Cours d'arboriculture fruitière sur la culture et la taille des arbres fruitiers, ou résume des conférences publiques.

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Pratique raisonnée de la taille du pêcher : contenant sa culture, sa multiplication, les principes généraux de la taille et leur application aux formes les plus usitées, les moyens de restaurer les arbres et de rémédier aux maladies et accidents dont le pêcher peut être frappé, et la description des variétés de pêches les meilleires ǎ cultiver /

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Fonctionnement et dynamiques des processus décisionnels de gestion des pesticides en France et au Canada

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Fonctionnement et dynamiques des processus décisionnels de gestion des pesticides en France et au Canada

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

Étude des besoins décisionnels des aînés atteints de la maladie d’Alzheimer et de leurs proches aidants pour favoriser la prise de décision partagée en soins de première ligne

L’objectif de cette étude était d’évaluer les besoins décisionnels et de prioriser cinq décisions difficiles et fréquentes des aînés atteints de la maladie d’Alzheimer (MA) et leurs proches pour développer un programme de formation axé sur la décision partagée combiné avec des outils d’aide à la décision. Un sondage électronique de type Delphi avec 33 experts a permis d’établir un consensus sur cinq décisions. Les résultats concernent la décision des proches de recourir à une intervention de soutien (sélectionné par 83% des experts), la décision de recourir à des interventions pour réduire l’agitation, l’agressivité et les symptômes psychotiques (79%), déterminer l’objectif des soins chez les aînés atteints de la MA au stade avancé (66%), arrêter ou non la conduite automobile (66%) et établir ou non un régime de protection (62%). L’identification de ces besoins décisionnels médicaux et psychosociaux pourra aiguiller différentes parties prenantes dans le développement d’interventions pour faciliter la prise de décision. Mots clés : maladie d’Alzheimer, proches aidants, soins de première ligne, décision partagée, analyse de besoins, méthode Delphi

Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

Bounding right-arm rotation distances

Rotation distance quantifies the difference in shape between two rooted binary trees of the same size by counting the minimum number of elementary changes needed to transform one tree to the other. We describe several types of rotation distance, and provide upper bounds on distances between trees with a fixed number of nodes with respect to each type. These bounds are obtained by relating each restricted rotation distance to the word length of elements of Thompson's group F with respect to different generating sets, including both finite and infinite generating sets.

Approximating subtree distances between Phylogenies

We give a 5-approximation algorithm to the rooted Subtree-Prune-and-Regraft (rSPR) distance between two phylogenies, which was recently shown to be NP-complete by Bordewich and Semple [5]. This paper presents the first approximation result for this important tree distance. The algorithm follows a standard format for tree distances such as Rodrigues et al. [24] and Hein et al. [13]. The novel ideas are in the analysis. In the analysis, the cost of the algorithm uses a \cascading" scheme that accounts for possible wrong moves. This accounting is missing from previous analysis of tree distance approximation algorithms. Further, we show how all algorithms of this type can be implemented in linear time and give experimental results.

Informe sobre l’estada de recerca a la Universitat d’Edimburg; agost, octubre – desembre 2006

Estudi realitzat a partir d’una estada al laboratori del Dr. Maurizio Mencuccini a la School of GeoSciences de la University of Edinburgh, entre els mesos d’agost i desembre del 2006. El treball realitzat s’ha centrat en tres projectes. Primerament, s’ha desenvolupat un sensor per mesurar el flux de saba al xilema i al floema, basat en la utilització de polsos de calor per tal d’estimar la velocitat del flux de massa en un medi porós. A diferència del mètode que es fa servir normalment per estimar el flux al xilema, s’ha aconseguit un nou mètode que assoleix l’escalfament fent servir un làser, la qual cosa fa que el mètode sigui no intrusiu. Per altra banda, s’ha estudiat la variabilitat de l’anatomia del floema en funció de l’edat de l’arbre en poblacions de tres espècies diferents (Pinus sylvestris, Fraxinus excelsior i Acer pseudoplatanus). L’objectiu de l’estudi és veure si l’edat/mida dels arbres afecta la mida dels elements conductors al floema, la superfície de floema funcional, o la relació entre superfície de floema funcional i superfície de fulles. Finalment, s’ha estudiat l’intercanvi de gasos a nivell de branca en funció de l’edat de l’arbre i la posició a la capçada en un bosc de Pinus sylvestris.

