Association of apolipoprotein B and adiponectin receptor 1 genes with carcass, bone integrity and performance traits in a paternal broiler line

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Capacidade de combinação para seleção de genótipos de milho

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Tamanho de parcelas experimentais e seleção simultânea de caracteres em progênies de Eucalyptus camaldulensis Dehnh

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo do peso metabólico e índice de Kleiber na estimação de parâmetros genéticos de características ponderais em uma população de bovinos de raça brahman

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Efeitos gênicos de caracteres associados à eficiência no uso de nitrogênio em milho

Os objetivos deste trabalho foram determinar o controle genético da eficiência no uso do nitrogênio (EUN), identificar a importância das eficiências na absorção (EAN) e na utilização (EUtN) na sua composição,  e quantificar relação entre produção de matéria seca da parte aérea (MPS) e do sistema radicular com a EUN e  com seus componentes. Foram avaliadas 41 combinações híbridas em duas disponibilidades de N: baixa (BN)  e alta (AN). Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso com duas repetições, em arranjo fatorial simples  (combinação híbrida x disponibilidade de N). As análises estatísticas foram realizadas por meio das equações  de modelos mistos. Correlações de elevada magnitude foram detectadas entre EAN e EUN, bem como entre  essas eficiências e a MPS, tanto em BN como em AN. Em ambas as disponibilidades de N, efeitos genéticos  aditivos apresentaram maior importância para os caracteres associados à EUN. Dessa forma, a seleção baseada  no desempenho individual de linhagens quanto à MPS pode possibilitar a obtenção de genótipos com alta  EUN. Independentemente da disponibilidade de N, a EAN é o componente mais importante da EUN.

GENETIC VARIABILITY FOR JUVENILE CHARACTERS OF Cedrela fissilis VELL. PROGENIES: A SUBSIDY FOR DEFINITION OF SEED COLLECTION ZONE

The objective of this study was to evaluate the genetic differences among three matrix groups of Cedrela fissilis based on quantitative juvenile variables on a progeny test to define seed collecting zones and use of seeds of this species in the study region as well as to evaluate genetic variability of the sampled material. A progeny test was established in a nursery with seeds from 48 seed trees collected in the municipalities of Rio Negrinho, Mafra and Sao Bento do Sul, state of Santa Catarina, and in the municipalities of Lapa, Rio Negro, Campo do Tenente and Antonio Olinto, state of Parana. Of the collected seed trees, 33 sampled trees were distributed in three sites and 15 trees were dispersed in the studied region. It was used a complete random block design, with 8 replicates and 20 plants per plot. Evaluated data included: emergency rate; seedling base diameter and height (61, 102 and 145 days after the seeds were sowed); seedling survival; number of leaves per seedling; aerial section dry mass and root dry mass; and the foliar area of the third fully expanded leaf measured from the apical meristem. The Maximum Restricted Likelihood Method (REML) was used, using the software SELEGEN for analysis. It was found that the juvenile characters are strongly genetically controlled and they can be used to estimate genetic variability of population samples of Cedrela fissilis. The three groups of trees spatially limited did not significantly differ among each other, allowing to conclude that the three areas are part of the same tree seed transfer zone.

Genetic associations between flight speed and growth traits in Nellore cattle

The aim of the present study was to estimate genetic parameters for flight speed and its association with growth traits in Nellore beef cattle. The flight speed (FS) of 7,402 yearling animals was measured, using a device composed of a pair of photoelectric cells. Time interval data (s) were converted to speed (m/s) and faster animals were regarded as more reactive. The growth traits analyzed were weaning weight (WW), ADG from weaning to yearling age, and yearling scrotal circumference (SC). The (co)variance components were estimated using REML in a multitrait analysis applying an animal model. The model included random direct additive genetic and residual effects, fixed effects of contemporary groups, age of dam (classes), and age of animal as covariable. For WW, the model also included maternal genetic and permanent environmental random effects. The direct heritability estimate for FS was 0.26 +/- 0.05 and direct heritability estimates for WW, SC, and ADG were 0.30 +/- 0.01, 0.48 +/- 0.02, and 0.19 +/- 0.01, respectively. Estimates of the genetic correlation between FS and the growth traits were -0.12 +/- 0.07 (WW), -0.13 +/- 0.08 (ADG), and -0.11 +/- 0.07 (SC). Although the values were low, these correlations showed that animals with better temperaments (slower FS) tended to present better performance. It is possible to infer that long-term selection for weight and scrotal circumference can promote a positive genetic response in the temperament of animals. Nevertheless, to obtain faster genetic progress in temperament, it would be necessary to perform direct selection for such trait. Flight speed is an easily measured indicator of temperament and can be included as a selection criterion in breeding programs for Nellore cattle.

