Genomics of "chlamydia"-related bacteria

AbstractThe Chlamydiales order is an important bacterial phylum that comprises some of the most successful human pathogens such as Chlamydia trachomatis, the leading infectious cause of blindness worldwide. Since some years, several new bacteria related to Chlamydia have been discovered in clinical or environmental samples and might represent emerging pathogens. The genome sequencing of classical Chlamydia has brought invaluable information on these obligate intracellular bacteria otherwise difficult to study due to the lack of tools to perform basic genetic manipulation. The recent emergence of high-throughput sequencing technologies yielding millions of reads in a short time lowered the costs of genome sequencing and thus represented a unique opportunity to study Chlamydia-re\ated bacteria. Based on the sequencing and the analysis of Chlamydiales genomes, this thesis provides significant insights into the genetic determinants of the intracellular lifestyle, the pathogenicity, the metabolism and the evolution of Chlamydia-related bacteria. A first approach showed the efficacy of rapid sequencing coupled to proteomics to identify immunogenic proteins. This method, particularly useful for an emerging pathogen such as Parachlamydia acanthamoebae, enabled us to discover good candidates for the development of diagnostic tools that would permit to evaluate at larger scale the role of this bacterium in disease. Second, the complete genome of Waddlia chondrophila, a potential agent of miscarriage, encodes numerous virulence factors to manipulate its host cell and resist to environmental stresses. The reconstruction of metabolic pathways showed that the bacterium possesses extensive capabilities compared to related organisms. However, it is still incapable of synthesizing some essential components and thus has to import them from its host. Third, the genome comparison of Protochlamydia naegleriophila to its closest known relative Protochlamydia amoebophila revealed a particular evolutionary dynamic with the occurrence of an unexpected genome rearrangement. Fourth, a phylogenetic analysis of P. acanthamoebae and Legionella drancourtii identified several genes probably exchanged by horizontal gene transfer with other intracellular bacteria that might occur within their amoebal host. These genes often encode mechanisms for resistance to metal or toxic compounds. As a whole, the analysis of the different genomes enabled us to highlight a large diversity in size, GC percentage, repeat content as well as plasmid organization. The abundant genomic data obtained during this thesis have a wide impact since they provide the necessary bases for detailed investigations on countless aspects of the biology and the evolution of Chlamydia-related bacteria, whether in wet lab or by bioinformatical analyses.RésuméL'ordre des Chlamydiales est un important phylum bactérien qui comprend de nombreuses espèces pathogènes pour l'homme et les animaux, dont Chlamydia trachomatis, responsable du trachome, la cause majeure de cécité d'origine infectieuse à travers le monde. Durant ces dernières décennies, de nombreuses bactéries apparentées aux Chlamydia ont été découvertes dans des échantillons environnementaux ou cliniques mais leur éventuel rôle pathogène dans le développement de maladies reste peu connu. Ces bactéries sont des intracellulaires obligatoires car elles ont besoin d'une cellule hôte pour se multiplier, ce qui rend leur étude particulièrement difficile. Le développement de nouvelles technologies permettant de séquencer le génome d'un organisme rapidement et à moindre coût ainsi que l'essor des méthodes d'analyse s'y rapportant représentent une opportunité exceptionnelle d'étudier ces organismes. Dans ce contexte, cette thèse démontre l'utilité de la génomique pour développer de nouveaux outils diagnostiques ainsi que pour étudier le métabolisme de ces bactéries, leurs facteurs de virulence et leur évolution.Ainsi, une première approche a illustré l'utilité d'un séquençage rapide pour obtenir les informations nécessaires à l'identification de protéines qui sont reconnues par des anticorps humains ou animaux. Cette méthode, particulièrement utile pour un pathogène émergent tel que Parachlamydia acanthamoebae, a permis de découvrir de bons candidats pour le développement d'un outil diagnostique qui permettrait d'évaluer à plus large échelle le rôle de cette bactérie notamment dans la pneumonie. L'analyse du contenu génique de Waddlia chondrophila, un autre germe qui pourrait être impliqué dans les avortements et tes fausses-couches, a en outre mis en évidence la présence de nombreux facteurs connus qui lui permettent de manipuler son hôte. Cette bactérie possède de plus grandes capacités métaboliques que les autres Chlamydia, mais elle est incapable de synthétiser certains composants et doit donc les importer de son hôte pour subvenir à ses besoins. La comparaison du génome de Protochlamydia naegleriophila à son plus proche parent, Protochlamydia amoebophila, a dévoilé une évolution dynamique particulière avec l'occurrence d'un réarrangement majeur inattendu après la séparation de ces deux espèces. En outre, ces études ont montré l'occurrence de plusieurs transferts de gène avec d'autres organismes plus éloignés, notamment d'autres intracellulaires d'amibes, souvent pour l'acquisition de mécanismes de résistances à des composés toxiques. Les données génomiques acquises durant ce travail posent les fondements nécessaires a de nombreuses analyses qui permettront progressivement de mieux comprendre de nombreux aspects de ces bactéries fascinantes.

On the function of proton-gated ion channels ASICs and TRPV1 : a patch-clamp study

