Visualitzador de molècules d'ADN per laboratori virtual

Com a continuació del treball de final de carrera “Desenvolupament d’un laboratori virtual per a les pràctiques de Biologia Molecular” de Jordi Romero, s’ha realitzat una eina complementaria per a la visualització de molècules integrada en el propi laboratori virtual. Es tracta d’una eina per a la visualització gràfica de gens, ORF, marques i seqüències de restricció de molècules reals o fictícies. El fet de poder treballar amb molècules fictícies és la gran avantatge respecte a les solucions com GENBANK que només permet treballar amb molècules pròpies. Treballar amb molècules fictícies fa que sigui una solució ideal per a l’ensenyament, ja que dóna la possibilitat als professors de realitzar exercicis o demostracions amb molècules reals o dissenyades expressament per a l’exercici a demostrar. A més, permet mostrar de forma visual les diferents parts simultàniament o per separat, de manera que ofereix una primera aproximació interpretació dels resultats. Per altra banda, permet marcar gens, crear marques, localitzar seqüències de restricció i generar els ORF de la molècula que nosaltres creem o modificar una ja existent. Per l’implementació, s’ha continuat amb l’idea de separar la part de codi i la part de disseny en les aplicacions Flash. Per fer-ho, s’ha utilitzat la plataforma de codi lliure Ariware ARPv2.02 que proposa un marc de desenvolupament d’aplicacions Flash orientades a objectes amb el codi (classes ActionScript 2.0) separats del movieclip. Per al processament de dades s’ha fet servir Perl per ser altament utilitzat en Bioinformàtica i per velocitat de càlcul. Les dades generades es guarden en una Base de Dades en MYSQL (de lliure distribució), de la que s’extreuen les dades per generar fitxers XML, fent servir tant PHP com la plataforma AMFPHP com a enllaç entre Flash i la resta de parts.

XML-tiedonhaku

Abstrakti

Receptores GPS de três precisões e estação total na caracterização de cotas básicas para projetos rurais

O objetivo deste estudo foi comparar cotas de vértices de uma poligonal, considerando dados coletados por três diferentes receptores GPS, usando como testemunha uma estação total. Os dados foram obtidos em uma poligonal fechada, sendo posteriormente tratados pelo software Topograph. As cotas obtidas pelos três receptores foram confrontadas com aquelas calculadas a partir do levantamento com a estação total, mediante a aplicação do teste "t", constatando-se que as mesmas foram satisfatórias para o equipamento GPS Trimble® 4600 LS. Para o equipamento GPS Trimble® modelo PRO XR, as cotas não foram totalmente satisfatórias, mas possíveis de serem consideradas em anteprojetos. Para o equipamento GPS Garmin® de navegação 12 XS, as cotas mostraram-se inaceitáveis para a finalidade estudada.

Comparação de três receptores GPS para uso em agricultura de precisão

Diversos equipamentos que se utilizam dos sinais transmitidos pelo Sistema de Posicionamento Global (GPS) têm sido empregados na Agricultura de Precisão. Neste estudo, foi feita uma comparação de três receptores comerciais no intuito de verificar suas acurácias. As principais qualidades medidas foram a repetibilidade dos dados e a estabilidade do sistema. O estudo foi conduzido em campo aberto, na área experimental da ESALQ/USP, com três linhas paralelas de 50 m espaçadas 10 m entre si. A coleta de dados foi feita no dia 25-9-2002, totalizando seis repetições da comparação dos três sistemas. Os dados foram coletados simultaneamente, de acordo com a melhor configuração da constelação de satélites, sendo que os três sistemas apresentaram resultados distintos. O GPS "A" (oito canais, sem correção diferencial) apresentou a maior variabilidade e a menor repetibilidade, com desvios de quase 10 m numa mesma linha. O sistema "B", com sinal de correção diferencial (DGPS "B", 12 canais), apresentou acurácia superior ao "A", com desvios de, no máximo, 6 m, mas com repetibilidade significativa. O GPS "C" (12 canais, com algoritmo otimizado) apresentou a maior acurácia e desvio máximo de 2 m. Assim, os dois últimos sistemas são adequados para a aplicação dos conceitos da Agricultura de Precisão.

