Identification of intracellular calcium oxalate crystals in Chamelaucium uncinatum (Myrtaceae)

Intracellular inclusions in the pedicel and calyx-tube tissues of Chamelaucium uncinatum Schauer ( Myrtaceae) flowers are irregular in shape. They were shown, by polarised light and scanning electron microscopy, to be birefringent 8.9-29.5 mum druse (i.e. aggregate) crystals. Energy-dispersive X-ray spectroscopy showed that these crystals were predominantly composed of calcium. Histochemical and acid-solubility tests indicated that the crystals were calcium oxalate. Raman microprobe spectroscopy was used to confirm this chemical identity. The calcium oxalate crystals were located in xylem-vessel lumens and also in parenchyma cells adjacent to vascular tissues. Thus, the crystals may function to regulate soluble calcium concentrations in C. uncinatum tissues near sites where calcium is unloaded from the xylem.

Arrábida e Sintra

A Cadeia da Arrábida é a estrutura morfotectónica orogénica, constituída por empilhamentos de cavalgamentos, mais ocidental de todo o orógeno alpino da área emersa da placa litosférica Eurásia. Atentando apenas nos relevos orogénicos alpinos da área emersa de Portugal, as suas estruturas e morfologia tornam-na no mais elegante exemplo de tectónica orogénica alpina em Portugal. A Serra de Sintra constitui um relevo associado à intrusão do Complexo Ígneo de Sintra de idade neo-cretácica e ao cavalgamento frontal de idade cenozóica, com vergência para Norte que se estende desde as proximidades do rio Tejo, passando pela base da vertente norte da Serra de Sintra, continuando mar adentro. Olhando para a continuação imersa da Margem Continental Portuguesa vê-se que estes relevos não estão isolados, mas antes fazem parte dum grupo de três outras estruturas compressivas que acomodaram o encurtamento orogénico resultante da colisão África-Eurásia ocidentais no segmento sudoeste ibérico, o Banco do Gorringe, os Montes de Avis e o Planalto de Marquês de Pombal. Todas estas estruturas se constituem como estruturas anticlinais, mais ou menos simples, a tecto dum cavalgamento com transporte para noroeste ou oeste-noroeste. Na face meridional de Portugal, mais próxima do limite de placas, as estruturas de deformação compressiva resultantes da orogenia alpina encontram-se representadas na Bacia do Algarve e, mais a sul, pelo Banco do Guadalquivir. Todas estas estruturas se formaram no âmbito da orogenia alpina, consequência dum contexto cinemático de aproximação das placas litosféricas Eurásia e África, cujas manifestações morfotectónicas e sedimentares se começaram a manifestar no Cretácico Superior após o Cenomaniano. A distribuição espacio-temporal da deformação orogénica no segmento mais ocidental do orógeno é heterogénea e extremamente complexa. Por exemplo, em Portugal – segmento autóctone do orógeno alpino - as principais estruturas compressivas alpinas mais antigas datam do Cretácico superior e na região de Lisboa-Sintra de idade paleogénica. Contudo as estruturas de maior envergadura morfológica são de idade miocénica (serra da Arrábida, Banco do Gorringe, Montes de Avis) e mesmo de reactivação mais recente (Falha e planalto do Marquês de Pombal, Falha da Ferradura e Banco de Guadalquivir. A mesma heterogeneidade espacio-temporal se verifica em segmentos alóctones como no orógeno Bético-Rifenho, cujo arco orogénico frontal se vem propagando para oeste desde o Cretácico superior, simultaneamente cavalgando para norte e para sul, as margens continentais do sul de Espanha e norte de África. Esta migração orogénica está simultaneamente associada a colapso orogénico e distensão nas áreas internas do orógeno (Mar de Alborán), o que tem constituído um dos paradoxos da deformação orogénica alpina mais desafiantes das últimas décadas e para cuja solução se têm proposto mecanismos de delaminação tectónica da base da litosfera ou retro-rolamento da placa subductada.

Restriction site-associated DNA sequencing, genotyping error estimation and de novo assembly optimization for population genetic inference.

