Um sistema computacional para diagnosticar viroses de plantas usando a técnica de PCR com construção de primers espécie-específicos

It proposes a established computational solution in the development of a software to construct species-specific primers, used to improve the diagnosis of virus of plant for PCR. Primers are indispensable to PCR reaction, besides providing the specificity of the diagnosis. Primer is a synthetic, short, single stranded piece of DNA, used as a starter in PCR technique. It flanks the sequence desired to amplify. Species-specific primers indicate the well known region of beginning and ending where the polymerase enzyme is going to amplify on a certain species, i.e. it is specific for only a species. Thus, the main objective of this work is to automatize the process of choice of primers, optimizing the specificity of chosen primers by the traditional method

Resistência e performance na arte de João Cota

Researching about the art of tell and the tales told by João Cota is somehow revisiting the oral tradition and social practice in the story-telling art. It takes into consideration the resistance this art still exerts, mainly by using the performance of oral transmission and receptiveness to tales. The study of this practice contributes to the vivacious and dynamcis permanence of this authentic and traditional storyteller of his repertory and of his form to tellin our culture. Story-telling is part of the humankind living heritage communicated by means of popular wisdom. Despite the risk of vanishing into thin air, along with their narrators, the tales still manage to resist the contemporary mass culture model. How long further will stories like the ones narrated by João Cota be able to resist to strong and stronger structures dictated by writing and other communication means? João Cota s practice in story-telling will be studied not only as a proposal to identify the presence of this practice and the oral cultural resistance but also, through the performance prospective, to identify the oral transmission and receptiveness to the tales that are part of this storyteller s repertoire. In other words: what he tells, how he tells it, and why he tells it. The advent of new technologies such as internet, through which people can easily communicate with others in different parts of the world, and the greater and greater expansion in the writing skill concept interfere the maintenance of the oral tradition elements present in João Cota s narratives and inserted in the Brazilian culture. This has become more visible in the latest decades although we still notice the living tradition and permanence of the story-telling practice in several parts of the country through their wise storytellers. Our research target will require - in each of its study stages reference to works by several theoreticians namely Paul Zumthor, Mikhail Bakhtin, Câmara Cascudo, theoreticians from the receptiveness aesthetic, from the written culture history, from oral cultures and reading practices, from tradition and the Brazilian Culture of oral story-telling. In order to get to know and draw a profile of this storyteller, we ve chosen to use the comprehensive interview method by French Sociologist Jean Claude Kaufmann. The originality in the method consists of the qualitative data put together in situ , concentrated on the storyteller s narratives/speeches recorded on tape, which will be the focal point of this study. Our analysis method is based on tireless sessions of listening to interviews out of which we gathered information related to the storyteller, his practice in telling the tales, and his repertoire

A influência do esqueleto açúcar-fostato no transporte da molécula de DNA

This dissertation analyses the influence of sugar-phosphate structure in the electronic transport in the double stretch DNA molecule, with the sequence of the base pairs modeled by two types of quasi-periodic sequences: Rudin-Shapiro and Fibonacci. For the sequences, the density of state was calculated and it was compared with the density of state of a piece of human DNA Ch22. After, the electronic transmittance was investigated. In both situations, the Hamiltonians are different. On the analysis of density of state, it was employed the Dyson equation. On the transmittance, the time independent Schrödinger equation was used. In both cases, the tight-binding model was applied. The density of states obtained through Rudin-Shapiro sequence reveal to be similar to the density of state for the Ch22. And for transmittance only until the fifth generation of the Fibonacci sequence was acquired. We have considered long range correlations in both transport mechanism

Caracterização genética e evolução dos vírus dengue no Estado do Rio Grande do Norte

