Significance in replication of the terminal nucleotides of the Flavivirus genome

Point mutations that resulted in a substitution of the conserved 3'-penultimate cytidine in genomic RNA or the RNA negative strand of the self-amplifying replicon of the Flavivirus Kunjin virus completely blocked in vivo replication. Similarly, substitutions of the conserved 3'-terminal uridine in the RNA negative or positive strand completely blocked replication or caused much-reduced replication, respectively. The same preference for cytidine in the 3'-terminal dinucleotide was noted in reports of the in vitro activity of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) for the other genera of Flaviviridae that also employ a double-stranded RNA (dsRNA) template to initiate asymmetric semiconservative RNA positive-strand synthesis. The Kunjin virus replicon results were interpreted in the context of a proposed model for initiation of RNA synthesis based on the solved crystal structure of the RdRp of phi6 bacteriophage, which also replicates efficiently using a dsRNA template with conserved 3'-penultimate cytidines and a 3'-terminal pyrimidine. A previously untested substitution of the conserved pentanucleotide at the top of the 3'-terminal stem-loop of all Flavivirus species also blocked detectable in vivo replication of the Kunjin virus replicon RNA.

Computational differentiation of N-terminal signal peptides and transmembrane helices

Signal peptides and transmembrane helices both contain a stretch of hydrophobic amino acids. This common feature makes it difficult for signal peptide and transmembrane helix predictors to correctly assign identity to stretches of hydrophobic residues near the N-terminal methionine of a protein sequence. The inability to reliably distinguish between N-terminal transmembrane helix and signal peptide is an error with serious consequences for the prediction of protein secretory status or transmembrane topology. In this study, we report a new method for differentiating protein N-terminal signal peptides and transmembrane helices. Based on the sequence features extracted from hydrophobic regions (amino acid frequency, hydrophobicity, and the start position), we set up discriminant functions and examined them on non-redundant datasets with jackknife tests. This method can incorporate other signal peptide prediction methods and achieve higher prediction accuracy. For Gram-negative bacterial proteins, 95.7% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted (coefficient 0.90). Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 99% (coefficient 0.92). For eukaryotic proteins, 94.2% of N-terminal signal peptides and transmembrane helices can be correctly predicted with coefficient 0.83. Given a sensitivity of 90%, transmembrane helices can be identified from signal peptides with a precision of 87% (coefficient 0.85). The method can be used to complement current transmembrane protein prediction and signal peptide prediction methods to improve their prediction accuracies. (C) 2003 Elsevier Inc. All rights reserved.

Economicidade do projeto de amplia????o do aeroporto de Guarulhos

O objetivo deste trabalho foi o de propor alternativas para orientar a solu????o ao atendimento da demanda do aeroporto de Guarulhos de forma a reduzir os custos (de investimento e operacionais) or??ados, prazo de implanta????o do projeto e tamb??m o de melhorar a qualidade do projeto, de modo que a opera????o do aeroporto se tornasse a mais otimizada poss??vel. O projeto de amplia????o do aeroporto de Guarulhos, conhecido como projeto do Terminal de Passageiros-3 (TPS-3) era, e ainda ??, o maior da carteira de investimentos da INFRAERO. Outro assim, ele se encontrava com o Projeto B??sico encerrado em meados de 2000, fase bastante adequada para o in??cio de um processo de otimiza????o. Em paralelo, h?? nos ??rg??os centrais do Governo Federal, em especial no Minist??rio do Planejamento, Or??amento e Gest??o, uma tentativa de se implantar nos projetos governamentais ferramentas de gest??o que possibilitem avaliar, por exemplo, a real necessidade das obras, a funcionalidade do projeto e a otimiza????o econ??mica dos mesmos

M??dulo 2 - fase de diagn??stico: avaliando o uso e a gest??o da TI: curso elabora????o do Plano Diretor de Tecnologia da Informa????o (PDTI)

Esse documento trata de: fase de diagn??stico; os resultados do Planejamento de TI anterior; o Relat??rio de Resultados do Planejamento de TI anterior; o Referencial Estrat??gico da ??rea de TI; a Organiza????o da TI; an??lise SWOT da TI

M??dulo 3 - fase de diagn??stico: identificando necessidades: curso elabora????o do Plano Diretor de Tecnologia da Informa????o (PDTI)

Esse documento trata de: Identificar as Necessidades de Informa????o; Identificar Necessidades de Servi??os de TI; Identificar as Necessidades de Infraestrutura de TI; Identificar Necessidades de Contrata????o de Solu????es de TI; Identificar Necessidades de Pessoal de TI; Consolidar o Invent??rio de Necessidades; Alinhar as Necessidades de TI ??s Estrat??gias da Organiza????o