Restriction site-associated DNA sequencing (RADseq) provides researchers with the ability to record genetic polymorphism across thousands of loci for nonmodel organisms, potentially revolutionizing the field of molecular ecology. However, as with other genotyping methods, RADseq is prone to a number of sources of error that may have consequential effects for population genetic inferences, and these have received only limited attention in terms of the estimation and reporting of genotyping error rates. Here we use individual sample replicates, under the expectation of identical genotypes, to quantify genotyping error in the absence of a reference genome. We then use sample replicates to (i) optimize de novo assembly parameters within the program Stacks, by minimizing error and maximizing the retrieval of informative loci; and (ii) quantify error rates for loci, alleles and single-nucleotide polymorphisms. As an empirical example, we use a double-digest RAD data set of a nonmodel plant species, Berberis alpina, collected from high-altitude mountains in Mexico.

Pharmacological and toxicological evaluation of Alpinia speciosa

Alpinia speciosa Schum or A. nutans is a plant of the Zingiberanceae family, Known popularly as "colony" (colônia) and used as a diuretic and to control hypertensión. We have determinated the concentration of Na+ and K+ found in the alcoholic extract and in the tea concoction. They contained 51.0mEq Na+, and 132 mEq K+ in the extract, and 0,0 mEq of Na+ and 26 mEq K+ in the tea. Phytochemical analysis of the leaves demonstrated the presence of catecquic tanins, phenols and alkaloids, and also some essential oils. When injected intra-peritoneally the hydroalcoholic extract, in range of 100 a 1400 mg/Kg, (or 2500-18000 mg/Kg orally) produced in mice: writhing, psychomorot excitation, hypokinesis and pruritus. The LD50 by ip was 0.760 + or - 0.126 g/Kg and 10.0 + or - 2.5 g/Kg by oral administration for the hydroalcoholic extract. Subacute toxicity made injecting daily for 30 days the LD10 in rats caused an increase in transaminases and lactate dehydrogenase, whereas other parameters such as nlood glucose, urea and creatinine were normal. A histopathological analysis of liver, spleen, gut, lung and heart showed no alterations. The drug also produced a prolongation of the sleeping time. The hydroalcoholic extract induced int he rat and in the dog a dose-dependent fall in blood pressure in doses of 10 to 30 mg/Kg. In isolated atria the extract induced a reduction of the frequnecy and in the inotropic responses. Neither the extract nor the tea had an effect on the diuresis of the rat.

Variació dels estatges vegetals a l'àrea de la Bruguera (Girona) en els darrers cent anys

Treball de recerca realitzat per alumnes d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit cientí­fic del Jovent l'any 2009. Aquest treball s'ha basat en la comparació altitudinal de determinades espècies vegetals (i per tant dels estatges) respecte els últims cent anys en una zona de la vall de Ribes; concretament des de la serra de St. Amanç fins a la població de Bruguera, passant per els Llisos del Taga. La realització del treball implica primerament la recerca d'estudis i dades anteriors fets sobre el tema, que generalment es basaria en dos estudis ja esmentats en el treball, els quals són un catàleg florístic de la vall de Ribes (de Josep Vigo) i un article de característiques molt semblants al nostre treball (de Jonathan Lenoir), així com també l¡elecció de la metodologia i de les espècies a estudiar. L'altra part es basa en fer un comptatge i identificació de les espècies trobades en diferents zones. En el moment de fer la delimitació de les zones hem tingut en compte l'alçada i l'orientació i s'han subdividit aquestes zones en quadrants per facilitar el comptatge i identificació. Una vegada comparats els resultats amb els estudis fets anteriorment s'ha arribat a la conclusió que hi havia un canvi altitudinal de les espècies prou significatiu. Unes de les interpretacions d'aquest resultat observat podria lligar-se al canvi de temperatures que ha sofert la vall en els últims anys degut al canvi climàtic.

Restriction site-associated DNA sequencing, genotyping error estimation and de novo assembly optimization for population genetic inference.

