Comparison of two fast strategies, SITA fast and TOP, for the assessment of visual fields in glaucoma patients

Purpose: To compare two fast threshold strategies of visual field assessment; SITA Fast (HSF) and Tendency Orientated Perimetry (TOP), in detecting visual field loss in patients with glaucoma. Methods: Seventy-six glaucoma, ocular hypertensive and normal patients had HSF and TOP performed in random order. Quantitative comparisons for the global visual field indices - mean deviation and defect (MD) for HSF and TOP, and pattern standard deviation (PSD) for HSF and loss variance (LV) for TOP - were made using correlation coefficients. Humphrey global parameters were converted to Octopus equivalents, and method comparison analysis was used to determine agreement between the two strategies. Test duration times were compared using t-test. Sensitivity and specificity for these two algorithms were determined according to predetermined criteria. Results: High correlation coefficient values were obtained for MD measurements between HSF and TOP (r=-0.89, P

Molecular phylogenetic analysis of a known and a new hydrothermal vent octopod:Their relationships with the genus Benthoctopus (Cephalopoda: Octopodidae)

The resolution of evolutionary relationships among deep-sea incirrate octopuses has been hindered by the paucity of individuals available for morphological studies and by the lack of tissue samples preserved using fixatives compatible with simple DNA extraction techniques. Evolutionary relationships from 11 species of deep-sea incirrate octopuses were investigated using 2392 base pairs (bp) of DNA from four mitochondrial genes (12S rDNA, 16S rDNA, cytochrome c oxidase subunit III, and cytochrome b) and the nuclear gene, rhodopsin. Morphological examination of these species was also undertaken. Molecular analyses distinguish a species of octopus from hydrothermal vents at Manus Basin from the vent octopodid Vulcanoctopus hydrothermalis known from vents on the East Pacific Rise. Both are herein considered members of the clade currently assigned the name Benthoctopus, although taxonomic implications preclude formally naming Vulcanoctopus as a junior synonym. Morphological investigations led to the conclusion that Benthoctopus macrophallus is a junior synonym of Benthoctopus yaquinae. An amended diagnosis of Benthoctopus is provided with additional information on male reproductive characteristics. Copyright © 2009 · Magnolia Press.

Assessment of reserve effect in a marine protected area: the case study of the Professor Luiz Saldanha Marine Park (Portugal)

Dissertação de mest., Biologia Marinha (Ecologia e Conservação Marinhas), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Estrutura de comunidades de peixes, amostradas por SVSI - sistema de vídeo subaquático iscado, na Costa Sul de Portugal

Desenvolveu-se um Sistema de Vídeo Submerso Iscado (SVSI) viavelmente adaptado para caracterizar comunidades de peixes do substrato rochoso subtidal (forma não-destrutiva e não-invasiva), entre 5 e 50 metros, na costa sul de Portugal (Algarve). Entre Junho e Julho de 2013, amostraram-se 15 pontos na zona Greta (Praia de Faro), divididos em 3 Amostragens (A1, A2, A3) com isco sardinha, mexilhão e sem isco. Captaram-se foto-sequências de intervalo 1 segundo durante 60 minutos e as imagens resultantes processadas qualitativa e quantitativamente para obtenção de resultados. Registaram-se 32 espécies no total. Os tempos de entrada do 1º indivíduo de cada espécie permitiram aferir 30 minutos máximos de filmagem SVSIs para resultados viáveis, enquanto abundâncias por número de indivíduos comprovaram o isco sardinha como mais eficaz e com maior poder atrativo (do que mexilhão). As espécies Coris julis, Diplodus vulgaris, Diplodus cervinus, Diplodus sargus e Serranus cabrilla foram as mais interventivas no estudo, cujo intervalo de tempo entre contagens se adequou em 30 segundos. O estudo de índices de abundâncias e Nmax mostraram não existirem diferenças entre as comunidades ictiológicas de cada tipo de iscagem, contudo existem diferenças dentro da comunidade geral em si do substrato rochoso. A análise alimentar pelo menor tempo de 1ª alimentação indicou Coris julis, Diplodus vulgaris, Serranus cabrilla e Octopus vulgaris como as espécies mais rápidas a morder os iscos. No geral, 69% das espécies preferiram isco sardinha. Comportamentos como a passagem esporádica, territorialidade e interações com a câmara foram as ações dominantes na análise comportamental. Esta técnica e respetiva metodologia foram o primeiro estudo do género nesta região, que de forma simples, se mostrou uma boa ferramenta metodológica para estudos marinhos sobre comunidades, suas preferências alimentares, abundâncias e tempos de reação, aconselhando-se o seu desenvolvimento tecnológico e melhoramento metodológico analítico dos resultados no futuro.

