710 resultados para E3 ligase


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BACKGROUND: Experimental evidences show that glutathione and its rate-limiting synthesizing enzyme, the glutamate-cysteine ligase (GCL), are involved in the pathogenesis of schizophrenia. Furthermore, genetic association has been previously reported between two single nucleotide polymorphisms lying in noncoding regions of glutamate cysteine ligase modifier (GCLM) gene, which specifies for the modifier subunit of GCL and schizophrenia. OBJECTIVE: We wanted to investigate the presence of GCLM true functional mutations, likely in linkage disequilibrium with the previously identified single nucleotide polymorphism alleles, in the same set of cases that allowed the detection of the original association signal. METHODS: We screened all the coding regions of GCLM and their intronic flanking vicinities in 353 patients with schizophrenia by direct DNA sequencing. RESULTS: Ten sequence variations were identified, five of which were not previously described. None of these DNA changes was within the GCLM coding sequence and in-silico analysis failed to indicate functional impairment induced by these variations. Furthermore, screening of normal controls and downstream statistical analyses revealed no significant relationship of any of these DNA variants with schizophrenia. CONCLUSION: It is unlikely that functional mutations in the GCLM gene could play a major role in genetic predisposition to schizophrenia and further studies will be required to assess its etiological function in the disease.

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The E3 ubiquitin ligase NEDD4-2 (encoded by the Nedd4L gene) regulates the amiloride-sensitive epithelial Na+ channel (ENaC/SCNN1) to mediate Na+ homeostasis. Mutations in the human β/γENaC subunits that block NEDD4-2 binding or constitutive ablation of exons 6-8 of Nedd4L in mice both result in salt-sensitive hypertension and elevated ENaC activity (Liddle syndrome). To determine the role of renal tubular NEDD4-2 in adult mice, we generated tetracycline-inducible, nephron-specific Nedd4L KO mice. Under standard and high-Na+ diets, conditional KO mice displayed decreased plasma aldosterone but normal Na+/K+ balance. Under a high-Na+ diet, KO mice exhibited hypercalciuria and increased blood pressure, which were reversed by thiazide treatment. Protein expression of βENaC, γENaC, the renal outer medullary K+ channel (ROMK), and total and phosphorylated thiazide-sensitive Na+Cl- cotransporter (NCC) levels were increased in KO kidneys. Unexpectedly, Scnn1a mRNA, which encodes the αENaC subunit, was reduced and proteolytic cleavage of αENaC decreased. Taken together, these results demonstrate that loss of NEDD4-2 in adult renal tubules causes a new form of mild, salt-sensitive hypertension without hyperkalemia that is characterized by upregulation of NCC, elevation of β/γENaC, but not αENaC, and a normal Na+/K+ balance maintained by downregulation of ENaC activity and upregulation of ROMK.

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1 kartta :, vär. ;, 51,3 x 43,1 cm, lehti 58 x 50,3 cm

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The relative ease to concentrate and purify adenoviruses, their well characterized mid-sized genome, and the ability to delete non-essential regions from their genome to accommodate foreign gene, made adenoviruses a suitable candidate for the construction of vectors. The use of adenoviral vectors in gene therapy, vaccination, and as a general vector system for expressing foreign genes have been documented for some time. In this study, the objective was to rescue a BAV3 E1 or E3 recombinant vector carrying the kanamycin resistant gene, a dominant selectable marker with useful applications in studying vectored gene expression in mammalian cells. To accomplish the objective of this study, more information about BAV3 DNA sequences was required in order to make the manipulation of the virus genome accessible. Therefore, sequencing of the BAV3 genome from 1 1 .7% to 30.8% was carried out. Analysis of the determined sequences revealed the primary structure of important viral gene products coded by E2 including BAV3 DNA pol and precursor to terminal protein. Comparative analysis of these proteins with their counterparts from human and non human adenoviruses revealed important insights as to the evolutionary lineage of BAV3. In order to insert the kanamycin resistance gene in either E1 or E3, it was necessary to delete BAV3 sequences to accommodate the foreign gene so as not to exceed the limit of the packaging capacity of the virus. To construct a recombinant BAV3 in which a foreign gene was inserted in the deleted E1 region, an E1 shuttle vector was constructed. This involved the deletion from the viral sequences a region between 1.3% to 9% and inserting the kanamycin resistance gene to replace the deletion. The E1 shuttle vector contained the left (0%- 53.9%) segment of the genome and was expected to generate BAV3 recombinants that can be grown and propagated in cells that can complement the missing E1 functions. To construct a similar shuttle vector for E3 deletion, DNA sequences extending from 78.9% to 82.5% (1281 bp) were deleted from within the E3 region that had been cloned into a plasmid vector. The deleted region corresponds to those that have been shown to be non-essential for viral replication in cell culture. The resulting plasmid was used to construct another recombinant plasmid with BAV3 DNA sequences extending from 37.1% to 100% and with a deletion of E3 sequences that were replaced by kanamycin resistance gene. This shuttle plasmid was used in cotransfections with digested viral DNA in an attempt to rescue a recombinant BAV3 carrying the kanamycin resistance gene to replace the deleted E3. In spite of repeated attempts of transfection, El or E3 recombinant BAV3 were not isolated. It seems that other approaches should be applied to make a final conclusion on BAV3 infectivity.

