MDASH: a multi-core-enabled program for structure solution from powder diffraction data

The simulated annealing approach to structure solution from powder diffraction data, as implemented in the DASH program, is easily amenable to parallelization at the individual run level. Modest increases in speed of execution can therefore be achieved by executing individual DASH runs on the individual cores of CPUs.

CDASH: a cloud-enabled program for structure solution from powder diffraction data

The simulated annealing approach to crystal structure determination from powder diffraction data, as implemented in the DASH program, is readily amenable to parallelization at the individual run level. Very large scale increases in speed of execution can be achieved by distributing individual DASH runs over a network of computers. The CDASH program delivers this by using scalable on-demand computing clusters built on the Amazon Elastic Compute Cloud service. By way of example, a 360 vCPU cluster returned the crystal structure of racemic ornidazole (Z0 = 3, 30 degrees of freedom) ca 40 times faster than a typical modern quad-core desktop CPU. Whilst used here specifically for DASH, this approach is of general applicability to other packages that are amenable to coarse-grained parallelism strategies.

Recording and Using Provenance in a Protein Compressibility Experiment

Very large scale computations are now becoming routinely used as a methodology to undertake scientific research. In this context, `provenance systems' are regarded as the equivalent of the scientist's logbook for in silico experimentation: provenance captures the documentation of the process that led to some result. Using a protein compressibility analysis application, we derive a set of generic use cases for a provenance system. In order to support these, we address the following fundamental questions: what is provenance? how to record it? what is the performance impact for grid execution? what is the performance of reasoning? In doing so, we define a technologyindependent notion of provenance that captures interactions between components, internal component information and grouping of interactions, so as to allow us to analyse and reason about the execution of scientific processes. In order to support persistent provenance in heterogeneous applications, we introduce a separate provenance store, in which provenance documentation can be stored, archived and queried independently of the technology used to run the application. Through a series of practical tests, we evaluate the performance impact of such a provenance system. In summary, we demonstrate that provenance recording overhead of our prototype system remains under 10% of execution time, and we show that the recorded information successfully supports our use cases in a performant manner.

Connecting Scientific Data to Scientific Experiments with Provenance

As scientific workflows and the data they operate on, grow in size and complexity, the task of defining how those workflows should execute (which resources to use, where the resources must be in readiness for processing etc.) becomes proportionally more difficult. While "workflow compilers", such as Pegasus, reduce this burden, a further problem arises: since specifying details of execution is now automatic, a workflow's results are harder to interpret, as they are partly due to specifics of execution. By automating steps between the experiment design and its results, we lose the connection between them, hindering interpretation of results. To reconnect the scientific data with the original experiment, we argue that scientists should have access to the full provenance of their data, including not only parameters, inputs and intermediary data, but also the abstract experiment, refined into a concrete execution by the "workflow compiler". In this paper, we describe preliminary work on adapting Pegasus to capture the process of workflow refinement in the PASOA provenance system.

Efficient Multi-Granularity Service Composition

Dynamic composition of services provides the ability to build complex distributed applications at run time by combining existing services, thus coping with a large variety of complex requirements that cannot be met by individual services alone. However, with the increasing amount of available services that differ in granularity (amount of functionality provided) and qualities, selecting the best combination of services becomes very complex. In response, this paper addresses the challenges of service selection, and makes a twofold contribution. First, a rich representation of compositional planning knowledge is provided, allowing the expression of multiple decompositions of tasks at arbitrary levels of granularity. Second, two distinct search space reduction techniques are introduced, the application of which, prior to performing service selection, results in significant improvement in selection performance in terms of execution time, which is demonstrated via experimental results.

Can Open Access Save Us?

Just about every time I open a journal or read a blog online, I see something about e-books saving newspapers and magazines. Both magazines and newspapers–and really all scholalry communication–are going the way of all flesh, we’re told, but e-book reading may provide a stay of execution, however short that may be. It got me to thinking if there might be something else that would provide a similarDies Irae proroguement for scholarly communication in general. That’s when it occurred to me it could well be open access (OA), or at least as I envision it here.

