989 resultados para DEL(GJB6-D13S1830) MUTATION


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Purpose: Congenital hereditary endothelial dystrophy 2 (CHED2) is an autosomal recessive disorder caused by mutations in the solute carrier family 4, sodium borate transporter, member 11 (SLC4A11) gene. The purpose of this study was to identify the genetic cause of CHED2 in six Indian families and catalog all known mutations in the SLC4A11 gene. Methods: Peripheral blood samples were collected from individuals of the families with CHED2 and used in genomic DNA isolation. PCR primers were used to amplify the entire coding region including intron-exon junctions of SLC4A11. Amplicons were subsequently sequenced to identify the mutations. Results: DNA sequence analysis of the six families identified four novel (viz., p.Thr262Ile, p.Gly417Arg, p.Cys611Arg, and p.His724Asp) mutations and one known p.Arg869His homozygous mutation in the SLC4A11 gene. The mutation p.Gly417Arg was identified in two families. Conclusions: This study increases the mutation spectrum of the SLC4A11 gene. A review of the literature showed that the total number of mutations in the SLC4A11 gene described to date is 78. Most of the mutations are missense, followed by insertions-deletions. The present study will be helpful in genetic diagnosis of the families reported here.

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Tumor-suppressor protein p53, the `guardian of the genome', is critical in maintaining cellular homeostasis and genomic stability. Earlier, we have reported the discovery of internal ribosome entry sites (IRESs) within the p53 mRNA that regulate the translation of the full length and its N-terminal-truncated isoform, Delta N-p53. Polypyrimidine tract-binding protein (PTB) is an IRES trans-acting factor that positively regulates the IRES activities of both p53 isoforms by relocating from nucleus to the cytoplasm during stress conditions. Here we have demonstrated the putative contact points of PTB on the p53 IRES RNA. Studies on mutations that occur naturally in the 5' untranslated region (5' UTR) in p53 mRNA were lacking. We have investigated a naturally occurring C-to-T single-nucleotide polymorphism (SNP) first reported in human melanoma tumors. This SNP is at position 119 in the 5' UTR of p53 mRNA and we demonstrate that it has consequences on the translational control of p53. Introduction of this SNP has led to decrease in cap-independent translation from p53 5' UTR in bicistronic reporter assay. Further, the effects of this SNP on cap-independent translation have been studied in the context of p53 cDNA as well. Interestingly, the 5' UTR with this SNP has shown reduced binding to PTB that can be corroborated to its weaker IRES activity. Previously, it has been shown that G2-M checkpoint, DNA-damaging stress and oncogenic insult favor IRES-mediated translation. Under similar conditions, we demonstrate that this SNP interferes with the enhancement of the IRES activity of the 5' UTR. Taken together, the results demonstrate for the first time that SNP in the 5' UTR of the p53 mRNA might have a role in translational control of this critical tumor-suppressor gene.

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Background: Muscle-specific deficiency of iron-sulfur (Fe-S) cluster scaffold protein (ISCU) leads to myopathy. Results: Cells carrying the myopathy-associated G50E ISCU mutation demonstrate impaired Fe-S cluster biogenesis and mitochondrial dysfunction. Conclusion: Reduced mitochondrial respiration as a result of diminished Fe-S cluster synthesis results in muscle weakness in myopathy patients. Significance: The molecular mechanism behind disease progression should provide invaluable information to combat ISCU myopathy. Iron-sulfur (Fe-S) clusters are versatile cofactors involved in regulating multiple physiological activities, including energy generation through cellular respiration. Initially, the Fe-S clusters are assembled on a conserved scaffold protein, iron-sulfur cluster scaffold protein (ISCU), in coordination with iron and sulfur donor proteins in human mitochondria. Loss of ISCU function leads to myopathy, characterized by muscle wasting and cardiac hypertrophy. In addition to the homozygous ISCU mutation (g.7044GC), compound heterozygous patients with severe myopathy have been identified to carry the c.149GA missense mutation converting the glycine 50 residue to glutamate. However, the physiological defects and molecular mechanism associated with G50E mutation have not been elucidated. In this report, we uncover mechanistic insights concerning how the G50E ISCU mutation in humans leads to the development of severe ISCU myopathy, using a human cell line and yeast as the model systems. The biochemical results highlight that the G50E mutation results in compromised interaction with the sulfur donor NFS1 and the J-protein HSCB, thus impairing the rate of Fe-S cluster synthesis. As a result, electron transport chain complexes show significant reduction in their redox properties, leading to loss of cellular respiration. Furthermore, the G50E mutant mitochondria display enhancement in iron level and reactive oxygen species, thereby causing oxidative stress leading to impairment in the mitochondrial functions. Thus, our findings provide compelling evidence that the respiration defect due to impaired biogenesis of Fe-S clusters in myopathy patients leads to manifestation of complex clinical symptoms.