The effect of conservation measures on the spatial and temporal variation of rocky fish assemblages in the Arrábida Marine Park

Marine protected areas (MPAs) have been widely proposed for conservation purposes and as a tool for fisheries management. The Arrábida Marine Park is the first MPA in continental Portugal having a management plan, fully implemented since 2009. The main objective of this study was to evaluate the effect of protection measures on rocky reef fish assemblages and target invertebrates through before-after and control-effect (no-take vs. fished areas) underwater visual surveys and analysis of landings trends. Second, we used surveys before, during and after implementation of the management plan to understand fishers‟ preferences for fishing grounds and adaptation to the new rules, and evaluated the reserve effect through analysis of both ecological responses and fishing effort density. Third, we identified the main oceanographic drivers influencing the structure of reef fish assemblages and predicted the community structure for the last 50 years, in light of climatic change. Overall results suggest positive responses in biomass but not yet in numbers of some commercial species, with no effects on non-target species. The reserve effect is reinforced by the increase in landings of commercial species, despite increased fishing effort density in some areas, especially with octopus traps. Fishing grounds are mainly chosen based on the distribution of target species and associated habitats, but distance to port, weather conditions and safety also influence fishers‟ choices. Moreover, different fisheries respond differently to the protection measures, and within each fishery, individual fishers show distinct strategies, with some operating in a broader area whereas others keep preferred territories. Our results also show that wind stress and temperature are the main oceanographic drivers for rocky reef fish assemblages, with tropicalization of assemblages and polewards movements of species over the last 50 years consistent with temperature trends. We believe this study provides significant lessons for marine conservation and management of coastal systems.

Patologia e parâmetros oculares em doentes com infeção pelo VIH - Avaliação antes e após Terapêutica Antirretrovirica combinada

