Simulador virtual de técnicas de endoscopia rígida para formación sanitaria

[ES] En este proyecto se trata el proceso de análisis y desarrollo llevado a cabo con el objetivo de construir un prototipo funcional de simulador virtual de endoscopia rígida monocanal orientado a la histeroscopia. Para el desarrollo del prototipo se toma como base el entorno ESQUI, un entorno de simulación virtual médica de código libre. Este entorno provee una librería, basada a su vez en la conocida librería gráfica VTK(Visual ToolKit), cuyo propósito es poner a disposición del programador toda la algoritmia necesaria para construir una simulación médica virtual. En este proyecto, esta librería se depuró y amplió para mejorar el soporte a las técnicas de endoscopia rígida que se persiguen simular. Por otro lado se emplea el Simball 4D, un dispositivo de interfaz humana de la empresa G-coder Systems, para capturar la interacción del usuario emulando la morfología y dinámica de un endoscopio rígido. Todos estos elementos se conectan con una interfaz gráfica sencilla, intuitiva y práctica soportada por wxWidgets y utilizando Python como lenguaje de scripting. Finalmente, se analiza el prototipo resultante y se proponen una serie de líneas futuras de cara a la aplicación didáctica del mismo, tanto en relación a los objetivos conceptuales del prototipo como a los aspectos específicos del entorno ESQUI.

Aplicación web para Ayuntamiento de Las Palmas de Gran Canaria : [Parte A]

[ES] Este Trabajo de Fin de Grado es un servicio basado en tecnologías web (PHP, HTML5, CSS, JQUERY y AJAX). El objetivo principal es ofrecer un servicio de creación y gestión de actas para el Ayuntamiento de Las Palmas de Gran Canaria. Para ello, consta de dos módulos principales, uno para “crear actas” y otro para “editar actas”. La aplicación consta de dos partes. Una primera parte desarrollada por mí, que consiste en primer lugar en todas las reuniones que fueron necesarias con el personal del Ayuntamiento de Las Palmas de Gran Canaria para entender sus necesidades y cómo poder afrontarlas como desarrollador. Y en segundo lugar, me he encargado de la elaboración y la estructura de la página web, mediante la generación de los distintos ficheros con contenido  HTML, en la interconexión de estos ficheros y en el paso de parámetros entre dichos ficheros mediante las distintas herramientas (JQUERY, AJAX), así como también he dotado a la web de todo el contenido JavaScript necesario. En este apartado también se encuentra la tarea de realizar un módulo de búsqueda y un módulo para mostrar las actas ya acabadas. El de búsqueda contiene un formulario con un campo de búsqueda y busca las coincidencias dentro de todos los ficheros que se han generado con la aplicación. También muestra un link para abrir ese fichero desde el navegador. Como aportación adicional también me he encargado de la configuración y generación de las tablas necesarias de la base de datos para el funcionamiento de la aplicación.

I linguaggi per la programmazione web-based: l'alternativa Dart

Il Web ha subito numerose trasformazioni rispetto al passato. Si è passati da un Web statico, in cui l'unica possibilità era quella di leggere i contenuti della pagina, ad un Web dinamico e interattivo come quello dei social network. Il Web moderno è, ancora oggi, un universo in espansione. La possibilità di arricchire le pagine con contenuti interattivi, video, foto e molto altro, rende l'esperienza web sempre più coinvolgente. Inoltre la diffusione sempre più ampia di mobile device ha reso necessaria l'introduzione di nuovi strumenti per sfruttare al meglio le funzionalità di tali dispositivi. Esistono al momento tantissimi linguaggi di scripting e di programmazione, ma anche CMS che offrono a chiunque la possibilità di scrivere e amministrare siti web. Nonostante le grandi potenzialità che offrono, spesso queste tecnologie si occupano di ambiti specifici e non permettono di creare sistemi omogenei che comprendano sia client che server. Dart si inserisce proprio in questo contesto. Tale linguaggio dà a i programmatori la possibilità di poter sviluppare sia lato client sia lato server. L'obiettivo principale di questo linguaggio è infatti la risoluzione di alcune problematiche comuni a molti programmatori web. Importante in questo senso è il fatto di rendere strutturata la costruzione di programmi web attraverso l'uso di interfacce e classi. Fornisce inoltre un supporto per l'integrazione di svariate funzionalità che allo stato attuale sono gestite da differenti tecnologie. L'obiettivo della presente tesi è quello di mettere a confronto Dart con alcune delle tecnologie più utilizzate al giorno d'oggi per la programmazione web-based. In particolare si prenderanno in considerazione JavaScript, jQuery, node.js e CoffeeScript.