M??dulo 4 - fase de planejamento: curso elabora????o do Plano Diretor de Tecnologia da Informa????o (PDTI)

Esse documento trata de: T??cnica 5W2H; Atualizar crit??rios de prioriza????o; Matriz GUT; Priorizar as Necessidades Inventariadas; Definir Metas e A????es; Planejar a Execu????o das A????es; Planejar as A????es de Pessoal; Planejar Investimentos e Custeio; Consolidar a Proposta Or??ament??ria de TI; Aprovar os Planos Espec??ficos; Atualizar Crit??rios de Aceita????o de Riscos; Planejar o gerenciamento de riscos; Identificar Fatores Cr??ticos para a implanta????o do PDTI; Consolidar a Minuta do PDTI; Avaliar e Aprovar a minuta do PDTI; Publicar o PDTI

Enquadramento de corpos de água em pequenas e micro bacias hidrográficas rurais de base agrícola familiar : subsídios à elaboração da fase diagnóstica

Este trabalho tem como proposta geral fornecer subsídios para o desenvolvimento da fase diagnóstica do processo de Enquadramento de corpos de água superficiais de pequenas e micro bacias hidrográficas (PMBH). Sua justificativa ampara-se no fato de que a implementação de processos de Enquadramento ainda é restrita, principalmente, no que tange as PMBH, escala de gestão ainda não considerada pelo gerenciamento de recursos hídricos. Apresenta como objetivos a identificação, análise e seleção de itens de diagnósticos adotados em processos de Enquadramento; avaliação quanto as particularidades / especificidade quanto à utilização desses itens de diagnóstico para a realidade de PMBH, e por fim, a proposição de diretrizes para o estabelecimento de procedimentos orientativos para avaliações diagnósticas para fins de Enquadramento de corpos de agua superficiais em PMBH. Metodologicamente, embasado por meio de análise de estudos técnicos e científicos, os itens de diagnóstico identificados foram agrupados de forma sistematizada, e realizada avaliação quanto a aplicabilidade desses itens na elaboração de diagnóstico para Enquadramento em PMBH. Como resultado, mostrou ser possível obter maior nível de detalhamento para os itens de diagnósticos sugeridos pela Resolução nº 91/08 do CNRH no Artigo 4º. Apresentou como produto, um de conjunto de itens de diagnóstico de referência para a fase de avaliações diagnósticas do Enquadramento. Também demonstrou haver, de fato, particularidades que devem ser levadas em consideração quanto ao desenvolvimento de estudos de Enquadramento em pequenas regiões hidrográficas. Além disso, com a proposição de diretrizes para o estabelecimento de procedimentos orientativos para a fase de diagnósticos do Enquadramento, verificou que os desafios para tornar realidade o Enquadramento de corpos de água superficiais em PMBH são de natureza financeira, política e técnico-científica.

Influência de polimorfismos nos genes FcγRIIa, CD209, VDR, TNF-α, IL-4, IL-6 e INF-γ na persistência de sintomas clínicos da dengue na fase de covalescença