INTRODUÇÃO: As complicações oculares do VIH/SIDA são comuns e podem afetar qualquer tecido do olho. Na era da terapêutica antirretroviral combinada (TARc), houve uma redução drástica nas infeções oportunistas oculares. O impacto da terapêutica em outras alterações na visão de doentes VIH+ sem retinopatia infecciosa, como alterações na sensibilidade ao contraste (SC), visão cromática (VC) e nos campos visuais, sinal de uma disfunção microvascular retiniana, não está totalmente esclarecido. OBJETIVOS: Determinar os efeitos da TARc em parâmetros e patologia oculares de doentes VIH+ que vão iniciar ou reiniciar TARc MÉTODOS: Foi realizado um estudo observacional, longitudinal, transversal e prospetivo com a inclusão de 31 doentes VIH+ sem infeções oculares oportunistas, que iam iniciar ou reiniciar TARc. Após serem recolhidos alguns dados da história clínica, foi feita uma avaliação oftalmológica completa que incluiu: biomicroscopia do segmento anterior, acuidade visual com a escala de ETDRS, pressão intra-ocular com a tonometria de aplanação de Goldmann, SC com o CSV-1000E, VC com o Farnsworth- Munsell 100 e perimetria com o programa 24-2 do Octopus® 900. Após midríase farmacológica foram realizadas fotografias do segmento posterior, avaliação da espessura da camada de fibras nervosas (CFN) e macular com o OCT Stratus™ e avaliação da densidade do cristalino e do ângulo irido-corneano pelo Pentacam®. Cerca de 9 meses após o início da TARc, foi realizada uma segunda observação oftalmológica usando os mesmos métodos. Procuraram-se associações estatísticas entre vários parâmetros da infeção pelo VIH e a avaliação oftalmológica. RESULTADOS: Na primeira observação, encontraram-se 15 olhos (24%) com complicações anteriores do VIH, 10 olhos (16%) com retinopatia do VIH, 15 (24%) com alterações vasculares retinianas e 6 (10%) com defeitos na CFN; nenhuma destas alterações estava relacionada com o nível de linfócitos CD4+ ou carga viral. A SC, VC e perimetria estavam alteradas em 45%, 68% e 76% dos olhos, respetivamente. Encontrou-se uma correlação positiva entre valores mais elevados de linfócitos T CD4+ e melhor SC, sobretudo nos 6 e 12 ciclos por grau e no valor soma da SC (p<0,01). A avaliação pelo OCT revelou que os doentes com CFN fina tinham tendencialmente infeção mais antiga, níveis mais baixos de linfócitos CD4+ (p<0,05) e pior SC (p<0,05). Foi possível realizar segunda observação em 16 doentes (52%). Após 9 meses de TARc as alterações encontradas na primeira avaliação mantiveram-se, com exceção da retinopatia do VIH que regrediu. As alterações na SC, VC, perimetria e na espessura da CFN mantiveram-se; a densidade do cristalino não se alterou com a reconstituição imunitária após TARc. CONCLUSÕES: Foram detetadas alterações na avaliação oftalmológica de doentes VIH+ sem retinopatia infecciosa e que parecem estar relacionadas com a existência de microvasculopatia e disfunção neurorretiniana associada. A reconstituição imunitária com a TARc não parece levar a uma melhoria desta disfunção apesar da recuperação da imunidade para valores normais.

Bahía de Coishco, Chimbote, Perú: una visión integral de sus recursos vivos y su ambiente. 2001 - 2005

Se ha recorrido la Bahía de Coishco a fin de conocer las actividades artesanal e industrial que se desarrollan en esta área, y se han revisado los informes sobre las actividades y proyectos que ejecuta el Laboratorio Costero de Chimbote como parte del Plan Anual de Trabajo Institucional. Se presenta una descripción de la morfología, topografía y sedimentología de la Bahía de Coishco, así como de las características físicas, químicas y biológicas de sus masas de agua. Se hace una descripción de las fuentes y niveles de contaminación, producto del vertimiento de aguas de diferentes tipo de uso: industrial, pesquero, doméstico; de escorrentía y producto de actividades de las embarcaciones que operan en esta bahía. Se mencionan las especies que sustentan la pesca artesanal e industrial, los instrumentos y áreas de pesca, los bancos naturales de invertebrados marinos, los tonelajes de extracción a nivel artesanal y de procesamiento a nivel industrial por cada una de las fábricas que operan en esta bahía. La bahía de Coishco, con un área aproximada de 11.655 km2 es una bahía abierta, rodeada por las islas Santa y Moñaque; en sus profundidades predominan las isóbatas desde 12 a 16 m y en el centro de la bahía existe alta concentración de materia orgánica. Las masas de agua son generalmente Aguas Costeras Frias, de 15 a 20 ºC; la salinidad cerca de la línea litoral es menor a 35 ups, en cambio en el sur de la balúa las salinidades son en promedio del orden de 35,1ups. El vertimiento de aguas de uso industrial pesquero y doméstico influye en el contenido de oxígeno tanto superficial como de fondo, habiéndose detectado situaciones de anoxia; igualmente se afectan los nutrientes, tal es así que los niveles de fosfatos se incrementan durante la época de intensa actividad pesquera y disminuyen durante la época de veda. Se ha identificado 60 especies de organismos planctónicos, destacando las diatomeas de afloramiento Chaetoceros decipiens, Thalassiosira rotula y Skeletonema costatum. Los peces constituyen la principal fuente de pesca artesanal (82% de las capturas), destacando: "lorna" Sciaena deliciosa, "pejerrey" Odonthestes regia regia, "machete" Etmidium maculatum, "cachema" Cynoscion analis, "cabinza" Isacia conceptionís. La anchoveta es la principal materia prima para la elaboración de harina y aceite de pescado. Entre los invertebrados, destacaron "caracol" Stramoníta chocolata, "almeja" Semele spp., "concha de abanico" Argopecten purpu­ratus, "pulpo" Octopus mimus.

