Haemophilus influenzae Genome Database (HIGDB): A single point web resource for Haemophilus influenzae

Background: Haemophilus influenzae (H. Influenzae) is the causative agent of pneumonia, bacteraemia and meningitis. The organism is responsible for large number of deaths in both developed and developing countries. Even-though the first bacterial genome to be sequenced was that of H. Influenzae, there is no exclusive database dedicated for H. Influenzae. This prompted us to develop the Haemophilus influenzae Genome Database (HIGDB). Methods: All data of HIGDB are stored and managed in MySQL database. The HIGDB is hosted on Solaris server and developed using PERL modules. Ajax and JavaScript are used for the interface development. Results: The HIGDB contains detailed information on 42,741 proteins, 18,077 genes including 10 whole genome sequences and also 284 three dimensional structures of proteins of H. influenzae. In addition, the database provides ``Motif search'' and ``GBrowse''. The HIGDB is freely accessible through the URL:http://bioserverl.physicslisc.ernetin/HIGDB/. Discussion: The HIGDB will be a single point access for bacteriological, clinical, genomic and proteomic information of H. influenzae. The database can also be used to identify DNA motifs within H. influenzae genomes and to compare gene or protein sequences of a particular strain with other strains of H. influenzae. (C) 2014 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Gestor de Datos de Banco de Pruebas para Generadores Síncronos

Castellano. En este proyecto se desarrolla una aplicación web que permite la gestión de datos obtenidos en las pruebas que se realizan a los generadores síncronos en Banco de Pruebas. El objetivo de este proyecto es almacenar estos datos en una base de datos de forma que se encuentren centralizados para su posterior explotación.Para llevar a cabo esta tarea, se han utilizado tecnologías como PHP, MySQL, JavaScript y Ajax.

Comment: Food web interactions and biomanipulation in Australian reservoirs

The authors have been studying the control of phytoplankton biomass in several Australian reservoirs. To manipulate fish communities in order to reduce phytoplankton biomass, one needs a thorough understanding of processes in the plankton-associated food webs. In contrast to the situation found in lakes of the northern hemisphere, the planktivorous fish of Australian reservoirs are relatively small and they may deplete small rather than large zooplankters, so that animals as large as the adults of Daphnia carinata may avoid predation. This would result in promotion of Daphnia, particularly if fish eliminate its smaller competitors. The aim of biomanipulation should be the establishment and maintenance of a proper ratio of planktivores/piscivores, adequate for water quality requirements. Successful selection of the appropriate ratio for a given reservoir will depend on the extent of our understanding of its food web interactions. For practical application of biomanipulation in management, further development of the food web theory under Australian conditions is needed.

Disseminação de dados estatísticos georeferenciados através de WEB services e software livre.

Diferentes organizações públicas e privadas coletam e disponibilizam uma massa de dados sobre a realidade sócio-econômica das diferentes nações. Há hoje, da parte do governo brasileiro, um interesse manifesto de divulgar uma gama diferenciada de informações para os mais diversos perfis de usuários. Persiste, contudo, uma série de limitações para uma divulgação mais massiva e democrática, entre elas, a heterogeneidade das fontes de dados, sua dispersão e formato de apresentação pouco amigável. Devido à complexidade inerente à informação geográfica envolvida, que produz incompatibilidade em vários níveis, o intercâmbio de dados em sistemas de informação geográfica não é problema trivial. Para aplicações desenvolvidas para a Web, uma solução são os Web Services que permitem que novas aplicações possam interagir com aquelas que já existem e que sistemas desenvolvidos em plataformas diferentes sejam compatíveis. Neste sentido, o objetivo do trabalho é mostrar as possibilidades de construção de portais usando software livre, a tecnologia dos Web Services e os padrões do Open Geospatial Consortium (OGC) para a disseminação de dados espaciais. Visando avaliar e testar as tecnologias selecionadas e comprovar sua efetividade foi desenvolvido um exemplo de portal de dados sócio-econômicos, compreendendo informações de um servidor local e de servidores remotos. As contribuições do trabalho são a disponibilização de mapas dinâmicos, a geração de mapas através da composição de mapas disponibilizados em servidores remotos e local e o uso do padrão OGC WMC. Analisando o protótipo de portal construído, verifica-se, contudo, que a localização e requisição de Web Services não são tarefas fáceis para um usuário típico da Internet. Nesta direção, os trabalhos futuros no domínio dos portais de informação geográfica poderiam adotar a tecnologia Representational State Transfer (REST).