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Adenoviruses are nonenveloped icosahedral shaped particles. The double stranded DNA viral genome is divided into 5 major early transcription units, designated E1 A, E1 B, and E2 to E4, which are expressed in a regulated manner soon after infection. The gene products of the early region 3 (E3), shown to be nonessential for viral replication in vitro, are believed to be involved in counteracting host immunosurveillance. In order to sequence the E3 region of Bovine adenovirus type 2 (BAV2) it was necessary to determine the restriction map for the plasmid pEA48. A physical restriction endonuclease map for BamHl, Clal, Eco RI, Hindlll, Kpnl, Pstt, Sail, and Xbal was constructed. The DNA insert in pEA48 was determined to be viral in origin using Southern hybridization. A human adenovirus type 5 recombinant plasmid, containing partial DNA fragments of the two transcription units L4 and L5 that lie just outside the E3, was used to localize this region. The recombinant plasmid pEA was subcloned to facilitate sequencing. The DNA sequences between 74.8 and 90.5 map units containing the E3, the hexon associated protein (pVIII), and the fibre gene were determined. Homology comparison revealed that the genes for the hexon associated pV11I and the fibre protein are conserved. The last 70 amino acids of the BAV2 pV11I were the most conserved, showing a similarity of 87 percent with Ad2 pV1I1. A comparison between the predicted amino acid sequences of BAV2 and Ad40, Ad41 , Ad2 and AdS, revealed that they have an identical secondary structure consisting of a tail, a shaft and a knob. The shaft is composed of 22, 15 amino acid motifs, with periodic glycines and hydrophobic residues. The E3 region was found to consist of about 2.3 Kbp and to encode four proteins that were greater than 60 amino acids. However, these four open reading frames did not show significant homology to any other known adenovirus DNA or protein sequence.

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Recombinant Adenoviruses (Ads) have been shown to have potential applications in three areas: gene therapy, high level protein expression and recombinant vaccines.' At least three different locations within the Ad genome can be deleted and subsequently used for the insertion of foreign sequences. These include the Early 3 (E3), Early 1 (E1) and Early 4 (E4) regions. Viral vectors of this type have been well studied in Human Ads 2 and 5, however one has not yet been constructed for Bovine Adenovirus Type 2 (BAV2). The E3 region is located between 76.6 and 86 m.u. on the r-strand and is transcribed in a rightward direction. The gene products of the Early 3 region (E3) have been shown to be non-essential for viral replication, in vitro, but are required for host immunosurveillance. This study represents the cloning and reconstitution of a BAV2 E3 deletion mutant. A deletion of 1800bp was made within the E3 region of BAV2 and the thymidine kinase gene was subsequently inserted in the deleted area . . The plasmid pdlE3-4tk1 (23.4Kbp) was constructed and used to to facilitate homologous recombination with the wild type BAV2 to produce a mutant. Southern Blotting and Hybridization results suggest the presence of a BAV2 E3 deletion mutant with thymidine kinase sequences present. The E4 region of Human Adenovirus types 2 and 5 is located at the extreme right end of the genome (91.3 map units - 99.1 map units) and is transcribed in a leftward direction giving rise to a complicated set of differentially spliced mRNAs. Essentially there are 7 open reading frames (ORFs) encoding for at least 7 polypeptides. The gene products encoded by the E4 region have been shown to be essential for the expression of late viral genes, host cell shutoff and normal viral growth. We have cloned and sequenced the right end segment between 90.5 map units and 100 map units of the BAV2 genome. The results show several open reading frames which encode polypeptides exhibiting homology to three polypeptides encoded by the E4 region of human adenovirus type 2. These include the 14kDa protein encoded by ORF1, the 34kDa protein encoded by ORF6 and the 13kDa protein encoded by ORF3. The nucleotide sequence, restriction enzyme map, and ORF map of the E4 region could be very useful in future molecular manipulation of this region and could possibly explain the slow growth rate of BAV2 in MDBK cells.