Experiencias en sistema controlado para la obtención de semillas de concha de abanico Argopecten purpuratus (Lamarck, 1819) . Ilo, Moquegua

IMARPE Ilo obtuvo financiamiento del Gobierno Regional de Moquegua en base al proyecto "Mejoramiento de infraestructura e implementació n de laboratorio de investigació n de molusc"os, para construir un laboratorio experimental con el objetivo de desarrollar técnicas de reproducción artificial de moluscos nativos de la Región, para la obtención de semillas principalmente de macha Mesodesma donacium, chanque Concholepas concholepas y pulpo Octopus mimus. Este informe contiene el resultado de las actividades realizadas el 2007,en relación a la aplicación de técnicas de cultivo de microalgas (alimento vivo) y obtención de semillas de concha de abanico.

Bancos naturales entre Punta Herradura y Playa Chica, Huacho. Junio 2002

En junio del 2002 se realizó el estudio de bancos naturales entre Punta Herradura-Playa Chica (11°15’17,6”S a 11°11’10,7”S) dentro de una franja costera de 1mn. Se encontraron aguas costeras frías (ACF), con salinidad entre 35,1 y 34,8 ups y TSM entre 14,8 °C y 15,4 °C; substratos mayormente de arena fina compacta, fondos algosos y duros de roca volcánica. Entre 3,5 y 22 m de profundidad, la fauna bentónica estuvo compuesta por crustáceos: Platyxanthus orbignyi, Romaleon polyodon, Hepatus chiliensis y Pleuroncodes monodon; moluscos: Loligo gahi y Octopus mimus; peces: Odontesthes regia regia y equinodermos.

La Pesca artesanal marina en la Región La Libertad, Perú

En la Región La Libertad se encuentran asentadas 11 comunidades pesqueras artesanales y 21 organizaciones de pescadores artesanales legalmente registradas, con un total de 1191 integrantes además de un número semejante de pescadores artesanales informales. Se reconocieron 9 artes y aparejos de pesca, así como la extracción manual y por buceo. El arte de pesca más utilizado es la red cortina, con tamaños de malla que varían de 4 - 36 cm. El aparejo más utilizado es el espinel de superficie con tamaños de anzuelo desde el número 1 al 5. La flota artesanal está compuesta por 4 tipos de embarcaciones: lancha, bote, chalana y caballito de totora. La capacidad de bodega varía de 0,5 t a 20 t, mientras que los caballitos de totora su capacidad de carga es de 100 k. Se identificaron 31 especies de macroalgas marinas siendo Chondracanthus chamissoi (yuyo) y Gracilariopsis lemanaeformis (pelillo) de importancia económica. En invertebrados marinos se identificaron 69 especies, de las cuales 68 especies son costeras y 1 es oceánica Dosidicus gigas (pota). De las especies costeras, 9 son de importancia comercial: Platyxanthus orbignyi (cangrejo violáceo), Stramonita chocolata (caracol negro), Octopus mimus (pulpo), Argopecten purpuratus (concha de abanico), Semele solida y S.corrugata (almeja), Emerita analoga (muy muy), Pattalus mollis (pepino de mar), Donax sp. (palabritas). Se identificaron 112 especies de peces, 89 de ellas corresponden a peces óseos y 23 a cartilaginosos.