Parâmetros genéticos para a produção de leite em caprinos das raças Saanen e Alpina

Objetivou-se com este trabalho estimar parâmetros genéticos para a produção de leite acumulada até os 305 dias (P305) de cabras das raças Saanen e Alpina. Foram utilizadas as duas primeiras parições de cabras pertencentes a rebanhos participantes do programa de controle produtivo e reprodutivo de caprinos (PROCAPRI) da UNESP-FCAV-Jaboticabal-SP. A P305 foi analisada por meio de modelos de repetibilidade e bicaracterísticas. Para verificar a influência dos efeitos fixos sobre a característica analisada foram realizadas análises preliminares, pelo método de quadrados mínimos. Os componentes de covariâncias foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML), utilizando o programa Wombat. A duração da lactação, a idade da cabra ao parto, o rebanho, o ano de parto e a estação de parto foram importantes fontes de variação para a P305. Não houve diferença significativa entre as raças estudadas. As estimativas de herdabilidade e repetibilidade para a P305, obtidas com o modelo de repetibilidade, foram de 0,29 e 0,36, respectivamente. As estimativas de herdabilidade, obtidas pelos modelos de repetibilidade e bicaracterísticas foram semelhantes. Sendo assim, um modelo de repetibilidade poderia ser indicado para avaliar a P305 pela sua simplicidade.

Repeatability and heritability of behavioural types in a social cichlid

Aim. The quantitative genetics underlying correlated behavioural traits (‘‘animal personality’’) have hitherto been studied mainly in domesticated animals. Here we report the repeatability ( ) and heritability ( ) of behavioural types in the highly social cichlid fish Neolamprologus pulcher. Methods. We tested 1779 individuals repeatedly and calculated the of behavioural types by variance components estimation (GLMM REML), using 1327 offspring from 162 broods from 74 pairs. Results. Repeatability of behavioural types was significant and considerable (0.546), but declined from 0.83 between tests conducted on the same day, to 0.19 on tests conducted up to 1201 days apart. All estimates were significant but low (e.g., pair identity SE). Additionally, we found significant variation between broods nested within the parent(s), but these were not related to several environmental factors tested. Conclusions. We conclude that despite a considerable , in this cichlid species is low, and variability in behavioural type appears to be strongly affected by other (non)genetic effects.

Effect of nonnormal random components on level and power in group-randomized trials

The use of group-randomized trials is particularly widespread in the evaluation of health care, educational, and screening strategies. Group-randomized trials represent a subset of a larger class of designs often labeled nested, hierarchical, or multilevel and are characterized by the randomization of intact social units or groups, rather than individuals. The application of random effects models to group-randomized trials requires the specification of fixed and random components of the model. The underlying assumption is usually that these random components are normally distributed. This research is intended to determine if the Type I error rate and power are affected when the assumption of normality for the random component representing the group effect is violated. ^ In this study, simulated data are used to examine the Type I error rate, power, bias and mean squared error of the estimates of the fixed effect and the observed intraclass correlation coefficient (ICC) when the random component representing the group effect possess distributions with non-normal characteristics, such as heavy tails or severe skewness. The simulated data are generated with various characteristics (e.g. number of schools per condition, number of students per school, and several within school ICCs) observed in most small, school-based, group-randomized trials. The analysis is carried out using SAS PROC MIXED, Version 6.12, with random effects specified in a random statement and restricted maximum likelihood (REML) estimation specified. The results from the non-normally distributed data are compared to the results obtained from the analysis of data with similar design characteristics but normally distributed random effects. ^ The results suggest that the violation of the normality assumption for the group component by a skewed or heavy-tailed distribution does not appear to influence the estimation of the fixed effect, Type I error, and power. Negative biases were detected when estimating the sample ICC and dramatically increased in magnitude as the true ICC increased. These biases were not as pronounced when the true ICC was within the range observed in most group-randomized trials (i.e. 0.00 to 0.05). The normally distributed group effect also resulted in bias ICC estimates when the true ICC was greater than 0.05. However, this may be a result of higher correlation within the data. ^

