Transcript levels of AtMRPs after cadmium treatment: induction of AtMRP3

In yeasts, the ABC-type transporters are involved in vacuolar sequestration of cadmium. In plants, transport experiments with isolated vacuoles indicate that this is also true. In order to know more about the response of AtMRPs, a subclass of Arabidopsis ABC transporters, to cadmium, their expression pattern was analysed using the microchip technology and semi-quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction. From 15 putative sequences coding for AtMRPs, transcript levels were detected for 14. All were expressed in the roots as well as in the shoots, although at a different level. In 4-week-old Arabidopsis, transcript levels of four AtMRPs were up-regulated after cadmium treatment. In all cases up-regulation was exclusively observed in the roots. The increase of transcript levels was most pronounced for AtMRP3. A more detailed analysis revealed that induction of AtMRP3 could also be observed in the shoot when leaves were cut and cadmium allowed to be taken up in the shoot. In young plantlets, a far higher portion of Cd2+ was translocated in the aerial part compared with adult plants. Consequently, AtMRP3 transcript levels increased in both root and shoot of young plants. This suggests that 7-day-old seedlings do not exhibit such a strict root–shoot barrier as 4-week-old plants. Expression analysis with mutant plants for glutathione and phytochelatin synthesis as well as with compounds producing oxidative stress indicate that induction of AtMRP3 is likely due to the heavy metal itself.

Acondicionamiento y procesado de señales mediante bus CAN en vehículos monoplaza

En este proyecto se ha diseñado un sistema de adquisición y uso compartido de datos orientado a la implantación en un vehículo monoplaza de Formula SAE. Más concretamente, se encarga de recoger la información proporcionada por cuatro sensores infrarrojos de temperatura que sondearán constantemente la temperatura a la que se encuentran las ruedas del vehículo. La información, recogida en una memoria de almacenamiento masivo, se compartirá con otros dispositivos mediante un bus común. Los sensores empleados para generar la información los proporciona Melexis. Dichos sensores permiten estar todos simultáneamente conectados en un bus común gracias a su electrónica interna. Mediante el bus I2C irán conectados los cuatro sensores de nuestra aplicación (uno por cada rueda) permitiéndose añadir a posteriori más sensores o incluso otros elementos que permitan la comunicación por este tipo de bus I2C. La gestión de las tareas se realiza mediante el microcontrolador DSPIC33FJ256GP710-I/PF proporcionado por Microchip. Este es un microcontrolador complejo, por lo que para nuestra aplicación desaprovecharemos parte de su potencial. En nuestra tarjeta ha sido solamente añadido el uso de los dos I2C (uno para la tarjeta SD y el otro para los sensores), el módulo ECAN1 (para las comunicaciones por bus CAN), el módulo SPI (para acceder a una memoria Flash), 4 ADCs (para posibles mediciones) y 2 entradas de interrupción (para posible interactuación con el usuario), a parte de los recursos internos necesarios. En este proyecto se realiza tanto el desarrollo de una tarjeta de circuito impreso dedicada a resolver la funcionalidad requerida, así como su programación a través del entorno de programación facilitado por Microchip, el ICD2 Programmer. In this project, an acquisition and sharing system of data, which is oriented to be installed in a Formula SAE single-seater vehicle, has been designed. Concretely, it is responsible for getting the information supplied by four IR temperature sensors that monitor the wheels temperature. The information, which is loaded in a massive storage memory, will be shared with other devices by means of a common bus. The sensors used to generate the information are supplied by Melexis. Such specific sensors let that all they can be connected to the same bus at the same time due to their internal electronic. The four sensors will be connected through an I2C bus, one for each wheel, although we could add later more sensors or even other devices that they were able to let the I2C communication. Tasks management will be done by means of the DSPIC33FJ256GP710-I/PF microcontroller, which will be supplied by Microchip. This is a complex microcontroller, so, in our application we waste off a part of its potential. In our PCB has only been incorporated the use of the two I2C (one for the SD card and the other for the sensors), the ECAN module (to communicate devices), the SPI module (to access to the Flash memory), 4 ADC’s (for possible measurements) and 2 interrupt inputs (for possible inter-action with the user), a part of the necessary internal resources. This project aims the PCB development dedicated to solve the requested functionality and its programming through the programming environment provided by Microchip (the ICD2 programmer).

