Plastid genome characterisation in Brassica and Brassicaceae using a new set of nine SSRs.

We report a new set of nine primer pairs specifically developed for amplification of Brassica plastid SSR markers. The wide utility of these markers is demonstrated for haplotype identification and detection of polymorphism in B. napus, B. nigra, B. oleracea, B. rapa and in related genera Arabidopsis, Camelina, Raphanus and Sinapis. Eleven gene regions (ndhB-rps7 spacer, rbcL-accD spacer, rpl16 intron, rps16 intron, atpB-rbcL spacer, trnE-trnT spacer, trnL intron, trnL-trnF spacer, trnM-atpE spacer, trnR-rpoC2 spacer, ycf3-psaA spacer) were sequenced from a range of Brassica and related genera for SSR detection and primer design. Other sequences were obtained from GenBank/EMBL. Eight out of nine selected SSR loci showed polymorphism when amplified using the new primers and a combined analysis detected variation within and between Brassica species, with the number of alleles detected per locus ranging from 5 (loci MF-6, MF-1) to 11 (locus MF-7). The combined SSR data were used in a neighbour-joining analysis (SMM, D (DM) distances) to group the samples based on the presence and absence of alleles. The analysis was generally able to separate plastid types into taxon-specific groups. Multi-allelic haplotypes were plotted onto the neighbour joining tree. A total number of 28 haplotypes were detected and these differentiated 22 of the 41 accessions screened from all other accessions. None of these haplotypes was shared by more than one species and some were not characteristic of their predicted type. We interpret our results with respect to taxon differentiation, hybridisation and introgression patterns relating to the 'Triangle of U'.

Diversidade genética da soja entre períodos e entre programas de melhoramento no Brasil

O objetivo deste trabalho foi detectar os efeitos do melhoramento sobre a diversidade do germoplasma da soja cultivada nas três ultimas décadas, por meio da comparação de seis programas de melhoramento e períodos de lançamento de cultivares, utilizando locos microssatélites. Em relação aos programas de melhoramento, todos os locos apresentaram diferenças significativas em suas distribuições alélicas. Alguns locos eram compostos de alelos exclusivos em alguns programas de melhoramento, enquanto outros foram compostos sempre dos mesmos alelos em maior freqüência para todos os programas. A AMOVA indicou maior porção da variância devido a cultivares dentro de programas e somente 5,3% (p<0,05) devido à diferença entre programas. Quando comparados os programas de melhoramento entre si, cinco entre as 15 comparações apresentaram diferenças significativas (p<0,05), estando presente o programa IAC em quatro destas cinco comparações. As estimativas de variabilidade da soja entre os períodos de melhoramento avaliados indicaram que somente 1,78% da variância total foi devida à diferença entre períodos (p>0,05). Os resultados sugerem que o germoplasma de soja utilizado em programas de melhoramento no Brasil manteve nível constante de diversidade genética nos últimos 30 anos, além de relativa heterogeneidade de determinados programas.

Identificação de QTL associados à simbiose entre Bradyrhizobium japonicum, B. elkanii e soja

O objetivo deste trabalho foi identificar QTL (locos de caráter quantitativo), utilizando marcadores do tipo microssatélites (SSR), relacionados à fixação biológica de nitrogênio (FBN), em uma população F2:7 de cultivares de soja (Glycine max) com diferentes capacidades de FBN, Bossier (alta) e Embrapa 20 (média). Foram mapeados 16 marcadores, distribuídos em seis grupos de ligação, cobrindo uma região de 5% do genoma (151,6 cM). A análise de regressão identificou 12 associações significativas em quatro grupos de ligação (B1, C2, D1b e H): três para a massa da parte aérea seca, quatro para número de nódulos, duas para a massa de nódulos e três para a massa média de nódulos. Todos os QTL detectados foram de efeitos menores. Contudo, sete marcadores foram confirmados nas duas populações, indicativo de uso potencial em programas de melhoramento visando à FBN.

Seleção tradicional e associada a marcadores moleculares na avaliação genética animal

O objetivo deste trabalho foi comparar a seleção, utilizando valores genéticos preditos pelo BLUP clássico (BLUP), BLUP marcadores (BLUPM) e pela seleção individual (SI), usando simulação com o programa Genesys. Para obter a matriz de similaridade genética utilizada no BLUPM, foram simulados cem marcadores moleculares do tipo microssatélite (SSR - Simple Sequence Repeat), por meio de um coeficiente de similaridade correspondente à distância euclideana média para dados quantitativos. A fim de comparar os diferentes métodos, utilizaram-se populações com tamanho efetivo de 66,66 e média de 30 repetições, avaliando-se os valores fenotípicos médios. Os ganhos ao longo das 20 gerações de seleção foram maiores para o BLUP em relação ao BLUPM, e este foi superior à SI. Quanto ao ganho obtido nas cinco primeiras gerações, o BLUPM apresentou ganhos semelhantes ao BLUP e superiores à SI. Diferentes sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados não revelaram diferenças em ganho genético nos métodos baseados no BLUP.