Using GPS, GIS & remote sensing to understand Niagara Terroir : Pinot noir in the Four Mile Creek & St. David's Bench sub-appellations

The relationships between vine water status, soil texture, and vine size were observed in four Niagara, Ontario Pinot noir vineyards in 2008 and 2009. The vineyards were divided into water status zones using geographic information systems (GIS) software to map the seasonal mean midday leaf water potential (,P), and dormant pruning shoot weights following the 2008 season. Fruit was harvested from all sentinel vines, bulked by water status zones and made into wine. Sensory analysis included a multidimensional sorting (MDS) task and descriptive analysis (DA) of the 2008 wines. Airborne multispectral images, with a spatial resolution of 38 cm, were captured four times in 2008 and three times in 2009, with the final flights around veraison. A semi-automatic process was developed to extract NDVI from the images, and a masking procedure was identified to create a vine-only NDVI image. 2008 and 2009 were cooler and wetter than mean years, and the range of water status zones was narrow. Yield per vine, vine size, anthocyanins and phenols were the least consistent variables. Divided by water status or vine size, there were no variables with differences between zones in all four vineyards in either year. Wines were not different between water status zones in any chemical analysis, and HPLC revealed that there were no differences in individual anthocyanins or phenolic compounds between water status zones within the vineyard sites. There were some notable correlations between vineyard and grape composition variables, and spatial trends were observed to be qualitatively related for many of the variables. The MDS task revealed that wines from each vineyard were more affected by random fermentation effects than water status effects. This was confirmed by the DA; there were no differences between wines from the water status zones within vineyard sites for any attribute. Remotely sensed NDVI (normalized difference vegetation index) correlated reasonably well with a number of grape composition variables, as well as soil type. Resampling to a lower spatial resolution did not appreciably affect the strength of correlations, and corresponded to the information contained in the masked images, while maintaining the range of values of NDVI. This study showed that in cool climates, there is the potential for using precision viticulture techniques to understand the variability in vineyards, but the variable weather presents a challenge for understanding the driving forces of that variability.

SCaFoS: a tool for Selection, Concatenation and Fusion of Sequences for phylogenomics

Affiliation: Département de Biochimie, Université de Montréal

Identification d’une architecture à base de composants dans une application orientée objets à l’aide d’une analyse dynamique

Un système, décrit avec un grand nombre d'éléments fortement interdépendants, est complexe, difficile à comprendre et à maintenir. Ainsi, une application orientée objet est souvent complexe, car elle contient des centaines de classes avec de nombreuses dépendances plus ou moins explicites. Une même application, utilisant le paradigme composant, contiendrait un plus petit nombre d'éléments, faiblement couplés entre eux et avec des interdépendances clairement définies. Ceci est dû au fait que le paradigme composant fournit une bonne représentation de haut niveau des systèmes complexes. Ainsi, ce paradigme peut être utilisé comme "espace de projection" des systèmes orientés objets. Une telle projection peut faciliter l'étape de compréhension d'un système, un pré-requis nécessaire avant toute activité de maintenance et/ou d'évolution. De plus, il est possible d'utiliser cette représentation, comme un modèle pour effectuer une restructuration complète d'une application orientée objets opérationnelle vers une application équivalente à base de composants tout aussi opérationnelle. Ainsi, La nouvelle application bénéficiant ainsi, de toutes les bonnes propriétés associées au paradigme composants. L'objectif de ma thèse est de proposer une méthode semi-automatique pour identifier une architecture à base de composants dans une application orientée objets. Cette architecture doit, non seulement aider à la compréhension de l'application originale, mais aussi simplifier la projection de cette dernière dans un modèle concret de composant. L'identification d'une architecture à base de composants est réalisée en trois grandes étapes: i) obtention des données nécessaires au processus d'identification. Elles correspondent aux dépendances entre les classes et sont obtenues avec une analyse dynamique de l'application cible. ii) identification des composants. Trois méthodes ont été explorées. La première utilise un treillis de Galois, la seconde deux méta-heuristiques et la dernière une méta-heuristique multi-objective. iii) identification de l'architecture à base de composants de l'application cible. Cela est fait en identifiant les interfaces requises et fournis pour chaque composant. Afin de valider ce processus d'identification, ainsi que les différents choix faits durant son développement, j'ai réalisé différentes études de cas. Enfin, je montre la faisabilité de la projection de l'architecture à base de composants identifiée vers un modèle concret de composants.

