Métodos estadístico-computacionales para la caracterización de patrones de expresión de proteínas en 2D-DIGE

El volumen de datos provenientes de experimentos basados en genómica y poteómica es grande y de estructura compleja. Solo a través de un análisis bioinformático/bioestadístico eficiente es posible identificar y caracterizar perfiles de expresión de genes y proteínas que se expresan en forma diferencial bajo distintas condiciones experimentales (CE). El objetivo principal es extender las capacidades computacionales y analíticos de los softwares disponibles de análisis de este tipo de datos, en especial para aquellos aplicables a datos de electroforésis bidimensional diferencial (2D-DIGE). En DIGE el método estadístico más usado es la prueba t de Student cuya aplicación presupone una única fuente de variación y el cumplimiento de ciertos supuestos distribucionales de los datos (como independencia y homogeneidad de varianzas), los cuales no siempre se cumplen en la práctica, pudiendo conllevar a errores en las estimaciones e inferencias de los efectos de interés. Los modelos Generalizados lineales mixtos (GLMM) permiten no solo incorporar los efectos que, se asume, afectan la variación de la respuesta sino que también modelan estructuras de covarianzas y de correlaciones más afines a las que se presentan en la realidad, liberando del supuesto de independencia y de normalidad. Estos modelos, más complejos en esencia, simplificará el análisis debido a la modelización directa de los datos crudos sin la aplicación de transformaciones para lograr distribuciones más simétricas. Produciendo también a una estimación estadísticamente más eficiente de los efectos presentes y por tanto a una detección más certera de los genes/ proteínas involucrados en procesos biológicos de interés. La característica relevante de esta tecnología es que no se conoce a priori cuáles son las proteínas presentes. Estas son identificadas mediante otras técnicas más costosas una vez que se detectó un conjunto de manchas diferenciales sobre los geles 2DE. Por ende disminuir los falsos positivos es fundamental en la identificación de tales manchas ya que inducen a resultados erróneas y asociaciones biológica ficticias. Esto no solo se logrará mediante el desarrollo de técnicas de normalización que incorporen explícitamente las CE, sino también con el desarrollo de métodos que permitan salirse del supuesto de gaussianidad y evaluar otros supuestos distribucionales más adecuados para este tipo de datos. También, se desarrollarán técnicas de aprendizaje automática que mediante optimización de funciones de costo específicas nos permitan identificar el subconjunto de proteínas con mayor potencialidad diagnóstica. Este proyecto tiene una alta componente estadístico/bioinformática, pero creemos que es el campo de aplicación, es decir la genómica y la proteómica, los que mas se beneficiarán con los resultados esperados. Para tal fin se utilizarán diversas bases de datos de distintos experimentos provistos por distintos centros de investigación nacionales e internacionales

Historia, ambiente y arquitectura en las ciudades cordobesas

Se intenta que esta investigación contribuya a crear parte de las bases de una historia de la provincia de Córdoba, incorporando antecedentes de otros trabajos parciales ya realizados y complementándolo con el estudio de pueblos y ciudades que parezcan de interés y que aún faltan estudiar, en un trabajo integrado desde dos puntos de vista diferentes: el histórico que es el que aquí presentamos y el urbanístico del proyecto dirigido por la Arq. Foglia. (...) nos proponemos estudiar los significados de esas huellas físicas o vitales que a lo largo del tiempo la ciudad conserva, las que va generando en su proceso de crecimiento, en el hacer su propia identidad y su historia, construyendo así la base para recobrar la escena urbana, para sentirla como propia y permanente y sobre todo como principal centro de la actividad social. (...) Objetivos Generales * Caracterizar los tipos de ciudades que la sociedad generó históricamente para la ocupación del territorio cordobés, estableciendo la evolución del pensamiento urbanístico arquitectónico que definió sus configuraciones a efectos de detectar los rasgos de su identidad histórica ambiental y orientar pautas de intervención para su desarrollo futuro que rescaten su significado cultural. * Contribuir a la formulación de los lineamientos para una historia urbana de Córdoba. Objetivos Específicos * Caracterizar los rasgos urbano arquitectónicos y ambientales de las configuraciones urbanas, tanto a nivel total como de los espacios arquitecturizados, su paisaje y su patrimonio significativo. * Definir los distintos tipos de configuraciones comunes por períodos históricos y por regiones y los fundamentos históricos y culturales que contribuyeron a generarlos, analizándolos en relación a los rasgos particulares de cada uno de ellos. Estudiar los casos de centros urbanos no tipificables. * Analizar las respuestas que a modo de apropiación o no del espacio público han hecho los habitantes en cada período. * Definir posibles pautas de intervención desde el campo de la historia y compatibilizados con el equipo de urbanistas, contribuyan a conservar sus rasgos originales y/o adquiridos a lo largo de la historia que encaminen un desarrollo armónico.

