A comparative study of in vitro chitin synthase activity in mucoraceous hosts of a mycoparasite

A comparative study of in vitro chitin synthase activity in mucoraceous hosts of a mycoparasite: Chitin synthase, the enzyme responsible for the synthesis of chitin in fungal cell wall was extracted from young hyphae of Choanephora cucurbitarum and Phascolomyces articulosus, susceptible and resistant hosts, respectively, to the mycoparasite, Piptocephalis virginiana. Crude enzyme was identified and characterized by measuring the incorporation of the substrate [14C]-UDP-N-acetylglucosamine, into chitin. Most activity occurred in mixed membrane fraction. Inhibition of activity with Polyoxin D and activation with proteases, N-acetyl-glucosamine and magnesium and other ions was observed. Properties of the crude enzyme preparation such as cofactor requirement, Vmax , apparent Km value for UDP-GlcNAc, inhibition by Polyoxin D, response to pH and to temperature, and stability at 4°C were determined. Enzyme activity from both fungi displayed basically the same features as the corresponding enzymes reported from other mucoraceous fungi. However, the two preparations from P. articulosus and C. cucurbitarum differed from each other in their expressed activity (i.e., the preparations from ~ articulosus exhibited higher latency and higher specific chitin synthase activity than the corresponding preparations from ~ cucurbitarum). Trypsin was effective in activation only over a narrow concentration range. Acid protease was the most effec.tive activator. En.dogenous protease estimation indicated higher protease activity in C. cucurbitarum than in P. articulosus. The suggestion is made that regulation of chitin synthase activities may be related to host resistance in the mycoparasitic system.

Régulation du facteur de transcription FOXK1 par O-GlcNAcylation : implications dans la différenciation adipocytaire

Les modifications post-traductionnelles telles que la phosphorylation, l’OGlcNAcylation et l’ubiquitination jouent des rôles critiques dans la coordination des fonctions protéiques et par conséquent influencent grandement de nombreux processus cellulaires. Il est à noter que ces modifications sont hautement dynamiques et finement regulées. Par exemple, l’ubiquitination peut être réversible via l’action des déubiquitinases comme le suppresseur de tumeurs BAP1. Parmis les gènes codant pour les déubiquitinases, BAP1 est la plus souvent mutée dans le cancer. Des études récentes ont démontré l’importance des dynamiques de modifications post-traductionnelles dans la régulation du complexe BAP1. En plus, BAP1 forme un complexe multi-protéiques contenant plusieurs régulateurs transcriptionnels comme la protéine polycomb OGT et les facteurs de transcription FOXK1 et FOXK2. OGT est une enzyme unique qui catalyze l’ajout d’un groupement O-GlcNAc sur ses substrats afin d’en moduler l’activité enzymatique, les interactions protéines-protéines et leur localisation cellulaire. Cette modification est aussi liée au métabolisme puisque son substrat donneur, l’UDP-GlcNAc, est dérivé de la voie biosynthétique des hexosamines. Parallèlement, FOXK1/2 ont aussi été démontrés comme étant critiques à des processus métaboliques telles que la myogenèse et l’autophagie. Lors de nos études, nous avons identifié FOXK1 comme un nouveau substrat d’OGT. De plus, les niveaux d’O-GlcNAcylation de FOXK1 fluctuent lors de l’entrée/sortie du cycle cellulaire. En outre, nous avons identifié l’importance de FOXK1 dans l’adipogenèse et observé que l’interaction FOXK1/BAP1 est affectée par le métabolisme cellulaire. En résumé, nos études ont révélé l’importance d’OGT dans la régulation de certaines composantes du complexe BAP1, ce qui aidera à la compréhension de l’effet suppresseur de tumeur de BAP1 ainsi que son mécanisme d'action dans différents processus tel que le remodelage de la chromatine.

Implementation and Evaluation of an Improved Header Compression for 6LoWPAN

Extending IPv6 to IEEE 802.15.4-based Low power Wireless Personal Area Networks requires efficient header compression mechanisms to adapt to their limited bandwidth, memory and energy constraints. This paper presents an experimental evaluation of an improved header compression scheme which provides better compression of IPv6 multicast addresses and UDP port numbers compared to existing mechanisms. This scheme outperforms the existing compression mechanism in terms of data throughput of the network and energy consumption of nodes. It enhances throughput by up to 8% and reduces transmission energy of nodes by about 5%.

