Online_DPI: a web server to calculate the diffraction precision index for a protein structure

An online computing server, Online_DPI (where DPI denotes the diffraction precision index), has been created to calculate the `Cruickshank DPI' value for a given three-dimensional protein or macromolecular structure. It also estimates the atomic coordinate error for all the atoms available in the structure. It is an easy-to-use web server that enables users to visualize the computed values dynamically on the client machine. Users can provide the Protein Data Bank (PDB) identification code or upload the three-dimensional atomic coordinates from the client machine. The computed DPI value for the structure and the atomic coordinate errors for all the atoms are included in the revised PDB file. Further, users can graphically view the atomic coordinate error along with `temperature factors' (i.e. atomic displacement parameters). In addition, the computing engine is interfaced with an up-to-date local copy of the Protein Data Bank. New entries are updated every week, and thus users can access all the structures available in the Protein Data Bank. The computing engine is freely accessible online at http://cluster.physics.iisc.ernet.in/dpi/.

Hydrogen Bonds Computing Server (HBCS): an online web server to compute hydrogen-bond interactions and their precision

Hydrogen bonds in biological macromolecules play significant structural and functional roles. They are the key contributors to most of the interactions without which no living system exists. In view of this, a web-based computing server, the Hydrogen Bonds Computing Server (HBCS), has been developed to compute hydrogen-bond interactions and their standard deviations for any given macromolecular structure. The computing server is connected to a locally maintained Protein Data Bank (PDB) archive. Thus, the user can calculate the above parameters for any deposited structure, and options have also been provided for the user to upload a structure in PDB format from the client machine. In addition, the server has been interfaced with the molecular viewers Jmol and JSmol to visualize the hydrogen-bond interactions. The proposed server is freely available and accessible via the World Wide Web at http://bioserver1.physics.iisc.ernet.in/hbcs/.

Impossibilità di pensare Dio non esistente : il Proslogion di Anselmo d'Aosta come applicazione implicita dei moderni procedimenti di logica aletica

Resumen: La vera intenzione teologica di Anselmo d’Aosta nello scrivere il Proslogion e il vero significato del suo celebre unum argumentum vanno visti nella funzione che la ragione svolge necessariamente all’interno della vita di fede del cristiano. Anselmo, come Tommaso d’Aquino, non sostiene che l’esistenza di Dio sia un “articulus fidei” ma piuttosto uno dei “praeambula fidei”. La ragione naturale ha la certezza che Dio esiste, ancora prima della dimostrazione metafisica, e questo non fa che confermare l’assurdità di pensare che non esista il fondamento reale di tutte le cose esistenti.

