GATA3 : a promising marker for metastatic breast carcinoma in serous effusion specimens

Background The utility of GATA3 as a marker for metastatic breast carcinoma in serous effusion specimens was investigated. Methods Cell block sections from 74 serous effusion specimens (32 ascitic, 2 pericardial and 40 pleural fluids) were stained with an anti-GATA3 murine monoclonal antibody. The specimens included 62 confirmed metastatic carcinomas from breast (30), female genital tract (13), gastrointestinal tract (7), lung adenocarcinoma (9), pancreas (1), kidney (1) and bladder (1). The breast carcinoma cases included 15 ductal carcinomas, 8 lobular carcinomas and in 7 the histology sub-type was not available. Twelve cases containing florid reactive mesothelial cells were also stained. The breast carcinoma cases were also stained for mammaglobin and GCDFP-15 to compare sensitivity with GATA3. Results Positive nuclear staining for GATA3 was present in 90% (27/30) of metastatic breast carcinoma specimens. All non-breast metastatic carcinomas tested were negative with the exception of the single case of metastatic urothelial carcinoma. No staining was observed in any of the benign reactive cases or in benign mesothelial cells present in the malignant cell block preparations. Two cases showed weak positivity of benign lymphoid cells. Staining results were unambiguous as all positive cases showed intense nuclear staining in >50% of tumor cells. Mammaglobin (57%; 17/30) and GCDFP-15 (33%; 10/30) were less sensitive markers of breast carcinoma. If used in a panel, mammaglobin and GCFP-15 staining would have identified only one additional case to those stained with GATA3. Conclusions GATA3 may be a useful addition to immunostaining panels for serous effusion specimens when metastatic breast carcinoma is a consideration.

Comparison of sampling sites and detection methods for Haemophilus parasuis

Objective To improve the isolation rate and identification procedures for Haemophilus parasuis from pig tissues. Design Thirteen sampling sites and up to three methods were used to confirm the presence of H. parasuis in pigs after experimental challenge. Procedure Colostrum-deprived, naturally farrowed pigs were challenged intratracheally with H parasuis serovar 12 or 4. Samples taken during necropsy were either inoculated onto culture plates, processed directly for PCR or enriched prior to being processed for PCR. The recovery of H parasuis from different sampling sites and using different sampling methods was compared for each serovar. Results H parasuis was recovered from several sample sites for all serovar 12 challenged pigs, while the trachea was the only positive site for all pigs following serovar 4 challenge. The method of solid medium culture of swabs, and confirmation of the identity of cultured bacteria by PCR, resulted in 38% and 14% more positive results on a site basis for serovars 12 and 4, retrospectively, than direct PCR on the swabs. This difference was significant in the serovar 12 challenge. Conclusion Conventional culture proved to be more effective in detecting H parasuis than direct PCR or PCR on enrichment broths. For subacute (serovar 4) infections, the most successful sites for culture or direct PCR were pleural fluid, peritoneal fibrin and fluid, lung and pericardial fluid. For acute (serovar 12) infections, the best sites were lung, heart blood, affected joints and brain. The methodologies and key sampling sites identified in this study will enable improved isolation of H parasuis and aid the diagnosis of Glässer's disease.

Detection of a putative hemolysin operon, hhdBA, of Haemophilus parasuis from pigs with Glasser disease

The aim of the current study was to investigate whether polymerase chain reaction amplification of 16S ribosomal (r)RNA and a putative hemolysin gene operon, hhdBA, can be used to monitor live pigs for the presence of Haemophilus parasuis and predict the virulence of the strains present. Nasal cavity swabs were taken from 30 live, healthy, 1- to 8-week-old pigs on a weekly cycle from a commercial Thai nursery pig herd. A total of 27 of these pigs (90%) tested positive for H. parasuis as early as week 1 of age. None of the H. parasuis-positive samples from healthy pigs was positive for the hhdBA genes. At the same pig nursery, swab samples from nasal cavity, tonsil, trachea, and lung, and exudate samples from pleural/peritoneal cavity were taken from 30 dead pigs displaying typical pathological lesions consistent with Glasser disease. Twenty-two of 140 samples (15.7%) taken from 30 diseased pigs yielded a positive result for H. parasuis. Samples from the exudate (27%) yielded the most positive results, followed by lung, tracheal swab, tonsil, and nasal swab, respectively. Out of 22 positive samples, 12 samples (54.5%) harbored hhdA and/or hhdB genes. Detection rates of hhdA were higher than hhdB. None of the H. parasuis-positive samples taken from nasal cavity of diseased pigs tested positive for hhdBA genes. More work is required to determine if the detection of hhdBA genes is useful for identifying the virulence potential of H. parasuis field isolates.

