The tomato genome sequence providies insights into fleshy fruit evolution

Tomato (Solanum lycopersicum) is a major crop plant and a model system for fruit development. Solanum is one of the largest angiosperm genera1 and includes annual and perennial plants from diverse habitats. Here we present a high-quality genome sequence of domesticated tomato, a draft sequence of its closest wild relative, Solanum pimpinellifolium2, and compare them to each other and to the potato genome (Solanum tuberosum). The two tomato genomes show only 0.6% nucleotide divergence and signs of recent admixture, but show more than 8% divergence from potato, with nine large and several smaller inversions. In contrast to Arabidopsis, but similar to soybean, tomato and potato small RNAs map predominantly to gene-rich chromosomal regions, including gene promoters. The Solanum lineage has experienced two consecutive genome triplications: one that is ancient and shared with rosids, and a more recent one. These triplications set the stage for the neofunctionalization of genes controlling fruit characteristics, such as colour and fleshiness.

Esterco líquido de bovinos leiteiros combinado com adubação mineral sobre atributos químicos de um Latossolo Bruno

Este trabalho foi conduzido com o objetivo de avaliar a influência de doses de adubação com esterco líquido de gado leiteiro, combinada com adubação mineral, sobre atributos químicos de um Latossolo Bruno, em sistema plantio direto e rotação de culturas de inverno e verão (sorgo/aveia-preta/milho/azevém/milho/azevém), para produção de silagem, nas camadas de 0-5, 5-10, 10-30, 30-50 e 50-80 cm de profundidade. Os tratamentos foram distribuídos em três blocos casualizados, divididos em 12 parcelas por bloco, em arranjo fatorial 3 x 4, sendo três doses de adubação mineral (0, 50 e 100 % da dose recomendada para as culturas) e quatro doses de adubação orgânica (0, 30, 60 e 90 m³ ha-1 ano-1). O esterco líquido aumentou o pH de forma linear na camada de 0-5 cm e quadrática na de 30-50 cm. A adubação mineral reduziu linearmente os valores de pH nas profundidades de 0-5 e 5-10 cm, havendo efeito quadrático na profundidade de 50-80 cm. A acidez potencial diminuiu na profundidade de 5-10 cm, com comportamento quadrático na profundidade de 10 a 30 cm. Houve incremento do Ca2+ trocável na profundidade de 0-5 cm ao se adubar com esterco, mas não se verificou efeito da adubação mineral sobre este atributo. Observou-se aumento nos níveis Mg2+ trocável nos tratamentos com esterco, até a profundidade de 30 cm; já para o fertilizante mineral os aumentos foram observados em profundidade superior a 30 cm. Houve incremento linear da saturação por bases com o aumento das doses de esterco, até 10 cm de profundidade; a adubação mineral diminuiu a saturação por bases na profundidade de 5-10 cm, havendo efeito quadrático na profundidade de 50-80 cm.

Alterações em algumas propriedades de um latossolo degradado com uso de lodo de esgoto e resíduos orgânicos

A recuperação de áreas muito impactadas, como as oriundas da construção de hidrelétricas, é um processo lento e, usualmente, requer a adição de resíduos orgânicos, como fonte de matéria orgânica, e de nutrientes, como condicionador das propriedades do solo. O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito da adição de lodo de esgoto e resíduos orgânicos (maravalha e torta de filtro de cana-de-açúcar) sobre o crescimento de duas espécies arbóreas de Cerrado na recuperação de um subsolo de uma área degradada pela construção da Usina Hidrelétrica de Ilha Solteira, localizada em Selvíria - MS. O experimento foi conduzido em casa de vegetação em delineamento experimental inteiramente casualizado, com oito tratamentos, seis repetições e uma planta por repetição, para cada planta-teste. Cada repetição (saco plástico) teve 3,3 L e as proporções em volume da mistura de cada resíduo foram de: 30 % de lodo de esgoto, 20 % de torta de filtro e 10 % de maravalha de madeira. Foram mensuradas a fertilidade, a micorrização, a atividade microbiana (C-CO2 liberado) do subsolo, a massa do sistema radicular e parte aérea e a altura de plantas de duas espécies nativas do Cerrado [monjoleiro (Acacia polyphylla DC.) e jatobá-do-Cerrado (Hymenaea stigonocarpa Mart)]. Os tratamentos com lodo de esgoto proporcionaram maior atividade microbiana no substrato e maior crescimento para as duas espécies arbóreas. A presença do lodo de esgoto promoveu melhora na fertilidade do subsolo, com aumento dos teores de matéria orgânica, P, K, Ca e Mg. A matéria orgânica e o P tiveram seus teores elevados nos tratamentos com mistura de lodo de esgoto e demais resíduos. Os resultados permitem concluir que as misturas contendo lodo associado a resíduos promoveram melhores incrementos na qualidade do subsolo, com perspectivas de sua recuperação.

