Study of thermal fluctuations during thermal denaturation of DNA

In this paper we address the fundamental issue of temperature fluctuation during the thermal denaturation (or the unzipping of the two strands on heating) of double stranded (ds) DNA. From our experiments we observe the presence of extremely high thermal fluctuations during DNA denaturation. This thermal fluctuation is several orders higher than the thermal fluctuation at temperatures away from the denaturation temperature range. This fluctuation is absent in single stranded (ss) DNA. The magnitude of fluctuation is much higher in heteropolymeric DNA and is almost absent in short homopolymeric DNA fragments. The temperature range over which the denaturation occurs (i.e., over which the thermal fluctuation is large) depends on the length of the DNA and is largest for the longest DNA.

Confirmation of linkage and refinement of the RP28 locus for autosomal recessive retinitis pigmentosa on chromosome 2p14-p15 in an Indian family

PURPOSE: To report the linkage analysis of retinitis pigmentosa (RP) in an Indian family. METHODS: Individuals were examined for symptoms of retinitis pigmentosa and their blood samples were withdrawn for genetic analysis. The disorder was tested for linkage to known 14 adRP and 22 arRP loci using microsatellite markers. RESULTS: Seventeen individuals including seven affecteds participated in the study. All affected individuals had typical RP. The age of onset of the disease ranged from 8-18 years. The disorder in this family segregated either as an autosomal recessive trait with pseudodominance or an autosomal dominant trait. Linkage to an autosomal recessive locus RP28 on chromosome 2p14-p15 was positive with a maximum two-point lod score of 3.96 at theta=0 for D2S380. All affected individuals were homozygous for alleles at D2S2320, D2S2397, D2S380, and D2S136. Recombination events placed the minimum critical region (MCR) for the RP28 gene in a 1.06 cM region between D2S2225 and D2S296. CONCLUSIONS : The present data confirmed linkage of arRP to the RP28 locus in a second Indian family. The RP28 locus was previously mapped to a 16 cM region between D2S1337 and D2S286 in a single Indian family. Haplotype analysis in this family has further narrowed the MCR for the RP28 locus to a 1.06 cM region between D2S2225 and D2S296. Of 15 genes reported in the MCR, 14 genes (KIAA0903, OTX1, MDH1, UGP2, VPS54, PELI1, HSPC159, FLJ20080, TRIP-Br2, SLC1A4, KIAA0582, RAB1A, ACTR2, and SPRED2) are either expressed in the eye or retina. Further study needs to be done to test which of these genes is mutated in patients with RP linked to the RP28 locus.

Dust Deposition on Single Cylinders

The inertial impaction of Lycopodium spores on single wires lying transverse to the direction of flow has been studied. The equations of particle motion in a potential flow field have been modified for the case when Stokes' law is inapplicable. Solutions to the above equations have been obtained by digital computation. Rec, the Reynolds number based on cylinder diameter, varied from 4 to 240; particle trajectories in a flow field at Rec = 10 have been determined for inertia parameter K = 1, 2, 4, 6, and 10. Ten trajectories were developed for the above cases by the numerical stepwise method. Experiments were performed by depositing Lycopodium spores on adhesive-coated wires of various diameters and at different velocities. The weight of dust deposited was determined with a microbalance. The experimental conditions were:. Wire diameters: 345, 457, 1500 μ. Particle diameter: 35 μ. Air velocities: 20-250 cm/sec. Inertia parameter: 1-60. The particle was considered as a point mass in the theoretical analysis. But in the experiments the ratio of particle size to wire size was not negligible (rp/rc = 0·1) and hence the effect of finite size of particle on collection efficiency due to the direct interception effect has been estimated. The effect of particle size distribution on collection efficiency has also been estimated. The experimental efficiencies obtained compare well with the calculated efficiencies at Rec = 10 when direct interception is taken into account.