Sistema de classificação da gestão ambiental pública municipal baseado em lógica nebulosa

A partir da Lei n. 6.938 de 31 de agosto de 1981, que constituiu o Sistema Nacional do Meio Ambiente, criou-se o Conselho Nacional do Meio Ambiente e instituiu-se o Cadastro Técnico Federal de Atividades e Instrumentos de Defesa Ambiental, a gestão ambiental pública ganhou um espaço cada vez maior nas administrações municipais, com a implementação de instrumentos de gestão ambiental propiciando aos municípios a possibilidade de ações efetivas que contribuam para uma melhor qualidade de vida a população. Esse trabalho propõe a criação de um método de classificação municipal que indicará qual o nível da gestão ambiental do município. Verificando o número de instrumentos de gestão ambiental constituído e o número de problemas ambientais ocorridos em cada município na visão do gestor local nos anos de 2006/2008. E ainda qual a influência do IDH tanto na implementação de tais instrumentos de gestão ambiental, como nas ocorrências dos problemas ambientais. Tal classificação tem a intenção de verificar se o município encontra-se bem aparelhado no que se refere à gestão ambiental, auxiliando para futuras decisões nas ações da política ambiental local. O foco desse trabalho serão os municípios dos estados de Minas Gerais, Piauí e Rio de Janeiro. Os resultados serão processados via o software MATLAB utilizando lógica nebulosa (fuzzy) e apresentados em um website utilizando as linguagens de programação JSP, HTML, JavaScript e esse website armazenado em um servidor TomCat e tais resultados serão apresentados nas formas de valores alfanuméricos em tabelas e espaciais através de mapas temáticos em uma solução sig-web. Os dados estão armazenados em um Sistema Gerenciador de Banco de Dados PostgreSQL com sua extensão espacial PostGIS, e o acesso aos mapas será feito através do servidor de mapas MapServer.

Web 2.0 e inglês como língua estrangeira: atitudes de professores e alunos adultos

O presente estudo tem por objetivos compilar e analisar percepções sobre o uso de ferramentas web 2.0 no ensino de inglês como língua estrangeira e aliar a análise de atitudes à teoria da Andragogia, que trata do aprendizado de adultos, proposta por Knowles (1973, 1975, 1984, 1990). O assunto parece não contar com estudos coordenados, visto que Thomas (2010) apenas muito recentemente editou um compêndio com trabalhos envolvendo as possíveis aplicações de recursos da web 2.0 no estudo de uma língua estrangeira e as percepções de alunos, embora outros estudos, como os de Rosell-Aguilar (2004), Conole (2008), Kárpáti (2009) e Jarvis e Szymczyk (2010) tenham discutido o assunto isoladamente. Neste trabalho é realizada a compilação das opiniões de alunos adultos e de professores de inglês como língua estrangeira. Como instrumento de coleta de dados optou-se pela utilização de questionários fechados. Tal abordagem possivelmente dá a esta pesquisa um caráter inédito, ao menos no que se refere à coleta de atitudes de alunos adultos e professores brasileiros de um curso de idiomas quanto ao uso de ferramentas web 2.0 no ensino de uma língua estrangeira. A análise dos dados mostrou que aprendizes adultos e professores têm atitudes positivas e estão preparados para a utilização de recursos web 2.0 em sala de aula. Conclui-se, entretanto, que embora a maioria dos participantes desta pesquisa concorde que o uso de tais ferramentas contribui para o ensino de inglês como língua estrangeira, alguns ajustes e procedimentos ainda devem ser implementados para que as ferramentas web 2.0 se tornem não apenas um acessório, mas parte integrante do processo de aquisição do idioma

OntoFeed um leitor de Feeds com extensão ontológica.

