CD80 and CD86 polymorphisms in populations of various ancestries: 5 new CD80 promoter alleles

CD80 and CD86 are closely linked genes on chromosome 3 that code for glycoproteins of the immunoglobulin superfamily, expressed on the surface of antigen-presenting cells. These costimulatory molecules play essential roles for stimulation and inhibition of T cells through binding to CD28 and CTLA-4 receptors. In this study, CD80 promoter and CD86 exon 8 polymorphisms were analyzed to investigate the genetic diversity and microevolution of the 2 genes. We genotyped 1,124 individuals, including Brazilians of predominantly European, mixed African and European, and Japanese ancestry, 5 Amerindian populations, and an African sample. All variants were observed in Africans, which suggests their origin in Africa before the human migrations out of that continent. Five new CD80 promoter alleles were identified and confirmed by cloning and sequencing, and promoter 2 is most likely the ancestral allele. Nucleotide -79 is monomorphic in 4 Amerindian populations, where the presence of the -79 G allele is probably the result of gene flow from non-Amerindians. (C) 2012 American Society for Histocompatibility and Immunogenetics. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

Polyphyly of the hawk genera Leucopternis and Buteogallus (Aves, Accipitridae): multiple habitat shifts during the Neotropical buteonine diversification

Abstract Background The family Accipitridae (hawks, eagles and Old World vultures) represents a large radiation of predatory birds with an almost global distribution, although most species of this family occur in the Neotropics. Despite great morphological and ecological diversity, the evolutionary relationships in the family have been poorly explored at all taxonomic levels. Using sequences from four mitochondrial genes (12S, ATP8, ATP6, and ND6), we reconstructed the phylogeny of the Neotropical forest hawk genus Leucopternis and most of the allied genera of Neotropical buteonines. Our goals were to infer the evolutionary relationships among species of Leucopternis, estimate their relationships to other buteonine genera, evaluate the phylogenetic significance of the white and black plumage patterns common to most Leucopternis species, and assess general patterns of diversification of the group with respect to species' affiliations with Neotropical regions and habitats. Results Our molecular phylogeny for the genus Leucopternis and its allies disagrees sharply with traditional taxonomic arrangements for the group, and we present new hypotheses of relationships for a number of species. The mtDNA phylogenetic trees derived from analysis of the combined data posit a polyphyletic relationship among species of Leucopternis, Buteogallus and Buteo. Three highly supported clades containing Leucopternis species were recovered in our phylogenetic reconstructions. The first clade consisted of the sister pairs L. lacernulatus and Buteogallus meridionalis, and Buteogallus urubitinga and Harpyhaliaetus coronatus, in addition to L. schistaceus and L. plumbeus. The second clade included the sister pair Leucopternis albicollis and L. occidentalis as well as L. polionotus. The third lineage comprised the sister pair L. melanops and L. kuhli, in addition to L. semiplumbeus and Buteo buteo. According to our results, the white and black plumage patterns have evolved at least twice in the group. Furthermore, species found to the east and west of the Andes (cis-Andean and trans-Andean, respectively) are not reciprocally monophyletic, nor are forest and non-forest species. Conclusion The polyphyly of Leucopternis, Buteogallus and Buteo establishes a lack of concordance of current Accipitridae taxonomy with the mtDNA phylogeny for the group, and points to the need for further phylogenetic analysis at all taxonomic levels in the family as also suggested by other recent analyses. Habitat shifts, as well as cis- and trans-Andean disjunctions, took place more than once during buteonine diversification in the Neotropical region. Overemphasis of the black and white plumage patterns has led to questionable conclusions regarding the relationships of Leucopternis species, and suggests more generally that plumage characters should be used with considerable caution in the taxonomic evaluation of the Accipitridae.

