Análise comparativa dos genes de reparo do DNA em Gluconacetobacter diazotrophicus e Gluconobacter oxydans

Gluconacetobacter diazotrophicus é uma alfa-proteobactéria Gram-negativa, tolerante a meios ácidos, fixadora de nitrogênio atmosférico e foi a primeira bactéria diazotrófica endofítica isolada da cana-de-açúcar. Por sua vez, Gluconobacter oxydans, também alfa-proteobactéria Gram-negativa, possui a capacidade de oxidar incompletamente alcoóis e carboidratos. Ambas de interesse biotecnológico e industrial, essas bactérias tiveram seus genomas seqüenciados completamente em 2007. Desta forma, foi de interesse desse trabalho analisar e comparar os genes de reparo do DNA devido sua importância na manutenção da integridade genômica. Sendo assim, as vias de reparo presentes nos dois organismos foram identificadas, utilizando como base uma terceira alfa-proteobactéria, a Caulobacter crescentus, cujos genes de reparo foram descritos por um trabalho anterior e também os genes bem estabelecidos para o reparo do DNA em Escherichia coli. Para esse estudo, um banco de dados contendo ortólogos para os genes de reparo de DNA encontrados nos organismos foi criado e análises comparativas por similaridade usando o pacote Blast e o software Clustal foram feitas. Este estudo demonstrou que as principais vias de reparo ao DNA reparos por excisão, reparo direto, reparo recombinacional e reparo pelo sistema SOS estão presentes nos organismos analisados, demonstrando, na maioria das vezes, boa similaridade com E. coli. Interessantemente, foram encontradas duplicações gênicas nos quais uma das cópias estava presente no cromossomo e a outra, no plasmídeo, como no caso de UvrD, DnaE e Ssb, possivelmente caracterizando eventos de transferência lateral. Por fim, uma grande novidade foi a identificação de ortólogos para RecB em G. diazotrophicus e G. oxydans e de ortólogos duplicados de RecD em G. diazotrophicus. Até o momento, não havia sido relatada a presença de membros da via de iniciação RecBCD do reparo recombinacional em alfaproteobactérias

Estrutura genética de populações de Amphobotrys ricini, agente causal do mofo cinzento da mamoneira

The gray mold, causal organism Amphobotrys ricini, is one of the major diseases of castor bean. Difficulties in managing plant disease arises form the limited understanding of the genetic structure of A. ricini, their complexity and variability make it difficult to control. Genetic structure can be used to infer the relative impact of different forces that influence the evolution of pathogen populations, that allow to predict the potencial for pathogen populations to envolve in agricultural ecosystems. Growers protect their crop by applying fungicides, but there aren t fungicides to provide significant control of gray mold of castor bean. The objectives of this work were use RAPD to determine the genetic structure of A. ricini subpopulations in Paraíba and assay the sensitivity of A. ricini isolates to azoxystrobin and carbendazim. To determine the genetic structure of A. ricini subpopulations in Paraíba, 23 isolates were colleted from two different geographic location (subpopulation). These isolates were analysed by RAPD using 22 random decamer primers, purchased from OPERON, produced a total of 80 markers polimorphics. The resulting matrixes were analysed using PopGene version 1.32. Sensitivity to azoxystrobin and carbendazim of 30 isolates, colleted form Paraíba and Alagoas, was estimated based on spore germination and colony growth inhibition. The stock solutions were added toV8 medium after sterilization to produce final concentrations of 0, 0.01, 0.1, 1, 10, and 100 µg/ml of carbendazim and 0, 0.001, 0.01, 0.1, 1, and 10 µg/ml of azoxystrobin. All statistical analyses were performed using SAS to estimate the dose that inhibited fungal growth by 50% (ED50 values). The genetic diversity within subpopulations (Hs=0,271) accounted for 92% of the total genetic diversity (Ht=0,293), while genetic diversity between subpopulations (Gst = 0,075) represented only 7,5%. The estimated number of migrants per generation (NM ) was 6,15. Nei s average gene identity across 80 RAPD loci was 0,9468. Individual ED50 values, for the 30 isolates screened for their sensitivity to azoxystrobin, ranged From a maximum of 0,168 µg/ml to a minimum of 0,0036 µg/ml. The ED50 values for carbendazim varied within the range of 0,026 to 0,316 µg/ml

Variação diária e anual de freqüência e atividade do Boto Cinza Sotalia guianensis em Pipa, Nordeste do Brasil