Epigenetic therapy in lung cancer and mesothelioma

Thoracic malignancies present a considerable global health burden with the incidence and mortality of both lung cancer and malignant pleural mesothelioma (MPM) increasing year on year. Survival rates are poor and treatment options are limited in these cancers. Several epigenetic modifications have been associated with the development of both of these diseases with alterations discriminating between MPM and adenocarcinoma (AC) of the lung. In addition, studies have suggested that epigenetic agents are effective in altering the cellular characteristics of lung and MPM cells in terms of proliferation and migration. Furthermore, it has been demonstrated that epigenetic therapy can alter a pathologically relevant gene expression profile, with one that is more associated with comparative normal tissue. Therefore agents, which target the epi-genomes of lung cancer and MPM, may provide a substantial therapeutic improvement when used in combination with current therapy or indeed benefit when used as a single treatment modality.

Efecto de tres láminas de riego por goteo en época seca sobre el estímulo de la floración y producción de café (Coffea arábica L. Var. CATRENIC), finca San Dionisio, San Marcos, Carazo 2013

El cultivo de café es el principal rubro de exportación de Nicaragua, así mismo es vulnerable ante la amenaza de cambio climático. Según modelos climáticos predicen que para el año 2050 habrá un aumento de temperaturas en 3 °C por tal razón es necesario evaluar alternativas ante esta situación. El uso de sistema de riego en países como Brasil y Cuba ha mostrado resultados alentadores en cuanto a productividad y rentabilidad económica. Actualmente en Nicaragua, se ha iniciado a evaluar dicha estrategia para enfrentar los probables efectos climáticos. Se estableció el experimento en la finca “San Dionisio” ubicada en el municipio de San Marcos, departamento de Carazo en las coordenadas 11° 53' 80’’ LN y 86°14‘ 05’’ LO con el propósito de evaluar el crecimiento, desarrollo y producción de café bajo tres niveles de agua de riego por goteo en época seca. Las variables evaluadas fueron desprendimiento de frutos, índice de área foliar, crecimiento de bandolas, formación de nudos potenciales y producción. El diseño experimental fue un bloque completo al azar con cuatro tratamientos y cuatro repeticiones, a todas las variables se les realizo un ANDEVA y la prueba de rangos múltiples de Tukey con un nivel de desconfianza del 5 %. Los resultados obtenidos demuestran que el riego por goteo tiene influencia y favorece el crecimiento vegetativo, la formación de estructuras productivas y productividad, para esta ultima el nivel de 20 mm fue el que obtuvo un mayor rendimiento Los tratamientos que se regaron tienen un mayor porcentaje de derrame productivo que el testigo.

Evaluación de indicadores agroecológicos en el cultivo del café (Coffea arabica L.) var. CATRENIC, bajo riego complementario por goteo a pleno sol y micro aspersión bajo sombra, San Marcos, Carazo, Nicaragua, 2013-2014

El cultivo de café es uno de los principal es rubro s de exportación de Nicaragua, el cual aporta el 33.6 % del Producto Interno Bruto, y que se encuentra vulnerable ante la amenaza de l cambio climático al igual que todos los ecosistemas en el mundo. El objetivo de la presente investigación fue analizar el comportamiento de los indicadores agroecológicos de sostenibilidad en el cultivo de café, bajo riego complementario en la Finca San Dionisio, municipio de San Marcos, Carazo , Nicaragua. Se estableció un diseño de Bloques Completo al Azar (BCA) unifactorial para riego por goteo y un Diseño Completo al Azar (DCA) unifactorial para las técnicas de riego por micro aspersión, a todas las variables se les realizo un ANDEVA y la prueba de rango s múltiples de Tukey (α=0.05), las variables evaluadas afectaron Índice de área foliar, el mejor tratamiento fue el riego encima del café y la lámina de 30 mm, Derrame productivo, Nudos potenciales, Nudos productivos, Longitud de bandola encontrando difere ncias estadísticas siendo superior los tratamientos con riego en comparación al testigo, calidad física del grano de café no mostraron efecto significativos e n los tratamientos evaluados, en la variable rendimiento los tratamientos que obtuvieron los mayor es resultados fueron la lámina de 20 mm (1 428.73 kg ha - 1 ) y riego en la superficie 0.25 m del suelo con (1 304.57 kg ha - 1 ) , los indicadores agroecológicos salud del cultivo y calidad del suelo se obtuvieron promedios superiores a 7 por encima del umbral a groecológico en el tratamiento riego por micro aspersión bajo sombra y el presupuesto parcial, relación beneficio costo de cada uno de los tratamientos se obtuvieron en el testigo.