Systematic bias in MODIS dust aerosol retrieval at Kanpur (AERONET), Indo-Gangetic Basin - art.no.640816

We have compared the spectral aerosol optical depth (AOD) and aerosol fine mode fraction (AFMF) derived from Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) with those of Aerosol Robotic Network (AERONET) at Kanpur (26.45N, 80.35E), northern India for the pre-monsoon season (March to June, 2001-2005). We found that MODIS systematically overestimates AOD during pre-monsoon season (known to be influenced by dust transport from north-west of India). The errors in AOD were correlated with the MODIS top-of-atmosphere apparent surface reflectance in 2.1 mu m channel (rho*(2.1)). MODIS aerosol algorithm uses p*(2.1) to derive the surface reflectance in visible channels (rho(0.47), rho(0.66)) using an empirical mid IR-visible correlation (rho(0.47) = rho(2.1)/4, rho(0.66) = rho(2.1)/2). The large uncertainty in estimating surface reflectance in visible channels (Delta rho(0.66)+/- 0.04, Delta rho(0.47)+/- 0.02) at higher values of p*(2.1) (p*(2.1) > 0.18) leads to higher aerosol contribution in the total reflected radiance at top-of atmosphere to compensate for the reduced surface reflectance in visible channels and thus leads to overestimation of AOD. This was also reflected in the very low values of AFMF during pre-monsoon whose accuracy depends on the aerosol path radiance in 0.47 and 0.66 mu m channels and aerosol models. The errors in AOD were also high in the scattering angle range 110 degrees-140 degrees, where the effect of dust non-spherity on its optical properties is significant. The direct measurements of spectral surface reflectance are required over the Indo-Gangetic basin in order to validate the mid IR-visible relationship. MODIS aerosol models should also be modified to incorporate the effect of non-spherity of dust aerosols.

Extended colored Petri net: An efficient tool for analyzing concurrent systems

This paper proposes a novel and simple definition of general colored Petri nets. This definition is coherent with that of (uncolored) Petri nets, preserves the reflexivity of the original net and is extended to represent inhibitors. Also suggested are systematic and formal merging rules to obtain a well-formed structure of the extended colored Petri net by folding a given uncolored net. Finally, we present a technique to compute colored invariants by selecting colored RP-subnets. On the average, the proposed technique performs better than the existing ones. The analysis procedure is explained through an illustrative example of a three-level interrupt-priority-handler scheme.

Nucleotide sequence of the 3terminal region of belladonna mottle virus (renamed Physalis mottle virus) RNA and analysis of the evolutionary relationships among tymoviral coat proteins

The 3' terminal 1255 nt sequence of Physalis mottle virus (PhMV) genomic RNA has been determined from a set of overlapping cDNA clones. The open reading frame (ORF) at the 3' terminus corresponds to the amino acid sequence of the coat protein (CP) determined earlier except for the absence of the dipeptide, Lys-Leu, at position 110-111. In addiition, the sequence upstream of the CP gene contains the message coding for 178 amino acid residues of the C-terminus of the putative replicase protein (RP). The sequence downstream of the CP gene contains an untranslated region whose terminal 80 nucleotides can be folded into a characteristic tRNA-like structure. A phylogenetic tree constructed after aligning separately the sequence of the CP, the replicase protein (RP) and the tRNA-like structure determined in this study with the corresponding sequences of other tymoviruses shows that PhMV wrongly named belladonna mottle virus [BDMV(I)] is a separate tymovirus and not another strain of BDMV(E) as originally envisaged. The phylogenetic tree in all the three cases is identical showing that any subset of genomic sequence of sufficient length can be used for establishing evolutionary relationships among tymoviruses.

Recent advances in radar technology

The technical developments and advances that have taken place thus far are reviewed in those areas impacting future phased array active aperture radar systems. The areas covered are printed circuit antennas and antenna arrays, GaAs MMIC design and fabrication leading to affordable transmitter-receiver (T-R) modules, and novel hardware and software developments. The use of fiber-optic distribution networks to interconnect the monolithically integrated optical components with the T-R modules is discussed. Beamforming and sidelobe control techniques for active phased array systems are also examined.

