Positional bias of general and tissue-specific regulatory motifs in mouse gene promoters

Background: The arrangement of regulatory motifs in gene promoters, or promoterarchitecture, is the result of mutation and selection processes that have operated over manymillions of years. In mammals, tissue-specific transcriptional regulation is related to the presence ofspecific protein-interacting DNA motifs in gene promoters. However, little is known about therelative location and spacing of these motifs. To fill this gap, we have performed a systematic searchfor motifs that show significant bias at specific promoter locations in a large collection ofhousekeeping and tissue-specific genes.Results: We observe that promoters driving housekeeping gene expression are enriched inparticular motifs with strong positional bias, such as YY1, which are of little relevance in promotersdriving tissue-specific expression. We also identify a large number of motifs that show positionalbias in genes expressed in a highly tissue-specific manner. They include well-known tissue-specificmotifs, such as HNF1 and HNF4 motifs in liver, kidney and small intestine, or RFX motifs in testis,as well as many potentially novel regulatory motifs. Based on this analysis, we provide predictionsfor 559 tissue-specific motifs in mouse gene promoters.Conclusion: The study shows that motif positional bias is an important feature of mammalianproximal promoters and that it affects both general and tissue-specific motifs. Motif positionalconstraints define very distinct promoter architectures depending on breadth of expression andtype of tissue.

Dinâmica do perfilhamento em capim-elefante sob influência da altura do resíduo pós-pastejo

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de duas alturas do resíduo pós-pastejo (50 e 100 cm) sobre a dinâmica do perfilhamento, a massa de matéria seca por perfilho e o acúmulo de matéria seca de forragem de perfilhos basais e aéreos, em pastagens de capim-elefante. Foi utilizado o delineamento de blocos ao acaso, em arranjo de parcelas subdivididas, com quatro repetições. As densidades populacionais, os porcentuais de mortalidade e natalidade de perfilhos, a massa de matéria seca por perfilho e as taxas de acúmulo de matéria seca dos perfilhos basais e aéreos não foram influenciados pela altura do resíduo. Perfilhos aéreos e basais apresentaram aumento de 47% e redução de 16% nas densidades populacionais, entre a primavera e o verão, respectivamente. Perfilhos com folhas representaram 92% dos perfilhos aéreos e 52% dos basais. Os porcentuais de natalidade de perfilhos foram os principais determinantes das oscilações nas densidades populacionais de perfilhos. O acúmulo de matéria seca de forragem foi maior para perfilhos basais, durante a primavera, e para os perfilhos aéreos, durante o verão.

Classes de perfilhos na composição do índice de área foliar em pastos de capim-elefante

O trabalho foi conduzido de outubro de 2002 a abril de 2003, em Coronel Pacheco, MG, com o objetivo de avaliar os efeitos da altura do resíduo pós-pastejo (50 e 100 cm) sobre a radiação fotossinteticamente ativa (RFA) interceptada pelo dossel e o coeficiente de extinção luminosa; a contribuição relativa de classes de perfilhos (basais e aéreos) sobre o índice de área foliar (IAF) e o acúmulo de forragem (AF), em pastos de capim-elefante (Pennisetum purpureum Schum.) cv. Napier manejados com intervalos de 30 dias entre pastejos. Foi usado o delineamento blocos completos ao acaso e um arranjo de parcelas subdivididas com quatro repetições, com alturas de resíduo alocadas nas parcelas e as classes de perfilhos nas subparcelas. O IAF, a interceptação da RFA e o coeficiente de extinção luminosa foram influenciados pela altura do resíduo pós-pastejo. As interceptações da RFA foram maiores no verão do que na primavera, em pastos manejados com resíduo de 100 cm. As variações do IAF e da interceptação da RFA não estiveram associados, durante todos os ciclos de pastejo. O IAF e o AF apresentaram variações sazonais, relacionadas à participação de perfilhos basais e aéreos, na população de perfilhos do pasto.