La falta de conformidad y el derecho de consumo: una puerta abierta a la aplicación del efecto atenuado del orden público internacional colombiano

Este trabajo busca encontrar una solución para aquel consumidor local que ha celebrado un contrato de compraventa internacional de mercaderías, y el bien objeto de contrato tiene un defecto que genera daño. Propone la aplicación de la falta de conformidad, a través de la figura del efecto atenuado del orden público, como una medida que sustituye la responsabilidad por producto defectuoso contenida en la ley 1480

Educación legal clínica y litigio estratégico en Iberoamérica.

Esta obra es resultado de investigación sobre dos conceptos de enorme importancia para la educación jurídica en Iberoamérica: la educación legal clínica como modelo pedagógico en construcción y el litigio estratégico como herramienta de incidencia social y política. Se considera que el proceso de construcción de las clínicas en la región es un hito en la educación jurídica iberoamericana y existen evidencias que permiten afirmarlo, ya que se trata de historias paralelas que se fortalecieron por los intercambios de aprendizajes y experiencias a través de las redes. De igual manera se desarrolla el concepto de litigio estratégico o estructural y se examina la forma como inciden en dicha propuesta las alianzas estratégicas. Se pasa luego a una profundización sobre la agenda de las clínicas y los temas prioritarios de Derechos Humanos en Iberoamérica. Examen que se realiza a partir de casos reales que se han trabajado las clínicas. Se concluye en la necesidad del surgimiento de nuevas clínicas y de más proyectos de investigación.

Effects of ammonia treatment and undegradable protein supplementation on nutrient digestion of sheep fed on wheat straw based diets.

A study was conducted to investigate the effects of wheat straw ammonisation and supplementation with a rumen undegradable protein (UDP) source on nutrient digestion and nitrogen balance by lambs while diets were supplemented with kibbled carob pods as energy source. Ammonisation increased the crude protein content of wheat straw by nearly 100% and decreased the contents of neutral detergent fibre and acid detergent fibre by 7% and 1.7% respectively. Treating the straw with ammonia resulted in significant (P<0.01) increase in nitrogen (N) intake and intakes of organic matter (OM) and dry matter (DM) tended toward significance (P<0.1). The UDP source had no effect (P>0.05) on DM and OM intakes but resulted in an increase (P<0.05) of N intakes. Both, ammonization and UDP supplementation increased (P<0.01) the DM, OM and N digestibility. In conclusion, the results of this study suggest that ammonisation and UDP supplementation is a practical dietary manipulation option to improve the nutritional status of ruminants fed on roughage-based diets.

Brucella melitensis 16M: characterisation of the galE gene and mouse immunisation studies with a galE deficient mutant

The galE gene of Streptomyces lividans was used to probe a cosmid library harbouring Brucella melitensis 16M DNA and the nucleotide sequence of a 2.5 kb ClaI fragment which hybridised was determined. An open reading frame encoding a predicted polypeptide with significant homology to UDP-galactose-4-epimerases of Brucella arbortus strain 2308 and other bacterial species was identified. DNA sequences flanking the B. melitensis galE gene shared no identity with other gal genes and, as for B. abortus, were located adjacent to a mazG homologue. A plasmid which encoded the B. melitensis galE open reading frame complemented a galE mutation in Salmonella typhimurium LB5010, as shown by the restoration of smooth lipopolysaccharide (LPS) biosynthesis, sensitivity to phage P22 infection and restoration of UDP-galactose-4-epimerase activity. The galE gene on the B. melitensis 16M chromosome was disrupted by insertional inactivation and these mutants lacked UDP-galactose-4-epimerase activity but no discernible differences in LPS structure between parent and the mutants were observed. One B. melitensis 16M galE mutant, Bm92, was assessed for virulence in CD-1 and BALB/c mice and displayed similar kinetics of invasion and persistence in tissues compared with the parent bacterial strain. CD-1 mice immunised with B. melitensis 16M galE were protected against B. melitensis 16M challenge. Crown Copyright (C) 1999 Published by Elsevier Science B.V.

