In silico prediction of human carboxylesterase-1 (hCES1) metabolism combining docking analyses and MD simulations.

Metabolic problems lead to numerous failures during clinical trials, and much effort is now devoted in developing in silico models predicting metabolic stability and metabolites. Such models are well known for cytochromes P450 and some transferases, whereas little has been done to predict the hydrolytic activity of human hydrolases. The present study was undertaken to develop a computational approach able to predict the hydrolysis of novel esters by human carboxylesterase hCES1. The study involves both docking analyses of known substrates to develop predictive models, and molecular dynamics (MD) simulations to reveal the in situ behavior of substrates and products, with particular attention being paid to the influence of their ionization state. The results emphasize some crucial properties of the hCES1 catalytic cavity, confirming that as a trend with several exceptions, hCES1 prefers substrates with relatively smaller and somewhat polar alkyl/aryl groups and larger hydrophobic acyl moieties. The docking results underline the usefulness of the hydrophobic interaction score proposed here, which allows a robust prediction of hCES1 catalysis, while the MD simulations show the different behavior of substrates and products in the enzyme cavity, suggesting in particular that basic substrates interact with the enzyme in their unprotonated form.

Comparative genetic analyses point to HCP5 as susceptibility locus for HCV-associated hepatocellular carcinoma.

BACKGROUND & AIMS: Recently, genetic variations in MICA (lead single nucleotide polymorphism [SNP] rs2596542) were identified by a genome-wide association study (GWAS) to be associated with hepatitis C virus (HCV)-related hepatocellular carcinoma (HCC) in Japanese patients. In the present study, we sought to determine whether this SNP is predictive of HCC development in the Caucasian population as well. METHODS: An extended region around rs2596542 was genotyped in 1924 HCV-infected patients from the Swiss Hepatitis C Cohort Study (SCCS). Pair-wise correlation between key SNPs was calculated both in the Japanese and European populations (HapMap3: CEU and JPT). RESULTS: To our surprise, the minor allele A of rs2596542 in proximity of MICA appeared to have a protective impact on HCC development in Caucasians, which represents an inverse association as compared to the one observed in the Japanese population. Detailed fine-mapping analyses revealed a new SNP in HCP5 (rs2244546) upstream of MICA as strong predictor of HCV-related HCC in the SCCS (univariable p=0.027; multivariable p=0.0002, odds ratio=3.96, 95% confidence interval=1.90-8.27). This newly identified SNP had a similarly directed effect on HCC in both Caucasian and Japanese populations, suggesting that rs2244546 may better tag a putative true variant than the originally identified SNPs. CONCLUSIONS: Our data confirms the MICA/HCP5 region as susceptibility locus for HCV-related HCC and identifies rs2244546 in HCP5 as a novel tagging SNP. In addition, our data exemplify the need for conducting meta-analyses of cohorts of different ethnicities in order to fine map GWAS signals.

Efficacité des analyses de Gumbel pour déterminer les précipitations journalières extrêmes en Suisse

Les précipitations journalières extrêmes centennales ont été estimées à partir d'analyses de Gumbel effectuées sur des séries de mesures pluviométriques à 151 endroits en Suisse pour 4 périodes de 30 ans différentes. Ces estimations ont été comparées avec les valeurs journalières maximales mesurées durant les 100 dernières années (1911-2010) afin de tester l'efficacité de ces analyses. Cette comparaison révèle que ces dernières aboutissent à de bons résultats pour 50 à 60% des stations de ce pays à partir des séries de mesures pluviométriques de 1961-1990 et de 1981-2010. Par contre, les précipitations journalières centennales estimées à partir des séries de mesures de 1931-1960 et surtout de 1911-1940 sont sous-estimées pour la plupart des stations. Cette sous-estimation résulte de l'augmentation des précipitations journalières maximales mesurées de 1911 à 2010 pour 90% des stations en Suisse.

