Transmission and progression to disease of Mycobacterium tuberculosis phylogenetic lineages in The Netherlands

The aim of this study was to determine if mycobacterial lineages affect infection risk, clustering, and disease progression among Mycobacterium tuberculosis cases in The Netherlands. Multivariate negative binomial regression models adjusted for patient-related factors and stratified by patient ethnicity were used to determine the association between phylogenetic lineages and infectivity (mean number of positive contacts around each patient) and clustering (as defined by number of secondary cases within 2 years after diagnosis of an index case sharing the same fingerprint) indices. An estimate of progression to disease by each risk factor was calculated as a bootstrapped risk ratio of the clustering index by the infectivity index. Compared to the Euro-American reference, Mycobacterium africanum showed significantly lower infectivity and clustering indices in the foreign-born population, while Mycobacterium bovis showed significantly lower infectivity and clustering indices in the native population. Significantly lower infectivity was also observed for the East African Indian lineage in the foreign-born population. Smear positivity was a significant risk factor for increased infectivity and increased clustering. Estimates of progression to disease were significantly associated with age, sputum-smear status, and behavioral risk factors, such as alcohol and intravenous drug abuse, but not with phylogenetic lineages. In conclusion, we found evidence of a bacteriological factor influencing indicators of a strain's transmissibility, namely, a decreased ability to infect and a lower clustering index in ancient phylogenetic lineages compared to their modern counterparts. Confirmation of these findings via follow-up studies using tuberculin skin test conversion data should have important implications on M. tuberculosis control efforts.

Vitamina D y homeostasis del calcio extra e intracelular

La vitamina D es uno de los principales reguladores de la homeostasis del calcio extracelular. El intestino es un importante "blanco" de acción de la vitamina desencadenándose allí un aumento de la absorción del catión que permite mantener la calcemia en los valores adecuados. El presente proyecto esta dirigido a conocer el papel del glutatión intestinal y de las oxidorreductasas del ciclo de Krebs durante ese proceso de incremento del transporte de calcio estimulado por la vitamina D. Para ello se estudiarán la absorción intestinal de Ca, la captación de Ca en vesículas de membrana basolateral del enterocito y actividades de enzimas relacionadas a la homeostasis del Ca (Ca-ATPasa, fostotasa alcalina) en animales raquíticos y tratados con vitamina D. Se usará DL-butionina-S, R-sulfoximina para disminuir el contenido intestinal de glutatión. Se emplearán metabolitos derivados de la vitamina D "in vivo" e "in vitro" e inhibidores de mecanismos de señales hormonales para dilucidar las vías usadas por la vitamina D para incrementar las actividades de la oxidoreductasas ligadas a NAD del ciclo de Krebs. La relación de la vitamina D con la homeostasis intracelular de CA se estudiará en el sistema visual del pollo desde retina (target de vitamina D) a corteza visual. Para ello se determinará la distribución de proteínas involucradas en el manejo del Ca intracelular (Ca-ATPasa de membrana plasmática, calbindina D28k y receptor de vitamina D o VDR) como los niveles de ARNm de las mismas en los diferentes niveles de organización del sistema visual.

Polimorfismo del general del receptor de vitamina D y densidad mineral ósea en mujeres porstmenopáusicas sanas u osteoporóticas de la Ciudad de Córdoba