Sistema para cambiar la geometría de un motor

En este proyecto se desarrolla un sistema electrónico para variar la geometría de un motor de un monoplaza que participa en la competición Fórmula SAE. Fórmula SAE es una competición de diseño de monoplazas para estudiantes, organizado por “Society of Automotive Enginners” (SAE). Este concurso busca la innovación tecnológica de la automoción, así como que estudiantes participen en un trabajo real, en el cual el objetivo es obtener resultados competitivos cumpliendo con una serie de requisitos. La variación de la geometría de un motor en un vehículo permite mejorar el rendimiento del monoplaza consiguiendo elevar el par de potencia del motor. Cualquier mejora en del vehículo en un ámbito de competición puede resultar determinante en el desenlace de la misma. El objetivo del proyecto es realizar esta variación mediante el control de la longitud de los tubos de admisión de aire o “runners” del motor de combustión, empleando un motor lineal paso a paso. A partir de la información obtenida por sensores de revoluciones del motor de combustión y la posición del acelerador se debe controlar la distancia de dichos tubos. Integrando este sistema en el bus CAN del vehículo para que comparta la información medida al resto de módulos. Por todo esto se realiza un estudio aclarando los aspectos generales del objetivo del trabajo, para la comprensión del proyecto a realizar, las posibilidades de realización y adquisición de conocimientos para un mejor desarrollo. Se presenta una solución basada en el control del motor lineal paso a paso mediante el microcontrolador PIC32MX795F512-L. Dispositivo del fabricante Microchip con una arquitectura de 32 bits. Este dispone de un módulo CAN integrado y distintos periféricos que se emplean en la medición de los sensores y actuación sobre el motor paso a paso empleando el driver de Texas Instruments DRV8805. Entonces el trabajo se realiza en dos líneas, una parte software de programación del control del sistema, empleando el software de Microchip MPLABX IDE y otra parte hardware de diseño de una PCB y circuitos acondicionadores para la conexión del microcontrolador, con los sensores, driver, motor paso a paso y bus CAN. El software empleado para la realización de la PCB es Orcad9.2/Layout. Para la evaluación de las medidas obtenidas por los sensores y la comprobación del bus CAN se emplea el kit de desarrollo de Microchip, MCP2515 CAN Bus Monitor Demo Board, que permite ver la información en el bus CAN e introducir tramas al mismo. ABSTRACT. This project develops an electronic system to vary the geometry of a car engine which runs the Formula SAE competition. Formula SAE is a design car competition for students, organized by "Society of Automotive Engineers" (SAE). This competition seeks technological innovation in the automotive industry and brings in students to participate in a real job, in which the objective is to obtain competitive results in compliance with certain requirements. Varying engine’s geometry in a vehicle improves car’s performance raising engine output torque. Any improvement in the vehicle in a competition field can be decisive in the outcome of it. The goal of the project is the variation by controlling the length of the air intake pipe or "runners" in a combustion engine, using a linear motor step. For these, uses the information gathered by speed sensors from the combustion engine and by the throttle position to control the distance of these tubes. This system is integrated in the vehicle CAN bus to share the information with the other modules. For all this is made a study to clarify the general aspects of the project in order to understand the activities developed inside the project, the different options available and also, to acquire knowledge for a better development of the project. The solution is based on linear stepper motor control by the microcontroller PIC32MX795F512-L. Device from manufacturer Microchip with a 32-bit architecture. This module has an integrated CAN various peripherals that are used in measuring the performance of the sensors and drives the stepper motor using Texas Instruments DRV8805 driver. Then the work is done in two lines, first, control programming software system using software MPLABX Microchip IDE and, second, hardware design of a PCB and conditioning circuits for connecting the microcontroller, with sensors, driver stepper motor and CAN bus. The software used to carry out the PCB is Orcad9.2/Layout. For the evaluation of the measurements obtained by the sensors and CAN bus checking is used Microchip development kit, MCP2515 CAN Bus Monitor Demo Board, that allows you to see the information on the CAN bus and enter new frames in the bus.

Sistema de telemetría para un vehículo de fórmula S.A.E.