AbstractAcidosis is encountered during tissue inflammation and triggers pain in humans. H+-gated ion channels are expressed at high levels in sensory neurons of the peripheral nervous system. Ion channels from two different families present the required pH sensitivity to detect the acidosis associated with peripheral inflammation: Acid-Sensing Ion Channels (ASICs) and the Transient Receptor Potential Vanilloid-1 (TRPV1) channel.ASICs are members of the Degenerin/Epithelial Na+ Channel family of ion channels. Six ASIC subunits have been identified in mammals (ASICla, -lb, -2a, -2b, -3 and -4). ASICs form In-activated voltage-insensitive homo- or heterotrimeric Na+ channels. TRPV1 is a member of the TRP family of ion channels and forms non-selective cation channels that mediate a sustained current. TRPV1 is activated by H+, heat (T>43°C), lipids, capsaicin, voltage and other stimuli. A stimulus can increase TRPV1 response to a different stimulus. For example H+ can shift the capsaicin concentration dependence of TRPV1 to lower values. ASICs and TRPV1 have been shown to be involved in inflammatory pain. Using the patch-clamp technique, we studied different aspects of the function of ASICs and TRPV1 in the physiological context of pain.In the first part of this thesis, we characterize the effect of a temperature increase from 25 to 35°C on the function of ASICs and TRPV1 in transfected CHO cells and primary cultures of rat DRG sensory neurons. ASICs give rise to transient currents while TRPV1 mediates a sustained current. In addition, ASICs and TRPV1 respond to H+ with distinct pH dependences. We assess the relative contribution of ASICs and TRPV1 to H+-evoked electrical signaling in rat DRG neurons and we conclude that ASICs are the most important pH sensors in the pH range 7.4 to 6.0 at 35°C in sensory neurons.ASICs and TRPV1 are expressed in the epithelium lining the lumen of the bladder (urothelium). The Bladder Pain Syndrome/Interstitial Cystitis (BPS/IC) is a painful condition associated with a dysfunction of the urothelial barrier and with inflammation. In the second part of this thesis, we show that human urothelial cells -the cell line TEU2 and primary cultures of human bladder urothelium- express functional ASICs but no functional TRPV1 channels. In addition, we show that the levels of ASIC2 and ASIC3 mRNA are increased in the urothelium of patients suffering from BPS/IC. These data suggest that ASICs are involved in the pathology of BPS/IC.Finally, we demonstrate that APETx2 inhibits the sensory neuron specific voltage-dependent Na+ channel Nav1.8. APETx2 was previously shown to inhibit homo- or heterotrimeric ASIC3- containing channels with IC5o from 0.08 to 1 μΜ. We show that APETx2 also inhibits Nav1.8 with an ICsoof «2.6 μΜ. APETx2 reduces the maximal conductance and induces a depolarizing shift in the voltage dependence of activation of Nav1.8. In current-clamp experiments, APETx2 reduces the number of action potentials (APs) evoked by a current ramp. Nav1.8 mediates most of the current during the AP upstroke and has been shown to be an important mediator of inflammatory pain. The fact that APETx2 inhibits two ion channels involved in inflammatory pain suggests that APETx2 or derivatives may represent novel analgesic compounds.RésuméL'acidose tissulaire est observée durant l'inflammation et entraine la douleur chez l'humain. Des canaux ioniques activés par les protons (H+) sont fortement exprimés dans les neurones sensoriels du système nerveux périphérique. De ceux-ci, les Acid-Sensing Ion Channels [ASICs) et Transient Receptor Potential Vanilloid-1 (TRPV1) présentent une sensibilité adéquate à l'acidité pour servir de détecteurs d'acidose.Les ASICs sont membres de la famille Degenerin/Epithelial Na* Channel. Six sous-unités ASIC ont été identifiées chez les mammifères (ASICla, -lb, -2a, -2b, -3 et -4). Les ASICs forment des canaux sélectifs au Na\ insensibles au voltage et activés par les H+. Les canaux fonctionnels sont des homo- ou hétérotrimères de sous-unités ASIC. TRPV1 est un membre de la famille TRP de canaux ioniques. Les canaux TRPV1 sont activés par les H+, la chaleur (T>43°Ç), les lipides, la capsaicine, le voltage et d'autres stimulus. L'activation de TRPV1 entraine un courant soutenu non-sélectif. Un stimulus peut augmenter la réponse de TRPV1 à un autre stimulus. Les H+ peuvent, par exemple, induire un décalage vers des valeurs plus faibles de la courbe de dépendance à la concentration de TRPV1 pour la capsaicine. Il a été démontré que les ASICs et TRPV1 sont impliqués dans la douleur inflammatoire. En utilisant la technique du patch-clamp, nous avons étudié différents aspects de la fonction des ASICs et de TRPV1 dans des contextes associés à la douleur.Dans la première partie de cette thèse, nous caractérisons l'effet d'une augmentation de température de 25 à 35°C sur la fonction des canaux ASICs et TRPV1, dans des cellules CHO transfectées et dans des cultures primaires de neurones sensoriels (DRG) de rat. L'activation des ASICs entraine l'apparition d'un courant transitoire tandis que l'activation de TRPV1 entraine un courant soutenu. De plus, les ASICs et TRPV1 possèdent des dépendances au pH différentes. Nous évaluons la contribution relative des ASICs et de TRPV1 au signalement électrique induit par les H+ et nous concluons que les ASICs sont les senseurs d'acidité les plus importants dans les neurones sensoriels, dans le domaine de pH de 7.4 à 6.0, à température corporelle.Les ASICs et TRPV1 sont exprimés dans l'épithélium recouvrant l'intérieur de la vessie (l'urothélium). Le Bladder Pain Syndrome/Interstitial Cystitis (BPS/IC) est une condition médicale douloureuse associée à une dysfonction de la barrière urothéliale et à une inflammation. Dans la seconde partie de cette thèse, nous démontrons que des cellules urothéliales (de la lignée cellulaire TEU2) et des cellules provenant de cultures primaires d'épithéliums de vessies humaines expriment des canaux ASIC fonctionnels mais pas de TRPV1 fonctionnels. De plus, nous montrons que le niveau d'expression de ASIC2 et -3 est augmenté dans l'urothélium de la vessie de patients souffrant de BPS/IC. Ces données suggèrent que les ASICs sont impliqués dans la pathologie BPS/IC.Pour finir, nous démontrons que la toxine APETx2 inhibe le canal spécifique aux neurones sensoriels Nav1.8, un membre de la famille des canaux sodiques dépendants du potentiel. Il a été démontré précédemment que la toxine APETx2 inhibe les canaux contenant une ou plusieurs sous-unités ASIC3 avec un ICso entre 0.08 et 1 μΜ. Nous montrons que la toxine APETx2 inhibe Nav1.8 avec un IC50 de «2.6 μΜ. La toxine APETx2 réduit la conductance maximale et induit un décalage de la dépendance au potentiel de Nav1.8 vers des valeurs plus positives. Dans des expériences de courant imposé sur des neurones sensoriels, la toxine APETx2 réduit le nombre de potentiels d'action induits par une rampe de courant. Nav1.8 est responsable de la majeure partie du courant durant la phase ascendante du potentiel d'action et a été démontré comme étant un médiateur important de la douleur inflammatoire. L'inhibition de deux types de canaux, impliqués dans la douleurs inflammatoire, par la toxine APETx2, suggère que cette dernière ou ses dérivés représentent des composés analgésiques prometteurs.