Generating trees for permutations avoiding generalized patterns

We construct generating trees with with one, two, and three labels for some classes of permutations avoiding generalized patterns of length 3 and 4. These trees are built by adding at each level an entry to the right end of the permutation, which allows us to incorporate the adjacency condition about some entries in an occurrence of a generalized pattern. We use these trees to find functional equations for the generating functions enumerating these classes of permutations with respect to different parameters. In several cases we solve them using the kernel method and some ideas of Bousquet-Mélou [2]. We obtain refinements of known enumerative results and find new ones.

Inoculación con hongos formadores de micorrizas arbusculares de plantones de olivo y portainjertos de frutales micropropagados.Valoración de su comportamiento después de su trasplante a campo

Una gran mayoría de árboles frutales forman micorrizas en condiciones naturales, sin embargo debido a las técnicas de cultivo habituales (fumigación de viveros, utilización de substratos esterilizados, micropropagación de material en condiciones asépticas) se han detectado, en algunos casos, sintomatologías atribuibles a la ausencia de la simbiosis. La micorrización de patrones de frutales se ha estudiado en condiciones controladas obteniéndose una respuesta favorable de las plantas inoculadas frente a las no inoculadas en crecimiento y en protección frente a patógenos del suelo y estreses abióticos. Sin embargo no se ha evaluado la integración de la micorrización en las prácticas habituales de una producción intensiva en vivero y en plantación. Este trabajo estudia la efectividad de la inoculación de porta-injertos de frutales del género Prunus y de plántulas de olivo del cultivar arbequina en plantación. Así mismo también se evalúa la incorporación práctica de la inoculación en la tecnología de viveros comerciales.

Selección de portainjertos de frutales adaptados a condiciones de producción mediterráneas: resistencia a nematodos, aptitud para micorrización y tolerancia a salinidad.

La utilización de portainjertos de frutales adaptados a condiciones mediterráneas que confieran una elevada productividad además de poseer características de resistencia o tolerancia frente a plagas, enfermedades y de adaptación a los parámetros medioambientales predominantes, es una necesidad para las zonas de producción frutícola de nuestro país. Este proyecto se planteó como un estudio multidisciplinar de selección de materiales vegetales para conocer su comportamiento agronómico y poder predecir su capacidad de adaptación a situaciones de replante. La replantación de frutales es actualmente una actividad dinámica, más frecuente que el establecimiento de nuevas plantaciones en las áreas tradicionales de producción, y que plantea generalmente problemas de mortalidad y de crecimiento lento de los árboles, reduciéndose a medio y largo plazo la vida útil de la plantación. Los nematodos fitoparásitos son un componente esencial en las situaciones de replante porque reducen el vigor de las plantas y predisponen a las raíces a infecciones secundarias causadas por otros patógenos de suelo. La elección de portainjertos resistentes a nematodos suele ser esencial para asegurar la supervivencia del árbol, así como su productividad. Las implicaciones medioambientales de esta elección son muy importantes porque la resistencia en cultivos perennes es la alternativa más fiable a los nematicidas de uso restringido por su elevada toxicidad. La resistencia sin embargo, no puede ser la única alternativa a considerar por los productores debido a sus actuales limitaciones. Hay que tener en cuenta la propia variabilidad patogénica de los nematodos y la capacidad de adaptación de los portainjertos resistentes a condiciones de estrés abiótico (salinidad, caliza, déficit hídrico, asfixia) que a su vez pueden modificar la expresión de resistencia.