Desmodus rotundus and Artibeus spp. bats might present distinct rabies virus lineages

In Brazil, bats have been assigned an increasing importance in public health as they are important rabies reservoirs. Phylogenetic studies have shown that rabies virus (RABV) strains from frugivorous bats Artibeus spp. are closely associated to those from the vampire bat Desmodus rotundus, but little is known about the molecular diversity of RABV in Artibeus spp. The N and G genes of RABV isolated from Artibeus spp. and cattle infected by D. rotundus were sequenced, and phylogenetic trees were constructed. The N gene nucleotides tree showed three clusters: one for D. rotundus and two for Artibeus spp. Regarding putative N amino acid-trees, two clusters were formed, one for D. rotundus and another for Artibeus spp. RABV G gene phylogeny supported the distinction between D. rotundus and Artibeus spp. strains. These results show the intricate host relationship of RABV's evolutionary history, and are invaluable for the determination of RABV infection sources.

Metodi molecolari nello studio della variabilità genetica di Tuber borchii

Tuber borchii (Ascomycota, order Pezizales) is highly valued truffle sold in local markets in Italy. Despite its economic importance, knowledge on its distribution and population variation is scarce. The objective of this work was to investigate the evolutionary forces shaping the genetic structure of this fungus using coalescent and phylogenetic methods to reconstruct the evolutionary history of populations in Italy. To assess population structure, 61 specimens were collected from 11 different Provinces of Italy. Sampling was stratified across hosts and habitats to maximize coverage in native oak and pine stands and both mychorrizae and fruiting bodies were collected. Samples were identified considering anatomo-morphological characters. DNA was extracted and both multilocus (AFLP) and single-locus (18 loci from rDNA, nDNA, and mtDNA) approaches were used to look for polymorphisms. Screening AFLP profiles, both Jaccard and Dice coefficients of similarity were utilized to transform binary matrix into a distance matrix and then to desume Neighbour-Joining trees. Though these are only preliminary examinations, phylogenetic trees were totally concordant with those deriving from single locus analyses. Phylogenetic analyses of the nuclear loci were performed using maximum likelihood with PAUP and a combined phylogenetic inference, using Bayesian estimation with all nuclear gene regions, was carried out. To reconstruct the evolutionary history, we estimated recurrent migration, migration across the history of the sample, and estimated the mutation and approximate age of mutations in each tree using SNAP Workbench. The combined phylogenetic tree using Bayesian estimation suggests that there are two main haplotypes that are difficult to be differentiated on the basis of morphology, of ecological parameters and symbiontic tree. Between these two lineages, that occur in sympatry within T. borchii populations, there is no evidence of recurrent migration. However, migration over the history of the sample was asymmetrical suggesting that isolation was a result of interrupted gene flow followed by range expansion. Low levels of divergence between the haplotypes indicate that there are likely to be two cryptic species within the T. borchii population sampled. Our results suggest that isolation between populations of T. borchii could have led to reproductive isolation between two lineages. This isolation is likely due to sympatric speciation caused by a multiple colonization from different refugia or a recent isolation. In attempting to determinate whether these haplotypes represent separate species or a partition of the same species we applied Biological and Mechanistic species Concepts. Notwithstanding, further analyses are necessary to evaluate if selection favoured premating or post-mating isolation.

Molekulare Evolution der Intermediärfilament-Proteine des Flussneunauges Lampetra fluviatilis

Über cDNA-Banken und RT-PCR wurden erstmals 15 Intermediärfilament-Proteine (IF-Proteine) des Flussneunauges Lampetra fluviatilis (Agnatha, kieferlose Wirbeltiere) kloniert und sequenziert: drei Typ I-Keratine, vier Typ II-Keratine, fünf keratinartige IF-Proteine (drei Kγ, zwei Kα), die Typ III-Proteine Vimentin und Desmin sowie ein Typ IV-Neurofilament-Protein (NF).Die IF-Proteine wurden aus verschiedenen Organen isoliert und durch zweidimensionale Polyacrylamid-Gelelektrophorese (2D-PAGE) aufgetrennt. Biochemische sowie massenspektrometrische Analysen anhand der 2D-PAGE ermöglichten in Kombination mit den Sequenzdaten die Identifizierung von Vimentin, Desmin sowie aller sequenzierten Keratine bis auf zwei der fünf Kα/Kγ-Proteine. Die meisten Keratine ließen sich darüber hinaus in die Kategorien „E“ (von „epidermal“) und „S“ (von „simple epithelial“) einteilen.Von den sequenzierten Keratinen ist das IIS-Keratin K8 wahrscheinlich ortholog zu den bekannten K8-Sequenzen höherer Vertebraten. Die Bezeichnung K18 für das einzige IS-Keratin des Neunauges in Anlehnung an das IS-Keratin K18 des Menschen basiert auf der stets beobachteten Koexpression mit K8 in einfachen Epithelien.Die Sequenz des Neunaugen-Vimentins zeigt große Übereinstimmungen mit den bekannten Desminsequenzen der Vertebraten. Die keratinartigen Proteine Kα und Kγ sind bis jetzt nur von Agnathen (Neunaugen und Schleimaale) bekannt.In molekularen Stammbäumen können K8, K18, Vimentin, Desmin und das NF_L des Neunauges gut als Außengruppe definiert werden.