Morfofisiologia e valor nutritivo do capim-braquiária sob sombreamento natural e a sol pleno

O objetivo deste trabalho foi avaliar características morfofisiológicas e o valor nutritivo da Brachiaria decumbens, nas épocas chuvosas de 2003 e 2004, em um sistema silvipastoril, com faixas de 30 m de largura com essa gramínea, alternadas com faixas de 10 m com árvores de Acacia mangium, A. angustissima, Mimosa artemisiana, Leucaena leucocephala x L. diversifolia, Eucalyptus grandis. Foi adotado o delineamento de blocos ao acaso, em parcelas subsubdivididas (características morfofisiológicas) ou parcelas subdivididas (características do valor nutritivo), com quatro repetições. Em 2003, o sombreamento foi de 65% da radiação incidente fora do bosque e, em 2004, de 35%, depois da retirada de árvores de eucalipto. Sob sombreamento, a densidade de perfilhos, o índice de área foliar e a massa de forragem foram maiores no segundo ano. Os teores médios de fibra em detergente neutro (FDN) foram maiores a pleno sol que sob sombreamento, enquanto os valores médios de proteína bruta (PB) e a digestibilidade in vitro da matéria seca foram maiores à sombra. O sombreamento moderado aumenta os teores de PB, reduz os teores de FDN e incrementa a digestibilidade da forragem de gramíneas que crescem sob a copa das árvores.

Crescimento de capim-braquiária influenciado pelo grau de sombreamento e pela estação do ano

O objetivo deste trabalho foi avaliar, nas diferentes estações do ano, as características morfogênicas e estruturais e a produção de matéria seca de Brachiaria decumbens Stapf., cultivada em três graus de sombreamento: área de pastagem exclusivamente com B. decumbens, área próxima ao bosque e área com bosque de Eucalyptus grandis consorciado com leguminosas arbóreas (0, 18 e 50% de sombreamento, respectivamente). O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso, com arranjo em parcelas subdivididas no tempo, com quatro repetições. O sombreamento induziu à elevação das taxas de alongamento de folhas e colmos. A taxa de aparecimento de folhas e o número de folhas vivas por perfilho não foram influenciados pelos graus de sombreamento. Em geral, no inverno houve redução nos valores das variáveis morfogenéticas e estruturais do dossel, assim como das taxas de produção de forragem, independentemente do sombreamento. A braquiária apresenta plasticidade fenotípica, em resposta às variações climáticas sazonais e aos níveis de sombreamento ambiental, o que confere a essa espécie elevado potencial para uso em sistemas silvipastoris.

Interferon-gamma is a critical modulator of CB(2) cannabinoid receptor signaling during neuropathic pain

Nerve injuries often lead to neuropathic pain syndrome. The mechanisms contributing to this syndrome involve local inflammatory responses, activation of glia cells, and changes in the plasticity of neuronal nociceptive pathways. Cannabinoid CB(2) receptors contribute to the local containment of neuropathic pain by modulating glial activation in response to nerve injury. Thus, neuropathic pain spreads in mice lacking CB(2) receptors beyond the site of nerve injury. To further investigate the mechanisms leading to the enhanced manifestation of neuropathic pain, we have established expression profiles of spinal cord tissues from wild-type and CB(2)-deficient mice after nerve injury. An enhanced interferon-gamma (IFN-gamma) response was revealed in the absence of CB(2) signaling. Immunofluorescence stainings demonstrated an IFN-gamma production by astrocytes and neurons ispilateral to the nerve injury in wild-type animals. In contrast, CB(2)-deficient mice showed neuronal and astrocytic IFN-gamma immunoreactivity also in the contralateral region, thus matching the pattern of nociceptive hypersensitivity in these animals. Experiments in BV-2 microglia cells revealed that transcriptional changes induced by IFN-gamma in two key elements for neuropathic pain development, iNOS (inducible nitric oxide synthase) and CCR2, are modulated by CB(2) receptor signaling. The most direct support for a functional involvement of IFN-gamma as a mediator of CB(2) signaling was obtained with a double knock-out mouse strain deficient in CB(2) receptors and IFN-gamma. These animals no longer show the enhanced manifestations of neuropathic pain observed in CB(2) knock-outs. These data clearly demonstrate that the CB(2) receptor-mediated control of neuropathic pain is IFN-gamma dependent.