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Brown sediment with clasts ranging from small to large. Clast shape ranges from angular to sub-rounded. Rotation structures are abundant throughout the sample. Necking structures can also be seen, along with lineations. Many areas also contain crushed grains and comet structures.

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BACKGROUND: HIV-1 Vpu targets newly synthesized CD4 receptor for rapid degradation by a process reminiscent of endoplasmic reticulum (ER)-associated protein degradation (ERAD). Vpu is thought to act as an adaptor protein, connecting CD4 to the ubiquitin (Ub)-proteasome degradative system through an interaction with beta-TrCP, a component of the SCFbeta-TrCP E3 Ub ligase complex. RESULTS: Here, we provide direct evidence indicating that Vpu promotes trans-ubiquitination of CD4 through recruitment of SCFbeta-TrCP in human cells. To examine whether Ub conjugation occurs on the cytosolic tail of CD4, we substituted all four Ub acceptor lysine residues for arginines. Replacement of cytosolic lysine residues reduced but did not prevent Vpu-mediated CD4 degradation and ubiquitination, suggesting that Vpu-mediated CD4 degradation is not entirely dependent on the ubiquitination of cytosolic lysines and as such might also involve ubiquitination of other sites. Cell fractionation studies revealed that Vpu enhanced the levels of ubiquitinated forms of CD4 detected in association with not only the ER membrane but also the cytosol. Interestingly, significant amounts of membrane-associated ubiquitinated CD4 appeared to be fully dislocated since they could be recovered following sodium carbonate salt treatment. Finally, expression of a transdominant negative mutant of the AAA ATPase Cdc48/p97 involved in the extraction of ERAD substrates from the ER membrane inhibited Vpu-mediated CD4 degradation. CONCLUSION: Taken together, these results are consistent with a model whereby HIV-1 Vpu targets CD4 for degradation by an ERAD-like process involving most likely poly-ubiquitination of the CD4 cytosolic tail by SCFbeta-TrCP prior to dislocation of receptor molecules across the ER membrane by a process that depends on the AAA ATPase Cdc48/p97.