Estrategias estadístico-computacionales avanzadas para análisis de expresión de proteínas/genes en cáncer. Advanced statistical and computational strategies for protein/gene expression analysis in cancer.

El objetivo de este proyecto, enmarcado en el área de metodología de análisis en bioingeniería-biotecnología aplicadas al estudio del cancer, es el análisis y caracterización a través modelos estadísticos con efectos mixtos y técnicas de aprendizaje automático, de perfiles de expresión de proteínas y genes de las vías metabolicas asociadas a progresión tumoral. Dicho estudio se llevará a cabo mediante la utilización de tecnologías de alto rendimiento. Las mismas permiten evaluar miles de genes/proteínas en forma simultánea, generando así una gran cantidad de datos de expresión. Se hipotetiza que para un análisis e interpretación de la información subyacente, caracterizada por su abundancia y complejidad, podría realizarse mediante técnicas estadístico-computacionales eficientes en el contexto de modelos mixtos y técnias de aprendizaje automático. Para que el análisis sea efectivo es necesario contemplar los efectos ocasionados por los diferentes factores experimentales ajenos al fenómeno biológico bajo estudio. Estos efectos pueden enmascarar la información subycente y así perder informacion relavante en el contexto de progresión tumoral. La identificación de estos efectos permitirá obtener, eficientemente, los perfiles de expresión molecular que podrían permitir el desarrollo de métodos de diagnóstico basados en ellos. Con este trabajo se espera poner a disposición de investigadores de nuestro medio, herramientas y procedimientos de análisis que maximicen la eficiencia en el uso de los recursos asignados a la masiva captura de datos genómicos/proteómicos que permitan extraer información biológica relevante pertinente al análisis, clasificación o predicción de cáncer, el diseño de tratamientos y terapias específicos y el mejoramiento de los métodos de detección como así tambien aportar al entendimieto de la progresión tumoral mediante análisis computacional intensivo.

Métodos estadístico-computacionales para la caracterización de patrones de expresión de proteínas en 2D-DIGE.

El volumen de datos provenientes de experimentos basados en genómica y poteómica es grande y de estructura compleja. Solo a través de un análisis bioinformático/bioestadístico eficiente es posible identificar y caracterizar perfiles de expresión de genes y proteínas que se expresan en forma diferencial bajo distintas condiciones experimentales (CE). El objetivo principal es extender las capacidades computacionales y analíticos de los softwares disponibles de análisis de este tipo de datos, en especial para aquellos aplicables a datos de electroforésis bidimensional diferencial (2D-DIGE). En DIGE el método estadístico más usado es la prueba t de Student cuya aplicación presupone una única fuente de variación y el cumplimiento de ciertos supuestos distribucionales de los datos (como independencia y homogeneidad de varianzas), los cuales no siempre se cumplen en la práctica, pudiendo conllevar a errores en las estimaciones e inferencias de los efectos de interés. Los modelos Generalizados lineales mixtos (GLMM) permiten no solo incorporar los efectos que, se asume, afectan la variación de la respuesta sino que también modelan estructuras de covarianzas y de correlaciones más afines a las que se presentan en la realidad, liberando del supuesto de independencia y de normalidad. Estos modelos, más complejos en esencia, simplificarán el análisis debido a la modelización directa de los datos crudos sin la aplicación de transformaciones para lograr distribuciones más simétricas,produciendo también a una estimación estadísticamente más eficiente de los efectos presentes y por tanto a una detección más certera de los genes/proteínas involucrados en procesos biológicos de interés. La característica relevante de esta tecnología es que no se conoce a priori cuáles son las proteínas presentes. Estas son identificadas mediante otras técnicas más costosas una vez que se detectó un conjunto de manchas diferenciales sobre los geles 2DE. Por ende disminuir los falsos positivos es fundamental en la identificación de tales manchas ya que inducen a resultados erróneas y asociaciones biológica ficticias. Esto no solo se logrará mediante el desarrollo de técnicas de normalización que incorporen explícitamente las CE, sino también con el desarrollo de métodos que permitan salirse del supuesto de gaussianidad y evaluar otros supuestos distribucionales más adecuados para este tipo de datos. También, se desarrollarán técnicas de aprendizaje automática que mediante optimización de funciones de costo específicas nos permitan identificar el subconjunto de proteínas con mayor potencialidad diagnóstica. Este proyecto tiene un alto componente estadístico/bioinformática, pero creemos que es el campo de aplicación, es decir la genómica y la proteómica, los que más se beneficiarán con los resultados esperados. Para tal fin se utilizarán diversas bases de datos de distintos experimentos provistos por distintos centros de investigación nacionales e internacionales.

