse que des populations proches devraient partager une histoire commune récente, nombreuses études, effectuées à petite échelle spatiale, ne prennent pas en considération l’effet potentiel des processus historiques. Cette thèse avait pour but de vérifier la validité de cette prémisse en estimant l’effet de la dispersion historique à grande et à petite échelle spatiale. Le premier volet de cette thèse avait pour but d’évaluer l’impact de la dispersion historique sur la répartition des organismes à grande échelle spatiale. Pour ce faire, les moules d’eau douce du genre flotteurs (Pyganodon spp.) ont servies de modèle biologique. Les moules d'eau douce se dispersent principalement au stade larvaire en tant que parasites des poissons. Une série de modèles nuls ont été développés pour évaluer la co-occurrence entre des parasites et leurs hôtes potenitels. Les associations distinctes du flotteur de Terre-Neuve (P. fragilis) avec des espèces de poissons euryhalins permettent d’expliquer sa répartition. Ces associations distinctes ont également pu favoriser la différenciation entre le flotteur de Terre-Neuve et son taxon soeur : le flotteur de l’Est (P. cataracta). Cette étude a démontré les effets des associations biologiques historiques sur les répartitions à grande échelle spatiale. Le second volet de cette thèse avait pour but d’évaluer l’impact de la dispersion historique sur la variabilité génétique, à petite échelle spatiale. Cette fois, différentes populations de crapet de roche (Ambloplites rupestris) et de crapet soleil (Lepomis gibbosus), dans des drainages adjacents ont servies de modèle biologique. Les différences frappantes observées entre les deux espèces suggèrent des patrons de colonisation opposés. La faible diversité génétique observée en amont des drainages et la forte différenciation observée entre les drainages pour les populations de crapet de roche suggèrent que cette espèce aurait colonisé les drainages à partir d'une source en aval. Au contraire, la faible différenciation et la forte diversité génétique observées en amont des drainages pour les populations de crapet soleil suggèrent une colonisation depuis l’amont, induisant du même coup un faux signal de flux génique entre les drainages. La présente étude a démontré que la dispersion historique peut entraver la capacité d'estimer la connectivité actuelle, à petite échelle spatiale, invalidant ainsi la prémisse testée dans cette thèse. Les impacts des processus historiques sur la variabilité génétique ne sont pas faciles à démontrer. Le troisième volet de cette thèse avait pour but de développer une méthode permettant de les détecter. La méthode proposée est très souple et favorise la comparaison entre la variabilité génétique et plusieurs hypothèses de dispersion. La méthode pourrait donc être utilisée pour comparer des hypothèses de dispersion basées sur le paysage historique et sur le paysage actuel et ainsi permettre l’évaluation des impacts historiques et contemporains sur la variabilité génétique. Les performances de la méthode sont présentées pour plusieurs scénarios de simulations, d’une complexité croissante. Malgré un impact de la différentiation globale, du nombre d’individus ou du nombre de loci échantillonné, la méthode apparaît hautement efficace. Afin d’illustrer le potentiel de la méthode, deux jeux de données empiriques très contrastés, publiés précédemment, ont été ré analysés. Cette thèse a démontré les impacts de la dispersion historique sur la variabilité génétique à différentes échelles spatiales. Les effets historiques potentiels doivent être pris en considération avant d’évaluer les impacts des processus écologiques sur la variabilité génétique. Bref, il faut intégrer l’évolution à l’écologie.

Écologie et implications trophiques de la cyanobactérie Lyngbya wollei dans le fleuve Saint-Laurent