Analyse comparative de l'équivalence terminologique en corpus parallèle et en corpus comparable : application au domaine du changement climatique

Les travaux entrepris dans le cadre de la présente thèse portent sur l’analyse de l’équivalence terminologique en corpus parallèle et en corpus comparable. Plus spécifiquement, nous nous intéressons aux corpus de textes spécialisés appartenant au domaine du changement climatique. Une des originalités de cette étude réside dans l’analyse des équivalents de termes simples. Les bases théoriques sur lesquelles nous nous appuyons sont la terminologie textuelle (Bourigault et Slodzian 1999) et l’approche lexico-sémantique (L’Homme 2005). Cette étude poursuit deux objectifs. Le premier est d’effectuer une analyse comparative de l’équivalence dans les deux types de corpus afin de vérifier si l’équivalence terminologique observable dans les corpus parallèles se distingue de celle que l’on trouve dans les corpus comparables. Le deuxième consiste à comparer dans le détail les équivalents associés à un même terme anglais, afin de les décrire et de les répertorier pour en dégager une typologie. L’analyse détaillée des équivalents français de 343 termes anglais est menée à bien grâce à l’exploitation d’outils informatiques (extracteur de termes, aligneur de textes, etc.) et à la mise en place d’une méthodologie rigoureuse divisée en trois parties. La première partie qui est commune aux deux objectifs de la recherche concerne l’élaboration des corpus, la validation des termes anglais et le repérage des équivalents français dans les deux corpus. La deuxième partie décrit les critères sur lesquels nous nous appuyons pour comparer les équivalents des deux types de corpus. La troisième partie met en place la typologie des équivalents associés à un même terme anglais. Les résultats pour le premier objectif montrent que sur les 343 termes anglais analysés, les termes présentant des équivalents critiquables dans les deux corpus sont relativement peu élevés (12), tandis que le nombre de termes présentant des similitudes d’équivalence entre les corpus est très élevé (272 équivalents identiques et 55 équivalents non critiquables). L’analyse comparative décrite dans ce chapitre confirme notre hypothèse selon laquelle la terminologie employée dans les corpus parallèles ne se démarque pas de celle des corpus comparables. Les résultats pour le deuxième objectif montrent que de nombreux termes anglais sont rendus par plusieurs équivalents (70 % des termes analysés). Il est aussi constaté que ce ne sont pas les synonymes qui forment le groupe le plus important des équivalents, mais les quasi-synonymes. En outre, les équivalents appartenant à une autre partie du discours constituent une part importante des équivalents. Ainsi, la typologie élaborée dans cette thèse présente des mécanismes de l’équivalence terminologique peu décrits aussi systématiquement dans les travaux antérieurs.

