Impacts of El Niño southern oscillation and Indian Ocean dipole on dengue incidence in Bangladesh

Dengue dynamics are driven by complex interactions between hosts, vectors and viruses that are influenced by environmental and climatic factors. Several studies examined the role of El Niño Southern Oscillation (ENSO) in dengue incidence. However, the role of Indian Ocean Dipole (IOD), a coupled ocean atmosphere phenomenon in the Indian Ocean, which controls the summer monsoon rainfall in the Indian region, remains unexplored. Here, we examined the effects of ENSO and IOD on dengue incidence in Bangladesh. According to the wavelet coherence analysis, there was a very weak association between ENSO, IOD and dengue incidence, but a highly significant coherence between dengue incidence and local climate variables (temperature and rainfall). However, a distributed lag nonlinear model (DLNM) revealed that the association between dengue incidence and ENSO or IOD were comparatively stronger after adjustment for local climate variables, seasonality and trend. The estimated effects were nonlinear for both ENSO and IOD with higher relative risks at higher ENSO and IOD. The weak association between ENSO, IOD and dengue incidence might be driven by the stronger effects of local climate variables such as temperature and rainfall. Further research is required to disentangle these effects.

Co-distribution and co-infection of chikungunya and dengue viruses

BACKGROUND Chikungunya and dengue infections are spatio-temporally related. The current review aims to determine the geographic limits of chikungunya, dengue and the principal mosquito vectors for both viruses and to synthesise current epidemiological understanding of their co-distribution. METHODS Three biomedical databases (PubMed, Scopus and Web of Science) were searched from their inception until May 2015 for studies that reported concurrent detection of chikungunya and dengue viruses in the same patient. Additionally, data from WHO, CDC and Healthmap alerts were extracted to create up-to-date global distribution maps for both dengue and chikungunya. RESULTS Evidence for chikungunya-dengue co-infection has been found in Angola, Gabon, India, Madagascar, Malaysia, Myanmar, Nigeria, Saint Martin, Singapore, Sri Lanka, Tanzania, Thailand and Yemen; these constitute only 13 out of the 98 countries/territories where both chikungunya and dengue epidemic/endemic transmission have been reported. CONCLUSIONS Understanding the true extent of chikungunya-dengue co-infection is hampered by current diagnosis largely based on their similar symptoms. Heightened awareness of chikungunya among the public and public health practitioners in the advent of the ongoing outbreak in the Americas can be expected to improve diagnostic rigour. Maps generated from the newly compiled lists of the geographic distribution of both pathogens and vectors represent the current geographical limits of chikungunya and dengue, as well as the countries/territories at risk of future incursion by both viruses. These describe regions of co-endemicity in which lab-based diagnosis of suspected cases is of higher priority.

Prediction of protein-protein interactions in dengue virus coat proteins guided by low resolution cryoEM structures

Background: Dengue virus along with the other members of the flaviviridae family has reemerged as deadly human pathogens. Understanding the mechanistic details of these infections can be highly rewarding in developing effective antivirals. During maturation of the virus inside the host cell, the coat proteins E and M undergo conformational changes, altering the morphology of the viral coat. However, due to low resolution nature of the available 3-D structures of viral assemblies, the atomic details of these changes are still elusive. Results: In the present analysis, starting from C alpha positions of low resolution cryo electron microscopic structures the residue level details of protein-protein interaction interfaces of dengue virus coat proteins have been predicted. By comparing the preexisting structures of virus in different phases of life cycle, the changes taking place in these predicted protein-protein interaction interfaces were followed as a function of maturation process of the virus. Besides changing the current notion about the presence of only homodimers in the mature viral coat, the present analysis indicated presence of a proline-rich motif at the protein-protein interaction interface of the coat protein. Investigating the conservation status of these seemingly functionally crucial residues across other members of flaviviridae family enabled dissecting common mechanisms used for infections by these viruses. Conclusions: Thus, using computational approach the present analysis has provided better insights into the preexisting low resolution structures of virus assemblies, the findings of which can be made use of in designing effective antivirals against these deadly human pathogens.

