Soroepidemiologia e caracterização molecular da infecção pelo Vírus linfotrópico de células T humanas 1 e 2 (HTLV-1/2) em mulheres gestantes na cidade de Belém, Pará

A infecção pelo HTLV-1/2 já foi investigada em diversas populações, mostrando prevalência variável conforme a área geográfica, grupos étnicos e subpopulações analisadas. Em estudos brasileiros foi observada uma maior prevalência nos Estados da Bahia e do Pará. O presente estudo teve como objetivo avaliar a prevalência do HTLV em mulheres grávidas na cidade de Belém, Pará, por meio de técnicas sorológicas e moleculares. Foram coletadas 1.027 amostras de sangue e alíquotas de plasmas foram testadas para a presença de anticorpos anti-HTLV-1/2, utilizando o método imunoenzimático do tipo ELISA. A confirmação da infecção e diferenciação dos tipos e subtipos virais foi realizada por meio da Reação em Cadeia mediada pela Polimerase em duas etapas (Nested PCR) através da amplificação gênica das regiões pX, env e 5’LTR seguido da análise de RFLP e seqüenciamento. Foram detectados seis (0,58%) casos de sororreatividade para o HTLV que posteriormente foram confirmados pela amplificação de um fragmento de 159 pb da região pX. A análise de RFLP com a enzima TaqI mostrou que quatro (66,7%) amostras eram positivas para HTLV-1 e duas (33,3%) para HTLV-2. Uma das amostras HTLV-2 teve o fragmento de 630 pb do gene env amplificado. A análise com a endonuclease XhoI mostrou a presença de um perfil de RFLP característico dos subtipos HTLV-2a/2c. Duas amostras HTLV-1 e uma HTLV-2 tiveram a região 5’LTR amplificada e seqüenciada. Por meio da análise filogenética foi possível classificar as amostras HTLV-1 como Cosmopolita Transcontinental e a HTLV-2 como pertencente ao subtipo HTLV-2c. Esse estudo mostra a relevância de se introduzir o teste para HTLV na triagem pré-natal, a fim de reduzir transmissão vertical e horizontal em nosso estado.

Estudo da organização e mapeamento cromossômico do elemento transponível Rex1 em espécies do gênero Astyanax Baird & Girard, 1854 (Characiformes: Characidae) provenientes de diferentes bacias hidrográficas

O gênero Astyanax apresenta uma extensa variabilidade em suas fórmulas cariotípicas, as quais acompanham sua diversidade biológica. Estes dados fazem com que a taxonomia do gênero ainda seja confusa, devido à grande plasticidade fenotípica existente entre as populações e a ausência de caracteres morfológicos confiáveis para sua correta identificação. Por outro lado, a análise das sequências e distribuição cromossômica do retrotransposon Rex1 revelou pouca variabilidade. As diferenças encontradas com relação às sequências deste retrotransposon mostram que as variações podem estar associadas à distribuição geográfica das espécies, visto que as espécies mais distantes geograficamente revelaram maiores diferenças em sua composição nucleotídica. A distribuição cromossômica desse elemento mostrou-se conservada entre as espécies do gênero, com marcações dispersas pelos genomas dos mesmos, contribuindo com a ideia de que esses elementos podem se acumular em regiões genômicas específicas dentro de cada grupo de peixes, sendo que esta tendência é maior para peixes do mesmo grupo e menor para grupos diferentes. Deste modo, a ampla distribuição de Rex1 observada nas espécies estudadas sugere que esse elemento pode ter sido incorporado há muito tempo nos genomas desses peixes, e que vem desempenhando um papel importante na evolução do grupo. Ainda assim, devido à grande diversidade encontrada no gênero, mais estudos podem contribuir tanto para o melhor entendimento da taxonomia de Astyanax, como da dinâmica evolutiva dos retrotransposons no gênero e em outros grupos de peixes

Tropical Africa as a cradle for horizontal transfers of transposable elements between species of the genus Drosophila and Zaprionus

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise comparativa de genes das caseínas de búfalo

Pós-graduação em Genética e Melhoramento Animal - FCAV

Chromosomal location of retrotransposable REX 1 in the genomes in five Prochilodus (Teleostei: Characiformes)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Differential expression of a retrotransposable element, Rex6, in Colossoma macropomum fish from different Amazonian environments

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Large distribution and high sequence identity of a Copia-type retrotransposon in angiosperm families

