Medicalgenomics.org : an open source database and retrieval system for biomedical analysis

Die Molekularbiologie von Menschen ist ein hochkomplexes und vielfältiges Themengebiet, in dem in vielen Bereichen geforscht wird. Der Fokus liegt hier insbesondere auf den Bereichen der Genomik, Proteomik, Transkriptomik und Metabolomik, und Jahre der Forschung haben große Mengen an wertvollen Daten zusammengetragen. Diese Ansammlung wächst stetig und auch für die Zukunft ist keine Stagnation absehbar. Mittlerweile aber hat diese permanente Informationsflut wertvolles Wissen in unüberschaubaren, digitalen Datenbergen begraben und das Sammeln von forschungsspezifischen und zuverlässigen Informationen zu einer großen Herausforderung werden lassen. Die in dieser Dissertation präsentierte Arbeit hat ein umfassendes Kompendium von humanen Geweben für biomedizinische Analysen generiert. Es trägt den Namen medicalgenomics.org und hat diverse biomedizinische Probleme auf der Suche nach spezifischem Wissen in zahlreichen Datenbanken gelöst. Das Kompendium ist das erste seiner Art und sein gewonnenes Wissen wird Wissenschaftlern helfen, einen besseren systematischen Überblick über spezifische Gene oder funktionaler Profile, mit Sicht auf Regulation sowie pathologische und physiologische Bedingungen, zu bekommen. Darüber hinaus ermöglichen verschiedene Abfragemethoden eine effiziente Analyse von signalgebenden Ereignissen, metabolischen Stoffwechselwegen sowie das Studieren der Gene auf der Expressionsebene. Die gesamte Vielfalt dieser Abfrageoptionen ermöglicht den Wissenschaftlern hoch spezialisierte, genetische Straßenkarten zu erstellen, mit deren Hilfe zukünftige Experimente genauer geplant werden können. Infolgedessen können wertvolle Ressourcen und Zeit eingespart werden, bei steigenden Erfolgsaussichten. Des Weiteren kann das umfassende Wissen des Kompendiums genutzt werden, um biomedizinische Hypothesen zu generieren und zu überprüfen.

Metodologie open source per la simulazione numerica di banchi di flussaggio per motori a combustione interna

Valutazione di software open source per la simulazione di banchi di flussaggio stazionari. Analisi dei risultati e confronto con dati sperimentali e con dati ottenuti da un software commerciale. Il toolbox usato è OpenFOAM.

Il crowdsourcing per la localizzazione: Il caso di una app open source per dispositivi android

Questo elaborato si propone di analizzare le pratiche della localizzazione nel caso particolare del software destinato ai dispositivi mobili. Le innovazioni tecnologiche hanno portato grandi novità nell’ambiente della localizzazione, sia per quanto riguarda l’approccio, sia per le tecnologie e le tecniche utilizzate. In questa tesi di Laurea saranno anche approfonditi gli aspetti di un nuovo approccio alla traduzione in costante espansione, i fenomeni di traduzione collaborativa e traduzione in crowdsourcing. Nel capitolo 1 viene trattato il fenomeno della localizzazione, partendo dalle sue origini e ripercorrendo la sua storia per cercare di darne una definizione condivisa e delinearne le caratteristiche fondamentali, analizzando i vari fenomeni coinvolti nel processo. Il capitolo 2 affronta il tema della traduzione collaborativa e del crescente numero di community online di traduzione in crowdsourcing, un fenomeno recente che desta curiosità, ma anche preoccupazione all’interno degli ambienti della traduzione, in quanto molti sono i dubbi che pervadono i traduttori professionisti circa il ruolo che verrebbero a ricoprire in questo nuovo mercato linguistico. Nel capitolo 3 sono descritti i vari passaggi che un localizzatore deve compiere nel momento in cui affronta un progetto di localizzazione di una app per il sistema operativo Android, partendo dalla ricerca della stessa fino alla pubblicazione della versione localizzata sullo store o sui diversi repository online. Nel capitolo 4, infine, viene analizzato più approfonditamente Crowdin, uno dei sistemi di traduzione assistita collaborativi online, applicandolo nella pratica alla traduzione di una app per dispositivi mobili dotati di sistema operativo Android. Ne verranno descritti i diversi approcci, a seconda che l’utente sia un project manager oppure un traduttore freelance. Per concludere saranno trattati gli aspetti salienti della traduzione pratica di una app per Android.