Evaluación de indicadores agroecológicos en el cultivo del café (Coffea arabica L.) var. CATRENIC, bajo riego complementario por goteo a pleno sol y micro aspersiòn bajo sombra, San Marcos, Carazo, Nicaragua, 2013-2014

El cultivo de café es uno de los principales rubros de exportación de Nicaragua, el cual aporta el 33.6 % del Producto Interno Bruto, y que se encuentra vulnerable ante la amenaza del cambio climático al igual que todos los ecosistemas en el mundo. El objetivo de la presente investigación fue analizar el comportamiento de los indicadores agroecológicos de sostenibilidad en el cultivo de café, bajo riego complementario en la Finca San Dionisio, municipio de San Marcos, Carazo, Nicaragua. Se estableció un diseño de Bloques Completo al Azar (BCA) unifactorial para riego por goteo y un Diseño Completo al Azar (DCA) unifactorial para las técnicas de riego por micro aspersión, a todas las variables se les realizo un ANDEVA y la prueba de rangos múltiples de Tukey (α=0.05), las variables evaluadas afectaron Índice de área foliar, el mejor tratamiento fue el riego encima del café y la lámina de 30 mm, Derrame productivo, Nudos potenciales, Nudos productivos, Longitud de bandola encontrando diferencias estadísticas siendo superior los tratamientos con riego en comparación al testigo, calidad física del grano de café no mostraron efecto significativos en los tratamientos evaluados, en la variable rendimiento los tratamientos que obtuvieron los mayores resultados fueron la lámina de 20 mm (1 428.73 kg ha-1) y riego en la superficie 0.25 m del suelo con (1 304.57 kg ha-1), los indicadores agroecológicos salud del cultivo y calidad del suelo se obtuvieron promedios superiores a 7 por encima del umbral agroecológico en el tratamiento riego por micro aspersión bajo sombra y el presupuesto parcial, relación beneficio costo de cada uno de los tratamientos se obtuvieron en el testigo.

Caracterização geológica da ocorrência de óleo na Formação Rio Bonito associada a um modelo não convencional de geração

O trabalho teve como escopo a caracterização geológica, em termos estruturais e estratigráficos, do sistema petrolífero responsável pela ocorrência de óleos encontrados na Formação Rio Bonito, na região carbonífera de Santa Catarina. Atualmente, especula-se que a assinatura geoquímica destes óleos relaciona-se à Formação Irati associado a um modelo não convencional de geração, vinculando a maturação térmica à intrusão de diabásio, devido a um soterramento insuficiente da rocha geradora. Como a Formação Irati encontra-se posicionada estratigraficamente acima da Formação Rio Bonito, o sistema está associado a um forte controle estrutural para o modelo de migração. A preparação de um mapa geológico integrado para a área de estudo envolvendo dados geológicos de campo, dados aeromagnetométricos e informações de furos de sondagem permitiu um entendimento mais aprofundado do arcabouço tectônico-estratigráfico da região. Seções geológicas mostraram a presença de falhas de grandes rejeitos que promoveram um sistema de Horsts e Grabens relacionados às NE-SW e secundariamente a falhas E-W, que permitiram a colocação da Formação Irati em contato lateral ou em um posicionamento abaixo da Formação Rio Bonito. A partir das seções cronoestratigráficas elaboradas foi possível reconhecer prováveis selos, trapas estratigráficos e estruturais, associados ao sistema petrolífero Irati-Rio Bonito. A análise geoquímica (isótopos e biomarcadores) dos óleos coletados na Formação Rio Bonito apontaram que os mesmos estão associadas aos folhelhos do Membro Assistência da Formação Irati, por possuírem uma razão pristano/fitano menor que 1, gamacerano, e a presença de isoprenóides pentametileicosano (i-25) e esqualano (i-30). A partir de análises geoquímicas realizadas em extratos orgânicos extraídos de folhelhos da Formação Irati intrudidos por diabásio, obteve-se valores da relação entre biomarcadores correspondentes e valores de Ro que indicam que foi alcançado o pico de geração de óleo. Contudo, não há registro na área de estudo de um soterramento suficiente que favorecesse essa situação, levando-nos, assim, a acreditar em um modelo de geração não convencional, por meio da intrusão de diabásio nas rochas geradoras. O arcabouço estrutural e os óleos estudados na região sugerem um processo migratório de sudoeste para o nordeste, ao longo de um sistema de falhas NE-SW, encontradas na região, que foram geradas anteriormente ou concomitantemente ao derrame basáltico associado à Formação Serra Geral.