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Purpose: Weill-Marchesani syndrome (WMS) is a rare connective tissue disorder, characterized by short stature, micro-spherophakic lens, and stubby hands and feet (brachydactyly). WMS is caused by mutations in the FBN1, ADAMTS10, and LTBP2 genes. Mutations in the LTBP2 and ADAMTS17 genes cause a WMS-like syndrome, in which the affected individuals show major features of WMS but do not display brachydactyly and joint stiffness. The main purpose of our study was to determine the genetic cause of WMS in an Indian family. Methods: Whole exome sequencing (WES) was used to identify the genetic cause of WMS in the family. The cosegregation of the mutation was determined with Sanger sequencing. Reverse transcription (RT)-PCR analysis was used to assess the effect of a splice-site mutation on splicing of the ADAMTS17 transcript. Results: The WES analysis identified a homozygous novel splice-site mutation c.873+1G>T in a known WMS-like syndrome gene, ADAMTS17, in the family. RT-PCR analysis in the patient showed that exon 5 was skipped, which resulted in the deletion of 28 amino acids in the ADAMTS17 protein. Conclusions: The mutation in the WMS-like syndrome gene ADAMTS17 also causes WMS in an Indian family. The present study will be helpful in genetic diagnosis of this family and increases the number of mutations of this gene to six.

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Structure-function implication on a novel homozygous Trp250/Gly mutation of transglutaminase-1 (TGM1) observed in a patient of autosomal recessive congenital ichthyosis is invoked from a bioinformatics analysis. Structural consequences of this mutation are hypothesized in comparison to homologous enzyme human factor XIIIA accepted as valid in similar structural analysis and are projected as guidelines for future studies at an experimental level on TGM1 thus mutated.

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Background. Pediatric glioblastoma multiforme (GBM) is rare, and there is a single study, a seminal discovery showing association of histone H3.3 and isocitrate dehydrogenase (IDH) 1 mutation with a DNA methylation signature. The present study aims to validate these findings in an independent cohort of pediatric GBM, compare it with adult GBM, and evaluate the involvement of important functionally altered pathways. Methods. Genome-wide methylation profiling of 21 pediatric GBM cases was done and compared with adult GBM data (GSE22867). We performed gene mutation analysis of IDH1 and H3 histone family 3A (H3F3A), status evaluation of glioma cytosine-phosphate-guanine island methylator phenotype (G-CIMP), and Gene Ontology analysis. Experimental evaluation of reactive oxygen species (ROS) association was also done. Results. Distinct differences were noted between methylomes of pediatric and adult GBM. Pediatric GBM was characterized by 94 hypermethylated and 1206 hypomethylated cytosine-phosphate-guanine (CpG) islands, with 3 distinct clusters, having a trend to prognostic correlation. Interestingly, none of the pediatric GBM cases showed G-CIMP/IDH1 mutation. Gene Ontology analysis identified ROS association in pediatric GBM, which was experimentally validated. H3F3A mutants (36.4%; all K27M) harbored distinct methylomes and showed enrichment of processes related to neuronal development, differentiation, and cell-fate commitment. Conclusions. Our study confirms that pediatric GBM has a distinct methylome compared with that of adults. Presence of distinct clusters and an H3F3A mutation-specific methylome indicate existence of epigenetic subgroups within pediatric GBM. Absence of IDH1/G-CIMP status further indicates that findings in adult GBM cannot be simply extrapolated to pediatric GBM and that there is a strong need for identification of separate prognostic markers. A possible role of ROS in pediatric GBM pathogenesis is demonstrated for the first time and needs further evaluation.