Análise genética da produção in vitro de embriões em bovinos Guzerá

O objetivo dessa pesquisa foi avaliar aspectos genéticos que relacionados à produção in vitro de embriões na raça Guzerá. O primeiro estudo focou na estimação de (co) variâncias genéticas e fenotípicas em características relacionadas a produção de embriões e na detecção de possível associação com a idade ao primeiro parto (AFC). Foi detectada baixa e média herdabilidade para características relacionadas à produção de oócitos e embriões. Houve fraca associação genética entre características ligadas a reprodução artificial e a idade ao primeiro parto. O segundo estudo avaliou tendências genéticas e de endogamia em uma população Guzerá no Brasil. Doadoras e embriões produzidos in vitro foram considerados como duas subpopulações de forma a realizar comparações acerca das diferenças de variação anual genética e do coeficiente de endogamia. A tendência anual do coeficiente de endogamia (F) foi superior para a população geral, sendo detectado efeito quadrático. No entanto, a média de F para a sub- população de embriões foi maior do que na população geral e das doadoras. Foi observado ganho genético anual superior para a idade ao primeiro parto e para a produção de leite (305 dias) entre embriões produzidos in vitro do que entre doadoras ou entre a população geral. O terceiro estudo examinou os efeitos do coeficiente de endogamia da doadora, do reprodutor (usado na fertilização in vitro) e dos embriões sobre resultados de produção in vitro de embriões na raça Guzerá. Foi detectado efeito da endogamia da doadora e dos embriões sobre as características estudadas. O quarto (e último) estudo foi elaborado para comparar a adequação de modelos mistos lineares e generalizados sob método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML) e sua adequação a variáveis discretas. Quatro modelos hierárquicos assumindo diferentes distribuições para dados de contagem encontrados no banco. Inferência foi realizada com base em diagnósticos de resíduo e comparação de razões entre componentes de variância para os modelos em cada variável. Modelos Poisson superaram tanto o modelo linear (com e sem transformação da variável) quanto binomial negativo à qualidade do ajuste e capacidade preditiva, apesar de claras diferenças observadas na distribuição das variáveis. Entre os modelos testados, a pior qualidade de ajuste foi obtida para o modelo linear mediante transformação logarítmica (Log10 X +1) da variável resposta.

Acurácia da seleção simultânea para caracteres de interesse em milho tropical de segunda safra

O milho de segunda safra, também conhecido como milho safrinha, é definido como aquele semeado entre os meses de janeiro e março. Esta modalidade de cultivo atingiu no ano agrícola de 2013/2014 uma área plantada de 9,18 milhões de hectares, superior a área cultivada com milho primeira safra, que no mesmo período foi de 6,61 milhões de hectares. Na segunda safra, há alto risco de instabilidades climáticas, principalmente em decorrência de baixas temperaturas, geadas, má distribuição de chuvas e redução do fotoperíodo. Todos estes fatores prejudicam a atividade fotossintética do milho, reduzindo sua produtividade. No entanto, dada a importância deste cultivo, empresas públicas, privadas e universidades vêm buscando incrementar a produtividade e a estabilidade. Para isso, alguns caracteres são especialmente preconizados. Devido ao alto risco de perda por adversidades ambientais, muitos produtores investem pouco em adubação, principalmente adubação nitrogenada. Neste contexto, o desenvolvimento de plantas mais eficientes no uso e, ou, tolerantes ao estresse por nitrogênio, resultaria em maior segurança para o produtor. Não obstante, a precocidade tem elevada importância, já que materiais precoces reduzem o risco de perdas neste período. No entanto, a mesma deve estar sempre associada a alta produtividade. Assim, para a seleção simultânea destes caracteres, pode-se lançar mão de índices per se de resposta das plantas ao estresse, análises gráficas e, ou, índices de seleção simultânea. Adicionalmente, os valores genotípicos das linhagens para essas características, além de serem preditos via REML/BLUP single-trait (análise univariada), também podem ser preditos via REML/BLUP multi-trait (análise multivariada). Dessa forma, os valores genotípicos são corrigidos pela covariância existente entre os caracteres. Assim, o objetivo deste trabalho foi verificar a possibilidade de seleção simultânea para eficiência no uso e tolerância ao estresse por nitrogênio, além de plantas precoces e produtivas. Para isto, linhagens de milho tropical foram cultivadas e avaliadas para estes caracteres. Foram então simulados diversos cenários de seleção simultânea. A partir destes resultados, observou-se que o índice per se de resposta das plantas ao estresse Média Harmônica da Performance Relativa (MHPR) foi o mais eficiente na seleção de plantas eficientes no uso e tolerantes ao estresse por nitrogênio. Isto ocorreu devido a forte correlação desfavorável entre os índices que estimam a eficiência e a tolerância, além da superioridade e em acurácia, herdabilidade e ganhos com a seleção deste índice per se. Já para a seleção simultânea da produtividade e precocidade, o índice Aditivo de seleção simultânea, utilizando os valores genotípicos preditos via REML/BLUP single-trait se mostrou o mais eficiente, já que obteve ganhos satisfatórios em todos os caracteres e há a possibilidade de modular, de forma mais satisfatória, os ganhos em cada caractere. Conclui-se que a seleção simultânea tanto para eficiência no uso e tolerância ao estresse por nitrogênio, quanto para produtividade e precocidade são possíveis. Além disso, a escolha do melhor método de seleção simultânea depende da magnitude e do sentido da correlação entre os caracteres.