Deconstructing Purism: Unconscious Drives and Meta-argumentation in Straight Photography

The thesis investigates the nature of the Purist discourse in photography, with the aim of unveiling its lack of a solid theoretical foundation and its unconscious content. Purism outlines the fact that photography is a unique craft, that may not borrow ideas from painting or any other art forms. What makes the Purist discourse suspect and attracts attention to its possible circular style? The fact that the views expressed by its supporters include a frenzied edge, an unnecessary ardor, a combative tone that discloses that there’s something hidden, something that doesn’t serve the purpose of presenting an unbiased philosophical claim

Una nueva voz : un planteamiento a la recuperación vocal para la corrección de patologías de carácter funcional en el actor, desde las técnicas de Kristin Linklater y Barbara Houseman

Existen en el medio teatral varias técnicas de entrenamiento vocal para el actor de teatro. ¿Pueden usarse siempre las mismas técnicas indiferentemente del sujeto? ¿Es posible obtener de un ejercicio vocal siempre los mismos resultados o beneficios? Al analizar las rutinas básicas utilizadas en la preparación vocal para teatro desde las patologías funcionales de la voz, es posible afirmar que no todos los sujetos están en disposición física de cumplir con determinadas exigencias particulares. Este trabajo analiza las diferentes patologías funcionales de la voz partiendo de algunos ejercicios en los entrenamientos de Linklater y Houseman enfocados desde el manejo de patologías.

Incidence of myiasis in Panama during the eradication of Cochliomyia hominivorax (Coquerel 1858, Diptera: Calliphoridae) (2002-2005)

We present the results of a study on myiasis in Panama during the first years of a Cochliomyia hominivorax eradication program (1998-2005), with the aim of investigating the behavior of the flies that produce myiasis in animals and human beings. The hosts that registered positive for myiasis were cattle (46.4%), dogs (15.3%), humans (14.7%), birds (12%), pigs (6%), horses (4%), and sheep (1%). Six fly species caused myiasis: Dermatobia hominis (58%), Phaenicia spp. (20%), Cochliomyia macellaria (19%), Chrysomya rufifacies (0.4%), and maggots of unidentified species belonging to the Sarcophagidae (3%) and Muscidae (0.3%). With the Dubois index, was no evidence that the absence of C. hominivorax allowed an increase in the cases of facultative myiasis.

Sistemas de Información BI: Estado Actual y Herramientas de Software Libre

Actualmente muchas empresas ya sean grandes o pequeñas, se plantean implantar en su organización un sistema de información que les ayude en la toma de decisiones. Una de las tendencias actuales es implantar un sistema de BI (Business Intelligence). Muchas organizaciones implantan este tipo de sistemas sin haber realizado un estudio previo de las necesidades y problemas de la empresa, de los beneficios que se pretenden obtener con la implantación del sistema, de la aceptación y formación de los usuarios, de las herramientas y proveedores de BI,... y así un largo etcétera de situaciones y condiciones que se deberían tener en cuenta para la implantación de esta clase de sistemas en cualquier tipo de organización, ya sea grande o pequeña.En el presente artículo se realiza una síntesis de la amalgama de información existente en los sistemas de BI, se realiza una definición aclaratoria, así como también se expone su estado actual, beneficios, factores de riesgo, pasos para conseguir una implantación exitosa y los componentes y herramientas open source de los sistemas de BI. Primero se exponen las principales herramientas open source existentes en el mercado y se profundiza más especialmente en la Suite open source de BI Pentaho.