O problema que justifica o presente estudo refere-se à falta de semântica nos mecanismos de busca na Web. Para este problema, o consórcio W3 vem desenvolvendo tecnologias que visam construir uma Web Semântica. Entre estas tecnologias, estão as ontologias de domínio. Neste sentido, o objetivo geral desta dissertação é discutir as possibilidades de se imprimir semântica às buscas nos agregadores de notícia da Web. O objetivo específico é apresentar uma aplicação que usa uma classificação semi-automática de notícias, reunindo, para tanto, as tecnologias de busca da área de recuperação de informação com as ontologias de domínio. O sistema proposto é uma aplicação para a Web capaz de buscar notícias sobre um domínio específico em portais de informação. Ela utiliza a API do Google Maps V1 para a localização georreferenciada da notícia, sempre que esta informação estiver disponível. Para mostrar a viabilidade da proposta, foi desenvolvido um exemplo apoiado em uma ontologia para o domínio de chuvas e suas consequências. Os resultados obtidos por este novo Feed de base ontológica são alocados em um banco de dados e disponibilizados para consulta via Web. A expectativa é que o Feed proposto seja mais relevante em seus resultados do que um Feed comum. Os resultados obtidos com a união de tecnologias patrocinadas pelo consórcio W3 (XML, RSS e ontologia) e ferramentas de busca em página Web foram satisfatórios para o propósito pretendido. As ontologias mostram-se como ferramentas de usos múltiplos, e seu valor de análise em buscas na Web pode ser ampliado com aplicações computacionais adequadas para cada caso. Como no exemplo apresentado nesta dissertação, à palavra chuva agregaram-se outros conceitos, que estavam presentes nos desdobramentos ocasionados por ela. Isto realçou a ligação do evento chuva com as consequências que ela provoca - ação que só foi possível executar através de um recorte do conhecimento formal envolvido.

ExerClick: aplicación móvil para el seguimiento de ejercicios en clase

Se ha implementado la aplicación para el seguimiento de ejercicios en el aula llamada exerClick. Es una aplicación multiplataforma para móviles, evaluada en Android y en iOS y adaptada a esos sistemas gracias a la plataforma Apache Cordova. En su implementación se han utilizado las tecnologías web HTML5, CSS3 y Javascript, además de PHP para el servidor. La aplicación permite que los profesores añadan ejercicios y los alumnos le envíen feedback sobre su realización mediante dos opciones: marcar una duda en el ejercicio o marcar el ejercicio como finalizado.

Ontologia de notícias: um modelo para classificação do conteúdo dos jornais on-line brasileiros, segundo a lógica da Web Semântica

Este trabalho tem por objetivo propor um modelo de ontologia simples e generalista, capaz de descrever os conceitos mais básicos que permeiam o domínio de conhecimento dos jornais on-line brasileiros não especializados, fundamentado tanto na prática quanto conceitualmente, em conformidade com os princípios da Web Semântica. A partir de uma nova forma de classificação e organização do conteúdo, a ontologia proposta deve ter condições de atender as necessidades comuns de ambas as partes, jornal e leitor, que são, resumidamente, a busca e a recuperação das informações.

Complemento práctico en la enseñanza de lenguajes formales usando las expresiones regulares en el contexto de aplicaciones web

Tradicionalmente la enseñanza de los autómatas y lenguajes formales basa su principal aplicación práctica en la construcción de compiladores. Sin embargo, las tareas de diseño y programación necesarias son excesivamente complejas como para que los estudiantes, que están cursando el tercer cuatrimestre de la Ingeniería, puedan abordarlas con el rigor necesario. Es posible incorporar otro enfoque práctico, real y más actual de las expresiones regulares en estas asignaturas, aprovechando su frecuente uso como herramienta de especificación de patrones a la hora de diseñar formularios de entrada de datos en diferentes contextos y, particularmente, en aplicaciones web de tres capas. El hecho de trabajar esta competencia junto con el desarrollo teórico de las expresiones regulares permite a los estudiantes ser conscientes de la importante utilidad práctica de este concepto, sin restringirlo a otros usos más clásicos relacionados con el diseño de procesadores de textos o analizadores léxicos. Durante el curso 2006-07 se ha propuesto a los estudiantes de Ingeniería Técnica en Informática de Sistemas de la Universidad del País Vasco desarrollar fragmentos de código basados en una notación formal para resolver problemas de reconocimiento de patrones. La experiencia se ha llevado a cabo utilizando concretamente la notación, inspirada en las expresiones regulares, de JavaScript, resultando viable, efectiva y bien valorada por parte de los estudiantes.

