Análise genética de escores de avaliação visual de bovinos com modelos bayesianos de limiar e linear

O objetivo deste trabalho foi comparar as estimativas de parâmetros genéticos obtidas em análises bayesianas uni-característica e bi-característica, em modelo animal linear e de limiar, considerando-se as características categóricas morfológicas de bovinos da raça Nelore. Os dados de musculosidade, estrutura física e conformação foram obtidos entre 2000 e 2005, em 3.864 animais de 13 fazendas participantes do Programa Nelore Brasil. Foram realizadas análises bayesianas uni e bi-características, em modelos de limiar e linear. de modo geral, os modelos de limiar e linear foram eficientes na estimação dos parâmetros genéticos para escores visuais em análises bayesianas uni-características. Nas análises bi-características, observou-se que: com utilização de dados contínuos e categóricos, o modelo de limiar proporcionou estimativas de correlação genética de maior magnitude do que aquelas do modelo linear; e com o uso de dados categóricos, as estimativas de herdabilidade foram semelhantes. A vantagem do modelo linear foi o menor tempo gasto no processamento das análises. Na avaliação genética de animais para escores visuais, o uso do modelo de limiar ou linear não influenciou a classificação dos animais, quanto aos valores genéticos preditos, o que indica que ambos os modelos podem ser utilizados em programas de melhoramento genético.

Comparação entre critérios de seleção de precocidade sexual e a associação destes com características de crescimento em bovinos Nelore

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Variation in the host preferences and responses of Ascia monuste orseis Godart (Lepidoptera: Pieridae) to cultivars of collard greens Brassica oleracea (L.) var. acephala

This work evaluated the preference of Ascia monuste orseis among 29 cultivars of collard greens through free- and no-choice assays using female adults (attractiveness and oviposition) and third-instar larvae (feeding preference), in both laboratory and greenhouse conditions. In free-choice tests with female adults, the L, V, Y, H, A, and Z cultivars produced oviposition non-preference in butterflies. Cultivars R, P, C, and D produced feeding non-preference in third-instar larvae of A. monuste orseis in free- and no-choice tests. Our findings may be useful for genetic improvement focusing on the development of B. oleracea var. acephala cultivars resistant to A. monuste orseis.

Estrutura genética de populações de melhoramento de Pinus caribaea var. Hondurensis por meio de marcadores microssatélites

O Pinus caribaea var. hondurensis Barret & Golfari tem elevada importância como espécie comercialmente plantada; aproximadamente 1,8 milhões de hectares estão ocupados por plantios desta espécie no Brasil. O trabalho teve como objetivo verificar por meio de marcadores microssatélites a variabilidade genética em Pinus caribaea var. hondurensis, bem como sua manutenção durante o processo de melhoramento genético, dentro de uma população- base de melhoramento, uma população de matrizes selecionadas e uma população melhorada F1. Para a realização das análises foi necessária a transferência de primers desenvolvidos para locos microssatélites de outras espécies do gênero. Dos 20 pares de primers testados, 8 foram transferidos para a espécie (RPS 25b, RPS 150, PSM 2, PR 4.6, PtTX 2037, PtTX 3029, RPTest 01 e RPTest 09). Verificou-se a existência de endogamia entre e dentro das populações estudadas, e o maior valor observado entre as populações foi F ST = 0,0213 (população base e F1). A heterozigosidade média observada e a heterozigosidade esperada na população-base foram, respectivamente, H0 = 0,2469 e He = 0,2489. A maior distância genética (D = 0,0119) foi observada entre as populações-base e a população melhorada F1. Através da distância genética entre as matrizes, foram indicados 10 cruzamentos potenciais entre as matrizes mais contrastantes, almejando a obtenção de vigor de híbrido nas progênies obtidas a partir destes cruzamentos.

The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution

To understand the biology and evolution of ruminants, the cattle genome was sequenced to about sevenfold coverage. The cattle genome contains a minimum of 22,000 genes, with a core set of 14,345 orthologs shared among seven mammalian species of which 1217 are absent or undetected in noneutherian (marsupial or monotreme) genomes. Cattle-specific evolutionary breakpoint regions in chromosomes have a higher density of segmental duplications, enrichment of repetitive elements, and species-specific variations in genes associated with lactation and immune responsiveness. Genes involved in metabolism are generally highly conserved, although five metabolic genes are deleted or extensively diverged from their human orthologs. The cattle genome sequence thus provides a resource for understanding mammalian evolution and accelerating livestock genetic improvement for milk and meat production.