Immunological and protective properties of novel malaria blood stage peptide antigens

ABSTRACT Malaria is a major worldwide public health problem, with transmission occurring throughout Africa, Asia, Oceania and Latin America. Over two billion people live in malarious areas of the world and it is estimated that 300-500 million cases and 1.5-2.7 million deaths occur annually. The increase in multi-drug resistant parasites and insecticide-resistant vectors has made the development of malaria vaccine a public health priority. The published genome offers tremendous opportunity for the identification of new antigens that can befast-tracked for vaccine development. We identified potential protein antigens present on the surface of asexual malaria blood stages through bioinformatics and published transcriptome and proteorné analysis. Amongst the proteins identified, we selected those that contain predicted a-helical coiled-coil regions, which are generally short and structurally stable as isolated fragments. Peptides were synthesized and used to immunize mice. Most peptides tested were immunogenic as demonstrated in ELISA assays, and induced antibodies of varying titres. In immunofluorescence assays, anti-sera from immunized mice reacted with native proteins expressed at different intraerythrocytic developmental stages of the parasite's cycle. In parallel in vitro ADCI functional studies, human antibodies affinity purified on some of these peptides inhibited parasite growth in association with monocytes in magnitudes similar to that seen in semiimmune African adults. Siudies using human immune sera taken from different malaria endemic regions, demonstrated that majority of peptides were recognized at high prevalence. 73 peptides were next tested in longitudinal studies in two cohorts separated in space and time in coastal Kenya. In these longitudinal analyses, antibody responses to peptides were sequentially examined in two cohorts of children at risk of clinical malaria in order to characterize the level of peptide recognition by age, and the role of anti-peptide antibodies in protection from clinical malaria. Ten peptides were associated ?with a significantly reduced odds ratio for an episode of clinical malaria in the first cohort of children and two of these peptides (LR146 and ÁS202.11) were associated with a significantly reduced odds ratio in both cohorts. This study has identified proteins PFB0145c and MAL6P1.37 among others as likely targets of protective antibodies. Our findings support further studies to systematically assess immunogenicity of peptides of interest in order to establish clear criteria for optimal design of potential vaccine constructs to be tested in clinical trials. RESUME La malaria est un problème de santé publique mondial principalement en Afrique, en Asie, en Océanie et en Amérique latine. Plus de 2 milliards de personnes vivent dans des régions endémiques et le nombre de cas par année est estimé entre 300 et 500 millions. 1.5 à 2.7 millions de décès surviennent annuellement dans ces zones. L'augmentation de la résistance aux médicaments et aux insecticides fait du développement d'un vaccin une priorité. Le séquençage complet du génome du parasite offre l'opportunité d'identifier de nouveaux antigènes qui peuvent rapidement mener au développement d'un vaccin. Des protéines antigéniques potentielles présentes à la surface des globules rouges infectés ont été identifiées par bioinformatique et par l'analyse du protéome et du transcriptome. Nous avons sélectionné, parmi ces protéines, celles contenant des motifs dits "a helical coiled-coil" qui sont généralement courts et structurellement stables. Ces régions ont été obtenues par synthèse peptidique et utilisées pour immuniser des souris. La plupart des peptides testés sont immunogéniques et induisent un titre variable d'anticorps déterminé par ELISA. Les résultats de tests d'immunofluorescence indiquent que les sera produits chez la souris reconnaissent les protéines natives exprimées aux différents stades de développement du parasite. En parallèle, des études d'ADCI in vitro montrent qué des anticorps humains purifiés à partir de ces peptides associés à des monocytes inhibent la croissance du parasite aussi bien que celle observée chez des adultes africains protégés. Des études d'antigénicité utilisant des sera de personnes protégées de différents âges vivant dans des régions endémiques montrent que la majorité des peptides sont reconnus avec une haute prévalence. 73 peptides ont été testés dans une étude longitudinale avec 2 cohortes de la côte du Kenya. Ces 2 groupes viennent de zones bien distinctes et les prélèvements n'ont pas été effectués pendant la même période. Dans cette étude, la réponse anticorps contre les peptides synthétiques a été testée dans les 2 cohortes d'enfants à risque de développer un épisode de malaria afin de caractériser le niveau de reconnaissance des peptides en fonction de l'âge et de déterminer le rôle des anticorps anti-peptides dans la protection contre la malaria. Parmi ces peptides, 10 sont associés à une réduction significative des risques de développer un épisode de malaria dans la première cohorte alors qu'un seul (LR146 et AS202.11) l'est dans les 2 cohortes. Cette étude a identifié, parmi d'autres, les protéines PFB0145c et MAL6P1.37 comme pouvant être la cible d'anticorps. Ces résultats sont en faveur de futures études qui évalueraient systématiquement l'immunogénicité des peptides d'intérêt dans le but d'établir des critères de sélection clairs pour le développement d'un vaccin. Résumé pour un large public La malaria est un problème de santé publique mondial principalement en Afrique, en Asie, en Océanie et en Amérique latine. Plus de 2 milliards de personnes vivent dans des régions endémiques et le nombre de cas par année est estimé entre 300 et 500 millions. 1.5 à 2.7 millions de décès surviennent annuellement dans ces zones. La résistance aux médicaments et aux insecticides augmente de plus en plus d'où la nécessité de développer un vaccin. Le séquençage complet du génome (ensemble des gènes) de P. falciparum a conduit au développement de nouvelles .études à large échelle dans le domaine des protéines du parasite (protéome) ; dans l'utilisation d'algorithmes, de techniques informatiques et statistiques pour l'analyse de données biologiques (bioinformatique) et dans les technologies de transcription et de profiles d'expression (transcriptome). Nous avons identifié, en utilisant les outils ci-dessus, des nouvelles protéines antigéniques qui sont présentes au stade sanguin de la malaria. Nous avons sélectionné, parmi ces protéines, celles contenant un motif dit "a-helical coiled-coil" qui sont des domaines impliqués dans un large éventail de fonctions biologiques. Des peptides représentant ces régions structurellement stables ont été synthétisés et utilisés pour immuniser des souris. La plupart des peptides testés sont immunogéniques et induisent un titre variable d'anticorps déterminé par ELISA. Les résultats de tests d'immunofluorescence indiquent que plusieurs sera de souris immunisées avec ces peptides reconnaissent les protéines natives exprimées à la surface des globules rouges infectés. En parallèle, des études d'ADCI in vitro montrent que des anticorps humains purifiés à partir de ces peptides en présence de monocytes inhibent la croissance du parasite de manière similaire à celle observée chez des adultes africains protégés. Des études d'antigénicité utilisant des sera de personnes immunes de différents âges (adultes et enfants) vivant dans des régions endémiques montrent que la majorité des peptides sont reconnus avec une haute prévalence. 73 peptides ont été testés dans des études épidémiologiques dans 2 villages côtiers du Kenya Ces 2 groupes vivent dans des zones bien distinctes et les prélèvements n'ont pas été effectués pendant la même période. Dans ces études, la réponse anticorps dirigée contre les peptides synthétiques a été testée en utilisant 467 échantillons sanguins d'enfants à risque de développer un épisode de malaria afin de caractériser le niveau de reconnaissance des peptides en fonction de l'âge et de déterminer le rôle des anticorps anti-peptides dans la protection contre la malaria cérébrale. Parmi ces peptides, 10 sont associés à une protection contre un épisode de malaria dans le premier village alors qu'un seul l'est dans les 2 villages. Ces résultats sont en faveur de futures études qui évalueraient systématiquement l'immunogénicité des peptides intéressants dans le but d'établir des critères de sélection clairs pour le développement d'un vaccin.

MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.

BACKGROUND: DNA sequence integrity, mRNA concentrations and protein-DNA interactions have been subject to genome-wide analyses based on microarrays with ever increasing efficiency and reliability over the past fifteen years. However, very recently novel technologies for Ultra High-Throughput DNA Sequencing (UHTS) have been harnessed to study these phenomena with unprecedented precision. As a consequence, the extensive bioinformatics environment available for array data management, analysis, interpretation and publication must be extended to include these novel sequencing data types. DESCRIPTION: MIMAS was originally conceived as a simple, convenient and local Microarray Information Management and Annotation System focused on GeneChips for expression profiling studies. MIMAS 3.0 enables users to manage data from high-density oligonucleotide SNP Chips, expression arrays (both 3'UTR and tiling) and promoter arrays, BeadArrays as well as UHTS data using MIAME-compliant standardized vocabulary. Importantly, researchers can export data in MAGE-TAB format and upload them to the EBI's ArrayExpress certified data repository using a one-step procedure. CONCLUSION: We have vastly extended the capability of the system such that it processes the data output of six types of GeneChips (Affymetrix), two different BeadArrays for mRNA and miRNA (Illumina) and the Genome Analyzer (a popular Ultra-High Throughput DNA Sequencer, Illumina), without compromising on its flexibility and user-friendliness. MIMAS, appropriately renamed into Multiomics Information Management and Annotation System, is currently used by scientists working in approximately 50 academic laboratories and genomics platforms in Switzerland and France. MIMAS 3.0 is freely available via http://multiomics.sourceforge.net/.