A unified framework for the comprehension of software's time dimension

Les logiciels sont de plus en plus complexes et leur développement est souvent fait par des équipes dispersées et changeantes. Par ailleurs, de nos jours, la majorité des logiciels sont recyclés au lieu d’être développés à partir de zéro. La tâche de compréhension, inhérente aux tâches de maintenance, consiste à analyser plusieurs dimensions du logiciel en parallèle. La dimension temps intervient à deux niveaux dans le logiciel : il change durant son évolution et durant son exécution. Ces changements prennent un sens particulier quand ils sont analysés avec d’autres dimensions du logiciel. L’analyse de données multidimensionnelles est un problème difficile à résoudre. Cependant, certaines méthodes permettent de contourner cette difficulté. Ainsi, les approches semi-automatiques, comme la visualisation du logiciel, permettent à l’usager d’intervenir durant l’analyse pour explorer et guider la recherche d’informations. Dans une première étape de la thèse, nous appliquons des techniques de visualisation pour mieux comprendre la dynamique des logiciels pendant l’évolution et l’exécution. Les changements dans le temps sont représentés par des heat maps. Ainsi, nous utilisons la même représentation graphique pour visualiser les changements pendant l’évolution et ceux pendant l’exécution. Une autre catégorie d’approches, qui permettent de comprendre certains aspects dynamiques du logiciel, concerne l’utilisation d’heuristiques. Dans une seconde étape de la thèse, nous nous intéressons à l’identification des phases pendant l’évolution ou pendant l’exécution en utilisant la même approche. Dans ce contexte, la prémisse est qu’il existe une cohérence inhérente dans les évènements, qui permet d’isoler des sous-ensembles comme des phases. Cette hypothèse de cohérence est ensuite définie spécifiquement pour les évènements de changements de code (évolution) ou de changements d’état (exécution). L’objectif de la thèse est d’étudier l’unification de ces deux dimensions du temps que sont l’évolution et l’exécution. Ceci s’inscrit dans notre volonté de rapprocher les deux domaines de recherche qui s’intéressent à une même catégorie de problèmes, mais selon deux perspectives différentes.

Segmentation du rein fonctionnel à partir de CTdouble énergie injectés

Les néphropaties (maladie des tissus rénaux) postradiques constituent l'un des facteurs limitants pour l'élaboration des plans de traitement lors des radiothérapies abdominales. Le processus actuel, qui consiste à évaluer la fonctionnalité relative des reins grâce à une scintigraphie gamma deux dimensions, ne permet pas d'identifier les portions fonctionnelles qui pourraient être évitées lors de l' élaboration des plans de traitement. Une méthode permettant de cartographier la fonctionnalité rénale en trois dimensions et d'extraire un contour fonctionnel utilisable lors de la planification a été développée à partir de CT double énergie injectés à l'iode. La concentration en produit de contraste est considérée reliée à la fonctionnalité rénale. La technique utilisée repose sur la décomposition à trois matériaux permettant de reconstruire des images en concentration d'iode. Un algorithme de segmentation semi-automatisé basé sur la déformation hiérarchique et anamorphique de surfaces permet ensuite d'extraire le contour fonctionnel des reins. Les premiers résultats obtenus avec des images patient démontrent qu'une utilisation en clinique est envisageable et pourra être bénéfique.

Personalized 3D reconstruction of the rib cage for clinical assessment of trunk deformities

Scoliosis is a 3D deformity of the spine and rib cage. Extensive validation of 3D reconstruction methods of the spine from biplanar radiography has already been published. In this article, we propose a novel method to reconstruct the rib cage, using the same biplanar views as for the 3D reconstruction of the spine, to allow clinical assessment of whole trunk deformities. This technique uses a semi-automatic segmentation of the ribs in the postero-anterior X-ray view and an interactive segmentation of partial rib edges in the lateral view. The rib midlines are automatically extracted in 2D and reconstructed in 3D using the epipolar geometry. For the ribs not visible in the lateral view, the method predicts their 3D shape. The accuracy of the proposed method has been assessed using data obtained from a synthetic bone model as a gold standard and has also been evaluated using data of real patients with scoliotic deformities. Results show that the reconstructed ribs enable a reliable evaluation of the rib axial rotation, which will allow a 3D clinical assessment of the spine and rib cage deformities.

Flood detection in urban areas using TerraSAR-X

Flooding is a major hazard in both rural and urban areas worldwide, but it is in urban areas that the impacts are most severe. An investigation of the ability of high resolution TerraSAR-X Synthetic Aperture Radar (SAR) data to detect flooded regions in urban areas is described. The study uses a TerraSAR-X image of a 1 in 150 year flood near Tewkesbury, UK, in 2007, for which contemporaneous aerial photography exists for validation. The DLR SAR End-To-End simulator (SETES) was used in conjunction with airborne scanning laser altimetry (LiDAR) data to estimate regions of the image in which water would not be visible due to shadow or layover caused by buildings and taller vegetation. A semi-automatic algorithm for the detection of floodwater in urban areas is described, together with its validation using the aerial photographs. 76% of the urban water pixels visible to TerraSAR-X were correctly detected, with an associated false positive rate of 25%. If all urban water pixels were considered, including those in shadow and layover regions, these figures fell to 58% and 19% respectively. The algorithm is aimed at producing urban flood extents with which to calibrate and validate urban flood inundation models, and these findings indicate that TerraSAR-X is capable of providing useful data for this purpose.