O-GlcNAcylation contributes to the vascular effects of ET-1 via activation of the RhoA/Rho-kinase pathway

Aims Glycosylation with beta-N-acetylglucosamine (O-GlcNAcylation) is one of the most complex post-translational modifications. The cycling of O-GlcNAc is controlled by two enzymes: UDP-NAc transferase (OGT) and O-GlcNAcase (OGA). We recently reported that endothelin-1 (ET-1) augments vascular levels of O-GlcNAcylated proteins. Here we tested the hypothesis that O-GlcNAcylation contributes to the vascular effects of ET-1 via activation of the RhoA/Rho-kinase pathway. Methods and results Incubation of vascular smooth muscle cells (VSMCs) with ET-1 (0.1 mu M) produces a time-dependent increase in O-GlcNAc levels. ET-1-induced O-GlcNAcylation is not observed when VSMCs are previously transfected with OGT siRNA, treated with ST045849 (OGT inhibitor) or atrasentan (ET(A) antagonist). ET-1 as well as PugNAc (OGA inhibitor) augmented contractions to phenylephrine in endothelium-denuded rat aortas, an effect that was abolished by the Rho kinase inhibitor Y-27632. Incubation of VSMCs with ET-1 increased expression of the phosphorylated forms of myosin phosphatase target subunit 1 (MYPT-1), protein kinase C-potentiated protein phosphatase 1 inhibitor protein (protein kinase C-potentiated phosphatase inhibitor-17), and myosin light chain (MLC) and RhoA expression and activity, and this effect was abolished by both OGT siRNA transfection or OGT inhibition and atrasentan. ET-1 also augmented expression of PDZ-Rho GEF (guanine nucleotide exchange factor) and p115-Rho GEF in VSMCs and this was prevented by OGT siRNA, ST045849, and atrasentan. Conclusion We suggest that ET-1 augments O-GlcNAcylation and this modification contributes to increased vascular contractile responses via activation of the RhoA/Rho-kinase pathway.

A low overhead scaled equalized harmonic-based voice authentication system

With the increasing trends of mobile interactions, voice authentication applications are in a higher demand, giving rise to new rounds of research activities. Authentication is an important security mechanism that requires the intended communication parties to present valid credentials to the communication network. In a stronger sense, all the involved parties are required to be authenticated to one another (mutual authentication). In the voice authentication technique described in this paper, the voice characteristics of an intended individual wishing to take part in a communication channel will be classified and processed. This involves a low overhead voice authentication scheme, which features equalization and scaling of the voice frequency harmonics. The performance of this system is discussed in a Labview 8.5 visual development environment, following a complete security analysis. © 2013 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Marcadores periféricos de dano ao sistema nervoso central : a proteína S100B e atividades ecto-nucleotidásicas

A S100B é uma proteína ligante de cálcio, de massa molecular de 21kDa, expressa principalmente por astrócitos. Esta proteína tem sido implicada em atividades funcionais tanto intra quanto extracelulares. Muitos estudos têm sugerido que intracelularmente ela está envolvida na modulação de proteínas do citoesqueleto e na regulação do ciclo celular. A proteína S100B pode ser secretada pelos astrócitos e desenvolver atividades extracelulares, que parecem depender de sua concentração. Em concentração nanomolar ela atua como fator trófico às células neurais, enquanto que em concentrações micromolar ela pode ser neurotóxica. A quantificação da proteína S100B no sangue e líquor se correlaciona com a extensão e intensidade do dano ao sistema nervoso central (SNC) o que permite sua utilização em estudos como marcador bioquímico de dano ou disfunção cerebral. Esta tese está dividida em três partes. A primeira parte propõe a utilização clínica da proteína S100B em patologias com envolvimento do SNC como a síndrome de Down, mielopatia associada ao vírus HTLV-I, lupus eritematoso sistêmico, epilepsia secundária a neurocisticercose e, além disso demonstramos a curva de ontogenia da S100B no sangue. Na segunda parte descrevemos uma atividade de nucleotidases presente em líquor de ratos, e finalmente, na terceira parte abordamos as perspectivas para futuros trabalhos. Os resultados obtidos pelo nosso grupo e por outros grupos internacionais relatam que a proteína S100B é um marcador inespecífico para evidenciar dano ou disfunção em doenças agudas e crônicas com envolvimento do SNC. Apesar de ser um marcador inespecífico, medidas dos níveis da proteína S100B tem grande sensibilidade para detectar uma resposta celular cerebral inespecífica. Além disso, demonstramos que estudos clínicos com esta proteína necessitam controles pareados por idade e sexo. A atividade nucleotidásica descrita no líquor de ratos hidrolisa preferencialmente o GDP e UDP comparado aos outros nucleotídeos. Nas perspectivas, os resultados mostrados são referentes a experimentos preliminares o que torna prematuro qualquer tipo de conclusão.

