MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.

BACKGROUND: DNA sequence integrity, mRNA concentrations and protein-DNA interactions have been subject to genome-wide analyses based on microarrays with ever increasing efficiency and reliability over the past fifteen years. However, very recently novel technologies for Ultra High-Throughput DNA Sequencing (UHTS) have been harnessed to study these phenomena with unprecedented precision. As a consequence, the extensive bioinformatics environment available for array data management, analysis, interpretation and publication must be extended to include these novel sequencing data types. DESCRIPTION: MIMAS was originally conceived as a simple, convenient and local Microarray Information Management and Annotation System focused on GeneChips for expression profiling studies. MIMAS 3.0 enables users to manage data from high-density oligonucleotide SNP Chips, expression arrays (both 3'UTR and tiling) and promoter arrays, BeadArrays as well as UHTS data using MIAME-compliant standardized vocabulary. Importantly, researchers can export data in MAGE-TAB format and upload them to the EBI's ArrayExpress certified data repository using a one-step procedure. CONCLUSION: We have vastly extended the capability of the system such that it processes the data output of six types of GeneChips (Affymetrix), two different BeadArrays for mRNA and miRNA (Illumina) and the Genome Analyzer (a popular Ultra-High Throughput DNA Sequencer, Illumina), without compromising on its flexibility and user-friendliness. MIMAS, appropriately renamed into Multiomics Information Management and Annotation System, is currently used by scientists working in approximately 50 academic laboratories and genomics platforms in Switzerland and France. MIMAS 3.0 is freely available via http://multiomics.sourceforge.net/.

Desarrollo de un sistema de clasificación de recursos electrónicos en el ámbito de la lógica matemática

El presente trabajo define una taxonomía para la clasificación de recursos digitales del ámbito de la lógica tradicional, y más concretamente los recursos que se podrían generar en el ámbito de la asignatura de Lógica Matemática del plan de estudios de las titulaciones de Ingeniería Técnica de Gestión y de Sistemas impartidas en la Universitat Oberta de Catalunya (UOC).

Desarrollo de un índice espacial para la extensión JASPA sobre H2

El presente trabajo tiene por objetivo ofrecer una solución para la creación de un índice espacial para la extensión JASPA (Java SPAtial) sobre la base de datos H2. El algoritmo de indexación elegido para la implementación del índice espacial ha sido el Rtree.La implementación se ha realizado con el lenguaje de programación Java lo que ha facilitado su integración con la extensión JASPA y la base de datos H2, dado que ambos proyectos están codificados en el mismo lenguaje. El índice es persistente en memoria secundaria en una tabla de la propia base de datos H2.La solución que se propone está limitada a operaciones espaciales en dos dimensiones y es lo suficientemente flexible como para que no se haya necesitado modificar ni el código fuente de JASPA, ni de H2. Además, se ha previsto que el algoritmo de indexación se pueda mejorar o sustituir fácilmente.Por último, se ha tenido en cuenta que el proceso de creación y manipulación de los índices espaciales sea intuitivo y fácil de usar.

ARI: Agent Recaptador d'Informació : desenvolupament d'una aplicació que reculli informació de portals web dedicats a la gestió de premsa

Tenint en compte l’evolució a Internet dels portals d’informació dels mitjans de comunicació, sorgeix la idea d’un motor de cerca orientat a la recaptació de notícies dispersades per les diferents pàgines web dels grans mitjans de comunicació espanyols, que permetés obtenir informació sobre “descriptors contractats” pels usuaris d’un portal. El primer objectiu és l’anàlisi de les necessitats que es volen cobrir per a un hipotètic client de l’aplicació, el segon és en l’àmbit algorítmic, cal obtenir una metodologia de treball que permeti l’obtenció de la notícia. En l’àmbit de la programació es consideren tres etapes: descarregar les pàgines web necessàries, que es farà mitjançant les eines que proporciona la llibreria cUrl; l’anàlisi de les notícies (obtenir tots els enllaços que corresponen a notícies, filtrar els descriptors per decidir si cal guardar la notícia, analitzar l’estructura interna de les notícies seleccionades per guardar-ne només les parts establertes), i la base de dades que ens ha de permetre organitzar i gestionar les notícies escollides

Neural correlates of alerting and orienting impairment in multiple sclerosis patients.

