Estrategias estadísticas y de aprendizaje automático en genómica y proteómica funcional

El objetivo de este proyecto, enmarcado en el área de metodología de análisis en bioingeniería-biotecnología aplicadas al estudio del cancer, es el análisis y caracterización a través de perfiles de expresión de proteínas y genes de las vías metabolicas asociadas a progresión tumoral. Dicho estudio se llevará a cabo mediante la utilización de tecnologías de alto rendimiento. Las mismas permiten evaluar miles de genes/proteínas en forma simultánea, generando así una gran cantidad de datos de expresión. Se hipotetiza que para un análisis e interpretación de la información subyacente, caracterizada por su abundancia y complejidad, podría realizarse mediante técnicas estadístico-computacionales eficientes en el contexto de modelos mixtos y técnias de aprendizaje automático. Para que el análisis sea efectivo es necesario contemplar los efectos ocasionados por los diferentes factores experimentales ajenos al fenómeno biológico bajo estudio. Estos efectos pueden enmascarar la información subycente y así perder informacion relavante en el contexto de progresión tumoral. La identificación de estos efectos permitirá obtener, eficientemente, los perfiles de expresión molecular que podrían permitir el desarrollo de métodos de diagnóstico basados en ellos. Con este trabajo se espera poner a disposición de investigadores de nuestro medio, herramientas y procedimientos de análisis que maximicen la eficiencia en el uso de los recursos asignados a la masiva captura de datos genómicos/proteómicos que permitan extraer información biológica relevante pertinente al análisis, clasificación o predicción de cáncer, el diseño de tratamientos y terapias específicos y el mejoramiento de los métodos de detección como así tambien aportar al entendimieto de la progresión tumoral mediante análisis computacional intensivo

Mudança do modo VVI para DDD ("upgrade") na troca eletiva do gerador de pulsos: análise comparativa clínico-funcional

OBJETIVO: Comparar o comportamento clínico e funcional dos modos de estimulação ventricular e atrioventricular na troca eletiva do gerador de pulsos em pacientes com cardiopatia chagásica e bloqueio atrioventricular. MÉTODOS: Foram estudados comparativamente sob estimulação ventricular e atrioventricular 27 pacientes, inicialmente na inclusão do estudo e alternadamente no modo ventricular e atrioventricular em duas fases com duração de 90 dias, considerando: o comportamento clínico, avaliado pela qualidade de vida e classe funcional, e o comportamento funcional, avaliado pela ecocardiografia transtorácica e pelo teste de caminhada de seis minutos. A análise estatística foi realizada na condição basal, modo ventricular e modo atrioventricular, utilizando-se o teste qui-quadrado e a análise de variância para medidas repetidas, considerando-se nível de significância de 0,05. RESULTADOS: A média das medidas avaliadas na qualidade de vida foram: capacidade funcional (VVI 71,3+/-18,2 , DDD 69,3+/-20,4), estado geral (VVI 68,1+/-21,8 , DDD 69,4+/-19,4) e vitalidade (VVI 64,8+/-24,6 , DDD 67,6+/-25,5); na ecocardiografia: FEVE (VVI 52,5+/-12,8 , DDD 51,8+/-14,9), DDFVE (VVI 53,0+/-7,7 , DDD 42,4+/-7,8), AE (VVI 38,6+/-5,4 DDD 38,5+/-5,1) e no teste de caminhada de seis minutos: distância percorrida (VVI 463,4+/-84,7 , DDD 462,6+/-63,4). Houve quatro casos de complicações: três associadas à mudança de modo de estimulação. CONCLUSÃO: Não houve diferença entre os dois modos de estimulação, no comportamento clínico, avaliado pela qualidade de vida e classe funcional e no comportamento funcional, avaliado pela ecocardiografia e pelo teste de caminhada de seis minutos.

Estrategias estadísticas y de aprendizaje automático en genómica y proteómica funcional.