Esterco de gado leiteiro associado à adubação mineral e sua influência na fertilidade de um latossolo sob plantio direto

A produção de gado de leiteiro no sul do Brasil ocorre em grande parte em sistema de semi ou completo confinamento dos animais, o que gera uma produção significativa de resíduos. Os resíduos gerados vêm sendo utilizados como única fonte de nutrientes ou associados a fontes minerais na produção de grãos e silagem, mas sua influência nas características de solo não tem sido bem caracterizada. Este trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar a influência de doses de adubação com esterco líquido de gado leiteiro, associadas com adubação mineral, sobre os níveis de P, K, C e condutividade elétrica (CE) de um Latossolo Bruno, em sistema plantio direto e rotação de culturas de inverno e verão (sorgo/aveia-preta/milho/azevém/milho/azevém), para produção de silagem, nas camadas de 0-5, 5-10, 10-30, 30-50 e 50-80 cm de profundidade. Os tratamentos foram distribuídos em três blocos casualizados, divididos em 12 parcelas cada bloco, em arranjo fatorial 3 x 4, sendo três níveis de adubação mineral (0, 50 e 100 % da dose recomendada para as culturas) e quatro níveis de adubação orgânica (0, 30, 60 e 90 m³ ha-1 ano-1). A adubação mineral proporcionou maiores valores de P disponível (Mehlich-1 e resina) até a profundidade de 10 cm, dada a adição em profundidade pela plantadeira, enquanto, com esterco aplicado em superfície, os maiores valores ficaram restritos à profundidade de 0-5 cm. Constatou-se esgotamento de K ao longo do perfil devido à elevada extração via silagem, tendo o esterco líquido aplicado uma relação linear com teor de K disponível, em todas as profundidades analisadas. A ausência de efeito da adubação mineral sobre o K deve-se, provavelmente, à baixa dose de K adicionada. Foi observada relação direta entre doses de esterco e teores de C orgânico na camada de 0-5 cm, o mesmo não sendo observado quando do uso de adubo mineral. Baixos valores de CE sugerem grande exportação de nutrientes pela produção de silagem. Os resultados obtidos indicam que não houve movimentação significativa de P no perfil do Latossolo, mesmo após seis anos sob altas doses de esterco de gado leiteiro, e que o K aplicado via esterco e adubação mineral não é suficiente para manter os níveis deste nutriente em sistemas em que a extração de K pela silagem é alta. Nessas situações, o aumento dos teores de C orgânico é restrito à camada superficial do solo em plantio direto e diretamente relacionado com a dose de esterco aplicada.

The impact of theoretical chemistry in Biology

Els avenços en les bases dels mètodes teòrics i l'espectacular desenvolupament de la potència de càlcul han fet possible progressar enormement en el somni dels fundadors de la química, és a dir, ser capaços d'estudiar amb mètodes computacionals el conjunt de processos químics. Actualment, la química teòrica està completant el darrer avenç: intentar esdevenir l'eina més recent per a comprendre la naturalesa química dels éssers vius. Aquesta revisió pretén mostrar com els mètodes de la química teòrica, originalment desenvolupats per a examinar molècules petites en fase gas, han evolucionat per a assolir la complexa descripció de sistemes biològics.

Adsorção de cádmio e chumbo em solos tropicais altamente intemperizados

O objetivo deste trabalho foi determinar a capacidade de adsorção de cádmio e de chumbo e avaliar a influência das propriedades dos solos sobre os parâmetros de adsorção desses elementos em solos tropicais altamente intemperizados. Foram utilizados quatro Latossolos e um Argissolo. Amostras de 1 g de solo foram agitadas por 16 horas, com soluções de CaCl2 0,01 mol L-1, às quais foram adicionadas 0, 10, 20, 30, 40, 60 e 80 µg mL-1 de cádmio e 0, 10, 20, 40, 60, 80, 100 e 120 µg mL-1 de chumbo na forma de nitrato. As quantidades adsorvidas foram determinadas mediante análise dos elementos no sobrenadante, e os dados foram ajustados às isotermas de Langmuir e de Freundlich. Os resultados experimentais ajustaram-se aos modelos estudados. A adsorção máxima de cádmio variou de 136 a 1.604 µg g-1 e a de chumbo, de 988 a 1.660 µg g-1. As energias de ligação variaram de 0,0036 a 0,0403 µg mL-1 e de 0,0282 a 1,0425 µg mL-1 para cádmio e chumbo, respectivamente. Os atributos dos solos correlacionados à adsorção de cádmio foram o pH e a capacidade de troca de cátions, e à adsorção de chumbo foram o pH e os níveis de óxidos de ferro e de alumínio.