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Trois protéines de la famille TRIM (Motif TRIpartite), TIF1α, β (Transcriptional Intermediary Factor 1) et PML (ProMyelocytic Leukaemia¬), font l’objet de cette étude. TIF1α est connu comme un coactivateur des récepteurs nucléaires et TIF1β comme le corépresseur universel des protéines KRAB-multidoigt de zinc dont le prototype étudié ici est ZNF74. PML possède divers rôles dont le plus caractérisé est celui d’être l’organisateur principal et essentiel des PML-NBs (PML-Nuclear Bodies), des macrostructures nucléaires très dynamiques regroupant et coordonnant plus de 40 protéines. Il est à noter que la fonction de TIF1α, β et PML est régulée par une modification post-traductionnelle, la sumoylation, qui implique le couplage covalent de la petite protéine SUMO (Small Ubiquitin like MOdifier) à des lysines de ces trois protéines cibles. Cette thèse propose de développer des méthodes utilisant le BRET (Bioluminescence Resonance Energy Transfert) afin de détecter dans des cellules vivantes et en temps réel des interactions non-covalentes de protéines nucléaires mais aussi leur couplage covalent à SUMO. En effet, le BRET n’a jamais été exploré jusqu’alors pour étudier les interactions non-covalentes et covalentes de protéines nucléaires. L’étude de l’interaction de protéines transcriptionnellement actives est parfois difficile par des méthodes classiques du fait de leur grande propension à agréger (famille TRIM) ou de leur association à la matrice nucléaire (ZNF74). L’homo et l’hétérodimérisation de TIF1α, β ainsi que leur interaction avec ZNF74 sont ici testées sur des protéines entières dans des cellules vivantes de mammifères répondant aux résultats conflictuels de la littérature et démontrant que le BRET peut être avantageusement utilisé comme alternative aux essais plus classiques basés sur la transcription. Du fait de l’hétérodimérisation confirmée de TIF1α et β, le premier article présenté ouvre la possibilité d’une relation étroite entre les récepteurs nucléaires et les protéines KRAB- multidoigt de zinc. Des études précédentes ont démontré que la sumoylation de PML est impliquée dans sa dégradation induite par l’As2O3 et dépendante de RNF4, une E3 ubiquitine ligase ayant pour substrat des chaînes de SUMO (polySUMO). Dans le second article, grâce au développement d’une nouvelle application du BRET pour la détection d’interactions covalentes et non-covalentes avec SUMO (BRETSUMO), nous établissons un nouveau lien entre la sumoylation de PML et sa dégradation. Nous confirmons que le recrutement de RNF4 dépend de SUMO mais démontrons également l’implication du SBD (Sumo Binding Domain) de PML dans sa dégradation induite par l’As2O3 et/ou RNF4. De plus, nous démontrons que des sérines, au sein du SBD de PML, qui sont connues comme des cibles de phosphorylation par la voie de la kinase CK2, régulent les interactions non-covalentes de ce SBD mettant en évidence, pour la première fois, que les interactions avec un SBD peuvent dépendre d’un évènement de phosphorylation (“SBD phospho-switch”). Nos résultats nous amènent à proposer l’hypothèse que le recrutement de PML sumoylé au niveau des PML-NBs via son SBD, favorise le recrutement d’une autre activité E3 ubiquitine ligase, outre celle de RNF4, PML étant lui-même un potentiel candidat. Ceci suggère l’existence d’une nouvelle relation dynamique entre phosphorylation, sumoylation et ubiquitination de PML. Finalement, il est suggéré que PML est dégradé par deux voies différentes dépendantes de l’ubiquitine et du protéasome; la voie de CK2 et la voie de RNF4. Enfin une étude sur la sumoylation de TIF1β est également présentée en annexe. Cette étude caractérise les 6 lysines cibles de SUMO sur TIF1β et démontre que la sumoylation est nécessaire à l’activité répressive de TIF1β mais n’est pas impliquée dans son homodimérisation ou son interaction avec la boîte KRAB. La sumoylation est cependant nécessaire au recrutement d’histones déacétylases, dépendante de son homodimérisation et de l’intégrité du domaine PHD. Alors que l’on ne connaît pas de régulateur physiologique de la sumoylation outre les enzymes directement impliquées dans la machinerie de sumoylation, nous mettons en évidence que la sumoylation de TIF1β est positivement régulée par son interaction avec le domaine KRAB et suggérons que ces facteurs transcriptionnels recrutent TIF1β à l’ADN au niveau de promoteur et augmentent son activité répressive en favorisant sa sumoylation.