Metadata Federation of PICES Member Countries

(Document pdf contains 193 pages) Executive Summary (pdf, < 0.1 Mb) 1. Introduction (pdf, 0.2 Mb) 1.1 Data sharing, international boundaries and large marine ecosystems 2. Objectives (pdf, 0.3 Mb) 3. Background (pdf, < 0.1 Mb) 3.1 North Pacific Ecosystem Metadatabase 3.2 First federation effort: NPEM and the Korea Oceanographic Data Center 3.2 Continuing effort: Adding Japan’s Marine Information Research Center 4. Metadata Standards (pdf, < 0.1 Mb) 4.1 Directory Interchange Format 4.2 Ecological Metadata Language 4.3 Dublin Core 4.3.1. Elements of DC 4.4 Federal Geographic Data Committee 4.5 The ISO 19115 Metadata Standard 4.6 Metadata stylesheets 4.7 Crosswalks 4.8 Tools for creating metadata 5. Communication Protocols (pdf, < 0.1 Mb) 5.1 Z39.50 5.1.1. What does Z39.50 do? 5.1.2. Isite 6. Clearinghouses (pdf, < 0.1 Mb) 7. Methodology (pdf, 0.2 Mb) 7.1 FGDC metadata 7.1.1. Main sections 7.1.2. Supporting sections 7.1.3. Metadata validation 7.2 Getting a copy of Isite 7.3 NSDI Clearinghouse 8. Server Configuration and Technical Issues (pdf, 0.4 Mb) 8.1 Hardware recommendations 8.2 Operating system – Red Hat Linux Fedora 8.3 Web services – Apache HTTP Server version 2.2.3 8.4 Create and validate FGDC-compliant Metadata in XML format 8.5 Obtaining, installing and configuring Isite for UNIX/Linux 8.5.1. Download the appropriate Isite software 8.5.2. Untar the file 8.5.3. Name your database 8.5.4. The zserver.ini file 8.5.5. The sapi.ini file 8.5.6. Indexing metadata 8.5.7. Start the Clearinghouse Server process 8.5.8. Testing the zserver installation 8.6 Registering with NSDI Clearinghouse 8.7 Security issues 9. Search Tutorial and Examples (pdf, 1 Mb) 9.1 Legacy NSDI Clearinghouse search interface 9.2 New GeoNetwork search interface 10. Challenges (pdf, < 0.1 Mb) 11. Emerging Standards (pdf, < 0.1 Mb) 12. Future Activity (pdf, < 0.1 Mb) 13. Acknowledgments (pdf, < 0.1 Mb) 14. References (pdf, < 0.1 Mb) 15. Acronyms (pdf, < 0.1 Mb) 16. Appendices 16.1. KODC-NPEM meeting agendas and minutes (pdf, < 0.1 Mb) 16.1.1. Seattle meeting agenda, August 22–23, 2005 16.1.2. Seattle meeting minutes, August 22–23, 2005 16.1.3. Busan meeting agenda, October 10–11, 2005 16.1.4. Busan meeting minutes, October 10–11, 2005 16.2. MIRC-NPEM meeting agendas and minutes (pdf, < 0.1 Mb) 16.2.1. Seattle Meeting agenda, August 14-15, 2006 16.2.2. Seattle meeting minutes, August 14–15, 2006 16.2.3. Tokyo meeting agenda, October 19–20, 2006 16.2.4. Tokyo, meeting minutes, October 19–20, 2006 16.3. XML stylesheet conversion crosswalks (pdf, < 0.1 Mb) 16.3.1. FGDCI to DIF stylesheet converter 16.3.2. DIF to FGDCI stylesheet converter 16.3.3. String-modified stylesheet 16.4. FGDC Metadata Standard (pdf, 0.1 Mb) 16.4.1. Overall structure 16.4.2. Section 1: Identification information 16.4.3. Section 2: Data quality information 16.4.4. Section 3: Spatial data organization information 16.4.5. Section 4: Spatial reference information 16.4.6. Section 5: Entity and attribute information 16.4.7. Section 6: Distribution information 16.4.8. Section 7: Metadata reference information 16.4.9. Sections 8, 9 and 10: Citation information, time period information, and contact information 16.5. Images of the Isite server directory structure and the files contained in each subdirectory after Isite installation (pdf, 0.2 Mb) 16.6 Listing of NPEM’s Isite configuration files (pdf, < 0.1 Mb) 16.6.1. zserver.ini 16.6.2. sapi.ini 16.7 Java program to extract records from the NPEM metadatabase and write one XML file for each record (pdf, < 0.1 Mb) 16.8 Java program to execute the metadata extraction program (pdf, < 0.1 Mb) A1 Addendum 1: Instructions for Isite for Windows (pdf, 0.6 Mb) A2 Addendum 2: Instructions for Isite for Windows ADHOST (pdf, 0.3 Mb)

Implantação do Microsoft Project Server na Câmara dos Deputados : um estudo de caso e lições aprendidas

Atualmente não é possível pensar em gestão de projetos sem uma boa ferramenta apoiada em Tecnologia da Informação. Este trabalho estudou o processo de implantação e personalização do Microsoft Project Server na Câmara dos Deputados com o objetivo de avaliar se essa implantação se deu de maneira adequada segundo as melhores práticas de gestão de projetos, além de levantar as principais lições aprendidas no processo. Para tanto foi realizada uma pesquisa documental, em que, na primeira parte fez-se um apanhado em nível teórico das melhores práticas de gestão de projetos, notadamente PMBOK do PMI e a consulta a autores relevantes no contexto da gestão de projetos e da aprendizagem organizacional. Em um segundo momento foram pesquisados documentos relacionados ao processo de implantação como o edital de licitação, atas de reunião, atos normativos, dentre outros. Dos dados levantados foram identificadas falhas por parte da Câmara dos Deputados tais como elevado número de exigências de personalizações no ambiente e conhecimento limitado, a priori, da ferramenta, de suas capacidades e limitações. Por parte da contratada, observou-se falhas como desorganização, planejamento ruim, descumprimento de prazos, pendências, grandes atrasos e mudanças na equipe técnica do projeto. Pela análise dessas falhas, levantaram-se diversas lições aprendidas no processo. Por fim, concluiu-se que o processo de implantação do Microsoft Project Server na Câmara dos Deputados foi parcialmente adequado, pois apesar de ao final estar implantado de acordo com o escopo requerido, o processo como um todo apresentou muitas falhas.

Desarrollo en Android para aplicaciones de realidad aumentada

El presente proyecto tiene como finalidad realizar aplicaciones de realidad aumentada en Android. Como al desarrollar dichas aplicaciones se han reutilizado librerías existentes implementadas en C++, también se ha realizado un estudio de las alternativas para poder incluirlas en una aplicación Android.