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Rifampicin (Rif) is a first line drug used for tuberculosis treatment. However, the emergence of drug resistant strains has necessitated synthesis and testing of newer analogs of Rif. Mycobacterium smegmatis is often used as a surrogate for M. tuberculosis. However, the presence of an ADP ribosyltransferase (Arr) in M. smegmatis inactivates Rif, rendering it impractical for screening of Rif analogs or other compounds when used in conjunction with them (Rif/Rif analogs). Rifampicin is also used in studying the role of various DNA repair enzymes by analyzing mutations in RpoB (a subunit of RNA polymerase) causing Rif resistance. These analyses use high concentrations of Rif when M. smegmatis is used as model. Here, we have generated M. smegmatis strains by deleting arr (Delta arr). The M. smegmatis Delta arr strains show minimum inhibitory concentration (MIC) for Rif which is similar to that for M. tuberculosis. The MICs for isoniazid, pyrazinamide, ethambutol, ciprofloxacin and streptomycin were essentially unaltered for M. smegmatis Delta arr. The growth profiles and mutation spectrum of Delta arr and, Delta arr combined with Delta udgB (udgB encodes a DNA repair enzyme that excises uracil) strains were similar to their counterparts wild-type for arr. However, the mutation spectrum of Delta fpg Delta arr strain differed somewhat from that of the Delta fpg strain (fpg encodes a DNA repair enzyme that excises 8-oxo-G). Our studies suggest M. smegmatis Delta arr strain as an ideal model system in drug testing and mutation spectrum determination in DNA repair studies.

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Rapid and high wing-beat frequencies achieved during insect flight are powered by the indirect flight muscles, the largest group of muscles present in the thorax. Any anomaly during the assembly and/or structural impairment of the indirect flight muscles gives rise to a flightless phenotype. Multiple mutagenesis screens in Drosophila melanogaster for defective flight behavior have led to the isolation and characterization of mutations that have been instrumental in the identification of many proteins and residues that are important for muscle assembly, function, and disease. In this article, we present a molecular-genetic characterization of a flightless mutation, flightless-H (fliH), originally designated as heldup-a (hdp-a). We show that fliH is a cis-regulatory mutation of the wings up A (wupA) gene, which codes for the troponin-I protein, one of the troponin complex proteins, involved in regulation of muscle contraction. The mutation leads to reduced levels of troponin-I transcript and protein. In addition to this, there is also coordinated reduction in transcript and protein levels of other structural protein isoforms that are part of the troponin complex. The altered transcript and protein stoichiometry ultimately culminates in unregulated acto-myosin interactions and a hypercontraction muscle phenotype. Our results shed new insights into the importance of maintaining the stoichiometry of structural proteins during muscle assembly for proper function with implications for the identification of mutations and disease phenotypes in other species, including humans.

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The leaf surface usually stays flat, maintained by coordinated growth. Growth perturbation can introduce overall surface curvature, which can be negative, giving a saddle-shaped leaf, or positive, giving a cup-like leaf. Little is known about the molecular mechanisms that underlie leaf flatness, primarily because only a few mutants with altered surface curvature have been isolated and studied. Characterization of mutants of the CINCINNATA-like TCP genes in Antirrhinum and Arabidopsis have revealed that their products help maintain flatness by balancing the pattern of cell proliferation and surface expansion between the margin and the central zone during leaf morphogenesis. On the other hand, deletion of two homologous PEAPOD genes causes cup-shaped leaves in Arabidopsis due to excess division of dispersed meristemoid cells. Here, we report the isolation and characterization of an Arabidopsis mutant, tarani (tni), with enlarged, cup-shaped leaves. Morphometric analyses showed that the positive curvature of the tni leaf is linked to excess growth at the centre compared to the margin. By monitoring the dynamic pattern of CYCLIN D3;2 expression, we show that the shape of the primary arrest front is strongly convex in growing tni leaves, leading to excess mitotic expansion synchronized with excess cell proliferation at the centre. Reduction of cell proliferation and of endogenous gibberellic acid levels rescued the tni phenotype. Genetic interactions demonstrated that TNI maintains leaf flatness independent of TCPs and PEAPODs.