Dengue is considered as the most important arthropod-borne viral disease throughout the world due to the high number of people at risk to be infected, mainly in tropical and subtropical regions of the planet. The etiologic agent is Dengue Virus (DENV), it is a single positive-stranded RNA virus of the family Flavivirus, genus Flaviviridae. Four serotypes are known, DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4. One of the most important characteristic of these viruses is the genetic variability, which demands phylogenetic and evolutionary studies to understand key aspects like: epidemiology, virulence, migration patterns and antigenic characteristics. The objective of this study is the genetic characterization of dengue viruses circulating in the state of Rio Grande does Norte from January 2010 to December 2012. The complete E gene (1485 pb) of DENV1, 2 e 4 from Brazilian (Rio Grande do Norte) patients was sequenced. Phylogenetic analysis was performed using MEGA 5.2 software, Tamura-Nei model and Neighbor-Joining trees were inferred for the datasets. In Brazil, there is just one DENV-1 genotype (genotype V), one DENV-2 genotype (Asian/American) and two DENV-4 genotypes (genotypes I and II). Brazilian strains of DENV-1 are subdivided in two different lineages (BR-I and BR-II), the Brazilian strains of DENV-2 are subdivided in four lineages (BRI-IV) and genotype II of DENV-4 is subdivided in three Brazilian lineages (BRI-III). The viruses isolated in RN belong to lineage BR-II (DENV-1), BR-IV (DENV-2) and BR-III (DENV-4).The Caribbean and near Latin American countries are the main source of these viruses to Brazil. Amino acids substitutions were detected in three domains of E protein, this makes clear the necessity of studies that associate epidemiological and molecular data to better understand the effects of these mutations. This is the first study about genetic characterization and evolution of Dengue viruses in Rio Grande do Norte, Brazil

Propriedades termo-eletrônicas da molécula do DNA

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

Transporte eletrônico e propriedades termodinâmicas de nanobiomoléculas

We use a tight-binding formulation to investigate the transmissivity and the currentvoltage (I_V) characteristics of sequences of double-strand DNA molecules. In order to reveal the relevance of the underlying correlations in the nucleotides distribution, we compare theresults for the genomic DNA sequence with those of arti_cial sequences (the long-range correlated Fibonacci and RudinShapiro one) and a random sequence, which is a kind of prototype of a short-range correlated system. The random sequence is presented here with the same _rst neighbors pair correlations of the human DNA sequence. We found that the long-range character of the correlations is important to the transmissivity spectra, although the I_V curves seem to be mostly inuenced by the short-range correlations. We also analyze in this work the electronic and thermal properties along an _-helix sequence obtained from an _3 peptide which has the uni-dimensional sequence (Leu-Glu-Thr- Leu-Ala-Lys-Ala)3. An ab initio quantum chemical calculation procedure is used to obtain the highest occupied molecular orbital (HOMO) as well as their charge transfer integrals, when the _-helix sequence forms two di_erent variants with (the so-called 5Q variant) and without (the 7Q variant) _brous assemblies that can be observed by transmission electron microscopy. The di_erence between the two structures is that the 5Q (7Q) structure have Ala ! Gln substitution at the 5th (7th) position, respectively. We estimate theoretically the density of states as well as the electronic transmission spectra for the peptides using a tight-binding Hamiltonian model together with the Dyson's equation. Besides, we solve the time dependent Schrodinger equation to compute the spread of an initially localized wave-packet. We also compute the localization length in the _nite _-helix segment and the quantum especi_c heat. Keeping in mind that _brous protein can be associated with diseases, the important di_erences observed in the present vi electronic transport studies encourage us to suggest this method as a molecular diagnostic tool

Nucleação de vortices e paredes de domínio em nanoestruturas magnéticas

We report a theoretical investigation of the magnetic phases and hysteresis of exchange biased ferromagnetic (F) nanoelements for three di erent systems: exchange biased nanoparticles, exchange biased narrow ferromagnetic stripes and exchange biased thin ferromagnetic lms. In all cases the focus is on the new e ects produced by suitable patterns of the exchange energy coupling the ferromagnetic nanoelement with a large anisotropy antiferromagnetic (AF) substrate. We investigate the hysteresis of iron and permalloy nanoparticles with a square basis, with lateral dimensions between 45 nm and 120 nm and thickness between 12 nm and 21 nm. Interface bias is aimed at producing large domains in thin lms. Our results show that, contrary to intuition, the interface exchange coupling may generate vortex states along the hysteresis loop. Also, the threshold value of the interface eld strength for vortex nucleation is smaller for iron nanoelements. We investigate the nucleation and depinning of an array of domain walls pinned at interface defects of a vicinal stripe/AF bilayer. The interface exchange eld displays a periodic pattern corresponding to the topology of the AF vicinal substrate. The vicinal AF substrate consists of a sequence of terraces, each with spins from one AF subalattice, alternating one another. As a result the interface eld of neighboring terraces point in opposite direction, leading to the nucleation of a sequence of domain walls in the ferromagnetic stripe. We investigated iron an permalloy micrometric stripes, with width ranging from 100 nm and 300 nm and thickness of 5 nm. We focused in domain wall sequences with same chirality and alternate chirality. We have found that for 100nm terraces the same chiraility sequence is more stable, requiring a larger value of the external eld for depinning. The third system consists of an iron lm with a thickness of 5 nm, exchange coupled to an AF substrate with a periodic distribution of islands where the AF spins have the opposite direction of the spins in the background. This corresponds to a two-sublattice noncompensated AF plane (such as the surface of a (100) FeF2 lm), with monolayer-height islands containing spins of one sublattice on a surface containing spins of the opposite sublattice. The interface eld acting in the ferromagnetic spins over the islands points in the opposite direction of that in the spins over the background. This a model system for the investigation of interface roughness e ects. We have studied the coercicivity an exchange bias hysteresis shift as a function of the distance between the islands and the degree of interface roughness. We have found a relevant reduction of coercivity for nearly compensated interfaces. Also the e ective hysteresis shift is not proportional to the liquid moment of the AF plane. We also developed an analytical model which reproduces qualitatively the results of numerical simulations