Long-term antiretroviral treatment initiated at primary HIV-1 infection affects the size, composition, and decay kinetics of the reservoir of HIV-1-infected CD4 T cells.

Initiation of antiretroviral therapy during the earliest stages of HIV-1 infection may limit the seeding of a long-lasting viral reservoir, but long-term effects of early antiretroviral treatment initiation remain unknown. Here, we analyzed immunological and virological characteristics of nine patients who started antiretroviral therapy at primary HIV-1 infection and remained on suppressive treatment for >10 years; patients with similar treatment duration but initiation of suppressive therapy during chronic HIV-1 infection served as controls. We observed that independently of the timing of treatment initiation, HIV-1 DNA in CD4 T cells decayed primarily during the initial 3 to 4 years of treatment. However, in patients who started antiretroviral therapy in early infection, this decay occurred faster and was more pronounced, leading to substantially lower levels of cell-associated HIV-1 DNA after long-term treatment. Despite this smaller size, the viral CD4 T cell reservoir in persons with early treatment initiation consisted more dominantly of the long-lasting central-memory and T memory stem cells. HIV-1-specific T cell responses remained continuously detectable during antiretroviral therapy, independently of the timing of treatment initiation. Together, these data suggest that early HIV-1 treatment initiation, even when continued for >10 years, is unlikely to lead to viral eradication, but the presence of low viral reservoirs and durable HIV-1 T cell responses may make such patients good candidates for future interventional studies aiming at HIV-1 eradication and cure. IMPORTANCE: Antiretroviral therapy can effectively suppress HIV-1 replication to undetectable levels; however, HIV-1 can persist despite treatment, and viral replication rapidly rebounds when treatment is discontinued. This is mainly due to the presence of latently infected CD4 T cells, which are not susceptible to antiretroviral drugs. Starting treatment in the earliest stages of HIV-1 infection can limit the number of these latently infected cells, raising the possibility that these viral reservoirs are naturally eliminated if suppressive antiretroviral treatment is continued for extremely long periods of time. Here, we analyzed nine patients who started on antiretroviral therapy within the earliest weeks of the disease and continued treatment for more than 10 years. Our data show that early treatment accelerated the decay of infected CD4 T cells and led to very low residual levels of detectable HIV-1 after long-term therapy, levels that were otherwise detectable in patients who are able to maintain a spontaneous, drug-free control of HIV-1 replication. Thus, long-term antiretroviral treatment started during early infection cannot eliminate HIV-1, but the reduced reservoirs of HIV-1 infected cells in such patients may increase their chances to respond to clinical interventions aiming at inducing a drug-free remission of HIV-1 infection.

Influence of HLA-C expression level on HIV control.

A variant upstream of human leukocyte antigen C (HLA-C) shows the most significant genome-wide effect on HIV control in European Americans and is also associated with the level of HLA-C expression. We characterized the differential cell surface expression levels of all common HLA-C allotypes and tested directly for effects of HLA-C expression on outcomes of HIV infection in 5243 individuals. Increasing HLA-C expression was associated with protection against multiple outcomes independently of individual HLA allelic effects in both African and European Americans, regardless of their distinct HLA-C frequencies and linkage relationships with HLA-B and HLA-A. Higher HLA-C expression was correlated with increased likelihood of cytotoxic T lymphocyte responses and frequency of viral escape mutation. In contrast, high HLA-C expression had a deleterious effect in Crohn's disease, suggesting a broader influence of HLA expression levels in human disease.