Equipamento microprocessado para geração de sinal de correção diferencial, em tempo real, para GPS

Este trabalho apresenta o desenvolvimento de um equipamento microprocessado, de baixo custo, para geração de sinal de correção diferencial para GPS, em tempo real, e configuração e supervisão do receptor GPS base. O equipamento desenvolvido possui um microcontrolador dedicado, display alfanumérico, teclado multifunção para configuração e operação do sistema e interfaces de comunicação. O circuito eletrônico do equipamento tem a função de receber as informações do GPS base e interpretá-las, transformando-as numa sentença no protocolo RTCM SC-104. O software do microcontrolador é responsável pela conversão do sinal recebido pelo GPS base, do formato proprietário para o protocolo RTCM SC-104. A placa processadora principal possui duas interfaces seriais padrão RS-232C. Uma delas tem a função de configuração e leitura das informações geradas pelo receptor GPS base. A outra atua somente como saída, enviando o sinal de correção diferencial. O projeto do equipamento microprocessado mostrou que é possível a construção de uma estação privada para a geração do sinal de correção diferencial, de baixo custo.

Metodologia para avaliação do desempenho de receptor de GPS de uso agrícola em condição cinemática

São inúmeras as aplicações das tecnologias de Global Navigation Satellite System (GNSS), e o sistema mais utilizado é o Global Positioning System (GPS), desenvolvido pelos Estados Unidos. Em aplicações agrícolas, há a necessidade de posicionamento estático e cinemático, com demandas de distintos níveis de acurácia. No entanto, os usuários carecem de informação quanto ao desempenho cinemático de receptores GNSS, sendo disponibilizados apenas dados de desempenho estático, e por essa razão desenvolveu-se um veículo instrumentado para testar metodologia de avaliação do desempenho de receptores GNSS sob condição cinemática, visando a representar operações agrícolas. Foi utilizada instrumentação para coletar os dados sob variação de velocidade e sentido de percurso circular. A partir de ensaio experimental, verificou-se que a metodologia possibilita o cálculo da acurácia e da precisão, necessitando apenas de melhorias nos equipamentos de aquisição de dados em ensaios de longa duração.

Warning system based on theoretical-experimental study of dispersion of soluble pollutants in rivers

Information about capacity of transport and dispersion of soluble pollutants in natural streams are important in the management of water resources, especially in planning preventive measures to minimize the problems caused by accidental or intentional waste, in public health and economic activities that depend on the use of water. Considering this importance, this study aimed to develop a warning system for rivers, based on experimental techniques using tracers and analytical equations of one-dimensional transport of soluble pollutants conservative, to subsidizing the decision-making in the management of water resources. The system was development in JAVA programming language and MySQL database can predict the travel time of pollutants clouds from a point of eviction and graphically displays the temporal distribution of concentrations of passage clouds, in a particular location, downstream from the point of its launch.

GPS receivers for georeferencing of spatial variability of soil attributes

The characterization of the spatial variability of soil attributes is essential to support agricultural practices in a sustainable manner. The use of geostatistics to characterize spatial variability of these attributes, such as soil resistance to penetration (RP) and gravimetric soil moisture (GM) is now usual practice in precision agriculture. The result of geostatistical analysis is dependent on the sample density and other factors according to the georeferencing methodology used. Thus, this study aimed to compare two methods of georeferencing to characterize the spatial variability of RP and GM as well as the spatial correlation of these variables. Sampling grid of 60 points spaced 20 m was used. For RP measurements, an electronic penetrometer was used and to determine the GM, a Dutch auger (0.0-0.1 m depth) was used. The samples were georeferenced using a GPS navigation receiver, Simple Point Positioning (SPP) with navigation GPS receiver, and Semi-Kinematic Relative Positioning (SKRP) with an L1 geodetic GPS receiver. The results indicated that the georeferencing conducted by PPS did not affect the characterization of spatial variability of RP or GM, neither the spatial structure relationship of these attributes.