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Transposable elements as a potential source for understanding the fish genome

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Isolamento de sequências repetitivas do genoma de espécies do gênero Ancistrus (Siluriformes: Loricariidae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Organização cromossômica e molecular do DNAr 5S em duas espécies de gafanhotos do gênero Abracris (Acrididae/Ommatolampidinae)

Os DNAs repetitivos compõem grande porção dos genomas eucariotos e estão organizados em distintos grupos, essencialmente DNAs satélite, microsatélites, minisatélites, elementos de transposição (transposons e retrotransposons) e famílias multigênicas. Estas sequências têm sido úteis nas análises cromossômicas com enfoque em estudos de diversificação cariotípica e de estrutura e evolução dos genomas. Os gafanhotos da família Acrididae representam o grupo com maior diversidade da ordem Orthoptera e apresentam do ponto de vista cromossômico ampla conservação com 2n=23,X0 (macho) na maioria das espécies estudadas. Análises enfocando o entendimento da estrutura das sequências de DNAs repetitivos neste grupo são escassas, e em geral restritas ao mapeamento de algumas famílias multigênicas. Outras sequências repetitivas, tais como DNAs satélites, genes de histonas e DNAr 5S foram realizadas principalmente em espécies de Acridídeos ocorrentes na Europa. No presente trabalho foram isolados e caracterizados do ponto de vista cromossômico e molecular o gene de DNAr 5S e seu espaçador não transcrito (NTS) nas espécies de acridídeos (Ommatolampidinae) Abracris flavolineata e Abracris dilecta. Estas análises permitiram um aprofundamento no conhecimento da estrutura/evolução desta sequência de DNA repetitivo entre as duas espécies, testando-se os possíveis modelos de evolução para esta sequência, que incluem evolução em concerto, nascimento e morte ou modelo misto

Providing Reliable Data Transport for Dynamic Event Sensing in Wireless Sensor Networks

In this paper, we propose a Loss Tolerant Reliable (LTR) data transport mechanism for dynamic Event Sensing (LTRES) in WSNs. In LTRES, a reliable event sensing requirement at the transport layer is dynamically determined by the sink. A distributed source rate adaptation mechanism is designed, incorporating a loss rate based lightweight congestion control mechanism, to regulate the data traffic injected into the network so that the reliability requirement can be satisfied. An equation based fair rate control algorithm is used to improve the fairness among the LTRES flows sharing the congestion path. The performance evaluations show that LTRES can provide LTR data transport service for multiple events with short convergence time, low lost rate and high overall bandwidth utilization.

Organização cromossômica e molecular do DNAr 5S em duas espécies de gafanhotos do gênero Abracris (Acrididae/Ommatolampidinae)

Os DNAs repetitivos compõem grande porção dos genomas eucariotos e estão organizados em distintos grupos, essencialmente DNAs satélite, microsatélites, minisatélites, elementos de transposição (transposons e retrotransposons) e famílias multigênicas. Estas sequências têm sido úteis nas análises cromossômicas com enfoque em estudos de diversificação cariotípica e de estrutura e evolução dos genomas. Os gafanhotos da família Acrididae representam o grupo com maior diversidade da ordem Orthoptera e apresentam do ponto de vista cromossômico ampla conservação com 2n=23,X0 (macho) na maioria das espécies estudadas. Análises enfocando o entendimento da estrutura das sequências de DNAs repetitivos neste grupo são escassas, e em geral restritas ao mapeamento de algumas famílias multigênicas. Outras sequências repetitivas, tais como DNAs satélites, genes de histonas e DNAr 5S foram realizadas principalmente em espécies de Acridídeos ocorrentes na Europa. No presente trabalho foram isolados e caracterizados do ponto de vista cromossômico e molecular o gene de DNAr 5S e seu espaçador não transcrito (NTS) nas espécies de acridídeos (Ommatolampidinae) Abracris flavolineata e Abracris dilecta. Estas análises permitiram um aprofundamento no conhecimento da estrutura/evolução desta sequência de DNA repetitivo entre as duas espécies, testando-se os possíveis modelos de evolução para esta sequência, que incluem evolução em concerto, nascimento e morte ou modelo misto

Cloning and characterisation of a novel chromosome end repeat enriched with homopolymeric (dA)/(dT) DNA in Rhynchosciara americana (Diptera: Sciaridae)