Comprendre

La trace matérielle est une information élémentaire sur une activité qui a lieu dans un environnement physique et social immédiat et qui relève principalement de la sécurité. Leur exploitation doit donc s'étendre au-delà du système judiciaire, vers le renseignement en général et l'étude de phénomènes. Des profils chimiques extraits à partir des saisies de stupéfiants, des montres contrefaites, des courriels non-sollicités, les restes d'incendies sont des exemples de traces qui résultent d'activités répétitives qu'il convient de mieux saisir. La science forensique et la criminologie se rencontrent alors pour étudier des problèmes de sécurité munis de nouveaux jeux d'information. La constitution de banques de données pertinentes est d'ailleurs une préoccupation majeure de la recherche en criminologie. Par des sondages toujours plus larges et des techniques modernes d'acquisition s'appuyant sur les technologies de l'information, la criminologie peut maintenant étendre les analyses comparatives et longitudinales de phénomènes liés à la délinquance des jeunes. Mais la validité et la pertinence de comparaisons doivent être discutées, notamment lorsque les analyses portent sur la violence envers les femmes dans des contextes différents.

Use of combined suspension laryngoscopy, flexible bronchoscopy and high frequency jet ventilation for Y-shaped airway stents delivery

La trachée et les bronches proximales sont de fins conduits subtils, ingénieusement structurés par une partie cartilagineuse antérieure résistante aux variations de pression et une partie membraneuse postérieure souple. Par leurs faibles volumes (espace mort) ils délivrent un grand pourcentage de l'air inspiré aux voies distales, puis au parenchyme pulmonaire, permettant les échanges de gaz. Cette belle harmonie respiratoire peut être rapidement mise à mal dès qu'un processus atteint ces voies respiratoires proximales, soit en les comprimant, processus sténosant, soit en affaiblissant leur structure, trachéo-bronchomalacie, soit en ouvrant leur paroi sur les structures médiastinales, fistule trachéo/broncho-médiastinales, pleurales ou autres. Le pronostic vital est alors rapidement engagé au vu de l'absolue nécessité du bon fonctionnement de ces fins conduits, une petite diminution du calibre de leurs fines lumières provoquant une baisse importante de leurs surfaces. Dans ces situations à haut potentiel de complication majeure les interventions endoscopiques pour restaurer l'intégrité de ces conduits sont alors fort risquées, et il est primordial de pouvoir les effectuer dans un cadre sécurisé au maximum. La réalisation de ces gestes par la technique décrite dans notre article « Use of combined suspension laryngoscopy, flexible bronchoscopy and high frequency jet ventilation forY-shaped airway stents delivery" permet la sécurité nécessaire à ces situations instable, en effet -la laryngoscopie en suspension expose les voies proximales en offrant un accès le plus large possible à l'arbre trachéobronchique ce qui permet l insertion de multiples instruments parfois volumineux, -la Jet ventilation assure une oxygénation et une ventilation adéquate par un fin cathéter placé soit dans le poumon sain, soit en distalité de la lésion -la bronchoscopie souple, passant au travers d'endroits exigus et courbes permet le déploiement sous vision direct, au millimètre près, de divers dispositifs. Cette association remplace avantageusement la technique traditionnelle qui insère les stents à l'aveugle, et en apnée, ce qui représente de haut risque de mauvais positionnement des stents avec des conséquences immédiates sur l'oxygénation et la ventilation souvent déjà bien altérées. Perspective et conclusion : cette technique est utile pour l'insertion des stents en Y, centraux, comme décrit dans notre article, et les indications peuvent être étendues aux stents distaux pour lesquels l'accès n'est parfois pas aisé avec le bronchoscope rigide, et pour d'autres interventions endoscopiques, laser, cryothérapie, radiofréquence ou l'insertion de nouveaux dispositifs.

Le Sûtra des contemplations du Buddha Vie-Infinie : Essai d'interprétation textuelle et iconographique

Le "Sūtra des contemplations de Vie-Infinie" a joué un rôle déterminant dans l'histoire de la Terre pure, cette tradition qui occupe jusqu'à nos jours une place majeure dans le bouddhisme de l'Extrême-Orient. Typique de l'idéal du Grand Véhicule, ce texte fournit une méthode complexe pour visualiser le Buddha Amida et son royaume en cette vie-ci, ainsi qu'une pratique plus accessible : la récitation du nom de ce buddha (nembutsu) pour aller naître auprès de lui dès la vie prochaine. Inconnu des sources indiennes mais traduit en chinois au début du Ve siècle de notre ère, ce sūtra est depuis une cinquantaine d'annés l'objet d'un débat sur son origine véritable. Cependant, il occupe une position clef entre les traductions chinoises archaïques du "Grand Sūtra de l'agencement de la Sukhāvatī" (IIIe s.) et la floraison de l'école de la Terre pure à l'ère des Tang (VIIe s.). En outre, le "Sūtra des contemplations" se distingue comme l'une des sources importantes de l'art bouddhique sino-japonais, depuis l'Asie centrale jusqu'au Japon médiéval. Ses représentations sur les grandes fresques et bannières peintes des VIIIe et IXe siècles, découvertes dans les grottes de Dunhuang, témoignent d'un long développement iconographique, dont les étapes antérieures peuvent être retracées par l'archéologie. Le double intérêt philologique et iconographique de ce texte en fait donc un jalon déterminant dans l'enquête tentant de cerner le processus de l'acclimatation en sol chinois de cette tradition venue de l'Inde via la Route de la soie. Pour la première fois, la présente étude traite de ces deux dimensions conjointement, en fournissant une introduction détaillée et une traduction commentée du texte, doublée d'une analyse fouillée de son évolution artistique en Chine jusqu'à sa représentation classique au Japon, le « Mandala de Taima ».