Proteolytic processing of the nonstructural proteins of dengue 2 virus

The genomes of many positive stranded RNA viruses and of all retroviruses are translated as large polyproteins which are proteolytically processed by cellular and viral proteases. Viral proteases are structurally related to two families of cellular proteases, the pepsin-like and trypsin-like proteases. This thesis describes the proteolytic processing of several nonstructural proteins of dengue 2 virus, a representative member of the Flaviviridae, and describes methods for transcribing full-length genomic RNA of dengue 2 virus. Chapter 1 describes the in vitro processing of the nonstructural proteins NS2A, NS2B and NS3. Chapter 2 describes a system that allows identification of residues within the protease that are directly or indirectly involved with substrate recognition. Chapter 3 describes methods to produce genome length dengue 2 RNA from cDNA templates.

The nonstructural protein NS3 is structurally related to viral trypsinlike proteases from the alpha-, picorna-, poty-, and pestiviruses. The hypothesis that the flavivirus nonstructural protein NS3 is a viral proteinase that generates the termini of several nonstructural proteins was tested using an efficient in vitro expression system and antisera specific for the nonstructural proteins NS2B and NS3. A series of cDNA constructs was transcribed using T7 RNA polymerase and the RNA translated in reticulocyte lysates. Proteolytic processing occurred in vitro to generate NS2B and NS3. The amino termini of NS2B and NS3 produced in vitro were found to be the same as the termini of NS2B and NS3 isolated from infected cells. Deletion analysis of cDNA constructs localized the protease domain necessary and sufficient for correct cleavage to the first 184 amino acids of NS3. Kinetic analysis of processing events in vitro and experiments to examine the sensitivity of processing to dilution suggested that an intramolecular cleavage between NS2A and NS2B preceded an intramolecular cleavage between NS2B and NS3. The data from these expression experiments confirm that NS3 is the viral proteinase responsible for cleavage events generating the amino termini of NS2B and NS3 and presumably for cleavages generating the termini of NS4A and NS5 as well.

Biochemical and genetic experiments using viral proteinases have defined the sequence requirements for cleavage site recognition, but have not identified residues within proteinases that interact with substrates. A biochemical assay was developed that could identify residues which were important for substrate recognition. Chimeric proteases between yellow fever and dengue 2 were constructed that allowed mapping of regions involved in substrate recognition, and site directed mutagenesis was used to modulate processing efficiency.

Expression in vitro revealed that the dengue protease domain efficiently processes the yellow fever polyprotein between NS2A and NS2B and between NS2B and NS3, but that the reciprocal construct is inactive. The dengue protease processes yellow fever cleavage sites more efficiently than dengue cleavage sites, suggesting that suboptimal cleavage efficiency may be used to increase levels of processing intermediates in vivo. By mutagenizing the putative substrate binding pocket it was possible to change the substrate specificity of the yellow fever protease; changing a minimum of three amino acids in the yellow fever protease enabled it to recognize dengue cleavage sites. This system allows identification of residues which are directly or indirectly involved with enzyme-substrate interaction, does not require a crystal structure, and can define the substrate preferences of individual members of a viral proteinase family.

Full-length cDNA clones, from which infectious RNA can be transcribed, have been developed for a number of positive strand RNA viruses, including the flavivirus type virus, yellow fever. The technology necessary to transcribe genomic RNA of dengue 2 virus was developed in order to better understand the molecular biology of the dengue subgroup. A 5' structural region clone was engineered to transcribe authentic dengue RNA that contains an additional 1 or 2 residues at the 5' end. A 3' nonstructural region clone was engineered to allow production of run off transcripts, and to allow directional ligation with the 5' structural region clone. In vitro ligation and transcription produces full-length genomic RNA which is noninfectious when transfected into mammalian tissue culture cells. Alternative methods for constructing cDNA clones and recovering live dengue virus are discussed.

Desenvolvimento de técnica de análise de imagens digitais para avaliação do estágio da fibrose em biópsias hepáticas de pacientes portadores de hepatite crônica por vírus da hepatite B e C