BACKGROUND A considerable percentage of multiple sclerosis patients have attentional impairment, but understanding its neurophysiological basis remains a challenge. The Attention Network Test allows 3 attentional networks to be studied. Previous behavioural studies using this test have shown that the alerting network is impaired in multiple sclerosis. The aim of this study was to identify neurophysiological indexes of the attention impairment in relapsing-remitting multiple sclerosis patients using this test. RESULTS After general slowing had been removed in patients group to isolate the effects of each condition, some behavioral differences between them were obtained. About Contingent Negative Variation, a statistically significant decrement were found in the amplitude for Central and Spatial Cue Conditions for patient group (p<0.05). ANOVAs showed for the patient group a significant latency delay for P1 and N1 components (p<0.05) and a decrease of P3 amplitude for congruent and incongruent stimuli (p<0.01). With regard to correlation analysis, PASAT-3s and SDMT showed significant correlations with behavioral measures of the Attention Network Test (p<0.01) and an ERP parameter (CNV amplitude). CONCLUSIONS Behavioral data are highly correlated with the neuropsychological scores and show that the alerting and orienting mechanisms in the patient group were impaired. Reduced amplitude for the Contingent Negative Variation in the patient group suggests that this component could be a physiological marker related to the alerting and orienting impairment in relapsing-remitting multiple sclerosis. P1 and N1 delayed latencies are evidence of the demyelination process that causes impairment in the first steps of the visual sensory processing. Lastly, P3 amplitude shows a general decrease for the pathological group probably indexing a more central impairment. These results suggest that the Attention Network Test give evidence of multiple levels of attention impairment, which could help in the assessment and treatment of relapsing-remitting multiple sclerosis patients.

The work environment and leadership in nursing: an integrative review

Objective: To investigate the relationship between the work environment and leadership in nursing. Method: An integrative review of literature which was based on data from LILACS, PubMed, CINAHL and the SciELO portal for journals covering the period from January to April 2013. The inclusion criteria were: the indexing of research covering leadership exercised by nurses over a team and whether the research was available in English, Spanish or Portuguese. Results: The sample consisted of 12 articles that met the criteria. Conclusion: The results showed that leadership had an impact on the work environment. However, no studies were found that showed the influence of the working environment on leadership in nursing.

Aging and the lateralization of oscillatory activities related to external and internal motor preparation

Selection of action may rely on external guidance or be motivated internally, engaging partially distinct cerebral networks. With age, there is an increased allocation of sensorimotor processing resources, accompanied by a reduced differentiation between the two networks of action selection. The present study examines the age effects on the motor-related oscillatory patterns related to the preparation of externally and internally guided movements. Thirty-two older and 30 younger adults underwent three delayed motor tasks with S1 as preparatory and S2 as imperative cue: Full, laterality instructed by S1 (external guidance); Free, laterality freely selected (internal guidance); None, laterality instructed by S2 (no preparation). Electroencephalogram (EEG) was recorded using 64 surface electrodes. Motor-Related Amplitude Asymmetries (MRAA), indexing the lateralization of oscillatory activities, were analyzed within the S1-S2 interval in the mu (9-12 Hz) and low beta (15-20 Hz) motor-related frequency bands. Reaction times to S2 were slower in older than younger subjects, and slower in the Free than in the Full condition in older subjects only. In the Full condition, there were significant mu MRAA in both age groups, and significant low beta MRAA only in older adults. The Free condition was associated with large mu MRAA in younger adults and limited low beta MRAA in older adults. In younger subjects, the lateralization of mu activity in both Full and Free conditions indicated effective external and internal motor preparation. In older subjects, external motor preparation was associated with lateralization of low beta in addition with mu activity, compatible with an increase of motor-related resources. In contrast, absence of mu and limited low beta lateralization in internal motor preparation was concomitant with reaction time slowing and suggested less efficient cerebral processes subtending free movement selection in older adults, indicating reduced capacity for internally driven action with age.

The wage effect of an indexation clause: Evidence from Spanish manufacturing firms

An endogenous switching model of ex-ante wage changes under indexed and non-indexed settlements is estimated for the Spanish manufacturing sector using collective bargaining firm data for the 1984-1991 period. The likelihood of indexing the settlement is higher for nationwide unions than for other union groups within the works council and increases with the expected level of inflation. For wage change equations, a common structure for indexed and non-indexed settlements is strongly rejected, showing a source of nominal rigidity. For indexed contracts, the expected ex-ante total inflation coverage is nearly complete. It is also shown that workers pay a significant ex-ante wage change premium (differential) to obtain a cost of living allowance clause. However, the realised contingent compensation exceeds such a premium for all industries. Finally, important spillover effects in wage setting and the decision to index the settlement have been detected.