Migrazione concorrente di macchine virtuali su piattaforme open source

Questa tesi si pone l’obiettivo di effettuare un’analisi aggiornata sulla recente evoluzione del Cloud Computing e dei nuovi modelli architetturali a sostegno della continua crescita di richiesta di risorse di computazione, di storage e di rete all'interno dei data center, per poi dedicarsi ad una fase sperimentale di migrazioni live singole e concorrenti di macchine virtuali, studiandone le prestazioni a livello di risorse applicative e di rete all’interno della piattaforma open source di virtualizzazione QEMU-KVM, oggi alla base di sistemi cloud-based come Openstack. Nel primo capitolo, viene effettuato uno studio dello stato dell’arte del Cloud Computing, dei suoi attuali limiti e delle prospettive offerte da un modello di Cloud Federation nel futuro immediato. Nel secondo capitolo vengono discusse nel dettaglio le tecniche di live migration, di recente riferimento per la comunità scientifica internazionale e le possibili ottimizzazioni in scenari inter e intra data center, con l’intento di definire la base teorica per lo studio approfondito dell’implementazione effettiva del processo di migrazione su piattaforma QEMU-KVM, che viene affrontato nel terzo capitolo. In particolare, in quest’ultimo sono descritti i principi architetturali e di funzionamento dell'hypervisor e viene definito il modello di progettazione e l’algoritmo alla base del processo di migrazione. Nel quarto capitolo, infine, si presenta il lavoro svolto, le scelte configurative e progettuali per la creazione di un ambiente di testbed adatto allo studio di sessioni di live migration concorrenti e vengono discussi i risultati delle misure di performance e del comportamento del sistema, tramite le sperimentazioni effettuate.

Il rilievo della facciata della chiesa di Santa Lucia a Bologna, mediante sistemi fotogrammetrici a basso costo e open source.

Questo elaborato presenta una procedura di rilievo eseguito con la scansione Laser e la Fotogrammetria per lo studio della facciata della Chiesa di Santa Lucia in Bologna e le successive elaborazioni dei dati tramite software di correlazione automatica Open Source e commerciali Low Cost basati sui principi della Structure from Motion. Nel particolare, il rilievo laser è stato eseguito da 5 posizioni diverse e tramite l’utilizzo di 7 target, mentre il rilievo fotogrammetrico è stato di tipo speditivo poiché le prese sono state eseguite solo da terra ed è stato impiegato un tempo di lavoro minimo (una decina di minuti). I punti di appoggio per la georeferenziazione dei dati fotogrammetrici sono stati estratti dal datum fornito dal laser e dal set di fotogrammi a disposizione è stato ottenuta una nuvola di punti densa tramite programmi Open Source e con software commerciali. Si sono quindi potuti operare confronti tra i risultati ottenuti con la fotogrammetria e tra il dato che si aveva di riferimento, cioè il modello tridimensionale ottenuto grazie al rilievo laser. In questo modo si è potuto verificare l’accuratezza dei risultati ottenuti con la fotogrammetria ed è stato possibile determinare quale calcolo teorico approssimativo dell’errore poteva essere funzionante per questo caso di studio e casi simili. Inoltre viene mostrato come produrre un foto raddrizzamento tramite l’utilizzo di una sola foto utilizzando un programma freeware. Successivamente è stata vettorializzata la facciata della chiesa ed è stata valutata l’accuratezza di tale prodotto, sempre confrontandola con il dato di riferimento, ed infine è stato determinato quale calcolo teorico dell’errore poteva essere utilizzato in questo caso. Infine, avendo notato la diffusione nel commercio odierno della stampa di oggetti 3D, è stato proposto un procedimento per passare da una nuvola di punti tridimensionale ad un modello 3D stampato.

Analisi delle prestazioni di un codice di calcolo open-source per l'elaborazione dati GNSS in modalità cinematica finalizzata al monitoraggio di strutture e applicazione di filtri sequenziali

Il presente lavoro di tesi si pone come obbiettivo l’elaborazione di dati GNSS in modalità cinematica post-processing per il monitoraggio strutturale e, in una seconda fase, lo studio delle precisioni raggiungibili delle soluzioni ottenute utilizzando algoritmi di post-elaborazione del dato. L’oggetto di studio è la torre Garisenda, situata in piazza Ravegnana, accanto alla torre Asinelli, nel centro storico di Bologna, da tempo oggetto di studi e monitoraggi per via della sua inclinazione particolarmente critica. Per lo studio è stato utilizzato un data set di quindici giorni, dal 15/12/2013 al 29/12/2013 compresi. Per l’elaborazione dei dati è stato utilizzato un software open source realizzato da ricercatori del Politecnico di Milano, goGPS. Quest'ultimo, essendo un codice nuovo, è stato necessario testarlo al fine di poter ottenere dei risultati validi. Nella prima fase della tesi si è quindi affrontato l’aspetto della calibrazione dei parametri che forniscono le soluzioni più precise per le finalità di monitoraggio considerando le possibili scelte offerte dal codice goGPS. In particolare sono stati imposti dei movimenti calibrati e si è osservata la soluzione al variare dei parametri selezionati scegliendo poi quella migliore, ossia il miglior compromesso tra la capacità di individuare i movimenti e il rumore della serie. Nella seconda fase, allo scopo di poter migliorare le precisioni delle soluzioni si sono valutati metodi di correzione delle soluzioni basati sull'uso di filtri sequenziali e sono state condotte analisi sull'incremento di precisione derivante dall'applicazione di tali correzioni.