Diferenças na susceptibilidade do hospedeiro à infecção, na gravidade e na permanência do quadro clínico da doença podem ser atribuídas, em parte, às variações da resposta imune. Estas variações são associadas a polimorfismos de nucleotídeo único (do inglês: single nucleotide polymorphisms - SNPs). Como estudo prévio, foi realizada a caracterização da população geral do Espírito Santo (ES) - Brasil e de uma subpopulação do estado, de origem Pomerana, quanto aos SNPs -131 H/R, -336 A/G, TaqI, -308 A/G, -590 C/T, -174 G/C e +874 A/T nos genes FcγRIIa, CD209, VDR, TNFα, IL-4, IL-6 e INF-γ, respectivamente. Cem indivíduos da Grande Vitória representaram a população geral do ES e 59 indivíduos de Santa Maria de Jetibá representaram a população de origem Pomerana. Como a fase aguda da dengue é bem caracterizada, este estudo objetivou ampliar o conhecimento da fase de convalescença. Noventa e seis indivíduos diagnosticados com dengue sintomática no final de 2012 e início de 2013, no ES, foram acompanhados por 60 dias a partir do início dos sintomas por meio do preenchimento de um questionário clínico e epidemiológico em quatro entrevistas. A persistência de 37 sintomas clínicos da dengue foi avaliada. Para analisar a influência da genética do sistema imunológico do hospedeiro na persistência de sintomas clínicos da dengue na fase de convalescença, foi determinada a associação entre os sete SNPs, para os quais a população do ES foi caracterizada, e a persistência de sintomas. O DNA genômico dos participantes do estudo foi extraído do sangue periférico e a genotipagem dos SNPs foi realizada por reação em cadeia da polimerase - polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (do inglês: polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism - PCR-RFLP) As frequências genotípicas de todos os SNPs encontraram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg (do inglês: Hardy-Weinberg equilibrium - HWE), com exceção do SNP no gene IL-6. Não houve diferença estatisticamente significante nas frequências genotípicas dos SNPs nos genes FcγRIIa, CD209, VDR, TNF-α e IL-4 entre as duas populações. Diferença estatisticamente significante foi encontrada entre as duas populações nas distribuições genotípicas dos SNPs nos genes IL-6 (p = 0,03) e INF-γ (p = 0,007). Trinta e sessenta dias após o início dos sintomas, 38,5% e 11,5% dos indivíduos com dengue sintomática reportaram ter pelo menos um sintoma clínico da dengue, respectivamente. Dos sintomas analisados, os mais persistentes foram os relacionados à síndrome da fadiga como mialgia, artralgia, astenia e mal-estar, sendo a mialgia o mais frequente. A persistência de sintomas em 30 dias foi associada ao gênero feminino (p = 0,044) e a persistência de sintomas constitucionais foi associada à dengue secundária (p = 0,041). O SNP no gene FcγRIIa, foi associado à persistência de sintomas em 30 dias, no subgrupo de indivíduos com dengue secundária (p = 0,046), sendo a presença do alelo H associada à não persistência de sintomas (p = 0,014). A presença do alelo A do SNP no gene TNF-α foi associada à não persistência de sintomas no subgrupo de indivíduos com dengue secundária (p = 0,025), sendo o genótipo GG associado à persistência de sintomas neurológicos, psicológicos e comportamentais em 30 dias (p = 0,038). A presença do alelo C do SNP no gene IL-6 foi associado à persistência de sintomas dermatológicos em 30 dias (p = 0,005). O perfil genético desses SNPs pode favorecer o estabelecimento de marcadores imunogenéticos associados à fase convalescente da infecção pelo vírus da dengue (do inglês: dengue virus - DENV).

O Papel do Agente de Execução na Fase da Penhora-Determinação dos Bens a Penhorar

A penhora é, no contexto actual de crise económica, uma realidade frequente, sendo o ato executivo por excelência no âmbito das execuções para o pagamento de quantia certa, que consiste na apreensão de bens, num desapossamento de bens do devedor, com vista á satisfação do credito adequando. Previamente á realização á realização deste ato processual, terão de ser determinados os bens que do mesmo serão objecto, devendo ser consideradas as limitações legais e, eventualmente, convencionais. Os poderes de indicação dos bens a penhorar sofreram alterações desde o Código de Processo Civil de 1939 ate ao actualmente em vigor, que tem a redacção do DL nº 226/2008, de 20 de novembro, tendo sido atribuído ao Agente de Execução, com a reforma de 2003, o poder de determinar os bens a penhorar.O objectivo principal desta dissertação é, precisamente determinar qual o papel do Agente de Execução na fase da penhora, em especial na determinação dos bens a penhorar, com analise de todos os aspectos relacionados, e aferir a interpretação e aplicação do regime em vigor por aqueles que lidam diariamente com os processos executivos. Para o efeito, alem da analise teórica da matéria, foi realizado um estudo empírico, mediante a aplicação e tratamento de um inquérito por questionário ministrado a todos os Agentes de Execução a exercer funções nas comarcas abrangidas pelo Conselho Regional do Norte da Câmara dos Solicitadores. Genericamente, no presente estudo, concluímos que apesar da atribuição ao Agente de Execução do poder de determinar quais os bens que ira penhorar, esse poder esta vinculado, designadamente por critérios e imperativos legais. E o Agente de Execução deve, ainda, ter em consideração a vontade manifestada pelo exequente, o que, como resulta do estudo empírico realizado, é, na pratica, frequente. Paralelamente e de forma a garantir a legalidade da penhora determinada pelo gente de Execução, ao juiz de execução é atribuída competência para controlada este seu poder.