La osteoporosis es considerada en la actualidad como uno de los problemas de salud humana más preocupantes en varias partes del mundo. El incremento de las expectativas de la vida promedio de los individuos tiende a incrementar el número de casos, lo cual hace que el problema pueda ser mayor en el futuro. Esta enfermedad compleja, relacionada con la edad, se caracteriza por una disminución de la densidad mineral ósea (conocida con la sigla inglesa BMD que significa bone mineral density), rigidez muscular, inestabilidad postural y alteraciones que conducen a fracturas o riesgo de fracturas. Una BMD baja parecería ser el principal factor de riesgo para el desarrollo de la osteoporosis y fracturas relacionadas. La enfermedad se confirma cuando el valor de BMD se encuentra 2,5 desviaciones estándar por debajo de la BMD correspondiente a individuos normales jóvenes. La densidad mineral ósea promedio es mayor en el hombre que en la mujer; se incrementa durante la adolescencia, se mantiene constante en la adultez. (...) (...) En la osteoporosis, el metabolismo del calcio también está alterado, de allí que el gen de VDR es considerado como uno de los factores a tener en cuenta en el desarrollo de esta enfermedad. El gen del VDR humano está localizado en el cromosoma 12, está constituido por 11 exones dispuestos en 75 Kb de ADN que da origen a un transcripto ARNm de aproximadamente 4800 nucleótidos que codifican por una proteína de 427 aa. El exón 9 es el más grande y contiene una larga región 3´ no traducida que produce un importante polimorfismo de secuencias en la región no codificante. Objetivos específicos: 1. Establecer la correlación entre el genotipo del receptor de vitamina D y la densidad mineral ósea en mujeres postmenopáusicas sanas y osteoporóticas en una muestra de población de la ciudad de Córdoba. 2. Analizar las frecuencias genotípicas del gen del receptor de vitamina D para Bsm-1 en mujeres sanas y osteoporóticas en relación a la edad y a los años después de la menopausia. 3. Determinar la relación entre marcadores óseos bioquímicos, el status de vitamina D y el genotipo Bsm-1. 4. Interpretar la utilidad del estudio del genotipo del receptor de vitamina D en el diagnóstico y pronóstico del desarrollo de la osteoporosis en la población femenina de la ciudad de Córdoba.

Mecanismos apoptóticos desencadenados por vitamina D y drogas que deplecionan glutatión en células de cáncer de mama. Apoptotic mechanisms triggered by vitamin D and glutathione depleting drugs in breast cancer cells.

El cáncer de mama es una de las neoplasias más frecuentes de nuestro medio. El calcitriol y sus análogos son una alternativa nueva al uso convencional de antiestrógenos como quimioterapia. Sin embargo, los efectos hipercalcemiantes, secundarios a su aplicación, constituyen una limitación para su uso. Este proyecto está orientado al conocimiento de las bases moleculares antiproliferativas del uso del calcitriol en forma conjunta con drogas que deplecionan glutatión (GSH) tales como menadiona (MEN) y DL-butionina-S,R-sulfoximina (BSO). La hipótesis que se sostiene es que MEN y BSO, al disminuir el contenido de GSH, generan estrés oxidativo el cual puede potenciar el efecto antineoplásico del calcitriol, permitiendo lograr un mayor efecto antiproliferativo con dosis menores del secoesteroide, evitándose los efectos hipercalcemiantes. El objetivo general de este proyecto es dilucidar los mecanismos moleculares de apoptosis desencadenados por calcitriol (D) y/o drogas que deplecionan GSH (MEN o BSO) sobre las células de cáncer de mama MCF-7 en cultivo. Para ello, se tratarán células MCF-7 con concentraciones variables de D (en ausencia y presencia de MEN ó BSO) a diferentes tiempos. Se medirá proliferación celular mediante las técnicas de incorpororación de bromodeoxiuridina y de violeta de cristal. Se analizará el ciclo celular por medio de técnicas de citometría de flujo. Se determinará la participación tanto de la vía intrínseca como de la vía extrínseca de apoptosis. El contenido de GSH y la medición de las actividades del sistema antioxidante se llevará a cabo con técnicas espectrofotométricas. La expresión proteica de diversas caspasas se analizará por Western blots y la expresión génica por transcriptasa reversa-reacción en cadena de la polimerasa. Además, se desarrollarán artificialmente tumores de mama en ratas y se aplicará el tratamiento combinado midiéndose el efecto antitumoral mediante análisis histológicos. Se espera que el tratamiento combinado inhiba la proliferación de las células MCF-7, a través de incremento en la producción de especies reactivas derivadas del oxígeno involucrando la participación de las principales vías apoptóticas, extrínseca e intrínseca. En consecuencia, habría desrregulación de la función mitocondrial. Las defensas antioxidantes podrían estar alteradas. De ocurrir así, el tamaño de los tumores de mama desarrollados experimentalmente y tratados con el tratamiento combinado, estaría disminuido. La importancia de este estudio consiste en la exploración de una nueva estrategia terapéutica para el tratamiento de cáncer de mama.