Leilões eletrônicos reversos multiatributo : uma abordagem de decisão multicritério como instrumento de agregação de valor aos processos de compras do setor público brasileiro

Leilões são instituições seculares utilizadas nas relações comerciais entre indivíduos e organizações. Provêem maior flexibilidade aos processos de determinação de preços e alocação de bens, aumentando o espaço para negociações entre compradores e vendedores. Na Internet, têm sido empregados, de maneira crescente, em atividades de comércio eletrônico B2B e G2B, em sua maioria, através da modalidade de leilão reverso. No entanto, seu aspecto unidimensional reduz as negociações à variável preço, produzindo, muitas vezes, resultados aquém do desejado. No caso brasileiro, o Governo Federal instituiu o Portal Comprasnet, através do qual, as organizações públicas adquirem bens e serviços de fornecedores cadastrados. Dentre as modalidades de licitação disponíveis, destaca-se o Pregão Eletrônico, um mecanismo de leilão eletrônico reverso baseado no atributo preço, através do qual, fornecedores submetem lances decrescentes, na disputa por contratos do setor público. No presente trabalho, o autor propõe uma abordagem de decisão multicritério, baseada na Teoria da Utilidade Multiatributo, como uma alternativa para a adoção de leilões reversos baseados em múltiplos atributos e, consequentemente, para uma maior agregação de valor pelas organizações compradoras do setor público brasileiro.

Contratualização de resultados e desempenho no setor público: a experiência do contrato programa nos hospitais da administração direta no Estado de São Paulo

O escopo desta pesquisa é analisar o impacto da contratualização de resultados sobre o desempenho de hospitais públicos estaduais da Administração Direta no Estado de São Paulo. Este trabalho visa cobrir uma lacuna existente nos estudos de Nova Gestão Pública, buscando entender a correlação entre a implementação de políticas de gestão, no caso a contratualização, e os resultados de processo (outputs) e de impacto (outcomes) da organização. A hipótese a ser testada é a de que a contratualização melhora o desempenho das unidades hospitalares, pois aumenta a coordenação do núcleo estratégico de governo, estimula a aprendizagem organizacional, além de promover incentivos para a melhoria contínua. Um objetivo secundário da pesquisa será o de entender como os contratos são acompanhados, de forma a minimizar os problemas da relação agente-principal originados neste tipo de prática. A literatura indica que uma maneira de minimizar tais problemas tem sido a utilização de contratos baseados em confiança, reciprocidade e aprendizado mútuo, os chamados contratos relacionais, que serão explorados na análise do caso. O caso escolhido para testar a hipótese é o de contratualização das unidades hospitalares da Administração Direta (AD) com a Secretaria Estadual de Saúde de São Paulo (SES), através do “Contrato Programa” iniciado ao final de 2008. Os resultados indicam que há relação entre a introdução dos contratos e os resultados do hospital, com melhoria na maior parte dos indicadores analisados.

Obstáculos à implementação da reforma gerencial: as organizações sociais

O objetivo do trabalho é investigar os obstáculos à implementação do modelo de Organizações Sociais no Brasil, especialmente na área de Ciência e Tecnologia do Governo Federal, pretendendo demonstrar que os controles previstos para a reforma gerencial da Administração Pública foram adicionados aos controles clássicos já utilizados, causando uma sobreposição de controles no modelo OS, que passou a ter que aferir os resultados, adotar mecanismos de transparência e accountability e, também, utilizar-se dos controles clássicos de procedimentos previstos na teoria burocrática. Para se comprovar a hipótese do trabalho foi realizada uma discussão das teorias burocrática, NPM e gerencial da administração pública, pesquisa documental junto ao Ministério da Ciência e Tecnologia, ao Tribunal de Contas da União e nas normas legais e infra-legais relacionadas ao tema, além da utilização de entrevistas com atores das cinco OS ligadas ao MCT e outros importantes no processo de implantação do modelo OS na esfera federal. A análise mostrou que os pressupostos da reforma gerencial aplicáveis ao modelo OS vem sendo utilizados e as entidades apresentam resultados satisfatórios quanto à agilidade e a gestão por resultados por meio de contratos de gestão, mas que os controles previstos para o modelo gerencial se somaram aos controles clássicos, do paradigma burocrático, já praticados nos órgãos da administração pública.