The aim of this study was to investigate the daily and annual variation in frequency and in activity of an estuarine dolphin population, Sotalia guianensis, in Brazilian northeastern. Thus we estimated the daily variation and seasonality in frequency of adult and immature and in behavior of socialization, aerial activity, foraging of a boto equatorial population in the Curral inlet (6º13 00 S; 35º3 36 W). We detect some variation. Thus we associate the daily variation with daily period, tide fluctuation and annual season. And the seasonality variation we associate with the fotoperíodo and precipitation variation. From October 1999 to September 2003, through collect four times at month, we made instantaneous record at each five minute in six hours of survey. The surveys hours were ranged into light time of 24 hours, that is, between 06:00 and 17:00 o clock. These observations were developed simultaneous for two observers in a land-based survey at coastline cliff top of which observer have a fully visualization of whole inlet. We found that animals were more active and frequent during the morning. They were more active during low tide than high tide. However they did not show association with tide. We found yet that in a period from June to November (winter-spring) there was the highest socialization, aerial activity and foraging frequency. However adult and immature individual number did not have significance variation along the year. The larger concentration of this behaviors were not associate with photoperiod neither precipitation in the region. These results showed the existence of behavioral daily variation and seasonality in a species that live in equatorial region

Determinação de haplótipos do gene βs em portadores de anemia falcifome

Haplotypes linked to the βS gene represent patterns of DNA polymorphisms along chromosome 11 of individuals bearing the βS gene. Analysis of haplotypes, in addition to serving as an important source for anthropological studies about the ethnic origin of a population, contributes to a better understanding of the variations in clinical severity of sickle cell anemia. The aim of the present study was to determine βS gene haplotypes in a group of patients with sickle cell anemia treated at the Dalton Barbosa Cunha Hematology Center (Hemonorte) in Natal, Brazil and the Oncology and Hematology Center in Mossoró, Brazil. Blood samples were obtained from 53 non-related patients (27 males and 26 females), aged between 3 months and 61 years (mean age: 16.9 ± 12.1 years). Laboratory analyses consisted of the following: erythrogram, reticulocyte count, hemoglobin electrophoresis at alkaline pH, measurement of hemoglobin A2 and Fetal hemoglobin, solubility test and molecular analysis to determine βS gene haplotypes. DNA samples were extracted by illustra blood genomicPrep Mini Spin kit and βS gene haplotypes were determined by PCR-RFLP, using Xmn I, Hind III, Hinc II and Hinf I restriction enzymes for analysis of six polymorphic restriction sites in the beta cluster. Of 106 βS chromosomes studied, 75.5% were Central African Republic (CAR) haplotype, 11.3% Benin (BEN) and 6.6% Cameroon (CAM). The atypical haplotypes had a frequency of 6.6%. More than half the patients (58.5%) were identified as CAR/CAR genotype carriers, 16.9% heterozygous CAR/BEN, 13.2% CAR/CAM and 1.9% BEN/BEN. Patients with atypical haplotype in one or two chromosomes accounted for 9.5% (CAR/Atp, BEN/Atp and Atp/Atp). The genotype groups showed no statistically significant difference (p < 0.05) in their laboratory parameters. This is the first study related to βS haplotypes conducted in state of Rio Grande do Norte and the higher frequency of Cameroon halotype found, compared to other Brazilian states, suggests the existence of a peculiarity of African origin

Anurofauna em área de cerrado aberto no município de Borebi, estado de São Paulo, Sudeste do Brasil: uso do habitat, abundância e variação sazonal

O bioma Cerrado encontra-se descaracterizado e menos de três por cento de suas áreas originais está legalmente protegida. A anurofauna desse bioma não é muito rica quando comparado a outros biomas, porém há um grande número de espécies endêmicas. Aqui apresentamos uma lista de espécies de anuros registrados em uma lagoa em área de cerrado aberto do município de Borebi, região Centro-Oeste do estado de São Paulo, sudeste do Brasil. Durante 24 meses de estudo (2008 e 2009) caracterizamos a distribuição das espécies na lagoa estudada e descrevemos a variação sazonal das espécies. Foram registradas 27 espécies pertencentes a seis famílias: Bufonidae (duas espécies), Cycloramphidae (uma espécie), Hylidae (13 espécies), Leiuperidae (quatro espécies), Leptodactylidae (cinco espécies) e Microhylidae (duas espécies). A riqueza de espécies e abundância estiveram relacionadas com a precipitação. Dendropsophus minutus foi a espécie mais abundante e com registro de vocalização durante o ano inteiro. Rhinella ornata e Odontophrynus americanus foram restritas ao período seco e frio (abril a agosto). As outras espécies tiveram seu período de maior atividade nos meses chuvosos e quentes (setembro a março). A ocupação da lagoa variou com o tipo de vegetação e conforme a variação do seu volume de água, principalmente nos período de estiagem. A alta riqueza e abundância de anuros da lagoa pode ser resultado da ausência de peixes predadores, dos diversos tipos de microambientes do local e da ausência de outros corpos d'água próximos.