Controle químico da helmintosporiose (Bipolaris incurvata) em coqueiro cultivar 'Anão-verde' em condições de campo

Avaliou-se a eficácia de fungicidas para o controle da helmintosporiose (Bipolaris incurvata) do coqueiro, em condições de campo. O experimento foi conduzido em Ocauçu - SP, em plantas com 8 meses de idade. Foram realizadas três pulverizações com intervalo quinzenal, utilizando-se de 600 litros de calda/ha, com os ingredientes ativos: prothioconazole (0,100 e 0,150 L/ha), tebuconazole (0,150 e 0,200 L/ha) e propiconazole (0,125 e 0,250 L/ha). A primeira pulverização foi realizada em plantas com sintomas foliares da doença, de modo que todas as plantas avaliadas tinham as folhas velhas como fonte de inóculo. O controle proporcionado pelos ingredientes ativos, foi avaliado em folhas jovens que, sob condições climáticas favoráveis, foram suscetíveis ao ataque do patógeno. Constatou-se que todos os fungicidas e doses utilizados foram eficientes no controle da helmintosporiose (Bipolaris incurvata).

A influência da cobertura morta sobre características físicas e químicas de frutos da pinha (Annona squamosa L.)

De forma geral a aplicação de resíduos vegetais ao solo tem efeitos benéficos sobre os nutrientes do solo, sob as suas condições físicas, sob a atividade biológica e sobre a performance das culturas. O objetivo principal deste trabalho foi avaliar, durante um ciclo produtivo, o efeito da cobertura de bagaço de cana, casca de café e palha de Buffel (Cenchrus ciliaris, L.), quanto ao seu efeito sobre características físicas e químicas do fruto da pinheira (Annona squamosa L.). O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, constando de cinco repetições, contendo duas plantas por parcela. Foram analisados: massa do fruto, massa da casca, massa das sementes e o número de sementes por fruto, o teor de sólidos solúveis e o pH da polpa. De modo geral, a presença da cobertura morta proporcionou incremento de massa aos frutos, o que promove aumento de receita, uma vez que, quanto maior for o fruto, melhor será seu preço. Não ocorreu aumento do pH da polpa, e o tratamento com casca de café proporcionou o maior teor de sólidos solúveis totais. Quanto às demais características, não foram encontradas diferenças.

Dimensionamento de amostras para monitoramento do ácaro da leprose Brevipalpus phoenicis (Geijskes, 1939) em citros

O controle do ácaro Brevipalpus phoenicis (Geijskes, 1939), transmissor do vírus da leprose, deve ser realizado quando sua população atinge o nível de ação, obtido pelo monitoramento de sua população, por meio de amostragens. Objetivou-se determinar o tamanho da amostra aceitável para estimar a população do ácaro, para posterior tomada de decisão. O experimento foi realizado na Fazenda Cambuhy, Matão - SP, no ano agrícola 2003-2004. Escolheu-se ao acaso um talhão da variedade Valência, com oito anos de idade, plantada no espaçamento 7x3,5m, com 2.480 plantas. Nesse talhão, foram inspecionados 1; 2; 3; 5; 10 e 100% das plantas, o que corresponde a 25; 50; 74; 124; 248 e 2.480 plantas, respectivamente, em caminhamento no sentido das linhas de plantio. Foram amostrados 3 frutos ou, na ausência destes, eram analisados ramos. De acordo com os resultados obtidos, observa-se que a porcentagem de erro na estimativa da média para a porcentagem de frutos com presença de ácaros, quando se amostra apenas 1% das plantas (25 plantas), é de 50%, ou seja, para uma infestação de 10%, a variação da porcentagem de frutos infestados estaria entre 5 e 15%, levando o produtor a subestimar ou a superestimar o nível de infestação, aumentando os gastos com pulverizações desnecessárias ou um controle ineficiente do ácaro. Para que o erro na amostragem fique dentro da situação aceitável, de 20 a 30% (em média 25%) de erro, deveriam ser amostradas 105 plantas. Na porcentagem de frutos com mais de 10 ácaros, verifica-se que, para a situação aceitável (20 a 30%), devem ser inspecionadas 540 plantas.