A aplicação foliar de molibdênio na fase de enchimento de vagens do feijão-comum pode reduzir a qualidade da semente

Com o objetivo de aprimorar a tecnologia de produção de sementes ricas em molibdênio (Mo), foram avaliados os efeitos da aplicação foliar de 600 g ha-1 de Mo na qualidade fisiológica da semente de feijão. Em campo, essa dose de Mo foi aplicada na fase V4 (terceira folha trifoliolada), ou parcelada de duas a quatro vezes e aplicada em V4, R6 (floração), R7 e, ou, R8 (enchimento de vagens). A aplicação de 300 g ha-1 de Mo em R6 não influenciou a qualidade da semente, em comparação com a do controle (90 g ha-1 de Mo aplicado em V4). Dos três tratamentos em que 200, 255 ou 300 g ha-1 de Mo foram aplicados em R7, apenas com 255 g ha-1 o Mo reduziu a germinação e vigor das sementes, em comparação com as do controle. Quando 200, 255 ou 300 g ha-1 de Mo foram aplicados em R8 (cinco tratamentos), geralmente o Mo reduziu a germinação e, em dois casos, também o vigor das sementes, em comparação com os do controle. Concluiu-se que 255 g ha-1 de Mo aplicado em R7 e, sobretudo, doses iguais ou mais altas que 200 g ha-1 de Mo aplicadas em R8 podem reduzir a qualidade fisiológica da semente de feijão.

Comparação do padrão alimentar de mães de baixo nível sócio-econômico durante a fase de lactação e após o desmame

Analisou-se a ingestão de alimentos de 190 mães de baixo nível sócio-econômico, residentes no município de São Paulo, SP (Brasil) em dois momentos; durante a fase de lactação (Inquérito I) e após o seu término (Inquérito II). Para caracterizar o padrão alimentar do grupo e dimensionar o risco, utilizou-se o inquérito alimentar recordatório de 24 horas. Os resultados mostraram que o padrão alimentar das mães é constituído por alimentos pertencentes aos grupos de protetores (feijão, leite C e carne de vaca); reguladores (banana, laranja, alface e tomate) e energéticos (arroz, pão, batata, macarrão, açúcar refinado e óleo vegetal), indicando uma dieta qualitativamente adequada. Encontrou-se, ainda, diferença estatisticamente significante no consumo de leite, feijão e café nos dois momentos analisados, indicando um maior consumo do primeiro durante o aleitamento natural (Inquérito I) e um aumento na ingestão de feijão e café após o desmame (Inquérito II). Além disso, o déficit apresentado no Inquérito I foi na maioria das vezes calórico-protéico, enquanto que no Inquérito II foi predominantemente calórico, verificando-se que a amostra analisada representa grupo de risco à desnutrição protéico-calórica.

Acompanhamento da construção de um edifício de habitação colectiva: fase de acabamentos

O presente relatório enquadra-se no âmbito do Trabalho Final de Mestrado do Curso de Enhenharia Civil na área de Edificações, do Instituto Superior de Engenharia de Lisboa subordinado ao tema "Acompanhamento da Construção de um Edifício de Habitação Coectiva - Fase de Acabamentos". Paralelamente, foi realizado o acompanhamento e tratamento de reclamações, serviço Pós Venda em outros seis edifícios, integrados no mesmo Empreendimento. O estágio foi realizado na empresa António F. F. Catanho, S.A., empresa sediada no mercado regional madeirense há mais de 20 anos, com vasta experiência na reabilitação de edifícios classificados, construção de edifícios comerciais, habitacionais e industriais. Foi com enorme satisfação que o estagiário abraçou esta oportunidade de poder realizar um estágio com acompanhamento activo de obras, efectivamente integrado numa equipa de trabalho com uma vasta experiência na área. Foi também muito gratificante poder aplicar os conhecimentos adquiridos ao longo dos anos de curso e adquirir outros novos, através do contacto directo com a realidade da Engenharia Civil e com o actual mercado de trabalho, constituindo assim uma mais-valia para a conclusão do curso e inserção na futura vida profissional. Este documento, transcreve os conhecimentos adquiridos ao longo do estágio na Direcção da Obra, nomeadamente no que concerne a planeamento, controlo da qualidade, controlo dos custos, aprovisionamento de materiais, análise de propostas, segurança, ambiente, elaboração de autos de medição, segurança no trabalho e recepção provisória de empreitadas. Relativamente ao serviço de Pós-Venda, manutenção e tratamento de reclamações dos clientes, são descritas algumas situações mais relevantes, constatadas no decorrer do estágio, bem como as mais frequentes neste tipo de prestação de serviços.