Estudo dos efeitos da radioterapia no tecido cardíaco e sua associação com o metabolismo energético

Durante o tratamento radioterápico para tumores localizados na região torácica, parte do coração frequentemente é incluída no campo de tratamento e pode receber doses de radiação ionizante, significativas em relação à terapêutica. A irradiação do coração é capaz de causar importantes complicações cardíacas ao paciente, caracterizadas por alterações funcionais progressivas cerca de 10 a 20 anos após a exposição do órgão. Devido ao seu alto grau de contração e grande consumo energético, o tecido cardíaco é altamente dependente do metabolismo oxidativo que ocorre nas mitocôndrias. Danos as estas organelas podem levar ao decréscimo da produção de energia, tendo um impacto direto sobre a performance cardíaca. Ainda, ao interagir com as células, a radiação ionizante pode gerar uma série de eventos bioquímicos que conduzem a uma resposta celular complexa, em que muitas proteínas parecem estar envolvidas. Tendo em vista tais conhecimentos, o objetivo do estudo foi avaliar o aspecto ultraestrutural do tecido cardíaco, a bioenergética mitocondrial e a expressão diferencial de proteínas após irradiação. Os ensaios foram realizados em amostras de tecido cardíaco de ratos Wistar irradiados com dose única de 20 Gy direcionada ao coração. As análise tiveram início 4 e 32 semanas após irradiação. A análise ultraestrutural foi realizada através de microscopia eletrônica de transmissão. A respiração mitocondrial foi mensurada em oxígrafo, a partir das taxas de consumo de oxigênio pelas fibras cardíacas. A identificação de proteínas diferencialmente expressas foi investigada através de duas técnicas proteômicas: 2D-DIGE (2-D Fluorescence Difference Gel Electrophoresis) e uma abordagem label-free seguida de espectrometria de massas. Os resultados mostraram que os efeitos tardios da radiação incluem a degeneração das mitocôndrias e das unidades contráteis do tecido cardíaco, disfunções na cadeia respiratória mitocondrial e expressão diferencial de proteínas envolvidas no metabolismo energético de carboidratos, lipídeos e da fosfocreatina. De forma geral, o estudo mostrou que a irradiação cardíaca prejudica o processo de síntese energética, conduzindo a um déficit da taxa respiratória mitocondrial como efeito tardio. Tal evento pode culminar em disfunções mecânicas no coração, caracterizando o desenvolvimento de doenças cardíacas radioinduzidas.

Modelagem e desenvolvimento de sistemas de informações geográficas para web com tecnologias de rich internet applications.

Os SIG estão se popularizando cada vez mais e isso tem se dado principalmente através da Internet. Os assim chamados SIG-Web no entanto, quando desenvolvidos com as tecnologias tradicionais de web, apresentam as mesmas fraquezas daquelas, a saber: sincronicidade e pobreza na interação com o usuário. As tecnologias usadas para Rich Internet Applications (RIA) são uma alternativa que resolvem esses problemas. Na presente dissertação será demonstrada a factibilidade do seu uso para o desenvolvimento de SIG-Web, oferecendo um conjunto de códigos e estratégias para desenvolvimentos futuros, a partir de um conjunto básico de operações a se realizar em um SIG-Web. Adicionalmente será proposta a UWE-R, uma extensão a uma metodologia de engenharia web existente, para modelagem de RIA e SIG-Web.

Uso de web services e softwares livres na disseminação de informações georreferenciadas sobre produtos da floresta amazônica.