Stomach content analyses of Simulium perflavum Roubaud 1906 (Diptera: Simuliidae) larvae from streams in Central Amazônia, Brazil

Stomach contents of Simulium perflavum Roubaud larvae were analyzed and compared with plankton and periphyton collected in five streams, in Central Amazonia (Manaus and Presidente Figueiredo counties), in Sep./Oct.1996 (dry season) and Feb./Mar. 1997 (rainy season). A total of 1,400 last-instar larvae were dissected; the stomach contents were analyzed using different methods: fresh and after oxidation. A total of 87 taxa (algae, diatoms and rotifers) were found in the stomach contents. In each stream, qualitative samples of plankton and periphyton were collected; these were mounted between slides and cover slips. A total of 94 taxa of plankton and 54 taxa of periphyton were collected. One species of Rotifera was present in the stomach contents, plankton and periphyton. Cluster analysis based on species composition of the organisms present in the stomach contents grouped the streams into two major groups, each belonging to a different drainage area. Correlations based on presence/absence of species of microalgae in the stomach contents, plankton and periphyton indicated significant associations (p<0.05) between stomach contents and plankton and between plankton and periphyton (z test); the Sorensen coefficient and cluster analysis corroborate the same associations.

Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support.

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) was created in 1998 as an institution to foster excellence in bioinformatics. It is renowned worldwide for its databases and software tools, such as UniProtKB/Swiss-Prot, PROSITE, SWISS-MODEL, STRING, etc, that are all accessible on ExPASy.org, SIB's Bioinformatics Resource Portal. This article provides an overview of the scientific and training resources SIB has consistently been offering to the life science community for more than 15 years.

La recherche au sein des hautes écoles spécialisées 2012: descriptions, analyses, conclusions