Alexithymie et psychopathologie de patients atteints de cancer = Alexithymia and psychopathology of patients with cancer

Résumé Objectif : Décrire l'alexithymie chez des patientsnouvellement diagnostiqués de cancer.Méthode : Les données sociodémographiques, médicales etpsychométriques (HADS, SCL-90, EORTC-QLQ-C30 etTAS-20) ont été enregistrées chez des patients récemment(< 4 mois) pris en charge pour un cancer.Résultats : Chez 70% des 419 patients inclus dans l'étude, unscore qualifiant pour un diagnostic d'alexithymie (TAS > 56)a été observé avec une corrélation négative avec les symptômespsychiatriques, qui par ailleurs ne dépassaient pas lesseuils d'anxiété et de dépression mesurés avec le HADS,et une corrélation positive avec la qualité de vie.Conclusion : La haute prévalence de l'alexithymie, considéréecomme une protection, questionne la nécessité et letype d'éventuelles interventions psycho-oncologiques.Pour citer cette revue : Psycho-Oncol. 5 (2011).

Les produits de coupage de la cocaïne et de l'héroïne: partie 2. Une étude de la composition des saisies suisses

La première partie de cette recherche, consistant en une revue critique de la littérature, a mis en évidence le manque de connaissances relatives au phénomène de coupage des produits stupéfiants, la cocaïne et l'héroïne en particulier (Broséus et al., 2014). La seconde partie s'attelle alors à améliorer l'état des connaissances sur le phénomène de coupage des produits stupéfiants et, pour ce faire, se base sur les résultats d'analyses d'environ 6000 spécimens de cocaïne et 3000 d'héroïne saisis en Suisse ent 2006 et 2013. Le type de produits de coupage détectés (adultérant ou diluant) avec leurs fréquences d'apparition respectives, le degré de coupage des spécimens et finalement les niveaux de la chaine de distribution auxquels se produirait le coupage ont été tout particulièrement investigués. L'ensemble des renseignements obtenus permettent de mieux comprendre le marché de distribution et de consommation des produits stupéfiants et s'avèrent utiles pour la mise en place de politiques efficaces, que ce soit dans le cadre de démarches de prévention, de réduction des risques ou de dépression.

Evaluation de l'efficacité d'un entraînement métacognitif chez des adolescents souffrant de psychose

Contexte :¦La formation et le maintien d'idées délirantes et des hallucinations, qui sont des symptômes clé de la psychose, s'expliquent en partie par la présence de biais cognitifs. La faisabilité, l'adhérence au traitement, l'utilité subjective et également l'efficacité d'un entraînement métacognitif (EMC) permettant de corriger ces biais cognitifs ont été démontrées chez des adultes schizophrènes. Par contre, aucune étude ne s'est intéressée à ces aspects dans une population adolescente atteinte de psychose.¦Objectifs : Déterminer la faisabilité d'un EMC et son effet bénéfique présumé sur les symptômes psychotiques et dépressifs, le fonctionnement social et l'estime de soi chez des adolescents psychotiques.¦Méthode :¦La présente étude porte sur 5 adolescents fréquentant le Centre Thérapeutique de Jour pour Adolescents de Lausanne (CTJA), âgés de 16 à 18 ans, souffrant de psychose. L'intervention effectuée est un EMC correspondant à 2x8 modules en groupe, d'une durée de 45 à 60 minutes, à une fréquence d'une fois par semaine. La mesure de l'efficacité des modules emploie l'échelle Positive And Negative Syndrome Scale (PANSS), l'Echelle Globale de Fonctionnement Social (SOFAS), l'estime de soi de Rosenberg, l'échelle de dépression de Calgary et le Health of Nation Outcome Scale for Children and Adolescent (HoNOSCA). Le groupe contrôle (GC) est formé de 9 adolescents de 13 à 17 ans du CTJA atteints de psychose et ayant suivi un programme de remédiation cognitive sans participation à l'EMC.¦Résultats :¦L'EMC est praticable sur des adolescents atteints de psychose. L'adhérence est mitigée et mérite une souplesse dans l'adaptation du calendrier des séances selon la disponibilité des participants. L'EMC possède globalement la même efficacité que la remédiation cognitive dans le domaine des symptômes psychotiques et dépressifs, le fonctionnement social et l'estime de soi.¦Conclusions :¦L'EMC représente une alternative intéressante et/ou un bon complément de traitement, permettant de réduire les symptômes psychotiques et dépressifs et d'améliorer le fonctionnement social et l'estime de soi. De futures études à plus large échelle devraient être entreprises afin de confirmer cette conclusion et étoffer les données spécifiques à cette population.

La personnalité comme facteur prédictif des symptômes comportementaux et psychologiques chez les patients qui présentent des troubles cognitifs légers