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La chaîne invariante forme un complexe nonamérique avec les molécules classiques du CMH de classe II. HLA-DM et HLA-DO, des molécules non-classiques de classe II, sont aussi impliquées dans la présentation des peptides antigéniques aux lymphocytes T. Ces molécules chaperones de la présentation antigénique modulent la capacité d’une cellule à présenter des antigènes par les moloécules classiques du CMH de classe II. La régulation transcriptionnelle des molécules chaperones, tout comme celle des autres molécules du CMH de classe II, est assurée par le transactivateur CIITA. La molécule HLA-DR peut être régulée négativement de manière post-traductionnelle par ubiquitination grâce à l’enzyme E3 ubiquitine ligase MARCH1. Celle-ci est induite par l’interleukine-10 dans les monocytes. L’objectif de ce projet était de déterminer si l’ubiquitination par MARCH1 peut aussi réguler l’expression des molécules chaperones de la présentation antigénique. Les expériences furent réalisées dans le contexte de co-transfections en cellules HEK293T. L’expression des molécules fut évaluée par immunomarquages et cytométrie de flux. Il a été montré que l’isoforme p33 de la chaîne invariante est régulé négativement en présence de MARCH1 à partir de la surface cellulaire, causant ainsi sa dégradation. Tel que démontré par l’utilisation d’un mutant dépourvu de queue cytoplasmique, cette dernière région n’est pas indispensable à ce phénomène. Une hypothèse est qu’une molécule non-identifiée, associée à Ii, serait ubiquitinée par MARCH1, l’entraînant dans sa régulation négative. Il fut déterminer que cette molécule n’était pas CXCR2, un récepteur pouvant être impliqué, avec la chaîne invariante et CD44, en tant que récepteur de MIF (Macrophage Inhibitory Factor). Il fut aussi montré que HLA-DO peut être ciblé par MARCH1 mais ceci ne semble pas être un phénomène dominant; l’expression des complexes DO/DM n’étant pas affectée bien qu’ils entrent en interaction avec MARCH1. L’expression de HLA-DM n’est pas affectée par MARCH1. Il n’a toutefois pas été déterminé hors de tout doute si MARCH1 peut modifier DM; des résultats obtenus avec une queue cytoplasmique de DM possédant une lysine laissant suggérer qu’il est possible que MARCH1 interagisse avec DM. Dans l’ensemble, les travaux démontrent que l’ubiquitination par MARCH1 joue un rôle dans la régulation post-transcriptionnelle de la chaîne invariante p33 mais pas HLA-DO et HLA-DM.

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Itch est la seule ligase de l'ubiquitine de type C2-WW-HECT capable d'interagir avec les protéines à domaine SH3. Ce domaine est particulièrement représenté parmi les protéines régulatrices de l'endocytose. Les travaux présentés ici visaient à examiner la capacité d'Itch à interagir avec plusieurs protéines endocytiques. Nous avons utilisé la technique du BRET (Bioluminescence Resonance Energy Transfer) pour examiner quelques protéines candidates. Nous avons ensuite confirmé les résultats obtenus par BRET avec des tests d'interaction in vitro, puis déterminé la capacité d'Itch à ubiquityler les protéines liées via leurs domaines SH3. Nous avons ainsi découvert deux nouveaux partenaires d'interaction et substrats d'Itch parmi les protéines endocytiques, amphyphisine et pacsine. De plus, Itch interagit avec les domaines SH3 isolés d'intersectine, mais pas avec la protéine complète, suggérant que cette dernière n'est pas un substrat d'Itch. Itch est donc bien positionnée pour exercer un rôle régulateur de l'endocytose en ubiquitylant ses substrats.

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Grâce à un grand nombre d’études biochimiques, génétiques et structurales effectuées dans les dernières années, des avancements considérables ont été réalisés et une nouvelle vision du processus par lequel la machinerie transcriptionnelle de l’ARN polymérase II (Pol II) décode l’information génétique a émergé. De nouveaux indices ont été apportés sur la diversité des mécanismes de régulation de la transcription, ainsi que sur le rôle des facteurs généraux de transcription (GTFs) dans cette diversification. Les travaux présentés dans cette thèse amènent de nouvelles connaissances sur le rôle des GTFs humains dans la régulation des différentes étapes de la transcription. Dans la première partie de la thèse, nous avons analysé la fonction de la Pol II et des GTFs humains, en examinant de façon systématique leur localisation génomique. Les patrons obtenus par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) des versions de GTFs portant une étiquette TAP (Tandem-Affinity Purification) indiquent de nouvelles fonctions in vivo pour certains composants de cette machinerie et pour des éléments structuraux de la Pol II. Nos résultats suggèrent que TFIIF et l’hétérodimère Rpb4–Rpb7 ont une fonction spécifique pendant l’étape d’élongation transcriptionnelle in vivo. De plus, notre étude amène une première image globale de la fonction des GTFs pendant la réaction transcriptionnelle dans des cellules mammifères vivantes. Deuxièmement, nous avons identifié une nouvelle fonction de TFIIS dans la régulation de CDK9, la sous-unité kinase du facteur P-TEFb (Positive Transcription Elongation Factor b). Nous avons identifié deux nouveaux partenaires d’interaction pour TFIIS, soit CDK9 et la E3 ubiquitine ligase UBR5. Nous montrons que UBR5 catalyse l’ubiquitination de CDK9 in vitro. De plus, la polyubiquitination de CDK9 dans des cellules humaines est dépendante de UBR5 et TFIIS. Nous montrons aussi que UBR5, CDK9 and TFIIS co-localisent le long du gène  fibrinogen (FBG) et que la surexpression de TFIIS augmente les niveaux d’occupation par CDK9 de régions spécifiques de ce gène, de façon dépendante de UBR5. Nous proposons que TFIIS a une nouvelle fonction dans la transition entre les étapes d’initiation et d’élongation transcriptionnelle, en régulant la stabilité des complexes CDK9-Pol II pendant les étapes précoces de la transcription.

