pido, a non-long terminal repeat retrotransposon of the chicken repeat 1 family from the genome of the Oriental blood fluke, Schistosoma japonicum

A newly described non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposon element was isolated from the genome of the Oriental schistosome, Schistosoma japonicum. At least 1000 partial copies of the element, which was named pido, were dispersed throughout the genome of S. japonicum. As is usual with non-LTR retrotransposons, it is expected that many pido elements will be 5'-truncated. A consensus sequence of 3564 bp of the truncated pido element was assembled from several genomic fragments that contained pido-hybridizing sequences. The sequence encoded part of the first open reading frame (ORF), the entire second ORF and, at its 3'-terminus, a tandemly repetitive, A-rich (TA(6)TA(5)TA(8)) tail, The ORF1 of pido encoded a nucleic acid binding protein and ORF2 encoded a retroviral-like polyprotein that included apurinic/apyrimidinic endonuclease (EN) and reverse transcriptase (RT) domains, in that order. Based on its sequence and structure, and phylogenetic analyses of both the RT and EN domains, pido belongs to the chicken repeat 1 (CR1)-like lineage of elements known from the chicken, turtle, puffer fish, mosquitoes and other taxa. pido shared equal similarity with CRI from chicken, an uncharacterized retrotransposon from Caenorhabditis elegans and SR1 (a non-LTR retrotransposon) from the related blood fluke Schistosoma mansoni; the level of similarity between pido and SR1 indicated that these two schistosome retrotransposons were related but not orthologous. The findings indicate that schistosomes have been colonized by at least two discrete CRI-like elements. Whereas pido did not appear to have a tight target site specificity, at least one copy of pido has inserted into the 3'-untranslated region of a protein-encoding gene (GeriBank AW736757) of as yet unknown identity. mRNA encoding the RT of pido was detected by reverse transcription-polymerase chain reaction in the egg, miracidium. and adult developmental stages of S. japonicum, indicating that the RT domain was transcribed and suggesting that pido was replicating actively and mobile within the S. japonicum genome. (C) 2002 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Synthesis and structural analysis of the N-terminal domain of the thyroid hormone-binding protein transthyretin

Transthyretin (TTR) is a 55 kDa protein responsible for the transport of thyroid hormones and retinol in human serum. Misfolded forms of the protein are implicated in the amyloid diseases familial amyloidotic polyneuropathy and senile systemic amyloidosis. Its folding properties and stabilization by ligands are of current interest due to their importance in understanding and combating these diseases. To assist in such studies we developed a method for the solid phase synthesis of the monomeric unit of a TTR analogue and its folding to form a functional 55 kDa tetramer. The monomeric unit of the protein was chemically synthesized in three parts, comprising amino acid residues 151, 5499 and 102127, and ligated using chemoselective thioether ligation chemistry. The synthetic protein was folded and assembled to a tetrameric structure in the presence of the TTRs native ligand, thyroxine, as shown by gel filtration chromatography, native gel electrophoresis, TTR antibody recognition and thyroid hormone binding. In the current study the solution structure of the first of these fragment peptides, TTR(151) is examined to determine its intrinsic propensity to form beta-sheet structure, potentially involved in amyloid fibril formation by TTR. Despite the presence of extensive beta-structure in the native form of the protein, the Nterminal fragment adopts an essentially random coil conformation in solution.

Reverse transcriptase activity and untranslated region sharing of a new RTE-like, non-long terminal repeat retrotransposon from the human blood fluke, Schistosoma japonicum