Variação temporal no sítio de vocalização em uma comunidade de anuros de Botucatu, Estado de São Paulo, Brasil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Variação espaço-temporal de Rotifera em um reservatório eutrofizado no sul do Brasil

A variação espacial e temporal de rotíferos foi analisada em um reservatório pequeno, raso e eutrófico, com intensas florações de algas Cyanobacteria, em sete pontos de amostragem durante 17 meses (março/2002 a julho/2003). Foram identificados 52 táxons em 16 famílias, sendo Brachionidade, Conochilidae, Synchaetidae, Lecanidae, Collothecidae, Trichocercidae e Gastropodidae as mais frequentes. Collotheca sp. foi abundante no inverno (período seco), enquanto Conochilus coenobasis Skorikov, 1914 e Keratella cochlearis Gosse, 1851 apresentaram baixas abundâncias. Brachionus mirus var. reductus (Koste, 1972), Filinia longiseta (Ehrenberg, 1834) e Keratella lenzi (Hauer, 1953) apresentaram picos de abundância no verão (período chuvoso), e Kellicottia bostonensis (Rousselet, 1908), Ploesoma truncatum (Levander, 1894), Polyarthra remata (Skorikov, 1896), Polyarthra vulgaris Carlin, 1943 e Ptygura sp. no inverno, entretanto, relacionados a chuvas atípicas. Diferenças significativas do número de táxons e da abundância total dos rotíferos ocorreram entre os meses amostrados. A análise de correspondência canônica explicou 46% da relação da abundância dos rotíferos e variáveis ambientais, correlacionados com a pluviosidade, nitrito, temperatura da água, nitrogênio orgânico, nitrato e temperatura do ar. Houve flutuações na abundância dos rotíferos um mês após oscilações na abundância do fitoplâncton. A maior parte das correlações entre as abundâncias de espécies de rotíferos e do fitoplâncton foi positiva. Alguns táxons como Filinia longiseta, Keratella lenzi e K. cochlearis apresentaram variação temporal definida e semelhante a outros reservatórios eutróficos. A ausência de padrões claros de distribuição em algumas espécies foi atribuída a hidrodinâmica do reservatório, o qual foi construído recentemente, e as condições climáticas adversas durante o período de estudo, como as chuvas intensas no inverno.

Electron migration in DNA matrix: an electron transfer reaction

Este artigo apresenta uma área de pesquisa atual, ativa e interessante. Descreve a investigação da química de transferência de elétrons (TE) de um modo geral e resultados de TE em DNA em particular. Dois intercalantes de DNA foram utilizados: Ethidium Bromide como doador (D) e Methyl-viologen como receptor (A), o primeiro intercala-se entre as bases do DNA e o último na sua superfície. Utilizando o modelo de Perrin e medidas de Supressão de Fluorescência obteve-se a distância de migração do elétron; aqui a distância foi considerada o espaçamento linear entre as moléculas de doador e receptor ao longo da molécula de DNA. O valor determinado foi de 22,6 ± 1,1 angstrons e o número de pares de bases entre doador e receptor de 6,6. Na literatura os valores encontrados foram de 26 angstrons e de quase 8 pares de bases. Considera-se que a transferência de elétrons em DNA seja mediada através das interações através do espaço entre os elétrons do tipo p contido nos pares de bases.

COMPENSATORY LUNG GROWTH: LUNG PROTEIN,DNA and RNA CONTENTS IN TRILOBECTOMIZED RATS

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Chromosomal polymorphism in 12 populations of Mikania micrantha (Compositae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise citogenética clássica, molecular e ultraestrutural em escorpiões da família Buthidae: um enfoque evolutivo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Variação intra-específica na fenologia de espécies de sub-bosque de floresta Atlântica e sua relação com variáveis microambientais

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Variação espaço-temporal na fenologia e frugivoria do palmito juçara Euterpe edulis Martius (Arecaceae) em três tipos de floresta atlântica

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudos de preparações antiproteolíticas no tratamento da ceratite ulcerativa experimental em ratos (Rattus novergicus linhagem wistar, variação albinus, Linnaeus, 1758)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Os estudos de Avery, Macleod e Mccarty e a idéia do DNA como responsável pela hereditariedade: interpretações historiográficas e apontamentos para o ensino de biologia

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)