A cyclic peptide mimic of an RNA recognition motif of human La protein is a potent inhibitor of hepatitis C virus

Due to limited available therapeutic options, developing new lead compounds against hepatitis C virus is an urgent need. Human La protein stimulates hepatitis C virus translation through interaction with the hepatitis C viral RNA. A cyclic peptide mimicking the beta-turn of the human La protein that interacts with the viral RNA was synthesized. It inhibits hepatitis C viral RNA translation significantly better than the corresponding linear peptide at longer post-treatment times. The cyclic peptide also inhibited replication as measured by replicon RNA levels using real time RT-PCR. The cyclic peptide emerges as a promising lead compound against hepatitis C.

Human la protein interaction with GCAC near the initiator AUG enhances hepatitis C virus RNA replication by promoting linkage between 5 ` and 3 ` untranslated regions

Human La protein has been implicated in facilitating the internal initiation of translation as well as replication of hepatitis C virus (HCV) RNA. Previously, we demonstrated that La interacts with the HCV internal ribosome entry site (IRES) around the GCAC motif near the initiator AUG within stem-loop IV by its RNA recognition motif (RRM) (residues 112 to 184) and influences HCV translation. In this study, we have deciphered the role of this interaction in HCV replication in a hepatocellular carcinoma cell culture system. We incorporated mutation of the GCAC motif in an HCV monocistronic subgenomic replicon and a pJFH1 construct which altered the binding of La and checked HCV RNA replication by reverse transcriptase PCR (RT-PCR). The mutation drastically affected HCV replication. Furthermore, to address whether the decrease in replication is a consequence of translation inhibition or not, we incorporated the same mutation into a bicistronic replicon and observed a substantial decrease in HCV RNA levels. Interestingly, La overexpression rescued this inhibition of replication. More importantly, we observed that the mutation reduced the association between La and NS5B. The effect of the GCAC mutation on the translation-to-replication switch, which is regulated by the interplay between NS3 and La, was further investigated. Additionally, our analyses of point mutations in the GCAC motif revealed distinct roles of each nucleotide in HCV replication and translation. Finally, we showed that a specific interaction of the GCAC motif with human La protein is crucial for linking 5' and 3' ends of the HCV genome. Taken together, our results demonstrate the mechanism of regulation of HCV replication by interaction of the cis-acting element GCAC within the HCV IRES with human La protein.

Specific Sequence of a Beta Turn in Human La Protein May Contribute to Species Specificity of Hepatitis C Virus

Human La protein is known to be an essential host factor for translation and replication of hepatitis C virus (HCV) RNA. Previously, we have demonstrated that residues responsible for interaction of human La protein with the HCV internal ribosomal entry site (IRES) around the initiator AUG within stem-loop IV form a beta-turn in the RNA recognition motif (RRM) structure. In this study, sequence alignment and mutagenesis suggest that the HCV RNA-interacting beta-turn is conserved only in humans and chimpanzees, the species primarily known to be infected by HCV. A 7-mer peptide corresponding to the HCV RNA-interacting region of human La inhibits HCV translation, whereas another peptide corresponding to the mouse La sequence was unable to do so. Furthermore, IRES-mediated translation was found to be significantly high in the presence of recombinant human La protein in vitro in rabbit reticulocyte lysate. We observed enhanced replication with HCV subgenomic and full-length replicons upon overexpression of either human La protein or a chimeric mouse La protein harboring a human La beta-turn sequence in mouse cells. Taken together, our results raise the possibility of creating an immunocompetent HCV mouse model using human-specific cell entry factors and a humanized form of La protein.

Electronic structure origin of conductivity and oxygen reduction activity changes in low-level Cr-substituted (La, Sr)MnO3