As hepatites crônicas por vírus são as mais frequentes, destacando-se os vírus das hepatites B (VHB) e C (VHC). O estudo anatomopatológico da biópsia hepática é considerado o padrão ouro para avaliar com precisão a distorção arquitetural e o grau de fibrose do parênquima do fígado, importantes fatores prognósticos para os pacientes portadores de hepatites crônicas virais. Na avaliação histopatológica atual, em adição aos relatos subjetivos das alterações histológicas, escores semiquantitativos que correlacionam achados morfológicos com graus numéricos são usados, tais como os reconhecidos escores de Ishak e METAVIR. Entretanto, em todos estes sistemas há a desvantagem da subjetividade do examinador e da incorporação de alterações categóricas, sem referências às mudanças quantitativas do colágeno hepático. Técnicas de análise de imagens digitais (AID) que fornecem quantificação objetiva dos graus de fibrose em amostras histológicas têm sido desenvolvidas. Todavia, o alto custo e dificuldade ao acesso das tecnologias descritas restringem seu uso a poucos centros especializados. Este estudo visa o desenvolvimento de uma técnica de custo acessível para a análise de imagens digitais da fibrose hepática em hepatites crônicas virais. Foram estudadas 304 biópsias de pacientes com hepatite crônica por vírus B e C, obtidas através de agulhas Menghini. Todas as amostras tinham pelo menos 15 mm de comprimento ou cinco espaços-porta completos e foram coradas pelo método Tricrômico de Masson. O estadiamento foi feito por um único hepatopatologista experiente, sem o conhecimento dos dados clínicos dos pacientes. Os escores de Ishak e METAVIR foram aplicados. As imagens microscópicas foram digitalizadas. Os índices de fibrose foram determinados de forma automatizada, em técnica desenvolvida no programa Adobe Photoshop. Para o escore de Ishak, observamos os seguintes índices de Fibrose (IF) médios: 0,8% 0,0 (estágio 0), 2.4% 0,6 (estágio 1), 4,7% 1,6 (estágio 2), 7,4% 1,4 (estágio 3), 14,9% 3,7 (estágio 4), 23,4% 2,9 (estágio 5) e 34,5% 1,5 (estágio 6). Para a classificação METAVIR: 0,8% 0,1 (estágio F0), 3,8% 1,8 (estágio F1), 7,4% 1,4 (estágio F2), 20,4% 5,2 (estágio F3) e 34,5% 1,5 (estágio F4). Observamos uma excelente correlação entre os índices de fibrose da AID e os escores de Ishak (r=0,94; p<0,001) e METAVIR (r=0,92; p<0,001). Em relação à indicação de tratamento antiviral, foi observado IF médio de 16,4%. Em relação ao diagnóstico de cirrose, foi observado IF médio de 26,9%, para o escore de Ishak, e 34,5% para a classificação METAVIR. A reprodutibilidade intra-observador foi excelente. Este novo método de análise de imagens digitais para a quantificação de fibrose hepática tem custo acessível e foi desenvolvido com tecnologia que está disponível em todo o mundo, permitindo identificar com precisão todos os estágios de fibrose, com excelente reprodutibilidade intra-observador.

A assistência às pessoas vivendo com HIV/AIDS: aprendendo a cuidar do vírus ou da pessoa?

O presente estudo descreve e analisa o aprendizado dos médicos residentes para a prática da assistência às pessoas que vivem com HIV/Aids desenvolvida em um serviço de Doenças Infecciosas e Parasitárias de um Hospital Universitário no Estado do Rio de Janeiro. É uma pesquisa de cunho etnográfico, com a observação do processo de treinamento em consulta em ato da atenção, realizada por médico residente, sob supervisão de staffs do serviço. Os aspectos multicausais da Aids suscitam demandas tanto nos pacientes quanto nos profissionais de saúde envolvidos na assistência a essas pessoas. O processo de ensino/aprendizado na medicina prioriza a doença, relegando a segundo plano, o doente com suas questões subjetivas, sociais, culturais e econômicas. Entretanto, ao lidarem com estas pessoas, os médicos entram em contato com aspectos objetivos e subjetivos do processo de adoecimento individual. É neste momento, que fica evidente as lacunas deixadas neste processo de aprendizado. Paulatinamente, os médicos vão aprendendo a cuidar do vírus e seus efeitos. Eventualmente aprendem a cuidar também da pessoa. Para o alcance de uma atenção integral e humanizada ainda é necessário ampliar e aprofundar as reformulações no processo de ensino/aprendizagem dos médicos. Mudanças essas que permitam o aprendizado de cuidar bem tanto da carga viral, do CD4 e dos anti-retrovirais quanto da pessoa que porta o vírus.