En este proyecto, se ha desarrollado una aplicación electrónica para un coche de competición, en concreto para la fórmula SAE (Society of Automotive Engineers), una competición universitaria en la que cada equipo, formado por estudiantes, debe diseñar, construir y probar un prototipo basándose en una serie de reglas. El objetivo final de la competición es proporcionar a los estudiantes el conocimiento práctico necesario para su futura labor profesional, del cual se pensaba que los estudiantes adolecían al acabar sus estudios universitarios cuando se creó esta competición. La aplicación desarrollada en este proyecto consiste en un sistema de telemetría, utilizado para transmitir los datos proporcionados por los sensores del vehículo a través de un sistema de radiofrecuencia, de manera que se pueda estudiar el comportamiento del coche durante los ensayos a la vez que el coche está rodando y así no depender de un sistema de adquisición de datos del que había que descargarse la información una vez finalizada la sesión de ensayo, como había que hacer hasta el momento. Para la implementación del proyecto, se ha utilizado un kit de desarrollo (Xbee Pro 868) que incluye dos módulos de radio, dos placas de desarrollo, dos cables USB y una antena, el cual ha permitido desarrollar la parte de radio del proyecto. Para transmitir los datos proporcionados por la centralita del vehículo, la cual recoge la información de todos los sensores presentes en el vehículo, se han desarrollado dos placas de circuito impreso. La primera de ellas tiene como elemento principal un microprocesador PIC de la marca Microchip (PIC24HJ64GP502), que recoge los datos proporcionados por la centralita del vehículo a través de su bus CAN de comunicaciones. La segunda placa de circuito impreso tiene como elemento fundamental el transmisor de radio. Dicho transmisor está conectado al microprocesador de la otra placa a través de línea serie. Como receptor de radio se ha utilizado una de las placas de prueba que integraba el kit de desarrollo Xbee Pro 868, la cual recoge los datos que han sido enviados vía radio y los manda a su vez a través de USB a un ordenador donde son monitorizados. Hasta aquí la parte hardware del sistema. En cuanto a la parte software, ha habido que desarrollar una aplicación en lenguaje C, que ejecuta el microprocesador PIC, que se encarga de recoger los datos enviados por la centralita a través del bus CAN (Controller Area Network) y transmitirlos a través de línea serie al chip de radio. Por último, para la monitorización de los datos se han desarrollado dos aplicaciones en LabVIEW, una que recoge los datos a través de USB, los muestra en pantalla y los guarda en un fichero y otra que lee los datos del fichero y los representa gráficamente para permitir un estudio más detallado del comportamiento del vehículo. ABSTRACT In this project, an electronic application has been developed for a race car – Formula SAE car-. Formula SAE is a university championship in which each team, made up of students, should design, construct and test a prototype within certain rules. The final goal of the competition is to enhance the practical knowledge of the students, which was thougth to be poor at the time the competition was created. The application developed in this project consists of a telemetry system, employed to transmit the data provided by the car’s sensors through a radio frequency system, so that it could be possible to study the behaviour of the vehicle during tests and do not depend on a datalogger system as it occurred until now. To carry out the radio module of the project, a Xbee Pro 868 development kit has been used, which includes two radio modules, two development boards, two USB cables and an antenna. To transmit the data provided by the ECU (Engine Control Unit) of the vehicle, which receives information from all the sensors the vehicle has, two printed circuit boards have been built. One of them has a PIC microprocessor of Microchip (PIC24HJ64GP502) which receives the data coming from CAN bus of the ECU. Tha main element of the other printed circuit board is the radio transmitter. This chip receives the data from the microprocessor through its serial line. The development board of the Xbee Pro 868 has been used as receiver. When data arrives to the receiver, it transmits them to a computer through USB where the data are displayed. All this composes the hardware of the system. Regarding the software, a C coded application has been developed. This application is executed by the microprocessor and its function is to receive the data from the bus CAN (Controller Area Network) and send them to the radio transmitter through the microprocessor’s serial line. To show the data on the computer, two LabVIEW applications has been developed. The first one receives the data through the USB port, displays them on the screen and save them to a file and the second one reads the data from the file while represents them graphically to allow studying the behaviour of the car on track.