The electronic structure of the (La0.8Sr0.2)(0.98)Mn1-xCrxO3 model series (x = 0, 0.05, or 0.1) was measured using soft X-ray synchrotron radiation at room and elevated temperature. O K-edge near-edge X-ray absorption fine structure (NEXAFS) spectra showed that low-level chromium substitution of (La, Sr)MnO3 resulted in lowered hybridisation between O 2p orbitals and M 3d and M 4sp valance orbitals. Mn L-3-edge resonant photoemission spectroscopy measurements indicated lowered Mn 3d-O 2p hybridisation with chromium substitution. Deconvolution of O K-edge NEXAFS spectra took into account the effects of exchange and crystal field splitting and included a novel approach whereby the pre-peak region was described using the nominally filled t(2g) up arrow state. 10% chromium substitution resulted in a 0.17 eV lowering in the energy of the t(2g) up arrow state, which appears to provide an explanation for the 0.15 eV rise in activation energy for the oxygen reduction reaction, while decreased overlap between hybrid O 2p-Mn 3d states was in qualitative agreement with lowered electronic conductivity. An orbital-level understanding of the thermodynamically predicted solid oxide fuel cell cathode poisoning mechanism involving low-level chromium substitution on the B-site of (La, Sr)MnO3 is presented. (C) 2015 AIP Publishing LLC.

Comparative study of Eu3+ -activated LnOCl (Ln=La and Gd) phosphors and their Judd-Ofelt analysis

Eu3+-activated layered LnOCl (Ln=La and Gd) phosphors were synthesized by the conventional solid-state method at relatively low temperature (700 degrees C) and shorter duration of 2 h. The structural parameters were refined by the Rietveld refinement analysis and confirmed by the high resolution transmission electron microscopy (HRTEM). Both the compounds were crystallized in the tetragonal structure with space group P4/nmm (No. 129). The homogeneity of the elements were analyzed by TEM mapping and found to be uniformly distributed. The photoluminescence spectra revealed that the intensity of D-5(0)-> F-7(2) transition (619 nm) was more intense in Eu3+-activated GdOCl compared to LaOCl. This was due to the property of Gd3+ ions to act as an intermediate sublattice to facilitate the energy transfer to Eu3+ ions. Intensity parameters and radiative properties such as transition probabilities, radiative lifetime and branching ratio were calculated using the Judd-Ofelt theory. The CIE color coordinates result revealed that the Eu3+-activated GdOCl (0.641, 0.354) phosphor was close to the commercial red phosphors like, Y2O3:Eu3+ (0.645, 0.347), (Y2OS)-S-2:Eu3+ (0.647, 0.343) and National Television System Committee (NTSC) (0.67, 0.33). The results suggest that the present GdOCl:Eu3+ compound acts as a potential candidate for red phosphor materials.

Common effect of chemical and external pressures on the magnetic properties of RCoPO (R = La, Pr, Nd, Sm). II.

We investigate the direct correspondence between Co band ferromagnetism and structural parameters in the pnictide oxides RCoPO for different rare-earth ions (R = La, Pr, Nd, Sm) by means of muon-spin spectroscopy and ab initio calculations, complementing our results published previously G. Prando et al., Common effect of chemical and external pressures on the magnetic properties of RCoPO (R = La, Pr), Phys. Rev. B 87, 064401 (2013)]. We find that both the transition temperature to the ferromagnetic phase T-C and the volume of the crystallographic unit cell V are conveniently tuned by the R ionic radius and/or external pressure. We report a linear correlation between T-C and V and our ab initio calculations unambiguously demonstrate a full equivalence of chemical and external pressures. As such, we show that R ions influence the ferromagnetic phase only via the induced structural shrinkage without involving any active role from the electronic f degrees of freedom, which are only giving a sizable magnetic contribution at much lower temperatures.

HuR Displaces Polypyrimidine Tract Binding Protein To Facilitate La Binding to the 3 ` Untranslated Region and Enhances Hepatitis C Virus Replication