Résumé Contexte et objectifs Les activités de recherche appliquée et développement (Ra&D) font partie du mandat de prestations des hautes écoles spécialisées (HES) prescrit par la loi. Néanmoins la tradition, le type et l'importance de la recherche varient fortement en fonction des domaines d'études. Il en va de même pour les liens avec les autres domaines de prestations que sont l'enseignement, la formation continue et les prestations de services. Les activités de Ra&D dans chaque HES s'inscrivent dans la tension entre l'orientation pratique (qui signifie le plus souvent une orientation vers le marché économique) et l'orientation vers la science (signe de leur rattachement au système scientifique). Il en découle des conflits d'intérêts entre les critères de qualité du « succès sur le marché » et de la « réputation scientifique ». En 2005, sur mandat de la Commission pour la technologie et l'innovation (CTI), B. Lepori et L. Attar (2006) ont mené une étude visant à examiner plus particulièrement les stratégies de recherche et l'organisation de la recherche au sein des hautes écoles spécialisées. Aujourd'hui, six ans plus tard, la phase de mise sur pied est en grande partie terminée. En lançant une nouvelle étude, l'Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie (OFFT) et la Commission fédérale des hautes écoles spécialisées (CFHES) souhaitaient faire le point sur les activités de recherche des HES, c'està- dire examiner les résultats des stratégies et de l'organisation de cette phase. Cette étude s'articule principalement autour de l'état actuel de la recherche, de ses problèmes et de ses perspectives. Structure de l'étude La recherche dans les HES se caractérise par différents facteurs d'influence (cultures disciplinaires, traditions, ancrage dans les régions linguistiques, structures organisationnelles, gouvernance, stratégies de positionnement, personnel, etc.). Dans la présente étude, ces facteurs sont systématiquement examinés selon deux dimensions: le « domaine d'études » et la « haute école spécialisée». L'analyse repose notamment sur l'exploitation de documents et de données. Mais cette étude se fonde principalement sur les entretiens menés avec les représentants des HES à différents niveaux de responsabilités. Les hautes écoles spécialisées (HES) Les entretiens avec les directions des HES ainsi que l'exploitation des données et des documents mettent en évidence la grande diversité des sept HES suisses de droit public dans leur structure, leurs combinaisons de domaines d'études et leurs orientations. Les modes de financement de la recherche varient fortement entre les HES. Concrètement, les sources de financement ne sont pas les mêmes d'une HES à l'autre (contributions des organes responsables, fonds de tiers, etc.). Les degrés et formes du pilotage concernant les contenus de la recherche diffèrent également dans une large mesure (définition de pôles de recherche, soutien cumulatif à l'acquisition de fonds de tiers), de même que les stratégies en matière de recrutement et d'encouragement du personnel. La politique de chaque HES implique des tensions et des problèmes spécifiques. Les domaines d'études Sur les dix domaines d'études, quatre ont été choisis à titre d'exemples pour des études approfondies : Technique et technologies de l'information (TI), Economie et services, Travail social, Musique, arts de la scène et autres arts. Chaque domaine d'études a été examiné à chaque fois dans deux HES. Cette méthode permet de relever les différences et les similitudes. Les résultats confirment qu'il existe des différences importantes à bien des égards entre les domaines d'études évalués. Ces différences concernent la position dans le système des hautes écoles, le volume des activités de recherche, l'importance de la recherche au sein des HES, la tradition, l'identité et l'orientation. Elles se retrouvent par ailleurs dans les buts et la place de la Ra&D dans les domaines d'études concernés. Il ressort toutefois qu'il n'y a pas lieu de parler d'une dichotomie entre les « anciens » et les « nouveaux » domaines d'études : Technique, économie et design (TED) d'une part et Santé, social et arts (SSA) d'autre part. Il semble plus pertinent de désigner le domaine d'études 4/144 Technique et TI comme le domaine dominant auquel se référent le pilotage et le financement des HES, que ce soit implicitement ou explicitement. Cadre homogène et espaces hétérogènes Le pilotage et le financement de la Ra&D au sein des hautes écoles spécialisées s'inscrivent dans un modèle-cadre fixé à l'échelle fédérale et principalement axé sur le domaine d'études Technique. Ce modèle-cadre se caractérise par un apport élevé de fonds de tiers (notamment les subventions de la CTI et les fonds privés) et des incitations en faveur de ce mode de financement, par une orientation vers le marché et par un haut degré d'autonomie des établissements partenaires/départements et instituts. Par comparaison avec les hautes écoles universitaires, les HES affichent notamment un faible niveau de financement de base dans le secteur Ra&D. Cet état de fait est certes compatible avec la forme actuelle du financement par la CTI, mais pas avec les règles de financement du Fonds national suisse (FNS). Un financement principalement basé sur les fonds de tiers signifie par ailleurs que l'orientation du contenu de la recherche et la définition de critères de qualité sont confiées à des instances externes, notamment aux mandants et aux institutions d'encouragement de la recherche. Il apparaît en dernier lieu qu'un tel modèle-cadre ne favorise pas les politiques visant à la constitution de pôles de recherche, l'obtention d'une taille critique, et la mise en place d'une coordination. Ces résultats concernent tous les domaines d'études sans avoir pour autant les mêmes conséquences : les domaines d'études se prêtant dans une faible mesure à l'acquisition de fonds de tiers sur des marchés économiques (dans cette étude, il s'agit essentiellement de la Musique, arts de la scène et autres arts, mais également du Travail social dans certains cas) ont plus de difficultés à répondre aux attentes énoncées en termes de succès et de profit. Les HES modifient plus ou moins le modèle-cadre en élaborant elles-mêmes des modèles d'organisation qui prennent en compte leur combinaison de domaines d'études et soutiennent leurs propres orientations et positionnements stratégiques. La combinaison de domaines d'études hétérogènes et de politiques différentes au sein des HES se traduit par une complexité du système des HES, beaucoup plus importante que ce que généralement supposée. De plus, au regard des connaissances lacunaires sur les structures « réelles » de gouvernance des HES, il n'est quasiment pas possible de comparer directement les hautes écoles spécialisées entre elles. Conclusions et recommandations Le principal constat qui ressort d'un ensemble de conclusions et de recommandations des auteurs est que le secteur Ra&D dans les HES doit être plus explicitement évalué en fonction des spécificités des domaines d'études, à savoir du rôle de la recherche pour l'économie et la société, des différences entre les marchés (économiques) correspondants et de l'importance de la Ra&D pour les objectifs visés. L'étude montre clairement qu'il n'y a pas à proprement parler une seule et unique recherche au sein des hautes écoles spécialisées et que la notion de « recherche appliquée » ne suffit ni comme description ni, par conséquence, comme critère d'identité commun. Partant de ce constat, nous recommandons de revoir le mode de financement de la recherche dans les HES et d'approfondir le débat sur les structures de gouvernance sur l'orientation de la Ra&D (et notamment sur les critères de qualité appliqués), de même que sur l'autonomie et la coordination. Les recommandations constituent des points de discussion et n'engagent aucunement l'OFFT ou la CFHES.