Restriction site-associated DNA sequencing (RADseq) provides researchers with the ability to record genetic polymorphism across thousands of loci for nonmodel organisms, potentially revolutionizing the field of molecular ecology. However, as with other genotyping methods, RADseq is prone to a number of sources of error that may have consequential effects for population genetic inferences, and these have received only limited attention in terms of the estimation and reporting of genotyping error rates. Here we use individual sample replicates, under the expectation of identical genotypes, to quantify genotyping error in the absence of a reference genome. We then use sample replicates to (i) optimize de novo assembly parameters within the program Stacks, by minimizing error and maximizing the retrieval of informative loci; and (ii) quantify error rates for loci, alleles and single-nucleotide polymorphisms. As an empirical example, we use a double-digest RAD data set of a nonmodel plant species, Berberis alpina, collected from high-altitude mountains in Mexico.

Pâturages et pelouses oligotrophes calcicoles du Haut-Jura vaudois: description et écologie

Oligotrophic, lowland and montane meadows and pastures in the Jura Mountains have been well studied, but little is known about subalpine pastures and meadows, especially in Western Switzerland. This paper describes the different types of calcicolous, oligotrophic pastures and meadows found in the "Parc jurassien vaudois" (canton of Vaud). Eight plant communities are described: Gentiano-Brometum acinetosum at montane and Alchemillo-Seslerietum prunelletosum at subalpine altitudes, Alchemillo- Seslerietum festucetosum on shallower soil, Sedo-Poetum acinetosum on very shallow soil, Ranunculi- Agrostietum traunsteineretosum on clayey soil on southern exposures, Seslerio-Laserpitietum on steep and stony southern exposed slopes, a Festuca pulchell a and Pulsatilla alpina community on northern exposed scree, and Laserpitio-Calama- grostietum on more stable scree. Many of these meadows and pastures are very species-rich and deserve protection. Two floristic comparisons complete this paper. The first looks at the transition zone between montane pastures (Mesobromion) and subalpine pastures (Seslerion), and sets the limit around 1350 m, with some variation due to aspect and soil. The second compares the main subalpine pasture community (Alchemillo- Seslerietum prunelletosum) in the Jura Mountains with its vicariant (Seslerio-Caricetum sempervirentis) in the Alps.

Interaccions arbre-arbust al límit superior del bosc i efectes de gradients bioclimàtics en la vegetació

Durant el periode d’elaboració d’aquesta tesi hem aprofundit en el coneixement dels factors que controlen les dinàmiques espacio-temporals del límit superior del bosc. Aquest ecotò se situa entre el límit superior del bosc i els prats alpins i és susceptible a canvis ambientals, fet que provoca que fluctuï altitudinalment i latitudinalment en funció d’aquests canvis. Els motius d’aquesta dinàmica s’ha estudiat sovint des d’un punt de vista climàtic, però mai fins ara s’havia estudiat des d’un punt de vista de les interaccions entre organismes. Per aquest fet hem estat evaluant l’efecte de les interaccions planta-planta en la regulació de la dinàmica supraforestal. L’estudi l’hem emmarcat en un context alpí (als Pirineus Catalans) i en un context subàrtic (Lapònia, Suècia), fet que ens ha permès fer un estudi comparatiu en dos ecotons contrastats però homòlegs ecològicament. Hem desenvolupat una sèrie d’experiments considerant diversos factors (augment de temperatura, quantitat de nutrients, presència d’arbust, posició en l’ecotò); en les dues zones d’estudi hem fet una plantació de plançons dels arbres formadors del límit del bosc en les diverses situacions derivades de la combinació d’aquests factors, i hem fet el seguiment fenològic dels plançons durant tres periodes de creixement. Els resultats dels experiments ens han permès veure que les interaccions entre organismes tenen una gran importància en la regulació de la dinàmica supraforestal, tant als Pirineus com a Lapònia. Les interaccions planta-planta i planta-herbívors determinen el reclutament de plançons i per tant l’estructuració de les comunitats supraforestals. Per altra banda, la posició en l’ecotò evidencia la presència d’un gradient bioclimàtic; les manipulacions ambientals de temperatura i nutrients originen una resposta generalment positiva en el desenvolupament dels plançons, indicant que canvis en aquestes variables pot suposar alteracions notables de l’estructura forestal del límit del bosc. Per altra banda en aquest projecte també hem aprofundit en temes relacionats amb l'efecte dels gradients altitudinals en la distribució de plantes vasculars als Pirineus Catalans.