Estimação de parâmetros genéticos para resistência à infecção por IMNV em camarões Litopenaeus vannamei por meio de análise de sobrevivência

The main specie of marine shrimp raised at Brazil and in the world is Litopenaeus vannamei, which had arrived in Brazil in the `80s. However, the entry of infectious myonecrosis virus (IMNV), causing the infectious myonecrosis disease in marine shrimps, brought economic losses to the national shrimp farming, with up to 70% of mortality in the shrimp production. In this way, the objective was to evaluate the survival of shrimps Litopenaeus vannamei infected with IMNV using the non parametric estimator of Kaplan-Meier and a model of frailty for grouped data. It were conducted three tests of viral challenges lasting 20 days each, at different periods of the year, keeping the parameters of pH, temperature, oxygen and ammonia monitored daily. It was evaluated 60 full-sib families of L. vannamei infected by IMNV in each viral challenge. The confirmation of the infection by IMNV was performed using the technique of PCR in real time through Sybr Green dye. Using the Kaplan-Meier estimator it was possible to detect significant differences (p <0.0001) between the survival curves of families and tanks and also in the joint analysis between viral challenges. It were estimated in each challenge, genetic parameters such as genetic value of family, it`s respective rate risk (frailty), and heritability in the logarithmic scale through the frailty model for grouped data. The heritability estimates were respectively 0.59; 0.36; and 0.59 in the viral challenges 1; 2; and 3, and it was also possible to identify families that have lower and higher rates of risk for the disease. These results can be used for selecting families more resistant to the IMNV infection and to include characteristic of disease resistance in L. vannamei into the genetic improvement programs

Variação genética em progênies de Myracrodruon urundeuva F.F. & M.F. Allemão em três sistemas de cultivo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evaluation of figs mutant selections cv. roxo-de-Valinhos

The fig (Ficus carica L.), belonging to the Moraceas family, is one of the most important fruit crops, bringing Brazil to the condition of the tenth largest fig producer and exporter in the world. But the culture presents some problems with plant protection, and in Brazil, it is all implanted with an only cultivar, Roxo-de-Valinhos, which produces seedless fruit, not permitting the conventional improvement. In this sense, the genetic improvement by using mutagenic becomes a very important research line, that can greatly contribute to the culture development. Considering this, this study aimed to evaluate selections of fig originated from mutant plants formed by cuttings from buds irradiated with gamma ray and compare them with the main varieties of the culture in commercial plantation. By using plants originated from 5 traditional fig cultivars cuttings and 5 fig mutant selections (formed by cuttings from Roxo-de-Valinhos buds irradiated with gamma ray, in the dose of 30 Gy), spaced by 2.5 x 1.5 m. The experimental layout was a completely randomized block design, with 10 treatments, 3 repetitions and 5 plants per plot. The evaluations are made from the plants vegetative growth as well as the fruit characteristics. Through data analysis, it seems that there is variability between the mutant selections and with the traditional cultivars, and the treatment PI-189 was superior to the standard cultivar Roxo-de-Valinhos on great commercial characteristics importance, such as "number of fruit per plant", "average weight per fruit" and "productivity", having the same traits, showing itself with enormous potential for future studies.

Seleção de clones de figueira cv. roxo de Valinhos formados por gemas irradiadas

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação de seleções mutantes de figueira cv. Roxo-de-Valinhos

A figueira (Ficus carica L.), pertencente à família das Moráceas, constitui-se numa das mais importantes frutíferas cultivadas, elevando o Brasil à condição de décimo maior produtor e exportador de figos do mundo. Porém, a ficicultura apresenta alguns problemas fitossanitários, além de, no Brasil, estar toda implantada com uma única cultivar, a Roxo-de-Valinhos, que produz frutos sem sementes, inviabilizando o melhoramento convencional. Nesse sentido, o melhoramento genético, com o uso de mutagênicos, passa a ser uma linha de pesquisa altamente importante, podendo contribuir enormemente para o desenvolvimento da cultura. Diante disto, o objetivo do presente trabalho foi avaliar seleções mutantes de figueira originadas de plantas formadas por estacas provenientes de gemas irradiadas com raio gama, bem como compará-las com as principais cultivares da cultura em plantio comercial. Utilizou-se de plantas originadas de estacas de 5 cultivares tradicionais de figueira e de cinco seleções de figueiras mutantes (formadas por estacas originadas de gemas da cultivar Roxo-de-Valinhos irradiadas com raio gama, na dose de 30 Gy), cultivadas em espaçamento de 2,5 x 1,5 m. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos inteiramente casualizados, contendo 10 tratamentos, com 3 repetições e 5 plantas por parcela. As avaliações foram realizadas a partir do desenvolvimento vegetativo das plantas, bem como as características dos frutos. da análise dos dados, conclui-se que há variabilidade entre as seleções mutantes e destas com as cultivares tradicionais, e que o tratamento PI-189 foi superior à cultivar-padrão Roxo-de-Valinhos em características de grande importância comercial, como número de frutos por planta, massa média por fruto e produtividade, igualando-se nas demais características, mostrando-se, assim, com enorme potencial para posteriores estudos.