MARVIN: a medical research application framework based on open source software

This paper describes the open source framework MARVIN for rapid application development in the field of biomedical and clinical research. MARVIN applications consist of modules that can be plugged together in order to provide the functionality required for a specific experimental scenario. Application modules work on a common patient database that is used to store and organize medical data as well as derived data. MARVIN provides a flexible input/output system with support for many file formats including DICOM, various 2D image formats and surface mesh data. Furthermore, it implements an advanced visualization system and interfaces to a wide range of 3D tracking hardware. Since it uses only highly portable libraries, MARVIN applications run on Unix/Linux, Mac OS X and Microsoft Windows.

Model Driven Architecture (MDA): Integration and Model Reuse for Open Source eLearning Platforms

Open Source (OS) community offers numerous eLearning platforms of both types: Learning Management Systems (LMS) and Learning Content Systems (LCS). General purpose OS intermediaries such as SourceForge, ObjectWeb, Apache or specialized intermediaries like CampusSource reduce the cost to locate such eLearning platforms. Still, it is impossible to directly compare the functionalities of those OS software products without performing detailed testing on each product. Some articles available from eLearning Wikipedia show comparisons between eLearning platforms which can help, but at the end they barely serve as documentation which are becoming out of date quickly [1]. The absence of integration activities between OS eLearning platforms - which are sometimes quite similar in terms of functionalities and implementation technologies - is sometimes critical since most of the OS projects possess small financial and human resources. This paper shows a possible solution for these barriers of OS eLearning platforms. We propose the Model Driven Architecture (MDA) concept to capture functionalities and to identify similarities between available OS eLearning platforms. This contribution evolved from a fruitful discussion at the 2nd CampusSource Developer Conference at the University of Muenster (27th August 2004).

Towards an Open Source Framework for Collaborative Problem-Based Learning Environments

This paper presents our research works in the domain of Collaborative Environments centred on Problem Based Learning (PBL) and taking advantage of existing Electronic Documents. We first present the modelling and engineering problems that we want to address; then we discuss technological issues of such a research particularly the use of OpenUSS and of the Enterprise Java Open Source Architecture (EJOSA) to implement such collaborative PBL environments.

Open Source und Kartellrecht

„Open source and European antitrust laws: An analysis of copyleft and the prohibition of software license fees on the basis of art. 101 TFEU and the block exemptions“ Open source software and open source licenses (like the GNU GPL) are not only relevant for computer nerds or activists – they are already business. They are for example the fundament of LINUX, the only real rival of MICROSOFT’s WINDOWS-line in the field of operating systems for IBM PC compatibles. Art. 101 TFEU (like the identical predecessor art. 81 TEC) as part of the EU antitrust laws prohibits contract terms like price fixing and some forms of technology control. Are copyleft – the „viral effect“, the „cancer“ – and the interdiction of software license fees in the cross hairs of this legal rule? On the other side the European Union has since 2004 a new Technology Transfer Block Exemption with software license agreements for the first time in its scope: a safe harbour and a dry place under a umbrella for open source software? After the introduction (A) with a description of open source software the following text analyses the system of the European Unions competition law respectivley antitrust law and the requirements of the block exemptions (B). Starting point of antitrust analysis are undertakings – but who are the untertakings (C) in the field of widespread, independent developers as part of the „bazar organization“? To see how much open source has to fear from the law of the European Union, at the end the anti competitive and pro competitive effects of open source are totalized within the legal framework (D). The conclusion (E) shows: not nothing, but not much.

Open Source Studie Schweiz 2015

Die vierte Ausgabe der Open Source Schweiz Studie beschreibt die Erfahrungen und Meinungen von 200 Schweizer Organisationen mit Open Source Software. 38 Behörden, 98 ICT-Unternehmen sowie 64 Firmen und Organisationen aus anderen Branchen haben Einblick gegeben, wie und weshalb sie Open Source Software einsetzen und wo die Hindernisse liegen.