The association of education with body mass index and waist circumference in the EPIC-PANACEA study

Background To examine the association of education with body mass index (BMI) and waist circumference (WC) in the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC). Method This study included 141,230 male and 336,637 female EPIC-participants, who were recruited between 1992 and 2000. Education, which was assessed by questionnaire, was classified into four categories; BMI and WC, measured by trained personnel in most participating centers, were modeled as continuous dependent variables. Associations were estimated using multilevel mixed effects linear regression models. Results Compared with the lowest education level, BMI and WC were significantly lower for all three higher education categories, which was consistent for all countries. Women with university degree had a 2.1 kg/m2 lower BMI compared with women with lowest education level. For men, a statistically significant, but less pronounced difference was observed (1.3 kg/m2). The association between WC and education level was also of greater magnitude for women: compared with the lowest education level, average WC of women was lower by 5.2 cm for women in the highest category. For men the difference was 2.9 cm. Conclusion In this European cohort, there is an inverse association between higher BMI as well as higher WC and lower education level. Public Health Programs that aim to reduce overweight and obesity should primarily focus on the lower educated population.

Blood lipid and lipoprotein concentrations and colorectal cancer risk in the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition

Objective To examine the association between serum concentrations of total cholesterol, high density lipoprotein cholesterol (HDL), low density lipoprotein cholesterol, triglycerides, apolipoprotein A-I (apoA), apolipoprotein B and the incidence of colorectal cancer (CRC). Design Nested case–control study. Setting The study was conducted within the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC), a cohort of more than 520 000 participants from 10 western European countries. Participants 1238 cases of incident CRC, which developed after enrolment into the cohort, were matched with 1238 controls for age, sex, centre, follow-up time, time of blood collection and fasting status. Main outcome measures Serum concentrations were quantitatively determined by colorimetric and turbidimetric methods. Dietary and lifestyle data were obtained from questionnaires. Conditional logistic regression models were used to estimate incidence rate ratios (RRs) and 95% CIs which were adjusted for height, weight, smoking habits, physical activity, education, consumption of fruit, vegetables, meat, fish, alcohol, fibre and energy. Results After adjustments, the concentrations of HDL and apoA were inversely associated with the risk of colon cancer (RR for 1 SD increase of 16.6 mg/dl in HDL and 32.0 mg/dl in apoA of 0.78 (95% CI 0.68 to 0.89) and 0.82 (95% CI 0.72 to 0.94), respectively). No association was observed with the risk of rectal cancer. Additional adjustment for biomarkers of systemic inflammation, insulin resistance and oxidative stress or exclusion of the first 2 years of follow-up did not influence the association between HDL and risk of colon cancer. Conclusions These findings show that high concentrations of serum HDL are associated with a decreased risk of colon cancer. The mechanism behind this association needs further elucidation.

Genetic variability of the mTOR pathway and prostate cancer risk in the European Prospective Investigation on Cancer (EPIC)

The mTOR (mammalian target of rapamycin) signal transduction pathway integrates various signals, regulating ribosome biogenesis and protein synthesis as a function of available energy and amino acids, and assuring an appropriate coupling of cellular proliferation with increases in cell size. In addition, recent evidence has pointed to an interplay between the mTOR and p53 pathways. We investigated the genetic variability of 67 key genes in the mTOR pathway and in genes of the p53 pathway which interact with mTOR. We tested the association of 1,084 tagging SNPs with prostate cancer risk in a study of 815 prostate cancer cases and 1,266 controls nested within the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC). We chose the SNPs (n = 11) with the strongest association with risk (p<0.01) and sought to replicate their association in an additional series of 838 prostate cancer cases and 943 controls from EPIC. In the joint analysis of first and second phase two SNPs of the PRKCI gene showed an association with risk of prostate cancer (ORallele = 0.85, 95% CI 0.78–0.94, p = 1.3×10−3 for rs546950 and ORallele = 0.84, 95% CI 0.76–0.93, p = 5.6×10−4 for rs4955720). We confirmed this in a meta-analysis using as replication set the data from the second phase of our study jointly with the first phase of the Cancer Genetic Markers of Susceptibility (CGEMS) project. In conclusion, we found an association with prostate cancer risk for two SNPs belonging to PRKCI, a gene which is frequently overexpressed in various neoplasms, including prostate cancer.