Zur Evolution des Cytoskeletts beim Sibirischen Stör Acipenser baeri

Im Rahmen meiner Arbeit wurden erstmals die Intermediärfilament-Proteine (IF-Proteine) des Sibirischen Störs Acipenser baeri (Strahlenflosser, Knorpelganoid) kloniert und sequenziert. Aus einer cDNA-Bank konnten die Sequenzen von 13 IF-Proteine gewonnen werden. Von insgesamt zehn Keratinen codieren sieben für Typ I-Keratine und drei für Typ II. Zusätzlich konnten noch Desmin, Vimentin und ein Lamin identifiziert werden. Je einem Typ I- (K13) und einem Typ-II-Keratin (K2) fehlen wenige Aminosäuren in der Head-Domäne.Cytoskelett-Präparationen aus Epidermis, Mitteldarm, Magen und Kieme wurden mittels 2D-PAGE aufgetrennt. Durch Einsatz des CKBB-Test und Immunoblots wurden die verschiedenen Typ I und II-Keratine sowie Desmin und Vimentin identifiziert. Die gewebsspezifische Expression der Keratine ermöglichte zumeist ihre Einteilung in 'E' (epidermal) und 'S' ('simple epithelial').Die MALDI-MS-Analyse einer 2D-PAGE-Koelektrophorese von Seitenflosse und Mitteldarm zeigte, daß die 34 vorhandenen Proteinflecke auf nur 13 verschiedene IF-Proteine zurückgehen. Neun dieser Flecke konnten Sequenzen zugewiesen werden. Zusammen mit den verbleibenden vier Proteinflecken ergeben sich für den Stör nunmehr insgesamt 17 bekannte IF-Proteine. Von drei biochemisch identifizierten IS-Keratinen kommt eines nur im Mitteldarm vor und nur einem konnte eine Sequenz zugeordnet werden (K18). Dem einzigen Typ IIS-Keratin konnte keine Sequenz zugeordnet werden, wahrscheinlich handelt es sich um dabei um das K8-Orthologe. Jedem der fünf Typ IE-Proteine konnte eine Sequenz zugeordnet werden (K10 bis K14), ebenso wie dem einzigen identifizierten Typ IIE-Keratin (K2). Von den Typ III-Proteinen wurden Desmin und Vimentin ihren Proteinflecken zugeordnet. Die nicht zugeordnete Sequenz aba-k1 codiert möglicherweise für ein IIE-Keratin, während aba-k15 vermutlich die Sequenz für ein IE-Keratin enthält. Bei den Proteinflecken, denen eine Sequenz zugeordnet werden konnten, kann für Aba-K2 die Zugehörigkeit zum IIE-Typ angenommen werden, während es sich bei Aba-K10 wahrscheinlich um ein IE-Keratin handelt.Durch Datenbankvergleiche und molekulare Stammbäume konnte die Zugehörigkeit der identifizierten Lamin-Sequenz zum B3-Subtyp der Vertebraten gezeigt werden.Die Daten der Biochemie und indirekten Immunfluoreszenzmikroskopie zeigen, daß Keratine in Epithelien und Vimentin in mesenchymalen Geweben vorkommen. Es existieren starke Hinweise, daß im letzten Gewebetyp Keratine auch koexprimiert werden. Desmin kommt in großen Mengen im Magen und im Mitteldarm vor und stellt dort das prominenteste Protein.Mit den gewonnenen Sequenzdaten wurden molekulare Stammbäume und Sequenzidentitäten berechnet. Die daraus resultierenden Konsequenzen für die Verwandtschaftsverhältnisse der verschiedenen IF-Proteine sowie der Wirbeltiere werden diskutiert.