Estratégia de trading utilizando o modelo dinâmico de Nelson-Siegel

Esta pesquisa busca testar a eficácia de uma estratégia de arbitragem de taxas de juros no Brasil baseada na utilização do modelo de Nelson-Siegel dinâmico aplicada à curva de contratos futuros de taxa de juros de 1 dia da BM&FBovespa para o período compreendido entre 02 de janeiro de 2008 e 03 de dezembro de 2012. O trabalho adapta para o mercado brasileiro o modelo original proposto por Nelson e Siegel (1987), e algumas de suas extensões e interpretações, chegando a um dos modelos propostos por Diebold, Rudebusch e Aruoba (2006), no qual estimam os parâmetros do modelo de Nelson-Siegel em uma única etapa, colocando-o em formato de espaço de estados e utilizando o Filtro de Kalman para realizar a previsão dos fatores, assumindo que o comportamento dos mesmos é um VAR de ordem 1. Desta maneira, o modelo possui a vantagem de que todos os parâmetros são estimados simultaneamente, e os autores mostraram que este modelo possui bom poder preditivo. Os resultados da estratégia adotada foram animadores quando considerados para negociação apenas os 7 primeiros vencimentos abertos para negociação na BM&FBovespa, que possuem maturidade máxima próxima a 1 ano.

As implicações dos restos a pagar na gestão da saúde pública: o caso de Mato Grosso

O tema saúde é o centro do debate nacional e internacional acerca da necessidade de evolução das políticas públicas a serem adotadas pelos órgãos públicos. Portanto, o Estado tem obrigação de executar programas que forneçam, a todos, ações concretas voltadas ao resguardo do direito à saúde. Nessa perspectiva, o objetivo da pesquisa é avaliar as implicações dos restos a pagar na gestão da saúde pública de Mato Grosso, nos anos de 2008 a 2014. Nesse intento, a partir de pesquisa documental, bibliográfica e de campo, observou-se que o Estado está inserido em um ciclo vicioso de inscrição de restos a pagar. As despesas represadas no período mantiveram uma dinâmica de evolução, prejudicando a execução financeira dos programas prioritários da saúde mato-grossense. Segundo os dados, a realização financeira programática deixou de ser considerada ótima em 2008, com 92% de realização, para caracterizar-se como regular em 2014, com 66% de execução. Por meio do estudo de caso, identificou-se que não há como Mato Grosso obter resultados excelentes na implementação dos interesses de sua sociedade se o Estado encontra-se com a credibilidade abalada em relação aos credores, por postergar seus compromissos financeiros, sem respeitar, ou ter a capacidade de executar o orçamento aprovado, adquirindo bens e contratando serviços lançando mão de mecanismos emergenciais que elevam o custo da compra pública e potencializam o poder das empresas na execução do orçamento. Além de deteriorar a programação orçamentária e financeira, criando verdadeiros orçamentos paralelos, conclui-se que o excesso de despesas repassadas do exercício em que deveriam ocorrer para os subsequentes, prejudicou a qualidade dos serviços públicos executados na saúde do Estado, dificultando a realização deste direito fundamental, imprescindível à vida.

Determinantes da Estrutura de Capital de Companhias Abertas Brasileiras Não-Financeiras: Um Estudo Empírico com Dados em Painel

When a company desires to invest in a project, it must obtain resources needed to make the investment. The alternatives are using firm s internal resources or obtain external resources through contracts of debt and issuance of shares. Decisions involving the composition of internal resources, debt and shares in the total resources used to finance the activities of a company related to the choice of its capital structure. Although there are studies in the area of finance on the debt determinants of firms, the issue of capital structure is still controversial. This work sought to identify the predominant factors that determine the capital structure of Brazilian share capital, non-financial firms. This work was used a quantitative approach, with application of the statistical technique of multiple linear regression on data in panel. Estimates were made by the method of ordinary least squares with model of fixed effects. About 116 companies were selected to participate in this research. The period considered is from 2003 to 2007. The variables and hypotheses tested in this study were built based on theories of capital structure and in empirical researches. Results indicate that the variables, such as risk, size, and composition of assets and firms growth influence their indebtedness. The profitability variable was not relevant to the composition of indebtedness of the companies analyzed. However, analyzing only the long-term debt, comes to the conclusion that the relevant variables are the size of firms and, especially, the composition of its assets (tangibility).This sense, the smaller the size of the undertaking or the greater the representation of fixed assets in total assets, the greater its propensity to long-term debt. Furthermore, this research could not identify a predominant theory to explain the capital structure of Brazilian