News from Academy Bay

Oil Spill in Galápagos. Derrame de Combustible en las Aguas de Galápagos. Beagle V: The Station's New Vessel. Children Conservationists. Niños Conservacionistas. Fruto del Empeño: Nuevo Edificio en San Cristóbal. New Building in Isla San Cristóbal. CDRS Director in Argentina. Van Straelen Gift. Change in Directorship at the CDRS. Cambio del Director en la Estación Científica. International Symposium/Workshop on the Herpetology of the Galápagos Islands: Research & Conservation.

Petrografia, litogeoquímica e datação Ar-Ar dos montes submarinos e dos rochedos de Martim Vaz - Cadeia Vitória-Trindade

Este trabalho de mestrado estudou a ilha de Martin Vaz e cinco montes submarinos da Cadeia Vitória-Trindade Columbia, Dogaressa, Davis, Jaseur e Montague. Martin Vaz é um conjunto de ilhas formado pela ilha principal - Martin Vaz, duas ilhotas íngremes e inacessíveis - a Ilha do Norte e a Ilha do Sul além de vários rochedos menores, como o Rochedo Agulha, espalhados a 48 km a leste de Trindade, perfazendo uma área total de 0,3 km. Martin Vaz, assim como os montes submarinos, pertencem a chamada Cadeia Vitória-Trindade, estão inseridos em um contexto tectônico regional cujo trend W-E sugere representar o track da pluma mantélica de Trindade quando da passagem da Placa Sul Americana sobre ela desde o Terciário (CROUGH et al., 1980; OCONNOR & DUNCAN, 1990, GIBSON et at., 1997). A petrografia das amostras de Martin Vaz indica haver basanitos parcialmente alteradas, melanocráticas, textura afanítica, porosas, apresentando vesículas em torno de 1,0-5,0 milímetros. Apresenta fenocristais de piroxênio além de alguns fenocristais de olivina verde-oliva translúcido variando de 1,0-3,0 milímetros. A ilha principal apresenta também diques e necks fonolíticos apresentando matriz microlítica alterada, orientada, de cor verde apresentando minerais ripiformes de cor branca (feldspato alcalino) e outros de cor violácea (titanoaugita) além de pequenos opacos. Pequenos fenocristais de aegerina-augita fortemente pleocroica, alguns apresentando geminação simples, por vezes zonado, apresenta extinção variando de c ∧ α ou X = 23 a 33 (medida de 10 grãos). Biotita laranja amarronzada com textura poiquilítica (1,0 mm), minúsculos cristais euédricos de titanita (raros), além de cristais pseudohexagonais isotrópicos alterados de analcita e carbonatos. As amostras utilizadas neste trabalho de mestrado possuem valor mínimo de 33.91 % SiO2 (TRIM-01D) e máximo de 52,2 (MVA-01) variando de ultrabásicas a básicas. Através da análise dos óxidos SiO2 e MgO é possível distinguir dois grupos de rochas para Martin Vaz: um ultramáfico magnesiano (<42% SiO2 e >7% MgO) e um básico (>45% SiO2) e, para os montes submarinos, dois grupos: um ultramáfico magnesiano (>9% MgO <42% SiO2) e um básico (>45% SiO2 e com valores de MgO em torno de 4%). As análises de Ar-Ar para as quatro amostras de Martin Vaz apresentam idades para o derrame de basanito variando de 320366 Ka (MVA-10) à 623127 Ka (MVA-04). A única amostra datada representando do dique de fonólito é a MVA-05B e obteve idade de 64984 Ka, indicando ser contemporânea ao derrame basanítico.