Pantalla táctil para el piloto en un monoplaza de la fórmula SAE

En este proyecto se ha desarrollado un sistema electrónico para un vehículo de Fórmula SAE. La Fórmula SAE es una competición orientada a estudiantes que se basa en el diseño y fabricación de un vehículo de carreras. Este vehículo será posteriormente testeado en una competición a nivel mundial. El principal objetivo de este proyecto es el estudio, diseño y creación de un sistema para la visualización de información en un vehículo a través de una pantalla táctil. El núcleo del sistema será un microcontrolador de 32 bits de Microchip programado en C sobre un sistema de desarrollo integrado. El sistema mostrará información que pueda ser de utilidad para el piloto del coche. La información que se mostrará en la pantalla provendrá de los diferentes sensores del propio vehículo (velocidad, rpm, temperatura, estado de la batería). Dichos sensores se comunicarán con el sistema a través de comunicación CAN Bus. Para el testeo del sistema se utilizará una herramienta de simulación CAN. Además de mostrar información, el piloto será capaz de seleccionar entre diferentes configuraciones para la conducción desde el propio volante. El sistema contiene además los elementos necesarios para la programación y depuración del microcontrolador PIC. ABSTRACT. In this project, an electronic application for a Formula SAE vehicle has been developed. The Formula SAE is a student-oriented competition based on the design and manufacture of a race car. This car will be later tested in a worldwide competition. The principal aim of this project is the study, design and manufacture of a system for the display of a vehicle’s information through a touch screen. The system core will be a 32-bit Microchip microcontroller programmed in C code over an Integrated Development Environment. The system will display useful information to the car driver. The information shown on the screen will come from the different sensors of the vehicle itself (speed, rpm, temperature, battery status). Those sensors will communicate with the system via CAN Bus. A CAN Bus simulator device will be used during the design testing. In addition to displaying information, the pilot will be able to select different driving configurations from the steering wheel itself. The system also contains the necessary elements for programming and debugging the PIC microcontroller.

Telemetría de vehículos FSAE con microcontrolador PIC32 y transceptor de radio CC1101