Georreferenced information has been increasingly required for the planning and decision-making in different sectors of society. New ways of dissemination of data, such as the Open Geospatial Consortium (OGC) web services, have contributed to the ease of access to this information. Even with all the technological advances in the area of data distribution, there is still low availability of georreferenced data about the Amazon. The goal of the present work is the development of a spatial data infrastructure (SDI), that is, an environment of sharing and use of georreferenced data based on the technology of web services, metadata and interfaces that allow the user easy access to these data. The present work discussess the OGC patterns, the most relevant georeferrenced data servers, the main web clients, and the revolution in the dissemination of georeferrenced data which geobrowsers and web clients offered to regular users. Data to be released for the case study come from the project Exploitation of Non-wooden Forest Products-PFNM-in progress at the National Institute of Research in the Amazon-INPA-as well as from inventories of NGOs and other government bodies. Besides contributing to the enhancement of PFNM, this project aims at encouraging the use of GIS in the state of Amazonas offering tech support for the deployment of geographic databases and sharing between agencies, optimizing the resources applied in this area through the use of free software and integration of diffuse information currently available.

Aprendizagem do profissional de saúde na web: perfis, percepções e representações sociais

No campo da educação permanente na área da saúde, podem ser citadas diferentes iniciativas que visam formar profissionais com o uso das Tecnologias de Informação e Comunicação (TICs). No entanto, pouco se sabe ainda sobre o uso da web por profissionais da saúde como estratégia da aprendizagem formal, menos ainda quando se aborda a aprendizagem informal. Percebe-se que as ações no campo da educação com uso e, sobretudo, para o uso da tecnologia como ferramenta de aprendizagem ainda são feitas de forma muito intuitivas, por acerto e erro, tendo em vista a própria evolução da tecnologia em um curto período temporal. Sendo assim, o objetivo geral da pesquisa é compreender o perfil, as percepções e representações sociais sobre aprendizagem na web de médicos, enfermeiros e cirurgiões-dentistas e uma possível influência desse uso no cotidiano profissional. Para atingir o objetivo delimitado, foi empregada a metodologia quali-quantitativa através da utilização de um questionário on-line, contendo questões fechadas e questões abertas, respondido por 277 alunos do Curso de Especialização em Saúde da Família oferecido pelo núcleo da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) da Universidade Aberta do Sistema Único de Saúde (UNA-SUS). Para análise das questões fechadas, foi utilizada a estatística descritiva e testes bivariados não paramétricos. A análise das questões abertas foi feita à luz da teoria da representações sociais com emprego da técnica da análise do conteúdo e das evocações livres. Os resultados da pesquisa foram apresentados em formato de três trabalhos para apresentação em eventos e quatro artigos submetidos para publicação em revistas de alta qualidade acadêmica. Com base nos resultados, destaca-se como preocupação que o simples consumo de informações esteja justificando e a ele esteja restrito o uso da internet para os sujeitos, em detrimento às possibilidades educacionais da cibercultura. Acredita-se ser necessário o desenvolvimento de ações que subsidiem uma prática mais reflexiva a fim de reverter um possível uso reduzido das potencialidades da TICs.

A Rede Enraizados e o Movimento Hip Hop: ritornelos territoriais e o desenvolvimento da rádio web

O hip hop é um movimento político, social e cultural presente nas periferias do Brasil desde 1980. O hip hop vem se desenvolvendo ao longo dos anos, criando espaço, ganhando visibilidade e ampliando o seu público, principalmente entre os segmentos das juventudes urbanas. O presente trabalho teve como objetivo principal investigar o Movimento Enraizados, uma organização hip hop da Baixada Fluminense, que articula e interage com parceiros em diversos estados e alguns países. Nesse contexto, o estudo selecionou três questões como eixos para a análise. Como foi criada a Rede Enraizados e quais são suas principais características? Como o Movimento Enraizados produz territórios existenciais na Baixada Fluminense? Como o Movimento Enraizados utiliza a linguagem radiofônica para expressar suas ações? Para a análise das questões levantadas, a pesquisa utilizou o referencial teórico de Antonio Negri e Deleuze & Guattari, costurando os conceitos de comum, multidão, rádios livres, ritornelos, territórios. A sede do Movimento Enraizados, em Morro Agudo / Nova Iguaçu, é o centro Rede Enraizados e responsável pela dinamização das informações em seus diversos canais de comunicação. Ao disparar seus projetos e iniciativas na construção de uma rede intercontinental de apoio-mútuo, o Movimento Enraizados desterritorializa sentidos e práticas da Baixada Fluminense. Essa desterritorialização produz uma mensagem potente de militância cultural para jovens e fortalece redes para a construção de novas resistências biopolíticas nesses territórios.