Analizando los patrones de distribución espacial de la herpetofauna del Chaco de Córdoba desde diferentes escalas jerárquicas.

El hombre, como agente modelador del paisaje, tiene una marcada injerencia en la modificación de los ambientes con la consiguiente alteración de los patrones de distribución de muchas especies de la fauna silvestre. La herpetofauna es un grupo que viene sufriendo fuerte presión por la alteración o desaparición de sus ambientes, estando muchas de sus especies al borde de la desaparición sin que todavía se tenga un acabado conocimiento sobre su biología. Para abordar un estudio que tenga en cuenta esta problemática, es preciso enfocarlo atendiendo diferentes escalas: a nivel regional, teniendo en cuenta principalmente variaciones ambientales naturales definidas por la geografía del lugar, a una escala de paisaje, donde la distribución, dimensiones y fragmentación de los ambientes naturales son atributos claves que se relacionan con la diversidad y riqueza de los ensambles de anfibios y reptiles, y por ultimo a escala de hábitat, dado que variaciones en la estructura del hábitat (vegetación, refugio, disponibilidad de alimento) puede provocar cambios sustanciales que definen la presencia o no de una especie particular en ese hábitat. En este proyecto se propone evaluar los factores ambientales y antropicos que operan a distintas escalas en la distribucion y diversidad de la herpetofauna de la región chaqueña en la provincia de Córdoba, dado que a pesar de ser el ecosistema con mayor biodiversidad de anfibios y reptiles, presenta una fuerte tasa de cambio y fisonomía de sus ambientes naturales. Las actividades previstas incluyen estimar distribucion potencial de los anfibios y reptiles presentes en la region chaqueña de la provincia de Córdoba, identificar las variables ambientales y topograficas regionales que mejor la explican la distribución potencial de cada especie, identificar áreas de conservación prioritaria para la herpetofauna de la región chaqueña en la provincia de Córdoba, a partir de la distribución de las especies, evaluar que componentes del paisaje afectan a la diversidad de los ensambles y ocurrencia de especies de anfibios y reptiles e identificar variables locales que se encuentren asociadas al uso de hábitat por especies clave correspondientes a distintos grupos funcionales. Para el cumplimiento de estas actividades se planean actividades de campo (algunas ya estan en marcha,como parte de una tesis doctoral) y análisis con imágenes satelitales de registros de presencia de especies. Al finalizar este proyecto se espera definir las áreas de conservacion prioritaria para la fauna de anfibios y reptiles en Cordoba, teniendo en cuenta la riqueza especifica y la representación de especies endémicas en esas áreas. Ademas.la realizacion de este proyecto permitira definir en que medida y a que escala distintas variables del paisaje y del ambiente influyen en la riqueza y diversidad de la fauna de anfibios y reptiles de la provincia.