A new RTE-like, non-long terminal repeat retrotransposon, termed SjR2, from the human blood fluke, Schistosoma japonicum, is described. SjR2 is similar to3.9 kb in length and is constituted of a single open reading frame encoding a polyprotein with apurinic/apyrimidinic endonuclease and reverse transcriptase domains. The open reading frame is bounded by 5'- and 3'-terininal untranslated regions and, at its 3-terminus, SjR2 bears a short (TGAC)(3) repeat. Phylogenetic analyses based on conserved domains of reverse transcriptase or endonuclease revealed that SjR2 belonged to the RTE clade of non-long terminal repeat retrotransposons. Further, SjR2 was homologous, but probably not orthologous, to SR2 front the African blood fluke, Schistosoma mansoni; this RTE-like family of non-long terminal repeat retrotransposons appears to have arisen before the divergence of the extant schistosome species. Hybridisation analyses indicated that similar to 10,000 copies of SjR2 were dispersed throughout the S. japonicum chromosomes, accounting for up to 14% of the nuclear genome. Messenger RNAs encoding the reverse transcriptase and endonuclease domains of SjR2 were detected in several developmental stages of the schistosome, indicating that the retrotransposon was actively replicating within the genome of the parasite. Exploration of the coding and non-coding regions of SjR2 revealed two notable characteristics. First, the recombinant reverse transcriptase domain of SjR2 expressed in insect cells primed reverse transcription of SjR2 mRNA in vitro. By contrast, recombinant SjR2-endonuclease did not appear to cleave schistosome or plasmid DNA. Second, the 5'-untranslated region of SjR2 was >80% identical to the 3-untranslated region of a schistosome heat shock protein-70 gene (hsp-70) in the antisense orientation, indicating that SjR2-like elements were probably inserted into the non-coding regions of ancestral S. japonicum HSP-70, probably after the species diverged from S. mansoni. (C) 2002 Australian Society for Parasitology Inc. Published by Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

C-terminal sequences in R-Ras are involved in integrin regulation and in plasma membrane microdomain distribution

The small GTPases R-Ras and H-Ras are highly homologous proteins with contrasting biological properties, for example, they differentially modulate integrin affinity: H-Ras suppresses integrin activation in fibroblasts whereas R-Ras can reverse this effect of H-Ras. To gain insight into the sequences directing this divergent phenotype, we investigated a panel of H-Ras/R-Ras chimeras and found that sequences in the R-Ras hypervariable C-terminal region including amino acids 175-203 are required for the R-Ras ability to increase integrin activation in CHO cells; however, the proline-rich site in this region, previously reported to bind the adaptor protein Nck, was not essential for this effect. In addition, we found that the GTPase TC21 behaved similarly to R-Ras. Because the C-termini of Ras proteins can control their subcellular localization, we compared the localization of H-Ras and R-Ras. In contrast to H-Ras, which migrates out of lipid rafts upon activation, we found that activated R-Ras remained localized to lipid rafts. However, functionally distinct H-Ras/R-Ras chimeras containing different C-terminal R-Ras segments localized to lipid rafts irrespective of their integrin phenotype. (C) 2003 Elsevier Inc. All rights reserved.

Significance in replication of the terminal nucleotides of the Flavivirus genome

Point mutations that resulted in a substitution of the conserved 3'-penultimate cytidine in genomic RNA or the RNA negative strand of the self-amplifying replicon of the Flavivirus Kunjin virus completely blocked in vivo replication. Similarly, substitutions of the conserved 3'-terminal uridine in the RNA negative or positive strand completely blocked replication or caused much-reduced replication, respectively. The same preference for cytidine in the 3'-terminal dinucleotide was noted in reports of the in vitro activity of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) for the other genera of Flaviviridae that also employ a double-stranded RNA (dsRNA) template to initiate asymmetric semiconservative RNA positive-strand synthesis. The Kunjin virus replicon results were interpreted in the context of a proposed model for initiation of RNA synthesis based on the solved crystal structure of the RdRp of phi6 bacteriophage, which also replicates efficiently using a dsRNA template with conserved 3'-penultimate cytidines and a 3'-terminal pyrimidine. A previously untested substitution of the conserved pentanucleotide at the top of the 3'-terminal stem-loop of all Flavivirus species also blocked detectable in vivo replication of the Kunjin virus replicon RNA.

Computational differentiation of N-terminal signal peptides and transmembrane helices

Signal peptides and transmembrane helices both contain a stretch of hydrophobic amino acids. This common feature makes it difficult for signal peptide and transmembrane helix predictors to correctly assign identity to stretches of hydrophobic residues near the N-terminal methionine of a protein sequence. The inability to reliably distinguish between N-terminal transmembrane helix and signal peptide is an error with serious consequences for the prediction of protein secretory status or transmembrane topology. In this study, we report a new method for differentiating protein N-terminal signal peptides and transmembrane helices. Based on the sequence features extracted from hydrophobic regions (amino acid frequency, hydrophobicity, and the start position), we set up discriminant functions and examined them on non-redundant datasets with jackknife tests. This method can incorporate other signal peptide prediction methods and achieve higher prediction accuracy. For Gram-negative bacterial proteins, 95.7% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted (coefficient 0.90). Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 99% (coefficient 0.92). For eukaryotic proteins, 94.2% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted with coefficient 0.83. Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 87% (coefficient 0.85). The method can be used to complement current transmembrane protein prediction and signal peptide prediction methods to improve their prediction accuracies. (C) 2003 Elsevier Inc. All rights reserved.