Quizás el campo de las telecomunicaciones sea uno de los campos en el que más se ha progresado en este último siglo y medio, con la ayuda de otros campos de la ciencia y la técnica tales como la computación, la física electrónica, y un gran número de disciplinas, que se han utilizado estos últimos 150 años en conjunción para mejorarse unas con la ayuda de otras. Por ejemplo, la química ayuda a comprender y mejorar campos como la medicina, que también a su vez se ve mejorada por los progresos en la electrónica creados por los físicos y químicos, que poseen herramientas más potentes para calcular y simular debido a los progresos computacionales. Otro de los campos que ha sufrido un gran avance en este último siglo es el de la automoción, aunque estancados en el motor de combustión, los vehículos han sufrido enormes cambios debido a la irrupción de los avances en la electrónica del automóvil con multitud de sistemas ya ampliamente integrados en los vehículos actuales. La Formula SAE® o Formula Student es una competición de diseño, organizada por la SAE International (Society of Automotive Engineers) para estudiantes de universidades de todo el mundo que promueve la ingeniería a través de una competición donde los miembros del equipo diseñan, construyen, desarrollan y compiten en un pequeño y potente monoplaza. En el ámbito educativo, evitando el sistema tradicional de clases magistrales, se introducen cambios en las metodologías de enseñanza y surge el proyecto de la Fórmula Student para lograr una mejora en las acciones formativas, que permitan ir incorporando nuevos objetivos y diseñar nuevas situaciones de aprendizaje que supongan una oportunidad para el desarrollo de competencias de los alumnos, mejorar su formación como ingenieros y contrastar sus progresos compitiendo con las mejores universidades del mundo. En este proyecto se pretende dotar a los alumnos de las escuelas de ingeniería de la UPM que desarrollan el vehículo de FSAE de una herramienta de telemetría con la que evaluar y probar comportamiento del vehículo de FSAE junto con sus subsistemas que ellos mismos diseñan, con el objetivo de evaluar el comportamiento, introducir mejoras, analizar resultados de una manera más rápida y cómoda, con el objetivo de poder progresar más rápidamente en su desarrollo, recibiendo y almacenando una realimentación directa e instantánea del funcionamiento mediante la lectura de los datos que circulan por el bus CAN del vehículo. También ofrece la posibilidad de inyectar datos a los sistemas conectados al bus CAN de manera remota. Se engloba en el conjunto de proyectos de la FSAE, más concretamente en los basados en la plataforma PIC32 y propone una solución conjunta con otros proyectos o también por sí sola. Para la ejecución del proyecto se fabricó una placa compuesta de dos placas de circuito impreso, la de la estación base que envía comandos, instrucciones y datos para inyectar en el bus CAN del vehículo mediante radiofrecuencia y la placa que incorpora el vehículo que envía las tramas que circulan por el bus CAN del vehículo con los identificadores deseados, ejecuta los comandos recibidos por radiofrecuencia y salva las tramas CAN en una memoria USB o SD Card. Las dos PCBs constituyen el hardware del proyecto. El software se compone de dos programas. Un programa para la PCB del vehículo que emite los datos a la estación base, codificado en lenguaje C con ayuda del entorno de desarrollo MPLAB de Microchip. El otro programa hecho con LabView para la PCB de la estación base que recibe los datos provenientes del vehículo y los interpreta. Se propone un hardware y una capa o funciones de software para los microcontroladores PIC32 (similar al de otros proyectos del FSAE) para la transmisión de las tramas del bus CAN del vehículo de manera inalámbrica a una estación base, capaz de insertar tramas en el bus CAN del vehículo enviadas desde la estación base. También almacena estas tramas CAN en un dispositivo USB o SD Card situado en el vehículo. Para la transmisión de los datos se hizo un estudio de las frecuencias de transmisión, la legislación aplicable y los tipos de transceptores. Se optó por utilizar la banda de radiofrecuencia de uso común ISM de 433MHz mediante el transceptor integrado CC110L de Texas Instruments altamente configurable y con interfaz SPI. Se adquirieron dos parejas de módulos compatibles, con amplificador de potencia o sin él. LabView controla la estación que recoge las tramas CAN vía RF y está dotada del mismo transceptor de radio junto con un puente de comunicaciones SPI-USB, al que se puede acceder de dos diferentes maneras, mediante librerías dll, o mediante NI-VISA con transferencias RAW-USB. La aplicación desarrollada posee una interfaz configurable por el usuario para la muestra de los futuros sensores o actuadores que se incorporen en el vehículo y es capaz de interpretar las tramas CAN, mostrarlas, gráfica, numéricamente y almacenar esta información, como si fuera el cuadro de instrumentos del vehículo. Existe una limitación de la velocidad global del sistema en forma de cuello de botella que se crea debido a las limitaciones del transceptor CC110L por lo que si no se desea filtrar los datos que se crean necesarios, sería necesario aumentar el número de canales de radio para altas ocupaciones del bus CAN. Debido a la pérdida de relaciones con el INSIA, no se pudo probar de manera real en el propio vehículo, pero se hicieron pruebas satisfactorias (hasta 1,6 km) con una configuración de tramas CAN estándar a una velocidad de transmisión de 1 Mbit/s y un tiempo de bit de 1 microsegundo. El periférico CAN del PIC32 se programará para cumplir con estas especificaciones de la ECU del vehículo, que se presupone que es la MS3 Sport de Bosch, de la que LabView interpretará las tramas CAN recibidas de manera inalámbrica. Para poder probar el sistema, ha sido necesario reutilizar el hardware y adaptar el software del primer prototipo creado, que emite tramas CAN preprogramadas con una latencia también programable y que simulará al bus CAN proporcionando los datos a transmitir por el sistema que incorpora el vehículo. Durante el desarrollo de este proyecto, en las etapas finales, el fabricante del puente de comunicaciones SPI-USB MCP2210 liberó una librería (dll) compatible y sin errores, por lo que se nos ofrecía una oportunidad interesante para la comparación de las velocidades de acceso al