Background and Aims: Both personality changes and behavioural and psychological symptoms (BPS) may be associated with mild cognitive impairment (MCI) in later life and help identify incipient dementia. We wished to investigate the links between personality and BPS in MCI. Method: We studied premorbid personality traits as estimated five years back and their changes in 83 control subjects and 52 MCI patients using the NEO-PI-R for the Five-Factor Model completed by a proxy. Information on BPS was obtained using the Neuropsychiatrie Inventory (NPI). Analyses were controlled for current depression and anxiety. Results: premorbid neuroticism and openness to experience were associated with the total NPI score. The changes in neuroticism, extraversion, openness to experiences, and conscientiousness were associated with apathy and affective symptoms. Conclusions: Personality changes and BPS occur in MCI. The occurrence of affective BPS and apathy is associated with both premorbid personality and their changes. - Cette thèse a eu pour objectif d'étudier l'impact des traits de la personnalité sur le développement de symptômes comportementaux et psychologiques (SCP) chez des personnes qui présentent de troubles cognitifs légers (Mild Cognitive Impairment ou MCI) par rapport à un groupe de sujets contrôle en bonne santé sans troubles cognitifs. Cette thèse s'est s'inserite dans une étude plus large regroupant des aspects neuropsychologiques, génétiques et des marqueurs structuraux cérébraux d'imagerie chez les mêmes participants. La découverte d'un MCI a un impact important en soulevant la question d'éventuels traitements préventifs et de modification du cours d'un trouble ou d'une maladie sous-jacente. Les manifestations cliniques, notamment les SCP, sont source de souffrance chez le patient et les proches et la première cause d'institutionnalisation. Connaître les liens entre la personnalité et les SCP chez les patients qui présentent un MCI s'avère primordial si l'on veut les détecter précocement et favoriser un traitement mieux adapté, tant pharmacologique que psychothérapeutique, pour tenter de freiner leur impact sur l'évolution de la maladie. Nous avons comparé 52 patients MCI avec 83 sujets contrôles. La personnalité au moment de l'étude et estimée rétrospectivement à cinq ans en arrière a été évalué par un proche à l'aide du NEO-PI-R, principal instrument basé sur le Five Factor Model. Pour évaluer la présence de SCP nous avons utilisé l'inventaire neuropsychiatrique (NPI-Q). Les analyses ont étés contrôlées en tenant compte des principales variables confondantes. Le groupe MCI présente des traits de personnalité prémorbide différents de ceux des participants contrôles avec des niveaux inférieurs d'ouverture à l'expérience, d'agréabilité et de conscience. Les changements de personnalité sont marqués chez les MCI avec une augmentation du névrosisme et une diminution de l'extraversion et de la conscience. La personnalité est restée stable chez le groupe contrôle. Le groupe MCI présente souvent des SCP, en particulier des symptômes affectifs (dépression, anxiété, irritabilité, troubles du sommeil) et de l'apathie tandis que les SCP sont presqu'inexistantes chez le groupe contrôle. Les valeurs de névrosisme plus élevés et l'ouverture à l'expérience plus basses sont associées à la présence de SCP. En plus, le changement de la personnalité, à savoir l'augmentation du névrosisme et la diminution de conscience sont associées à la présence de SCP, aux symptômes affectifs et à l'apathie. La diminution d'extraversion et d'ouverture à l'expérience sont associées à la présence de SCP, aux symptômes affectifs mais pas à l'apathie. Cette étude montre que la personnalité change déjà au stade de MCI et que l'apparition des SCP affectifs et de l'apathie est précoce. Certains profils prémorbides et changements de personnalité sont associés à la présence de SCP. L'évaluation de ces changements peut favoriser le diagnostic précoce des troubles cognitifs. Des études prospectives sur des patients MCI sont essentielles afin d'approfondir la compréhension des facteurs de risque liés à la personnalité sur le déclin cognitif et les SCP associés.

Exploration of the contribution of isotope ratio mass spectrometry to the investigation of explosives: A study of black powders and ammonium nitrate fertilisers

The increasing number of bomb attacks involving improvised explosive devices, as well as the nature of the explosives, give rise to concern among safety and law enforcement agencies. The substances used in explosive charges are often everyday products diverted from their primary licit applications. Thus, reducing or limiting their accessibility for prevention purposes is difficult. Ammonium nitrate, employed in agriculture as a fertiliser, is used worldwide in small and large homemade bombs. Black powder, dedicated to hunting and shooting sports, is used illegally as a filling in pipe bombs causing extensive damage. If the main developments of instrumental techniques in explosive analysis have been constantly pushing the limits of detection, their actual contribution to the investigation of explosives in terms of source discrimination is limited. Forensic science has seen the emergence of a new technology, isotope ratio mass spectrometry (IRMS), that shows promising results. Its very first application in forensic science dates back to 1979. Liu et al. analysed cannabis plants coming from different countries [Liu et al. 1979]. This preliminary study highlighted its potential to discriminate specimens coming from different sources. Thirty years later, the keen interest in this new technology has given rise to a flourishing number of publications in forensic science. The countless applications of IRMS to a wide range of materials and substances attest to its success and suggest that the technique is ready to be used in forensic science. However, many studies are characterised by a lack of methodology and fundamental data. They have been undertaken in a top-down approach, applying this technique in an exploratory manner on a restricted sampling. This manner of procedure often does not allow the researcher to answer a number of questions, such as: do the specimens come from the same source, what do we mean by source or what is the inherent variability of a substance? The production of positive results has prevailed at the expense of forensic fundamentals. This research focused on the evaluation of the contribution of the information provided by isotopic analysis to the investigation of explosives. More specifically, this evaluation was based on a sampling of black powders and ammonium nitrate fertilisers coming from known sources. Not only has the methodology developed in this work enabled us to highlight crucial elements inherent to the methods themselves, but also to evaluate both the longitudinal and transversal variabilities of the information. First, the study of the variability of the profile over time was undertaken. Secondly, the variability of black powders and ammonium nitrate fertilisers within the same source and between different sources was evaluated. The contribution of this information to the investigation of explosives was then evaluated and discussed. --------------------------------------------------------------------------------------------------- Le nombre croissant d'attentats à la bombe impliquant des engins explosifs artisanaux, ainsi que la nature des charges explosives, constituent une préoccupation majeure pour les autorités d'application de la loi et les organismes de sécurité. Les substances utilisées dans les charges explosives sont souvent des produits du quotidien, détournés de leurs applications licites. Par conséquent, réduire ou limiter l'accessibilité de ces produits dans un but de prévention est difficile. Le nitrate d'ammonium, employé dans l'agriculture comme engrais, est utilisé dans des petits et grands engins explosifs artisanaux. La poudre noire, initialement dédiée à la chasse et au tir sportif, est fréquemment utilisée comme charge explosive dans les pipe bombs, qui causent des dommages importants. Si les développements des techniques d'analyse des explosifs n'ont cessé de repousser les limites de détection, leur contribution réelle à l'investigation des explosifs est limitée en termes de discrimination de sources. Une nouvelle technologie qui donne des résultats prometteurs a fait son apparition en science forensique: la spectrométrie de masse à rapport isotopique (IRMS). Sa première application en science forensique remonte à 1979. Liu et al. ont analysé des plants de cannabis provenant de différents pays [Liu et al. 1979]. Cette étude préliminaire, basée sur quelques analyses, a mis en évidence le potentiel de l'IRMS à discriminer des spécimens provenant de sources différentes. Trente ans plus tard, l'intérêt marqué pour cette nouvelle technologie en science forensique se traduit par un nombre florissant de publications. Les innombrables applications de l'IRMS à une large gamme de matériaux et de substances attestent de son succès et suggèrent que la technique est prête à être utilisée en science forensique. Cependant, de nombreuses études sont caractérisées par un manque de méthodologie et de données fondamentales. Elles ont été menées sans définir les hypothèses de recherche et en appliquant cette technique de façon exploratoire sur un échantillonnage restreint. Cette manière de procéder ne permet souvent pas au chercheur de répondre à un certain nombre de questions, tels que: est-ce que deux spécimens proviennent de la même source, qu'entend-on par source ou encore quelle est l'intravariabilité d'une substance? La production de résultats positifs a prévalu au détriment des fondamentaux de science forensique. Cette recherche s'est attachée à évaluer la contribution réelle de l'information isotopique dans les investigations en matière d'explosifs. Plus particulièrement, cette évaluation s'est basée sur un échantillonnage constitué de poudres noires et d'engrais à base de nitrate d'ammonium provenant de sources connues. La méthodologie développée dans ce travail a permis non seulement de mettre en évidence des éléments cruciaux relatifs à la méthode d'analyse elle-même, mais également d'évaluer la variabilité de l'information isotopique d'un point de vue longitudinal et transversal. Dans un premier temps, l'évolution du profil en fonction du temps a été étudiée. Dans un second temps, la variabilité du profil des poudres noires et des engrais à base de nitrate d'ammonium au sein d'une même source et entre différentes sources a été évaluée. La contribution de cette information dans le cadre des investigations d'explosifs a ensuite été discutée et évaluée.