Citocinas e proteínas de fase aguda do soro como marcadores de regressão da resposta inflamatória ao tratamento da tuberculose pulmonar

OBJETIVO: Analisar o padrão de citocinas pró- e antiinflamatórias e da resposta de fase aguda (RFA) como marcadores de resposta ao tratamento da tuberculose pulmonar. MÉTODOS: Determinação dos níveis de interferon-gama (IFN-γ), tumor necrosis factor-alpha (TNF-α, fator de necrose tumoral-alfa), interleucina-10 (IL-10) e transforming growth factor-beta (TGF-β, fator transformador de crescimento-beta), pelo método ELISA, em sobrenadante de cultura de células mononucleares do sangue periférico e monócitos, assim como dos níveis de proteínas totais, albumina, globulinas, alfa-1-glicoproteína ácida (AGA), proteína C reativa (PCR) e velocidade de hemossedimentação (VHS) em 28 doentes com tuberculose pulmonar, em três tempos: antes (T0), aos três meses (T3) e aos seis meses (T6) de tratamento, em relação aos controles saudáveis, em um único tempo. RESULTADOS: Os pacientes apresentaram valores maiores de citocinas e RFA que os controles em T0, com diminuição em T3 e diminuição (TNF-α, IL-10, TGF-β, AGA e VHS) ou normalização (IFN-γ e PCR) em T6. CONCLUSÕES: PCR, AGA e VHS são possíveis marcadores para auxiliar no diagnóstico de tuberculose pulmonar e na indicação de tratamento de indivíduos com baciloscopia negativa; PCR (T0 > T3 > T6 = referência) pode também ser marcador de resposta ao tratamento. Antes do tratamento, o perfil Th0 (IFN-γ, IL-10, TNF-α e TGF-β), indutor de e protetor contra inflamação, prevaleceu nos pacientes; em T6, prevaleceu o perfil Th2 (IL-10, TNF-α e TGF-β), protetor contra efeito nocivo pró-inflamatório do TNF-α ainda presente. O comportamento do IFN-γ (T0 > T3 > T6 = controle) sugere sua utilização como marcador de resposta ao tratamento.

Occurrence of enteroparasites in day care centers in Botucatu (São Paulo State, Brazil) with emphasis on Cryptosporidium sp., Giardia duodenalis and Enterobius vermicularis

Verificou-se a prevalência dos enteroparasitas em 279 crianças (0 a 6 anos) de quatro creches municipais de Botucatu/SP. Foram coletadas três amostras de fezes de cada criança e processadas pelos métodos Hoffman, Faust e Ritchie e posterior coloração do esfregaço fecal pelos métodos de Auramina-O e Ziehl-Neelsen modificado para diagnóstico de Cryptosporidium sp. e método da fita gomada para diagnóstico de Enterobius vermicularis. Das crianças analisadas apresentaram-se parasitadas 53.40%, sendo que o parasita mais freqüente foi Giardia duodenalis (26.88%). Verificou-se associação significativa entre enteroparasitose, renda familiar, escolaridade materna e idade; quanto maior a renda e o grau escolar, menor a freqüência de enteroparasitas. Observou-se que G. duodenalis é mais prevalente em crianças de 0 a 4 anos e E. vermicularis em crianças entre três e quatro anos de idade. A elevada prevalência de enteroparasitas em creches sugere estrutura complexa em sua epidemiologia, onde fatores além do saneamento devem ser considerados.