Efeitos da privação de sono paradoxal na resposta inflamatória de ratos e avaliação do efeito antinociceptivo do ATL-1, um análogo sintético de 15-epi-lipoxinas

Sono e imunidade parecem apresentar uma relação de reciprocidade. A ativação do sistema imune altera o padrão de sono e distúrbios do sono podem afetar a função imune. Além disso, é bem descrito que a privação de sono paradoxal (PSP) leva à hiperalgesia e o tratamento com fármacos clássicos, como opióides ou antidepressivos tricíclicos, não é capaz de reverter este quadro. Neste trabalho, avaliamos se a PSP afetaria a resposta inflamatória e a sobrevida em ratos e se o tratamento com um análogo sintético de lipoxinas (ATL-1) seria capaz de reverter a hiperalgesia induzida pela PSP. Todos os protocolos experimentais foram previamente aprovados pelo Comitê de Ética para o Uso de Animais, da UERJ (CEUA/032/2010). Ratos Wistar machos foram submetidos a 96 h de PSP, induzidas pelo método de plataforma única (PU) ou de múltiplas plataformas modificado (MPM). Após 96 h de PSP os animais foram submetidos ao modelo da bolha de ar ou pleurisia utilizando-se a carragenina como agente flogístico, ou ainda a PSP foi aplicada antes ou após a indução de um modelo de ligação e perfuração do ceco (CLP). Quatro horas após a injeção de carragenina os animais apresentaram um aumento no recrutamento de leucócitos para a cavidade da bolha, porém não houve diferença entre animais PSP e controles. O número total de leucócitos no plasma não se alterou após a injeção de carragenina. Na pleurisia, os animais PSP apresentaram um aumento nos níveis de IL-6, IL-1β e TNF-α no plasma, enquanto apenas IL-1β e IL-6 estavam aumentados no exsudato pleural dos animais que receberam carragenina. O padrão de recrutamento de leucócitos para o local da injúria foi bastante semelhante entre os animais controle e PSP 2 h, 4 h e 24 h após a injeção de carragenina. Houve um aumento progressivo com o tempo, apresentando um pico em 24 h, no entanto, não foi observada diferença significativa na resposta dos grupos PSP. A PSP aplicada antes ou após a indução do CLP reduziu a sobrevida dos animais, mas não alterou o acúmulo de neutrófilos, nos dois protocolos. Quando a PSP foi aplicada antes do CLP, os níveis séricos de IL-6 estavam aumentados nos grupos PSP e PSPCLP, porém quando a PSP foi aplicada após o CLP, ambas IL-6 e IL-1β estavam aumentadas nos grupo PSPCLP. O efeito do tratamento com ATL-1 (10 g/kg, i.v.) na hiperalgesia induzida pela PSP foi determinado através do teste da formalina. O análogo reduziu o número de comportamentos relacionados à dor em animais PSP e controles na fase inflamatória do teste. Nossos resultados demonstraram que a PSP por 96 h aumentou os níveis plasmáticos de citocinas, reduziu a sobrevida dos animais, contudo não foi capaz de alterar o recrutamento de leucócitos frente a um estímulo inflamatório ou infeccioso. O aumento de mediadores inflamatórios observado nesses animais pode estar relacionado à hiperalgesia em animais PSP, uma vez que o tratamento com o ATL-1 reverteu esse efeito, possivelmente através de mecanismos envolvendo sua ação anti-inflamatória.