Uso do network simulator-NS para simulação de sistemas distribuídos em cenários com defeitos

O desenvolvimento de protocolos distribuídos é uma tarefa complexa. Em sistemas tolerantes a falhas, a elaboração de mecanismos para detectar e mascarar defeitos representam grande parte do esforço de desenvolvimento. A técnica de simulação pode auxiliar significativamente nessa tarefa. Entretanto, existe uma carência de ferramentas de simulação para investigação de protocolos distribuídos em cenários com defeitos, particularmente com suporte a experimentos em configurações “típicas” da Internet. O objetivo deste trabalho é investigar o uso do simulador de redes NS (Network Simulator) como ambiente para simulação de sistemas distribuídos, particularmente em cenários sujeitos à ocorrência de defeitos. O NS é um simulador de redes multi-protocolos, que tem código aberto e pode ser estendido. Embora seja uma ferramenta destinada ao estudo de redes de computadores, o ajuste adequado de parâmetros e exploração de características permitiu utilizá-lo para simular defeitos em um sistema distribuído. Para isso, desenvolveu-se dois modelos de sistemas distribuídos que podem ser implementados no NS, dependendo do protocolo de transporte utilizado: um baseado em TCP e o outro baseado em UDP. Também, foram estudadas formas de modelar defeitos através do simulador. Para a simulação de defeito de colapso em um nodo, foi proposta a implementação de um método na classe de cada aplicação na qual se deseja simular defeitos. Para ilustrar como os modelos de sistemas distribuídos e de defeitos propostos podem ser utilizados, foram implementados diversos algoritmos distribuídos em sistemas síncronos e assíncronos. Algoritmos de eleição e o protocolo Primário-Backup são exemplos dessas implementações. A partir desses algoritmos, principalmente do Primário-Backup, no qual a simulação de defeitos foi realizada, foi possível constatar que o NS pode ser uma ferramenta de grande auxílio no desenvolvimento de novas técnicas de Tolerância a Falhas. Portanto, o NS pode ser estendido possibilitando que, com a utilização dos modelos apresentados nesse trabalho, simule-se defeitos em um sistema distribuído.

Injeção distribuída de falhas para validação de dependabilidade de sistemas distribuídos de larga escala

Uma etapa fundamental no desenvolvimento de sistemas tolerantes a falhas é a fase de validação, onde é verificado se o sistema está reagindo de maneira correta à ocorrência de falhas. Uma das técnicas usadas para validar experimentalmente um sistema é injeção de falhas. O recente uso de sistemas largamente distribuídos para execução dos mais diversos tipos de aplicações, faz com que novas técnicas para validação de mecanismos de tolerância a falhas sejam desenvolvidas considerando este novo cenário. Injeção de falhas no sistema de comunicação do nodo é uma técnica tradicional para a validação de aplicações distribuídas, para forçar a ativação dos mecanismos de detecção e recuperação de erros relacionados à troca de mensagens. A condução de experimentos com injetores de comunicação tradicionais é feita pelo uso do injetor em uma máquina do sistema distribuído. Se o cenário desejado é de múltiplas falhas, o injetor deve ser instanciado independentemente nas n máquinas que as falhas serão injetadas. O controle de cada injetor é individual, o que dificulta a realização do experimento. Esta dificuldade aumenta significativamente se o cenário for um sistema distribuído de larga escala. Outro problema a considerar é a ausência de ferramentas apropriadas para a emulação de determinados cenários de falhas. Em aplicações distribuídas de larga escala, um tipo comum de falha é o particionamento de rede. Não há ferramentas que permitam diretamente a validação ou a verificação do processo de defeito de aplicações distribuídas quando ocorre um particionamento de rede Este trabalho apresenta o estudo de uma abordagem para injeção de falhas que permita o teste de atributos de dependabilidade de aplicações distribuídas de pequena e larga escala implementadas em Java. A abordagem considera a não obrigatoriedade da alteração do código da aplicação sob teste; a emulação de um cenário de falhas múltiplas que ocorrem em diferentes nodos, permitindo o controle centralizado do experimento; a validação de aplicações que executem em sistemas distribuídos de larga escala e consideram um modelo de falhas realista deste tipo de ambiente, incluindo particionamentos de rede. A viabilidade da abordagem proposta é mostrada através do desenvolvimento do protótipo chamado FIONA (Fault Injector Oriented to Network Applications), o qual atualmente injeta falhas em aplicações desenvolvidas sob o protocolo UDP.