Ovário-histerectomia vídeo-assistida com único portal em cadelas: estudo retrospectivo de 20 casos

O objetivo do presente estudo foi avaliar retrospectivamente as 20 primeiras ovário-histerectomias vídeo-assistidas com único portal (SPVA-OSH), realizadas por um cirurgião não proficiente nessa técnica. Vinte cadelas foram submetidas à laparoscopia para SPVA-OSH, com o auxílio de um endoscópio de 10mm, com canal de trabalho de 5mm, inserido por um trocarte, posicionado na região pré-púbica, e coagulação bipolar. O tempo cirúrgico médio foi de 22,95±5,17 minutos. Os cinco primeiros procedimentos consumiram mais tempo cirúrgico do que os demais. A abordagem aos pedículos ovarianos direito e esquerdo foram as etapas que apresentaram maior tempo de execução. Houve complicação leve ou moderada em seis (30%) das 20 cadelas operadas. As complicações foram: hemorragia leve ou moderada em um dos pedículos ovarianos em quatro (20%) cadelas e hemorragia grave, devido à punção do baço com agulha de Veress em dois (10%) animais. A SPVA-OSH foi realizada em cadelas por um cirurgião no início da curva de aprendizado, sem complicações maiores.

A Eficácia dos direitos fundamentais nos contratos civis e de consumo: uma teoria contratual baseada na colisão dos direitos ou bens constitucionalmente protegidos

The apparent virtuosity that if could wait of the globalization and the neoliberalism has given signals of deterioration in the contractual relations, especially in contracts of mass consumption, generating innumerable offensive situations to the basic rights and the goods constitutionally protected of the contractors. In the world of today, still that it does not reveal any desire, the individual practically is compelled to contract, for force of necessities and customs completely imposed, mainly in face of the essentiality of the services or agreed to goods. Ahead of as much and unexpected changes in the civil liames and of consumption, dictated for the globalization, it comes to surface the reflection if the private law e, more specifically, the civil law, meet prepared adequately to deal with these new parameters of the economy. The present dissertation has the intention to investigate if the globalization and the consequent neoliberalism, in this beginning of third millennium, will imply to revive of the principles and the basics paradigms of the contracts that consolidated and had kept, for more than two centuries, the liberal State. One notices that the study of this phenomenon it gains importance to the measure where if it aggravates the decline of the social State (Welfare State), with the embrittlement and the loss of the autonomy of the state authority, over all in countries of delayed modernity, as it is the case of Brazil, that presents deep deficiencies to give or to promote, with a minimum of quality and efficiency, essential considered public services to the collective and that if they find consecrated in the Federal Constitution, as basic rights or as goods constitutionally protecting, the example of the health, the education, the housing, the security, the providence, the insurance, the protection the maternity, the infancy and of aged and deficient. To the end, the incidence of constant basic rights of the man in the Constitution is concluded that, in the process of interpretation of the right contractual conflicts that have as object rights or goods constitutionally proteges, in the universe of the globalized perhaps economy and of the neoliberalismo, it consists in one of the few ways - unless the only one - that still they remain to over all deal with more adequately the contractual relations, exactly that if considers the presence of clauses generalities in the scope of the legislation infraconstitutional civil and of consumption, front the private detainers of social-economic power. To be able that it matters necessarily in disequilibrium between the parts, whose realignment depends on the effect and the graduation that if it intends to confer to the basic right in game in the private relation. The Constitution, when allowing the entailing of the basic rights in the privates relations, would be assuming contours of a statute basic of all the collective, giving protection to the man against the power, if public or independently private

Estratégias de aplicações sequenciais e paralelas da metaheurística otimização por enxame de partículas ao problema do caixeiro viajante

Particle Swarm Optimization is a metaheuristic that arose in order to simulate the behavior of a number of birds in flight, with its random movement locally, but globally determined. This technique has been widely used to address non-liner continuous problems and yet little explored in discrete problems. This paper presents the operation of this metaheuristic, and propose strategies for implementation of optimization discret problems as form of execution parallel as sequential. The computational experiments were performed to instances of the TSP, selected in the library TSPLIB contenct to 3038 nodes, showing the improvement of performance of parallel methods for their sequential versions, in executation time and results