Association between IGF-I, IGF-IR and GHRH gene polymorphisms and growth and carcass traits in beef cattle

Molecular biology techniques are of help in genetic improvement since they permit the identification, mapping and analysis of polymorphisms of genes encoding proteins that act on metabolic pathways involved in economically interesting traits. The somatotrophic axis, which essentially consists of growth hormone releasing hormone (GHRH), growth hormone (GH), insulin-like growth factors I and II (IGF-I and IGF-II), and their associated binding proteins and receptors (GHRHR, GHR, IGF-IR and IGF-IIR), plays a key role in the metabolism and physiology of mammalian growth. The objectives of the present study were to estimate the allele and genotype frequencies of the IGF-I/SnaBI, IGF-IR/TaqI and GHRH/HaeIII gene polymorphisms in different genetic groups of beef cattle and to determine associations between these polymorphisms and growth and carcass traits. For this purpose, genotyping was performed on 79 Nellore animals, 30 Canchim (5/8 Charolais+3/8 Zebu) animals and 275 crossbred cattle originating from the crosses of Simmental (n=30) and Angus (n=245) sires with Nellore females. In the association studies, traits of interest were analyzed using the GLM procedure of SAS and least square means of the genotypes were compared by the Tukey test. Associations of IGF-I/SnaBI genotypes with body weight and subcutaneous backfat were significant (p < 0.05), and nearly significant for longissimus dorsi area (p=0.06), with the 1313 genotype being favorable compared to the AB genotype. No significant associations were observed between this polymorphism and weight gain or carcass yield (P > 0.05). The IGF-IR/TaqI and GHRH/HaeIII polymorphisms showed no association with production traits. (c) 2004 Elsevier B.V All rights reserved.

Effect of single nucleotide polymorphisms of CAPN1 and CAST genes on meat traits in Nellore beef cattle (Bos indicus) and in their crosses with Bos taurus

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evaluation of water beef buffalo from birth to two years using different growth curves

The buffalo is a domestic animal species of growing world-wide importance. Research to improve genetic improvement programs is important to maintain the productivity of buffalo. The objective this research was to evaluate the growth of Brazilian buffalo to two years of age with different growth curves. Growth curves consolidate the information contained in the weight-age data into three or four biologically meaningful parameters. The data included 31,452 weights at birth and 120, 205, 365, 550 and 730 days of buffalo (n = 5,178) raised on pasture without supplementation. Logistic, Gompertz, quadratic logarithmic, and linear hyperbolic curves (designated L, G, QL, and LH, respectively) were fitted to the data by using proc NUN of SAS (SAS Institute, Inc., Cary, NC, USA). The parameters estimates for L [WT= A * (((1 + exp (-k * AGE)))**-m)] were A = 865.1 +/- 5.42; k= 0.0028 +/- 0.00002; M= 3.808 +/- 0.007; R(2) = 0.95. For G [WT= A * exp (-b * exp (-k * age)] the parameters estimates were A= 967.6 +/- 7.23; k = 0.00217 +/- 0.000015; b = -2.8152 +/- 0.00532. For QL [WT= A + b*age + k*(age*age) + m*log (age)] parameters estimates were A= 37.41 +/- 0.48; k= 0.00019 +/- 6.4E(-6); b= 0.539 +/- 0.006; m= 2.32 +/- 0.23; R(2)=0.96. For LH [WT= A + b*AGE + k*(1/AGE)] the parameters estimates were A= 23.15 +/- 0.44; k=15.16 +/- 0.66; b= 0.707 +/- 0.001; R(2)= 0.96. Each of these curves fit these data equally well and could be used for characterizing growth to two years in beef buffalo.

Parâmetros e tendência genética da produção de leite de cabra no Brasil

A caprinocultura leiteira no Brasil, apesar de ser uma atividade rural consolidada há algumas décadas, tem se mostrado totalmente dependente de outros países no que se refere ao melhoramento genético. A maioria dos plantéis existentes atualmente tem como base animais importados, e a renovação do material genético é feita por meio da importação de sêmen. Inexistem informações sobre o valor genético dos animais e sua evolução no decorrer dos anos. No presente trabalho, foram estimadas a herdabilidade e a repetibilidade da produção de leite utilizando o REML. Os valores obtidos foram 0,21557 e 0,21564, respectivamente. Para a predição do valor gênico dos animais, foi usado o procedimento BLUP com modelo animal. A mudança na tendência genética anual estimada por um modelo quadrático foi -0,8109 kg/ano², indicando desaceleração no ganho genético. A correlação de Pearson entre os valores gênicos dos bodes estimados com base na média da capacidade provável de produção das filhas obtida pelo método de mínimos quadrados com as estimadas pelas equações do modelo misto foi de 0,5751. A correlação de SPEARMAN entre as classificações dos bodes obtidos pelos dois métodos foi de 0,5813.

A first generation whole genome RH map of the river buffalo with comparison to domestic cattle

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)