Interfaccia web per un sistema di condivisione semantica dell'informazione: studio e implementazione

Questa tesi progettuale nasce per integrare gli sforzi attuali sullo sviluppo del web semantico. La piattaforma di riferimento sulla quale è stato svolto il presente lavoro è SMART-M3. Questa piattaforma mette a disposizione uno spazio condiviso di informazioni, rappresentate e accessibili secondo le tecnologie del web semantico. In questo scenario, nasce la necessità di disporre di un'interfaccia web capace di interagire con la piattaforma - in grado di risolvere la complessità intrinseca dei dati semantici - allo scopo di averne un completo controllo; ricerche precedenti a questo proposito hanno dato come frutto una libreria PHP che mi è stata consegnata come strumento per lo sviluppo dell'interfaccia. La tesi si è articolata in 3 fasi principali: una fase iniziale di documentazione sull'argomento, eseguita principalmente sul libro “A developer's guide to the semantic web” di Liyang Yu e sulla tesi “Ontologie per il web semantico: un'analisi comparativa.” di Indrit Beqiri; una seconda fase, quella principale, di sviluppo del progetto informatico; una terza fase, infine, di sviluppo di questo elaborato di tesi, da considerarsi come la trattazione di tutto il percorso soprascritto, dall'inizio alla fine, secondo l'ordine cronologico in cui si svolto l'intero processo della tesi.

Sviluppo di un'applicazione bioinformatica per la gestione dei dati di antibiotico sensibilità di isolati clinici

Il problema dell'antibiotico-resistenza è un problema di sanità pubblica per affrontare il quale è necessario un sistema di sorveglianza basato sulla raccolta e l'analisi dei dati epidemiologici di laboratorio. Il progetto di dottorato è consistito nello sviluppo di una applicazione web per la gestione di tali dati di antibiotico sensibilità di isolati clinici utilizzabile a livello di ospedale. Si è creata una piattaforma web associata a un database relazionale per avere un’applicazione dinamica che potesse essere aggiornata facilmente inserendo nuovi dati senza dover manualmente modificare le pagine HTML che compongono l’applicazione stessa. E’ stato utilizzato il database open-source MySQL in quanto presenta numerosi vantaggi: estremamente stabile, elevate prestazioni, supportato da una grande comunità online ed inoltre gratuito. Il contenuto dinamico dell’applicazione web deve essere generato da un linguaggio di programmazione tipo “scripting” che automatizzi operazioni di inserimento, modifica, cancellazione, visualizzazione di larghe quantità di dati. E’ stato scelto il PHP, linguaggio open-source sviluppato appositamente per la realizzazione di pagine web dinamiche, perfettamente utilizzabile con il database MySQL. E’ stata definita l’architettura del database creando le tabelle contenenti i dati e le relazioni tra di esse: le anagrafiche, i dati relativi ai campioni, microrganismi isolati e agli antibiogrammi con le categorie interpretative relative al dato antibiotico. Definite tabelle e relazioni del database è stato scritto il codice associato alle funzioni principali: inserimento manuale di antibiogrammi, importazione di antibiogrammi multipli provenienti da file esportati da strumenti automatizzati, modifica/eliminazione degli antibiogrammi precedenti inseriti nel sistema, analisi dei dati presenti nel database con tendenze e andamenti relativi alla prevalenza di specie microbiche e alla chemioresistenza degli stessi, corredate da grafici. Lo sviluppo ha incluso continui test delle funzioni via via implementate usando reali dati clinici e sono stati introdotti appositi controlli e l’introduzione di una semplice e pulita veste grafica.

Funzioni della subunità θ e del dominio PHP della subunità α nel core catalitico della DNA polimerasi III di Escherichia coli

Il core catalitico della DNA polimerasi III, composto dalle tre subunità α, ε e θ, è il complesso minimo responsabile della replicazione del DNA cromosomiale in Escherichia coli. Nell'oloenzima, α ed ε possiedono rispettivamente un'attività 5'-3' polimerasica ed un'attività 3'-5' esonucleasica, mentre θ non ha funzioni enzimatiche. Il presente studio si è concentrato sulle regioni del core che interagiscono direttamente con ε, ovvero θ (interagente all'estremità N-terminale di ε) e il dominio PHP di α (interagente all'estremità C-terminale di ε), delle quali non è stato sinora identificato il ruolo. Al fine di assegnare loro una funzione sono state seguite tre linee di ricerca parallele. Innanzitutto il ruolo di θ è stato studiato utilizzando approcci ex-vivo ed in vivo. I risultati presentati in questo studio mostrano che θ incrementa significativamente la stabilità della subunità ε, intrinsecamente labile. Durante gli esperimenti condotti è stata anche identificata una nuova forma dimerica di ε. Per quanto la funzione del dimero non sia definita, si è dimostrato che esso è attivamente dissociato da θ, che potrebbe quindi fungere da suo regolatore. Inoltre, è stato ritrovato e caratterizzato il primo fenotipo di θ associato alla crescita. Per quanto concerne il dominio PHP, si è dimostrato che esso possiede un'attività pirofosfatasica utilizzando un nuovo saggio, progettato per seguire le cinetiche di reazione catalizzate da enzimi rilascianti fosfato o pirofosfato. L'idrolisi del pirofosfato catalizzata dal PHP è stata dimostrata in grado di sostenere l'attività polimerasica di α in vitro, il che suggerisce il suo possibile ruolo in vivo durante la replicazione del DNA. Infine, è stata messa a punto una nuova procedura per la coespressione e purificazione del complesso α-ε-θ