A methodology for analysis of sugarcane productivity trends - 2. Comparing variety trials with commercial productivity

Previous research has reported both agreements and serious anomalies in relationships between production attributes of sugarcane varieties in variety trials (VTs) and commercial production (CP). This paper examines VT and CP data for tonnes of cane per hectare (TCH) and sugar content (CCS). Data, analysed by REML, included 107 VTs and 54 CP mill years for 9 varieties from the mill districts of Mulgrave, Babinda, and Tully for harvest years 1982-99. Important consistencies included high TCH of Q152, high CCS of Q117 and Q120, and low CCS of H56-752. Significant anomalies existed with respect to TCH for Q113, Q117, Q120, Q122, Q138, and H56-752 and to CCS for Q113 and Q124. Investigation of these anomalies was assisted by access to independent REML analyses of CP data for 65692 individual Tully cane blocks from 1988 to 1999 and by the knowledge of persons familiar with the preferential uses of varieties by farmers. Minor anomalies were due to limited year or mill area data. Q124 TCH was deemed to be decreased and its CCS increased by severe disease in Babinda CP in the extremely wet 1998 and 1999 seasons. Other serious anomalies have credible but unsubstantiated explanations. The most convincing, for Q113, Q117, Q138, and H56-752, are that these varieties were deployed unevenly with regard to late season harvesting, predominant use or avoidance on high fertility soils, or use confined to low fertility sandy soils, respectively. Uneven deployment results in confounding of these effects in the varietal CP statistics at mill area level. It is concluded that VTs cannot be enhanced to anticipate or evaluate most effects of uneven deployment. They give adequate predictions of relative CP performance for varieties deployed evenly across confounding influences. Routine analyses of individual block CP data would be useful and enhanced by addition of relevant information to the block records.

Potential to increase yield in lucerne (Medicago sativa subsp sativa) through introgression of Medicago sativa subsp falcata into Australian adapted material

The effect of interspecific heterosis in crosses between Medicago sativa subsp. sativa and M. sativa subsp. falcata was assessed. Three sativa and 3 falcata plants were crossed in a diallel design. Progeny dry matter yield and natural plant height were assessed in a replicated field experiment at Gatton, Queensland. Yield data were analysed using the method of residual maximum likelihood (REML) and Griffing's model 1. There were significant differences between the reciprocal, general combining ability (GCA), and specific combining ability (SCA) effects. As expected, S-1 populations were lower yielding than their respective intraspecific cross and falcata x falcata crosses were significantly lower yielding than sativa x sativa crosses. Some of the interspecific crosses indicated substantial SCA effects, yielding at least as well as the best sativa x sativa crosses. We have demonstrated the potential usefulness of unselected M. sativa subsp. falcata as a heterotic group in the improvement of yield in northern Australian adapted lucerne material, and discuss how it could be incorporated into future breeding to overcome the yield stagnation currently being experienced in Australian programs.