Análise de desempenho experimental de redes IEEE 802.3.

The Ethernet technology dominates the market of computer local networks. However, it was not been established as technology for industrial automation set, where the requirements demand determinism and real-time performance. Many solutions have been proposed to solve the problem of non-determinism, which are based mainly on TDMA (Time Division Multiple Access), Token Passing and Master-Slave. This work of research carries through measured of performance that allows to compare the behavior of the Ethernet nets when submitted with the transmissions of data on protocols UDP and RAW Ethernet, as well as, on three different types of Ethernet technologies. The objective is to identify to the alternative amongst the protocols and analyzed Ethernet technologies that offer to a more satisfactory support the nets of the industrial automation and distributed real-time application

Biochemical characterization of Neurospora crassa glycogenin (GNN), the self-glucosylating initiator of glycogen synthesis

Glycogenin acts in the initiation step of glycogen biosynthesis by catalyzing a self-glucosylation reaction. In a previous work [de Paula et al., Arch. Biochem. Biophys. 435 (2005) 112-124], we described the isolation of the cDNA gnn, which encodes the protein glycogenin (GNN) in Neurospora crassa. This work presents a set of biochemical and functional studies confirming the GNN role in glycogen biosynthesis. Kinetic experiments showed a very low GNN K-m (4.41 mu M) for the substrate UDP-glucose. Recombinant GNN was produced in Escherichia coli and analysis by mass spectroscopy identified a peptide containing an oligosaccharide chain attached to Tyr196 residue. Site-directed mutagenesis and functional complementation of a Saccharomyces cerevisiae mutant strain confirmed the participation of this residue in the GNN self-glucosylation and indicated the Tyr198 residue as an additional, although less active, glucosylation site. The physical interaction between GNN and glycogen synthase (GSN) was analyzed by the two-hybrid assay. While the entire GSN was required for full interaction, the C-terminus in GNN was more important. Furthermore, mutation in the GNN glucosylation sites did not impair the interaction with GSN. (c) 2005 Published by Elsevier B.V. on behalf of the Federation of European Biochemical Societies.

UMP kinase from Mycobacterium tuberculosis: Mode of action and allosteric interactions, and their likely role in pyrimidine metabolism regulation

The pyrH-encoded uridine 5′-monophosphate kinase (UMPK) is involved in both de novo and salvage synthesis of DNA and RNA precursors. Here we describe Mycobacterium tuberculosis UMPK (MtUMPK) cloning and expression in Escherichia coli. N-terminal amino acid sequencing and electrospray ionization mass spectrometry analyses confirmed the identity of homogeneous MtUMPK. MtUMPK catalyzed the phosphorylation of UMP to UDP, using ATP-Mg 2+ as phosphate donor. Size exclusion chromatography showed that the protein is a homotetramer. Kinetic studies revealed that MtUMPK exhibits cooperative kinetics towards ATP and undergoes allosteric regulation. GTP and UTP are, respectively, positive and negative effectors, maintaining the balance of purine versus pyrimidine synthesis. Initial velocity studies and substrate(s) binding measured by isothermal titration calorimetry suggested that catalysis proceeds by a sequential ordered mechanism, in which ATP binds first followed by UMP binding, and release of products is random. As MtUMPK does not resemble its eukaryotic counterparts, specific inhibitors could be designed to be tested as antitubercular agents. © 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.