Missed appointments in an adolescent outpatient clinic : descriptive analyses of consultations over eight years ; et, Missed appointments in an outpatient clinic for adolescents, an approache to predict the risk of missing

Rapport de synthèse: Les rendez-vous manqués représentent un problème important, tant du point de vue de la santé des patients que du point de vue économique. Pourtant peu d'études se sont penchées sur le sujet, particulièrement dans une population d'adolescents. Les buts de cette étude étaient de caractériser les adolescents qui sont à risque de manquer ou d'annuler leurs rendez-vous dans une clinique ambulatoire de santé pour adolescents, de comparer les taux des rendez-vous manqués et annulés entre les différents intervenants et d'estimer l'efficacité d'une politique de taxation des rendez-vous manqués non excusés. Finalement, un modèle multi-niveau markovien a été utilisé afin de prédire le risque de manquer un rendez-vous. Ce modèle tient compte du passé de l'adolescent en matière de rendez-vous manqués et d'autres covariables et permet de grouper les individus ayant un comportement semblable. On peut ensuite prédire pour chaque groupe le risque de manquer ou annuler et les covariables influençant significativement ce risque. Entre 1999 et 2006, 32816 rendez-vous fixés pour 3577 patients âgés de 12 à 20 ans ont été analysés. Le taux de rendez-vous manqués était de 11.8%, alors que 10.9% avaient été annulés. Soixante pour cent des patients n'ont pas manqué un seul de leur rendezvous et 14% en ont manqué plus de 25%. Nous avons pu mettre en évidence plusieurs variables associées de manière statistiquement significative avec les taux de rendez-vous manqués et d'annulations (genre, âge, heure, jour de la semaine, intervenant thérapeutique). Le comportement des filles peut être catégorisé en 2 groupes. Le premier groupe inclut les diagnostiques psychiatriques et de trouble du comportement alimentaire, le risque de manquer dans ce groupe étant faible et associé au fait d'avoir précédemment manqué un rendez-vous et au délai du rendez-vous. Les autres diagnostiques chez les filles sont associés à un second groupe qui montre un risque plus élevé de manquer un rendez-vous et qui est associé à l'intervenant, au fait d'avoir précédemment manqué ou annulé le dernier rendez-vous et au délai du rendez-vous. Les garçons ont tous globalement un comportement similaire concernant les rendez-vous manqués. Le diagnostic au sein de ce groupe influence le risque de manquer, tout comme le fait d'avoir précédemment manqué ou annulé un rendez-vous, le délai du rendez-vous et l'âge du patient. L'introduction de la politique de taxation des rendez-vous non excusés n'a pas montré de différence significative des tàux de rendez-vous manqués, cependant cette mesure a permis une augmentation du taux d'annulations. En conclusion, les taux de présence des adolescents à leurs rendez-vous sont dépendants de facteurs divers. Et, même si les adolescents sont une population à risque concernant les rendez-vous manqués, la majorité d'entre eux ne manquent aucun de leurs rendez-vous, ceci étant vrai pour les deux sexes. Etudier les rendez-vous manqués et les adolescents qui sont à risque de rater leur rendez-vous est un pas nécessaire vers le contrôle de ce phénomène. Par ailleurs, les moyens de contrôle concernant les rendez-vous manqués devraient cibler les patients ayant déjà manqué un rendez-vous. La taxation des rendez-vous manqués permet d'augmenter les rendez-vous annulés, ce qui a l'avantage de permettre de fixer un nouveau rendez-vous et, de ce fait, d'améliorer la continuité des soins.