El objetivo de este proyecto, enmarcado en el área de metodología de análisis en bioingeniería-biotecnología aplicadas al estudio del cáncer, es el análisis y caracterización a través de perfiles de expresión de proteínas y genes de las vías metabólicas asociadas a progresión tumoral. Dicho estudio se llevará a cabo mediante la utilización de tecnologías de alto rendimiento. Las mismas permiten evaluar miles de genes/proteínas en forma simultánea, generando así una gran cantidad de datos de expresión. Se hipotetiza que para un análisis e interpretación de la información subyacente, caracterizada por su abundancia y complejidad, podría realizarse mediante técnicas estadístico-computacionales eficientes en el contexto de modelos mixtos y técnicas de aprendizaje automático. Para que el análisis sea efectivo es necesario contemplar los efectos ocasionados por los diferentes factores experimentales ajenos al fenómeno biológico bajo estudio. Estos efectos pueden enmascarar la información subyacente y así perder informacion relevante en el contexto de progresión tumoral. La identificación de estos efectos permitirá obtener, eficientemente, los perfiles de expresión molecular que podrían permitir el desarrollo de métodos de diagnóstico basados en ellos. Con este trabajo se espera poner a disposición de investigadores de nuestro medio, herramientas y procedimientos de análisis que maximicen la eficiencia en el uso de los recursos asignados a la masiva captura de datos genómicos/proteómicos que permitan extraer información biológica relevante pertinente al análisis, clasificación o predicción de cáncer, el diseño de tratamientos y terapias específicos y el mejoramiento de los métodos de detección como así tambien aportar al entendimiento de la progresión tumoral mediante análisis computacional intensivo.

Tratamento de mandioca pela colquicina: III análise comparativa entre clones diplóides e tetraplóides