APOPTOSIS PRODUCIDA POR SALES BILIARES EN EL EPITELIO INTESTINAL. IMPLICANCIAS EN LA ABSORCIÓN INTESTINAL DE CALCIO

En altas concentraciones, el deoxicolato de sodio (DXCS, sal biliar) produce daño hepático durante la colestasis y actúa como promotor de cáncer de colon en animales de experimentación. El estrés oxidativo que el DXCS desencadena produce alteraciones mitocondriales y del retículo endoplásmico, las cuales pueden llevar a la apoptosis. Las dietas occidentales, ricas en grasas y pobres en fibras, y el incremento de las expectativas de vida hacen que el DXCS circule mayor número de veces por el circuito enterohepático aumentando, en consecuencia, sus efectos citotóxicos. Dado que el intestino constituye la única puerta de entrada de calcio al organismo y que la absorción intestinal del catión es sensible al estrés oxidativo nos planteamos como HIPÓTESIS que el DXCS, en concentraciones fisiológicas altas, podría alterar la absorción intestinal de Ca2+, quizás por desencadenamiento de estrés oxidativo que estimularía los procesos apoptóticos de las células epiteliales, resultando en una disminución de la capacidad de transporte del catión. Para demostrar esta hipótesis, se plantearon los siguientes objetivos. OBJETIVO GENERAL: Conocer los mecanismos moleculares que pueden desencadenar altas concentraciones de DXCS en el duodeno y sus implicancias sobre la absorción intestinal de calcio. OBJETIVOS ESPECÍFICOS: 1) Analizar la histología del intestino en presencia y ausencia de altas concentraciones de DXCS.2) Determinar el efecto del DXCS sobre la absorción intestinal de calcio en función del tiempo de exposición y la dosis. 3) Evaluar el efecto del DXCS sobre la expresión de genes relacionados con la absorción intestinal de calcio. 4) Analizar la expresión de proteínas que participan en la absorción intestinal de calcio tales como Ca2+-ATPasa, intercambiador Na+/Ca2+ y CB28k. 5) Estudiar el efecto del DXCS sobre el sistema redox intestinal, a través de la cuantificación del contenido de glutatión y carbonilos, de la medición de radicales libres hidroxilo y de las actividades de las enzimas del sistema antioxidante.6) Determinar la localización subcelular y la expresión de moléculas proapoptóticas de la vía intrínseca (Bax, citocromo c) y la fragmentación del ADN como indicadores de apoptosis en enterocitos expuestos a altas concentraciones de DXCS. 7) Analizar la expresión de moléculas proapoptóticas de la vía extrínseca (Fas, FasL, etc) en enterocitos tratados con DXCS.8) Interpretar los posibles mecanismos moleculares desencadenados por el DXCS que podrían afectar el proceso global de la absorción intestinal de calcio. Metodología: Se utilizarán pollos Cobb, los cuales serán alimentados con una dieta comercial. Al cabo de cuatro semanas de edad, se dividirán en dos grupos: a) controles y b) tratados con DXCS en el lumen intestinal a diferentes tiempos y concentraciones (1-100 mM). En ellos se medirá la absorción intestinal de calcio mediante la técnica del asa intestinal ligada in situ utilizando 45Ca2+ como trazador .Se medirá la expresión de genes y proteínas que participan en la vía transcelular de calcio por RT-PCR y Western blot, respectivamente. Se estudiarán variables asociadas al estres oxidativo tales como grupos carbonilos, radicales libres hidroxilos, niveles de glutatión y se medirá la actividad de enzimas del sistema antioxidante. Se evaluarán moléculas de las vías apoptóticas extrínseca e intrínseca. Para el análisis de los datos se utilizará ANOVA seguido del test de Bonferroni en la mayoría de los estudios. El estudio de la absorción intestinal de calcio bajo la influencia del DXCS, sal biliar no conjugada que está en gran proporción en el líquido fecal, arrojará información no sólo sobre los factores moleculares que influyen sobre la absorción intestinal del Ca2+ sino también puede brindar elementos que orienten hacia el conocimiento de la etiopatogenia de enfermedades que transcurren con alteraciones en la absorción del catión como es el caso de la osteoporosis o de otras patologías óseas.

Exploration du nord-ouest du Spitsberg entreprise sous les auspices de S.A.S. le prince de Monaco par la Mission Isachsen.

fasc.44 [Exploration pt.5] (1913-1914)

Mapping of the healthy immunoglobulin repertoire over the course of B cell maturation by deep pyrosequencing

Healthy immunoglobulin repertoire has not been extensively evaluated reflecting in part the challenge of generating sufficiently robust data sets by conventional clonal sequencing. Deep sequencing has revolutionized the capacity to evaluate the depth and breadth of the Ig repertoire along the B cell developmental pathway, and can be used to pin point defect(s) of primary or acquired B-cell associated diseases. In this study healthy IgM and IgG repertoires were studied by 454-pyrosequencing to establish the healthy controls for diseased repertoires. (...)

Limb-girdle Muscular Dystrophy Type 2A Can Result from Accelerated Autoproteolytic Inactivation of Calpain 3.