Efeito do míldio na concentração de sólidos solúveis totais em frutos do meloeiro

O míldio causado por Pseudoperonospora cubensis se constitui em uma das mais importantes doenças do meloeiro (Cucumis melo) no Nordeste brasileiro, região que concentra mais de 80% da produção nacional de melão. Epidemias de míldio são referidas, constantemente, causando severas perdas na produção de frutos. O efeito da doença no teor de sólidos solúveis totais (SST), importante fator de aferição qualitativa do fruto, foi determinado em meloeiro do tipo amarelo inodoro sob condições naturais. Intensidades variáveis da doença foram obtidas, variando-se o período de cultivo e a aplicação de fungicidas recomendados para o controle (tiofanato metílico + chlorotalonil, metalaxyl + mancozeb e oxicloreto de cobre). Os resultados revelaram que o aumento da severidade da doença resulta numa acentuada redução no teor de SST, proporcionando decréscimos de até 49%. Entre os parâmetros usados para se estimar os efeitos relacionados à doença, a área abaixo da curva de progresso da doença foi o mais eficiente, principalmente quando a pressão da doença aumentou.

Influência da icterícia obstrutiva na cicatrização da pele e de anastomose jejunal em ratos

A cicatrização da pele e do intestino podem ser influenciadas pela elevação da bilirrubina. Com o objetivo de avaliar o possível efeito da icterícia obstrutiva sobre a sutura da pele e de anastomose jejunal, foram estudados 32 ratos, divididos em quatro grupos (n=8) e acompanhados em períodos pós-operatórios de sete e 14 dias. Todos os animais foram submetidos a laparotomia e anastomose jejunal. Os grupos 1 e 2 serviram como controle dos grupos 3 e 4, os quais foram submetidos a ligadura do ducto biliopancreático. Os animais dos grupos 1 e 2 mantiveram o mesmo peso corporal durante todo o período de acompanhamento, enquanto os ictéricos apresentaram uma queda ponderal significativa após sete dias (p<0,05). Não houve diferença na resistência da sutura de pele entre os ratos ictéricos e não-ictéricos. Após duas semanas, a icterícia reduziu a resistência anastomótica jejunal (p<0,01). O exame histológico revelou menor grau de desenvolvimento da fibrose cicatricial nas anastomoses dos ratos ictéricos. Conclui-se que a icterícia obstrutiva pode atuar negativamente sobre a cicatrização tissular. Deve-se ressaltar a importância dos fatores associados à icterícia na gênese desse efeito.

Tensão de ruptura dos órgaos que constituem o tubo digestório com e sem o uso de corticóide em camundongos

Ruptura dos órgãos que constituem o tubo digestório pode ocorrer em presença de aumento tensórico intraluminar ou quando sua parede estiver enfraquecida. É possível que as diferenças histológicas entre as diversas partes desse tubo interfiram na pressão necessária para que ocorra sua ruptura. Acredita-se que o uso prolongado de corticosteróides possa diminuir a resistência da parede digestória. Com o objetivo de se avaliarem as pressões de ruptura dos órgãos pertencentes ao tubo digestório, realizou-se o presente trabalho. Foram utilizados 20 camundongos de ambos os sexos, com peso variando entre 38 e 52 g, divididos aleatoriamente em dois grupos (n=10): grupo sem corticóide e grupo com administração subcutânea de hidrocortisona (1mg/kg/dia) durante 28 dias. Após esse período, os camundongos foram mortos e, em seguida, foram retirados os diversos segmentos do tubo digestório correspondentes a seus órgãos para avaliação da tensão de ruptura. Não houve diferença significativa entre os grupos com e sem corticóide. As tensões de ruptura do esôfago e do cólon foram maiores do que a do estômago, duodeno, jejuno e íleo (p<0,05). Concluindo, a administração de corticosteróide durante 28 dias não altera a resistência à ruptura do tubo digestório íntegro. O esôfago e o cólon apresentaram maior resistência à ruptura que os demais segmentos digestórios. A resistência do esôfago é significativamente maior que a do cólon.

