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A traves de la presente investigación se determinó la frecuencia de los enteropatógenos en diarreas agudas en niños menores de cinco años del cantón Cuenca-Ecuador y su relación con la edad, sexo y residencia; la muestra fue de 1.000 niños que asistieron a seis Centros de Salud desde mayo hasta noviembre de 2002. Se utilizó el método descriptivo; esta investigación constituye una primera fase de otro que esta en curso y que trata de determinar los factores de riesgo a la infección. Este trabajo fue aprobado por el Comité de Etica de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad de Cuenca y el consentimiento informado se recibió de manera verbal. Los exámenes se realizaron en el laboratorio de Microbiología de esta Facultad se utilizó microscopía directa simple y por concentración para protozoarios y helmintos; coloración de Ziehl Neelsen modificado para Criptosporidium; Coprocultivo y pruebas bioquímicas para el diagnóstico de Salmonellas y Shigellas, a más de la prueba de aglutinación en látex para E.C.E.P y Rotavirus. Los enteropatógenos estan presentes en el 46 por ciento de las diarreas agudas; existe mono infección en le 7.9 por ciento; poli infección en el 38.1 por ciento; los agentes asociados a diarrea aguda son: Giardia lamblia 16 por ciento Rotavirus, 13.9 por ciento ECEP, 8.3 por ciento Criptosporídium 3.3 por ciento Salmonellas, 1.9 por ciento y Shigellas, 1.9 por ciento. La mayor frecuencia de enteropatógenos se produce entre los 49-60 meses 56.7 por ciento]; en el sexo femenino 246/524 [46.9 por ciento] en el área rural 186/326 [56.9 por ciento]