MicroRNAs in breast cancer progression and DNA damage response

Os tumores de mama são caracterizados pela sua alta heterogeneidade. O câncer de mama é uma doença complexa, que possui o seu desenvolvimento fortemente influenciado por fatores ambientais, combinada a uma progressiva acumulação de mutações genéticas e desregulação epigenética de vias críticas. Alterações nos padrões de expressão gênica podem ser resultado de uma desregulação no controle de eventos epigenéticos, assim como, na regulação pós-transcricional pelo mecanismo de RNA de interferência endógeno via microRNA (miRNA). Estes eventos são capazes de levar à iniciação, à promoção e à manutenção da carcinogênese, como também ter implicações no desenvolvimento da resistência à terapia Os miRNAs formam uma classe de RNAs não codificantes, que durante os últimos anos surgiram como um dos principais reguladores da expressão gênica, através da sua capacidade de regular negativamente a atividade de RNAs mensageiros (RNAms) portadores de uma seqüencia parcialmente complementar. A importância da regulação mediada por miRNAs foi observada pela capacidade destas moléculas em regular uma vasta gama de processos biológicos incluindo a proliferação celular, diferenciação e a apoptose. Para avaliar a expressão de miRNAs durante a progressão tumoral, utilizamos como modelo experimental a série 21T que compreende 5 linhagens celulares originárias da mesma paciente diagnosticada com um tumor primário de mama do tipo ErbB2 e uma posterior metástase pulmonar. Essa série é composta pela linhagem obtida a partir do tecido normal 16N, pelas linhagens correspondentes ao carcinoma primário 21PT e 21NT e pelas linhagens obtidas um ano após o diagnóstico inicial, a partir da efusão pleural no sítio metastatico 21MT1 e 21MT2. O miRNAoma da série 21T revelou uma redução significativa nos níveis de miR-205 e nos níveis da proteina e-caderina e um enriquecimento do fator pró-metastático ZEB-1 nas células 21MT. Considerando a importância dos miRNAs na regulação da apoptose, e que a irradiação em diferentes espectros é comumente usada em procedimentos de diagnóstico como mamografia e na radioterapia, avaliamos a expressão de miRNAs após irradiação de alta e baixa energia e do tratamento doxorrubicina. Para os ensaios foram utilizados as linhagens não tumorais MCF-10A e HB-2 e as linhagens de carcinoma da mama MCF-7 e T-47D. Observou-se que raios-X de baixa energia são capazes de promover quebras na molécula do DNA e apoptose assim como, alterar sensivelmente miRNAs envolvidos nessas vias como o let-7a, miR-34a e miR-29b. No que diz respeito à resposta a danos genotóxicos, uma regulação positiva sobre a expressão de miR-29b, o qual em condições normais é regulado negativamente foi observada uma regulação positiva sobre miR-29b expressão após todos os tratamentos em células tumorais. Nossos resultados indicam que miR-29b é um possível biomarcador de estresse genotóxico e que miR-205 pode participar no potencial metastático das células 21T.

Ecologia e paleoecologia de foraminíferos do holoceno na Baia de Guanabara, RJ

Este estudo teve como objetivo contribuir com as informações ecológicas e paleoecológicas geradas para a Baía de Guanabara com base na distribuição das assembléias de foraminíferos bentônicos. Para tal foram coletadas 30 amostras de sedimento superficial, ao longo de três perfis distribuídos pela baía e um testemunho (BG28) de 6 m de comprimento retirado próximo a Ilha do Governador. Nas amostras superficiais foram identificados 30 gêneros e 52 espécies das quais as espécies mais constantes foram Amonia tepida e Bolivina translucens que apresentaram a maior constância. Espécies de habitat de plataforma foram identificadas em diversas estações indicando uma boa eficiência no transporte das correntes de fundo para dentro da baía. Das estações superficiais analisadas, 10 localizadas ao redor da Ilha do Governador não continham testas de foraminíferos, possivelmente como resultado da acidificação do sedimento causado pelo derrame de óleo ocorrido em 2000. O índice de confinamento associado às análises de agrupamento e ao DCA indicaram a presença de três setores ambientais influenciadas por COT e granulometria. O primeiro setor entre Copacabana-Itatipú e Aeroporto Santos Dumont Ilha de Boa Viagem foi o ambiente marinho, o segundo setor entre o Aeroporto Santos Dumont - Ilha de Boa Viagem e Ilha do Governador Ilha de Paquetá Litoral de São Gonçalo pode se classificado como um ambiente de estuário inferior ou baía com grande influência marinha e o terceiro setor entre a Ilha do Governador Ilha de Paquetá Litoral de São Gonçalo e fundo da baía como o ambiente mais confinado. No testemunho foram feitas 7 datações indicando uma idade de aproximadamente 5180 40 anos BP. As datações também mostraram que nos últimos anos a taxa de sedimentação aumentou muito podendo estar relacionada com o período de colonização européia. Foram encontradas 18 gêneros e 30 espécies de foraminíferos das quais a espécie mais constante foi a Ammonia tepida seguida pela Buliminella elegantissima. O padrão de distribuição dessas espécies ocorreu com a maior abundância de B. elegantissima nas porções mais inferiores do testemunho e uma abundância maior de A. tepida nas porções mais superiores. Os índices de confinamento junto com as análises de agrupamento e com as curvas de isótopos mostraram que houve poucas oscilações no aporte de água marinha naquela região. As análises dos isótopos de C13 e C14 e O16 e O18 não seguiram um padrão inverso comum em outros estudos, possivelmente influenciado pela proximidade da costa. As análises de agrupamentos indicaram que nos últimos 5180 anos BP a baía não sofreu grandes variações ambientais, ou seja, a região oeste da baía mesmo apresentando alterações ao longo dos anos não foi suficiente para modificar as características de confinamento. As análises nos padrões de distribuição das assembléias de foraminíferos demonstraram ser eficientes ferramentas na caracterização ambiental e paleoambiental da Baía de Guanabara.