1) Um estudo sobre o modo de crescimento de alones tetraplóides de mandioca Vassourinha Paulista, obtido experimentalmente por meio da colquicina, foi feito em comparação ao crescimento de clones diplóides da mesma variedade. Três outros clones da mandiosa amargosa foram também incluidos na análise para comparação. As observações foram feitas nas hastes da primeira ramificação de cada planta e podem ser resumidas como segue: (Quadros n.°s 1 e 2). a) comprimento: Dos 6 clones tetraplóides analisados, 5 (n.°s 1, 3, 6, 5 e 7) tiveram um comprimento bem menor que o dos clones controles diplóides, mostrando assim serem plantas menores. Um único clone tetraplóide (n.° 15) teve um comprimento menor, porém com a média não estatisticamente diferente da média do clone diplóide. b) peso: Os seis clones tetraplóides formaram dois grupos, com relação ao peso das hastes: um grupo de 3 clones (n.°s 1, 3 e 6) com o peso médio diferente do peso médio dos controles e um grupo de 3 clones (n.°s 5, 7 e 15) com peso médio não diferindo dos controles. Estes resultados estão confirmados pelo valor do índice pêso/n.° de folhas. c) n.° de folhas: O número de folhas por unidade de comprimento foi praticamente o mesmo para os clones diplóides e tetraplóides, conforme se pode verificar pelos valores do índice comprimento/n.° de folhas. Pode-se concluir que os clones tetraplóides têm um hábito de crescimento diferente daquele dos clones diplóides; as plantas tetraplóides são menores que as diplóides e, entre os clones tetraplóides, houve também diferença, alguns clones tendo plantas mais finas que outros. As estacas da variedade Vassourinha Paulista, de onde partimos para a obtenção das formas poliplóides, não foram obtidas de uma única planta e assim não podemos garantir se a diferença verificada entre os clones tetraplóides seja devida a clones iniciais diferentes ou se produzida ainda pela colquicina. 2) A produção de raizes e ramas numa experiência de um ciclo vegetativo, em blocos ao acaso e cem 3 repetições, foi analisada e mostrou que a produção dos clones diplóides é maior que aquela dos clones tetraplóides (Quadro n.° 10). A produção dos clones tetraplóides não foi uniforme. Eles formaram uma seqüência de produção e pelo menos um clone, o de n.° 6, ficou significativamente fora do conjunto, quando a sua média foi comparada à média de raiz e rama obtidas do total de clones tetraplóides. Este clone foi o único tetraplóide do grupo de 3 com estacas mais finas, indicados na análise de crescimento, que entrou na experiência; êle confirma assim aquela separação. O índice rama/raiz foi menor para os clones diplóides que para os tetraplóides, indicando que a produção de raiz em relação à rama é menor nos clones tetraplóides, no primeiro ciclo, provavelmente devido ao retardamento de crescimento nos primeiros meses de vegetação, pois as plantas tetraplóides cresceram mais vagarosamente que as plantas diplóides. 3) Uma experiência com 2 ciclos vegetativos e 3 repetições, mostrou que o clone tetraplóide n.° 6 (Quadro n.° 20) é de fato diferente dos demais, tendo plantas muito pequenas e produção muito pequena no campo. Esta experiência mostrou também que o clone n.° 2, que foi o tetraplóide mais produtivo na experiência com um ciclo vegetativo, parece formar um outro grupo tetraplóide com relação a produção de raizes e ramas. Esta experiência de dois ciclos foi realizada com um espaçamento bastante grande, de modo a eliminar toda possível competição entre plantas; os valores médios de produção por planta, contidos no quadro n.° 20, servem para identificar um clone do outro mas não representam produção comercial. Com 2 ciclos vegetativos o índice rama/raiz torna-se igual para todos os clones, mostrando que, após o primeiro ciclo, a produção de raiz em relação à rama torna-se idêntica para todos os clones. A correlação positiva entre produção de rama e raiz é significante e grande, tanto com um como com 2 ciclos vegetativos. 4) Mais uma experiência com um ciclo vegetativo, feita sistematicamente e com os clones n.° 8 (controle) e clones tetraplóides n.°s 2 e 6, confirmou os resultados anteriores, isto é, que a produção por planta dos clones tetraplóides é menor que a produção dos clones diplóides e que existe diferença entre os clones tetraplóides obtidos (quadro n.° 26). O aproveitamento comercial dos melhores clones tetraplóides só poderá ser avaliado depois da realização de experiências de espaçamento, pois é possível que, com um maior número de plantas, possa se obter a mesma ou melhor produção que os clones diplóides, numa mesma área. O clone tetraplóide n.° 6 não suporta as condições de campo (Fig. 32) e é possível que, pelo pequeno tamanho de suas plantas, seja útil para condições hortícolas, uma questão já discutida em outra publicação (6). 5) Uma análise de estacas para plantação, medindo 20 cms. cada uma, mostrou que há diferença de peso entre estacas dos clones tetraplóides. O clone n.° 6 teve um valor médio menor e diferindo estatisticamente dos demais clones tetraplóides, confirmando assim outros resultados anteriores. 6) Um estudo detalhado sobre a percentagem de amido dos diferentes clones mostrou que os tetraplóides não diferem dos diplóides quanto ao teor amido e que eles não são também diferentes de 3 outros clones de mandioca amargosa incluidos na análise para comparação.

Fotointerpretação comparativa de fotografias pancromáticas coloridas e infravermelhas coloridas através da drenagem

O presente trabalho teve por objetivo avaliar quantitativamente as informações obtidas por diferentes tipos de fotografias. Os estudos basearam-se em fotografias pancromáticas, coloridas e infravermelhas coloridas de uma área teste localizada no município de Campinas - SP. A cobertura fotográfica denominada Missão 96 resultou da colaboração científica entre INPE - Instituto de Pesquisas Espaciais, NASA - National Aeronautics and Space Administration e IAC - Instituto Agronômico do Estado de São Paulo. A rede de drenagem foi o elemento de comparação tendo sido estudados dois parâmetros: número de segmentos de rios e comprimentos de rios. A rede de drenagem foi estudada em monoscopia e em estereoscopia, onde as medições foram efetuadas em amostras circulares de 10 km² (parcelas), sendo que o delineamento experimental foi o de parcelas inteiramente casualizadas. Os dados obtidos foram utilizados para avaliar a eficiência de cada tipo de fotografia, para; os parâmetros considerados. Para as condições estudadas, obteve-se as seguintes conclusões principais: a) a fotografia infravermelha forneceu maior número de informações comparativamente às fotografias pancromáticas e coloridas, as quais ofereceram resultados semelhantes; b) os resultados obtidos pela análise monoscópica da fotografia infravermelha foram semelhantes aos resultados obtidos pela análise estereoscópica da fotografia pancromática, o que pode facilitar bastante o processo fotointerpretativo.

