A semi-automatic approach to code smells detection

Eradication of code smells is often pointed out as a way to improve readability, extensibility and design in existing software. However, code smell detection remains time consuming and error-prone, partly due to the inherent subjectivity of the detection processes presently available. In view of mitigating the subjectivity problem, this dissertation presents a tool that automates a technique for the detection and assessment of code smells in Java source code, developed as an Eclipse plugin. The technique is based upon a Binary Logistic Regression model that uses complexity metrics as independent variables and is calibrated by expert‟s knowledge. An overview of the technique is provided, the tool is described and validated by an example case study.

Immunodiagnosis of human neurocysticercosis by using semi-purified scolex antigens from Taenia solium cysticerci

Crude antigen and semi-purified proteins from scolices of Taenia solium cysticerci were evaluated for the immunodiagnosis of human neurocysticercosis neurocysticercosis. Semi-purified proteins obtained by electrophoresis on polyacrylamide gel and by electroelution were tested by means of the immunoenzymatic reaction against sera from normal individuals and from patients with neurocysticercosis or other parasitic diseases. The 100kDa protein provided 100% sensitivity and specificity in the immunodiagnosis. When 95 or 26kDa proteins were used, 95 and 100% sensitivity and specificity were obtained, respectively. The assays involving crude antigen and sera from normal individuals or from patients with neurocysticercosis, diluted to 1:256, gave excellent agreement with those in which 100, 95 or 26kDa proteins were tested against the same serum samples diluted to 1:64. (Kappa: 0.95 to 1.00). Crude scolex antigen may be useful for serological screening, while 100, 95 or 26kDa protein can be used in confirmatory tests on neurocysticercosis-positive cases.

Contra os semi-sábios — notas sobre a racionalidade nos Pensamentos de Pascal

Ao longo dos Pensamentos, Pascal expressa a sua antipatia filosófica por alguns tipos de pensadores. Um desses tipos de pensadores corresponde à figura do "demi-savant". Os "demi-savants", ou semi-sábios, caracterizam-se essencialmente por uma pretensão de saber fracassada: são homens que julgam estar na posse de um saber que na verdade não possuem. O objectivo desta investigação é fixar, com o maior detalhe possível, o que está em causa na denúncia dos semi-sábios — um aspecto pouco trabalhado no âmbito dos estudos sobre o pensamento de Pascal. A primeira parte da investigação consiste assim na delimitação formal da categoria semi-sábios. Quais são as notas definitórias destes pensadores? Que tipo de erro está em jogo na sua atitude? Que opiniões fazem de alguém um semi-sábio? Estas perguntas acabam rapidamente por nos levar a outras, que dizem directamente respeito à tentativa de determinação do poder de fogo da razão humana. Com efeito, o fundamento filosófico da crítica aos semi-sábios é o diagnóstico arrasador que Pascal faz da capacidade da nossa razão na tarefa do conhecimento — de tal modo que estudar o problema que os semi-sábios representam é estudar sob um determinado ângulo o problema geral da procura da verdade. Nesse sentido, depois de esclarecido o significado da designação semi-sábio, analisamos dois argumentos apresentados nos Pensamentos que visam contestar a compreensão habitualmente constituída acerca das possibilidades do homem na tarefa do conhecimento. Procuramos ainda, por último, desfazer possíveis equívocos quanto à fixação da posição de Pascal no campo da epistemologia. Embora haja poucas referências aos semi-sábios nos textos que compõem os Pensamentos, trata-se de uma figura que funciona como ponto de cruzamento de vários aspectos relevantes de um problema que está no centro do projecto apologético de Pascal: o problema do modo de apuramento da verdade.

A semi-nested PCR assay for molecular detection of Paracoccidioides brasiliensis in tissue samples

INTRODUCTION: Paracoccidioidomycosis is a systemic infection caused by Paracoccidioides brasiliensis. METHODS: In this study, a semi-nested PCR for paracoccidioidomycosis diagnosis was developed. The primers ITS1 and ITS4 were used in the first reaction, while the primers MJ03 and ITS1 primer were used in the second reaction. The semi-nested PCR was used to investigate biopsies of five patients with oral lesions that resembled paracoccidioidomycosis. RESULTS: The semi-nested PCR was positive for four samples and negative for a sample from a patient later diagnosed with leishmaniasis. CONCLUSIONS: The new semi-nested PCR describe is useful for paracoccidioidomycosis diagnosis.