Consenso em reumatologia pediátrica: parte I - definição dos critérios de doença inativa e remissão em artrite idiopática juvenil/artrite reumatóide juvenil

Não há critérios universalmente aceitos para a remissão clínica em artrite idiopática juvenil/artrite reumatóide juvenil (AIJ/ARJ). OBJETIVO: formar consenso sobre estes critérios. MÉTODOS: foi utilizado um inquérito pelo método Delphi para reunir os critérios vigentes e utilizados por especialistas em reumatologia pediátrica (RP) no mundo todo. A análise dos resultados constituiu a base para uma Consensus Conference utilizando a nominal group technique (NGT) para alcançar o consenso nas questões não resolvidas após a análise dos questionários deste inquérito. Cento e trinta RP de 34 países responderam ao inquérito e 20 RP de nove países elegeram os critérios durante dois dias, em processo de discussão estruturada, para formar consenso pela NGT. RESULTADOS: os critérios de doença inativa deveriam incluir: 1) nenhuma articulação com artrite em atividade; 2) ausência de febre, rash, serosite, esplenomegalia ou linfadenopatia generalizada atribuída à AIJ/ARJ; 3) ausência de uveíte em atividade; 4) VHS ou PCR negativas (se ambos forem testados, ambos devem ser normais); 5) a avaliação global pelo médico deve indicar o melhor escore possível, indicando doença inativa. CONCLUSÕES: de acordo com o voto de consenso, seis meses contínuos de doença inativa são necessários para se considerar um paciente em estado de remissão com medicação; 12 meses contínuos de doença inativa e sem medicação são necessários para considerar um paciente em estado de remissão sem medicação. O critério para remissão sem medicação deve prever com acurácia de 95% a probabilidade inferior a 20% de recaída em cinco anos.

Propriedades moleculares de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus

Um isolado do Southern bean mosaic virus (SBMV), gênero Sobemovirus, encontrado em feijoeiro (Phaseolus vulgaris) no Estado de São Paulo, foi purificado e algumas de suas propriedades moleculares determinadas. As partículas virais apresentam diâmetro de 28-30 nm e proteína capsidial com massa molecular estimada em 30 kDa. Das partículas virais foi extraído RNA de vários tamanhos (4,2 Kb, 3,1 Kb, 2,65 Kb, 2,15 Kb, 1,64 Kb, 1,36 Kb e 1,0 Kb) sendo aquele de 4,2 Kb o RNA genômico e o de 1,0 Kb supostamente um subgenômico que codifica para a proteína capsidial. Ácidos ribonucleicos de mesmo tamanho foram também detectados in vivo, indicando estar associados à replicação viral. Na análise do RNA de fita dupla (dsRNA), somente duas espécies foram detectadas (4,2 Kpb e 1,0 Kpb) correspondendo às formas replicativas do RNA genômico e do subgenômico para proteína capsidial. Os resultados indicam que somente estes dois RNA são replicados por meio de formas replicativas (RFs), enquanto os demais devem ser formados talvez por iniciação interna da fita negativa do RNA genômico. O SBMV-B SP apresentou propriedades moleculares análogas àquelas do SBMV descrito na América do Norte.

Achados bucais e laboratoriais em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico

INTRODUÇÃO: O lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma doença inflamatória crônica caracterizada por manifestações clínicas variadas. Os poucos trabalhos existentes na literatura relatam uma prevalência entre 6,5% e 21% de acometimento bucal. OBJETIVO: Investigar os achados bucais e laboratoriais em pacientes com LES. MATERIAL E MÉTODO: Foram analisados 155 pacientes com diagnóstico de LES, segundo critérios do American College of Rheumatology (ACR). O índice de dentes cariados, perdidos e obturados (CPO-D) foi registrado e avaliou-se a necessidade de tratamento periodontal por meio do índice periodontal comunitário (IPC). Foram realizados esfregaços e biópsias das lesões e bordas laterais de língua para exames citopatológicos. Exames laboratoriais foram correlacionados com os achados bucais destes pacientes. RESULTADOS: Dos 155 pacientes, 94,1% eram mulheres. Altos níveis de anticorpos circulantes (FAN-Hep2) foram observados em todos os pacientes, sendo 41,9% positivos para a pesquisa de anticorpos anti-DNA de fita dupla. O índice CPO-D médio correspondeu a 18,5 e de acordo com o IPC, 18% apresentaram bolsas periodontais de 4-5 mm e 5,9% de 6 mm ou mais. Foram biopsiadas oito lesões bucais, mas somente três casos foram considerados compatíveis com a indicação clínica de LES. Os principais sítios acometidos foram dorso de língua, mucosa jugal e lábios. A prevalência de candidíase correspondeu a 20,1% e a de leucoplasia pilosa oral a 3,7%. CONCLUSÃO: Pacientes com LES apresentam condição periodontal precária e baixa prevalência de lesões bucais e, além disso, a citopatologia mostrou-se importante no diagnóstico de infecções relacionadas com imunossupressão, como candidíase e leucoplasia pilosa oral.