Eu2+ luminescence in MAl3BO7 aluminoborates (M=Ca, Sr, Ba)

Three new aluminoborates having the composition MAl3BO7, where M = Ca,Sr or Ba, have been prepared. X-ray diffraction data indicate that all the phases are monoclinic, with close structural similarity to the meta stable aluminate, SrAl4O7. These aluminoborates are good host lattices for Eu2+ luminescence. The emission spectra show multiple bands in the blue region, corresponding to two inequivalent sites in each case, with one of them having quantum efficiency greater-than or equivalent to 75%. In the case of SrAl3BO7:Eu2+, the d–f band emission dominates at 300 K whereas at 77 K both d–f band and f–f line emissions are observed. Efficient Eu2+→Mn2+ energy transfer is observed in MAl3BO7 leading to strong green emission of Mn2+in the tetrahedral sites.aluminoborates; europium

A new methodology for analyzing distributed systems modeled by petri nets

Distributed computing systems can be modeled adequately by Petri nets. The computation of invariants of Petri nets becomes necessary for proving the properties of modeled systems. This paper presents a two-phase, bottom-up approach for invariant computation and analysis of Petri nets. In the first phase, a newly defined subnet, called the RP-subnet, with an invariant is chosen. In the second phase, the selected RP-subnet is analyzed. Our methodology is illustrated with two examples viz., the dining philosophers' problem and the connection-disconnection phase of a transport protocol. We believe that this new method, which is computationally no worse than the existing techniques, would simplify the analysis of many practical distributed systems.

"Litrasev viinapulloj ja séittemätóista kalijjaa" : Diftongin reduktio ja geminaatio erään pyhäjärvisistä nuorista koostuvan ryhmän puhekielessä

Tutkielmassa tarkastellaan erään 16- ja 17-vuotiaista syntyperäisistä pyhäjärvisistä nuorista tytöistä ja pojista koostuvan sosiaalisen ryhmän puhekieltä diftongin reduktion ja geminaatioilmiöiden kautta. Geminaatioilmiöistä tarkastellaan yleisgeminaatiota ja itämurteiden erikoisgeminaatiota mutta pääpaino on itämurteiden erikoisgeminaatiossa. Tutkimuspaikkakunta Pyhäjärvi sijaitsee maantieteellisesti Pohjois-Pohjanmaalla mutta kuuluu lingvistisesti savolaismurteisiin. Tutkielman tavoitteena on selvittää, kuinka elinvoimaisia tarkasteltavaksi valitut piirteet ovat sekä kuinka paljon ja miten ne varioivat ryhmän puhekielessä. Aineistoa analysoidaan pääasiassa kvantitatiivisesti. Kvalitatiivisesti piirteiden käyttöä tarkastellaan etenkin vuorovaikutuksen mutta myös sukupuolen näkökulmasta. Tutkittavia kielenoppaita on kuusi: kolme tyttöä ja kolme poikaa. Tytöt ovat lukio- ja pojat ammattikouluopiskelijoita. Kielenoppaiden muodostama ryhmä pohjautuu yläkouluaikaisiin ystävyyssuhteisiin ja oli jo olemassa ennen aineistonkeruuta. Tutkielman aineistona on 5 tuntia ryhmän jäsenten välisiä keskusteluja: 2,5 tuntia tyttöjen keskistä keskustelua, 1,5 tuntia poikien keskustelua ja 1 tunti keskustelua, jossa kaikki ryhmän jäsenet olivat läsnä koko ryhmän kesken. Kukin keskustelu on tallennettu sekä ääni- että videonauhalle. Nauhoitukset on tehty maalis- ja toukokuussa 2010. Tutkielman kvantitatiivinen analyysi perustuu korvakuulolla tehtyihin mittauksiin ja niihin perustuviin absoluuttisiin frekvensseihin. Sekä diftongin reduktio että molemmat geminaatioilmiöt ovat ryhmän puhekielessä elinvoimaisia piirteitä, joskin diftongin reduktion kohdalla esiintyminen on labiilia. Etenkin yleisgeminaatio on ryhmän puhekielessä, myös idiolekteittain katsottuna, taajaan esiintyvä ja lähes varioimaton piirre: geminoituminen esiintyy täysgeminaattana lähes aina yleisgeminaation sallivissa konteksteissa. Geminoituminen on vahvempaa ensi- kuin jälkitavuissa. Sen sijaan sekä diftongin reduktio että itämurteiden erikoisgeminaatio varioivat ryhmän puhekielessä yleiskielisten ja eriasteisten murteellisten varianttien välillä. Suurin osa diftongeista, niin i-, u- kuin y-loppuisistakin, esiintyy yleiskielisessä muodossa ja redusoituessaan reduktion lievässä