Première hospitalisation en psychiatrie à l'âge avancé

Résumé : Cette étude a concerné un groupe de patients séjournant pour la première fois en milieu psychiatrique à l'âge avancé. La moitié étaient âgés de quatre-vingt ans ou plus et deux tiers étaient des femmes. Deux tiers provenaient de leur domicile et un quart étaient sous protection légale. L'admission a été faite pour une dépression dans la moitié des cas, pour une démence dans un tiers des cas, pour une symptomatologie anxieuse dans un quart des cas. Les diagnostics psychiatriques à la sortie de l'hôpital étaient différents de ceux annoncés à l'admission. Le syndrome démentiel concernait la moitié des patients et la maladie d'Alzheimer prédominait chez la femme, alors que les démences vasculaires et celles associées à d'autres maladies étaient deux fois plus fréquentes chez l'homme. Les troubles de l'humeur ne concernaient qu'un cinquième des cas et les troubles de l'adaptation un sixième des cas. Presque une moitié des patients présentaient deux ou trois diagnostics psychiatriques concomitants. La co-morbidité somatique était dominée par les maladies cardio-vasculaires, notamment chez l'homme. Un tiers des femmes et autant d'hommes présentaient au moins quatre diagnostics somatiques concomitants. La durée moyenne d'hospitalisation de quatre-vingt-cinq jours a été prolongée ou raccourcie par certains facteurs: le placement en Etablissement Médico-Social prolonge de plus de deux mois l'hospitalisation. Les personnes mariées restent presque deux mois de moins à l'hopital. Le trouble de la personnalité et du comportement et le trouble dépressif récurrent prolongent de presque six mois, respectivement trois mois, la durée de l'hospitalisation. Plus de la moitié des- patients sont placés en Etablissement Médico-Social. Certains facteurs augmentent le risque de placement: la démence d'Alzheimer accroît le risque de quatre fois ; avec chaque année en plus, le risque d'être placé en institution augmente de 20% ; il en va de même pour les hospitalisations prolongées. Les patients qui rentrent à domicile (moins de la moitié, surtout des femmes) ont besoin d'aide : suivi médico-infirmier, aide .aux tâches ménagères. Le suivi ambulatoire a été assuré par l'hôpital de jour avant tout, la Consultation ambulatoire en collaboration avec les centres médico-sociaux jouant un rôle important. Les ré-hospitalisations à l'Hôpital de Psychiatrie de l'Age Avancé dans l'année suivant la sortie ont concerné un quart de femmes et un septième d'hommes, avec une durée de séjour plus courte que celle lors de la première hospitalisation.

Evolution of life history traits in a natural population of the shrew Crocidura russula