Les proliférations nuisibles de la cyanobactérie filamenteuse benthique Lyngbya wollei qui forme des tapis déposés sur les sédiments ont augmenté en fréquence au cours des 30 dernières années dans les rivières, lacs et sources de l'Amérique du Nord. Lyngbya wollei produit des neurotoxines et des composés organiques volatils (géosmin, 2-méthylisobornéol) qui ont des répercussions sur la santé publique de même que des impacts d'ordre socioéconomiques. Cette cyanobactérie est considérée comme un habitat et une source de nourriture de piètre qualité pour les invertébrés en raison de sa gaine robuste et de sa production de toxines. Les proliférations de L. wollei ont été observées pour la première fois en 2005 dans le fleuve Saint-Laurent (SLR; Québec, Canada). Nous avons jugé important de déterminer sa distribution sur un tronçon de 250 km afin d'élaborer des modèles prédictifs de sa présence et biomasse en se basant sur les caractéristiques chimiques et physiques de l'eau. Lyngbya wollei était généralement observé en aval de la confluence de petits tributaires qui irriguent des terres agricoles. L’écoulement d’eaux enrichies à travers la végétation submergée se traduisait par une diminution de la concentration d’azote inorganique dissous (DIN), alors que les concentrations de carbone organique dissous (DOC) et de phosphore total dissous (TDP) demeuraient élevées, produisant un faible rapport DIN :TDP. Selon nos modèles, DOC (effet positif), TP (effet négatif) et DIN :TDP (effet négatif) sont les variables les plus importantes pour expliquer la répartition de cette cyanobactérie. La probabilité que L. wollei soit présent dans le SLR a été prédite avec exactitude dans 72 % à 92 % des cas pour un ensemble de données indépendantes. Nous avons ensuite examiné si les conditions hydrodynamiques, c'est-à-dire le courant généré par les vagues et l'écoulement du fleuve, contrôlent les variations spatiales et temporelles de biomasse de L. wollei dans un grand système fluvial. Nous avons mesuré la biomasse de L. wollei ainsi que les variables chimiques, physiques et météorologiques durant trois ans à 10 sites le long d'un gradient d'exposition au courant et au vent dans un grand (148 km2) lac fluvial du SLR. L'exposition aux vagues et la vitesse du courant contrôlaient les variations de biomasses spatiales et temporelles. La biomasse augmentait de mai à novembre et persistait durant l'hiver. Les variations interannuelles étaient contrôlées par l'écoulement de la rivière (niveau d'eau) avec la crue printanière qui délogeait les tapis de l'année précédente. Les baisses du niveau d'eau et l'augmentation de l'intensité des tempêtes anticipées par les scénarios de changements climatiques pourraient accroître la superficie colonisée par L. wollei de même que son accumulation sur les berges. Par la suite, nous avons évalué l'importance relative de L. wollei par rapport aux macrophytes et aux épiphytes. Nous avons examiné l'influence structurante de l'échelle spatiale sur les variables environnementales et la biomasse de ces producteurs primaires (PP) benthiques. Nous avons testé si leur biomasse reflétait la nature des agrégats d'habitat basées sur l'écogéomorphologie ou plutôt le continuum fluvial. Pour répondre à ces deux questions, nous avons utilisé un design à 3 échelles spatiales dans le SLR: 1) le long d'un tronçon de 250 km, 2) entre les lacs fluviaux localisés dans ce tronçon, 3) à l'intérieur de chaque lac fluvial. Les facteurs environnementaux (conductivité et TP) et la structure spatiale expliquent 59% de la variation de biomasse des trois PP benthiques. Spécifiquement, les variations de biomasses étaient le mieux expliquées par la conductivité (+) pour les macrophytes, par le ratio DIN:TDP (+) et le coefficient d'extinction lumineuse (+) pour les épiphytes et par le DOC (+) et le NH4+ (-) pour L. wollei. La structure spatiale à l'intérieur des lacs fluviaux était la plus importante composante spatiale pour tous les PP benthiques, suggérant que les effets locaux tels que l'enrichissement par les tributaire plutôt que les gradients amont-aval déterminent la biomasse de PP benthiques. Donc, la dynamique des agrégats d'habitat représente un cadre général adéquat pour expliquer les variations spatiales et la grande variété de conditions environnementales supportant des organismes aquatiques dans les grands fleuves. Enfin, nous avons étudié le rôle écologique des tapis de L. wollei dans les écosystèmes aquatiques, en particulier comme source de nourriture et refuge pour l'amphipode Gammarus fasciatus. Nous avons offert aux amphipodes un choix entre des tapis de L. wollei et soit des chlorophytes filamenteuses ou un tapis artificiel de laine acrylique lors d'expériences en laboratoire. Nous avons aussi reconstitué la diète in situ des amphipodes à l'aide du mixing model (d13C et δ15N). Gammarus fasciatus choisissait le substrat offrant le meilleur refuge face à la lumière (Acrylique>Lyngbya=Rhizoclonium>Spirogyra). La présence de saxitoxines, la composition élémentaire des tissus et l'abondance des épiphytes n'ont eu aucun effet sur le choix de substrat. Lyngbya wollei et ses épiphytes constituaient 36 et 24 % de l'alimentation in situ de G. fasciatus alors que les chlorophytes, les macrophytes et les épiphytes associées représentaient une fraction moins importante de son alimentation. Les tapis de cyanobactéries benthiques devraient être considérés comme un bon refuge et une source de nourriture pour les petits invertébrés omnivores tels que les amphipodes.