Estudio Línea Base – ELBA Callao, primavera 2011

Estudio Línea Base – ELBA Callao, primavera 2011. Inf Inst Mar Perú. 39(3-4): 149-198.- El ELBA se efectuó en el área delimitada por las islas San Lorenzo y El Frontón y la Península de La Punta, del 21 al 30 de noviembre 2011, para a) caracterizar biológica y oceanográficamente el área de estudio y b) obtener bases técnicas para el ordenamiento pesquero y acuícola. En el área predominaron sedimentos arenosos y grava de origen terrígeno. Presentó características térmicas frías al interior y cálidas al sur, con influencia de aguas costeras. La comunidad fitoplanctónica presentó abundancia de diatomeas. Se identificó zonas con alta biomasa de bentos y con altos valores de stress. Los sólidos suspendidos totales, cadmio y coliformes totales y termotolerantes sobrepasaron los límites de los estándares de calidad acuática en el Perú. Las comunidades de invertebrados más importantes fueron: concha de abanico Argopecten purpuratus, cangrejos Cancer setosus (ahora Romaleon polyodon) y C. porteri, almeja Semele spp., pulpo Octopus mimus y macroalga Macrocystis sp.; el calamar Loligo gahi usa el área para desovar.

Monitoreo de invertebrados marinos en estaciones fijas del Callao, 2008-2012

Se presentan resultados de investigaciones sobre reclutamiento, estructura por tallas y abundancia de Stramonita chocolata, Argopecten purpuratus, Cancer setosus (= Romaleon polyodon) y Glycymeris ovata efectuados en los bancos naturales de Callao durante el 2008-2012, así como del experimento de marcación - recaptura de A. purpuratus en la bahía del Callao el 2011-2012. Con los resultados del monitoreo de invertebrados marinos en estaciones fijas del 2008 al 2012 se establecieron patrones temporales y espaciales del reclutamiento y abundancia que tendrían fuerte impacto en la determinación de medidas alternativas de manejo en la regulación pesquera. Con los resultados de marcación – recaptura de A. purpuratus se determinaron parámetros de crecimiento von Bertalanffy: 100 mm para longitud infinita, 0,891 y 0,931 año-1 para k para los años 2011 y 2012 respectivamente, y -0.04 para t0. También se presentan resultados del monitoreo de Octopus mimus en las islas de la región Lima (Ancón- Asia) los cuales muestran por primera vez índices de abundancia, distribución y aspectos biológicos.

Studies on Some Aspects of Landings,Utilization and Export of Commercially Important Cephalopods

In the present study two aspects of cephalopod fishery such as (i) landings and (ii) utilization including export of cephalopods from Indian are dealt with. Under the topic landings, craft, both traditional and mechanized and fishing techniques employed for capturing cephalopods are discussed. General trend in cephalopod landing in India and particularly south west coast, species composition, description and geographic distribution of important species of cuttle fishes, squids and octopus and the distribution and abundance of cephalopods along the continental shelf of the south west coast are also discussed. Some biological aspects like population parameters, maturation and spawning, food and feeding of the two representive species of cuttle fishes and squid viz, Sepia pharaonis and Loligo duvauceli are studied.Under utilization, general handling and processing of various frozen cephalopods products for exports and commercial operation in a typical plant are studied. The export of cephalopod products since its commencement is studied in detail and market strategy for enhancing the export are suggested.

Development of hybrid UV VCSEL with organic active material and dielectric DBR mirrors for medical, sensoric and data storage applications