Detection of flood extent in urban areas using high resolution TerraSAR-X data

Flooding is a major hazard in both rural and urban areas worldwide, but it is in urban areas that the impacts are most severe. An investigation of the ability of high resolution TerraSAR-X data to detect flooded regions in urban areas is described. An important application for this would be the calibration and validation of the flood extent predicted by an urban flood inundation model. To date, research on such models has been hampered by lack of suitable distributed validation data. The study uses a 3m resolution TerraSAR-X image of a 1-in-150 year flood near Tewkesbury, UK, in 2007, for which contemporaneous aerial photography exists for validation. The DLR SETES SAR simulator was used in conjunction with airborne LiDAR data to estimate regions of the TerraSAR-X image in which water would not be visible due to radar shadow or layover caused by buildings and taller vegetation, and these regions were masked out in the flood detection process. A semi-automatic algorithm for the detection of floodwater was developed, based on a hybrid approach. Flooding in rural areas adjacent to the urban areas was detected using an active contour model (snake) region-growing algorithm seeded using the un-flooded river channel network, which was applied to the TerraSAR-X image fused with the LiDAR DTM to ensure the smooth variation of heights along the reach. A simpler region-growing approach was used in the urban areas, which was initialized using knowledge of the flood waterline in the rural areas. Seed pixels having low backscatter were identified in the urban areas using supervised classification based on training areas for water taken from the rural flood, and non-water taken from the higher urban areas. Seed pixels were required to have heights less than a spatially-varying height threshold determined from nearby rural waterline heights. Seed pixels were clustered into urban flood regions based on their close proximity, rather than requiring that all pixels in the region should have low backscatter. This approach was taken because it appeared that urban water backscatter values were corrupted in some pixels, perhaps due to contributions from side-lobes of strong reflectors nearby. The TerraSAR-X urban flood extent was validated using the flood extent visible in the aerial photos. It turned out that 76% of the urban water pixels visible to TerraSAR-X were correctly detected, with an associated false positive rate of 25%. If all urban water pixels were considered, including those in shadow and layover regions, these figures fell to 58% and 19% respectively. These findings indicate that TerraSAR-X is capable of providing useful data for the calibration and validation of urban flood inundation models.

Defining a framework for the evaluation of information

In any enterprise, decisions need be made during the life cycle of information about its management. This requires information evaluation to take place; a little-understood process. For evaluation support to be both effective and resource efficient, some sort of automatic or semi-automatic evaluation method would be invaluable. Such a method would require an understanding of the diversity of the contexts in which evaluation takes place so that evaluation support can have the necessary context-sensitivity. This paper identifies the dimensions influencing the information evaluation process and defines the elements that characterise them, thus providing the foundations for a context-sensitive evaluation framework.

Análise da estrutura e transporte do zooplâncton no estuário do Rio Caravelas (Bahia-Brasil) através do uso do zooscan