Uso fertilizante do subproduto da agroindústria processadora de goiabas I: atributos químicos do solo

A utilização de fontes alternativas de nutrientes, provenientes especialmente de resíduos e subprodutos da agroindústria, pode ser estratégia importante na ciclagem de elementos essenciais, garantindo destino adequado de materiais que seriam descartados. Assim, objetivou-se avaliar a aplicação de doses do subproduto da indústria processadora de goiabas sobre a fertilidade de um Argissolo, sob pomar de goiabeiras. As doses de resíduo foram estabelecidas em função dos teores de N no material. O delineamento empregado foi o de blocos casualizados, com cinco tratamentos e quatro repetições, sendo as doses do resíduo (moído) iguais a: zero; 9; 18; 27 e 36 t ha-1 (peso do material seco). Foram feitas cinco aplicações do subproduto em: 2006, 2007, 2008, 2009 e 2010. O subproduto da indústria processadora de goiabas promoveu alterações na fertilidade do solo do pomar. Com o aumento das doses, houve incremento das concentrações de fósforo no solo em todas as análises realizadas. As concentrações de manganês aumentaram, e houve redução do valor pH do solo nos últimos anos de condução do experimento. Observou-se, na camada subsuperfical (0,20-0,40 m), após a aplicação contínua do subproduto, aumento na concentração de fósforo em função das doses do subproduto.

Uso fertilizante do subproduto da agroindústria processadora de goiabas II: estado nutricional e produção de goiabas

O conhecimento sobre a dinâmica dos nutrientes provenientes da aplicação de resíduos orgânicos faz-se necessário, principalmente visando sua a reciclagem, considerando que a quantidade desses materiais tem aumentado rapidamente com o tempo. Assim, objetivou-se avaliar o estado nutricional e a produção de frutos de um pomar de goiabeiras, em função da aplicação do subproduto da indústria processadora de goiabas. O delineamento empregado foi o de blocos casualizados, com cinco tratamentos e quatro repetições, sendo as doses do subproduto (moído) iguais a zero; 9;18; 27 e 36 t ha-1 (peso do material seco). Foram feitas cinco aplicações do subproduto em 2006, 2007, 2008, 2009 e 2010. Avaliou-se o estado nutricional das goiabeiras, via diagnose foliar (macro e micronutrientes), bem como a produção de frutos por seis safras consecutivas. A aplicação do subproduto da indústria processadora de goiabas promoveu alterações no estado nutricional e na produção de frutos. As doses do subproduto incrementaram os teores foliares de N, Mg e Mn da goiabeira. A produção de goiabas cresceu de forma linear em função das doses do subproduto. Os efeitos da aplicação do subproduto foram verificados primeiramente no solo, posteriormente nos teores foliares e, finalmente, na produção de frutos, ao longo das safras.

ADUBAÇÃO NITROGENADA E POTÁSSICA EM GOIABEIRAS ‘PALUMA’: I. EFEITO NA PRODUTIVIDADE E NA QUALIDADE Dos FRUTOS PARA INDUSTRIALIZAÇÃO

RESUMOA nutrição dos pomares é fator preponderante à produtividade, sendo necessário conhecer as doses adequadas de fertilizantes e sua influência nos atributos qualitativos dos frutos para industrialização. O trabalho objetivou avaliar os efeitos de diferentes doses de nitrogênio e potássio sobre a produtividade de goiabeiras e sobre os valores de pH, conteúdo de sólidos solúveis (SS) e de acidez titulável (AT ), além da relação polpa/miolo das goiabas. O experimento foi conduzido em Vista Alegre do Alto-SP, em pomar de goiabeiras ‘Paluma’, com sete anos deidade, irrigado, manejado com podas, durante três ciclos consecutivos de produção. O solo do pomar é o Argissolo Vermelho-Amarelo distrófico. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso, em esquema fatorial, com quatro doses de nitrogênio (0; 0,5; 1 e 2 kg planta-1 de N) e quatro de potássio (0; 0,55; 1,1 e 2,2 kg planta-1 de K2O), com três repetições. A adubação nitrogenada aumentou a produtividade e o pH dos frutos, sendo explicados por modelos quadráticos de regressão polinomial; diminuiu linearmente a relação polpa/miolo e não influenciou os teores de SS e de AT. Por outro lado, a adubação potássica e a interação N x K não apresentaram efeitos significativos sobre a produtividade, bem como sobre as demais características avaliadas.