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La presente investigación fue realizada en la micro cuenca el Coyote ubicada en el municipio de Condega Departamento de Estelí, como parte del convenio de la Universidad Nacional Agraria con el proyecto CARE/MARENA/P IMCHAS, con el fin de mejorar las condiciones ambientales de la micro cuenca. La intención de la investigación fue evaluar la composición florística del bosque ripario de la parte alta, media y baja de la micro cuenca donde se desarrolló en tres etapas: re conocimiento del área, realización del inventario forestal y diagnóstico de la vegetación arbórea. La metodología que se utilizó en dicho estudio fue la aplicación de un inventario forestal con un área muestreada de 0.24 ha (inventario sis temá tico con par celas de 0.01 ha cada una, con un a intensidad de muestreo 0.08 %. La composición florística existente en el bosque la conforman un total de 66 individuos mayores a los 10cm de DAP equivalentes a 31 especies arbóreas, y 18 familias botánicas, sobresaliendo la Fabaceae (5), Mimosaceae (5) y Anacardiaceae (3 especies). En las clases diamétricas la mayoría de los individuos se encuentran en la categoría diamétrica de 10 - 19.9 (clases 1) siendo la parte alta el sitio que más árboles posee con (66.66 arb ha - 1 ) y la parte media con 20.83 arb ha - 1 la parte alta con el m enor número de árboles 8.33 arb ha - 1 en la categoría de 20 - 39.9 (clase 2 y 3), donde el mayor número de individuos se encuentran en la parte baja de la microcuenca con 66.66 arb ha - 1 y la parte me dia con 20.83 arb ha - 1 , la parte alta con el men or número de árboles 8.33 arb ha - 1 . Las categorías silviculturales el mayor porcentaje de árboles presentan fuste recto sin daño evidente (categoría 1), distribuidos de la siguiente manera 13.64 % en la parte alta, 10.61 % en la parte media y 16.67 % en la parte baja. En la categoría de iluminación vertical plena el may or porcentaje de árboles se encuentra en la (categoría 2), distribuidos para la parte alta y la parte media el 4.55% y la parte baja con el 13.64% . Encontramos en la parte baja el 18.18% de árboles sin lianas (categorí a 1), observándose para la parte media el 10.61% y la parte alta el 15.15%, en esta misma categoría. En cuanto a la vigorosidad de los árboles en el bosque ripario la parte baja de la microcuenca tiene el mayor porcentaje con 17.67%, con buen follaje y buena vitalidad aparente, sin daño que afecte su crecimiento (categoría 1), seguida de la parte alta con 13.64% y la parte media con 12.12%. La regeneración natural e n (área muestr eada 0.024 ), consiguiente fue de 541.7 plantas ha - 1 , representada por 10 familias botánicas (Euphorbiaceae, Sterculiaceae, Anacardiaceae, Rutaceae, Mimosaceae, Fagaceae, Myrtaceae, Arecaceae, Verbenaceae y Bignonaceae).

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El objetivo fue evaluar el establecimiento de tres especies forestales de valor comercial, Swietenia humilis, Cedrela odorata y Pachira quinata, como medida de enriquecimiento del bosque seco secundario de Nandaime, como medida de enriquecimiento del bosque seco. Se establecieron tres parcelas cuadradas con área de 625 m² (25 m x 25 m) y un espaciamiento de 3 m x 3 m entre plantas y líneas. Se plantaron 15 plantas por especie para un total de 45 individuos por parcelas, cada parcela con un porcentaje de cobertura de dosel correspondiente a: 0 a 20%, 20 a 50% y 50% a más. Las variables medidas fueron sobrevivencia, daños por insectos. Se obtuvo un porcentaje general de sobrevivencia de 53%, C. odorata es la especie que presentó valores más bajos (0%) en la cobertura0 a 20% y mayor de 50, los principales daños causados fueron notorios en los meses secos al final del período evaluado, principalmente en la cobertura mayor a 50%. Con los resultados obtenidos de las tres especies evaluadas se concluye que las especies P. quinata y Swietenia humilis, pueden utilizarse en plantaciones de enriquecimiento forestal con cobertura inferior al a 50% mientras C. odorata siempre y cuando se establezca un sistema de monitoreo y control de agentes de agentes que incrementan el riesgo de mortalidad de la especie.