Economicidade do projeto de amplia????o do aeroporto de Guarulhos

O objetivo deste trabalho foi o de propor alternativas para orientar a solu????o ao atendimento da demanda do aeroporto de Guarulhos de forma a reduzir os custos (de investimento e operacionais) or??ados, prazo de implanta????o do projeto e tamb??m o de melhorar a qualidade do projeto, de modo que a opera????o do aeroporto se tornasse a mais otimizada poss??vel. O projeto de amplia????o do aeroporto de Guarulhos, conhecido como projeto do Terminal de Passageiros-3 (TPS-3) era, e ainda ??, o maior da carteira de investimentos da INFRAERO. Outro assim, ele se encontrava com o Projeto B??sico encerrado em meados de 2000, fase bastante adequada para o in??cio de um processo de otimiza????o. Em paralelo, h?? nos ??rg??os centrais do Governo Federal, em especial no Minist??rio do Planejamento, Or??amento e Gest??o, uma tentativa de se implantar nos projetos governamentais ferramentas de gest??o que possibilitem avaliar, por exemplo, a real necessidade das obras, a funcionalidade do projeto e a otimiza????o econ??mica dos mesmos

M??dulo 2 - fase de diagn??stico: avaliando o uso e a gest??o da TI: curso elabora????o do Plano Diretor de Tecnologia da Informa????o (PDTI)

Esse documento trata de: fase de diagn??stico; os resultados do Planejamento de TI anterior; o Relat??rio de Resultados do Planejamento de TI anterior; o Referencial Estrat??gico da ??rea de TI; a Organiza????o da TI; an??lise SWOT da TI

M??dulo 3 - fase de diagn??stico: identificando necessidades: curso elabora????o do Plano Diretor de Tecnologia da Informa????o (PDTI)

Esse documento trata de: Identificar as Necessidades de Informa????o; Identificar Necessidades de Servi??os de TI; Identificar as Necessidades de Infraestrutura de TI; Identificar Necessidades de Contrata????o de Solu????es de TI; Identificar Necessidades de Pessoal de TI; Consolidar o Invent??rio de Necessidades; Alinhar as Necessidades de TI ??s Estrat??gias da Organiza????o

M??dulo 4 - fase de planejamento: curso elabora????o do Plano Diretor de Tecnologia da Informa????o (PDTI)

Esse documento trata de: T??cnica 5W2H; Atualizar crit??rios de prioriza????o; Matriz GUT; Priorizar as Necessidades Inventariadas; Definir Metas e A????es; Planejar a Execu????o das A????es; Planejar as A????es de Pessoal; Planejar Investimentos e Custeio; Consolidar a Proposta Or??ament??ria de TI; Aprovar os Planos Espec??ficos; Atualizar Crit??rios de Aceita????o de Riscos; Planejar o gerenciamento de riscos; Identificar Fatores Cr??ticos para a implanta????o do PDTI; Consolidar a Minuta do PDTI; Avaliar e Aprovar a minuta do PDTI; Publicar o PDTI

Enquadramento de corpos de água em pequenas e micro bacias hidrográficas rurais de base agrícola familiar : subsídios à elaboração da fase diagnóstica