Evaluation of a WHO-Validated Serotype-Specific Serological Assay for the Diagnosis of Pneumococcal Etiology in Children with Community-Acquired Pneumonia.

BACKGROUND: The etiologic diagnosis of community-acquired pneumonia (CAP) remains challenging in children because blood cultures have low sensitivity. Novel approaches are needed to confirm the role of Streptococcus pneumoniae. METHODS: In this study, pneumococcal aetiology was determined by serology using a subset of blood samples collected during a prospective multicentre observational study of children <15 years of age hospitalised in Belgium with X-ray-confirmed CAP. Blood samples were collected at admission and 3-4 weeks later. Pneumococcal (P)-CAP was defined in the presence of a positive blood or pleural fluid culture. Serotyping of Streptococcus pneumoniae isolates was done with the Quellung reaction. Serological diagnosis was assessed for nine serotypes using World Health Organization validated IgG and IgA serotype-specific enzyme-linked immunosorbent assays (ELISAs). RESULTS: Paired admission/convalescent sera from 163 children were evaluated by ELISA (35 with proven P-CAP and 128 with non proven P-CAP). ELISA detected pneumococci in 82.8% of patients with proven P-CAP. The serotypes identified were the same as with the Quellung reaction in 82% and 59% of cases by IgG ELISA and IgA ELISA, respectively. Overall, ELISA identified a pneumococcal aetiology in 55% of patients with non-proven P-CAP. Serotypes 1 (51.6%), 7F (19%), and 5 (15.7%) were the most frequent according to IgG ELISA. CONCLUSIONS: In conclusion, the serological assay allows recognition of pneumococcal origin in 55% of CAP patients with negative culture. This assay should improve the diagnosis of P-CAP in children and could be a useful tool for future epidemiological studies on childhood CAP etiology.

Pneumococcal aetiology and serotype distribution in paediatric community-acquired pneumonia.

Community-acquired pneumonia (CAP) is a major cause of morbidity in children. This study estimated the proportion of children with pneumococcal CAP among children hospitalised with CAP in Belgium and describes the causative serotype distribution after implementation of the 7-valent pneumococcal conjugate vaccine. Children 0-14 years hospitalised with X-ray-confirmed CAP were prospectively enrolled in a multicentre observational study. Acute and convalescent blood samples were collected. Pneumococcal aetiology was assessed by conventional methods (blood or pleural fluid cultures with Quellung reaction capsular typing or polymerase chain reaction [PCR] in pleural fluid), and recently developed methods (real-time PCR in blood and World Health Organization-validated serotype-specific serology). A total of 561 children were enrolled. Pneumococcal aetiology was assessed by conventional methods in 539, serology in 171, and real-time PCR in blood in 154. Pneumococcal aetiology was identified in 12.2% (66/539) of the children by conventional methods alone but in 73.9% by the combination of conventional and recently developed methods. The pneumococcal detection rate adjusted for the whole study population was 61.7%. Serotypes 1 (42.3%), 5 (16.0%), and 7F(7A) (12.8%) were predominant. In conclusion, Streptococcus pneumoniae remains the predominant bacteria in children hospitalised for CAP in Belgium after implementation of 7-valent pneumococcal conjugate vaccine, with non-vaccine-serotypes accounting for the majority of cases. The use of recently developed methods improves diagnosis of pneumococcal aetiology.