HuR is a ubiquitous, RNA binding protein that influences the stability and translation of several cellular mRNAs. Here, we report a novel role for HuR, as a regulator of proteins assembling at the 3' untranslated region (UTR) of viral RNA in the context of hepatitis C virus (HCV) infection. HuR relocalizes from the nucleus to the cytoplasm upon HCV infection, interacts with the viral polymerase (NS5B), and gets redistributed into compartments of viral RNA synthesis. Depletion in HuR levels leads to a significant reduction in viral RNA synthesis. We further demonstrate that the interaction of HuR with the 3' UTR of the viral RNA affects the interaction of two host proteins, La and polypyrimidine tract binding protein (PTB), at this site. HuR interacts with La and facilitates La binding to the 3' UTR, enhancing La-mediated circularization of the HCV genome and thus viral replication. In addition, it competes with PTB for association with the 3' UTR, which might stimulate viral replication. Results suggest that HuR influences the formation of a cellular/viral ribonucleoprotein complex, which is important for efficient initiation of viral RNA replication. Our study unravels a novel strategy of regulation of HCV replication through an interplay of host and viral proteins, orchestrated by HuR. IMPORTANCE Hepatitis C virus (HCV) is highly dependent on various host factors for efficient replication of the viral RNA. Here, we have shown how a host factor (HuR) migrates from the nucleus to the cytoplasm and gets recruited in the protein complex assembling at the 3' untranslated region (UTR) of HCV RNA. At the 3' UTR, it facilitates circularization of the viral genome through interaction with another host factor, La, which is critical for replication. Also, it competes with the host protein PTB, which is a negative regulator of viral replication. Results demonstrate a unique strategy of regulation of HCV replication by a host protein through alteration of its subcellular localization and interacting partners. The study has advanced our knowledge of the molecular mechanism of HCV replication and unraveled the complex interplay between the host factors and viral RNA that could be targeted for therapeutic interventions.

Role of (La, Gd) co-doping on the enhanced dielectric and magnetic properties of BiFeO3 ceramics

The effect of the La3+ and Gd3+ co-doping on the structure, electric and magnetic properties of BiFeO3 (BFO) ceramics are investigated. For the compositions (x=0 and 0 <= y <= 0.15) in the perovskite structured LaxGdyBi1-xFeO3 system, a tiny residual phase of Bi2Fe4O9 is noticed. Such a secondary phase is suppressed with the incorporation of `La' content (x). The magnitude of dielectric constant (epsilon(r) increases progressively by increasing the `La' content from x=0 to 0.15 with a remarkable decrease of dielectric loss. For x=0.15, the system LaxGdyBi1-x(x+y)FeO3 exhibits highest remanent magnetization (M-r) of 0.18 emu/g and coercive magnetic field (H-c) of similar to 1 Tin the presence of external magnetic field of 9 T at 300 K. The origin of enhanced dielectric and magnetic properties of LaxGdyBil (x+y)Fe03 and the role of doping elements, La3+, Gd3+ has been discussed. (C) 2015 Elsevier Ltd and Techna Group S.r.l. All rights reserved.

Estudio florístico del estado actual del bosque ripario en la microcuenca el Coyote, Condega, Estelí

La presente investigación fue realizada en la micro cuenca el Coyote ubicada en el municipio de Condega Departamento de Estelí, como parte del convenio de la Universidad Nacional Agraria con el proyecto CARE/MARENA/P IMCHAS, con el fin de mejorar las condiciones ambientales de la micro cuenca. La intención de la investigación fue evaluar la composición florística del bosque ripario de la parte alta, media y baja de la micro cuenca donde se desarrolló en tres etapas: re conocimiento del área, realización del inventario forestal y diagnóstico de la vegetación arbórea. La metodología que se utilizó en dicho estudio fue la aplicación de un inventario forestal con un área muestreada de 0.24 ha (inventario sis temá tico con par celas de 0.01 ha cada una, con un a intensidad de muestreo 0.08 %. La composición florística existente en el bosque la conforman un total de 66 individuos mayores a los 10cm de DAP equivalentes a 31 especies arbóreas, y 18 familias botánicas, sobresaliendo la Fabaceae (5), Mimosaceae (5) y Anacardiaceae (3 especies). En las clases diamétricas la mayoría de los individuos se encuentran en la categoría diamétrica de 10 - 19.9 (clases 1) siendo la parte alta el sitio que más árboles posee con (66.66 arb ha - 1 ) y la parte media con 20.83 arb ha - 1 la parte alta con el m enor número de árboles 8.33 arb ha - 1 en la categoría de 20 - 39.9 (clase 2 y 3), donde el mayor número de individuos se encuentran en la parte baja de la microcuenca con 66.66 arb ha - 1 y la parte me dia con 20.83 arb ha - 1 , la parte alta con el men or número de árboles 8.33 arb ha - 1 . Las categorías silviculturales el mayor porcentaje de árboles presentan fuste recto sin daño evidente (categoría 1), distribuidos de la siguiente manera 13.64 % en la parte alta, 10.61 % en la parte media y 16.67 % en la parte baja. En la categoría de iluminación vertical plena el may or porcentaje de árboles se encuentra en la (categoría 2), distribuidos para la parte alta y la parte media el 4.55% y la parte baja con el 13.64% . Encontramos en la parte baja el 18.18% de árboles sin lianas (categorí a 1), observándose para la parte media el 10.61% y la parte alta el 15.15%, en esta misma categoría. En cuanto a la vigorosidad de los árboles en el bosque ripario la parte baja de la microcuenca tiene el mayor porcentaje con 17.67%, con buen follaje y buena vitalidad aparente, sin daño que afecte su crecimiento (categoría 1), seguida de la parte alta con 13.64% y la parte media con 12.12%. La regeneración natural e n (área muestr eada 0.024 ), consiguiente fue de 541.7 plantas ha - 1 , representada por 10 familias botánicas (Euphorbiaceae, Sterculiaceae, Anacardiaceae, Rutaceae, Mimosaceae, Fagaceae, Myrtaceae, Arecaceae, Verbenaceae y Bignonaceae).