Programazioaren oinarriak: C-ko eta Java-ko praktikak

Helburuak: Ikasmaterial honen helburu nagusia ikasleek C-ko eta Java-ko klase teorikoetan lantzen dituzten ezagutzak sendotzea da. Norentzat: Programazioari buruzko lehen ezagutzak sendotu nahi dituen edozein ikasleei zuzenduta, baina bereziki telekomunikazio ikasketak egiten ari diren ikasleei.

Parada en boxes: juego Formula 1 para Android

Juego de reflejos y habilidad para dispositivos con SO Android. Este proyecto consiste en la creación de un juego utilizando todas las herramientas posibles proporcionadas por Android. El juego se diseñará en 2 dimensiones, contará de un menú inicial donde se podrá elegir entre las opciones; Jugar, Puntuaciones y Ayuda. La parte de jugar llevará todo el peso de la aplicación y es donde se desarrollará toda la acción. Habrá que hacer transiciones entre distintas pantallas para cada uno de los distintos mini juegos. Además, llevará la cuenta del tiempo transcurrido con un preciso cronometro. El reloj de parará cuando se hayan terminado todas las pruebas. Si ha superado alguno de los mejores tiempos, guardaremos el record en el lugar que le corresponde. La parte de las puntuaciones mostrará los cinco mejores tiempos realizados en el juego. Estos tiempos seguirán guardados aún reiniciando la aplicación. La parte de ayuda mostrará las instrucciones de cada prueba; donde, cuándo, y de qué manera tienes que pulsar en cada momento. Hay que tener en cuenta que esta aplicación de desarrollará para versiones de Android 2.1 o superiores, así que es necesario basarse en API’s para estas versiones, y que no se debe necesitar nada más que el archivo de instalación (.apk) para poder disfrutar de el juego en cualquier terminal.

Análisis del desarrollo de aplicaciones accesibles sobre el sistema operativo Android. Implementación de un sistema de barrido.

El objetivo principal de este proyecto es facilitar a aquellos usuarios con diversidades motrices el uso de sus dispositivos móviles con sistema Android a través de un barrido sobre la pantalla. Este barrido se realiza con dos ejes cartesianos que el usuario controla mediante cualquier periférico adaptado que posea y le permite decidir las coordenadas de la pantalla sobre las que desea interactuar.

Reuse of software components orientated to iOS mobile devices

Within the next few pages, I will try to give a wide description of the project that I have been doing for IK4-Ikerlan. For the last six months, I have been working in developing a socket-based application for Apple devices. These devices work under the iOS operative system, which is programmed in Objective-C, a language similar to C. Although I did not have the chance to develop this application for Apple TV, I was able to create an application for iPhone and another one for iPad. The only difference between both applications was the screen resolution, but we decided to make them separately, as it would be really hard to combine both resolutions, and wallpapers, everything in the same workspace. Finally, it is necessary to add that the main goal was not to create a new application for iOS, but to translate an Android application into iOS. To achieve this, it is required to translate Java code into Objective- C, which is the language used to develop applications for all kinds of Apple devices. Fortunately, there is a tool created by Google, which helped us with this exercise. This tool is called j2ObjC, and it is still being developed.

NavyWar: Capa de Negocio y Datos

Proyecto de Fin de Carrera de Ingeniería Técnica en Informática de Sistemas de la Universidad del País Vasco. NavyWar: Capa de Negocio y Datos por Daniel Crego. Director: Germán Rigau. Proyecto conjunto: NavyWar, realizado en colaboración con Adrián Gil (NavyWar: Capa de presentación). Juego desarrollado para dispositivos Android basado en "Hundir la flota". Incluye modos de juego contra inteligencia artificial y para dos jugadores.

Aplicación nativa en Android del Festival de cine de San Sebastián – Donostia Zinemaldia

Proyecto realizado en colaboración con el Festival de cine de San Sebastián, en el que se ha desarrollado una aplicación nativa Android para la visualización de los contenidos propios del Festival como noticias, imágenes, vídeos y programación entre otros.

Diseño e implementación de un sistema de seguridad para el hogar con interfaz en Android.

En este proyecto se desarrolla un sistema capaz de garantizar la seguridad en un hogar o establecimiento, detectando cualquier acceso no deseado con sensores. También dispone de detectores de humo y otros gases. Como sistema disuasorio, cuenta con simulación de presencia para evitar intrusiones, por lo que también permite el control de luces y otros electrodomésticos. Todo el sistema se controla desde una aplicación en Android.