Análise comparativa entre tipos de alimentação de Micrurus corallinus (Serpentes, Elapidae) em cativeiro

Micrurus corallinus (Merrem, 1820) kept in laboratory animal rooms swallow voluntarily various colubrid species. The most accepted species belong to the genera Sibynomorphus Fitzinger, 1843, Oxyrhopus Wagler, 1830 and Liophis Wagler, 1830. The voluntary feeding guaranteed resistance against pathogenic agents. The forced feeding was unsatisfactory due to stress resulting from handling, feeding frequency (30 days), susceptibility to pathogenic agents and high occurrence of pathologies.

Análise comparativa da estrutura populacional do ermitão endêmico do Atlântico Ocidental Loxopagurus loxochelis (Decapoda, Anomura) em duas regiões do estado de São Paulo, Brasil

A estrutura populacional do ermitão Loxopagurus loxochelis (Moreira, 1901) foi analisada por meio da distribuição de freqüência dos animais em classes de tamanho e da razão sexual. Espécimes foram coletados mensalmente no período de um ano (julho de 2002 a junho de 2003), em sete transectos (5 aos 35 m de profundidade), usando barco equipado com duas redes do tipo double-rig, nas enseadas de Caraguatatuba e de Ubatuba (Estado de São Paulo, Brasil). Em Caraguatatuba foram coletados 366 animais, sendo 222 machos (60,65%), 114 fêmeas não-ovígeras (31,15%) e 30 fêmeas ovígeras (8,20%) e, em Ubatuba, 126 ermitões, dos quais 81 machos (64,28%), 38 fêmeas não-ovígeras (30,16%) e sete fêmeas ovígeras (5,56%). Em Caraguatatuba, a alta incidência de fêmeas ovígeras ocorreu durante o inverno (julho de 2002), enquanto em Ubatuba, o número foi incipiente. O comprimento do escudo cefalotorácico variou de 2,0 a 7,9mm (5,29 ± 0,96mm) em Caraguatatuba, e em Ubatuba, de 2,7 a 7,5 mm (5,32 ± 0,95mm). A média de tamanho dos machos foi significativamente maior do que das fêmeas em ambas as áreas. A razão sexual total foi favorável aos machos (1,54:1 em Caraguatatuba e 1,9:1 em Ubatuba). Houve maior freqüência de machos nas últimas classes de tamanho, acompanhando os padrões observados em decápodes e evidenciando a existência de dimorfismo sexual em L. loxochelis. A distribuição de freqüência total foi unimodal para ambos os sexos, nas duas áreas. A presença de um número maior de machos em relação a fêmeas pode ser indício de que existam diferentes taxas de crescimento e de mortalidade entre os sexos, além de distribuição espacial diferencial entre estes. Apesar das diferentes características geomorfológicas entre as regiões de Caraguatatuba e Ubatuba, foi observada uma dinâmica de desenvolvimento similar para ambas as populações.