The INSIG2 rs7566605 polymorphism is not associated with body mass index and breast cancer risk

Background The single nucleotide polymorphism rs7566605, located in the promoter of the INSIG2 gene, has been the subject of a strong scientific effort aimed to elucidate its possible association with body mass index (BMI). The first report showing that rs7566605 could be associated with body fatness was a genome-wide association study (GWAS) which used BMI as the primary phenotype. Many follow-up studies sought to validate the association of rs7566605 with various markers of obesity, with several publications reporting inconsistent findings. BMI is considered to be one of the measures of choice to evaluate body fatness and there is evidence that body fatness is related with an increased risk of breast cancer (BC). Methods we tested in a large-scale association study (3,973 women, including 1,269 invasive BC cases and 2,194 controls), nested within the EPIC cohort, the involvement of rs7566605 as predictor of BMI and BC risk. Results and Conclusions In this study we were not able to find any statistically significant association between this SNP and BMI, nor did we find any significant association between the SNP and an increased risk of breast cancer overall and by subgroups of age, or menopausal status.

Oocyst wall formation and composition in coccidian parasites

The oocyst wall of coccidian parasites is a robust structure that is resistant to a variety of environmental and chemical insults. This resilience allows oocysts to survive for long periods, facilitating transmission from host to host. The wall is bilayered and is formed by the sequential release of the contents of two specialized organelles - wall forming body 1 and wall forming body 2 - found in the macrogametocyte stage of Coccidia. The oocyst wall is over 90% protein but few of these proteins have been studied. One group is cysteine-rich and may be presumed to crosslink via disulphide bridges, though this is yet to be investigated. Another group of wall proteins is rich in tyrosine. These proteins, which range in size from 8-31 kDa, are derived from larger precursors of 56 and 82 kDa found in the wall forming bodies. Proteases may catalyze processing of the precursors into tyrosine-rich peptides, which are then oxidatively crosslinked in a reaction catalyzed by peroxidases. In support of this hypothesis, the oocyst wall has high levels of dityrosine bonds. These dityrosine crosslinked proteins may provide a structural matrix for assembly of the oocyst wall and contribute to its resilience.

Supervivencia en cáncer de mama tras 10 años de seguimiento en las provincias de Granada y Almería

Background: To describe the overall and disease-free survival at five and ten years after breast cancer diagnosis in women from a previous case-control study, and establish related prognostic factors. Methods: We followed up 202 patients diagnosed between 1996 and 1998 in three public hospitals in Granada and Almeria provinces in Spain. Survival rates were calculated using the Kaplan and Meier method, and the Cox proportional hazards model was applied to identify the most significant variables contributing to survival. Results: Mean age at diagnosis was 54.27±10.4 years. Mean follow-up for overall survival was 119.91 months (95%CI 113.65126.17); the five-year survival rate was 83.9% (95%CI: 78.13-89.66) and the ten-year rate was 71% (95%CI: 63.25-78.74). Mean followup for disease-free survival was 118.75 months (95%CI 111.86125.65); the five-year disease-free survival rate was 81% (95%CI: 74.52-87.47) and the ten-year rate was 71.3% (95%CI: 63.33-79.26). The mortality rate of the study population was 33.17%. Conclusions: Disease characteristics are similar in our population to those in other Spanish and European regions, while the overall survival is higher than the mean rate during the same period in Europe (5-yr rate of 79%) and similar to that in Spain (83%).

Anàlisi del projecte d’innovació en l’àrea de matemàtiques a la comunitat educativa Creciendo juntos: Parque Paso del Rey, Moreno, Argentina

Resum de les pràctiques desenvolupades l’estiu de 2007 a l’escola Creciendo Juntos, situada a Parque Paso del Rey de Moreno, una ciutat de la perifèria de Buenos Aires, Argentina. Es basa principalment en l’anàlisi d’un projecte d’innovació en l’àrea de matemàtiques què realitzava l’escola