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La cuantificación del cambio de uso del suelo presenta aún altos niveles de incertidumbre, lo que repercute por ejemplo en la estimación de las emisiones de CO 2 . En este estudio se desarrollaron métodos, basados en imágenes de satélite y trabajo de campo, para estimar la tasa de cambio de la cobertura y uso del suelo, y las emisiones de CO 2 en la subcuenca río Dipilto, Nueva Segovia. La superficie de los tipos de vegetación se determinó con imágenes Landsat. Se utilizaron datos de carbono de nueve parcelas de muestreo en bosque de pino que fueron correlacionadas, para establecer un modelo de regresión lineal con el objetivo de estimar el Stock de Carbono. La sobreposición y algebra de mapas se utilizó para el escenario de emisiones de CO 2 . El análisis con imágenes de los años 1993, 2000 y 2011 reveló que durante es tos 18 años la velocidad a la que se perdieron los bosques latifoliados cerrado fue variable. Durante los primeros 7 años (1993 a 2000) se registró un aumento de 99.95 ha , que corresponde a una tasa de deforestación de - 1.45 % anual. Durante los últimos once años (2000 a 2011) esta cantidad cambió totalmente, ya que se eliminaron 331.76 h a , que corresponde a una tasa de deforestación anual de 3.41 %. Finalmente considerando el periodo de análisis, se transformaron más de 232.01 h a por año, correspondiente a u na tasa de deforestación anual de 1.55 %. La imagen de 2011 demostró que las reservas o Stock de C oscila entre 40 - 150 t/ha. Este intervalo de valores fue estimado por un modelo de regresión con razonable ajuste (R2 = 0.73 ), cuyas variables independientes fueron la reflectancia de las distintas bandas como índices de vegetación e infrarrojo cercano. Las pérdidas de C se estimaron en intervalos 1 - 191 t/h a en 20.76% del área. El 32.85% del área se mantuvo estable y 46.39% ganancias de 1 - 210 t/ha. La combinación de imágenes de resolución espacial media como son las de la serie Landsat para definir trayectorias de cambio de la cobertura del suelo, es una opción viable para la solución de interrogantes relacionadas con el cambio climático, tales como la estimación de las emisiones de CO 2 derivadas del cambio de uso del suelo.

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En la microcuenca El Coyote localizada en el municipio de Condega, Estelí, se evaluó la calidad del agua superficial de sde febrero del 2010 a febrero del 2011. El propósito fue la identificación de indicadores que faciliten la vigilancia y monitoreo de la calidad del agua . Se integró un sistema multimétrico utilizando las características físicoquímicas y bacteriológicas, macro invertebrados acuáticos, la caracterización morfométrica de la microcuenca y la información resultante a nivel de comunidad (cambios en el uso del suelo). En la determinación de la relación de la calidad del agua con la estructura de la macrofauna acuática (macroinvertebrados) se usó el método Biological Monitoring Working Party (BMWP/Col ) . La microcuenca tiene 144 afluentes con una forma oval - oblonga - alargada, y su curva hipsométrica refleja un estado de equilibrio relativo de juvenil a madurez. El uso del suelo es inadecuado y su entorno natural fue valorado como subóptimo. Aunque los parámetros fisico químicos indicaron que las aguas son alcalinas, con un nivel aceptable de oxigeno disuelto, categorizadas según el Diagrama de Riverside como aguas aptas par a riego (C2 - S1), y aceptables según valores determinados para DBO 5 y DQO; sin embargo, requieren de un tratamiento de descontaminación previo a su uso doméstico y agropecuario. Además, debido a la presencia de coliformes fecales estas aguas no están aptas para consumo humano . Los macroinvertebrados varían, según la estacionalidad, en riqueza, abundancia y distribución, presentando una disminución en el número de individuos en la época lluviosa (t= 5.21, p<2.18E - 07). E l 6 8 . 91 % de los macroinvertebrados bioin dicadores se distribuyeron en cinco familias : Leptohyphidae , Baetidae , Hydropsychidae , Chironomidae y Physidae , siendo el cariotipo piedra el que present ó mayor diversidad y abundancia . El promedio del BMWP /Col fue de 60.06, indicando una calidad del agua entre dudosa y aceptable , y el índice ASPT de 6.71 señala una contaminación moderada ; estos resultados coincide n con los obtenidos utilizando la batería de indicadores fisicoquímicos y bacteriológicos .