Comparación de calidad en la producción de carbón vegetal entre la fosa de tierra y el horno de ladrillo, en la finca el plantel Masaya

La presente investigación tuvo como objetivo comparar la producción de calidad de carbón vegetal entre la fosa de tierra y el horno de ladrillo utilizando Eucalyptus camaldulensis, empleando dos categorías diamétricas. La metodología utilizada consistió en la selección del material vegetal para la producción de carbón, se seleccionaron árboles con diámetros entre 20-30 cm. y mayores de 30 cm. por cada categoría diamétrica se emplearon cinco árboles para un total de diez individuos, se tumbaron los árboles con la técnica de tala dirigida, con hacha a partir de 0.30 cm. del suelo con el propósito de aprovechar la mayor cantidad de madera del árbol, se procedió a medir la longitud de la troza en metros empleando una cinta métrica para la medición del diámetro medio. Luego se procedió a calcular el volumen del fuste limpio utilizando la fórmula de Smalian, posteriormente se traslado trozas y ramas al sitio de carbonización, se depositaron por clase diamétrica donde se cálculo el volumen empleando la fórmula de Huber, para la cubicación de las ramas se empleo el método tradicional de metro estéreo. Para la producción de carbón vegetal se emplearon dos diseños de producción: fosa de tierra y el horno de ladrillos, el análisis de laboratorio consistió en determinar porcentaje de cenizas, carbono orgánico, densidad aparente y porcentaje de humedad. Para la clase diamétrica de 20 a 30 cm., se utilizo un volumen de 4.48 m3 y para la categoría diamétrica mayor de 30 cm, 6.55 m3. Finalizado el proceso de carbonización se obtuvieron 8 sacos en la fosa de tierra, equivalente a 0.217m3, en el horno de ladrillo se obtuvieron 18 sacos lo que representa 0.496 m3. Comparando los estándares de calidad de la FAO, con los obtenidos en este estudio, son aceptables, se concluye que el método de producción de horno de ladrillos usando arboles mayores de 30 cm es el mejor método para la producción de carbón vegetal.

Influencia de la cobertura del dosel en los daños por herbivorismo en una plantacion de enriquecimiento en el bosque seco secundario de Nandaime, Granada

El objetivo fue evaluar el establecimiento de tres especies forestales de valor comercial, Swietenia humilis, Cedrela odorata y Pachira quinata, como medida de enriquecimiento del bosque seco secundario de Nandaime, como medida de enriquecimiento del bosque seco. Se establecieron tres parcelas cuadradas con área de 625 m² (25 m x 25 m) y un espaciamiento de 3 m x 3 m entre plantas y líneas. Se plantaron 15 plantas por especie para un total de 45 individuos por parcelas, cada parcela con un porcentaje de cobertura de dosel correspondiente a: 0 a 20%, 20 a 50% y 50% a más. Las variables medidas fueron sobrevivencia, daños por insectos. Se obtuvo un porcentaje general de sobrevivencia de 53%, C. odorata es la especie que presentó valores más bajos (0%) en la cobertura0 a 20% y mayor de 50, los principales daños causados fueron notorios en los meses secos al final del período evaluado, principalmente en la cobertura mayor a 50%. Con los resultados obtenidos de las tres especies evaluadas se concluye que las especies P. quinata y Swietenia humilis, pueden utilizarse en plantaciones de enriquecimiento forestal con cobertura inferior al a 50% mientras C. odorata siempre y cuando se establezca un sistema de monitoreo y control de agentes de agentes que incrementan el riesgo de mortalidad de la especie.