Loss-of-function mutations in calpain 3 have been shown to cause limb-girdle muscular dystrophy type 2A (LGMD2A), an autosomal recessive disorder that results in gradual wasting of the muscles of the hip and shoulder areas. Due to the inherent instability of calpain 3, recombinant expression of the full-length enzyme has not been possible, making in vitro analysis of specific LGMD2A-causing mutations difficult. However, because calpain 3 is highly similar in amino acid sequence to calpain 2, the recently solved crystal structure of full-length, Ca2+-bound, calpastatin-inhibited rat calpain 2 has allowed us to model calpain 3 as a Ca2+-bound homodimer. The model revealed three distinct areas of the enzyme that undergo a large conformational change upon Ca2+-binding. Located in these areas are several residues that undergo mutation to cause LGMD2A. We investigated the in vitro effects of six of these mutations by making the corresponding mutations in rat calpain 2. All six mutations examined in this study resulted in a decrease in enzyme activity. All but one of the mutations caused an increased rate of autoproteolytic degradation of the enzyme as witnessed by SDS-PAGE, indicating the decrease in enzyme activity is caused, at least in part, by an increase in the rate of autoproteolytic degradation. The putative in vivo effects of these mutations on calpain 3 activity are discussed with respect to their ability to cause LGMD2A.

IS6110 restriction fragment length polymorphism of Mycobacterium tuberculosis isolated from patients with pulmonary tuberculosis in Campinas, Brazil: evidence of intercontinental distribution of strains

Tuberculosis (TB) is a major concern in developing countries. In Brazil, few genotyping studies have been conducted to verify the number of IS6110 copies present in local prevalent strains of Mycobacterium tuberculosis, the distribution and clustering of strains. IS6110 DNA fingerprinting was performed on a sample of M. tuberculosis isolates from patients with AFB smear-positive pulmonary TB, at a hospital in Brazil. The IS6110 profiles were analyzed and compared to a M. tuberculosis database of the Houston Tuberculosis Initiative, Houston, US. Seventy-six fingerprints were obtained from 98 patients. All M. tuberculosis strains had an IS6110 copy number between 5-21 allowing for differentiation of the isolates. Human immunodeficiency virus infection was confirmed in nearly half the patients of whom data was available. Fifty-eight strains had unique patterns, while 17 strains were grouped in 7 clusters (2 to 6 strains). When compared to the HTI database, 6 strains matched isolates from El Paso, Ciudad de Juarez, Houston, and New York. Recently acquired infections were documented in 19% of cases. The community transmission of infection is intense, since some clustered strains were recovered during the four-year study period. The intercontinental dissemination of M. tuberculosis strains is suspected by demonstration of identical fingerprints in a distant country.

Marked hemiatrophy in carriers of Duchenne muscular dystrophy.

OBJECTIVE: To describe the clinical and molecular genetic findings in 2 carriers of Duchenne muscular dystrophy (DMD) who exhibited marked hemiatrophy. Duchenne muscular dystrophy is an X-linked disorder in which affected male patients harbor mutations in the dystrophin gene. Female patients with heterozygous mutations may be manifesting carriers. DESIGN: Case study. SETTING: Neurology clinic. PATIENTS: Two manifesting carriers of DMD. INTERVENTIONS: Clinical and radiologic examinations along with histologic and molecular investigations. RESULTS: Both patients had marked right-sided hemiatrophy on examination with radiologic evidence of muscle atrophy and fatty replacement on the affected side. In each case, histologic analysis revealed a reduction in dystrophin staining on the right side. Genetic analysis of the dystrophin gene revealed a tandem exonic duplication in patient 1 and a multiexonic deletion in patient 2 with no further point mutations identified on the other chromosome. CONCLUSIONS: Marked hemiatrophy can occur in DMD manifesting carriers. This is likely to result from a combination of skewed X-inactivation and somatic mosaicism.

Outbreak of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae: two-year epidemiologic follow-up in a tertiary hospital

This study describes a carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) outbreak that occurred from October 2008-December 2010. Polymerase chain reaction assays were performed to detect the blaKPC gene and molecular typing was performed using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). There were 33 CRKP infections; PFGE revealed five genotypes: genotype A in five (15%), B in 18 (55%), C in eight (24%) and two unique profiles. Genotype B was disseminated in all hospital units and belonged to the same clone identified in 11 different hospitals in the state of São Paulo. Sixteen (48%) patients died. Seven isolates (21%) were resistant to polymyxin B and 45% were resistant to tigecycline and amikacin.