asteessa. Itämurteiden erikoisgeminaation mahdollistavissa konteksteissa yleiskielisiä variantteja on niin ikään murrevariantteja enemmän. Murrevarianttien enemmistö on täysgeminaatallisia. Tutkielmassa selviää lisäksi, että eri diftongien ja konsonanttien välillä on ryhmän puhekielessä eroja sekä piirteiden asteittaisessa että määrällisessä esiintymisessä, samoin kuin eri äänneympäristöissä esiintymisessäkin. Myös idiolektien välillä on eroja diftongin reduktion ja itämurteiden erikoisgeminaation esiintymisessä. Aineisto osoittaa, että sekä diftongin reduktion että itämurteiden erikoisgeminaation esiintymisessä on selviä leksikaalisia rajoitteita kielenoppaiden puheessa. Kun diftongi ai tai ei muodostaa lekseemin yksin (ai dialogipartikkelina ja ei kieltosanana), se on yleiskielinen. Diftongi äi puolestaan esiintyy poikkeuksellisen vahvana varianttina affektisissa yhteyksissä lekseemissä äiti. Affektisuus vaikuttaa liittyvän myös konsonanttiyhtymien lj, rp ja rv jälkikomponenttien geminoitumiseen vahvistavasti lekseemeissä kaljaa, turpaan ja hirvee. Tarkasteluun valittujen puhekielen piirteiden esiintymisessä voi havaita säännönmukaisuutta myös lauserakennetta ja kielenkäyttöä laajemmin tarkastelemalla. Referoinnin ja tarinankerronnan yhteydessä diftongin reduktion ja itämurteiden erikoisgeminaation käyttö yleistyy ja vahvistuu. Vahvistuminen on puhetilanteen ja keskusteluun osallistuvien vuorovaikutustehtävien motivoimaa. Tällöin on kyse selvästä murteella tyylittelystä. Itsekorjauksen ja liitepartikkelin -kO avulla muodostettujen kysymysten yhteydessä piirteet puolestaan esiintyvät aineistossa yleiskielisinä. Yleisgeminaatioon edellä mainitut eivät näytä vaikuttavan. Sukupuolten välillä on huomattavissa eroja tarkasteltujen kielenpiirteiden esiintymisessä ja käytössä. Tutkielma osoittaa, että pojat ovat tarkasteluun valittujen kielenpiirteiden valossa jonkin verran tyttöjä murteellisempia. Sukupuolten välisiä murteellisuuseroja voidaan selittää etenkin opiskelupaikkakunnan, koulutuksen, sosiaalisten kontaktien, kielenkäytön tapojen ja vuorovaikutustehtävien avulla. Tutkimus tarjoaa tietoa nykypuhesuomen variaatiosta kolmen puhekielen piirteen kautta. Työ jättää paljon tarkasteltavaa myös tämän tutkielman jälkeiselle tutkimukselle. Edelleen selvitettäväksi jäävät monet muut kielenpiirteet ryhmän puhekielessä. Erityisen mielenkiintoinen tutkimuskohde olisi persoonapronominien variaatio (minä ~ mä ~ mää). Luonnollinen jatke tutkielmalle olisi myös ryhmän reaaliaikainen seuraaminen valittujen kielenpiirteiden osalta.

Influence of Starch Polysaccharide on the Remolded Properties of 2 Indian clay Samples

The reported presence in marine clays and the recognized role of polysaccharide as a bonding agent provided the motivation to examine the role of starch polysaccharide in the remoulded properties of nonswelling (kaolinite) and swelling (bentonite) groups of clays. The starch polysaccharide belongs to a group of naturally occurring, large-sized organic molecules (termed polymers) and is built up by extensive repetition of simple chemical units called repeat units. The results of the study indicate that the impact of the starch polysaccharide on the remoulded properties of clays is dependent on the mineralogy of the clays. On addition to bentonite clay, the immensely large number of segments (repeat units) of the starch polysaccharide create several polymer segment - clay surface bonds that cause extensive aggregation of the bentonite units layers. The aggregation of the bentonite unit layers greatly curtails the available surface area of the clay mineral for diffuse ion layer formation. The reduction in diffuse ion layer thickness markedly lowers the consistency limits and vane shear strength of the bentonite clay. On addition to kaolinite, the numerous polymer segment - clay surface bonds enhance the tendency of the kaolinite particles to flocculate. The enhanced particle flocculation is responsible apparently for a small to moderate increase in the liquid limit and remoulded undrained strength of the nonswelling clay.