Potencialidade do gps de navegação garmin 12 xl utilizando um sistema de baixo custo

Desde o início do ano 2000, o uso de receptores de navegação aumentou consideravelmente. Muito se deve à desativação da disponibilidade seletiva ocorrida em maio de 2000. Entretanto, esses receptores não registram as observáveis, somente estimam e armazenam as coordenadas, o que impede o pós-processamento dos dados. Baseados nesse aspecto, alguns softwares foram desenvolvidos e estão disponíveis gratuitamente. Eles permitem a gravação das observáveis GPS do receptor, pseudodistâncias (código C/A) e das medidas da fase da onda da portadora. Esses programas são capazes de ler de e registrar em arquivos binários as informações referentes às observáveis GPS e realizar a conversão de formato binário para o formato RINEX. Este trabalho visa a avaliar o receptor de navegação Garmin 12 XL a partir do uso dos programas livres. Dois experimentos foram realizados na região de Presidente Prudente-SP, empregando o levantamento relativo estático. O processamento foi realizado com intervalos de tempo de 30; 15; 10 e 5 minutos. Os resultados foram comparados com as coordenadas advindas de um receptor geodésico e mostram que, para 98,9% dos pontos, os valores em relação à acurácia planimétrica foram melhores que 0,50 m. A única linha de base cujo valor foi maior ou igual a 0,50 m é o vértice M0001 (linha de base menor que 2 km), referente ao primeiro experimento. Em termos de precisão, os valores não ultrapassaram 0,30 m.

Natiivin Android-pelin käyttöliittymän skaalautuminen ja suorituskyvyn optimointi

Tässä työssä esiteltiin Android laitteisto- ja sovellusalustana sekä kuvattiin, kuinka Android-pelisovelluksen käyttöliittymä voidaan pitää yhtenäisenä eri näyttölaitteilla skaalauskertoimien ja ankkuroinnin avulla. Toisena osiona työtä käsiteltiin yksinkertaisia tapoja, joilla pelisovelluksien suorituskykyä voidaan parantaa. Näistä tarkempiin mittauksiin valittiin matalatarkkuuksinen piirtopuskuri ja näkymättömissä olevien kappaleiden piilotus. Mittauksissa valitut menetelmät vaikuttivat demosovelluksen suorituskykyyn huomattavasti. Tässä työssä rajauduttiin Android-ohjelmointiin Java-kielellä ilman ulkoisia kirjastoja, jolloin työn tuloksia voi helposti hyödyntää mahdollisimman monessa eri käyttökohteessa.

Telemedicina: Desenvolvimento de um sistema para atendimento à distância de pacientes com doença renal crônica pré-dialítica

ResumoIntrodução:O foco no tratamento da doença renal crônica (DRC) é evitar a sua progressão com o uso do controle clínico otimizado. O uso de tecnologias leves apresenta-se como forma promissora de cuidado em saúde. A internet oferece a oportunidade de instrumentalizar o médico em seu contato profissional com o usuário.Objetivo:Desenvolver um sistema web para o atendimento a distância de pacientes com DRC nos estágios não dialíticos e clinicamente estáveis.Métodos:Desenvolvido um sistema utilizando a linguagem Java, banco de dados MySQL e framework PrimeFaces; disponibilizado em um servidor de aplicações Glassfish.Resultados:O acesso inicial é realizado pelo nefrologista, que cadastra os pacientes com suas informações pessoais e dados de acesso. Após ser cadastrado, o paciente (ou médico de família) pode inserir os dados de sua consulta e estes serão, na sequência, repassados ao nefrologista para avaliação. O formulário com os dados de interesse é pré-determinado, mas ainda há possibilidade de acrescentar informações de forma livre. O sistema possibilita, adicionalmente, que haja troca de mensagens entre os médicos e os pacientes. Além disso, os usuários recebem mensagens via e-mail alertando-os de suas tarefas. O sigilo é garantido por senhas individuais para médicos e pacientes.Conclusão:Essa ferramenta possibilitará aumentar a área de abrangência dos nefrologistas, diminuir os custos e aproximar o paciente ao seu médico da atenção básica, utilizando o Programa de Saúde de Família como interface entre o paciente e a atenção secundária nefrológica.

Qualidade física e fisiológica de sementes da leguminosa forrageira Macrotyloma axillare cv. Java

É de interesse prático, quando se dispõe de diferentes lotes de sementes, conhecer a qualidade fisiológica intrínseca a cada um. Objetivou-se determinar a qualidade fisiológica de lotes de sementes da leguminosa forrageira tropical, Macrotyloma axillare cv. Java, com utilização de diferentes metodologias para realização dos testes germinação e vigor. Determinou-se a pureza física dos lotes, o peso de mil sementes, a germinação com e sem escarificação (TG) e o vigor (índice de velocidade de germinação (IVG), primeira contagem, envelhecimento acelerado e condutividade elétrica) de três lotes de sementes. Diferenças na qualidade fisiológica inicial de sementes escarificadas foram observadas pelo teste de germinação. Pelos resultados dos testes de primeira contagem e IVG não foi possível detectar diferenças na qualidade fisiológica das sementes; o envelhecimento acelerado das sementes escarificadas pode ser realizado a 41º C por 72 horas ou a 45º C por 48 horas; o teste de condutividade elétrica mostrou-se adequado para diferenciar os lotes, a partir de 48 horas de embebição.