Evaluación inicial de Hymenaea courbaril (Guapinol) en una plantación en la unidad de experimentación y evaluación en la finca el plantel-UNA

En la finca El Plantel ubicada en el kilómetro 31 ½ carretera Tipitapa-Masaya, en el Municipio de Nindirí departamento de Masaya Nicaragua, se realizó un estudio del establecimiento inicial de Hymeneae courbaril con el fin de conocer su comportamiento en diámetro, altura y sobrevivencia a pleno sol. La plantación se estableció en parcelas con dimensiones de 15mx15m con un distanciamiento entre plantas de 3m x 3m. El número de plantas por parcela fue de 36 para un total de 108 individuos. Se realizaron dos mediciones (Octubre del 2009 y Octubre del 2010) de las variables diámetro, altura y sobrevivencia; y un único monitoreo (en Octubre del 2010) de los daños en la plantación. Los resultados de sobrevivencia obtenidos en la plantación correspondió a un 61,6%. En la evaluación del incremento corriente anual en altura y diámetro alcanzados por la especie se muestra un comportamiento positivo con incremento corriente anual en diámetro de 4.79mm; valores de incremento corriente anual en altura de 4.80cm. Los daños registrados en la plantación corresponden principalmente a la defoliación por hormigas del genero Atta, registrándose una frecuencia del 58% de plantas afectadas.

Rendimiento en madera aserrada de trozos de cedro macho (Carapa guianensis) Aublet y Nanciton (Hyeronimaalchorneoides) Allemao , en la empresa MAPIINIC, S.A Rosita, RAAN, Nicaragua

El estudio consistió en evaluar rendimiento en madera aserrada de trozas de Cedro Macho (Carapa guianensis) Aublet y Nancitón ( Hyeronima alchorneoides) Allemao, en los dos aserríos portátiles tipo Wood Mizer LT 40 y Wood Mizer LT70, de la empresa MAPIINIC, S.A, en el municipio de Rosita (RAAN), Nicaragua. Se utilizó una base de datos del período agosto 2010-julio 2011, facilitada por la empresa, correspondientes a la cubicación de 5,570 trozas de Cedro macho y 7,785 trozas de Nancitón. Para el cálculo del volumen de la trozas se utilizó la fórmula de Smalian y para determinar el rendimiento en madera aserrada de cada especie se utilizó el volúmen promedio obtenido de las tablas sobre el volúmen promedio de la trozas, multiplicado por cien. Para Cedro macho se obtuvo un volúmen de madera aserrada de 455,722.66 pt lo que representó un rendimiento del 18.86% del volúmen en troza; para Nancitón se obtuvo un volúmen de madera aserrada de 584,698.91 pt para un rendimiento del 10.72% del volúmen en troza. En relación al rendimiento de otras especies y otros aserríos estos rendimientos se consideran bajos, atribuidos a que las trozas, por haber estado mucho tiempo tumbadas en el campo, presentaban daños que obviamente incidieron en la cantidad y calidad de madera aserrada obtenida, además que la metodología aplicada no llevó sistemáticamente el registro de cubicación de la madera aserrada por cada troza cubicada, lo que pudo influir en estos resultados.