Aplicação do teste de raios x no estudo da morfologia interna e da qualidade fisiológica de aquênios de arnica (Lychnophora pinaster Mart.)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Variações da marcha em equinos da raça Mangalarga Marchador

O andamento marcha característico de equinos da raça Mangalarga Marchador foi analisado em 104 animais, por meio de filmes de vídeo cassete (sistema VHS / PAL SECAM a 50 quadros por segundo). Cada animal foi observado no filme em velocidade normal por dez segundos, seguindo-se a análise quadro a quadro, estes apresentando vista lateral em movimento. Nesta fase foram registrados os momentos de apoio (mono, bi ou tripedais) bem como os momentos de suspensão, compreendendo duas sequências de oito momentos de apoio para cada animal. Dos 104 animais analisados, 98 mostraram oito variações de andamento, agrupados portanto de A a H. Os seis cavalos restantes mostraram variar em dois andamentos distintos, pertencendo assim a dois destes grupos. No primeiro conjunto com 98 animais, 32 apresentaram marcha ideal com sequência de apoios semelhante ao passo (grupo A), 34 animais mostraram andamento marchado com apoios monopedais posteriores, bipedais diagonais e laterais e tripedais anteriores (grupo B), 18 animais (grupo C) apresentaram andamento com apoios monopedais posteriores, bipedais diagonais e tripedais anteriores. O único andamento assimétrico pertenceu a cinco animais (grupo D). Três equinos apresentaram andamento saltado, com momento de suspensão na sequência de apoios (grupo E). Outros três animais apresentaram andamento baseado em apoios monopedais anteriores e posteriores e bipedais diagonais e laterais (grupo F). Andamento com apoios bipedais diagonais e laterais além de tripedais anteriores foi apresentado por dois equinos (grupo G). Um equino mostrou andamento com apoios bipedais diagonais e tripedais anteriores e posteriores (grupo H). Os outros seis animais com dois andamentos diferentes foram: um animal com andamento dos grupos A e C, um dos grupos A e D, dois dos grupos B e D, um dos grupos B e G e um dos grupos C e F. Os equinos da raça Mangalarga Marchador analisados neste trabalho mostraram-se possuidores de muitas variações de andamento em relação a marcha ideal, com alterações variando entre o trote e a andadura.

Percepção de professores de educação infantil sobre a inclusão da criança com deficiência

A educação infantil é importante para o desenvolvimento da criança com necessidades especiais. Nesse processo educacional, o professor e sua percepção de educação inclusiva são fatores primordiais. Este trabalho objetivou analisar a percepção de professores de educação infantil, que quanto à prática educativa atual, diferem em relação à presença de alunos com deficiências em seus ambientes de trabalho, sobre a educação da criança com deficiência na faixa etária de 3 a 6 anos. Foram sujeitos da pesquisa 12 professores de educação infantil divididos eqüitativamente em três grupos: de escolas especiais; de escolas comuns que trabalham com crianças com deficiências inseridas em suas classes e de escolas comuns que não possuem em suas classes crianças com deficiências. A coleta de dados foi realizada através de entrevistas semi-estruturadas, gravadas em fita cassete. Foi realizada análise de conteúdo e os dados mostraram que os professores vêem como a principal contribuição do processo de inclusão a socialização da criança com deficiências, restringindo-o, porém, a crianças com possibilidades de independência. Quanto à aprendizagem, acreditam que a criança com deficiência mental é a que encontra maiores dificuldades, contrariamente à com deficiência física. Ressaltam problemas com o espaço físico, recursos materiais e humanos e relativos à formação do professor. Pôde se concluir que é preciso possibilitar aos professores uma formação que abranja conhecimentos sobre as diferentes deficiências e as necessidades educacionais relativas a estas, propiciar a adequação do espaço físico e dos recursos materiais, além de assistência técnica específica.