A construção da integralidade nas práticas em saúde: o processo de implantação das ações de vigilância da dengue na estratégia de Saúde da Família do município de Piraí RJ

As atividades de controle da dengue no município de Piraí RJ, incorporadas às atividades da Estratégia de Saúde da Família (ESF) desde 2005, experimentaram avanços relacionados às ações de Vigilância Ambiental em Saúde, envolvidos na vigilância da dengue. O novo modelo promoveu a integração das ações, a vinculação e responsabilidade do setor saúde com a população adscrita, fortalecendo o cuidado com o território na prevenção de doenças e agravos transmitidos por vetores. Esta pesquisa teve como objetivo a análise do processo de implantação da integração das ações de vigilância da dengue nas unidades da Estratégia de Saúde da Família de Piraí tendo como eixo norteador a construção da integralidade nas práticas em saúde. Realizou a contextualização do processo político gerencial que motivou e garantiu a integração das ações e buscou identificar como são as percepções, significados e os desafios pelos Agentes Comunitários de Saúde (ACS) no dia a dia das ações de vigilância e da integração delas com suas práticas cotidianas. Os resultados dos indicadores de controle do vetor, obtidos após a integração das ações no município de Piraí, mostram que ela tem sido efetiva. No grupo focal os agentes de saúde expressaram a dificuldade da população em perceber e entender esse novo papel desempenhado pelos ACS. Por outro lado, eles têm grande preocupação com a possibilidade desta nova atividade vir a interferir no vínculo deles com a comunidade. Também foi identificado que os agentes ainda distanciam a ação de educação em saúde da vigilância ambiental. Esta dificuldade parece estar relacionada a própria concepção, ainda medicalizada e individualista, do papel da educação e promoção em saúde a serem desenvolvidas no território. Apesar do grande sucesso alcançado na integração das ações, é preciso entender que este é um processo dinâmico e em constante transformação. Ele implica em um exercício constante de avaliação e diálogo sobre as questões envolvidas no cotidiano desta prática.

Custo-efetividade do tratamento da infecção pelo vírus da hepatite C em candidatos a transplante renal submetidos à diálise

O estudo tem como objetivo geral avaliar a razão de custo-utilidade do tratamento da infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) em pacientes dialisados, candidatos a transplante renal, tendo como esquemas terapêuticos alternativos o interferon-_ em monoterapia; o interferon peguilado em monoterapia; o interferon-_ em terapia combinada com ribavirina e o interferon peguilado em terapia combinada com ribavirina, comparando-os com o nãotratamento. A perspectiva do estudo foi a do Sistema Único de Saúde(SUS), que também serviu de base para estimar o impacto orçamentário da estratégia de tratamento mais custo efetiva. Para o alcance dos objetivos, foi construído um modelo de Makov para simulação de custos e resultados de cada estratégia avaliada. Para subsidiar o modelo, foi realizada uma revisão de literatura, a fim de definir os estados de saúde relacionados à infecção pelo vírus da hepatite C em transplantados e a probabilidade de transição entre os estados. Medidas de utilidade foram derivadas de consultas a especialistas. Os custos foram derivados da tabela de procedimentos do SUS. Os resultados do estudo demonstraram que o tratamento da infecção pelo VHC antes do transplante renal é mais custo-efetivo que o não tratamento, apontando o interferon-a como a melhor opção. O impacto orçamentário para adoção dessa estratégia pelo SUS corresponde a 0,3% do valor despendido pelo SUS com terapia renal substitutiva ao longo do ano de 2007.

A construção social do cuidado em um grupo de apoio aos indivíduos portadores do vírus HIV/AIDS: estratégias e enfretamentos

O objetivo principal deste trabalho consiste em analisar a construção social do cuidado em um grupo específico de apoio aos portadores do vírus HIV/AIDS. Para tanto, apresentamos uma discussão teórico-conceitual e metodológica desenvolvida em quatro capítulos. Nos dois primeiros refletimos sobre a trajetória, do enfrentamento da epidemia do HIV/Aids no Brasil e o papel das ONGs nessa trajetória, buscando delinear o campo de disputando qual um grupo específico de portadores do vírus HIV/Aids se insere e assume posição contra-hegemônica. Em seguida, no terceiro capítulo, mapeamos o percurso da formação desse grupo, analisando o engendramento das atividades ali desenvolvidas e os reflexos do campo de disputa no interior do grupo. No capítulo seguinte, refletimos sobre a história de vida de uma das participantes do grupo, por meio da qual identificamos quais as possíveis configurações desse sujeito, mediante sua inserção nos espaços sociais. Verificamos que tal inserção amplia sua capacidade de articular saberes no enfrentamento dos seus problemas de saúde. Concluímos que o grupo estabelece modos de fazer que primam pela manutenção do vínculo por onde circulam bens e se efetuam as solidariedades. Além disso, percebemos que as hegemônicas concepções de saúde e doença estão tendo seus poros alargados por este reordenamento social que não somente filtra os valores indesejáveis da visão hegemônica, como também propicia aos sujeitos a redescoberta do seu próprio cuidado. Por fim, constatamos que as representações sobre saúde e doença, decorrentes da que as representações dobre saúde e doença, decorrentes da inserção do sujeito em espaços sociais específicos, como os grupos de apoio, provocam (re)significações importantes: trabalhar, cozinhar, dormir, alimentar-se e também aquelas que estavam somente na ordem do lazer, como passear, ficar em casa com a família, visitar e ser visitado por amigos, dançar e outras, ganham nova dimensão e passam a ser vistas como vetores de saúde. Deste modo, gestos simples e práticas habituais assumem aspectos de táticas que modulam o cuidado dos sujeitos, Estas práticas realizadas no cotidiano, as quais chamamos de cuidado vivo, são também percebidas pelos sujeitos como cuidado.