Spatial-temporal dynamics of zooplankton in the Caravelas river estuary (Bahia, Brazil). The survey was conducted in order to describe the zooplankton community of the estuary Caravelas (Bahia, Brazil), to quantify and relate the patterns of horizontal and vertical transport with the type of tide (neap and spring) and tidal phase (flood and ebb). Zooplankton samples were collected with the aid of a suction pump (300L), filtered in plankton nets (300μm) and fixed in saline formalin 4%. Samples were collected at a fixed point (A1), near the mouth of the estuary, with samples taken at neap tides and spring tides during the dry and rainy seasons. Samples were collected for 13 hours, at intervals of 1 hour in 3 depths: surface, middle and bottom. Simultaneous collection of biological, we measured the current velocity, temperature and salinity of the water through CTD. In the laboratory, samples were selected for analysis in estereomicroscope, with 25 groups identified, with Copepoda getting the highest number of species. The 168 samples obtained from temporal samples were subsampled and processed on equipment ZooScan, with the aid of software ZooProcess at the end were generated 458.997 vingnettes. 8 taxa were identified automatically, with 16 classified as a semi-automatic. The group Copepoda, despite the limited taxonomic refinement ZooScan, obtained 2 genera and 1 species identified automatically. Among the seasons dry and wet groups Brachyura (zoea), Chaetognatha, and the Calanoid copepods (others), Temora spp., Oithona spp. and Euterpina acutifrons were those who had higher frequency of occurrence, appearing in more than 70% of the samples. Copepoda group showed the largest percentage of relative abundance in both seasons. There was no seasonal variation of total zooplankton, with an average density of 7826±4219 org.m-3 in the dry season, and 7959±3675 org.m-3 in the rainy season, neither between the types and phases of the tides, but seasonal differences were significant recorded for the main zooplankton groups. Vertical stratification was seen for the major zooplankton groups (Brachyura, Chaetognatha, Calanoida (other), Oithona spp, Temora spp. e Euterpina acutifrons). The scale of this stratification varied with the type (square or tide) and tidal phase (flood or ebb). The instantaneous transport was more influenced by current velocity, with higher values observed in spring tides to the total zooplankton, however, there was a variation of this pattern depending on the zooplankton group. According to the data import and export of total zooplankton, the outflow of organisms of the estuary was higher than the input. The results suggest that the estuary of Caravelas may influence the dynamics of organic matter to the adjacent coast, with possible consequences in National Marine Park of Abrolhos

Indexação automatizada de artigos de periódicos científicos: análise da aplicação do software SISA com uso da terminologia DeCS na área de Odontologia

The indexing automation has been discussed by researches in the area of Information Science however the discussions have not been so clear on the use of indexing software. Thus, it is necessary to know the indexing software, as well as its application in the analysis of documentary contents. To do so, it is proposed, here, to investigate both the consistency of indexing and the exhaustiveness and precision of the information retrieval, by means of comparative analysis between SISA (Sistema de Indizacion Semi-Automatico) automatic index and BIREME ( Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciencias da Saude) manual indexing. The aim of this paper is to contribute to the theoretical development of the indexing automation and the improvement of SISA. Thus, SISA application and evaluation was used based on the calculation of the consistency indexes between the two types of indexing, and the calculation of the exhaustiveness and precision indexes in information retrieval, by means of searching into BDSISA and BIREME databases, composed by descriptors taken from SISA and manual indexing respectively. The differences among the terms used in scientific papers comparing to the DeCS ones were the main difficult factor to achieve higher consistency indexes in the indexing. These differences influenced the exhaustiveness and precision indexes in the information retrieval, showing that it is necessary to improve the documentary language used by SISA software and to incorporate linguistic methods.

Identificando interesses transversais em modelos de requisitos PL-AOVgraph

The occurrence of problems related to the scattering and tangling phenomenon, such as the difficulty to do system maintenance, increasingly frequent. One way to solve this problem is related to the crosscutting concerns identification. To maximize its benefits, the identification must be performed from early stages of development process, but some works have reported that this has not been done in most of cases, making the system development susceptible to the errors incidence and prone to the refactoring later. This situation affects directly to the quality and cost of the system. PL-AOVgraph is a goal-oriented requirements modeling language which offers support to the relationships representation among requirements and provides separation of crosscutting concerns by crosscutting relationships representation. Therefore, this work presents a semi-automatic method to crosscutting concern identification in requirements specifications written in PL-AOVgraph. An adjacency matrix is used to identify the contributions relationships among the elements. The crosscutting concern identification is based in fan-out analysis of contribution relationships from the informations of adjacency matrix. When identified, the crosscutting relationships are created. And also, this method is implemented as a new module of ReqSys-MDD tool

Segurança e eficácia da técnica de biopsia pulmonar transtorácica percutânea para avaliação histopatológica do parênquima pulmonar de ovinos clinicamente sadios

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Hazards in non-pasteurized milk on retail sale in Brazil: prevalence of Salmonella spp, Listeria monocytogenes and chemical residues

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)