Exercise stress testing before and after successful multivessel percutaneous transluminal coronary angioplasty

Controversy exists regarding the diagnostic accuracy, optimal technique, and timing of exercise testing after percutaneous coronary intervention. The objectives of the present study were to analyze variables and the power of exercise testing to predict restenosis or a new lesion, 6 months after the procedure. Eight-four coronary multi-artery diseased patients with preserved ventricular function were studied (66 males, mean age of all patients: 59 ± 10 years). All underwent coronary angiography and exercise testing with the Bruce protocol, before and 6 months after percutaneous coronary intervention. The following parameters were measured: heart rate, blood pressure, rate-pressure product (heart rate x systolic blood pressure), presence of angina, maximal ST-segment depression, and exercise duration. On average, 2.33 lesions/patient were treated and restenosis or progression of disease occurred in 46 (55%) patients. Significant increases in systolic blood pressure (P = 0.022), rate-pressure product (P = 0.045) and exercise duration (P = 0.003) were detected after the procedure. Twenty-seven (32%) patients presented angina during the exercise test before the procedure and 16 (19%) after the procedure. The exercise test for the detection of restenosis or new lesion presented 61% sensitivity, 63% specificity, 62% accuracy, and 67 and 57% positive and negative predictive values, respectively. In patients without restenosis, the exercise duration after percutaneous coronary intervention was significantly longer (460 ± 154 vs 381 ± 145 s, P = 0.008). Only the exercise duration permitted us to identify patients with and without restenosis or a new lesion.

Produção de xarope de açúcar invertido obtido por hidrólise heterogênea, através de planejamento experimental

A utilização de açúcar líquido na indústria alimentícia constitui em vantagem nas aplicações onde o açúcar é adicionado em solução. O xarope de açúcar invertido reúne a elevada solubilidade da frutose à difícil cristalização da glicose, aumentando seu poder edulcorante e diminuindo os riscos de cristalização. Essas propriedades contribuem para aumentar o valor desses xaropes para uso em vários produtos alimentícios, sobretudo na indústria de refrigerantes. O produto de maior interesse comercial é aquele com nível de inversão próximo a 55%, pois nessa faixa a solubilidade é máxima possibilitando trabalhar com concentrações em torno de 76,5% de sólidos solúveis, diminuindo assim a susceptibilidade à contaminação microbiana, sem riscos de cristalização. O objetivo deste trabalho foi desenvolver as etapas de produção do xarope de açúcar invertido produzido a partir de resinas de troca-iônica, visando obter um produto final de alta qualidade que atenda às necessidades da indústria de refrigerantes, utilizando como ferramenta o planejamento experimental. O processo de obtenção do xarope invertido foi iniciado com a descoloração do xarope de sacarose através de duas colunas contendo resina aniônica, para então ser invertido pela eluição numa coluna de resina catiônica. O produto obtido foi isento de qualquer objeção ao paladar, inodoro, praticamente livre de cor (56 ICUMSA) e hidroximetil furfural (11ppm). A contagem microbiológica para fungos, leveduras e bactérias foi menor que 1 unidade/mL.

Vigor and field emergence in "high oleic" sunflower seeds, in southeast of Buenos Aires province

Sunflower crop was based, as yet, on high linoleic cultivars, but in the last years request for oil with higher content of oleic acid has increased, due to their dietary characteristics. At the beginning, high oleic cultivars were used to be sown in warm regions, but then the concern about growing it in temperate areas, as the south-east of Buenos Aires Province, was posed. In this region, early sowings are recommended, so that grain filling matches with a period of appropriate hydric and light conditions, as to result in greater yields. However, early sowings are limited by low soil temperature, that delays seedling emergence, resulting in heterogeneous stand establishment. The aim of this work was to evaluate seed performance of four high oleic cultivars in the southern area of Buenos Aires Province, by means of vigor tests and field trials. Germination, cold, tetrazolium viability, tetrazolium viability with cold, accelerated ageing tests and three field sowings at different soil temperatures were performed. Data were analyzed by Anova using generalised linear models, and tests and cultivars were contrasted among themselves. Similar seedling emergence under optimal and suboptimal temperatures for high oleic and high linoleic cultivars was recorded. The success of seedling establishment does not appear to be related to the acidic composition of seeds.

睿鑑錄Rui jian lu.Rapports sur les affaires religieuses.

Présentés par les PP. Koegler, Pereyra, etc. (1736 à 1738).