Charakterisierung von Arthropodenhämocyaninen

Verschiedene cDNA-Banken wurden erstellt, andere waren bereits vorhanden. Diese Expressionsbanken wurden mittels Antikörper- bzw. Sondenscreening auf Hämocyanin- bzw. bei den Insekten auch auf Hexamerinklone durchmustert. Dabei gelang es, diverse Hämocyaninunter-einheiten zu identifizieren und zu sequenzieren. Die erarbeiteten Sequenzen wurden im An-schluss für phylogenetische Studien benutzt. Es konnte hierbei gezeigt werden, dass die so-genannte „Tracheata-Hypothese“ immer unwahrscheinlicher wird. Diese geht von einer Schwestergruppenstellung der Hexapoda und der Myriapoda aus. Die hier gemachten Unter-suchungen widersprechen dieser Hypothese eindeutig. Die Ergebnisse stützen vielmehr die „Pancrustacea-Hypothese“. In den Stammbäumen sind die Crustaceenhämocyanine eindeutig in naher Verwandtschaft zu den paraphyletisch entstandenen Insektenhämocyaninen angeordnet. Ob die Crustaceen monophyletischen Ursprungs sind, kann nicht eindeutig beurteilt werden, es bestehen aber weiterhin begründete Zweifel. Die Myriapodenhämocyanine stehen in Schwestergruppenstellung zu den Crustaceen und den Insektenhämocyaninen. Dies weist auf ein gemeinsames Taxon der Mandibulata hin. Die systematische Stellung der Myriapoden innerhalb der Arthropoden kann allerdings nicht abschließend geklärt werden. Dazu ist eine weitergehende Aufklärung von Hämocyaninsequenzen in diesem Arthropodentaxon notwendig.

Phylogeny of Western Palaearctic long-eared bats (Mammalia, Chiroptera, Plecotus) - a molecular perspective

Die Phylogenie der Westpaläarktischen Langohren (Mammalia, Chiroptera, Plecotus) – eine molekulare Analyse Die Langohren stellen eine Fledermausgattung dar, die fast alle westpaläarktischen Habitate bist zum Polarkreis hin besiedeln und in vielerlei Hinsicht rätselhaft sind. In der Vergangenheit wurden zahlreiche Formen und Varietäten beschrieben. Trotzdem galt für lange Zeit, dass nur zwei Arten in Europa anerkannt wurden. Weitere Arten waren aus Nordafrika, den Kanaren und Asien bekannt, aber auch deren Artstatus wurde vielfach in Frage gestellt. In der vorliegenden Dissertation habe ich mittels molekularer Daten,der partiellen Sequenzierung mitochondrialer Gene (16S rRNA und ND1), sowie der mitochondrialen Kontrollregion, eine molekular Analyse der phylogenetischen Verwandtschaftsverhältnisse innerhalb und zwischen den Linien der westpaläarktischen Langohren durchgeführt. Die besten Substitutionsmodelle wurden berechnet und phylogenetische Bäume mit Hilfe vier verschiedener Methoden konstruiert: dem neighbor joining Verfahren (NJ), dem maximum likelihood Verfahren (ML), dem maximum parsimony Verfahren (MP) und dem Bayesian Verfahren. Sechs Linien der Langohren sind genetisch auf einem Artniveau differenziert: Plecotus auritus, P. austriacus, P. balensis, P. christii, P. sardus, und P. macrobullaris. Im Falle der Arten P. teneriffae, P. kolombatovici und P. begognae ist die alleinige Interpretation der genetischen Daten einzelner mitochondrialer Gene für eine Festlegung des taxonomischen Ranges nicht ausreichend. Ich beschreibe in dieser Dissertation drei neue Taxa: Plecotus sardus, P. kolombatovici gaisleri (=Plecotus teneriffae gaisleri, Benda et al. 2004) and P. macrobullaris alpinus [=Plecotus alpinus, Kiefer & Veith 2002). Morphologische Kennzeichen, insbesondere für die Erkennung im Feld, werden hier dargestellt. Drei der sieben Arten sind polytypisch: P. auritus (eine west- und ein osteuropäische Linie, eine sardische Linie und eine aktuell entdeckte kaukasische Linie, Plecotus kolombatovici (P. k. kolombatovici, P. k. gaisleri und P. k. ssp.) und P. macrobullaris (P. m. macrobullaris und P. m. alpinus). Die Verbreitungsgebiete der meisten Arten werden in dieser Arbeit erstmals ausschließlich anhand genetisch zugeordneter Tiere dargestellt.Die Untersuchung der ökologischen Einnischung der nun anerkannten Formen, insbesondere in Gebieten sympatrischer Verbreitung, bietet ein spannendes und lohnendes Feld für zukünftige Forschungen. Nicht zuletzt muss sich die Entdeckung eines beachtlichen Anteils kryptischer Diversität innerhalb der westpaläarktischen Langohren auch bei der Entwicklung spezieller Artenschutzkonzepte widerspiegeln.