RESPOSTA DE PORTA-ENXERTOS DE CARAMBOLEIRA À ADUBAÇÃO COM ZINCO

RESUMO Apesar de ser amplamente cultivada no Estado de São Paulo, na literatura, há poucas informações sobre os efeitos da adubação e da nutrição em porta-enxertos de caramboleira. O trabalho teve como objetivo avaliar o crescimento das plantas e o acúmulo de Zn em porta-enxertos de caramboleira, submetidos a diferentes doses de zinco. O trabalho foi desenvolvido entre os meses de setembro de 2012 e fevereiro de 2013, em viveiro comercial de produção de mudas, localizado em Taquaritinga-SP. O delineamento foi em blocos casualizados, com cinco doses de zinco: zero; 2,0; 4,0; 6,0 e 8,0 mg dm-3 de Zn, quatro repetições e três plantas por parcela. Os porta-enxertos empregados no experimento estavam com um ano e dois meses de idade e foram cultivados em sacos de polietileno, com casca de pínus como substrato. Aos 170 dias após a aplicação do zinco, avaliaram-se: altura das plantas, diâmetro do caule, número de folhas, massa seca da parte aérea, das raízes e total. A concentração de zinco nas raízes e na parte aérea foi determinada e, em seguida, calculou-se o acúmulo de Zn nas diferentes partes da planta. O zinco influenciou na altura de plantas, diâmetro caulinar, emissão de folhas, acúmulo de massa seca da parte aérea, raízes e total. O maior desenvolvimento dos porta-enxertos de caramboleira esteve associado à dose entre 3,1 e 3,8 mg dm-3 de Zn. Doses elevadas de zinco prejudicam o crescimento e o acúmulo do micronutriente nos porta-enxertos de caramboleira.

BioSuper: A web tool for the superimposition of biomolecules and assemblies with rotational symmetry

Background Most of the proteins in the Protein Data Bank (PDB) are oligomeric complexes consisting of two or more subunits that associate by rotational or helical symmetries. Despite the myriad of superimposition tools in the literature, we could not find any able to account for rotational symmetry and display the graphical results in the web browser. Results BioSuper is a free web server that superimposes and calculates the root mean square deviation (RMSD) of protein complexes displaying rotational symmetry. To the best of our knowledge, BioSuper is the first tool of its kind that provides immediate interactive visualization of the graphical results in the browser, biomolecule generator capabilities, different levels of atom selection, sequence-dependent and structure-based superimposition types, and is the only web tool that takes into account the equivalence of atoms in side chains displaying symmetry ambiguity. BioSuper uses ICM program functionality as a core for the superimpositions and displays the results as text, HTML tables and 3D interactive molecular objects that can be visualized in the browser or in Android and iOS platforms with a free plugin. Conclusions BioSuper is a fast and functional tool that allows for pairwise superimposition of proteins and assemblies displaying rotational symmetry. The web server was created after our own frustration when attempting to superimpose flexible oligomers. We strongly believe that its user-friendly and functional design will be of great interest for structural and computational biologists who need to superimpose oligomeric proteins (or any protein). BioSuper web server is freely available to all users at http://ablab.ucsd.edu/BioSuper webcite.

Phenotypic and genotypic characteristics of cryopyrin-associated periodic syndrome: a series of 136 patients from the Eurofever Registry.

OBJECTIVE: To evaluate genetic, demographic and clinical features in patients with cryopyrin-associated periodic syndrome (CAPS) from the Eurofever Registry, with a focus on genotype-phenotype correlations and predictive disease severity markers. METHODS: A web-based registry retrospectively collected data on patients with CAPS. Experts in the disease independently validated all cases. Patients carrying NLRP3 variants and germline-mutation-negative patients were included. RESULTS: 136 patients were analysed. The median age at disease onset was 9 months, and the median duration of follow-up was 15 years. Skin rash, musculoskeletal involvement and fever were the most prevalent features. Neurological involvement (including severe complications) was noted in 40% and 12% of the patients, respectively, with ophthalmological involvement in 71%, and neurosensory hearing loss in 42%. 133 patients carried a heterozygous, germline mutation, and 3 patients were mutation-negative (despite complete NLRP3 gene screening). Thirty-one different NLRP3 mutations were recorded; 7 accounted for 78% of the patients, whereas 24 rare variants were found in 27 cases. The latter were significantly associated with early disease onset, neurological complications (including severe complications) and severe musculoskeletal involvement. The T348M variant was associated with early disease onset, chronic course and hearing loss. Neurological involvement was less strongly associated with V198M, E311 K and A439 V alleles. Early onset was predictive of severe neurological complications and hearing loss. CONCLUSIONS: Patients carrying rare NLRP3 variants are at risk of severe CAPS; onset before the age of 6 months is associated with more severe neurological involvement and hearing loss. These findings may have an impact on treatment decisions.