Doenças do meloeiro (Cucumis melo) causadas por vírus.

2007

Avaliação ambiental integrada para licenciamento de operação de áreas de pesquisa (Loap) com plantas geneticamente modificadas: estudo de caso do mamão geneticamente modificado para resistência ao vírus da mancha anelar.

O Brasil possui oportunidades, competência, infra-estrutura institucional e legislação que permitem desenvolver a biotecnologia agropecuária com satisfatórias condições de biossegurança. A incorporação de construções genéticas para resistência a pragas e doenças, adaptação de variedades a condições ambientais adversas, com acréscimo de valor nutricional ou inclusão de características de valor farmacêutico, podem consolidar a posição do país na produção de grãos, fibras e oleaginosas de maior valor agregado. Ao lado dos estudos de segurança alimentar, são necessárias respostas que garantam a segurança de produtos geneticamente modificados para o meio ambiente. Para tanto, métodos científicos devem ser utilizados na construção de cenários que possibilitem determinar o alcance dos efeitos ambientais de organismos geneticamente modificados, com potencial de causar impacto ambiental negativo, antes mesmo que sejam realizados testes de campo. O estudo destas possíveis influências pode ser realizado empregando-se avaliações de impactos ambientais (AIAs), que definem-se como procedimentos para a previsão, a análise e a seleção de tecnologias, projetos e políticas de desenvolvimento, que minimizem alterações negativas da qualidade ambiental.

Método GMP-RAM para avaliação dos riscos ambientais de plantas geneticamente modificadas (PMG): estudo de caso do mamão geneticamente modificado para resistência ao vírus da mancha anelar.

2007

Detecção de vírus transmitidos por ácaros Brevipalpus em seus vetores.

A importância dos ácaros do gênero Brevipalpus vem crescendo, tornando-se evidente seu potencial como praga de plantas, especialmente por sua capacidade de transmitir vírus (CHILDERS et al., 2003; KITAJIMA et al., 2010). Os vírus transmitidos por Brevipalpus sp. (VTBs) têm em comum, além do vetor, a morfologia das partículas e semelhanças em sintomas e efeitos citopatológicos que induzem nas plantas hospedeiras (KITAJIMA et al., 2003). Os sintomas nos hospedeiros consistem de lesões locais (cloróticas, necróticas, manchas verdes ou ainda manchas anelares) em folhas e ramos afetados (KITAJIMA et al., 2003). Ao contrário de outros vírus que invadem sistemicamente seus hospedeiros, as partículas dos VTBs permanecem concentradas nas lesões, não sendo capazes de circular nas plantas que infectam. A relação dos VTBs com seus vetores não é completamente conhecida. A otimização dos protocolos de extração de ácidos nucleicos e a possibilidade de se utilizar primers específicos não apenas para a sua detecção nos hospedeiros, mas também em seus vetores, são passos importantes para os estudos da interação vetor-patógeno-hospedeiro. Podem também ser úteis para o manejo de culturas com relação às doenças causadas pelos VTBs, como a mancha anular do cafeeiro, a leprose dos citros e a pinta verde do maracujazeiro, pois, em alguns casos, é possível a detecção precoce dos vírus nos ácaros antes mesmo do aparecimento dos sintomas no campo.

Cigarrinha-do-milho: vetor de molicutes e vírus.

2004

Instalação de antivírus na servidora de mail: uma opção para impedir ataques de vírus anexados a e-mail.

Antivírus no servidor de mail. Configuração de antivírus na máquina servidora de mail. Funcionamento do programa responsável pela entrega e recebimento de mail - Sendmail. Procmail. Amavis.