Morcegos da região sul do Brasil: análise comparativa da riqueza de espécies, novos registros e atualizações nomenclaturais (Mammalia, Chiroptera)

Uma análise comparativa da riqueza de espécies de morcegos da Região Sul do Brasil é apresentada, assim como análises de similaridades entre estados. O estado do Paraná apresentou a maior riqueza de espécies de morcegos, com 64 espécies, seguido por Santa Catarina com 46 e pelo Rio Grande do Sul com 40. A família Phyllostomidae influencia fortemente este padrão de riqueza. As distribuições geográficas de Trachops cirrhosus (Spix, 1823), Artibeus cinereus (Gervais, 1851) e Thyroptera tricolor Spix, 1823 são ampliadas até o Paraná, estabelecendo um novo limite sul de distribuição dessas espécies e da família Thyropteridae. Além disso, Myotis dinellii Thomas, 1902 foi registrado pela primeira vez no Brasil, em Santa Catarina e no Rio Grande do Sul, estabelecendo um novo limite leste para sua distribuição. Ainda, é ampliada a distribuição de Eptesicus taddeii Miranda, Bernardi & Passos, 2006 a partir de seu primeiro registro no estado do Rio Grande do Sul. Uma lista atualizada dos morcegos dos estados sul-brasileiros é apresentada bem como algumas adequações nomenclaturais. É enfatizada a importância do emprego de maiores esforços de campo para levantamentos da quiropterofauna, que assim podem contribuir para medidas de conservação embasadas em inventariamentos e coleções científicas representativas.

Análise comparativa da abundância do coral invasor Tubastraea spp: (Cnidaria, Anthozoa) em substratos naturais e artificiais na Ilha Grande, Rio de Janeiro, Brasil

Os corais exóticos coral-sol (Tubastraea coccinea Lesson, 1829 e T. tagusensis Wells, 1982) invadiram as comunidades biológicas sésseis dos costões rochosos da Baía da Ilha Grande, Rio de Janeiro, Brasil. Estruturas artificiais (piers, decks ou cais) foram selecionadas em quatro locais na Ilha Grande, e comparadas com substratos naturais adjacentes através de quantificação da densidade de cada espécie de Tubastraea, além da porcentagem de cobertura da biota bêntica. A densidade média geral de Tubastraea tagusensis foi de 80,3 indivíduos.m-2, aproximadamente o dobro encontrado para T. coccinea. Tendo em vista que sua presença alterou as abundâncias relativas e a riqueza de espécies, ambas as espécies invasoras modificaram a estrutura das comunidades invadidas. Tubastraea coccinea foi mais abundante em substratos artificiais do que naturais, porém, não foi detectada diferença na abundância de Tubastraea tagusensis entre substratos. A abundância de ambas as espécies variou com a profundidade e o local, e houve uma relação positiva entre a idade do substrato artificial e a abundância dos corais. Aparentemente T. tagusensis é competitivamente superior à T. coccinea, com uma inserção maior nas comunidades nativas em substratos naturais. Ambas as espécies tem grande potencial competitivo e podem utilizar substratos artificiais para iniciar seu estabelecimento em novos locais.

L’experiència dels darrers vint anys: una anàlisi comparativa de les cerimònies olímpiques

Article publicat a Papers: revista de sociologia (no. 38, 1992), que presenta una reflexió sobre el significat cultural dels Jocs Olímpics i compara les cerimònies de Los Angeles'84 i Seül'88 en perspectiva als Jocs de Barcelona'92.

Alguns aspectos da ecologia dos mosquitos (Diptera: Culicidae) de uma área de planície (Granjas Calábria), em Jacarepaguá, Rio de Janeiro. I. frequência comparativa das espécies em diferentes ambientes e métodos de coleta

Para estudar a ecologia dos mosquitos de planície litorânea do Rio de janeiro efetuamos, de agosto de 1981 a julho de 1983, uma série de coletas de adultos e formas imaturas numa fazenda, Granjas Calábria, em Jacarepaguá. Encontramos 50 espécies, inclusive nove que assinalamos pela primeira vez no Estado do Rio de Janeiro e várias transmissoras potenciais de doenças humanas. Neste primeiro artigo de uma série, apresentamos os resultados referentes á frequência comparativa dos adultos em diferentes ambientes e métodos de caputra. De 20.472 mosquitos adultos capturados, Mansonia titillans foi a espécie mais frequente, seguida de Aedes scapularis, phoniomyia deanei, Phoniomyia davisi e Culex saltanensis. Em isca humana a sequência foi a mesma. A fauna em armadilha luminosa não coincidiu com a de mosquitos capturados picando homem e animais, sendo Uranotaenia lowi a espécie mais assídua. As capturas em mata residual secundaria foram mais rendosas do que as realizadas em charco e ambientes descampados por ação antrópica, com exceção de Mansonia titillans, Coquillettidia venezuelensis, Culex amazonensis e Wyeomyia leucostigama em que essa diferença não se constatou ou se inverteu.