Missed appointments in an adolescent outpatient clinic: descriptive analyses of consultations over 8 years.

Missed appointments represent an important medical and economical issue. Few studies on the subject are reported in the literature, particularly regarding adolescents. Our aim was to characterize missed and cancelled appointments in a multidisciplinary outpatient clinic for adolescents, to assess the effectiveness of a policy aimed at reducing missed appointments by introducing payment for those missed appointments not cancelled in advance, and to compare the rates between staff and resident physicians. A total of 32,816 consultations (representing 35 patients aged 12-20 years, 82.4% females) between 1999 and 200 were analysed. The missed appointment rate was 11.8% whilst another 10.9% were cancellations. Females cancelled more than males (11.3% vs. 8.4%, AOR 1.31, 99% CI 1.08-1.59), but there was no difference for missed appointments (11.6% vs. 12.3%, AOR 0.88, 99% CI 0.61-1.08). April and June to October (vacation months) were associated with more missed appointments. Globally mornings had higher rates of missed appointments than afternoons (13.6% vs. 11.2%, AOR 1.25, 99% CI 1.11-1.40). There was a slight difference in missed appointment rates between staff physicians and residents (10.4%; 11.8%, AOR 1.20, 99% CI 1.08-1.33). Missed appointment rates before and after the new policy on missed appointments were similar (1999-2003: 11.9%; 2004-2006: 11.6%, AOR 0.96, 99% CI 0.83-1.10). Conversely, cancellation rates increased from 8.4% (1999-2003) to 14.5% (2004-2006) (AOR 1.83, 99% CI 1.63-2.05). Attendance rates among adolescents show variations depending on vacation and school hours. Being attentive to these factors could help prevent missed appointments. Although having to pay for missed appointments does not increase attendance, it increases cancellations with the advantage that the appointment can be rescheduled.

Genetic Analyses Reveal a Role for Vitamin D Insufficiency in HCV-Associated Hepatocellular Carcinoma Development.

BACKGROUND: Vitamin D insufficiency has been associated with the occurrence of various types of cancer, but causal relationships remain elusive. We therefore aimed to determine the relationship between genetic determinants of vitamin D serum levels and the risk of developing hepatitis C virus (HCV)-related hepatocellular carcinoma (HCC). METHODOLOGYPRINCIPAL FINDINGS: Associations between CYP2R1, GC, and DHCR7 genotypes that are determinants of reduced 25-hydroxyvitamin D (25[OH]D3) serum levels and the risk of HCV-related HCC development were investigated for 1279 chronic hepatitis C patients with HCC and 4325 without HCC, respectively. The well-known associations between CYP2R1 (rs1993116, rs10741657), GC (rs2282679), and DHCR7 (rs7944926, rs12785878) genotypes and 25(OH)D3 serum levels were also apparent in patients with chronic hepatitis C. The same genotypes of these single nucleotide polymorphisms (SNPs) that are associated with reduced 25(OH)D3 serum levels were found to be associated with HCV-related HCC (P = 0.07 [OR = 1.13, 95% CI = 0.99-1.28] for CYP2R1, P = 0.007 [OR = 1.56, 95% CI = 1.12-2.15] for GC, P = 0.003 [OR = 1.42, 95% CI = 1.13-1.78] for DHCR7; ORs for risk genotypes). In contrast, no association between these genetic variations and liver fibrosis progression rate (P>0.2 for each SNP) or outcome of standard therapy with pegylated interferon-α and ribavirin (P>0.2 for each SNP) was observed, suggesting a specific influence of the genetic determinants of 25(OH)D3 serum levels on hepatocarcinogenesis. CONCLUSIONSSIGNIFICANCE: Our data suggest a relatively weak but functionally relevant role for vitamin D in the prevention of HCV-related hepatocarcinogenesis.