Lasers play an important role for medical, sensoric and data storage devices. This thesis is focused on design, technology development, fabrication and characterization of hybrid ultraviolet Vertical-Cavity Surface-Emitting Lasers (UV VCSEL) with organic laser-active material and inorganic distributed Bragg reflectors (DBR). Multilayer structures with different layer thicknesses, refractive indices and absorption coefficients of the inorganic materials were studied using theoretical model calculations. During the simulations the structure parameters such as materials and thicknesses have been varied. This procedure was repeated several times during the design optimization process including also the feedback from technology and characterization. Two types of VCSEL devices were investigated. The first is an index coupled structure consisting of bottom and top DBR dielectric mirrors. In the space in between them is the cavity, which includes active region and defines the spectral gain profile. In this configuration the maximum electrical field is concentrated in the cavity and can destroy the chemical structure of the active material. The second type of laser is a so called complex coupled VCSEL. In this structure the active material is placed not only in the cavity but also in parts of the DBR structure. The simulations show that such a distribution of the active material reduces the required pumping power for reaching lasing threshold. High efficiency is achieved by substituting the dielectric material with high refractive index for the periods closer to the cavity. The inorganic materials for the DBR mirrors have been deposited by Plasma- Enhanced Chemical Vapor Deposition (PECVD) and Dual Ion Beam Sputtering (DIBS) machines. Extended optimizations of the technological processes have been performed. All the processes are carried out in a clean room Class 1 and Class 10000. The optical properties and the thicknesses of the layers are measured in-situ by spectroscopic ellipsometry and spectroscopic reflectometry. The surface roughness is analyzed by atomic force microscopy (AFM) and images of the devices are taken with scanning electron microscope (SEM). The silicon dioxide (SiO2) and silicon nitride (Si3N4) layers deposited by the PECVD machine show defects of the material structure and have higher absorption in the ultra violet range compared to ion beam deposition (IBD). This results in low reflectivity of the DBR mirrors and also reduces the optical properties of the VCSEL devices. However PECVD has the advantage that the stress in the layers can be tuned and compensated, in contrast to IBD at the moment. A sputtering machine Ionsys 1000 produced by Roth&Rau company, is used for the deposition of silicon dioxide (SiO2), silicon nitride (Si3N4), aluminum oxide (Al2O3) and zirconium dioxide (ZrO2). The chamber is equipped with main (sputter) and assisted ion sources. The dielectric materials were optimized by introducing additional oxygen and nitrogen into the chamber. DBR mirrors with different material combinations were deposited. The measured optical properties of the fabricated multilayer structures show an excellent agreement with the results of theoretical model calculations. The layers deposited by puttering show high compressive stress. As an active region a novel organic material with spiro-linked molecules is used. Two different materials have been evaporated by utilizing a dye evaporation machine in the clean room of the department Makromolekulare Chemie und Molekulare Materialien (mmCmm). The Spiro-Octopus-1 organic material has a maximum emission at the wavelength λemission = 395 nm and the Spiro-Pphenal has a maximum emission at the wavelength λemission = 418 nm. Both of them have high refractive index and can be combined with low refractive index materials like silicon dioxide (SiO2). The sputtering method shows excellent optical quality of the deposited materials and high reflection of the multilayer structures. The bottom DBR mirrors for all VCSEL devices were deposited by the DIBS machine, whereas the top DBR mirror deposited either by PECVD or by combination of PECVD and DIBS. The fabricated VCSEL structures were optically pumped by nitrogen laser at wavelength λpumping = 337 nm. The emission was measured by spectrometer. A radiation of the VCSEL structure at wavelength 392 nm and 420 nm is observed.

Anàlisi cronològica de la pesca al Port de Llançà: període 1977-1996

A partir del buidatge exhaustiu dels fulls de subhasta del peix i de les fitxes tècniques de les embarcacions de la Confraria del Port de Llançà, es fa una anàlisi cronològica qualitativa i quantitativa dels darrers vint anys de pesca. La flota, inicialment constituïda per barques d'arrossegament i de pesca artesanal (palangre petit i tresmail), ha anat evolucionant, i ha quedat bàsicament constituïda actualment pel ròssec i el palangre de fons, que ha substituit progressivament la pesca artesanal. Les pesqueries, notablement multiespecífiques els primers anys, van donar pas, bàsicament amb la incorporació del radar, a una pesca molt més selectiva, dominada essencialment per la captura de lluç entre els anys 1980 i 1985. La progressiva incorporació del palangre de fons fa que a partir del 1986 es tendeixi novament cap a una captura més multiespecífica, perd amb canvis qualitatius importants en la composició d'espècies capturades en relació amb els primers anys