Assessment of trophic change and its probable impact on tropical estuarine environment (the Kodungallur-Azhikode estuary, India)

The cumulative effects of global change, including climate change, increased population density and domestic waste disposal, effluent discharges from industrial processes, agriculture and aquaculture will likely continue and increases the process of eutrophication in estuarine environments. Eutrophication is one of the leading causes of degraded water quality, water column hypoxia/anoxia, harmful algal bloom (HAB) and loss of habitat and species diversity in the estuarine environment. The present study attempts to characterize the trophic condition of coastal estuary using a simple tool; trophic index (TRIX) based on a linear combination of the log of four state variables with supplementary index Efficiency Coefficient (Eff. Coeff.) as a discriminating tool. Numerically, the index TRIX is scaled from 0 to10, covering a wide range of trophic conditions from oligotrophic to eutrophic. Study area Kodungallur-Azhikode Estuary (KAE) was comparatively shallow in nature with average depth of 3.6±0.2 m. Dissolve oxygen regime in the water column was ranged from 4.7±1.3 mgL−1 in Station I to 5.9±1.4 mgL−1 in Station IV. The average nitrate-nitrogen (NO3-N) of KAE water was 470 mg m−3; values ranged from Av. 364.4 mg m−3 at Station II to Av. 626.6 mg m−3at Station VII. The mean ammonium-nitrogen (NH4 +-N) varied from 54.1 mg m−3 at Station VII to 101 mg m−3 at Station III. The average Chl-a for the seven stations of KAE was 6.42±3.91 mg m−3. Comparisons over different spatial and temporal scales in the KAE and study observed that, estuary experiencing high productivity by the influence of high degree of eutrophication; an annual average of 6.91 TRIX was noticed in the KAE and seasonal highest was observed during pre monsoon period (7.15) and lowest during post monsoon period (6.51). In the spatial scale station V showed high value 7.37 and comparatively low values in the station VI (6.93) and station VII (6.96) and which indicates eutrophication was predominant in land cover area with comparatively high water residence time. Eff. Coeff. values in the KAE ranges from −2.74 during monsoon period to the lowest of −1.98 in pre monsoon period. Present study revealed that trophic state of the estuary under severe stress and the restriction of autochthonous and allochthonous nutrient loading should be keystone in mitigate from eutrophication process

Modeling and Mapping Golden-winged Warbler Abundance to Improve Regional Conservation Strategies

Conservation planning requires identifying pertinent habitat factors and locating geographic locations where land management may improve habitat conditions for high priority species. I derived habitat models and mapped predicted abundance for the Golden-winged Warbler (Vermivora chrysoptera), a species of high conservation concern, using bird counts, environmental variables, and hierarchical models applied at multiple spatial scales. My aim was to understand habitat associations at multiple spatial scales and create a predictive abundance map for purposes of conservation planning for the Golden-winged Warbler. My models indicated a substantial influence of landscape conditions, including strong positive associations with total forest composition within the landscape. However, many of the associations I observed were counter to reported associations at finer spatial extents; for instance, I found Golden-winged Warblers negatively associated with several measures of edge habitat. No single spatial scale dominated, indicating that this species is responding to factors at multiple spatial scales. I found Golden-winged Warbler abundance was negatively related with Blue-winged Warbler (Vermivora cyanoptera) abundance. I also observed a north-south spatial trend suggestive of a regional climate effect that was not previously noted for this species. The map of predicted abundance indicated a large area of concentrated abundance in west-central Wisconsin, with smaller areas of high abundance along the northern periphery of the Prairie Hardwood Transition. This map of predicted abundance compared favorably with independent evaluation data sets and can thus be used to inform regional planning efforts devoted to conserving this species.