Molekularbiologische Charakterisierung der beiden Untereinheiten des Mega-Hämocyanins der Schnecke Melanoides tuberculata

Bei dem 2010 von unserer Arbeitsgruppe entdeckten Mega-Hämocyanin handelt es sich um einen stark abgewandelten Typ des respiratorischen Proteins Hämocyanin, bestehend aus zwei flankierenden regulären Dekameren und einem zentralen Mega-Dekamer. Diese sind aus zwei immunologisch verschiedenen Untereinheiten mit ~400 bzw. ~550 kDa aufgebaut, die in unserer Arbeitsgruppe bereits proteinbiochemisch charakterisiert wurden. Im Zuge dieser Untersuchungen konnte zudem eine 3D-Rekonstruktion des Oligomers (13,5 MDa) mit einer Auflösung von 13Å erstellt werden. Das Ziel der vorliegenden Arbeit war die Aufklärung der Primärstruktur beider Polypeptide bei der Schnecke Melanoides tuberculata (MtH). Es gelang, die cDNAs der beiden Untereinheiten vollständig zu sequenzieren. Die zu typischen Dekameren assemblierende MtH400-Untereinheit umfasst 3445 Aminosäuren und besitzt eine theoretische Molekularmasse von 390 kDa. Nach dem Signalpeptid von 23 Aminosäuren Länge folgen die für Gastropoden-Hämocyanine typischen funktionellen Einheiten FU-a bis FU-h. Insgesamt verfügt die MtH400-Untereinheit über sechs potentielle N-Glykosylierungsstellen. Die MtH550-Untereinheit, welche mit 10 Kopien das Mega-Dekamer bildet, umfasst 4999 Aminosäuren und besitzt eine theoretische Molekularmasse von 567 kDa. Damit handelt es sich bei dieser Untereinheit um die zweitgrößte jemals bei einem Protein detektierte Polypeptidkette. Die MtH550-Untereinheit besteht aus einem Signalpeptid von 20 Aminosäuren Länge und den typischen Wand-FUs (FU-a bis FU-f). Daran anschließend folgen sechs weitere Varianten der FU-f (FU-f1 bis FU-f6). Die MtH550-Untereinheit verfügt über insgesamt zwölf potentielle N-Glykosylierungsstellen. Anhand der ermittelten Primärstrukturdaten wird klar, dass der auffällig vergrößerte Kragenbereich des Mega-Dekamers aus je 10 Kopien der FU-f1 bis FU-f6 besteht. Die ermittelten Sequenzdaten der beiden MtH-Untereinheiten weisen im Vergleich zu anderen Hämocyanin Sequenzen einige sehr charakteristische Indels sowie unübliche N-Glykosylierungsstellen auf. Es war zudem möglich, anhand einer molekularen Uhr den Entstehungszeitpunkt des Mega-Hämocyanins zu datieren (145 ± 35 MYA). Sowohl die Topologie als auch die berechneten Trennungszeitpunkte des an allen Verzweigungen gut unterstützten Stammbaums stimmen mit den bisher publizierten und auf Hämocyanindaten basierenden molekularen Uhren überein.