Abstract Life history traits encompass all the decisions concerning fitness an individual is faced with during his life. The study of these traits is crucial to understand the factors shaping the biology of living organisms. Up until now, most of the information on the evolution of life history traits comes from laboratory studies. While these studies are interesting to test the effect of specific parameters, their conclusions are difficult to extrapolate to natural populations. Investigating the evolution of life history traits in natural populations is of great interest. This may be tricky because it requires information on reproduction, survival and morphology of individuals. Mark-recapture methods allow most of this information to be obtained. However, when direct observations of a species are not possible due to its ecology, indirect methods must be used to infer lifetime reproductive success. In this case, molecular markers are particularly helpful in assessing the genetic relationships between individuals and allow the construction of a pedigree. This thesis focuses on a natural population of a small insectivorous mammal, the greater white-toothed shrew, Crocidura russula. Because of its hidden lifestyle, the two complementary techniques mentioned above were combined to gather information on this population. The data were used to explore diverse aspects of evolutionary biology. We demonstrated that the high genetic variance displayed by the species was not maintained by its mating system because this shrew was less monogamous than previously thought. The large genetic diversity was most likely promoted by gene flow from the neighborhood. Dispersal was thus a central topic in this thesis. We showed that dispersal was not driven by inbreeding avoidance. In addition, we did not find any inbreeding depression in the population. Dispersal was promoted by a high number of vacant territories in the population for both sexes, meaning that territory acquisition played an important role in driving dispersal. Moreover, dispersal propensity was shown to have a genetic basis and, once achieved, to have no effect on individual fitness. Body mass was found to be a life history trait strongly influenced by sexual and viability selection in both sexes. Larger individuals had higher access to reproduction through territory acquisition and defense than lighter ones. By contrast, intermediate size individuals were favored by viability selection presumably because of ecological constraints and metabolic costs. Finally, we demonstrated that the majority of the life history traits in our shrew population has the potential to evolve because they maintained substantial amounts of additive genetic variance. Nonetheless, life history traits had no significant heritability due to their high level of nonadditive or environmental variance. Résumé Les traits d'histoire de vie comprennent toutes les décisions auxquelles un individu est confronté au cours de sa vie et qui concernent sa valeur adaptative. L'étude de ces traits est cruciale pour comprendre les facteurs qui façonnent la biologie des êtres vivants. Jusqu'à ce jour, la majorité des informations sur l'évolution des traits d'histoire de vie provient d'études réalisées en laboratoire. Alors que ces études sont intéressantes pour tester l'effet de paramètres spécifiques, leurs conclusions sont difficilement extrapolables aux populations naturelles. Il est particulièrement intéressant d'étudier l'évolution des traits d'histoire de vie dans des populations naturelles. Toutefois, ces études peuvent se révéler difficiles parce qu'elles requièrent des informations sur la reproduction, la survie et la morphologie des individus. Des méthodes de marquage-recapture permettent d'obtenir ces informations. Cependant, lorsque l'écologie de l'espèce rend les obervations directes impossibles, des méthodes indirectes doivent être utilisées pour obtenir le succès reproducteur des individus. Dans ce cas, les marqueurs moléculaires sont particulièrement utiles pour évaluer les relations génétiques entre individus et permettre la construction d'un pedigree. Cette thèse porte sur une population naturelle d'un petit mammifère insectivore, la musaraigne musette, Crocidura russula. Parce que cette espèce présente un mode de vie souterrain, les deux techniques complémentaires mentionnées ci-dessus ont été combinées pour acquérir les informations nécessaires. Les données ont été utilisées pour explorer divers aspects de biologie evolutive. Nous avons montré que la grande quantité de variance génétique trouvée chez cette espèce n'est pas maintenue par son système d'appariement. Celle-ci s'est en effet avérée être moins monogame que ce qui était admis jusqu'ici. Sa grande diversité génétique est plutôt entretenue par le flux de gènes provenant du voisinage. La dispersion a donc été un sujet phare dans cette thèse. Nous avons montré qu'elle n'est pas provoquée par un évitement de la consanguinité et nous n'avons pas trouvé de dépression de consanguité dans notre population. L'acquisition d'un territoire joue par contre un rôle important dans la dispersion. En outre, la dispersion possède une base génétique chez cette espèce. De plus, une fois qu'ils ont dispersé, les individus n'ont pas une valeur adaptative differente d'individus philopatriques. Le poids s'est avéré être un trait d'histoire de vie fortement influencé par la sélection sexuelle et de viabilité chez les deux sexes. Les gros individus ont accès à la reproduction parce qu'ils acquièrent et défendent un territoire plus facilement que les plus légers. Au contraire, les individus de taille intermédiaire sont favorisés par la sélection de viabilité, certainement à cause de contraintes écologiques et de coûts métaboliques. Finalement, nous avons montré que la majorité des traits d'histoire de vie dans notre population a le potentiel d'évoluer parce qu'elle maintient des quantités considérables de variance génétique additive. Néanmoins, l'héritabilité de ces traits d'histoire de vie n'est pas significative à cause de la grande quantité de variance non-additive ou environmentale associée à ces traits.

Douleurs neuropathiques : quelques pistes pour une évaluation structurée et une prise en charge spécifique et globale [Neuropathic pain: tips and tools for specific and comprehensive pain management]

Les syndromes neuropathiques sont caractérisés par une douleur d'intensité élevée, de longue durée et résistante aux analgésiques classiques. De fait, il existe un risque important de répercussions sur la vie et le bien-être des patients. A travers une vignette clinique, cet article abordera le diagnostic, le traitement spécifique et l'impact de la douleur neuropathique sur la qualité de vie et les conséquences psychologiques associées, comme la dépression et l'anxiété. Nous présenterons des outils validés qui permettent d'objectiver la composante neuropathique aux douleurs et les comorbidités psychiatriques associées. Cette évaluation globale favorise un meilleur dialogue avec les patients ainsi que l'élaboration de stratégies thérapeutiques, notamment par le biais d'antidépresseurs, dont l'efficacité sera discutée en fin d'article. Neuropathic pain syndromes are characterized by intense and long lasting pain that is resistant to usual analgesics. Patients are therefore at high risk of decreased quality of life and impaired well-being. Using a case report, we will consider in this article the diagnosis and treatment of neuropathic pain as well as its impact on the quality of life including psychological consequences such as depression and anxiety. We will present simple and reliable scales that can help the general practitioner evaluate the neuropathic component of the pain syndrome and its related psychiatric co-morbidities. This comprehensive approach to pain management should facilitate communication with the patient and help the practitioner select the most appropriate therapeutic strategy, notably the prescription of antidepressants, the efficacy of which we will discuss at the end of the article.

Ecologie industrielle de l'aluminium, flux de matières et d'énergie : réalités et enjeux du recyclage