Acompanhamento da construção do projecto de expansão do terminal de GNL de Sines: PETS

O presente relatório de estágio está inserido no âmbito do Trabalho Final de Mestrado do perfil de Edificações, relativo ao curso de Engenharia Civil do Instituto de Engenharia de Lisboa. Foi realizado um estágio com o período de dezasseis semanas na Somague Engenharia, integrado na obra pública do Projecto de Expansão do Terminal de GNL de Sines. O documento compreende o estudo e o acompanhamento da construção dos elementos principais do terminal, nomeadamente, o novo sistema de água do mar e o tanque de armazenagem de GNL. O Capítulo 2 descreve o funcionamento e apresenta os principais sistemas constituintes do terminal. O objectivo primordial deste trabalho tem como base o estudo dos recursos e da metodologia construtiva envolvida no sistema de adução de água do mar, no tanque de armazenagem e no sistema de rejeição de água do mar, apresentando os Capítulos 3,4 e 5, respectivamente. Os Capítulos 6 e 7 desenvolvem, respectivamente, a evolução construtiva verificada durante o período de estágio e os trabalhos realizados enquanto estagiário. Os Capítulos 3 e 5 são complementados pelos Anexos I e II, assim como pelos Apêndices I e II, respectivamente. Os anexos são utilizados como referência para as peças desenhadas, enquanto os apêndices são utilizados para um complemento ao desenvolvimento pormenorizado de algumas soluções.

Acompanhamento da construção do Quartel-Sede da Associação Humanitária dos Bombeiros Voluntários de Samora Correia - 2ª fase

O relatório reporta ao Estágio Curricular realizado na Câmara Municipal de Benavente, no âmbito do Trabalho Final de Mestrado em Engenharia Civil, perfil de Edificações, ao longo de 4 meses, de Março de 2010 a Julho de 2010. Procura-se neste trabalho transmitir os conhecimentos adquiridos e as experiências vividas, que um estágio deste género proporciona a um estudante, sobretudo na experiência diária de um Engenheiro Civil em obra, sendo que, no caso em apreço a obra em referência seja, a construção da 2ºFase do Quartel-Sede da Associação Humanitária dos Bombeiros Voluntários de Samora Correia. Os objectivos inerentes a este estágio passam pela aquisição e desenvolvimento de competências na área da coordenação, fiscalização e direcção de obras. O funcionamento de uma obra e a envolvente gerada em torno desta, desde os recursos compreendidos na sua realização ao relacionamento que deve acontecer entre todos os intervenientes directos ou indirectos, são também motivos da realização do estágio. O contacto directo com profissionais da área, a integração e adaptação ao trabalho em equipa, determina outro dos objectivos estabelecidos para este estágio. Tendo como referência os objectivos acima relatados foi adoptado um método baseado no acompanhamento diário dos trabalhos executados ao longo dos 4 meses, bem como a consulta em gabinete de todos os projectos das especialidades envolvidas na empreitada e do processo burocrático que antecede a construção de uma obra. A metodologia englobava também a análise em gabinete camarário (Câmara Municipal de Benavente) do planeamento definido para a empreitada, da proposta da empresa responsável pela realização da empreitada, do controlo dos autos mensais de medição e do controlo dos trabalhos a mais e a menos que ocorreram durante o período de estágio. A integração em reuniões de obra semanais e o relacionamento com todos os intervenientes na obra foram igualmente métodos utilizados durante o estágio. Para melhor se entender a dinâmica deste processo de acompanhamento da obra, foi o respectivo trabalho final subdividido em 10 capítulos, respeitantes todos eles no seu essencial à construção do já referenciado " Quartel - Sede". No primeiro capítulo, surge uma abordagem à relevância do papel do "Engenheiro" na actualidade em lato senso e uma panorâmica geral do trabalho desenvolvido, para seguidamente evoluir o trabalho para uma vertente mais técnica, onde a remissão para o acompanhamento da construção do Quartel-Sede da Associação Humanitária dos Bombeiros Voluntários de Samora Correia surge na sua essência. Contudo, na abordagem feita no 3º capítulo do trabalho, foi ressalvada a 1ª fase da empreitada e todos os trabalhos realizados previamente à data de entrada em Estágio. Apenas, posteriormente se referenciou os trabalhos acompanhados localmente, complementados pelos respectivos registos fotográficos, correspondendo aos capítulos 4 a 7. No 8º capítulo deste trabalho integrou-se as alterações verificadas no projecto inicial, as incorrecções registadas nos trabalhos efectuados, bem como os resíduos formados pela construção civil. De seguida, foi reservado um capítulo para a Higiene e Segurança em Obra, onde se faz referência aos aspectos positivos bem como negativos, observados durante os trabalhos. As actividades desenvolvidas pelo estagiário no decorrer dos 4 meses estão mencionadas no capítulo 10.Por último, surge a conclusão, retirada deste percurso enriquecedor e relevante na aquisição de experiência de qualquer Engenheiro Civil recém-formado.