Este trabalho tem como proposta geral fornecer subsídios para o desenvolvimento da fase diagnóstica do processo de Enquadramento de corpos de água superficiais de pequenas e micro bacias hidrográficas (PMBH). Sua justificativa ampara-se no fato de que a implementação de processos de Enquadramento ainda é restrita, principalmente, no que tange as PMBH, escala de gestão ainda não considerada pelo gerenciamento de recursos hídricos. Apresenta como objetivos a identificação, análise e seleção de itens de diagnósticos adotados em processos de Enquadramento; avaliação quanto as particularidades / especificidade quanto à utilização desses itens de diagnóstico para a realidade de PMBH, e por fim, a proposição de diretrizes para o estabelecimento de procedimentos orientativos para avaliações diagnósticas para fins de Enquadramento de corpos de agua superficiais em PMBH. Metodologicamente, embasado por meio de análise de estudos técnicos e científicos, os itens de diagnóstico identificados foram agrupados de forma sistematizada, e realizada avaliação quanto a aplicabilidade desses itens na elaboração de diagnóstico para Enquadramento em PMBH. Como resultado, mostrou ser possível obter maior nível de detalhamento para os itens de diagnósticos sugeridos pela Resolução nº 91/08 do CNRH no Artigo 4º. Apresentou como produto, um de conjunto de itens de diagnóstico de referência para a fase de avaliações diagnósticas do Enquadramento. Também demonstrou haver, de fato, particularidades que devem ser levadas em consideração quanto ao desenvolvimento de estudos de Enquadramento em pequenas regiões hidrográficas. Além disso, com a proposição de diretrizes para o estabelecimento de procedimentos orientativos para a fase de diagnósticos do Enquadramento, verificou que os desafios para tornar realidade o Enquadramento de corpos de água superficiais em PMBH são de natureza financeira, política e técnico-científica.

Influência de polimorfismos nos genes FcγRIIa, CD209, VDR, TNF-α, IL-4, IL-6 e INF-γ na persistência de sintomas clínicos da dengue na fase de covalescença

Diferenças na susceptibilidade do hospedeiro à infecção, na gravidade e na permanência do quadro clínico da doença podem ser atribuídas, em parte, às variações da resposta imune. Estas variações são associadas a polimorfismos de nucleotídeo único (do inglês: single nucleotide polymorphisms - SNPs). Como estudo prévio, foi realizada a caracterização da população geral do Espírito Santo (ES) - Brasil e de uma subpopulação do estado, de origem Pomerana, quanto aos SNPs -131 H/R, -336 A/G, TaqI, -308 A/G, -590 C/T, -174 G/C e +874 A/T nos genes FcγRIIa, CD209, VDR, TNFα, IL-4, IL-6 e INF-γ, respectivamente. Cem indivíduos da Grande Vitória representaram a população geral do ES e 59 indivíduos de Santa Maria de Jetibá representaram a população de origem Pomerana. Como a fase aguda da dengue é bem caracterizada, este estudo objetivou ampliar o conhecimento da fase de convalescença. Noventa e seis indivíduos diagnosticados com dengue sintomática no final de 2012 e início de 2013, no ES, foram acompanhados por 60 dias a partir do início dos sintomas por meio do preenchimento de um questionário clínico e epidemiológico em quatro entrevistas. A persistência de 37 sintomas clínicos da dengue foi avaliada. Para analisar a influência da genética do sistema imunológico do hospedeiro na persistência de sintomas clínicos da dengue na fase de convalescença, foi determinada a associação entre os sete SNPs, para os quais a população do ES foi caracterizada, e a persistência de sintomas. O DNA genômico dos participantes do estudo foi extraído do sangue periférico e a genotipagem dos SNPs foi realizada por reação em cadeia da polimerase - polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (do inglês: polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism - PCR-RFLP) As frequências genotípicas de todos os SNPs encontraram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg (do inglês: Hardy-Weinberg equilibrium - HWE), com exceção do SNP no gene IL-6. Não houve diferença estatisticamente significante nas frequências genotípicas dos SNPs nos genes FcγRIIa, CD209, VDR, TNF-α e IL-4 entre as duas populações. Diferença estatisticamente significante foi encontrada entre as duas populações nas distribuições genotípicas dos SNPs nos genes IL-6 (p = 0,03) e INF-γ (p = 0,007). Trinta e sessenta dias após o início dos sintomas, 38,5% e 11,5% dos indivíduos com dengue sintomática reportaram ter pelo menos um sintoma clínico da dengue, respectivamente. Dos sintomas analisados, os mais persistentes foram os relacionados à síndrome da fadiga como mialgia, artralgia, astenia e mal-estar, sendo a mialgia o mais frequente. A persistência de sintomas em 30 dias foi associada ao gênero feminino (p = 0,044) e a persistência de sintomas constitucionais foi associada à dengue secundária (p = 0,041). O SNP no gene FcγRIIa, foi associado à persistência de sintomas em 30 dias, no subgrupo de indivíduos com dengue secundária (p = 0,046), sendo a presença do alelo H associada à não persistência de sintomas (p = 0,014). A presença do alelo A do SNP no gene TNF-α foi associada à não persistência de sintomas no subgrupo de indivíduos com dengue secundária (p = 0,025), sendo o genótipo GG associado à persistência de sintomas neurológicos, psicológicos e comportamentais em 30 dias (p = 0,038). A presença do alelo C do SNP no gene IL-6 foi associado à persistência de sintomas dermatológicos em 30 dias (p = 0,005). O perfil genético desses SNPs pode favorecer o estabelecimento de marcadores imunogenéticos associados à fase convalescente da infecção pelo vírus da dengue (do inglês: dengue virus - DENV).