Complete genome of the multidrug-resistant Acinetobacter baumannii strain KBN10P02143 isolated from Korea

Acinetobacter baumannii, a strictly aerobic, non-fermentative, Gram-negative coccobacillary rod-shaped bacterium, is an opportunistic pathogen in humans. We recently isolated a multidrug-resistant A. baumannii strain KBN10P02143 from the pus sample drawn from a surgical patient in South Korea. We report the complete genome of this strain, which consists of 4,139,396 bp (G + C content, 39.08%) with 3,868 protein-coding genes, 73 tRNAs and six rRNA operons. Identification of the genes related to multidrug resistance from this genome and the discovery of a novel conjugative plasmid will increase our understanding of the pathogenicity associated with this species.

A Nested Case-Control Study of Metabolically Defined Body Size Phenotypes and Risk of Colorectal Cancer in the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC).

BACKGROUND Obesity is positively associated with colorectal cancer. Recently, body size subtypes categorised by the prevalence of hyperinsulinaemia have been defined, and metabolically healthy overweight/obese individuals (without hyperinsulinaemia) have been suggested to be at lower risk of cardiovascular disease than their metabolically unhealthy (hyperinsulinaemic) overweight/obese counterparts. Whether similarly variable relationships exist for metabolically defined body size phenotypes and colorectal cancer risk is unknown. METHODS AND FINDINGS The association of metabolically defined body size phenotypes with colorectal cancer was investigated in a case-control study nested within the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC) study. Metabolic health/body size phenotypes were defined according to hyperinsulinaemia status using serum concentrations of C-peptide, a marker of insulin secretion. A total of 737 incident colorectal cancer cases and 737 matched controls were divided into tertiles based on the distribution of C-peptide concentration amongst the control population, and participants were classified as metabolically healthy if below the first tertile of C-peptide and metabolically unhealthy if above the first tertile. These metabolic health definitions were then combined with body mass index (BMI) measurements to create four metabolic health/body size phenotype categories: (1) metabolically healthy/normal weight (BMI < 25 kg/m2), (2) metabolically healthy/overweight (BMI ≥ 25 kg/m2), (3) metabolically unhealthy/normal weight (BMI < 25 kg/m2), and (4) metabolically unhealthy/overweight (BMI ≥ 25 kg/m2). Additionally, in separate models, waist circumference measurements (using the International Diabetes Federation cut-points [≥80 cm for women and ≥94 cm for men]) were used (instead of BMI) to create the four metabolic health/body size phenotype categories. Statistical tests used in the analysis were all two-sided, and a p-value of <0.05 was considered statistically significant. In multivariable-adjusted conditional logistic regression models with BMI used to define adiposity, compared with metabolically healthy/normal weight individuals, we observed a higher colorectal cancer risk among metabolically unhealthy/normal weight (odds ratio [OR] = 1.59, 95% CI 1.10-2.28) and metabolically unhealthy/overweight (OR = 1.40, 95% CI 1.01-1.94) participants, but not among metabolically healthy/overweight individuals (OR = 0.96, 95% CI 0.65-1.42). Among the overweight individuals, lower colorectal cancer risk was observed for metabolically healthy/overweight individuals compared with metabolically unhealthy/overweight individuals (OR = 0.69, 95% CI 0.49-0.96). These associations were generally consistent when waist circumference was used as the measure of adiposity. To our knowledge, there is no universally accepted clinical definition for using C-peptide level as an indication of hyperinsulinaemia. Therefore, a possible limitation of our analysis was that the classification of individuals as being hyperinsulinaemic-based on their C-peptide level-was arbitrary. However, when we used quartiles or the median of C-peptide, instead of tertiles, as the cut-point of hyperinsulinaemia, a similar pattern of associations was observed. CONCLUSIONS These results support the idea that individuals with the metabolically healthy/overweight phenotype (with normal insulin levels) are at lower colorectal cancer risk than those with hyperinsulinaemia. The combination of anthropometric measures with metabolic parameters, such as C-peptide, may be useful for defining strata of the population at greater risk of colorectal cancer.