Dans les dernières années du 20ème siècle, l'aluminium a fait l'objet de beaucoup de communications outrancières et divergentes cautionnées par des scientifiques et des organismes faisant autorité. En 1986, la société PECHINEY le décrète perpétuel tel le mouvement « L'aluminium est éternel. Il est recyclable indéfiniment sans que ses propriétés soient altérées », ce qui nous avait alors irrité. Peu de temps après, en 1990, une communication tout aussi outrancière et irritante d'une grande organisation environnementale, le World Wild Fund, décrète que « le recyclage de l'aluminium est la pire menace pour l'environnement. Il doit être abandonné ». C'est ensuite à partir de la fin des années 1990, l'explosion des publications relatives au développement durable, le bien mal nommé. Au développement, synonyme de croissance obligatoire, nous préférons société ou organisation humaine et à durable, mauvaise traduction de l'anglais « sustainable », nous préférons supportable : idéalement, nous aurions souhaité parler de société durable, mais, pour être compris de tous, nous nous sommes limités à parler dorénavant de développement supportable. Pour l'essentiel, ces publications reconnaissent les très graves défauts de la métallurgie extractive de l'aluminium à partir du minerai et aussi les mérites extraordinaires du recyclage de l'aluminium puisqu'il représente moins de 10% de la consommation d'énergie de la métallurgie extractive à partir du minerai (on verra que c'est aussi moins de 10% de la pollution et du capital). C'est précisément sur le recyclage que se fondent les campagnes de promotion de l'emballage boisson, en Suisse en particulier. Cependant, les données concernant le recyclage de l'aluminium publiées par l'industrie de l'aluminium reflètent seulement en partie ces mérites. Dans les années 1970, les taux de croissance de la production recyclée sont devenus plus élevés que ceux de la production électrolytique. Par contre, les taux de recyclage, établis à indicateur identique, sont unanimement tous médiocres comparativement à d'autres matériaux tels le cuivre et le fer. Composante de l'industrie de l'aluminium, le recyclage bénéficie d'une image favorable auprès du grand public, démontrant le succès des campagnes de communication. A l'inverse, à l'intérieur de l'industrie de l'aluminium, c'est une image dévalorisée. Les opinions émises par tous les acteurs, commerçants, techniciens, dirigeants, encore recueillies pendant ce travail, sont les suivantes : métier de chiffonnier, métier misérable, métier peu technique mais très difficile (un recycleur 15 d'aluminium n'a-t-il pas dit que son métier était un métier d'homme alors que celui du recycleur de cuivre était un jeu d'enfant). A notre avis ces opinions appartiennent à un passé révolu qu'elles retraduisent cependant fidèlement car le recyclage est aujourd'hui reconnu comme une contribution majeure au développement supportable de l'aluminium. C'est bien pour cette raison que, en 2000, l'industrie de l'aluminium mondiale a décidé d'abandonner le qualificatif « secondaire » jusque là utilisé pour désigner le métal recyclé. C'est en raison de toutes ces données discordantes et parfois contradictoires qu'a débuté ce travail encouragé par de nombreuses personnalités. Notre engagement a été incontestablement facilité par notre connaissance des savoirs indispensables (métallurgie, économie, statistiques) et surtout notre expérience acquise au cours d'une vie professionnelle menée à l'échelle mondiale dans (recherche et développement, production), pour (recherche, développement, marketing, stratégie) et autour (marketing, stratégie de produits connexes, les ferro-alliages, et concurrents, le fer) de l'industrie de l'aluminium. Notre objectif est de faire la vérité sur le recyclage de l'aluminium, un matériau qui a très largement contribué à faire le 20ème siècle, grâce à une revue critique embrassant tous les aspects de cette activité méconnue ; ainsi il n'y a pas d'histoire du recyclage de l'aluminium alors qu'il est plus que centenaire. Plus qu'une simple compilation, cette revue critique a été conduite comme une enquête scientifique, technique, économique, historique, socio-écologique faisant ressortir les faits principaux ayant marqué l'évolution du recyclage de l'aluminium. Elle conclut sur l'état réel du recyclage, qui se révèle globalement satisfaisant avec ses forces et ses faiblesses, et au-delà du recyclage sur l'adéquation de l'aluminium au développement supportable, adéquation largement insuffisante. C'est pourquoi, elle suggère les thèmes d'études intéressant tous ceux scientifiques, techniciens, historiens, économistes, juristes concernés par une industrie très représentative de notre monde en devenir, un monde où la place de l'aluminium dépendra de son aptitude à satisfaire les critères du développement supportable. ABSTRACT Owing to recycling, the aluminium industry's global energetic and environmental prints are much lower than its ore extractive metallurgy's ones. Likewise, recycling will allow the complete use of the expected avalanche of old scraps, consequently to the dramatic explosion of aluminium consumption since the 50's. The recycling state is characterized by: i) raw materials split in two groups :one, the new scrap, internal and prompt, proportional to semi-finished and finished products quantities, exhibits a fairly good and regular quality. The other, the old scrap, proportional to the finished products arrivïng at their end-of--life, about 22 years later on an average, exhibits a variable quality depending on the collect mode. ii) a poor recycling rate, near by that of steel. The aluminium industry generates too much new internal scrap and doesn't collect all the availa~e old scrap. About 50% of it is not recycled (when steel is recycling about 70% of the old scrap flow). iii) recycling techniques, all based on melting, are well handled in spite of aluminium atiiníty to oxygen and the practical impossibility to purify aluminium from any impurity. Sorting and first collect are critical issues before melting. iv) products and markets of recycled aluminium :New scraps have still been recycled in the production lines from where there are coming (closed loop). Old scraps, mainly those mixed, have been first recycled in different production lines (open loop) :steel deoxidation products followed during the 30's, with the development of the foundry alloys, by foundry pieces of which the main market is the automotive industry. During the 80's, the commercial development of the beverage can in North America has permitted the first old scrap recycling closed loop which is developing. v) an economy with low and erratic margins because the electrolytic aluminium quotation fixes scrap purchasing price and recycled aluminium selling price. vi) an industrial organisation historically based on the scrap group and the loop mode. New scrap is recycled either by the transformation industry itself or by the recycling industry, the remelter, old scrap by the refiner, the other component of the recycling industry. The big companies, the "majors" are often involved in the closed loop recycling and very seldom in the open loop one. To-day, aluminium industry's global energetic and environmental prints are too unbeara~ e and the sustainaЫe development criteria are not fully met. Critical issues for the aluminium industry are to better produce, to better consume and to better recycle in order to become a real sustainaЫe development industry. Specific issues to recycling are a very efficient recycling industry, a "sustainaЫe development" economy, a complete old scrap collect favouring the closed loop. Also, indirectly connected to the recycling, are a very efficient transformation industry generating much less new scrap and a finished products industry delivering only products fulfilling sustainaЫe development criteria.