Ein XML-basiertes Modell für synchrone Gruppenarbeit auf gemeinsamen Informationsräumen

In dieser Arbeit wird ein generisches Modell fuer synchrone Gruppenarbeit auf gemeinsamen Informationsraeumen entwickelt. Fuer die Entwicklung dieses Modells muessen die Grundfunktionen fuer Anwendungen der synchronen Gruppenarbeit realisiert werden. Neben der Modellierung des Datenraumes (Datenmodell) und der operationellen Schnittstelle (Interaktionsmodell), muessen Mechanismen fuer die Darstellung der Aktivitaeten der Gruppenmitglieder auf dem Informationsraum (Awareness), sowie fuer die Synchronisierung gleichzeitiger Zugriffe verschiedener Benutzer auf dem Datenraum realisiert werden (Nebenlaeufgkeitskontrolle). Das Grundproblem bei der Loesung der Nebenlaeufigkeit liegt bei der Aufgabe der Isolation aus den klassischen ACID-Transaktionen zu gunsten von Awareness. Die rapide Entwicklung von Techniken der mobilen Kommunikation ermoeglicht den Einsatz dieser Geraete fuer den Zugriff auf Daten im Internet. Durch UMTSund WLAN-Technologien koennen Mobilgeraete fuer Anwendungen ueber die reine Kommunikation hinaus eingesetzt werden. Eine natuerliche Folge dieser Entwicklung sind Anwendungen fuer die Zusammenarbeit mehrerer Benutzer. In der Arbeit wird daher auf die Unterstuetzung mobiler Geraete besonderen Wert gelegt. Die Interaktion der Benutzer auf den gemeinsamen Datenraum wird durch einfache Navigationsoperationen mit einem Cursor (Finger) realisiert, wobei der Datenraum durch XML-Dokumente dargestellt wird. Die Visualisierung basiert auf der Transformierung von XML-Dokumenten in andere XML-basierte Sprachen wie HTML oder SVG durch XSLT-Stylesheets. Awareness-Informationen werden, aehnlich dem Fokus/Nimbus-Modell, von der Interaktion der Benutzer und der Ermittlung der sichtbaren Objekte bei dem Benutzer hergeleitet. Fuer eine geeignete Kontrolle der Nebenlaeufigkeit wurde der Begriff der visuellen Transaktion eingefuehrt, wo die Auswirkungen einer Transaktion von anderen Benutzern (Transaktionen) beobachtet werden koennen. Die Synchronisierung basiert auf einem Sperrverfahren und der Einfuehrung der neuen W-Sperre und der Grundoperationen readV und writeV. Das Modell (Groupware-Server) wird in der Arbeit in einem Prototyp implementiert. Weiterhin wird eine Java-Anwendung sowohl auf einem Desktop PC als auch auf einem Pocket PC (iPAQ 3970) implementiert, welche die Einsetzbarkeit dieses Prototyps demonstriert.

Jmodels: Java models of earth system regulation

The JModel suite consists of a number of models of aspects of the Earth System. They can all be run from the JModels website. They are written in the Java language for maximum portability, and are capable of running on most computing platforms including Windows, MacOS and Unix/Linux. The models are controlled via graphical user interfaces (GUI), so no knowledge of computer programming is required to run them. The models currently available from the JModels website are: Ocean phosphorus cycle Ocean nitrogen and phosphorus cycles Ocean silicon and phosphorus cycles Ocean and atmosphere carbon cycle Energy radiation balance model (under development) The main purpose of the models is to investigate how material and energy cycles of the Earth system are regulated and controlled by different feedbacks. While the central focus is on these feedbacks and Earth System stabilisation, the models can also be used in other ways. These resources have been developed by: National Oceanography Centre, Southampton project led by Toby Tyrrell and Andrew Yool, focus on how the Earth system works.