transceptor de radio, que se presuponía y se comprobó más eficiente que la solución ya hecha mediante NI-VISA. ABSTRACT. The Formula SAE competition is an international university applied to technological innovation in vehicles racing type formula, in which each team, made up of students, should design, construct and test a prototype each year within certain rules. The challenge of FSAE is that it is an educational project farther away than a master class. The goal of the present project is to make a tool for other students to use it in his projects related to FSAE to test and improve the vehicle, and, the improvements that can be provided by the electronics could be materialized in a victory and win the competition with this competitive advantage. A telemetry system was developed. It sends the data provided by the car’s CAN bus through a radio frequency transceiver and receive commands to execute on the system, it provides by a base station on the ground. Moreover, constant verification in real time of the status of the car or data parameters like the revolutions per minute, pressure from collectors, water temperature, and so on, can be accessed from the base station on the ground, so that, it could be possible to study the behaviour of the vehicle in early phases of the car development. A printed circuit board, composed of two boards, and two software programs in two different languages, have been developed, and built for the project implementation. The software utilized to design the PCB is Orcad10.5/Layout. The base station PCB on a PC receives data from the PCB connected to the vehicle’s CAN bus and sends commands like set CAN filters or masks, activate data logger or inject CAN frames. This PCB is connected to a PC via USB and contains a bridge USB-SPI to communicate with a similar transceiver on the vehicle PCB. LabView controls this part of the system. A special virtual Instrument (VI) had been created in order to add future new elements to the vehicle, is a dashboard, which reads the data passed from the main VI and represents them graphically to studying the behaviour of the car on track. In this special VI other alums can make modifications to accommodate the data provided from the vehicle CAN’s bus to new elements on the vehicle, show or save the CAN frames in the form or format they want. Two methods to access to SPI bus of CC110l RF transceiver over LabView have been developed with minimum changes between them. Access through NI-VISA (Virtual Instrument Software Architecture) which is a standard for configuring, programming, USB interfaces or other devices in National Instruments LabView. And access through DLL (dynamic link library) supplied by the manufacturer of the bridge USB-SPI, Microchip. Then the work is done in two forms, but the dll solution developed shows better behaviour, and increase the speed of the system because has less overload of the USB bus due to a better efficiency of the dll solution versus VISA solution. The PCB connected to the vehicle’s CAN bus receives commands from the base station PCB on a PC, and, acts in function of the command or execute actions like to inject packets into CAN bus or activate data logger. Also sends over RF the CAN frames present on the bus, which can be filtered, to avoid unnecessary radio emissions or overflowing the RF transceiver. This PCB consists of two basic pieces: A microcontroller with 32 bit architecture PIC32MX795F512L from Microchip and the radio transceiver integrated circuit CC110l from Texas Instruments. The PIC32MX795F512L has an integrated CAN and several peripherals like SPI controllers that are utilized to communicate with RF transceiver and SD Card. The USB controller on the PIC32 is utilized to store CAN data on a USB memory, and change notification peripheral is utilized like an external interrupt. Hardware for other peripherals is accessible. The software part of this PCB is coded in C with MPLAB from Microchip, and programming over PICkit 3 Programmer, also from Microchip. Some of his libraries have been modified to work properly with this project and other was created specifically for this project. In the phase for RF selection and design is made a study to clarify the general aspects of regulations for the this project in order to understand it and select the proper band, frequency, and radio transceiver for the activities developed in the project. From the different options available it selects a common use band ICM, with less regulation and free to emit with restrictions and disadvantages like high occupation. The transceiver utilized to transmit and receive the data CC110l is an integrated circuit which needs fewer components from Texas Instruments and it can be accessed through SPI bus. Basically is a state machine which changes his state whit commands received over an SPI bus or internal events. The transceiver has several programmable general purpose Inputs and outputs. These GPIOs are connected to PIC32 change notification input to generate an interrupt or connected to GPIO to MCP2210 USB-SPI bridge to inform to the base station for a packet received. A two pair of modules of CC110l radio module kit from different output power has been purchased which includes an antenna. This is to keep away from fabrication mistakes in RF hardware part or designs, although reference design and gerbers files are available on the webpage of the chip manufacturer. A neck bottle is present on the complete system, because the maximum data rate of CC110l transceiver is a half than CAN bus data rate, hence for high occupation of CAN bus is recommendable to filter the data or add more radio channels, because the buffers can’t sustain this load along the time. Unfortunately, during the development of the project, the relations with the INSIA, who develops the vehicle, was lost, for this reason, will be made impossible to test the final phases of the project like integration on the car, final test of integration, place of the antenna, enclosure of the electronics, connectors selection, etc. To test or evaluate the system, it was necessary to simulate the CAN bus with a hardware to feed the system with entry data. An early hardware prototype was adapted his software to send programed CAN frames at a fixed data rate and certain timing who simulate several levels of occupation of the CAN Bus. This CAN frames emulates the Bosch ECU MS3 Sport.