Interaccions arbre-arbust al límit superior del bosc i efectes de gradients bioclimàtics en la vegetació

Durant el periode d’elaboració d’aquesta tesi hem aprofundit en el coneixement dels factors que controlen les dinàmiques espacio-temporals del límit superior del bosc. Aquest ecotò se situa entre el límit superior del bosc i els prats alpins i és susceptible a canvis ambientals, fet que provoca que fluctuï altitudinalment i latitudinalment en funció d’aquests canvis. Els motius d’aquesta dinàmica s’ha estudiat sovint des d’un punt de vista climàtic, però mai fins ara s’havia estudiat des d’un punt de vista de les interaccions entre organismes. Per aquest fet hem estat evaluant l’efecte de les interaccions planta-planta en la regulació de la dinàmica supraforestal. L’estudi l’hem emmarcat en un context alpí (als Pirineus Catalans) i en un context subàrtic (Lapònia, Suècia), fet que ens ha permès fer un estudi comparatiu en dos ecotons contrastats però homòlegs ecològicament. Hem desenvolupat una sèrie d’experiments considerant diversos factors (augment de temperatura, quantitat de nutrients, presència d’arbust, posició en l’ecotò); en les dues zones d’estudi hem fet una plantació de plançons dels arbres formadors del límit del bosc en les diverses situacions derivades de la combinació d’aquests factors, i hem fet el seguiment fenològic dels plançons durant tres periodes de creixement. Els resultats dels experiments ens han permès veure que les interaccions entre organismes tenen una gran importància en la regulació de la dinàmica supraforestal, tant als Pirineus com a Lapònia. Les interaccions planta-planta i planta-herbívors determinen el reclutament de plançons i per tant l’estructuració de les comunitats supraforestals. Per altra banda, la posició en l’ecotò evidencia la presència d’un gradient bioclimàtic; les manipulacions ambientals de temperatura i nutrients originen una resposta generalment positiva en el desenvolupament dels plançons, indicant que canvis en aquestes variables pot suposar alteracions notables de l’estructura forestal del límit del bosc. Per altra banda en aquest projecte també hem aprofundit en temes relacionats amb l'efecte dels gradients altitudinals en la distribució de plantes vasculars als Pirineus Catalans.

Suitability, success and sinks: how do predictions of nesting distributions relate to fitness parameters in high arctic waders?

AimAlthough habitat suitability maps derived from species distribution models (SDMs) are often assumed to highlight locations that can sustain healthy populations over time, the relationship between suitability scores and fitness parameters has rarely been tested thoroughly. LocationZackenberg Valley, north-east Greenland. MethodsUsing 14years of data (1997-2010) representing three wader species (dunlin Calidris alpina, sanderling Calidris alba and ruddy turnstone Arenaria interpres), we tested the relationships between modelled suitability and fitness parameters at nesting locations. ResultsAmong the three species examined, only the ruddy turnstone exhibited significant relationships between suitability and nest success, but over time rather than space. During years with extensive snow cover in the landscape, the nesting sites of ruddy turnstone occurred in different habitats than were typically used across years. Moreover, in years with extensive snow cover, the ruddy turnstone initiated nests later and suffered from higher egg predation rates. Main conclusionOur results suggest that SDMs derived from species occurrences that include years of low reproductive success may over-estimate the potential suitable habitat in the landscape. Whenever possible, variation in reproductive success should be considered when building models to inform species' response to environmental change. species' response to environmental change.

Mutation identification by direct comparison of whole-genome sequencing data from mutant and wild-type individuals using k-mers.

Genes underlying mutant phenotypes can be isolated by combining marker discovery, genetic mapping and resequencing, but a more straightforward strategy for mapping mutations would be the direct comparison of mutant and wild-type genomes. Applying such an approach, however, is hampered by the need for reference sequences and by mutational loads that confound the unambiguous identification of causal mutations. Here we introduce NIKS (needle in the k-stack), a reference-free algorithm based on comparing k-mers in whole-genome sequencing data for precise discovery of homozygous mutations. We applied NIKS to eight mutants induced in nonreference rice cultivars and to two mutants of the nonmodel species Arabis alpina. In both species, comparing pooled F2 individuals selected for mutant phenotypes revealed small sets of mutations including the causal changes. Moreover, comparing M3 seedlings of two allelic mutants unambiguously identified the causal gene. Thus, for any species amenable to mutagenesis, NIKS enables forward genetics without requiring segregating populations, genetic maps and reference sequences.