Short tandem DNA repeats and telomerase compose the telomere structure in the vast majority of eukaryotic organisms. However, such a conserved organisation has not been found in dipterans. While telomeric DNA in Drosophila is composed of specific retrotransposons, complex terminal tandem repeats are present in chromosomes of Anopheles and chironomid species. In the sciarid Rhynchosciara americana, short repeats (16 and 22 bp long) tandemly arrayed seem to reach chromosome ends. Moreover, in situ hybridisation data using homopolymeric RNA probes suggested in this species the existence of a third putative chromosome end repeat enriched with (dA).(dT) homopolymers. In this work, chromosome micro-dissection and PCR primed by homopolymeric primers were employed to clone these repeats. Named T-14 and 93 % AT-rich, the repetitive unit is 14 bp long and appears organised in tandem arrays. It is localised in five non-centromeric ends and in four interstitial bands of R. americana chromosomes. To date, T-14 is the shortest repeat that has been characterised in chromosome ends of dipterans. As observed for short tandem repeats identified previously in chromosome ends of R. americana, the T-14 probe hybridised to bridges connecting non-homologous polytene chromosome ends, indicative of close association of T-14 repeats with the very end of the chromosomes. The results of this work suggest that R. americana represents an additional example of organism provided with more than one DNA sequence that is able to reach chromosome termini.

Phylogenetic and Similarity Analysis of HTLV-1 Isolates from HIV-Coinfected Patients from the South and Southeast Regions of Brazil

HTLV-1 is endemic in Brazil and HIV/ HTLV-1 coinfection has been detected, mostly in the northeast region. Cosmopolitan HTLV-1a is the main subtype that circulates in Brazil. This study characterized 17 HTLV-1 isolates from HIV coinfected patients of southern (n = 7) and southeastern (n = 10) Brazil. HTLV-1 provirus DNA was amplified by nested PCR (env and LTR) and sequenced. Env sequences (705 bp) from 15 isolates and LTR sequences (731 bp) from 17 isolates showed 99.5% and 98.8% similarity among sequences, respectively. Comparing these sequences with ATK (HTLV-1a) and Mel5 (HTLV-1c) prototypes, similarities of 99% and 97.4%, respectively, for env and LTR with ATK, and 91.6% and 90.3% with Mel5, were detected. Phylogenetic analysis showed that all sequences belonged to the transcontinental subgroup A of the Cosmopolitan subtype, clustering in two Latin American clusters.

Microcollinearity between autopolyploid sugarcane and diploid sorghum genomes

Abstract Background Sugarcane (Saccharum spp.) has become an increasingly important crop for its leading role in biofuel production. The high sugar content species S. officinarum is an octoploid without known diploid or tetraploid progenitors. Commercial sugarcane cultivars are hybrids between S. officinarum and wild species S. spontaneum with ploidy at ~12×. The complex autopolyploid sugarcane genome has not been characterized at the DNA sequence level. Results The microsynteny between sugarcane and sorghum was assessed by comparing 454 pyrosequences of 20 sugarcane bacterial artificial chromosomes (BACs) with sorghum sequences. These 20 BACs were selected by hybridization of 1961 single copy sorghum overgo probes to the sugarcane BAC library with one sugarcane BAC corresponding to each of the 20 sorghum chromosome arms. The genic regions of the sugarcane BACs shared an average of 95.2% sequence identity with sorghum, and the sorghum genome was used as a template to order sequence contigs covering 78.2% of the 20 BAC sequences. About 53.1% of the sugarcane BAC sequences are aligned with sorghum sequence. The unaligned regions contain non-coding and repetitive sequences. Within the aligned sequences, 209 genes were annotated in sugarcane and 202 in sorghum. Seventeen genes appeared to be sugarcane-specific and all validated by sugarcane ESTs, while 12 appeared sorghum-specific but only one validated by sorghum ESTs. Twelve of the 17 sugarcane-specific genes have no match in the non-redundant protein database in GenBank, perhaps encoding proteins for sugarcane-specific processes. The sorghum orthologous regions appeared to have expanded relative to sugarcane, mostly by the increase of retrotransposons. Conclusions The sugarcane and sorghum genomes are mostly collinear in the genic regions, and the sorghum genome can be used as a template for assembling much of the genic DNA of the autopolyploid sugarcane genome. The comparable gene density between sugarcane BACs and corresponding sorghum sequences defied the notion that polyploidy species might have faster pace of gene loss due to the redundancy of multiple alleles at each locus.