Pandemic influenza A (H1N1) 2009: epidemiological analysis of cases in a tropical/semi-arid region of Brazil

IntroductionThe year 2009 marked the beginning of a pandemic caused by a new variant of influenza A (H1N1). After spreading through North America, the pandemic influenza virus (H1N1) 2009 spread rapidly throughout the world. The aim of this study was to describe the clinical and epidemiological characteristics of cases of pandemic influenza in a tropical/semi-arid region of Brazil.MethodsA retrospective study analyzed all suspected cases of pandemic influenza (H1N1) 2009 reported in the Ceará State through the National Information System for Notifiable Diseases during the pandemic period between 28 April, 2009 and November 25, 2010.ResultsA total of 616 suspected cases were notified, 58 (9.4%) in the containment phase and 558 (90.6%) in the mitigation phase. Most cases were of affected young people resident in the City of Fortaleza, the largest urban center in the State of Ceará. The most frequent symptoms presented by the cases with confirmed infection were fever, cough, myalgia, arthralgia, and nasal congestion. Mortality rate was 0.0009/1,000 inhabitants and lethality was 5.6%. Deaths were observed only in the mitigation phase. Mortality rates were similar for both sexes but were higher in the age group under 5 years.ConclusionsThe study suggests that the influenza A (H1N1) pandemic in this tropical/semi-arid region had a lower magnitude when compared to states in the Southern and Southeastern regions of Brazil.

An optimized one-tube, semi-nested PCR assay for Paracoccidioides brasiliensis detection

Introduction Herein, we report a one-tube, semi-nested-polymerase chain reaction (OTsn-PCR) assay for the detection of Paracoccidioides brasiliensis. Methods We developed the OTsn-PCR assay for the detection of P. brasiliensis in clinical specimens and compared it with other PCR methods. Results The OTsn-PCR assay was positive for all clinical samples, and the detection limit was better or equivalent to the other nested or semi-nested PCR methods for P. brasiliensis detection. Conclusions The OTsn-PCR assay described in this paper has a detection limit similar to other reactions for the molecular detection of P. brasiliensis, but this approach is faster and less prone to contamination than other conventional nested or semi-nested PCR assays.

Assessment of schistosomiasis in the semi-arid Northeast region of Brazil: the São Francisco River large-scale water transposition project

Abstract: INTRODUCTION Risk of schistosomiasis expansion to semi-arid northeastern Brazil under the influence of the Integration Project of the São Francisco River (IPSFR) was assessed. METHODS: Stool examinations of schoolchildren, epidemiological investigation, and survey of the local host snail Biomphalaria straminea were performed in five IPSFR municipalities. RESULTS Six of 4,770 examined schoolchildren were egg-positive for Schistosoma mansoni. Biomphalaria straminea was widespread, but not naturally infected with S. mansoni. Snails experimentally exposed to two laboratory S. mansoni strains yielded infection indices of 1-4.5%. CONCLUSIONS: There is evidence of active schistosomiasis transmission in the area; thus, intensive surveillance actions are required.

Elaboração de uma semi-conserva de pescado de água doce "Picles de Peixe". I. Tempo de cura, acidificação, textura e nível de sal

Neste trabalho são estudadas as condições para a correta combinação entre o tempo de cura, acidificação e nível de sal para produzir uma semi-conserva de pescado de de água doce acondicionada em vidro, utilizando o efeito da combinalção sal/ácido. As espécies utilizadas foram jaraqui (Semaprochilodus spp.), Curimatá (Prochilodus nigricans), Dourado (Brachyplastistoma flavicans) e Pirarucu (Arapaima gigas). Na salmora de cura prelimiar o tempo indicado para se obter uma melhor textura foi de 4 semanas, a acidificação até 4,5 foi alcançada na solução contendo 5% de ácido/100 gramas de pescado e o nível adequado de sal foi de 15% (p/v). Na salmora flavorizante a proporção de ácido foi de 1% (v/v) o que torna o produto de sabor agradável, sal na concentração de 2% (p/v) e a adição de 1% de condimentos.

DESENVOLVIMENTO NINFAL DO GAFANHOTO NEOTROPICAL SEMI-AQUÁTICO Stenacris fissicauda fissicauda (BRUNER, 1908) (ORTHOPTERA:ACRIDIDAE) EM CONDIÇÕES CONTROLADAS

Estudou-se a influência da temperatura e do fotoperíodo no desenvolvimento ninfal do gafanhoto semi-aquático Stenacris fissicauda fissicaudaproveniente de uma região de várzea, perto de Manaus. Ninfas recém-eclodidas foram coletadas no campo na macrófita aquática Paspalum repens (Gramineae-Poaceae)e criadas sob condições controladas em câmaras de criação (8, 12 e 24 horas de luz, 27°C e 27/21°C de temperatura) e sob condições naturais. Esta espécie apresenta 5 estádios ninfais para os machos e 6 para as fêmeas sob condições de dia longo no laboratório e durante o período com menos precipitação (estação "seca") sob condições naturais. No entanto, observou-se um estádio extra para machos (6o) e fêmeas (7o) sob condições de dia curto no laboratório. Este estádio ocorreu durante o período com mais precipitação (estação chuvosa) sob condições naturais. Constatou-se que a temperatura e o fotoperíodo interagiram no desenvolvimento ninfal sob condições controladas: 1) O número de estádios (especialmente em fêmeas) foi principalmente influenciado pelo fotoperíodo; 2) O tempo de desenvolvimento ninfal (em ambos os sexos) sobretudo foi influenciado pela temperatura. Os resultados estão sendo discutidos sob o ponto de que a luz pode atuar como fator de controle (ecofator) no número de estádios ninfais de insetos em ecossistemas tropicais, mesmo sendo situados perto do equador, devido à mudanças sazonais de insolação e/ou intensidade de luz durante o ano.