Prokaryotic community structure in ultra-slow spreading Southwest Indian Ridge.

The Southwest Indian Ridge segment that extends between 10° and 16° E has the slowest spreading rate of any other oceanic ridge (about 8.4 mm/year). In 2013 during the expedition ANTXXIX/8 seismology, geology, microbiology, heat flow analyses were carried out. Here, no hydrothermal plumes or black smoker systems were found but the results of the survey allowed to identify areas with peculiar characteristics: Area 1 with higher heat flux bsf; Area 2 where in 2002 the presence of hydrothermal emissions was hypothesized (Bach et al., 2002); Area 3 with anomalies of methane, ammonium, sulphide and dissolved inorganic carbon in pore water sediment profiles, and recovery of fauna vents. All these aspects suggest the presence of a hydrothermal circulation. Using Illumina 16S gene tag, statistical tools and phylogenetic trees, I provided a biological proof of the presence of hydrothermal circulation in this ridge segment. At Area 3, alpha and beta diversity indexes showed similarities with those described for venting microbial communities and about 40-70% of the dominant microbial community was found phylogenetically related to clones isolated hydrothermal-driven environments. Although the majority of chemosynthetic environment related taxa were not classified like autotrophic prokaryotes, some of them are key taxa in support of the presence of hydrothermal circulation, since they are partners of consortia or mediate specific reaction typically described for hydrothermal and seep environments, or are specialized organisms in exploiting labile organic substrates. Concluding, these results are remarkable because support the importance of ultra slow spreading ridge systems in contributing to global geochemical cycles and larval dispersion of vent fauna.

Basfia succiniciproducens gen. nov., sp. nov., a new member of the family Pasteurellaceae isolated from bovine rumen

Gram-negative, coccoid, non-motile bacteria that are catalase-, urease- and indole-negative, facultatively anaerobic and oxidase-positive were isolated from the bovine rumen using an improved selective medium for members of the Pasteurellaceae. All strains produced significant amounts of succinic acid under anaerobic conditions with glucose as substrate. Phenotypic characterization and multilocus sequence analysis (MLSA) using 16S rRNA, rpoB, infB and recN genes were performed on seven independent isolates. All four genes showed high sequence similarity to their counterparts in the genome sequence of the patent strain MBEL55E, but less than 95 % 16S rRNA gene sequence similarity to any other species of the Pasteurellaceae. Genetically these strains form a very homogeneous group in individual as well as combined phylogenetic trees, clearly separated from other genera of the family from which they can also be separated based on phenotypic markers. Genome relatedness as deduced from the recN gene showed high interspecies similarities, but again low similarity to any of the established genera of the family. No toxicity towards bovine, human or fish cells was observed and no RTX toxin genes were detected in members of the new taxon. Based on phylogenetic clustering in the MLSA analysis, the low genetic similarity to other genera and the phenotypic distinction, we suggest to classify these bovine rumen isolates as Basfia succiniciproducens gen. nov., sp. nov. The type strain is JF4016(T) (=DSM 22022(T) =CCUG 57335(T)).

Application of Discrete Fourier Inter-Coefficient Difference for Assessing Genetic Sequence Similarity

Digital signal processing (DSP) techniques for biological sequence analysis continue to grow in popularity due to the inherent digital nature of these sequences. DSP methods have demonstrated early success for detection of coding regions in a gene. Recently, these methods are being used to establish DNA gene similarity. We present the inter-coefficient difference (ICD) transformation, a novel extension of the discrete Fourier transformation, which can be applied to any DNA sequence. The ICD method is a mathematical, alignment-free DNA comparison method that generates a genetic signature for any DNA sequence that is used to generate relative measures of similarity among DNA sequences. We demonstrate our method on a set of insulin genes obtained from an evolutionarily wide range of species, and on a set of avian influenza viral sequences, which represents a set of highly similar sequences. We compare phylogenetic trees generated using our technique against trees generated using traditional alignment techniques for similarity and demonstrate that the ICD method produces a highly accurate tree without requiring an alignment prior to establishing sequence similarity.