Automated parallel DNA sequencing on multiple channel microchips

We report automated DNA sequencing in 16-channel microchips. A microchip prefilled with sieving matrix is aligned on a heating plate affixed to a movable platform. Samples are loaded into sample reservoirs by using an eight-tip pipetting device, and the chip is docked with an array of electrodes in the focal plane of a four-color scanning detection system. Under computer control, high voltage is applied to the appropriate reservoirs in a programmed sequence that injects and separates the DNA samples. An integrated four-color confocal fluorescent detector automatically scans all 16 channels. The system routinely yields more than 450 bases in 15 min in all 16 channels. In the best case using an automated base-calling program, 543 bases have been called at an accuracy of >99%. Separations, including automated chip loading and sample injection, normally are completed in less than 18 min. The advantages of DNA sequencing on capillary electrophoresis chips include uniform signal intensity and tolerance of high DNA template concentration. To understand the fundamentals of these unique features we developed a theoretical treatment of cross-channel chip injection that we call the differential concentration effect. We present experimental evidence consistent with the predictions of the theory.

DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide microchips.

We present a further development in the technology of sequencing by hybridization to oligonucleotide microchips (SHOM) and its application to diagnostics for genetic diseases. A robot has been constructed to manufacture sequencing "microchips." The microchip is an array of oligonucleotides immobilized into gel elements fixed on a glass plate. Hybridization of the microchip with fluorescently labeled DNA was monitored in real time simultaneously for all microchip elements with a two-wavelength fluorescent microscope equipped with a charge-coupled device camera. SHOM has been used to detect beta-thalassemia mutations in patients by hybridizing PCR-amplified DNA with the microchips. A contiguous stacking hybridization technique has been applied for the detection of mutations; it can simplify medical diagnostics and enhance its reliability. The use of multicolor monitoring of contiguous stacking hybridization is suggested for large-scale diagnostics and gene polymorphism studies. Other applications of the SHOM technology are discussed.

A fast marching level set method for monotonically advancing fronts.

A fast marching level set method is presented for monotonically advancing fronts, which leads to an extremely fast scheme for solving the Eikonal equation. Level set methods are numerical techniques for computing the position of propagating fronts. They rely on an initial value partial differential equation for a propagating level set function and use techniques borrowed from hyperbolic conservation laws. Topological changes, corner and cusp development, and accurate determination of geometric properties such as curvature and normal direction are naturally obtained in this setting. This paper describes a particular case of such methods for interfaces whose speed depends only on local position. The technique works by coupling work on entropy conditions for interface motion, the theory of viscosity solutions for Hamilton-Jacobi equations, and fast adaptive narrow band level set methods. The technique is applicable to a variety of problems, including shape-from-shading problems, lithographic development calculations in microchip manufacturing, and arrival time problems in control theory.

Estratégias de microfabricação utilizando toner para produção de dispositivos microfluídicos

Neste trabalho são apresentados processos de microfabricação de estruturas contendo microcanais e sistemas de manipulação hidrodinâmica e eletroosmótica de fluídos. Foram desenvolvidos processos de microfabricação utilizando toner sobre poliéster, toner sobre vidro, toner como resiste, além de métodos alternativos de perfuração de lâminas e selagem de microestruturas em vidro, desenvolvimento de microestruturas para eletroforese capilar e espectrometria de massas com ionização por eletronebulização. A caracterização dos materiais e processos permitiu uma ampla visão das potencialidades e alternativas dos processos de microfabricação, tendo sido demonstrado que os dispositivos produzidos em toner-poliéster são quimicamente resistentes às substâncias tipicamente utilizadas em eletroforese capilar. Neste trabalho, um detector condutométrico sem contato foi implementado em microestruturas de toner-poliéster e a separação eletroforética de alguns metais alcalinos é demonstrada. A microestrutura foi projetada no formato padrão em cruz, tendo o canal de separação 22 mm de comprimento, 12 µm de profundidade e largura típica. A cela condutométrica foi construída sobre o canal de separação utilizando-se fita adesiva de cobre (1 mm de largura) como eletrodos. O sinal aplicado na cela foi de 530 kHz e 10 Vpp . A separação de K+, Na+ e Li+ na concentração de 100 µmol L-1 foi efetuada em torno de 0,8 min, utilizando-se 1 kV como potencial de separação. Foram desenvolvidos microchips para análise por espectrometria de massas com introdução de amostra por eletronebulização, sendo determinado cluster do íon cloreto em concentração de 1 mmol L+. Também solução com 1 mmol/L de glucosamina em água/metanol 1: 1 (v/v), sob corrente de 100 nA gerou sinal estável e livre de descarga corona. Utilizando detecção amperométrica, obteve-se eletroferogramas mostrando a separação de iodeto (10 mmol L-1) e ascorbato (40 mmol L-1) em potencial de separação de 4,0 kV (800 V cm-1 potencial de detecção de 0,9 V (vs. Ag/AgCI), injeção com 1,0 kV/1°s, tampão borato de sódio 10 mmol L+ com CTAH 0,2 mmol L-1, pH 9,2. Obteve-se eficiência de 1,6.104 pratos/m e foi possível obter limites de detecção de 500 nmol L-1 (135 amol) e 1,8 µmol L-1 (486 amol) para iodeto e ascorbato, respectivamente. O processo de fabricação utilizando toner como material estrutural para microchips em vidro foi bem estabelecido, assim como os modos de detecção fotométrico e condutométrico foram demonstrados. Foram obtidos eletroferogramas par detecção condutométrica sem contato de solução 200 µmol L-1 de K+, Na+ e U+, em tampão histidina/ácido lático 30 mmol L-1 9:1 (v/v) água:metanol, injeção eletrocinética de 2,0 kV/5,0 s, potencial de separação de 1 kV, 530 kHz de frequência e tensão de 2,0 Vpp. Também foi implementado um sistema de detecção fotométrico para microchip operando em 660 nm, tendo sido utilizado para a detecção de azul de metileno 1,0 mmol L-1 em tampão de corrida de barato de sódio 20 mmol L-1 (pH 9,2), com o detector posicionado a 40 mm do ponto de injeção e com injeção eletrocinética a 2,0 kV por 12 s com picos bem resolvidos em menos de 1 min.