The reasons behind the progression in PISA scores: An education production function approach using semi-parametric techniques

Research Masters

Aspectos da Biologia e Etologia de Paulinia acuminata (De Geer), 1773 (Orthoptera: Pauliniidae), um gafanhoto semi-aquático, na Amazônia Central

Paulinia acuminata (Orthoptera: Pauliniidac) desenvolve todo seu ciclo vital em macrófitas aquáticas. Entre 17 macrófitas e 5 hortaliças testadas, a oviposição foi constatada somente em Salvinaceae (Salvinia auriculata, S. minima, S. sprucei, Azolla cf. microphylla e Araceae (Pistia stratiotes). O período médio de incubação, em laboratório, foi de 18,7 (+/- 1,8) dias, com uma média de 7,3 (+/- 2,8) ovos por postura. O desenvolvimento dos seis estádios ninfais durou 47,12 (+/-1,2) dias. O ciclo de vida completo, ovo-adulto, foi de 93,2 dias sob uma temperatura do ar em torno dc 29 °C. Observações etológicas de laboratório e de campo são apresentadas.

Características bioquímicas e hematológicas do pirarucu Arapaima gigas Schinz, 1822 (Arapaimidae) de cultivo semi-intensivo na Amazônia

O presente estudo comparou os níveis plasmáticos de glicose, proteínas totais, uréia, triglicerídeos e colesterol, a contagem de eritrócitos, leucócitos e trombócitos entre alevinos e juvenis de Arapaima gigas (Osteoglociformes, Arapaimidae) de uma piscicultura semi-intensiva de Manaus, estado do Amazonas, Brasil. Os alevinos de A. gigas apresentaram níveis significativamente (p<0,05) menores de proteínas totais, triglicerídeos, uréia e Volume Corpuscular Médio (VCM) e maior concentração de glicose, colesterol e hemoglobina, contagem de eritrócitos, hematócrito e Concentração da Hemoglobina Corpuscular Média (CHCM) quando comparados aos juvenis. Porém, não houve diferença significativa (p>0,05) no número de trombócitos e leucócitos totais entre alevinos e juvenis. Os juvenis de A. gigas apresentaram menor quantidade de linfócitos e maior quantidade de monócitos, neutrófilos e eosinófilos, quando comparados aos alevinos. Em estudos futuros, espécimes de A. gigas com outras idades também deverão ser comparados para melhor entendimento dos efeitos da idade neste peixe amazônico, pois estas informações, além de possibilitarem uma melhor compreensão da fisiologia desta espécie, poderão auxiliar no estabelecimento de estratégias para seu manejo.

Quantificação da massa infartada do ventrículo esquerdo pela ressonância magnética cardíaca: comparação entre a planimetria e o método de escore visual semi-quantitativo

OBJETIVO: Validar um novo método de escore visual semi-quantitativo contra a planimetria digital quantitativa para a determinação da massa infartada do ventrículo esquerdo pela ressonância magnética cardíaca com técnica de realce tardio. MÉTODO: Estudados 77 pacientes com infarto miocárdico prévio em aparelho de ressonância magnética de 1,5T utilizando técnica de realce tardio para avaliação da viabilidade miocárdica e cálculo da massa infartada. Para avaliação da função ventricular esquerda pelo método de Simpson utilizamos técnica de cine-ressonância. O cálculo da massa infartada foi realizado nas imagens de realce tardio de duas formas: planimetria e método de escore. Utilizamos métodos de regressão linear simples, correlação e concordância entre métodos e observadores segundo a análise de Bland-Altman. RESULTADOS: Em todos os 77 pacientes as áreas de infarto foram detectadas pela ressonância magnética cardíaca utilizando a técnica de realce tardio. O tamanho do infarto medido pela planimetria foi semelhante ao obtido pelo método de escore, com a média das diferenças entres as medidas de apenas 1,03% da massa do ventrículo esquerdo. As variabilidades inter (0,41%) e intra-observador (0,34%) evidenciaram excelente reprodutibilidade do método de escore. A massa infartada apresentou boa correlação com a fração de ejeção e volumes distólico e sistólico finais indexados, r=-0,76, r=0,63 e r=0,67, respectivamente. CONCLUSÃO: A avaliação de pacientes com infarto agudo do miocárdio prévio pela ressonância magnética cardíaca, utilizando a técnica de realce tardio, permite a determinação reprodutível do tamanho do infarto, tanto pelo método de planimetria, quanto pelo modelo semi-quantitativo de escore.

A monograph of the free and semi-parasitic Copepoda of the British islands. By G. Stewardson Brady.

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