La zonación estructural del hercínico del Pirineo Central en el anticlinorio de la Pallaresa

The Pyrenees are an alpine chain with hercynian basement rocks that outcrop in a large area called the Axial Zone. These rocks have been involved in the alpine deformation events although their main structural features resulted from the Hercynian orogeny. A relevant characteristic of the Hercynian basement is a change in structural style in depth which has been commonly studied and interpreted in the Pallaresa Anticlinorium, in the Central Pyrenees. This anticlinorium is a complex hercynian structural unit whose southern part belongs to the suprastructure whereas the northern part corresponds mostly to a transition zone between the infrastructure and the suprastructure. Rocks of the suprastructure show a steeply dipping slaty cleavage as the dominant structure, which is overprinting folds and thrusts rarely going with pervasive deformation. The transition zone results from a slaty cleavage, very often close to the bedding, overprinted by one or two steep crenulation cleavages. A gradual boundary exists between both structural levels and it can be observed that the deformation developing slaty cleavage in the suprastructure grades to a crenulation foliation in the transition zone. The gradual character of that boundary, as seen in the northern end of the transition zone, suggests that the southern sharp boundary is not original. That boundary is interpreted as a northward dipping inverse fault, possibly with Alpine age. That fault causes a relative uplift of the rocks of the transition zone and gives this sharp boundary with the suprastructural levels. It provokes the asymmetry in the Pallaresa anticlinorium

Aportaciones a la Flora del sudeste Iberico

Se da a conocer una lista de 82 táxones, en su mayoría recolectados en la franja costera de las provincias de Alicante y Murcia. Alrededor de la mitad representan primeras citas provinciales y el resto han sido muy escasamente citados. Se describen dos nuevos táxones: Nepeta amethystina Poiret in Lam. & Poiret subsp. microglandulosa]. Molerò, subsp. nova y Misopates orontium (L.) Rafin. var. pusillus J . Molerò, var. nova. Se propone una nueva combinación nomenclatura]: Armeria filicaulis (Boiss.) Boiss. subsp. willkommiana (Bernis) J . Molerò, comb. nova.

Addicions a la flora vascular del Parc Natural del Cadí-Moixeró i de les serres veïnes (Prepirineus Orientals Ibèrics)

Additions to the vascular flora of the Cadí-Moixeró Natural Park and neighbouring Pre-Pyrenean areas (eastern Iberian Pyrenees) We present about fifty contributions to the catalogue of the vascular flora of the mentioned area, published in 2003. Among the taxa reported, 21 correspond to novelties found in our own field observations or in the literature. We highlight the first records for the Eastern Iberian Pre-Pyrenees of Meconopsis cambrica (L.) Vig. and Omalotheca hoppeana (Koch) Schulz Bip. and F.W. Schulz. Other data refer to rare taxa already included in the catalogue, such as Gagea lutea (L.) Ker Gawl., G. reverchonii Degen, Lappula deflexa (Wahlenb.) Garcke and Minuartia villarii (Balb.) Wilczek and Chenevard.

Las comunidades de Salix pyrenaica en el valle de Aran.

Se aportan datos referentes a dos comunidades de la alianza Primulion intricatae en que participa el subarbusto Salix pyrenaica: Dryado-Salicetum pyrenaicae Chouard ex Vanden Berghen 1970 y Carici-Geetum pyrenaici Chouard ex Vanden Berghen 1970. Ambas se conocían de áreas más atlánticas de la cordillera pirenaica, y principalmente dentro de territorio francés, si bien se disponía de muy pocos inventarios fitosociológicos concretos. En el valle de Aran, aparecen localmente en los afloramientos calizos, y contienen diversos táxones poco comunes o raros en los Pirineos, como por ejemplo Arctostaphylos alpina. Además, ambas comunidades muestran un carácter relativamente particular en comparación con las afines descritas previamente. Por ello, se propone considerarlas como sendas nuevas subasociaciones: Dryado- Salicetum pyrenaicae salicetosum reticulatae, subass. nov., y Carici-Geetum pyrenaici anthyllidetosum boscii, subass. nov.