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En investigación se determinó la densidad, número de familia y composición de familias de macroinvertebrados encontradas en tres microcuencas de la Subcuenca del Río Estelí y dos microcuenca de la Subcuenca del Río Viejo. En el marco del proyecto UNA/CARE/MARENA/PIMCHAS, 2010. Al mismo tiempo se realizó comparación de la densidad con respecto al uso de suelo. De igual manera, se determinó el cambio de macroinvertebrados en tres profundidades de muestreo (hojarasca, 1 -10cmy 10-25cm) y se agruparon por sus hábitos alimenticios. Para la toma de datos se exploraron los macroinvertebrados en 171 monolitos de 20x20x25 cm repartidos en los sitios de acción del proyecto UNA-CARE-MARENA- PIMCHAS de las microcuencas El Coyote, Las Chichiguas, La Pita, La Laguneta y Tomabú. Los 2,920 individuos identificados se determinaron en 52 familias, 22 órdenes, 7 clases y 4 filums. El número de familias y su composición no varió significativamente entre microcuencas ni entre sitios. Las familias que obtuvieron los mayores valores de abundancia en general fueron: Carabidae, Staphylinidae, Curculionidae, miembros de la clase Diplopoda- d, Formicidae y Scolopendridae. La densidad y el número de familias no variaron significativamente en las tres profundidades estudiadas , pero sí varió la composición de familias. Los individuos con hábitos alimenticios fitófagos y depredadores, además de estar entre los grupos con más individuos por m2 , junto a los fungívoros y xilófagos, tuvieron la mayor variedad de familias. Los usos de tierra en donde se reportaron los mayores números de individuos por m 2 fueron de manera descendente: café con sombra, bosque, granos básicos y pasto. El número de familias no varió significativamente entre los usos, sin embargo la composición de familia si varió.

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Con el objetivo de aportar conocimientos para el manejo eficiente del recurso arbóreo urbano público, se realizó el presente estudio en dos de los principales parques de Managua "Las Piedrecitas" y "Japonés" en este se presenta información sobre el estado actual del arbolado, como estado silvicultura! y fitosanitario al igual que conocer los gustos y preferencias de los usuarios en relación a la situación del estado del arbolado, por medio de la aplicación de un cuestionario. Para describir el arbolado y determinar su condición, se realizó el inventario de la vegetación y se tomaron algunos parámetros dasométricos. Obteniendo como resultados 466 árboles, agrupados en 24 familias y 50 especies arbóreas, de los cuales el 82% se consideran como regular, de porte bajo, con escaso desarrollo de la copa, fustes inclinados, la mayoría con presencia de daños mecánicos, quiebres de ramas y heridas en el fuste. En base a estas condiciones silviculturales y fitosanitarias, se formularon algunas propuestas técnicas para el cuido y manejo estético de los árboles presentes en el parque, lo cual traerá beneficios ambientales como por ejemplo, reducir la contaminación del aire y ruido, la modificación del microclima y un realce del paisaje con impactos positivos en la psique humana, además de beneficios sociales y económicos a los usuarios de la zona, haciendo del ambiente un lugar más agradable, placentero para disfrutar, y utilizar el tiempo libre; generando a la vez fuentes de empleo, así como permitirá el desarrollo de una ciudad más verde, propiciando mínimos impactos negativos al ambiente urbano.