Análisis espacial y multitemporal de la cobertura y uso del suelo con base en imágenes de satélites en la subcuenca Río Dipilto, Nueva Segovia, Nicaragua (1993, 2000, 2011)

La cuantificación del cambio de uso del suelo presenta aún altos niveles de incertidumbre, lo que repercute por ejemplo en la estimación de las emisiones de CO 2 . En este estudio se desarrollaron métodos, basados en imágenes de satélite y trabajo de campo, para estimar la tasa de cambio de la cobertura y uso del suelo, y las emisiones de CO 2 en la subcuenca río Dipilto, Nueva Segovia. La superficie de los tipos de vegetación se determinó con imágenes Landsat. Se utilizaron datos de carbono de nueve parcelas de muestreo en bosque de pino que fueron correlacionadas, para establecer un modelo de regresión lineal con el objetivo de estimar el Stock de Carbono. La sobreposición y algebra de mapas se utilizó para el escenario de emisiones de CO 2 . El análisis con imágenes de los años 1993, 2000 y 2011 reveló que durante es tos 18 años la velocidad a la que se perdieron los bosques latifoliados cerrado fue variable. Durante los primeros 7 años (1993 a 2000) se registró un aumento de 99.95 ha , que corresponde a una tasa de deforestación de - 1.45 % anual. Durante los últimos once años (2000 a 2011) esta cantidad cambió totalmente, ya que se eliminaron 331.76 h a , que corresponde a una tasa de deforestación anual de 3.41 %. Finalmente considerando el periodo de análisis, se transformaron más de 232.01 h a por año, correspondiente a u na tasa de deforestación anual de 1.55 %. La imagen de 2011 demostró que las reservas o Stock de C oscila entre 40 - 150 t/ha. Este intervalo de valores fue estimado por un modelo de regresión con razonable ajuste (R2 = 0.73 ), cuyas variables independientes fueron la reflectancia de las distintas bandas como índices de vegetación e infrarrojo cercano. Las pérdidas de C se estimaron en intervalos 1 - 191 t/h a en 20.76% del área. El 32.85% del área se mantuvo estable y 46.39% ganancias de 1 - 210 t/ha. La combinación de imágenes de resolución espacial media como son las de la serie Landsat para definir trayectorias de cambio de la cobertura del suelo, es una opción viable para la solución de interrogantes relacionadas con el cambio climático, tales como la estimación de las emisiones de CO 2 derivadas del cambio de uso del suelo.

"Aplicación de un sistema multimétrico para evaluar la calidad del agua superficial en la microcuenca El Coyote del Rio Estelí, Nicaragua"

En la microcuenca El Coyote localizada en el municipio de Condega, Estelí, se evaluó la calidad del agua superficial de sde febrero del 2010 a febrero del 2011. El propósito fue la identificación de indicadores que faciliten la vigilancia y monitoreo de la calidad del agua . Se integró un sistema multimétrico utilizando las características físicoquímicas y bacteriológicas, macro invertebrados acuáticos, la caracterización morfométrica de la microcuenca y la información resultante a nivel de comunidad (cambios en el uso del suelo). En la determinación de la relación de la calidad del agua con la estructura de la macrofauna acuática (macroinvertebrados) se usó el método Biological Monitoring Working Party (BMWP/Col ) . La microcuenca tiene 144 afluentes con una forma oval - oblonga - alargada, y su curva hipsométrica refleja un estado de equilibrio relativo de juvenil a madurez. El uso del suelo es inadecuado y su entorno natural fue valorado como subóptimo. Aunque los parámetros fisico químicos indicaron que las aguas son alcalinas, con un nivel aceptable de oxigeno disuelto, categorizadas según el Diagrama de Riverside como aguas aptas par a riego (C2 - S1), y aceptables según valores determinados para DBO 5 y DQO; sin embargo, requieren de un tratamiento de descontaminación previo a su uso doméstico y agropecuario. Además, debido a la presencia de coliformes fecales estas aguas no están aptas para consumo humano . Los macroinvertebrados varían, según la estacionalidad, en riqueza, abundancia y distribución, presentando una disminución en el número de individuos en la época lluviosa (t= 5.21, p<2.18E - 07). E l 6 8 . 91 % de los macroinvertebrados bioin dicadores se distribuyeron en cinco familias : Leptohyphidae , Baetidae , Hydropsychidae , Chironomidae y Physidae , siendo el cariotipo piedra el que present ó mayor diversidad y abundancia . El promedio del BMWP /Col fue de 60.06, indicando una calidad del agua entre dudosa y aceptable , y el índice ASPT de 6.71 señala una contaminación moderada ; estos resultados coincide n con los obtenidos utilizando la batería de indicadores fisicoquímicos y bacteriológicos .