Caracterização biológica comparativa das cepas Berenice e Berenice-78 de Trypanosoma cruzi isoladas da mesma paciente em diferentes períodos

A amostra Berenice-78 de T. cruzi recém-isolada apresentou características bem distintas da cepa Berenice isolada há 16 anos da mesma paciente. Foram verificadas sua alta infectividade e baixa virulência para camundongos C3H isogênicos que sobreviveram à fase aguda da infecção. Os parasitas desta cepa apresentaram tropismo para os músculos esquelético e cardíaco, ascensão gradual da parasitemia ao longo de 25 passagens sangüíneas sucessivas e estabilidade da curva de parasitemia. A cepa Berenice apresentou as mesmas características descritas por Brener, Chiari & Alvarenga (1974) em relação ao tropismo e padrão da curva de parasitemia, sendo no entanto demonstrado que sua virulência para camundongos albinos continua aumentando com o decorrer do tempo. Foram discutidas a possibilidade de reinfecção da paciente Berenice e a importância do conhecimento de amostras de T. cruzi de baixa virulência para animais de laboratório.

Comparativa de la publicitat radiofònica entre Espanya i Itàlia. Estudi de les emissores Els 40 Principals y Radio Deejay

El treball final de carrera “Comparativa de la publicitat radiofònica entre Espanya i Itàlia. Estudi de les emissores Els 40 Principals i Radio Deejay”, és un anàlisi que pretén, mitjançant un estudi de cas de dues emissores de radiofórmula privades i nacionals, una espanyola i una italiana, comparar la publicitat radiofònica entre Espanya i Itàlia en cadenes musicals. L’estudi analitza la història, el target, la programació, la publicitat i les tarifes en cada una de les dues emissores per tal de trobar les semblances i diferències entre elles. La recerca es centra amb l’anàlisi dels tipus d’anunciants, l’estructura dels espais i formats publicitaris i l’anàlisi de la publicitat emesa en cada emissora en la franja horària del matí. Se n’extreuen conclusions que utilitzem com a referència per veure si a Espanya i a Itàlia aquest tipus d’emissores de ràdio usen les mateixes estratègies organitzatives i creatives, veure si en el passat i el present han seguit i segueixen un mateix camí o no.

La qualitat informativa de les agències a Catalunya. Comparativa entre EFE, Europa Press y ACN

Anàlisi de la qualitat informativa de les tres agències amb implantació a Catalunya – EFE, Europa Press i ACN – a través d’un estudi de la seva història, dels seus llibres d’estil i d’un anàlisi ortogràfic, gramàtic i lèxic de les notícies que publiquen.

Mirall trencat, del llibre a la televisió: anàlisi comparativa dels personatges femenins

Treball de recerca realitzat per una alumna d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l'any 2009. Partint de l’obra ‘Mirall trencat’ de Mercè Rodoreda, una de les més grans escriptores catalanes de tots els temps nascuda enguany fa un centenari, hem pretès fer una anàlisi interdisciplinària en relació amb l’adaptació televisiva duta a terme per J. M. Benet i Jornet. Amb la documentació prèvia com a antecedent, hem pres els personatges femenins principals (aquells més ben dibuixats en la novel•la) com a objecte del nostre estudi de manera que el treball pugui ser el més rigorós possible. Així doncs, el nostre resultat és una extensa anàlisi comparativa que parteix dels trets més característics de Teresa, Sofia, Maria i Armanda per arribar a reflectir la manera com aquests mateixos personatges són retratats a la sèrie.