O Papel do Agente de Execução na Fase da Penhora-Determinação dos Bens a Penhorar

A penhora é, no contexto actual de crise económica, uma realidade frequente, sendo o ato executivo por excelência no âmbito das execuções para o pagamento de quantia certa, que consiste na apreensão de bens, num desapossamento de bens do devedor, com vista á satisfação do credito adequando. Previamente á realização á realização deste ato processual, terão de ser determinados os bens que do mesmo serão objecto, devendo ser consideradas as limitações legais e, eventualmente, convencionais. Os poderes de indicação dos bens a penhorar sofreram alterações desde o Código de Processo Civil de 1939 ate ao actualmente em vigor, que tem a redacção do DL nº 226/2008, de 20 de novembro, tendo sido atribuído ao Agente de Execução, com a reforma de 2003, o poder de determinar os bens a penhorar.O objectivo principal desta dissertação é, precisamente determinar qual o papel do Agente de Execução na fase da penhora, em especial na determinação dos bens a penhorar, com analise de todos os aspectos relacionados, e aferir a interpretação e aplicação do regime em vigor por aqueles que lidam diariamente com os processos executivos. Para o efeito, alem da analise teórica da matéria, foi realizado um estudo empírico, mediante a aplicação e tratamento de um inquérito por questionário ministrado a todos os Agentes de Execução a exercer funções nas comarcas abrangidas pelo Conselho Regional do Norte da Câmara dos Solicitadores. Genericamente, no presente estudo, concluímos que apesar da atribuição ao Agente de Execução do poder de determinar quais os bens que ira penhorar, esse poder esta vinculado, designadamente por critérios e imperativos legais. E o Agente de Execução deve, ainda, ter em consideração a vontade manifestada pelo exequente, o que, como resulta do estudo empírico realizado, é, na pratica, frequente. Paralelamente e de forma a garantir a legalidade da penhora determinada pelo gente de Execução, ao juiz de execução é atribuída competência para controlada este seu poder.

O desenho de videojogos na motivação de pacientes com necessidades de reabilitação fisioterapêutica

O presente documento descreve o desenvolvimento de um protótipo de jogo sério tridimensional para ajudar pacientes com necessidades de reabilitação fisioterapêutica a prosseguir a sua recuperação com motivação e entusiasmo através da inclusão de ludicidade. Para isso apostou-se em características do design de videojogos comerciais que potenciam a imersão e na interação com personagens e ambientes virtuais aplicados a um protótipo. Partindo do estudo do papel do desenho no desenvolvimento de videojogos, criou-se um conceito de jogo sério em ambiente 3D - argumento, personagens e cenários que, adaptado às motivações e procurando uma maior imersão de pacientes (jogadores) com necessidades de recuperação fisioterapêutica, ambiciona aumentar os níveis de eficácia dos programas de reabilitação física na persecução e melhoria dos tratamentos que são, em vários dos casos estudados, monótonos e repetitivos e, portanto, pouco apelativos para o doente (jogador). Aqui se descrevem as fases de game design e a criação de conteúdos visuais para um jogo sério focado na reabilitação fisioterapêutica de nome PhysioVinci. O primeiro nível do jogo está terminado e foi já testado em ambiente de laboratório com pessoas saudáveis para validar a atividade de jogo e verificar a existência de erros. Estas primeira fase de testes revelou que os jogadores não demostram nenhuma dificuldade, seja na compreensão do desempenho do jogo, seja na eficácia dos resultados atingidos. Simultaneamente, a equipa de desenvolvimento está já a trabalhar nos restantes níveis de jogo.