Nicoletella semolina gen. nov., sp. nov., a new member of Pasteurellaceae isolated from horses with airway disease

Gram-negative, nonmotile bacteria that are catalase, oxidase, and urease positive are regularly isolated from the airways of horses with clinical signs of respiratory disease. On the basis of the findings by a polyphasic approach, we propose that these strains be classified as Nicoletella semolina gen. nov, sp. nov., a new member of the family Pasteurellaceae. N. semolina reduces nitrate to nitrite but is otherwise biochemically inert; this includes the lack of an ability to ferment glucose and other sugars. Growth is fastidious, and the isolates have a distinctive colony morphology, with the colonies being dry and waxy and looking like a semolina particle that can be moved around on an agar plate without losing their shape. DNA-DNA hybridization data and multilocus phylogenetic analysis, including 16S rRNA gene (rDNA), rpoB, and infB sequencing, clearly placed N. semolina as a new genus in the family Pasteurellaceae. In all the phylogenetic trees constructed, N. semolina is on a distinct branch displaying approximately 5% 16S rDNA, approximately 16% rpoB, and approximately 20% infB sequence divergence from its nearest relative within the family Pasteurellaceae. High degrees of conservation of the 16S rDNA (99.8%), rpoB (99.6%), and infB (99.7%) sequences exist within the species, indicating that N. semolina isolates not only are phenotypically homogeneous but also are genetically homogeneous. The type strain of N. semolina is CCUG43639(T) (DSM16380(T)).

Clustering of HCV coinfections on HIV phylogeny indicates domestic and sexual transmission of HCV

BACKGROUND: HCV coinfection remains a major cause of morbidity and mortality among HIV-infected individuals and its incidence has increased dramatically in HIV-infected men who have sex with men(MSM). METHODS: Hepatitis C virus (HCV) coinfection in the Swiss HIV Cohort Study(SHCS) was studied by combining clinical data with HIV-1 pol-sequences from the SHCS Drug Resistance Database(DRDB). We inferred maximum-likelihood phylogenetic trees, determined Swiss HIV-transmission pairs as monophyletic patient pairs, and then considered the distribution of HCV on those pairs. RESULTS: Among the 9748 patients in the SHCS-DRDB with known HCV status, 2768(28%) were HCV-positive. Focusing on subtype B(7644 patients), we identified 1555 potential HIV-1 transmission pairs. There, we found that, even after controlling for transmission group, calendar year, age and sex, the odds for an HCV coinfection were increased by an odds ratio (OR) of 3.2 [95% confidence interval (CI) 2.2, 4.7) if a patient clustered with another HCV-positive case. This strong association persisted if transmission groups of intravenous drug users (IDUs), MSMs and heterosexuals (HETs) were considered separately(in all cases OR >2). Finally we found that HCV incidence was increased by a hazard ratio of 2.1 (1.1, 3.8) for individuals paired with an HCV-positive partner. CONCLUSIONS: Patients whose HIV virus is closely related to the HIV virus of HIV/HCV-coinfected patients have a higher risk for carrying or acquiring HCV themselves. This indicates the occurrence of domestic and sexual HCV transmission and allows the identification of patients with a high HCV-infection risk.

Copying, emergence, and digital reproduction

This talk combines concepts of the copying of manuscripts in the age before mechanical reproduction (as described in W. Benjamin’s famous Artwork-essay), of the emergence of non-vertical evolution (as to be found in textual ‘contamination’ and in horizontal gene transfer alike), and of the electronic reproduction of such phenomena (as presented in scholarly digital editions and phylogenetic trees). The guiding idea is that ‘copying’, ‘emergence’, and ‘(digital) reproduction’ enable variation depending on particular physical or biological forms, on contextual or environmental conditions, as well as on user habits or receptive fields. – Is it possible to develop a theory of copying and reproduction on this base? The material of the talk will be drawn from the Parzival-Project, a critical electronic edition of an Arthurian romance, composed by the German poet Wolfram von Eschenbach shortly after 1200 and transmitted in over eighty witnesses.