Portable alphas from pension mispricing

We introduce a new dynamic trading strategy based on the systematic misspricing of U.S. companies sponsoring Defined Benefit pension plans. This portfolio produces an average return of 1.51% monthly between 1989 and 2004, with a Sharpe Ratio of 0.26. The returns of the strategy are not explained by those of primary assets. These returns are not related to those of benchmarks in the alternative investments industry either. Hence, we are in the presence of a "pure alpha" strategy that can be ported into a large variety of portfolios to significantly enhance their performance.

Marcia J. Bates: El context i la interacció han de ser elements bàsics en els sistemes de recuperació de la informació

Entrevista a Marcia J. Bates a la University od California at Los Angeles i experta en sistemes de recuperació de la Informació orientats a l'usuari i en representació del contingut i accés per matèries. Es parla de l'evolució de les tecnologies i l'automatització de tasques que requereixen la capacitat de raonament de la persona, del comportament de l'usuari quan cerca per matèries, de la formació en competències en el maneig de la informació, de la necessitat del context en la indexació i la recuperació per matèries, i l'empatia en les relacions entre bibliotecaris i usuaris.

MIAR: hacia un entorno colaborativo de editores, autores y evaluadores de revistas

Se describe la evolución del proyecto MIAR (Matriu d'Informació per l'Avaluació de Revistes), un sistema originalmente diseñado para cuantificar la indización en bases de datos de revistas de humanidades y ciencias sociales. Sin embargo, a la vista del panorama de recursos de evaluación actualmente disponibles en España, los autores plantean la transformación de MIAR hacia un portal colaborativo en el que todos los interesados puedan difundir las principales características de las revistas en las que participan directa o indirectamente. Se estudia una transformación del proyecto contemplando el uso de redes sociales, sistemas de votación y de sugerencia, y la aplicación de tecnologías como open linked data que permiten una mayor difusión y socialización de los datos recogidos para cada publicación. De esta manera los datos podrían ser mejor aprovechados por los tres colectivos más directamente interesados: evaluadores, editores y autores/lectores.

Avaluació de les metadades com a eina d'indexació i recuperació al web de la Biblioteca de la Universitat de Barcelona

Coincidint amb la renovació del web de la Biblioteca de la Universitat de Barcelona, al mes de juny s'inicià un procés d'avaluació amb l'objectiu de replantejar la utilització de les metadades com a eina d'indexació i recuperació de continguts de pàgines web. L'article s'estructura en tres parts principals. En una primera part, s'estableixen els antecedents del web de la Biblioteca, l'origen i la forma de la inclusió de metadades en les seves pàgines i l'evolució del tema fins a arribar al moment de l'avaluació. Tot seguit, s'exposen totes les dades analitzades en el procés d'avaluació fet, partint de conceptes i aspectes teòrics fonamentals de l'anàlisi de contingut. L'apartat de conclusions amb què finalitza l'article parteix de la interpretació de les dades dels dos processos de manera relacionada per oferir un seguit d'indicacions o pautes que cal tenir en compte en el replantejament de la utilització de metadades com a eina de representació de contingut i de recuperació d'informació de les pàgines web de la BUB.

Arquitectura de la Información en entornos web

La arquitectura de la información, partiendo de los sólidos principios clásicos dela ciencia de la información tradicional, nace hacia finales de los años 90. Es una disciplina encargada de estructurar, organizar y etiquetarlos elementos que conforman los entorno sin formacionales para facilitar la búsqueda yrecuperación de la información que contieneny mejorar, así, la utilidad y el aprovechamientode la misma por parte de sus usuarios. Entrelos principales sistemas o estructuras que conforman la anatomía arquitectónica de un sitio web destacan los sistemas de organización,de etiquetado, de navegación, de búsqueda y los vocabularios controlados. Respecto a su praxis, la elaboración de la anatomía arquitectónica de un sitio webse centra en los aspectos relacionados con las necesidades de sus usuarios tipo.

La revista Biblioteconomía (1944-1976) o com l'anàlisi del contingut i els llenguatges documentals interessaven als professionals de l'època

Analysis of information on the classification and indexing of the entire run of Biblioteconomía (1944-1976), the bulletin of the School of Librarians of Barcelona. Selection criteria included items directly related to the issue at hand, such as documental languages (classifications and subject heading lists) and subject catalogues (in both alphabetic and shelf order). Although the intention was to achieve a comprehensive analysis, priority was given to the importance and value of the information selected. Only those items considered to be significant within the chosen theme were chosen.