Programmazione asincrona in JavaScript

L’obiettivo della tesi è esplorare gli aspetti fondamentali che riguardano la programmazione asincrona, in particolare in JavaScript, analizzando le librerie e i metodi piu` diffusi per risolvere problemi tipici di asincronicità. Il motivo dello studio di JavaScript è il grande utilizzo di tale linguaggio per la costruzione delle moderne web-app. Per la realizzazione di questo elaborato si è partiti dallo studio dell’evoluzione del web, dal Web 1.0 al web 2.0 e dall’evoluzione delle web app in questo contesto, successivamente si è raffinata la ricerca allo studio più specifico di JavaScript e, di conseguenza, ai suoi costrutti ed ai suoi stili di programmazione, come la programmazione asincrona e la programmazione ad eventi.

Add-on in blender per la deformazione di mesh poligonali

L’idea da cui nasce questa tesi è quella di introdurre in Blender un Add-on in linguaggio Python che permetta di applicare alcune deformazioni di tipo surface-based a mesh poligonali. Questa tipologia di deformazioni rappresentano l’alternativa alle deformazioni di mesh poligonali tramite rigging ( cioè l’aggiunta di uno scheletro per controllare e per animare la mesh) e caging (cioè l’utilizzo di una struttura di controllo di tipo reticolare che propaga la sua deformazione su un oggetto in essa immerso), che di solito sono le prescelte in computer animation e in modellazione. Entrambe le deformazioni indicate sono già estremamente radicate in Blender, prova ne è il fatto che esiste più di un modificatore che le implementa, già integrato in codice nativo. Si introduce inizialmente la tecnica di deformazione di mesh poligonali tramite elasticità discreta, che è stata realizzata, quindi, presenteremo diverse metodologie di deformazione. Illustreremo poi come modellare, creare ed editare delle mesh in Blender. Non ci soffermeremo su dettagli puramente dettati dall’interfaccia utente, cercheremo invece di addentrarci nei concetti e nelle strutture teoriche, allo scopo di avere le basi logiche per definire una Add-on che risulti veramente efficace e utile all’interno del sistema di modellazione. Approfondiremo la struttura di due modificatori chiave per la deformazioni di mesh : Lattice Modifier e Mesh Deform Modifier che implementano una metodologia di tipo space-based. Infine ci concentreremo sulla parte di scripting Python in Blender. Daremo un’idea delle strutture dati, dei metodi e delle funzioni da utilizzare per interagire con l’ambiente circostante, con i singoli oggetti ed in particolare con le Mesh e daremo un esempio di script Python. Andremo infine a descrivere l’implementazione della deformazione elastica mediante add-on Python in Blender.

Progettazione e realizzazione di un sito web e-commerce per l'editoria utilizzando la piattaforma Magento

La tesi analizza e approfondisce vari concetti tra cui l'e-commerce e il suo impatto nel mercato degli ultimi decenni, le fasi progettuali di un sito web, i linguaggi principali sullo sviluppo web, la piattaforma Magento e le sue funzionalità. Dopo lo studio e l'analisi di tali concetti si è passato alla fase di realizzazione del sito web applicando le conoscenze e gli strumenti base della programmazione web come i linguaggi PHP, HTML5, CSS3 e JavaScript.

Caratterizzazione dell'attivita pirofosfatasica associata al dominio php della DNA Polimerasi III di Escherichia coli

Il presente lavoro si incentra sulla parziale caratterizzazione del sito attivo del dominio PHP della subunità alpha, componente fondamentale dell'Oloenzima polimerasi III di E. coli. E' stato messo in luce il coinvolgimento di questo dominio nel meccanismo di idrolisi del pirofosfato generato dalla reazione polimerasica, valutando inoltre il grado di associazione tra queste due attività.