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Résumé L’angiogenèse est l’un des processus les plus importants pour le maintien de l’homéostasie de l’oxygène dans les tissus. Le facteur de croissance de l’endothélium vasculaire, VEGF, joue un rôle primordial dans la réponse angiogénique. Ce facteur de croissance mène à l’activation du récepteur de type 2 du facteur de croissance de l’endothélium vasculaire, VEGFR-2. Suite à une activation du VEGFR-2, plusieurs cascades de signalisation sont activées dans les cellules endothéliales. Afin d’atténuer cette signalisation, le VEGFR-2 est multi-ubiquitiné sur des résidus lysine et de cette manière, il est amené aux voies de dégradation, principalement dans les lysosomes. Cette ubiquitination est induite par l’association de l’ubiquitine ligase (E3) c-Cbl à un résidu tyrosine phosphorylé du domaine C-terminal du récepteur. Dans cette étude, nous avons identifié la tyrosine 1319 comme étant nécessaire pour l’association de c-Cbl au VEGFR-2 et son ubiquitination. Nos résultats démontrent aussi que dans des cellules endothéliales aortiques bovines, BAEC, la surexpression du récepteur mutant Y1319F ralentit la dégradation du VEGFR-2 et induit une activation plus forte et prolongée de la synthétase endothéliale du monoxyde d’azote (eNOS). Ces résultats nous permettent de mieux comprendre le déroulement de la régulation de la signalisation du VEGFR-2 au niveau intracellulaire. Mots-clés: [Angiogenèse, VEGFR-2, VEGF, c-Cbl, Ubiquitination, Tyrosine 1319, Dégradation]

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Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

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L’implication des cellules B dans le développement de l’auto-immunité ne cesse d’être illustrée par de récentes publications. Les cellules présentent des peptides du soi aux cellules T auto-réactives ce qui mène à la production de cytokines pro-inflammatoires et d’anticorps auto-réactifs. Dans le présent document, nous explorons la présentation antigénique et la modification post-traductionnelle du complexe majeur d’histocompatibilité II (CMH-II). MARCH1 est une E3 ubiquitine ligase qui cible le CMH-II et le relocalise le complexe vers les endosomes de recyclage. Ainsi, MARCH1 est un inhibiteur de la présentation d’antigènes exogènes. Ici, nous démontrons que MARCH1 est exprimé seulement dans la sous-population des cellules B folliculaires et que cette expression est perdue lors de l’entrée dans les centres germinatifs. Nous proposons que MARCH1 établie une barrière de formation de centres germinatifs. Nous démontrons le lien entre MARCH1 et la hausse de CMH-II à la surface des cellules B à la suite d’un traitement à l’IL-10. De plus, nous avons testé plusieurs stimuli activateurs des cellules B et démontrons que MARCH1 est régulé à la baisse dans tous les cas. De plus, nous mettons en valeurs le rôle de la voie canonique d’activation de NF-κB dans cette régulation de MARCH1. Finalement, nous avons développé un système de lentivirus exprimant MARCH1 qui nous permet de forcer l’expression de MARCH1 dans des cellules réfractaires à la transfection. Nous discutons de l’implication de cette régulation du CMH-II par MARCH1 dans le développement de maladies auto-immunes.