GPS - PET : aplicación web para la geolocalización de mascotas

[ES]Este proyecto trata de desarrollar una aplicación web en Ruby on Rails, donde el usuario pueda visualizar en “tiempo real” la ubicación de su animal haciendo uso de su identificador con GPS (microchip con GPS), si existiera tal dispositivo, o un dispositivo de geolocalización GPS incrustado en el collar del perro, para hacer un seguimiento del mismo cuando otra persona que ha sido contratada lo pasea. Al no disponer de microchips o collares con GPS, así como los respectivos animales para hacer el estudio y, por tanto, su posterior seguimiento, se realizará una simulación del mismo, de ahí que el tiempo real esté puesto entre comillas.

Street lighting mesh network protocol

The digital revolution of the 21st century contributed to stem the Internet of Things (IoT). Trillions of embedded devices using the Internet Protocol (IP), also called smart objects, will be an integral part of the Internet. In order to support such an extremely large address space, a new Internet Protocol, called Internet Protocol Version 6 (IPv6) is being adopted. The IPv6 over Low Power Wireless Personal Area Networks (6LoWPAN) has accelerated the integration of WSNs into the Internet. At the same time, the Constrained Application Protocol (CoAP) has made it possible to provide resource constrained devices with RESTful Web services functionalities. This work builds upon previous experience in street lighting networks, for which a proprietary protocol, devised by the Lighting Living Lab, was implemented and used for several years. The proprietary protocol runs on a broad range of lighting control boards. In order to support heterogeneous applications with more demanding communication requirements and to improve the application development process, it was decided to port the Contiki OS to the four channel LED driver (4LD) board from Globaltronic. This thesis describes the work done to adapt the Contiki OS to support the Microchip TM PIC24FJ128GA308 microprocessor and presents an IP based solution to integrate sensors and actuators in smart lighting applications. Besides detailing the system’s architecture and implementation, this thesis presents multiple results showing that the performance of CoAP based resource retrievals in constrained nodes is adequate for supporting networking services in street lighting networks.

Microcontroladores PIC. Principios y aplicaciones

El objetivo de este libro es enseñar los principios fundamentales para la programación de los microcontroladores, tomando como base los microcontroladores PIC de Microchip. El texto está organizado en tres partes. La primera parte está fundamentada en los principios teóricos de la organización y su arquitectura; contiene las definiciones de las características generales de los procesadores, con énfasis en los recursos especiales del procesador, las funciones de cada uno de los bits, de sus registros, la organización de los mapas de memoria de programa y memoria de datos, el conjunto de instrucciones, sus puertos y sus principales periféricos. La segunda parte está orientada a las aplicaciones, y contiene las indicaciones para el manejo de las herramientas de desarrollo, programas de aplicación para la configuración y operación de sus puertos y aplicaciones para programar sus periféricos. Estas aplicaciones están desarrolladas con el lenguaje asembler o de bajo nivel y el lenguaje C. Estas dos opciones de programación dan la oportunidad al estudiante de aprender ambas técnicas y de escoger el lenguaje que más le convenga según sus necesidades. La tercera parte hace referencia a una sección de anexos que es un material de apoyo y consulta para el desarrollo de los programas que se presenta en el texto. El libro está dirigido especialmente a estudiantes y profesionales del campo de la electrónica y los sistemas.

Comparação entre técnicas de aferição da temperatura corpórea em micos-estrela cativos (Callithrix penicillata) e sua relação com parâmetros hematológicos, peso corporal e umidade e temperatura do ambiente

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2015.

Comparação entre técnicas de aferição da temperatura corpórea em micos-estrela cativos (Callithrix penicillata) e sua relação com parâmetros hematológicos, peso corporal e umidade e temperatura do ambiente

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2015.