Evaluation of reanalysis rainfall estimates over Ethiopia

There is a pressing need for good rainfall data for the African continent both for humanitarian and climatological purposes. Given the sparseness of ground-based observations, one source of rainfall information is Numerical Weather Prediction (NWP) model outputs. The aim of this article is to investigate the quality of two NWP products using Ethiopia as a test case. The two products evaluated are the ERA-40 and NCEP reanalysis rainfall products. Spatial, seasonal and interannual variability of rainfall have been evaluated for Kiremt (JJAS) and Belg (FMAM) seasons at a spatial scale that reflects the local variability of the rainfall climate using a method which makes optimum use of sparse gauge validation data. We found that the spatial pattern of the rainfall climatology is captured well by both models especially for the main rainy season Kiremt. However, both models tend to overestimate the mean rainfall in the northwest, west and central regions but underestimate in the south and east. The overestimation is greater for NCEP in Belg season and greater for ERA-40 in Kiremt Season. ERA-40 captures the annual cycle over most of the country better than NCEP, but strongly exaggerates the Kiremt peak in the northwest and west. The overestimation in Kiremt appears to have been reduced since the assimilation of satellite data increased around 1990. For both models the interannual variability is less well captured than the spatial and seasonal variability. Copyright © 2008 Royal Meteorological Society

A geostatistical analysis of soil, vegetation, and image data characterizing land surface variation

The elucidation of spatial variation in the landscape can indicate potential wildlife habitats or breeding sites for vectors, such as ticks or mosquitoes, which cause a range of diseases. Information from remotely sensed data could aid the delineation of vegetation distribution on the ground in areas where local knowledge is limited. The data from digital images are often difficult to interpret because of pixel-to-pixel variation, that is, noise, and complex variation at more than one spatial scale. Landsat Thematic Mapper Plus (ETM+) and Satellite Pour l'Observation de La Terre (SPOT) image data were analyzed for an area close to Douna in Mali, West Africa. The variograms of the normalized difference vegetation index (NDVI) from both types of image data were nested. The parameters of the nested variogram function from the Landsat ETM+ data were used to design the sampling for a ground survey of soil and vegetation data. Variograms of the soil and vegetation data showed that their variation was anisotropic and their scales of variation were similar to those of NDVI from the SPOT data. The short- and long-range components of variation in the SPOT data were filtered out separately by factorial kriging. The map of the short-range component appears to represent the patterns of vegetation and associated shallow slopes and drainage channels of the tiger bush system. The map of the long-range component also appeared to relate to broader patterns in the tiger bush and to gentle undulations in the topography. The results suggest that the types of image data analyzed in this study could be used to identify areas with more moisture in semiarid regions that could support wildlife and also be potential vector breeding sites.

Probabilistic simulations of crop yield over western India using the DEMETER seasonal hindcast ensembles

Process-based integrated modelling of weather and crop yield over large areas is becoming an important research topic. The production of the DEMETER ensemble hindcasts of weather allows this work to be carried out in a probabilistic framework. In this study, ensembles of crop yield (groundnut, Arachis hypogaea L.) were produced for 10 2.5 degrees x 2.5 degrees grid cells in western India using the DEMETER ensembles and the general large-area model (GLAM) for annual crops. Four key issues are addressed by this study. First, crop model calibration methods for use with weather ensemble data are assessed. Calibration using yield ensembles was more successful than calibration using reanalysis data (the European Centre for Medium-Range Weather Forecasts 40-yr reanalysis, ERA40). Secondly, the potential for probabilistic forecasting of crop failure is examined. The hindcasts show skill in the prediction of crop failure, with more severe failures being more predictable. Thirdly, the use of yield ensemble means to predict interannual variability in crop yield is examined and their skill assessed relative to baseline simulations using ERA40. The accuracy of multi-model yield ensemble means is equal to or greater than the accuracy using ERA40. Fourthly, the impact of two key uncertainties, sowing window and spatial scale, is briefly examined. The impact of uncertainty in the sowing window is greater with ERA40 than with the multi-model yield ensemble mean. Subgrid heterogeneity affects model accuracy: where correlations are low on the grid scale, they may be significantly positive on the subgrid scale. The implications of the results of this study for yield forecasting on seasonal time-scales are as follows. (i) There is the potential for probabilistic forecasting of crop failure (defined by a threshold yield value); forecasting of yield terciles shows less potential. (ii) Any improvement in the skill of climate models has the potential to translate into improved deterministic yield prediction. (iii) Whilst model input uncertainties are important, uncertainty in the sowing window may not require specific modelling. The implications of the results of this study for yield forecasting on multidecadal (climate change) time-scales are as follows. (i) The skill in the ensemble mean suggests that the perturbation, within uncertainty bounds, of crop and climate parameters, could potentially average out some of the errors associated with mean yield prediction. (ii) For a given technology trend, decadal fluctuations in the yield-gap parameter used by GLAM may be relatively small, implying some predictability on those time-scales.